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611 results on '"Génard, Michel"'

101. Rapport scientifique intermédiaire. Projet Ecoverger

Author

Grechi, Isabelle, Michels, Thierry, Normand, Frédéric, Parrot, Laurent, Ratnadass, Alain, Bevacqua, Daniele, Génard, Michel, Lescourret, Françoise, Memmah, M. Mahmoud, Plénet, Daniel, and Vercambre, Gilles

Published
2017

102. Une démarche pour analyser les services écosystémiques multiples en verger de pommiers

Author

Plénet, Daniel, Demestihas, Constance, Génard, Michel, Grasselly, Dominique, Ricard, Jean-Michel, Raynal, Christiane, Lescourret, Françoise, Plénet, Daniel, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), CTIFL, and IFPC

Subjects
cycles biogéochimiques, [SDV] Life Sciences [q-bio], pratiques agricoles, sol, vergers de pommiers, systèmes de culture, climat, [SDV]Life Sciences [q-bio], STICS, contrôle des bioagresseurs, services écosystémiques, modélisation, IPSIM
Abstract

National audience; Le concept des services écosystémiques permet d’enrichir l’analyse des agroécosystèmes en intégrant leurs externalités positives. Mais comment analyser ces services au sein d’un verger de pommier ? Quels sont les liens de conflits et de synergies entre services écosystémiques multiples ? Une thèse (Demestihas C., 2017) réalisée dans le cadre d’une bourse CIFRE Ctifl – INRA vise à répondre à ces questions avec une démarche novatrice combinant mesures expérimentales, modélisation et analyse statistique.Cinq services ont été sélectionnés suite à une analyse bibliographique des services écosystémiques en vergers (Demestihas et al, 2017) : production de fruits, disponibilité de l’azote dans le sol, régulation du climat reposant sur la prévention de la dénitrification de l’azote et sur la séquestration du carbone, maintenance et régulation du cycle de l’eau y compris de sa qualité, et régulation des bioagresseurs. Les nuisances environnementales dues aux produits phytosanitaires ont aussi été considérées. Les services et fonctions écosystémiques ont été décrits par un ou plusieurs indicateurs et quantifiés à l’aide de modèles dans les cas suivants : (i) neuf systèmes de culture réels sur deux dispositifs expérimentaux « systèmes de culture » en pommiers dans le sud-est de la France et (ii) 150 systèmes de culture fictifs conçus à partir de la combinaison de cinq leviers de pratiques et de leurs modalités, dans des conditions pédoclimatiques identiques. Les deux modèles utilisés ont été STICS, un modèle générique de simulation du fonctionnement du sol et des cultures sous l’influence des pratiques, qui a nécessité une paramétrisation et une évaluation sur pommier à partir de mesures expérimentales, et IPSIM, une plateforme de modélisation simulant les effets des pratiques et des conditions du milieu sur les dégâts aux cultures causés par les bioagresseurs. IPSIM a été paramétré sur pommier, sur la base d’une importante étude bibliographique et à dires d’experts. Les simulations des modèles ont fait l’objet d’analyses statistiques pour analyser les liens entre services et fonctions écosystémiques, et l’impact des conditions pédoclimatiques et des pratiques agricoles.L’analyse des neufs systèmes de culture réels a permis de quantifier l’impact de pratiques agricoles sur certains services et l’influence importante des caractéristiques pédoclimatiques de chaque site. Ceci conforte la nécessité d’une prise en compte explicite de l’interdépendance « pratiques x conditions du milieu » pour analyser les services. L’analyse des résultats des systèmes de culture fictifs a permis de préciser l’impact sur les fonctions et services écosystémiques de la fertilisation, de l’irrigation et des pratiques de protection contre le carpocapse, la tavelure et le puceron cendré. Une analyse exploratoire a permis d’identifier les systèmes aboutissant aux compromis les plus favorables entre services au sein des systèmes virtuels de pommiers.Cette démarche centrée sur la cascade « pratiques culturales – fonctions écosystémiques – services écosystémiques », combinant observation, simulation à partir de modèles, et analyse statistique, devrait contribuer à l’optimisation des systèmes de culture en vergers sous l’angle des services écosystémiques. Pour la mettre en oeuvre, il sera cependant nécessaire de créer une nouvelle génération de modèles capables de mieux intégrer des services multiples et les effets d’une gamme élargie de pratiques, notamment la biodiversité planifiée et la biodiversité associée.

Published
2017

103. Modeling the growth and quality of grape berry in changing environments

Author

Dai, Zhanwu, Zhu, Junqi, Génard, Michel, Vivin, Philippe, Gomes, Eric, Delrot, Serge, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), International Society for Horticultural Science (ISHS). INT., Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

104. Multicellular modelling of plant tissues as hydraulic systems

Author

Cheddadi, Ibrahim, Boudon, C., Baldazzi, Valentina, Bertin, Nadia, Génard, Michel, Godin, Christophe, Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)

Subjects
croissance des plantes, simulation numérique, morphogénèse cellulaire, modélisation des plantes, résistance mécanique, hydraulic systems, numerical simulation, cell wall, système hydraulique, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, strength of materials, modèle cellulaire, paroi cellulaire
Abstract

