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Prochilodus lineatus is a species of migratory fish widely distributed in the Paraná River basin, found mainly in the Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers located in a well-developed region of the state of São Paulo. This study analyzes the genetic diversity and population structure in shoals of P. lineatus based on temporal analysis of specimens sampled over the years 2003, 2005, 2006, 2009, 2010, and 2015 in the Mogi-Guaçu River, São Paulo, at the region of Cachoeira de Emas. Genetic analysis performed using the D-Loop and seven microsatellite marker revealed significant genetic variability in all sampled groups. Moderate levels of structuring between groups were identified with the microsatellite markers (Fst = 0.14), while the mitochondrial marker did not reveal patterns of genetic structuring (Fst = 0.01). The genetic variability fluctuated over time, characterizing patterns of structuring among the analyzed samples. The occurrence of environmental alterations resulting in increased mortality rates, as well as changes in the water level in the ecosystem, among other factors, could determine changes in the reproductive behavior of species. The lack of favorable environmental conditions for reproduction in the basin, as reflected by tests of population bottlenecks, could have resulted in the differentiation of populations of P. lineatus over time. Resumo Prochilodus lineatus é uma espécie de peixe migratório amplamente distribuído na bacia do rio Paraná, principalmente nos rios Grande, Pardo e Mogi-Guaçu localizados em uma região bem desenvolvida do estado de São Paulo. Este estudo analisou a diversidade genética e a estrutura populacional em cardumes de P. lineatus com base na análise temporal de espécimes amostrados ao longo dos anos de 2003, 2005, 2006, 2009, 2010 e 2015 na Cachoeira de Emas no rio Mogi-Guaçu, São Paulo, Brasil. A análise genética realizada com o marcador D-Loop e sete microssatélites revelou variabilidade genética significativa em todos os grupos amostrados. Níveis moderados de estruturação entre os grupos foram identificados com os marcadores microssatélites (Fst = 0.14), enquanto o marcador mitocondrial não revelou padrões de estruturação genética (Fst = 0.01). A variabilidade genética identificada no estoque oscilou ao longo do tempo, caracterizando padrões de estruturação entre as amostras analisadas. A ocorrência de alterações ambientais resultando em aumento das taxas de mortalidade, bem como mudanças no nível de água no ecossistema, entre outros fatores, podem determinar mudanças no comportamento reprodutivo das espécies. A falta de condições ambientais favoráveis para a reprodução na bacia, pode ter resultado na diferenciação das populações de P. lineatus ao longo do tempo.

A lignina é uma molécula que confere sustentação e resistência às plantas vasculares. Em plantas forrageiras, como Urochloa humidicola e Cenchrus purpureus, a molécula interfere negativamente na digestibilidade da fibra vegetal no rúmen de bovinos. Na produção de biocombustíveis, a lignina presente na biomassa dificulta a hidrólise enzimática; na combustão da biomassa, contribui para o aumento do poder calorífico. Dada sua importância, faz-se necessário entender o funcionamento da via metabólica associada a lignina para seleção de genótipos superiores. O objetivo deste trabalho foi identificar genes relacionados à produção de lignina em U. humidicola e C. purpureus, além do desenvolvimento de marcadores moleculares microssatélites. Neste estudo foram selecionados, para cada espécie, quatro genótipos com maior produção de lignina, e quatro genótipos de menor produção. A análise dos genes diferencialmente expressos em U. humidicola revelou 196 genes a nível de significância de p

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O bicudo verdadeiro (Sporophila maximiliani) é uma ave bastante admirada entre os apreciadores de aves canoras de gaiola, principalmente na região central do Brasil. A espécie é considerada criticamente ameaçada no Brasil, estando extinta nos estados do Rio de Janeiro e São Paulo. Em contraste, a população de bicudos legalmente em cativeiro é bastante significativa, com mais de 300 mil indivíduos. Conhecer a situação genética do bicudo é essencial para a tomada de decisões antes da soltura, uma vez que mesmo com as características físicas próximas de indivíduos de vida livre, sua diversidade genética ou a presença de híbridos pode prejudicar a sobrevivência da espécie na natureza a longo prazo. Por isso o desenvolvimento de marcadores moleculares que permitem avaliar a diversidade genética e a presença de possíveis híbridos, é essencial para a condução de programas de reintrodução de forma segura e bem sucedidas a longo prazo. Este trabalho teve por objetivo padronizar marcadores microssatélites compatíveis com a tecnologia NGS e analisar sequências de COI de espécimes em cativeiro de Minas Gerais. Foram desenhados 50 pares de primers e submetidos a PCRs em diferentes condições, dos quais 13 foram padronizados, sendo a maioria sensível a pequenas quantidades de DNA e pouco específicas; o que pode ser útil para futuros estudos com outras espécies do gênero. Foram analisadas 119 sequências do gene mitocondrial COI e três espécies: S. atrirostris, S. crassirostris e S. maximiliani. Não foi observado um agrupamento entre as espécies, podendo estar relacionada com a hibridização em cativeiro, devido à dificuldade de identificação das fêmeas de diferentes espécies, também não foi observada uma estruturação genética dentro dos criatórios, provavelmente devido ao fluxo gênico devido à transferência de animais entre esses locais. Com isso, novos estudos com diferentes marcadores precisam ser realizados a fim se conhecer melhor a situação genética da espécie em cativeiro.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Segundo a Organização Mundial da Saúde as leishmanioses são consideradas importantes doenças negligenciadas, que estão amplamente distribuídas no Velho e no Novo Mundo. São endêmicas em cinco continentes, sendo registradas em 98 países e três territórios, abrangendo países subdesenvolvidos, em desenvolvimento ou mesmo desenvolvidos, com prevalência nas áreas de clima temperado a tropical. Estima-se que cerca de 14 milhões de pessoas estejam infectadas no mundo e que 350 milhões estejam em situações de risco de infecção. As espécies Leishmania (Leishmania) amazonensis, L. (L.) mexicana, L. (L.) venezuelensis, Leishmania (Viannia) braziliensis, L. (V.) panamensis, L. (V.) guyanensis, L. (V.) peruviana são as principais espécies que causam formas tegumentares de leishmanioses no Novo Mundo e L. (L.) major no Velho Mundo. No entanto, em alguns países do continente americano, como Brasil, Venezuela, Peru, Paraguai, Equador e México, já foram isolados parasitos semelhantes a L. major de pacientes que nunca estiveram fora destes países. Esses parasitos foram denominados Leishmania (L.) major-like. Vários estudos caracterizaram essas cepas usando técnicas bioquímicas, biológicas e moleculares, porém, a presença desse parasito no Novo Mundo ainda não está esclarecida. No Brasil, oito espécies do gênero Leishmania já foram caracterizadas como causadoras da leishmaniose tegumentar americana incluindo L. (L.) major-like. O presente estudo investigou a heterogeneidade genética de L. major-like isoladas no Brasil BH49, BH70, BH121, BH122, BH129 e BH135 utilizando tipagem por microssatélites (MLMT) e sequenciamento de fragmentos de DNA amplificados com três alvos moleculares (ITS-1, hsp70 e nagt), em comparação com L. major, a fim de verificar a ocorrência de diversidade genética inter e intraespecífica nesses parasitos. Os resultados