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A influenza equina (EI) é uma enfermidade respiratória viral aguda que acomete equídeos de todas as idades. A doença é causada pelo vírus da influenza equina (EIV do inglês Equine Influenza Virus), que podem ser do subtipo viral H3N8 (antigo Equi-2), mundialmente distribuído, e o H7N7 (antigo Equi-1), considerado extinto desde 1980. Os EIVs pertencem à família Orthomyxoviridae, gênero Influenza A, possuem genoma RNA fita simples segmentado de senso negativo e são envelopados. A EI tem alta morbidade e baixa mortalidade leva a grandes perdas econômicas no ramo equestre. Os animais acometidos ficam impedidos de serem transportados ou de participarem de eventos equestres no Brasil. A rápida e fácil disseminação do EIV é bastante característico em surtos de EI. Surtos de EI foram descritos em 2012 em diversos países, incluindo o Brasil. Em 2015, um surto de EIV ocorreu em um Hospital Veterinário na cidade de São Paulo-SP. Os objetivos do presente trabalho foram: a) obter isolados do vírus da influenza equina de surtos recentes do estado de São Paulo, Brasil; b) realizar o sequenciamento dos EIVs isolados; c) promover a análise filogenética e evolutiva desses EIVs. Foram isolados 12 EIVs de um surto de EI em um hospital veterinário na cidade de São Paulo em 2015. Promoveu-se o sequenciamento dos oito genes virais dos isolados de 2015 e de uma estirpe de EIV de um surto brasileiro de 2012, e da hemaglutinina de outras duas estirpes do mesmo surto de 2012. Os vírus do surto de 2012 foram cedidos pelo Laboratório de Raiva e Encefalites Virais do Instituto Biológico de São Paulo para as análises. O sequenciamento dos genes HA e NA indicaram que os EIVs de 2012 e 2015 brasileiros são do subtipo H3N8 e pertencem à sublinhagem Flórida 1 e tiveram maiores identidades com os vírus de 2012 da América do Sul, Estados Unidos e Dubai de 2012. Os vírus de 2015 formaram um clado separado dos demais EIV Flórida 1, tanto na análise filogenética quanto na análise de relógio molecular. As análises de mutações de nucleotídeos e aminoácidos, associados à análise de perfil de hidrofobicidade sugerem mudanças em estruturas antigênicas que poderiam acarretar no maior distanciamento em relação à estirpe vacinal A/equine/South Africa/4/03. The equine influenza (EI) is a viral acute respiratory disease that can affect equines of any age. The disease is caused by the equine influenza virus (EIV) and has two different subtypes H3N8 (formerly Equi-2) that occurs worldwide and H7N7 (formerly Equi-1), considered extinct since 1980. EIVs belong to the Orthomyxoviridae family, Influenza A genus, are enveloped and has negative segmented single strand RNA genome. EI causes high morbidity and low mortality and drives to high economic losses in equestrian industry. In Brazil, the transport and participation in equestrian events are not allowed when horses have EIV. The quickly spread pattern is easily seen in EIV outbreaks. EI outbreaks occurred in 2012 in several countries, including Brazil. In 2015, an outbreak occurred in a Veterinarian Hospital in São Paulo-SP. The objectives of the present study were: a) to obtain isolates of equine influenza virus from recent outbreaks in the State of São Paulo, Brazil; b) to promote the sequencing of these EIVs; c) to perform the phylogenetic and evolutive analysis of these EIVs. Twelve EIVs were isolated from an outbreak in a veterinarian hospital in the State of São Paulo in 2015. The eight viral genes were sequenced from EIVs of 2015 and from one EIV of a Brazilian outbreak, 2012. Also, the HA gene from two other EIVs from the same 2012-outbreak were sequenced. The viruses from the 2012-outbreak were from the Laboratory of Rabies and Viral Encephalitis, Instituto Biológico de São Paulo. Sequencing on HA and NA genes indicates that the Brazilian 2012 and 2015 EIVs are H3N8 subtype, belong to the Florida 1 sublineage and were more identical to the 2012 EIVs from South America, United States and Dubai. In the phylogenetic tree and the molecular clock the EIVs from 2015 grouped in a cluster that was separeted from other Florida 1 EIVs. The nucleotide, amino acid and hydrophobicity analysis suggest changes in antigenic structures that could lead to differences from the vaccine strain A/equine/South Africa/4/03.