At the cellular level, plant growth results from the competition between the so-called turgor pressure and mechanical resistance from the cell walls. The turgor pressure itself results from a difference of osmotic pressure between the interior and the exterior of the cell: the plasmic membrane is semi-permeable, so that a higher solute (sugars, ions) concentration inside the cell leads to a water flux towards the cell and to a pressure rise; if the pressure exceeds a given threshold, the cell walls extend and the cell grows. Recently, different models of plant growth have attempted to incorporate mechanics of cell walls in tissue development [Boudon et al. 2015], but all of them make the assumption that turgor pressure is constant with time. In this work, we go one step further and include a model of the regulation of turgor pressure in a multicellular framework.The cell wall material is modeled as a continuous visco-elasto-plastic material characterized by an elastic modulus, a yield deformation, and a rate of synthesis of matter as in [Boudon et al. 2015]. Flows between cells occur through their membranes according to non-equilibrium thermodynamics, as a result from a difference in turgor and osmotic pressures. The value of pressure is not prescribed but emerges from the coupling of all these phenomena.Numerical simulations exhibit a highly non linear behaviour with respect to the governing parameters. We have identified two clearly distinct growth regimes: one regime that allows large growth heterogeneities by amplifying the effect of differences between cells, and conversely another regime that smoothes differences out and yields a homogeneous growth. On the biological level, the first regime is well adapted to morphogenesis, whereas the second one is well adapted to homothetic growth after the differentiated tissues have been created.

Published
2016

105. Coupling mechanical and hydraulic processes in multicellular models of plant development

Author

Cheddadi, Ibrahim, Génard, Michel, Bertin, Nadia, Godin, Christophe, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)

Subjects
Vegetal Biology, processus génétique, gestion hydraulique, croissance des plantes, cell wall, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, flux d'eau, paroi cellulaire, Biologie végétale
Abstract

The study of plant growth has recently been revisited with the new possibility to investigate the dynamics of growth at tissue level. Experimental set-ups have now dramatically progressed and make it possible to measure growth variable (geometry, rigidity of cell walls, pressures, …). This opens the way to study how tissues acquire their shapes through genetic and mechanical processes. Up to now, models of shape development have mainly focussed on cell wall properties at cellular level (rigidity and anisotropy). However, growth is primarily powered by water fluxes and cell turgor. In this work, we propose a new multicellular model to study the interaction between the hydraulic and mechanical processes involved in tissue development. In this model, turgor pressure appears as a flexible variable that can mediate between various growth constraints.

Published
2016

109. Process-based models of fleshy fruit quality

Author

Bertin, Nadia, Bussieres, Philippe, Génard, Michel, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
modelling, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, quality, sugar, acid, fruit size
Abstract

Fruit quality at harvest is a complex trait, including size, overall flavour (taste and texture) and visual attractiveness (colour, shape), which depend on both genotype and environment. The improvement of fresh product quality is slowed down by this complexity. It is expected that the development of process-based models and their integration in ecophysiological models should facilitate quality management, provided that integration properly accounts for interactions among biological processes. Here we describe some process-based models developed on peach and tomato fruits, which predict final fruit size and composition in primary compounds. Perspectives of integration of such models are discussed.

Published
2015

110. Multiple ecosystem services analysis in apple orchard

Author

Demestihas, Constance, Plénet, Daniel, Génard, Michel, Grasselly, Dominique, Ricard, Jean-Michel, Lescourret, Francoise, Simon, Sylvaine, Charreyron, Marie, Garcia De Cortazar Atauri, Inaki, Launay, Marie, Beaudoin, Nicolas, ROBIN, Marie-Hélène, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Agroclim (AGROCLIM), Agroressources et Impacts environnementaux (AgroImpact), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, verger de pommes, agroécosystème, Sciences agricoles, conduite du verger, production fruitière, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Agricultural sciences
Abstract

National audience

Published
2015

111. Toward a mechanical model of 3D fruit development

Author

Cheddadi, Ibrahim, Godin, Christophe, Boudon, Frédéric, Baldazzi, Valentina, Génard, Michel, Bertin, Nadia, Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Godin, Christophe, Virtual Plants, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, U10 - Méthodes mathématiques et statistiques, food and beverages, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, F50 - Anatomie et morphologie des plantes, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, F62 - Physiologie végétale : croissance et développement
Abstract

International audience; Understanding the controlling factors of fruit quality development is challenging, because fruit quality results from the interplay between physical and physiological processes that are under the control of genes and the environment. Although process-based models have been used to make significant progress in understanding these factors, they ignored to a large extent the shape and internal structure of the fruit, as well as mechanical interactions that are essential to properly model growth. To help characterizing effects of fruit shape and internal structure on quality, the creation of a 3D virtual fruit model that integrates fruit structure and function with growth governed by environmental inputs is investigated : we combine on the one hand a modeling pipeline that creates a 3D volumetric mesh of the internal fruit structure, including vasculature, and couples it with water and carbon transport; and on the other hand, a mechanical description where growth is related to the extension of the cell walls, which is triggered when the so-called turgor pressure inside the cells exceeds a given threshold. This approach is applied to study tomato fruit, in particular the influence of the mechanical properties of the cuticle on the global growth and the shape of the fruit.