deste estudo são relevantes para o estabelecimento de medidas de saúde pública e para a identificação das espécies de Leishmania antes do tratamento, em regiões geográficas distintas onde diferentes espécies podem estar circulando. Além disso, este estudo contribui para mostrar a complexidade de espécies de Leishmania, dentro de um país continental como o Brasil, com ampla diversidade de parasitos e vetores. The World Health Organization (WHO) considers Leishmaniasis one of the most important health problems. Cutaneous leishmaniasis is widely distributed in the Old and New World. They are endemic on five continents, being registered in 98 countries and three territories, covering underdeveloped, developing or even developed countries, with prevalence in areas of temperate to tropical climate. It is estimated that around 14 million people are infected worldwide and 350 million are at risk of infection. In the New World, the species Leishmania L. (Leishmania) amazonensis, (L.) mexicana, L. (L.) venezuelensis, Leishmania (Viannia) braziliensis, L. (V.) panamensis, L. (V.) guyanensis, L. (V.) peruviana and L. (L.) major in the Old World are the main species that cause cutaneous forms of leishmaniasis. However, in some countries of the American continent, such as Brazil, Venezuela, Peru, Paraguay, Ecuador and Mexico, parasites similar to L. major have already been isolated of patients who have never been outside these countries. These parasites were named Leishmania (L.) major-like. Several studies have characterized those strains using biochemical, biological and molecular techniques, however, the presence of this parasite in the New World is still unclear. In Brazil, eight of genus Leishmania species have already been characterized as causing American cutaneous leishmaniasis including L. (L.) major-like. The present study investigated the genetic heterogeneity of BH49, BH70, BH121, BH122, BH129 e BH135 L. major-like isolates in Brazil, using microsatellite typing (MLMT) and sequencing of amplified DNA fragments with three molecular targets (ITS-1, hsp70 and nagt), compared to L. major, in order to verify the occurrence of inter and intraspecific genetic diversity in these parasites. The results of this study are relevant for the establishment of public health measures for identification of Leishmania species before treatment in geographic regions where different species can be circulating. In addition, it contributes to show the complexity of Leishmania species within a continental country as Brazil with a high of parasite and vectors diversity.

Orientador: Prof. Dr. Ronaldo Adriano Christofoletti Coorientador: Prof. Dr. Leandro Reverberi Tambosi Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Evolução e Diversidade, São Bernardo do Campo, 2021. As atividades antrópicas causam a perda e fragmentação de habitat, reduzindo e isolando populações de diversas espécies. Populações pequenas e isoladas sofrem com o aumento do efeito da deriva genética e da endogamia e, consequentemente, com a perda de diversidade genética e da capacidade adaptativa, aumentando os riscos de extinção. No entanto, tais problemas são minimizados quando o tamanho populacional efetivo é elevado e a conectividade entre as populações é mantida favorecendo a ocorrência de fluxo gênico entre elas. Dessa forma mantém-se a variabilidade genética das populações e sua sobrevivência em longo prazo. A manutenção de tamanhos populacionais viáveis e de fluxo gênico entre as populações depende da composição e configuração da paisagem onde essas populações estão inseridas. Neste sentido, o objetivo desse trabalho foi estudar não somente o status populacional genético da queixada (Tayassu pecari), como também a relação entre as variáveis genéticas das populações estudadas e as características das paisagens habitadas por essas populações. Com relação à genética populacional de queixadas, foi encontrado alto grau de diferenciação genética entre três populações da Mata Atlântica, contrastando com as altas taxas de migração históricas, estimadas usando um método de coalescência. Detectou-se baixa diversidade genética atual e tamanhos populacionais efetivos baixos em comparação com os estimados no passado para essas três populações, o que foi consistente com as evidências de gargalos populacionais recentes e endogamia. Além disso, as populações estudadas estão perdendo diversidade genética em comparação com a população de uma área mais bem preservada do Pantanal. As análises de genética da paisagem, para populações da Mata Atlântica, Pantanal e Cerrado, revelaram que o tamanho populacional efetivo foi menor em áreas com alta densidade de estradas pavimentadas. O isolamento das populações, medido pelo número de alelos privados, foi maior em áreas com baixa densidade hidrográfica e alta densidade populacional humana. Além disso, maiores coeficiente de endogamia foram associados com expansão da agricultura. Assim, estradas pavimentadas, presença humana e agricultura são impactos antrópicos que comprometem a viabilidade genética das populações de queixadas em longo prazo, aumentando as probabilidades de extinção. Dessa forma, ações de mitigação para minimizar o efeito de estruturas e atividades humanas sobre as populações de queixadas são extremamente necessárias para garantir a viabilidade da espécie. Anthropogenic activities cause habitat loss and fragmentation, reducing and causing isolation of populations of different species. Small and isolated populations suffer from higher genetic drift and inbreeding and, consequently, with the loss of genetic diversity and adaptive capacity, which increases the risk of extinction. However, such problems are minimized when the effective population size is high, and the connectivity between populations is maintained, favoring gene flow between them. Therefore, population genetic variability and their long-term survival are maintained. The maintenance of viable population sizes and gene flow between populations depends on the composition and configuration of the landscape where these populations are located. The objective of this work was to study not only genetic population status of white-lipped peccary (Tayassu pecari), but also the relationship between genetic variables from studied populations and the landscape features where these populations occur. Regarding genetic population of white-lipped peccaries, a high degree of genetic differentiation was found among three populations from the Atlantic Forest, contrasting with high historical migration rates, estimated using a coalescence method. Low current genetic diversity and low effective population sizes compared to those estimated in the past were detected for these three populations, which was consistent with evidence of recent population bottlenecks and inbreeding. Furthermore, studied populations are losing genetic diversity compared to the population from a better preserved area of the Pantanal. Landscape genetics analyzes for populations from the Atlantic Forest, Pantanal and Cerrado revealed that effective population size was smaller in areas with a high density of paved roads. Population isolation, measured by the number of private alleles, was greater in areas with low hydrographic density and high human population density. Higher inbreeding coefficients were associated with agricultural expansion. Thus, paved roads, human presence and agriculture are anthropogenic impacts that compromise long-term genetic viability of white-lipped peccary populations, increasing the chances of extinction. Therefore, mitigation actions to minimize the effect of human structures and activities on white-lipped peccary populations are extremely necessary to ensure the species' viability.

Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-08T21:25:32Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11628034 bytes, checksum: c96b957a612e0f2929e068450cf4d1b6 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Prezado Marcos O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelos seguintes motivos: - Página de rosto: ao final da página falta constar a cidade de defesa. O correto é: Rio Claro - SP e na linha debaixo apenas o ano – 2020. - Ata de defesa: excluir do trabalho e adicionar a Folha de Aprovação, que deve ser solicitada à Seção de Pós-Graduação. - CAPES: A Portaria nº 206, de 04/09/2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES nos agradecimentos da seguinte forma: Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho (Não alterar, acrescentar ou excluir qualquer informação. A frase deve ser colocada idêntica ao que consta na Portaria): "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001" - Acesso aberto?: sua dissertação possui capítulos em formato de artigos.O periódico que você publicou ou vai publicar, aceita que já esteja disponibilizado o texto completo? Existe a opção de acesso aberto ou acesso restrito no Repositório Institucional e o acesso restrito existe 4 opções de prazo para disponibilizar o texto completo. - Entrada para o seu nome: Você colocou na ficha catalográfica e nos metadados do repositório, a entrada como "Dantas-Queiroz". Consultando o seu Lattes, verifiquei que você tem publicações tanto com essa entrada, como para Queiroz. Você pode utilizar a entrada pelo "Dantas-Queiroz" e aconselhamos que, quanto mais padronizada for a forma de referenciar os autores, mais fácil para os softwares contabilizarem as citações. Sendo assim, se você quiser utilizar essa entrada, seria importante você colocar na capa e na página de rosto, o sobrenome Dantas Queiroz com hífen e sem o "de", como se ele fosse um sobrenome composto, pois dessa forma, não gerará dúvidas para quem for referenciar a sua Tese de Doutorado. Maiores informações: http://ib.rc.unesp.br/Home/Biblioteca37/repositorio_fluxograma_unesp_rioclaro.jpg Em caso de dúvidas entre em contato pelos e-mails: repositoriounesp@reitoria.unesp.br e/ou stati.rc@unesp.br Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações destacadas. Agradecemos a compreensão. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2021-01-11T12:39:53Z (GMT) Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-12T01:24:01Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11640896 bytes, checksum: 4462f9d5181238ea2c728973459f4fbf (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Previous issue date: 2020-12-14 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) No Capítulo I, começamos a investigar o padrão genético de V. oligantha, selecionando algumas de suas populações para testar a compatibilidade de marcadores microssatélites já desenvolvidos para Bromeliaceae. Satisfatoriamente, conseguimos amplificar 24 loci, sendo 20 deles polimórficos. Assim sendo, selecionamos os dez loci mais polimórficos e genotipamos 229 indivíduos pertencentes a 14 populações para utilizarmos em nossas análises subsequentes. O Capítulo II trata da filogeografia de V. oligantha. Aos microssatélites nucleares obtidos, incluímos 95 indivíduos sequenciados usando dois marcadores plastidiais. Com esses dados em mãos, datamos a origem e a diversificação intraespecífica de V. oligantha, além de estimarmos a diversidade genética, a estrutura populacional e taxas de migração entre populações. Também modelamos a distribuição ancestral de V. oligantha utilizando Modelagem de Nicho Ecológico, inferindo possíveis corredores ancestrais entre as populações atualmente fragmentadas. Conseguimos notar uma alta estruturação genética, característica usual de organismos de ambientes naturalmente fragmentados; entretanto, a estruturação parece estar de acordo com o padrão biogeográfico, sugerindo assim como os processos microevolutivos envolvidos na diversificação de linhagens puderam resultar nos padrões de endemismo observados hoje no Espinhaço. Por fim, a modelagem de nicho ecológico confirma nossa suspeita de que, no Último Glacial Máximo (LGM), V. oligantha tinha uma adequabilidade muito maior, ocupando áreas mais baixas, conectando populações antes isoladas, conforme demonstramos nas análises de corredores. Para verificarmos mais a fundo o efeito das mudanças climáticas passadas na demografia e na diversificação das espécies das montanhas quartzíticas brasileiras (BQM), nós partimos para uma abordagem de filogeografia comparada, o pano de fundo do Capítulo III. Lá, buscamos na literatura organismos endêmicos destas montanhas e que tivessem dados genéticos depositados no Genbank. Também utilizamos os dados da própria V. oligantha e geramos mais sequências de duas espécies típicas das BQM mineiras e baianas: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) e Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Ao final, além dessas três espécies, analisamos os dados das plantas Lychnophora ericoides e Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae) e Vellozia auriculata (Velloziaceae) e também dois anuros, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) e Pleurodema alium (Leptodactylidae). Com estas nove espécies, verificamos a dinâmica populacional da comunidade, encontrando que grande parte delas passou por uma expansão síncrona durante o LGM, um sinal da força das mudanças climáticas na demografia nessas espécies endêmicas. Por outro lado, os dois anuros não seguiram este padrão, onde P. alium permaneceu constante enquanto B. saxicola teve um bottleneck durante o LGM. O padrão demográfico encontrado também se reflete na modelagem da adequabilidade de cada espécie para o presente e o LGM, com exceção de B. saxicola, que apresentou uma adequabilidade maior do que aquela estimada pelos nossos dados genéticos. Outra análise que fizemos foi comparar a diversificação interespecífica de espécies co-distribuídas do Espinhaço com os padrões biogeográficos para a região, onde encontramos um padrão congruente, mas ao adicionarmos espécies não exclusivas dali o cenário congruente se desfez. Dessa forma, os padrões de endemismo no Espinhaço parecem ser idiossincráticos, onde os processos microevolutivos ocorrentes ali modelaram os padrões biogeográficos existentes hoje. In Chapter I, we investigated the genetic patterns of V. oligantha, selecting some of its populations to test the compatibility of previously developed microsatellites. Satisfactorily, we amplified 24 loci, although 20 of them were polymorphic. Thus, we selected the top ten most polymorphic loci and genotyped 229 individuals belonging to 14 populations. Chapter II is about the phylogeography of V. oligantha. With the nuclear microsatellites, we added 95 sequenced individuals, using two plastidial markers. With both datasets, we dated the origin and intraspecific diversification of V. oligantha, estimated its genetic diversity, population structure, and migration rates among populations. We also modeled the ancient distribution of V. oligantha using Ecological Niche Modelling, using it to inferring possible ancient corridors between the extant fragmented populations. We found a high genetic structure, a usual trait of species with a natural fragmented distribution; however, the structure seems to follow the biogeographic pattern, suggesting how the microevolutionary processes could shape the current patterns of endemism of the Espinhaço Range. Finally, the niche modeling confirmed our suspicion that, in the Last Glacial Maximum (LGM), the suitability of V. oligantha was wider than the current one, where it occupied lowlands, connecting isolated populations, as we showed with the corridor analysis. To deeply investigate the role of ancient climatic changes in the demography and diversification of species from the Brazilian Quartzitic Mountains (BQM), we used a comparative phylogeographic approach, the background of Chapter III. We conducted a literature survey seeking for endemic organisms of the BQM with available genetic data. Besides the data of V. oligantha, we also yielded sequences for more two species: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) and Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Besides these three plant species, we incorporated genetic data of Lychnophora ericoides and Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae), and Vellozia auriculata (Velloziaceae) and two anuran species, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) and Pleurodema alium (Leptodactylidae). Thus, with these nine species, we investigated their population dynamics, finding that most of them had a synchronous population expansion over the LGM, a result that supports the strength of climatic oscillations on the demography of these endemic species. Besides, we also compared the lineage diversification with the biogeographic patterns found in the Espinhaço Range, where a congruent diversification pattern was found. However, when we compared species non-endemic of the Espinhaço, this congruent pattern is blurred, suggesting that microevolutionary processes of the Espinhaço-endemic species are idiosyncratic. CAPES: 001

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K = 3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks. O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JP x PM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.

