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Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) representam uma preocupação no mundo. Muitas destas infecções são ocasionadas por microorganismos resistentes aos antimicrobianos, dentre os quais se destaca Acinetobacter baumannii. As infecções causadas por este patógeno eram tratadas com carbapenêmicos, porém diante da emergência e disseminação de cepas resistentes a estes antimicrobianos, outras opções terapêuticas tornam-se necessárias. Atualmente a disseminação de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos é relacionada a determinados clones de circulação mundial, como os Complexos Clonais CC1, CC2 e CC3. No Brasil, entretanto, há a prevalência do CC1, CC15 e CC79, denominados clones de alto risco. Desta maneira, o objetivo deste trabalho foi avaliar a suscetibilidade antimicrobiana e os determinantes genéticos de resistência em isolados clínicos de A. baumannii pertencentes ao CC1, CC15 e CC79, utilizando microdiluição em caldo e sequenciamento de genoma como principais metodologias. Foram estudados 63 isolados clínicos de A. baumannii de pulsotipos diferentes (ApaI-PFGE), provenientes de 23 instituições brasileiras entre 2016 e 2017. Destes isolados, 21 (33,3%) pertenciam ao CC1, 20 (31,8%) ao CC15 e 22 (35%) ao CC79. A maior parte dos isolados foi classificada em XDR (extensivamente resistente) (CC1= 90,5%; CC15= 65%; CC79= 95,5%), sendo que o fenótipo PDR (pan-resistente) foi detectado em um isolado do CC15. Por meio do sequenciamento de genoma completo foi possível analisar a estrutura clonal dos isolados, categorizando-os nas sequências-tipo (ST) ST1, ST15, ST79, ST20, ST730 e ST1447 (ST novo). Além do MLST, os genes de resistência, sistemas de efluxo e mutações presentes nas cepas dos Complexos Clonais estudados foram caracterizados. Isolados pertencentes aos CC1 (100%) e CC15 (95%) apresentaram o gene blaOXA-23. Por outro lado, nos isolados do CC79, o gene blaOXA-23 foi detectado em 54,5% e blaOXA-72 em 50% dos isolados. Observou-se a presença de genes em comum aos isolados do CC1, CC15 e CC79, tais como blaOXA-23 e aph(3)-VIa. Entretanto, a comparação entre o perfil de suscetibilidade e a análise do genoma demonstrou dados relacionados aos diferentes Complexos Clonais, como aac(3)-Ia, aac(6)-Ib, aac(6)-Ib-cr, sul1 para CC1 e blaOXA-72, blaTEM-1A, dfrA1,sat2, sul2, strA, strB, aadA1, msrE, mphE e floR para CC79 (p < 0,05). Dessa forma, nossa análise sugere que a seleção dos clones de alto risco seja impulsionada pelos determinantes de resistência sob pressão seletiva do uso de antimicrobianos Healthcare associated infections (HAI) are a worldwide concern, many of these infections are caused by bacterial agents resistant to antimicrobials, among which the Acinetobacter baumannii stands out. Infections caused by this pathogen were treated with carbapenems, however, in view of the emergence and spread of strains resistant to these antimicrobials, other therapeutic options are necessary. Currently the dissemination of carbapenem-resistant A. baumannii is related to known clones of worldwide circulation, such as Clonal Complexes CC1, CC2 and CC3. In Brazil, however, there is a prevalence of CC1, CC15 and CC79, called high-risk clones. Thus, the present study aims to evaluate the antimicrobial susceptibility and the genetic determinants of resistance in clinical isolates of A. baumannii belonging to high risk-clones (CC1, CC15 and CC79), using broth microdilution and genome sequencing as main methodologies. 63 clinical A. baumannii isolates from different pulsotypes (ApaI-PFGE), from 23 Brazilian institutions, between 2016 and 2017, were studied. Of these, 21 (33.3%) belonged to CC1, 20 (31.8%) to CC15 and 22 (35%) to CC79. The isolates were classified as XDR (extensively resistant) (CC1 = 90.5%; CC15 = 65%; CC79 = 95.5%), and the PDR (pan-resistant) phenotype was detected in an isolate from CC15. Through the complete genome sequencing, it was possible to analyze the clonal structure of the isolates, categorizing them in the sequencing type (ST) ST1, ST15, ST79, ST20, ST730 and ST1447 (new ST). In addition to MLST, resistance genes, efflux systems and mutations present in the strains of the studied Clonal Complexes were characterized. Isolates belonging to CC1 (100%) and CC15 (95%) presented the blaOXA-23 gene. On the other hand, in the CC79 isolates, the blaOXA-23 gene was detected in 54.5% and blaOXA-72 in 50% of the isolates. The presence of genes in common to isolates from CC1, CC15 and CC79 was observed, such as blaOXA-23 and aph(3\')-Via. However, the comparison between the susceptibility profile and the genome analysis showed data related to the different Clonal Complexes, such as aac(3)-Ia,aac(6)-Ib, aac(6)-Ib-cr, sul1 for CC1 and blaOXA-72, blaTEM-1A, dfrA1,sat2, sul2, strA, strB, aadA1, msrE, mphE and floR for CC79 (p < 0,05). Thus, our analysis suggests that the selection of high- risk clones is driven by the determinants of resistance under selective pressure of the use of antimicrobials