Published
2015

112. Modelling fruit yield and quality on the Mango tree: Recent progresses and future steps

Author

Grechi, Isabelle, Boudon, Frédéric, Léchaudel, Mathieu, Nordey, Thibault, Génard, Michel, Normand, Frédéric, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Qualisud - Pôle de La Réunion (Qualisud Réunion), Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR Qualisud), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et Tropicales (1334)., Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (Cirad-Persyst-UPR 103 HORTSYS), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Avignon Université (AU)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
F01 - Culture des plantes, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering
Abstract

International audience; Modelling is a powerful and convenient tool for synthesizing knowledge about a complex system, exploring system functioning or simulate its evolution under different weather or technical scenarios. However, such models are few on perennial fruit crops and concern mainly well-studied temperate species but not tropical species. Our aim is to develop a crop model for mango that synthesizes the knowledge acquired on the processes involved in fruit yield and quality development, and biotic and abiotic factors that affect them. The ongoing modelling approach, developed for the cultivar Cogshall in Réunion Island, is presented. The crop model combines complementary phenological, architectural and ecophysiological viewpoints and relies on two sub-models. A structural sub-model accounts for architectural development and phenology of the mango tree, based on endogenous factors and temperature-controlled laws. It predicts the 3D vegetative and reproductive structure dynamics of the tree over successive growing cycles. The structural sub-model is described in Boudon et al. (presented in this symposium). A functional sub-model accounts for carbon- and water- related physiological processes occurring at the branch level and considers weather and source–sink factors, as affected by cultural practices. It predicts fruit growth and quality development. Currently, it is completed with fruit maturation processes and fruit sensitivity to fruit fly infestation; and the model extension at the tree scale is taken into consideration for C exchanges. Further challenging steps are: (i) to link the sub-models and validate the crop model; (ii) to further incorporate the effects of cultural practices (pruning, irrigation, and fruit thinning) on the temporal and quantitative components of tree development; and (iii) to link the crop model to pest models, particularly fruit fly and mango blossom gall midge. From an applied point of view, the global model will allow simulation-based design of management solutions for a sustainable mango production. (Résumé d'auteur)

Published
2015

113. Utilisation de STICS pour l'analyse de services écosystémiques multiples en verger de pommiers

Author

Demestihas, Constance, Plénet, Daniel, Garcia De Cortazar Atauri, Inaki, Launay, Marie, Ripoche, Dominique, Beaudoin, Nicolas, Lescourret, Francoise, Génard, Michel, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroclim (AGROCLIM), and Agroressources et Impacts environnementaux (AgroImpact)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, mesure expérimentale, verger de pommes, services écosystémiques, modèle STICS, Sciences agricoles, production fruitière, service écosystémique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Agricultural sciences, cycle biogéochimique
Abstract

National audience

Published
2015

114. Experimental and modelling approaches to understand interactions among cell division, cell expansion and endoreduplication in the control of tomato fruit growthang

Author

Bertin, Nadia, Baldazzi, Valentina, Génard, Michel, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract

absent

Published
2015

115. How many insects can a great tit population prey on in apple organic orchards? A modelling bioenergetics study

Author

Génard, Michel, Bouvier, Jean-Charles, Delattre, Thomas, Lavigne, Claire, Lescourret, Francoise, Toubon, Jean-Francois, Boivin, Thomas, Génard, Michel, Bouvier, Jean-Charles, Delattre, Thomas, Lavigne, Claire, Lescourret, Francoise, Toubon, Jean-Francois, and Boivin, Thomas

Abstract

Orchards represent relevant study systems for investigating the functional role of insectivorous birds as regulators of pest insect populations. In this context, we used a bioenergetics model (Wiens and Innis, 1974) to estimate the seasonal variation in daily insect consumption by natural populations of the great tit (Parus major) in organic apple orchards. This model allowed us to estimate the changes in both adult densities and energy requirements in a P. major population, using field-measured parameters such as the brood size, and the length of incubation. The calculation of insect consumption rate by birds was based on both the existing literature on great tit diets and the simulated energy requirement of a great tit population. The effect of a temperature increase on energy requirement has been quantified. This study opens the way to consider the functional role of birds in agricultural landscapes and how this role may translate to ecosystem services.

Published
2017

116. Toward a mechanical model of 3D fruit development

Author

Godin, Christophe, Boudon, Frédéric, Baldazzi, Valentina, Génard, Michel, Bertin, Nadia, and Cheddadi, Ibrahim

Subjects
solanum lycopersicum, modèle 3d, développement du fruit, Sciences agricoles, modèle de croissance, qualité du fruit, Agricultural sciences, modélisation
Published
2015

117. Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to studyenvironment effect on metabolism

Author

Roch, Léa, Bernillon, Stéphane, Maucourt, Mickael, Deborde, Catherine, Benard, Camille, Biais, Benoit, Ballias, Patricia, Beauvoit, Bertrand, Colombie, Sophie, Prodhomme, Duyên, Cabasson, Cecile, Zhendre, Vanessa, Andrieu, Marie-Hélène, Dieuaide Noubhani, Martine, Jacob, Daniel, Chen, Zhenhui, Vercambre, Gilles, Gautier, Helene, Rolin, Dominique, Génard, Michel, Gibon, Yves, Moing, Annick, ProdInra, Archive Ouverte, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1