Tese de doutoramento em Microbiologia e Parasitologia - Micologia, Instituto de Biologia, Universidade Federal de Pelotas, 2020 Orientação: Melissa Orzechowski Xavier; Co-orientação: Raquel Filipa Pinheiro Sabino (INSA) Tese defendida a 4 de novembro de 2020 O contexto "One health" considera a saúde em três pilares: saúde animal, saúde humana e saúde do ecossistema. Nesta abordagem, evidencia-se o papel das mudanças ambientais na emergência de doenças crônicas e infecciosas, e, como forte aliada no desenvolvimento de estratégias de prevenção de doenças. Fungos do gênero Aspergillus se enquadram substancialmente nesta abordagem, tendo em vista sua ubiquidade, bem como sua importância como potenciais patógenos animais e humanos. Além da resistência intrínseca apresentada por algumas espécies, a emergência da resistência a azóis adquirida por isolados de Aspergillus fumigatus sensu stricto é uma preocupação da comunidade científica a nível global. Este trabalho teve como objetivo a avaliação da epidemiologia molecular de isolados clínicos de Aspergillus de aves e humanos do sul do Rio Grande do Sul, Brasil, e avaliar perfil de suscetibilidade e mecanismos de resistência aos azóis. Como resultados, realizamos uma ampla revisão de literatura no contexto One Health, com enfoque no papel da aves como indicador ambiental e na dispersão de cepas de Aspergillus; descrevemos pela primeira vez a aspergilose em albatrozes durante a reabilitação; e descrevemos casos de aspergilose em aves aquáticas de vida livre. Também obtivemos importantes resultados in vitro sobre a atividade antifúngica do composto disseleneto de difenila sozinho e em combinação com antifúngicos clássicos. Em relação a pesquisa de resistências aos azóis em A. fumigatus, não foram detectadas mutações relacionadas ao contexto ambiental da emergência da resistência nessa espécie fúngica na região estudada no Brasil. Além disso, a pesquisa de diversidade genética demonstrou elevada diversidade nos isolados estudados, pelo que se conclui que a técnica utilizada é de grande valia para o acompanhamento clínico dos pacientes, além de permitir confirmar que o ambiente de recuperação de animais é uma potencial fonte de infecção para aves (no caso estudado, pinguins) durante reabilitação. A detecção de um mesmo genótipo em estirpe de A. fumigatus isolado em um paciente humano e um pinguim de vida livre demonstraram a importância de uma abordagem One Health do Aspergillus e da aspergilose, uma vez que uma mesma estirpe possui potencial de colonização/infecção tanto em animais como em humanos. Por fim, como resultado da parceria internacional estabelecida durante o desenvolvimento desse trabalho, tivemos o primeiro reporte da mutação de resistência TR34/L98H em ambiente indoor em Portugal, e o resultado da vigilância em Aspergillus realizada por um laboratório de referência em Portugal, no qual encontrou-se grande prevalência de espécies crípticas de Aspergillus em isolados clínicos e ambientais, além de resistência panazol em estirpes de A. fumigatus, confirmando-se os mecanismos moleculares envolvidos com a resistência antifúngica no gene cyp51A. Os resultados obtidos neste trabalho mostram a importância da abordagem multidisciplinar do Aspergillus e da aspergilose, e a necessidade de ampliar a vigilância de Aspergillus no contexto One Health, com objetivo de entender melhor os mecanismos envolvidos na dispersão de estirpes, e na adoção de medidas mais efetivas de monitoramento da emergência da resistência, bem como para adoção de estratégias de controle do crescimento desse problema global. The "One health" context considers health on three pillars: animal health, human health and ecosystem health. In this approach, the role of environmental changes in the emergence of chronic and infectious diseases is highlighted, and as a strong ally in the development of disease prevention strategies. Fungi of the Aspergillus genus fit substantially in this approach, in view of their ubiquity, as well as their importance as potential animal and human pathogens. In addition to the intrinsic resistance presented by some species, the emergence of azole resistance acquired by isolates of Aspergillus fumigatus sensu stricto is a concern of the scientific community at a global level. This study aimed to evaluate the molecular epidemiology of clinical isolates of Aspergillus from birds and humans from the south of Rio Grande do Sul, Brazil, and to evaluate the susceptibility profile and mechanisms of azole resistance. As a result, we carried out a wide literature review in the context of One Health, focusing on the role of birds as an environmental indicator and on the dispersion of Aspergillus strains; we first described aspergillosis in albatrosses during rehabilitation; and we describe cases of aspergillosis in free-living aquatic birds. We also obtained important in vitro results on the antifungal activity of the diphenyl diselenide compound alone and in combination with classic antifungals. Regarding the search for azole resistance in A. fumigatus, no mutations related to the environmental context of the emergence of resistance in this fungal species in the region studied in Brazil were detected. In addition, genetic diversity research has shown high diversity in the isolates studied, so it is concluded that the technique used is of great value for the clinical monitoring of patients, in addition to confirming that the animal recovery environment is a potential source of infection for birds (in this case, penguins) during rehabilitation. The detection of the same genotype in A. fumigatus strain isolated in a human patient and a freeliving penguin demonstrated the importance of an Aspergillus and aspergillosis One Health approach, since the same strain has both a potential for colonization / infection in animals as in humans. Finally, as a result of the international partnership established during the development of this work, we had the first report of the resistance mutation TR34 / L98H in an indoor environment in Portugal, and the result of surveillance in Aspergillus carried out by a reference laboratory in Portugal, in which a high prevalence of cryptic species of Aspergillus was found in clinical and environmental isolates, in addition to pan-azole resistance in A. fumigatus strains, confirming the molecular mechanisms involved with antifungal resistance in the cyp51A gene. The results obtained in this work show the importance of the multidisciplinary approach of Aspergillus and aspergillosis, and the need to expand the surveillance of Aspergillus in the context of One Health, in order to better understand the mechanisms involved in the dispersion of strains, and in the adoption of more effective measures to monitoring the emergence of resistance, as well as the adoption of strategies to control the growth of this global problem. International Cooperation Program financed by Brazilian Federal Agency for Support and Evaluation of Graduate Education within the Ministry of Education of Brazil (CAPES), under the PDSE Program - Finance Code 001. N/A

In this study, we aimed to evaluate the genetic diversity within and among chicken breeds from the northeast region of Brazil (states of Bahia and Piau&iacute, ) using microsatellite markers. In addition, we assessed the identity and genetic relationships of chickens from Europe, Africa, and South America, as well as their influence on the formation of the Brazilian breeds. A total of 25 microsatellite markers and a panel containing 886 samples from 20 breeds (including the Brazilian chickens) were used in this study. Different statistical parameters were used to estimate the genetic diversity and relationship among the genetic groups studied. Our study indicates that the Brazilian Creole chickens have high genetic variability. The results show that chickens reared in the states of Bahia and Piau&iacute, could have originated from different ancestors. The Brazilian breeds studied have an evolutionary relationship with chickens from Portugal, Nigeria, Chile, and Spain. Our results will contribute directly to the conservation and recognition of Brazilian Creole chicken breeds and provide a solid basis for the demonstration of their genetic identity and genetic conservation of American Creole chicken populations.