A especiação de isolados clínicos de Aspergillus ganhou relevância nos últimos anos devido à descrição de espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos. A identificação morfológica convencional não é capaz de discriminar as espécies de Aspergillus e o sequenciamento de DNA é uma técnica pouco adaptada a laboratórios clínicos. A espectrometria de massas por ionização/dessorção a laser auxiliada por matriz tempo-devoo (EM MALDI-TOF) é uma metodologia emergente que vem sendo explorada com intuito de fornecer identificação rápida e acurada de microrganismos, incluindo os fungos filamentosos de importância clínica. Entretanto, há poucos estudos avaliando a plataforma VITEK MS® para a identificação de espécies de Aspergillus. O presente estudo teve como objetivo fornecer dados adicionais sobre a performance dos sistemas do VITEK MS® e suas bibliotecas de espectros de referências (ER) In Vitro Diagnostics (IVD) e Research Use Only (RUO) para identificar as espécies de Aspergillus de relevância clínica. Uma biblioteca de ER in-house também foi construída e avaliada. Um total de 106 organismos foram avaliados por EM, incluindo 47 cepas provenientes das coleções de fungos do Westerdijk Fungal Biodiversity Institute (Holanda) e do LEMIUNIFESP, seis isolados ambientais (IMT-USP) e 53 isolados cínicos do HC-FMUSP. Foram utilizados dois protocolos de extração proteica, um recomendado pelo fabricante e outro empregando meio de cultura líquido para os isolados/cepas com baixa esporulação. Trinta e cinco organismos foram selecionadas para construir os ERs, e os 71 restantes foram usados para avaliação de desempenho das bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house. Entre os 71 organismos analisados, 91,5%, 84,5% e 100% tiveram identificação correta de gênero pelos bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Enquanto para identificação de espécie, as bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house mostraram 83,1%, 77,4% e 90,1% de identificações de espécie, respectivamente. Para as 16 espécies crípticas de Aspergillus analisadas, a identificação foi correta em 31,2%, 18,7% e 62,5%, pelos sistemas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Entre as espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos, o sistema IVD forneceu identificação correta para as espécies Aspergillus lentulus, Aspergillus calidoustus e Aspergillus sydowii. Entretanto, Aspergillus fumigatiaffinis e Neosartorya pseudofischeri foram erroneamente identificadas como Aspergillus fumigatus pelo sistema IVD. A biblioteca in-house demonstrou melhor performance, mas espécies filogeneticamente próximas como A. fumigatiaffinis e A. lentulus tiveram identificações cruzadas. Concluímos que o VITEK® MS demonstrou boa performance para a identificação das espécies de Aspergillus, porém para algumas espécies crípticas, há necessidade de melhoria das bibliotecas de espectro de referência comercializadas. Algumas espécies crípticas filogeneticamente relacionadas apresentaram espectros similares e são de difícil diferenciação por EM MALDI, mesmo com a construção de uma biblioteca de ER in-house com vários representantes de cada espécie Aspergillus spp. identification has become more relevant in clinical practice since azoleresistant cryptic species have emerged in the last years. Conventional morphologic identification is not able to discriminate Aspergillus species and DNA sequencing is not feasible for clinical laboratories. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) is an emergent technology that has been explored to provide fast and accurate identification of microorganisms, including clinically relevant molds. However, only a few studies have explored the platform VITEK MS® for the identification of Aspergillus species. The present study aimed to provide additional data regarding the performance of the In Vitro Diagnostics (IVD) and Research Use Only (RUO) systems for the identification of Aspergillus species, including azoleresistant ones, and also to construct and to evaluate an in-house reference spectrum library. A total of 106 organisms were evaluated by MS, including 47 Aspergillus strains (Westerdijk Fungal Biodiversity Institute and LEMI-UNIFESP collections), six environmental (IMT-USP) and 53 clinical isolates (HC-FMUSP). Two protein extraction protocols were used, one recommended by the manufacturer and another with liquid broth for the organisms with poor sporulation. Thirty-five organisms were selected to construct the in-house reference spectrum library and the remaining 71 were used for the performance evaluation. Correct genus identification was provided in 91.5%, 84.5% and 100% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Correct species identification was provided in 83.1%, 77.4% and 90.1% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Among the 16 Aspergillus cryptic species, correct identification was provided in 31.5%, 18.7% and 62.5% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Among the azole-resistant cryptic species, the IVD system provided correct identification for Aspergillus lentulus, Aspergillus calidoustus and Aspergillus sydowii. However, Aspergillus fumigatiaffinis and Neosartorya pseudofischeri were misidentified as Aspergillus fumigatus by the IVD system. The in-house library had better performance for the identification of Aspergillus cryptic species, but closely related taxa may be difficult to have correct differentiation by MALDI-TOF MS. In conclusion, VITEK® MS showed good performance for the identification of Aspergillus species and some azoleresistant species. However, a more robust reference spectrum library including more representatives of azole-resistant cryptic species may be necessary to achieve better identification performance of closely related taxa