Subjects
physiologie végétale, tomate, solanum lycopersicum, fleshy fruit, développement du fruit, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, fruit charnu, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, rmn métabolique, tomato, métabolisme, profil métabolique
Abstract

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to studyenvironment effect on metabolism. 12. Solanaceae Conference SOL 2015

Published
2015

118. High or low fructose? Consequences for sugar metabolism in peach fruit

Author

Gibon, Yves, Baldazzi, Valentina, Signoret, Veronique, Génard, Michel, Quilot-Turion, Bénédicte, and Desnoues, Elsa

Subjects
base de données, teneur en acide organique, teneur en fructose, activité enzymatique, comparaison de génotypes, sucrose, pêche fruit, teneur en sucre soluble, Agricultural sciences, fructose, modèle cinétique, métabolisme de la plante, croissance du fruit, métabolite, composé carbone, métabolisme du sucre, hexose, glucose, profilage, Sciences agricoles, prunus persica
Published
2015

119. Heuristic value of a ‘Virtual fruit’ model of peach fruit quality and sensitivity to brown rot

Author

Génard, Michel, Quilot-Turion, Bénédicte, Ahmed Ould Sidi, Mohamed, Kadrani, Abdeslam, Hilgert, Nadine, Lescourret, Francoise, and ProdInra, Migration

Subjects
disease, breeding, Prunus persicae, food and beverages, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, system, sweetness, simulation, optimization
Abstract

This work aimed at investigating the heuristic potential of a process-based model of peach fruit expressing seasonal changes in several quality attributes of fruit (e.g., size, percentages of flesh, water, sugar and acid contents) and fruit sensitivity to brown rot (skin density of cracks). Firstly, we showed that this “Virtual Fruit” could be used to analyze the impact of a single mutation which decreased the fruit’s requirement for carbon on peach fruit behavior. The mutation triggered large effects on several variables of the fruit development model (growth, respiration and metabolism) and delayed the fruit developmental rate. Such a virtual approach could lead to new ways of exploring the impact of mutations, or naturally occurring genetic variations, in silico, under different environmental conditions. Secondly, we illustrated how the “Virtual Fruit” could be possibly used to design peach ideotypes with high fruit mass and sweetness and low skin density of cracks. Since these traits are antagonists, we treated this design as a multi-objective optimization problem. An evolutionary algorithm was applied to solve this multi-objective optimization problem based on the “Virtual Fruit”. The optimized variables were six genetic parameters of the “Virtual Fruit”. This optimization procedure provided a large diversity of solutions (ideotypes). Ideotypes with low fruit mass had a high sweetness and low skin density of cracks. In a current breeding scheme, fruit mass would be the only criterion, but alternative schemes could be considered for the future, favoring organoleptic quality or environment friendly practices, or more generally, aiming at finding acceptable trade-offs between several criteria. In this case, modelling and model-based optimization would be helpful.

Published
2015

120. A procedure to analyze multiple Ecosystem Services in apple orchards

Author

Demestihas, Constance, Plénet, Daniel, Génard, Michel, Grasselly, Dominique, Ricard, Jean-Michel, Lescourret, Francoise, Simon, Sylvaine, Charreyron, Marie, Garcia De Cortazar Atauri, Inaki, Launay, Marie, Beaudoin, Nicolas, ROBIN, Marie-Hélène, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Agroclim (AGROCLIM), Agroressources et Impacts environnementaux (AgroImpact), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, verger de pommes, agroécosystème, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Sciences agricoles, conduite du verger, production fruitière, Agricultural sciences
Abstract

National audience

Published
2015

122. Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Author

ROCH, Léa, Bernillon, Stéphane, Maucourt, Mickael, Deborde, Catherine, Bénard, Camille, Biais, Benoit, Ballias, Patricia, Beauvoit, Bertrand, Colombie, Sophie, Prodhomme, Duyên, Cabasson, Cécile, Zhendre, Vanessa, Jacob, Daniel, Chen, Zhenhui, Vercambre, Gilles, Gautier, Hélène, Rolin, Dominique, Génard, Michel, Gibon, Yves, Moing, Annick, ProdInra, Migration, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

123. Modeling anthocyanin composition over grape berry development: another way of phenotyping

Author

Dai, Zhanwu, Guan, Le, Bobeica, Natalia, Hilbert, Ghislaine, Batista, M., Poni, Stefano, Gomes, Eric, Génard, Michel, Wu, B.H., Zhong, Liang, Li, Shuxian, Delrot, Serge, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Victor Segalen - Bordeaux 2-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Universidad de las Palmas de Gran Canaria (ULPGC), Università cattolica del Sacro Cuore [Roma] (Unicatt), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Chinese Academy of Sciences (CAS), International Society for Horticultural Science (ISHS). INT., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

124. Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Author

Maucourt, Mickael, Bénard, Camille, Biais, Benoit, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Beauvoit, Bertrand, Colombie, Sophie, Prodhomme, Duyên, Menard, Guillaume, Cabasson, Cécile, Zhendre, Vanessa, Bernillon, Stéphane, Jacob, Daniel, Gautier, Hélène, Rolin, Dominique, Génard, Michel, Gibon, Yves, Moing, Annick, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, Solanum lycopersicum, fruit metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, 1H-NMR, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, metabolomics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