Pterodon emarginatus Vogel, conhecida popularmente como sucupira-branca, possui características que possibilitam a sua exploração como recurso madeireiro, ornamental e medicinal. Conhecer a variabilidade genética nas populações naturais de um recurso genético vegetal é importante para a definição de estratégias para o seu uso e conservação. O presente estudo teve como objetivo conhecer a diversidade genética de populações naturais P. emarginatus no Cerrado, para fins de uso e conservação. Foram coletados 302 indivíduos, provenientes de 13 populações do Cerrado. Esses indivíduos foram analisados com 10 marcadores microssatélites. A detecção dos genótipos foi realizada pelo emprego do analisador genético ABI-3500 (Applied Biosystems). A qualidade dos locos foi avaliada com base em estimativas de probabilidade de identidade e da probabilidade de exclusão de paternidade, no programa Identity4. As análises de diversidade e estrutura genética populacional foram realizadas nos programas GDA e pelo pacote hierfstat, em ambiente R. Foi realizada a análise de agrupamento por método bayesiano, com o uso do programa STRUCUTRE. Foi estimada a divergência genética (FST par a par) e o teste de Mantel, com o uso dos pacotes hierfstat e Vegan em ambiente R. A presença de descontinuidade genética foi verificada com a aplicação do algoritmo de Monmonier. A identificação de populações prioritárias para conservação foi realizada pelo algoritmo Greedy, em ambiente R. A bateria de locos se mostrou adequada para a análises de discriminação individual e para estudos genético populacionais, uma vez que a probabilidade de identidade foi baixa (PI = 2,4109 x 10-11) e a exclusão de paternidade foi alta (Q = 0,9998). Foram identificados 15,9 alelos em média, por loco. A heterozigosidade observada (0,521) foi menor do que a heterozigosidade esperada (0,654). As populações exibiram estrutura genética populacional significativa (θp = 0,104), com presença de endogamia decorrente do sistema reprodutivo (f = 0,207). A endogamia do conjunto de populações também foi alta e significativa (F = 0,290). Foram detectados seis grupos genéticos pela análise Bayesiana. Não foram detectadas relações entre a distância genética e geográfica. As populações de Araguaçu-TO e Porangatu-GO apresentaram descontinuidade genética com quatro populações. Não foi possível estabelecer um número mínimo de populações prioritárias para conservação, pois há a necessidade de se conservar todas elas (13) para se amostrar todos os alelos identificados no presente estudo. Este estudo revela que as populações naturais de P. emarginatus apresentam alta diversidade genética, porém esta diversidade está estruturada nessas populações que, ainda, apresentam endogamia decorrente do sistema reprodutivo. Além disso, a divergência genética não é explicada pela distância geográfica e as populações apresentam baixa redundância de riqueza alélica. Tais resultados implicam na necessidade de um maior esforço amostral, tanto de indivíduos, quanto de populações, em trabalhos que visem a conservação e uso da espécie. Pterodon emarginatus Vogel, popularly known as white sucupira, has characteristics that allow its exploitation as a timber, ornamental and medicinal resource. Knowing the genetic variability in natural populations of a plant genetic resource is important for defining strategies for its use and conservation. The present study had as objective to know the genetic diversity of natural populations of P. emarginatus in the Brazilian cerrado, for use and conservation purposes. 302 individuals were collected, from 13 Brazilian cerrado populations. These individuals were analyzed using 10 microsatellite markers. The detection of the genotypes was performed using the ABI-3500 genetic analyzer (Applied Biosystems). The quality of the loci was evaluated based on estimates of probability of identity and probability of exclusion of paternity, in the Identity4 program. The analyzes of diversity and genetic population structure were performed in the GDA programs and by the hierfstat package, in environment R. The cluster analysis was performed by the Bayesian method, using the STRUCUTRE program. The genetic divergence (pairwise FST) and the Mantel test were estimated, using the hierfstat and Vegan packages in environment R. The presence of genetic discontinuity was verified with the application of the Monmonier algorithm. The identification of priority populations for conservation was performed by the Greedy algorithm, in an R environment. The battery of loci proved to be adequate for the analysis of individual discrimination and for population genetic studies, since the probability of identity was low (PI = 2, 4109 x 10-11) and the exclusion of paternity was high (Q = 0.9999). An average of 15.9 alleles were identified per locus. The observed heterozygosity (0.521) was less than the expected heterozygosity (0.654). The populations exhibited a significant population genetic structure (θp = 0.104), with the presence of inbreeding due to the reproductive system (f = 0.207). The inbreeding of the population group was also high and significant (F = 0.290). Six groups were detected by Bayesian analysis. No relationship was detected between genetic and geographical distance. The populations of Araguaçu TO and Porangatu GO showed genetic discontinuity with four other populations. It was not possible to establish a minimum number of priority populations for conservation, as there is a need to conserve all of them (13) in order to sample all the alleles identified in the present study. This study reveals that the natural populations of P. emarginatus have high genetic diversity, but this diversity .is structured among populations and that there is inbreeding within populations due to the reproductive system. In addition, the genetic divergence is not explained by the geographical distance and the populations have a low redundancy of allelic richness. Such results imply the need for a greater sampling effort, both of individuals and populations, in works aimed at the conservation and use of the species. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Eugenia involucrata is endowed with high economic and environmental potential, however, the recalcitrant seed storage makes it difficult to produce seedlings by sexual way and justify studies related to vegetative propagation. Besides that, the sustainability of natural remnants is under threat due to the increasing fragmentation to which forest ecosystems have been subjected in recent decades. These questions justify studies that provide subsidies for seedling production by vegetative propagation and for the conservation of genetic resources. Thus, the present study aimed to investigate aspects of micropropagation and minicutting techniques, as well as to quantify genetic variability and to analyze the genetic structure of three natural fragments of E. involucrata. Several experiments were performed whereby, first, the antibiotic was analyzed using the method streptomycin sulfate and its effect in vitro control of endogenous bacteria in shoots of E. involucrata. Also, the effect of antioxidant PVP on the nutrient medium ½MS and gibberellic acid (GA3) on in vitro elongation of nodal segments was evaluated. The influence of four colors of Light Emitting Diodes - LEDs (white, blue, red and green) and cold white fluorescent lamps of daylight type were observed in the in vitro culture of E. involucrata. Also, the influence of different concentrations of BAP, IBA, KIN and NAA on in vitro multiplication was analyzed. Also, the effect of PVP and ascorbic acid prior to rooting was evaluated and the effect of IBA on rooting of E. involucrata minicuttings was also analyzed. In addition, experiments were performed to analyze the structure and genetic diversity of three natural E. involucrata fragments using microsatellite markers. Addition of the antibiotic streptomycin sulfate to the ½MS nutrient medium in the absence of prior explant contamination controls the proliferation of bacterial colonies. Moreover, immersion of explants in the antibiotic does not control the proliferation of bacteria. The use of PVP in the nutritional medium ½MS is not necessary. GA3 has a positive effect on in vitro elongation. LEDs lamps have a favorable effect on the in vitro development of the species. BAP, KIN and IBA phytoregulators are dispensable, however, 2µM NAA is important in the in vitro multiplication of E. involucrata shoots. Regarding the propagation of the species via minicutting, there was no effect of antioxidants PVP and ascorbic acid on phenolic oxidation, which even had a reduced average (11.81%). In the subsequent experiment, oxidation was low (18.33%) and rhizogenesis was also very low (1.11%) and unaffected by IBA despite high concentrations (to 10.000mg L-1) of auxin being tested. The E. involucrata fragments analyzed showed high genetic variability, mostly distributed within the remnants themselves, and low genetic differentiation. Regarding the mode of reproduction, they are classified as mixed with predominance of crosses. The set of results obtained may contribute to the continuity of research related to E. involucrata in several areas of knowledge, which had not yet been explored. Eugenia involucrata é dotada de elevado potencial econômico e ambiental, entretanto, a recalcitrância de suas sementes ao armazenamento dificulta a produção de mudas por via sexuada e justifica a realização de estudos relacionados à propagação vegetativa. Igualmente, a sustentabilidade dos remanescentes naturais encontra-se ameaçada devido à crescente fragmentação a que os ecossistemas florestais têm sido submetidos nas últimas décadas. Essas questões expõe a necessidade da realização de estudos que forneçam subsídios para a produção de mudas por propagação vegetativa e para a conservação de recursos genéticos. Assim, o presente estudo teve como objetivo investigar aspectos das técnicas de micropropagação e miniestaquia, bem como quantificar a variabilidade genética e analisar a estruturação genética de três fragmentos naturais de E. involucrata. Foram realizados diversos experimentos, sendo que, primeiramente, foi analisado o modo de utilização do antibiótico sulfato de estreptomicina e seu efeito no controle in vitro de bactérias endógenas em brotações de E. involucrata. Também, avaliou-se o efeito do antioxidante Polivinilpirrolidona (PVP) no meio nutritivo ½MS e do ácido giberélico (GA3) no alongamento in vitro de segmentos nodais. Ainda, observou-se a influência de quatro cores de Diodos Emissores de Luz - LEDs (branca, azul, vermelha e verde) e lâmpadas fluorescentes brancas frias tipo luz do dia no cultivo in vitro de E. involucrata. Foi analisada a influência de diferentes concentrações dos fitorreguladores BAP, AIB, CIN e ANA na multiplicação in vitro. Ainda, foi avaliado o efeito do PVP e ácido ascórbico previamente ao enraizamento e, também, analisado o efeito de AIB no enraizamento das miniestacas de E. involucrata. Além disso, foram efetuados experimentos para analisar a estrutura e a diversidade genética de três fragmentos naturais de E. involucrata, utilizando-se marcadores microssatélites. Foi observado que a adição do antibiótico sulfato de estreptomicina ao meio nutritivo ½MS na ausência de contaminação prévia nos explantes controla a proliferação das colônias bacterianas. Por outro lado, a imersão dos explantes no antibiótico não controla a proliferação de bactérias. O uso do PVP no meio nutritivo ½MS é dispensável. GA3 apresentou efeito positivo no alongamento in vitro. As lâmpadas LEDs possuem efeito favorável no desenvolvimento in vitro da espécie. Os fitorreguladores BAP, CIN e AIB são dispensáveis, entretanto, ANA a 2µM é importante na multiplicação in vitro de brotações de E. involucrata. Em relação à propagação da espécie via miniestaquia, não se observou efeito dos antioxidantes PVP e ácido ascórbico sobre a oxidação fenólica, a qual, inclusive, teve média reduzida (11,81%). No experimento subsequente, a oxidação foi baixa (18,33%) e a rizogênese foi igualmente muito reduzida (1,11%) e não foi afetada pelo AIB apesar de serem testadas concentrações altas (até 10.000mg L-1) da auxina. Os fragmentos de E. involucrata analisados apresentaram elevada variabilidade genética, a maior parte distribuída dentro dos próprios remanescentes, e baixa diferenciação genética. Em relação ao modo de reprodução, classificam-se como mistos com predominância de cruzamentos. O conjunto de resultados obtidos poderá contribuir para a continuidade das pesquisas relacionadas à E. involucrata em diversas áreas de conhecimento, as quais ainda não haviam sido exploradas.