125. Integrating physiology and architecture in models of fruit expansion

Author

Cieslak, Mikolaj, Cheddadi, Ibrahim, Boudon, Frédéric, Baldazzi, Valentina, Génard, Michel, Godin, Christophe, Bertin, Nadia, Cieslak, Mikolaj, Cheddadi, Ibrahim, Boudon, Frédéric, Baldazzi, Valentina, Génard, Michel, Godin, Christophe, and Bertin, Nadia

Abstract

Architectural properties of a fruit, such as its shape, vascular patterns, and skin morphology, play a significant role in determining the distributions of water, carbohydrates, and nutrients inside the fruit. Understanding the impact of these properties on fruit quality is difficult because they develop over time and are highly dependent on both genetic and environmental controls. We present a 3D functional-structural fruit model that can be used to investigate effects of the principle architectural properties on fruit quality. We use a three step modeling pipeline in the OpenAlea platform: (1) creating a 3D volumetric mesh representation of the internal and external fruit structure, (2) generating a complex network of vasculature that is embedded within this mesh, and (3) integrating aspects of the fruit's function, such as water and dry matter transport, with the fruit's structure. We restrict our approach to the phase where fruit growth is mostly due to cell expansion and the fruit has already differentiated into different tissue types. We show how fruit shape affects vascular patterns and, as a consequence, the distribution of sugar/water in tomato fruit. Furthermore, we show that strong interaction between tomato fruit shape and vessel density induces, independently of size, an important and contrasted gradient of water supply from the pedicel to the blossom end of the fruit. We also demonstrate how skin morphology related to microcracking distribution affects the distribution of water and sugars inside nectarine fruit. Our results show that such a generic model permits detailed studies of various, unexplored architectural features affecting fruit quality development.

Published
2016

127. Model-Assisted Estimation of the Genetic Variability in Physiological Parameters Related to Tomato Fruit Growth under Contrasted Water Conditions

Author

Constantinescu, Dario, primary, Memmah, Mohamed-Mahmoud, additional, Vercambre, Gilles, additional, Génard, Michel, additional, Baldazzi, Valentina, additional, Causse, Mathilde, additional, Albert, Elise, additional, Brunel, Béatrice, additional, Valsesia, Pierre, additional, and Bertin, Nadia, additional

Published
2016
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131. Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Author

Camille Bénard, Stéphane Bernillon, Benoit Biais, Sonia Osorio-Algar, Maucourt, Mickael M., Patricia Ballias, Deborde, Catherine C., Colombie, Sophie S., Cécile Cabasson, Daniel Jacob, Gilles Vercambre, Hélène Gautier, Rolin, Dominique D., Génard, Michel M., Alisdair Fernie, Gibon, Yves Y., Annick Moing, ProdInra, Migration, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
Solanum lycopersicum, fruit metabolism, 1H-NMR, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, MS, metabolomics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

132. Ecophysiological process-based model to simulate carbon fluxes in plants

Author

Vercambre, Gilles, Baldazzi, Valentina, Bertin, Nadia, Gautier, Helene, Génard, Michel, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Martine Dieuaide-Noubhani, and Ana Paula Alonso

Subjects
0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0303 health sciences, model selection, photosynthesis, Ecology, Process (engineering), Scale (chemistry), phloem transport, chemistry.chemical_element, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, chemistry, sensitivity analysis, carbon allocation, unloading, sugar metabolism, Environmental science, Biochemical engineering, parameter estimation, Carbon, respiration, 030304 developmental biology, 010606 plant biology & botany, Carbon flux
Abstract

Carbon fluxes in plants have been subject to many modeling studies. The conceptual framework of models of carbon acquisition, allocation, and metabolism in plants are first introduced, together with methods to calibrate and evaluate the validity of the resulting models. The possibility to combine different models within an integrated plant-organ system is illustrated. In the last part of the chapter, methods used to measure the carbon flows at the plant scale are discussed.

Published
2014
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133. An ecological multi-Level theory of competition for resources used to analyse density-dependence effects in fruit production

Author

Génard, Michel, Lescourret, Francoise, Dai, Zhanwu, Prudent, Marion, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Victor Segalen - Bordeaux 2-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and International Society for Horticultural Science (ISHS). INT.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, mass, population, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, food and beverages, modeling, fruit, cell, competition, multi-level
Abstract

International audience; Lescourret and Génard (2003) developed a multi-level theory of competition for resources applied to fruit production, considering that any collection of unit parts (cells or seeds in a fruit, fruits in an infructescence or in a tree,...) can form a population and the population is subject to competition, whatever the level of organization. The principles of the theory are that the mass of each unit decreases when the number of units in the population increases and that the total mass of the population increases as the number of units increases until it reaches a maximum, after which it decreases. A three-parameter model based on that theory was used to analyze the level of density-dependence, i.e. the effect of the population size on its mass. Comparing the number of cells and the mean cell volume in mesocarp of fruits from peach genotypes showed a strong and undercompensating density-dependence that revealed competition between cells. Similarly, when comparing populations for different fruit species, similar results or exact compensation were observed for several levels (fruit, infructescence, tree…). Because undercompensating or exact density-dependence were found in most of the cases, a simpler two parameter model was proposed by Prudent et al. (2013). This two parameter model was used to analyse the genetic control of competition between seeds in multi-seeded fruits