Submitted by Caio Felipe da Silva (caio_nardo@hotmail.com) on 2020-02-03T18:58:08Z No. of bitstreams: 1 Mestrado_CaioFelipe.pdf: 1180676 bytes, checksum: 5994e2746ec7f291d5622d8f0d87a903 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2020-02-05T13:23:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_cf_me_bot.pdf: 1180676 bytes, checksum: 5994e2746ec7f291d5622d8f0d87a903 (MD5) Made available in DSpace on 2020-02-05T13:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_cf_me_bot.pdf: 1180676 bytes, checksum: 5994e2746ec7f291d5622d8f0d87a903 (MD5) Previous issue date: 2020-02-16 O rio Sapucaí-mirim está localizado na bacia do alto rio Paraná e apresenta uma grande diversidade de peixes neotropicais. Dentre eles, encontra-se a espécie Astyanax lacustris, popularmente conhecida como “lambari-do-rabo-amarelo”, abundante na região. A bacia do alto rio Paraná vêm enfrentando construções de inúmeras Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCHs) e pouco se sabe a respeito do seu impacto nas populações naturais. Marcadores moleculares microssatélites são amplamente utilizados em estudos de diversidade e estruturação genética, principalmente devido a sua codomiância, abundância no genoma dos eucariotos e polimorfismo. Dado o exposto, o presente estudo analisou a diversidade e estrutura genética de populações naturais de A. lacustris coletadas a montante (reservatório da PCH de Palmeiras) e a jusante (escada da PCH de Retiro) nos anos de 2018 e 2019 utilizando marcadores microssatélites, afim de se ter mais dados a respeito do impacto dos barramentos nessas populações naturais de peixes. Sete loci microssatélites foram aplicados e programas computacionais foram utilizados para as análises. Os resultados mostraram, que de maneira geral, os quatro estoques amostrados apresentaram uma alta diversidade genética e afirmou-se a eficiência desses marcadores. No que se diz respeito a estruturação genética, foram detectados três grupos diferenciados entre si: um grupo à montante (reservatório da PCH de Palmeiras) e dois grupos amostrados a jusante, nos anos de 2018 e 2019, respectivamente. A alta diversidade genética pode ser explicada, além da capacidade dessa espécie de se adaptar a condições ambientais hostis, a práticas de repovoamento por técnicas de supportive breeding. Um outro fator que pode ter levado a esse resultado é que ambas PCHs foram contruídas recentemente. O fato das escadas das PCHs brasileiras apenas permitiram a passagem no sentido jusante-montante, pode explicar o fato da diferença populacional encontrada entre os estoques das escada da PCH de Retiro (jusante) entre os anos e a diferença da mesma com o grupo identificado a montante. Por fim, este trabalho ressalta a importância da implamentação de medidas mitigadoras, além de servir como base para futuros trabalhos, uma vez que os estudos de monitoramento inicial e contínuo de diversidade e estrutura de peixes são escassos no Brasil. Introduction: Sepsis is among the most common reasons for hospitalization in intensive care units (ICUs) around the world, with Sepsis-induced acute kidney injury (SAKI) being considered one of the most serious and frequent complications of this condition. The assessment of nutritional needs, including resting energy expenditure (REE), as well as the monitoring of nutritional therapy in relation to the adequacy of protein caloric intake is a crucial point in critical patient care and is related to better outcomes. Objectives: To describe and compare REE estimated by the Harris Benedict formula and measured by indirect calorimetry of septic patients without associated AKI, with AKI without the need of dialysis and with dialytic AKI, and to evaluate the adequacy of the caloric intake and its association with the outcome of death. Methods: Prospective observational cross-sectional study evaluating patients with a diagnosis of sepsis admitted to an ICU of HCFMB-UNESP, aged> 18 years old, use of mechanical ventilation, with FiO2 80% of the needs. Results: A total of 125 patients with a diagnosis of sepsis were evaluated. Of these, 67.2% (n = 84) were of the male gender, with age of 62.53 ± 16.55 years old, presence of septic shock in 58.4%, pulmonary focus as the main infection site (67.2%) and AKI present in 80% of the septic population, with 49.6% with dialytic need. No statistically significant difference was observed between the groups without and with AKI, on dialysis or not, in relation to the REE measured (p = 0.33) and estimated (p = 0.88). Sepsis without AKI (n = 25), sepsis with AKI (n = 43), and sepsis with dialytic AKI (n = 57) presented medium REE statistically higher than estimated (1855.0 (1636.75 - 2052.75) vs. 1551.0 (1349.0-1719.25), p = 0.007, 1868.0 (1219.5- 2344.75) vs.1388.0 (1254.0-1665.5), p = 0, 02 and 1986 (1477-2419) vs. 1426 (1270-1715), p

The expansion of the genetic base of cultivated materials is an ongoing activity of the cupuassu (Theobroma grandiflorum) breeding program. However, the parents involved need to be genotypically and phenotypically characterized to ensure compatibility of crossings, as well as to assist in the selection of more promising individuals for hybridization. This study aimed to identify and select T. grandiflorum clones that are compatible and genetically divergent using tools such as the estimates of genotypic, phenotypic, and combined distances, as well as the compatibility rates among clones. The genetic distance analysis of the clones was performed with 14 heterologous microsatellite primers of cocoa (Theobroma cacao) that amplify the DNA of cupuassu. Phenotypic characterization was based on 14 variables related to fruit production. The joint dissimilarity matrix was obtained by means of the sum of the phenotypic and molecular dissimilarity matrices. The intra- and inter-clonal compatibility was estimated through controlled crossings. A low correlation was noted between the dissimilarity matrices based on the molecular and agronomic data. As for compatibility, all clones were self-incompatible, with different compatibility rates when crossed. The compatibility index was strongly influenced by the degree of relationship of the clones. It was possible to identify and select the most promising sets of cupuassu clones to be used in breeding programs, despite their genetic relationship. RESUMO A ampliação da base genética dos materiais de cultivo é trabalho contínuo do programa de melhoramento genético do cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum). Há necessidade, entretanto, que os parentais envolvidos estejam caracterizados fenotípica e genotipicamente, para auxiliar na escolha dos indivíduos que serão hibridizados, bem como para garantir os mecanismos de rastreabilidade e proteção das cultivares. Este estudo teve como objetivo identificar e selecionar clones de cupuaçuzeiro inter-compatíveis e geneticamente divergentes, utilizando como ferramentas as distâncias genotípica, fenotípica e combinada mistas, assim como as taxas de compatibilidade entre os clones. Estimativas das distâncias genéticas entre os clones foram realizadas com base em 14 iniciadores microssatélites heterólogos de cacaueiro (Theobroma cacao) que amplificam o DNA do cupuaçuzeiro. Para a caracterização fenotípica foram empregadas 14 variáveis relacionadas à produção de frutos. A matriz de dissimilaridade conjunta foi obtida por meio da soma das matrizes de dissimilaridade fenotípica e molecular. A compatibilidade intra e inter-clonal foi estimada através de cruzamentos controlados. Houve uma baixa correlação entre as matrizes de dissimilaridade com base nos dados moleculares e agronômicos. Quanto à compatibilidade, todos os clones foram auto-incompatíveis, contudo, compatíveis entre si, com diferentes taxas. O índice de compatibilidade foi fortemente influenciado pelo grau de relacionamento dos clones. Foi possível identificar e selecionar os conjuntos de clones de cupuaçuzeiro mais promissores para ser usados em melhoramento genético, apesar da ocorrência de relação genética entre eles.