Published
2014

134. Model-assisted comparative analysis of sugar accumulation in fleshy fruits: grape, tomato, and peach

Author

Dai, Zhanwu, WU, Huan, Baldazzi, Valentina, Van Leeuwen, Cornelis, Bertin, Nadia, Gautier, Hélène, Wu, Benhong, GOMES, Eric, Génard, Michel, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Victor Segalen - Bordeaux 2-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Chinese Academy of Sciences (CAS)

Subjects
tomate, vitis vinifera, sucre, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pêche fruit, qualité du fruit, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, baie de raisin
Abstract

International audience

Published
2013

135. Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Author

BENARD, Camille, Bernillon, Stéphane, Osorio-Algar, Sonia, Maucourt, Mickael, Biais, Benoit, Labadie Lemiere, Emilie, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Jacob, Daniel, Génard, Michel, Fernie, Alisdair, Rolin, Dominique, Gautier, Hélène, Gibon, Yves, Moing, Annick, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, and ProdInra, Migration

Subjects
leaf, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, MS, fruit, tomato, light, metabolism, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, NMR, metabolomic
Abstract

National audience

Published
2013

136. Integrating architecture and physiological perspectives in fruit development

Author

Cieslak, Mikolaj, Génard, Michel, Boudon, Frédéric, Baldazzi, Valentina, Godin, Christophe, Bertin, Nadia, Department of Computer Science [Calgary] (CPSC), University of Calgary, Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Agropolis Fondation, Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, skin microcracking, caractérisation physiologique, nectarine, F62 - Physiologie végétale - Croissance et développement, fruit vasculature, F50 - Anatomie et morphologie des plantes, qualité du fruit, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, composition biochimique du fruit, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, modélisation, Prunus persica, Fruit quality, Vegetal Biology, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, modèle 3d, tissu vasculaire, food and beverages, water and carbon transport, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, modèle informatique, Agricultural sciences, métabolisme du carbone, transport d'eau, Biologie végétale, Sciences agricoles, fruit quality, architecture de la plante
Abstract

ISBN 978-951-651-408-9265170; International audience; Architectural properties of a fruit, such as its shape, vascular patterns, and skin morphology, play a significant role in determining the distributions of water, carbohydrates, and nutrients inside the fruit. Understanding the impact of these properties on fruit quality is difficult, because they develop over time and are highly dependent on both genetic and environmental controls. We developed a 3D fruit model that can be used to investigate effects of the principle architectural properties on fruit quality.

Published
2013

138. Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Author

BENARD, Camille, Bernillon, Stéphane, Osorio-Algar, Sonia, Maucourt, Mickael, Biais, Benoit, Labadie Lemiere, Emilie, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Jacob, Daniel, Génard, Michel, Fernie, Alisdair, Rolin, Dominique, Gautier, Hélène, Gibon, Yves, Moing, Annick, ProdInra, Migration, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), and Max-Planck-Gesellschaft

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

139. Assessment of the water stress effects on peach fruit quality and size using a fruit tree model, QualiTree (vol 128C, pg 1, 2013)

Author

Miras-Avalos, Jose M., Alcobendas, Rosalía, Jose Alarcon, Juan, VALSESIA, Pierre, Génard, Michel, Nicolás, Emilio, Universidad de A Coruña, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013
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140. Assessment of the water stress effects on peach fruit quality and size using a fruit tree model, QualiTree

Author

Alcobendas, Rosalía, Alarcón, Juan José, Valsesia, Pierre, Génard, Michel, Nicolás, Emilio, and Miras Avalos, José Manuel

Subjects
Calcul, qualité de fruit, production agricole, food and beverages, sucre réducteur, irrigation, Agricultural sciences, Prunus persica L. Batsch, Fruit quality, Reducing sugars, Modelling, Regulated deficit irrigation, Crop production, verger de pêchers, arbre fruitier à noyau, croissance du fruit, Computation, développement du fruit, pêche, gestion de l'eau, stress hydrique, Milieux et Changements globaux, Sciences agricoles, modélisation, arbre fruitier, prunus persica
Abstract

Low water availability has increased the use of regulated deficit irrigation strategies in fruit orchards.However, these water restrictions may have implications on fruit growth and quality. The current paperassesses the suitability of an existing fruit tree model (QualiTree) for describing the effects of water stresson peach fruit growth and quality. The model was parameterised and calibrated for a mid-late maturingpeach cultivar (‘Catherine’). Mean and variability over time of fruit and vegetative growth were consistentwith observed data on trees submitted to full irrigation or to regulated deficit irrigation. The relative rootmean square errors of the model for growth ranged between 0.09 and 0.31.Sugar contents in fruit flesh were fairly well simulated, except for sucrose, which was overestimated.The relative root mean square errors of the model ranged from 0.01 to 0.40 for fructose; from 0.04 to0.05 for glucose; from 0.21 to 0.41 for sucrose and from 0.09 to 0.28 for sorbitol. Water stress reducedleafy shoot growth up to 23% and fruit final size up to 49% when compared to the well-watered control.However, sugar contents in the flesh increased with water stress, up to 70% in the case of glucose. Sim-ulations showed that a severe water stress during stage III of fruit development decreased fruit sizes by22%, when compared to the control, whereas it enhanced sugar accumulation in the fruit flesh, up to 70%in the case of glucose and fructose. Therefore, these simulations showed that QualiTree might be usefulin the design of innovative horticultural practices.

Published
2013

141. Compositional changes in fruit pericarp of water-stressed tomato in greenhouse

Author

Moing, Annick, Biais, Benoit, Maucourt, Mickael, BENARD, Camille, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Colombie, Sophie, Labadie Lemiere, Emilie, Rolin, Dominique, Gautier, Hélène, Vercambre, Gilles, Génard, Michel, Gibon, Yves, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

142. Metabolomics data integration in tomato plant-fruit systems biology

Author

Bénard, Camille, Rolin, Dominique, Bernillon, Stéphane, Maucourt, Mickael, Biais, Benoit, Osorio-Algar, Sonia, Labadie Lemiere, Emilie, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Moing, Annick, Génard, Michel, Fernie, A., Fell, D., Poolman, M., Gautier, Hélène, Gibon, Yves, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

143. Effect of water deficit and variations of fruit microclimate on peach fruit growth and quality

Author

Safaa Najla, Gilles Vercambre, Génard, Michel M., ProdInra, Migration, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and University of Damascus

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, stress, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, quality, food and beverages, microclimate, peach
Abstract

International audience; This study was carried out to determine the response of peach tree (Prunus persica L. Batsch cv ‘Alexandra’) to water stress and variations of fruit microclimate during the final stage of rapid fruit growth. Two irrigation treatments (standard and deficit irrigations) were applied. Fruit microclimatic conditions were modified by enclosing the fruits in plastic films covered with two types of foil (osmolux and P+). Fruit and stem potentials showed significant differences between treatments. In the deficit irrigation treatment, tree water potential decreased (-22 bars compared to -15 bars in the case of the treatment with standard irrigation) while at the same time, a fluctuation of the stem diameter was observed. The combined effects of water stress and modified microclimatic conditions affected the fruit water status and, consequently, fruit growth parameters. Water stress slowed the xylem flow into the fruit (-36%) and induced a significant reduction in the fruit diameter, fruit fresh and dry masses and soluble solids content. On the other hand, bagging of the fruits with the two types of plastics did not modify fruit diameter, fruit fresh mass and soluble solids content. However, the osmolux plastic induced a significant reduction in the fruit dry mass. Water stress induced a significant decrease of fruit conductance whereas covering fruits with P+ plastic induced its increase. This increase is followed by a reduction of the transpiration rate (due to the moisture raised in the film of P+)

Published
2012

144. A model of fruit growth integrating cell division and expansion processes

Author

Bertin, Nadia, Génard, Michel, and Baldazzi, Valentina

Subjects
facteur environnement, nombre de cellules, division cellulaire, forme du fruit, modèle de croissance, facteur du milieu, tomate, maturation du fruit, expansion cellulaire, taille cellulaire, prolifération cellulaire, Vegetal Biology, flux de carbone, floraison, food and beverages, flux d'eau, Agricultural sciences, fruit development, fruit growth, water and carbon fluxes, model, tomato, poids du fruit, texture du fruit, croissance du fruit, développement du fruit, trait morphologique, organe végétal, Sciences agricoles, Biologie végétale
Abstract

The development of a new organ is the results of coordinated events of cell division and expansion. Fruit growth starts immediately after bloom with intensive cell division. As development proceeds, the proliferative activity of cells progressively slows down giving way to a phase of pure cell enlargement, during fruit growth and ripening. Modeling the way cell division and expansion progress together is crucial to understand the emergence of specific morphological traits ( fruit size, weight, shape and texture) and their dependence on environmental factors. Models already exist for cell division and late fruit growth ( cell expansion), but the coupling of the two processes have not been addressed yet in fruit. Here we propose a first integrated model of tomato fruit development, explicitly coupling cell proliferation and expansion. The model is used to predict the evolution of cell number, size and ages during fruit development, under different environmental conditions.

Published
2012

145. Diurnal compositional changes in pericarp of tomato fruit

Author

Bénard, Camille, Biais, Benoit, Bernillon, Stéphane, Maucourt, Mickael, Osorio-Algar, Sonia, Labadie Lemiere, Emilie, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Génard, Michel, Fernie, Alisdair, Rolin, Dominique, Gautier, Hélène, Moing, Annick, Gibon, Yves, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie végétale moléculaire, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, Eranet EraSysBio+ FRuit Integrative Modelling project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

International audience; This work is part of the Eranet EraSysBio+ FRuit Integrative Modelling project, aimed at characterizing and modelling the effect of environmental factors on carbon metabolism of tomato fruit during its development. Whereas diurnal changes in the biochemical composition of leaves have been described for a long time and a range of species, very few studies describe diurnal changes in fleshy fruit. We studied the diurnal compositional changes in tomato (Solanum lycopersicum L. cv Money Maker) pericarp of fruit at two stages of development (expansion phase and ripening). Greenhouse-grown tomato fruit at 30 days post-anthesis and at maturity were harvested throughout a day and night cycle. Metabolites were determined using targeted and untargeted analyses (enzymatic, GC-TOF-MS, LC-QqTOF-MS or 1H-RMN) of polar or semi-polar extracts. Multivariate analyses allowed separating harvest times and highlighting discriminant analytes. Mean comparison of each identified compound revealed that the absolute or relative concentration of several metabolites was significantly modified during the photoperiod. However, diurnal changes were much more limited in fruits than those usually found in leaves, and could be ignored when building a model for the changes of metabolic composition across fruit ripening. This work will be complemented with the study of mature leaves close to the harvested fruit cluster for plants grown under usual commercial conditions or under carbon stress.