Submitted by Timóteo Tadashi Watanabe (timoteo.watanabe@unesp.br) on 2020-02-28T16:39:24Z No. of bitstreams: 1 tese corrigida - timoteo tadashi watanabe.pdf: 8295236 bytes, checksum: 02cc9e4dc3afb822611566474d1f6831 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Títulos diferentes: o título da capa, página de rosto, ficha catalográfica e folha de aprovação devem ser idênticos. Se o título correto for o da folha de aprovação, alterar os outros títulos, inclusive o do metadados do repositório. Se o título foi alterado durante a defesa, deve constar na folha de aprovação a alteração do título (solicitar à Seção de Pós-Graduação). - Ata da defesa: não colocar. O correto é: Capa, página de rosto, ficha catalográfica e folha de aprovação. - Agradecimento CAPES: a CAPES publicou uma portaria na qual determina como deve ser colocado o agradecimento. A frase deve estar no capítulo "Agradecimentos" e deve ser exatamente esta: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001”. Agradecemos a compreensão. on 2020-02-28T19:38:37Z (GMT) Submitted by Timóteo Tadashi Watanabe (timoteo.watanabe@unesp.br) on 2020-03-02T13:42:21Z No. of bitstreams: 1 tese timoteo tadashi watanabe_2-merged.pdf: 8089424 bytes, checksum: 07d304c0aae74fb8e122cc7d9dd5b046 (MD5) Approved for entry into archive by Adriana Ap. Puerta Buzzá (dripuerta@rc.unesp.br) on 2020-03-05T14:16:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 watanabe_tt_dr_rcla_par.pdf: 748918 bytes, checksum: 94b203fb64b307c5361c53bc6d00b2a6 (MD5) Made available in DSpace on 2020-03-05T14:16:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 watanabe_tt_dr_rcla_par.pdf: 748918 bytes, checksum: 94b203fb64b307c5361c53bc6d00b2a6 (MD5) Previous issue date: 2020-01-28 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Espécies invasoras são comuns no mundo e causam diversos impactos à fauna local. Com o aumento do tráfego naval e do uso da água de lastro, aumentam as chances de propagação de espécies aquáticas invasoras, sendo o siri Charybdis hellerii um exemplo deste processo, ao redor do mundo. Diversos estudos foram conduzidos aumentando o conhecimento de características que favorecem a invasão deste siri, como longo período larval, alimentação onívora, crescimento rápido e estocagem de espermatozoides. Apesar dos estudos já efetuados, pouco se conhece sobre o sistema reprodutor e o comportamento reprodutivo desta espécie, bem como se ela segue o padrão mais comum já descrito para a família Portunidae. Nas espécies nativas do gênero Callinectes os índices hepatossomáticos e gonadossomáticos apresentaram pouca variação. Os vasos deferentes possuem células tipicamente secretórias. A região anterior (AVD) é responsável por compactar e formar os espermatóforos. Região média (MVD) onde a maior parte dos espermatóforos formados é armazenada. Na região posterior (PVD) não é encontrado espermatóforos, somente secreção glicoproteica. A presença de grande quantidade de bolsas laterais na MVD e PVD auxilia na produção de fluido seminal. Deste modo, em Callinectes as espécies seguem o padrão esperado para formadores de plug espermático. No caso de C. hellerii os índices gonadossomáticos e hepatossomáticos foram sempre baixos e praticamente não houve variação nem por classe de tamanho ou por sazonalidade. Os espermatóforos também são formados na AVD, porém a maioria dos espermatóforos é armazenada na região distal da AVD. Os espermatóforos não possuem parede, somente uma película mucosa que sofrem deiscência em água do mar, após passar pelo gonópodo. Todas as células dos vasos deferentes são secretórias, porém a composição da secreção é mais similar à espécies que não são formadoras de plug. Este padrão exclusivo dentro de Portunidae pode ser explicado ao analisarmos o sistema reprodutor feminino. Nas fêmeas não foi encontrado em nenhum momento plug espermático. O receptáculo seminal mantém o mesmo volume independente do estágio ovariano e são encontrados somente espermatozoides livres no lúmen. Os espermatozoides são encontrados imersos em secreção rica em polissacarídeos ácidos, encontrados somente após a cópula. A cópula de C. hellerii ocorre em estágio intermuda e as fêmeas são capazes de copular com mais de um macho antes da ovulação. Deste modo o sistema reprodutor de C. hellerii é diferente do padrão mais comum registrado em Portunidae e mais similar à subfamília Thalamitinae. As características reprodutivas comportamentais e morfológicas refletem na variabilidade genética da prole, no qual há a confirmação de poliandria em C. hellerii. Essas características vêm a aumentar a variabilidade genética da prole, o que é mais uma característica dentre as já conhecidas para a espécie que conferem uma maior vantagem adaptativa e favorece a colonização de novas áreas. Invasive species are a common occurrence in the world and they cause several impacts to the local fauna. With the increasing naval traffic (consequently also increasing the use of ballast water), the potential of spread of aquatic invasive species rise, as the swimming crab Charybdis hellerii an example of this process around the world. Several studies were conducted increasing the knowledge of characteristics that favors the invasor of this crab, such as long larval period, omnivorous diet, rapid growth and sperm storage. Despite these studies, little is known abou the reproductive system of this species, as well if it has the most common pattern described to Portunidae. In the native species of the genus Callinectes the hepatosomatic and gonadosomatic índices had little variation. The vas deferens has typical secretory cells. The anterior region (AVD) is responsible to compact and form the spermatophores. The median region (MVD) is where the most of the spermatophores is stored. In the posterior region (PVD) there is no spermatophores, only glycoproteic secretion. The large quantity of outpockets in the MVD and PVD aid in the production of the seminal fluid. Thus, in Callinectes the species follows the expected patern of sperm plug producer. In the case of C. hellerii the gonadosomatic and hepatosomatic índices were Always low and there was barely any variation among size class or between seasons. The spermatophores are also formed in the AVD; however most of the spermatophores are stored in the distal portion of the AVD. The spermatophores have no wall, only a mucous pellicle that suffers dehiscence in seawater, after going through the gonopod. All the cells of the vas deferens are secretory; however the secretion composition is more similar to species that does not form sperm plug. This exclusive pattern in Portunidae could be explained as we analyse the female reproductive system. The sperm plug was not found in the females. The seminal receptacle has the same volume regardless of the ovarian stage and only free spermatozoa are found inside the lumen. The spermatozoa are found immersed in secretion rich in acid polysaccharides, which are only found after the copula. The mating in C. hellerii occurs in intermolt stage and the females are capable to mate with more than one male before ovulation. Thus, the reproductive system of C. hellerii is different from the most common pattern described for Portunidae and more similar to the subfamily Thalamitinae. The reproductive behavior and morphological characteristics reflects in the genetic of the offspring, which confirms the polyandry in C. hellerii. These characteristics increases the genetic variability which is another characteristic among others already described to the species that provides more adaptative advantage and favors the colonization of new áreas. CAPES: 001. FAPESP: 05/04707-5.