Published
2011

146. Particle swarm optimization for designing ideotypes for sustainable production systems

Author

Kadrani, Abdeslam, Ould Sidi, Mohamed Mahmoud, Quilot-Turion, Bénédicte, Génard, Michel, Lescourret, Francoise, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], IDEOTYPES, PECHER, [SDE]Environmental Sciences, CROP MODELS, OPTIMIZATION, PEACH
Abstract

National audience; Agricultural systems have to adapt, in a changing climatic context, to face the growing social demand in terms of organoleptic, nutritional and environmental quality of food products. Thus, a crucial question for the future is how to manage fruit quality by finding the best combinations of genetic resources and cultural practices adapted to, and respectful of specific environments. This question was addressed using a particle swarm optimization and a process-based model. The obtained results show the interest of such as approach.

Published
2011

147. Contribution à la réflexion sur les idéotypes fruitiers : aspects biotechniques et socio-économiques. Atelier : rencontre Agreenium pour la reformulation du projet 'Ideofruit' (CfP 2010-GFP)

Author

Génard, Michel (ed.), Malézieux, Eric (ed.), Lauri, Pierre-Eric, Espinasse, Frédérique, and Duportal, Martine

Subjects
E50 - Sociologie rurale et sécurité sociale, Recherche, fruits, Horticulture, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Protection des plantes, F01 - Culture des plantes, Q04 - Composition des produits alimentaires, Culture fruitière, Projet de développement, Modélisation des cultures, Sociologie économique, H10 - Ravageurs des plantes, Amélioration des plantes, méthode, E14 - Economie et politique du développement, Système de culture, U30 - Méthodes de recherche, Qualité
Published
2011

148. Variation journalière de la composition métabolique de fruit de tomate en cours de maturation

Author

BENARD, Camille, Bernillon, Stéphane, Maucourt, Mickael, Biais, Benoit, Osorio-Algar, Sonia, Labadie Lemiere, Emilie, Ballias, Patricia, Deborde, Catherine, Cabasson, Cécile, Génard, Michel, Fernie, Alisdair, Rolin, Dominique, Gautier, Hélène, Gibon, Yves, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, Station de physiologie végétale, and Labo/service de l'auteur, Ville service.

Subjects
métabolisme carbone, Vegetal Biology, métabolome, fruit, variation diurne, physiologie végétale, solanum lycopersicum, métabolite, maturation du fruit, développement du fruit, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, tomate, fruit, variation journalière, métabolome, composition métabolique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Biologie végétale, métabolomique
Abstract

National audience

Published
2011

149. A process-based model of TCA cycle functioning to analyze citrate accumulation in pre-and post-harvest fruits

Author

Etienne, Audrey, Génard, Michel, Bugaud, Christophe, Etienne, Audrey, Génard, Michel, and Bugaud, Christophe

Abstract

Citrate is one of the most important organic acids in many fruits and its concentration plays a critical role in organoleptic properties. The regulation of citrate accumulation throughout fruit development, and the origins of the phenotypic variability of the citrate concentration within fruit species remain to be clarified. In the present study, we developed a process- based model of citrate accumulation based on a simplified representation of the TCA cycle to predict citrate concentration in fruit pulp during the pre- and post-harvest stages. Banana fruit was taken as a reference because it has the particularity of having post-harvest ripen- ing, during which citrate concentration undergoes substantial changes. The model was cali- brated and validated on the two stages, using data sets from three contrasting cultivars in terms of citrate accumulation, and incorporated different fruit load, potassium supply, and harvest dates. The model predicted the pre and post-harvest dynamics of citrate concentra- tion with fairly good accuracy for the three cultivars. The model suggested major differences in TCA cycle functioning among cultivars during post-harvest ripening of banana, and point- ed to a potential role for NAD-malic enzyme and mitochondrial malate carriers in the geno- typic variability of citrate concentration. The sensitivity of citrate accumulation to growth parameters and temperature differed among cultivars during post-harvest ripening. Finally, the model can be used as a conceptual basis to study citrate accumulation in fleshy fruits and may be a powerful tool to improve our understanding of fruit acidity.

Published
2015

150. The virtual fruit: towards a tool to design ideotypes for substainable production systems

Author

Quilot, Bénédicte, Ould Sidi, Mohamed Mahmoud, Kadrani, Abdeslam, Génard, Michel, Lescourret, Francoise, Hilgert, Nadine, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], GENETIC RESOURCES, CULTURAL PRATICES, champignon phytopathogène, MONILIA LAXA, simulation, STORAGE DISEASE, ressource génétique, conservation des aliments, qualité technologique, qualité organoleptique, PECHER, [SDE]Environmental Sciences, maladie de conservation, [INFO]Computer Science [cs], FRUIT QUALITY, GENETIQUE VEGETALE, [MATH]Mathematics [math], pratique culturale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, arbre fruitier, prunus persica, modélisation
Abstract

National audience

Published
2010

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