A influenza aviária é uma enfermidade viral causada por vírus influenza A que acomete várias espécies de aves. No Brasil, a influenza aviária é considerada uma doença exótica, uma vez que os subtipos H5 e H7 nunca foram detectados. O Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento realiza vigilância permanente para esta enfermidade nos plantéis comerciais de produção avícola e também em aves de subsistência criadas no entorno de sítios de aves migratórias com o intuito de detectar precocemente a introdução dos subtipos H5 e H7 no país. No entanto, se desconhece a situação sanitária das aves de subsistência no que se refere à infecção por outros subtipos do vírus da influenza aviária. Considerando a importância deste tipo de criação como fonte de alimentos e de rendimentos em comunidades de baixa renda e o risco que provavelmente representa para a introdução da influenza aviária no Brasil, o objetivo deste trabalho foi monitorar as criações de aves de subsistência criadas no entorno de sítios de aves migratórias no período de 2011 a 2015, a fim de verificar a circulação de todos os subtipos do vírus da influenza aviária (AIV). Foram colhidas amostras de soro e suabes de traqueia e cloaca de 2816 aves criadas em onze diferentes sítios de aves migratórias localizados em sete estados brasileiros, totalizando 391 explorações de fundo de quintal amostradas. As amostras de soro (n = 2716) foram submetidas a triagem para pesquisa de anticorpos para a proteína NP do influenza A utilizando-se um kit comercial de ELISA competitivo, com posterior subtipificação das amostras positivas pela técnica de inibição da hemaglutinação para os dezesseis subtipos do vírus influenza A. Os suabes de cloaca e traqueia foram submetidos à prova de PCR em tempo real para detecção do RNA do vírus influenza A. Não foram detectados anticorpos para os subtipos H5 e H7 do AIV, mas anticorpos para os subtipos H1, H3, H4, H6, H8, H9, H10, H12, H13 e H16 foram identificados em aves oriundas de nove dos onze sítios. O RNA do AIV foi detectado em apenas três amostras pertencentes a uma mesma propriedade e nenhum vírus hemaglutinante foi isolado a partir deste material. Os resultados obtidos permitem concluir que os vírus de influenza aviária de baixa patogenicidade circulam em aves de subsistência criadas no entorno de sítios de aves migratórias no Brasil e alertam para a importância da ampliação da vigilância ativa nesta população Avian influenza is a viral disease caused by an influenza A virus and affects various avian species. Avian influenza is considered an exotic disease in Brazil, since H5 and H7 notifiable subtypes have never been detected. The Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply carries out permanent surveillance for avian influenza in commercial poultry production flocks and also in backyard poultry raised in the vicinity of concentration areas of migratory birds with the purpose of detecting the early introduction of H5 and H7 subtypes in the country. However, the health status of backyard poultry in relation to infection by other avian influenza subtypes is unknown. Considering the importance of this kind of family production system as a source of food and revenue for low-income communities and the risk it probably represents for the introduction of avian influenza in Brazil, the aim of this work was monitoring backyard poultry raised in the vicinity of concentration areas of migratory birds from 2011 to 2015 to verify the circulation of all avian influenza virus (AIV) subtypes. Serum samples and cloacal and tracheal swabs were sampled from 2816 birds raised in eleven migratory birds concentration areas located in seven Brazilian states, totaling 391 backyard poultry flocks harvested. Serum samples (n = 2716) were screened using a commercial competitive ELISA kit to detect specific antibodies for the NP protein of the influenza A virus and afterwards the positive samples were subtyped through inhibition hemagglutination assay for the sixteen subtypes of influenza A viruses. Cloacal and tracheal swabs were tested by real-time PCR for detection of the influenza A virus RNA. No antibodies for H5 and H7 subtypes were detected, but antibodies for subtypes H1, H3, H4, H6, H8, H9, H10, H12, H13 e H16 have been identified in birds from nine out of eleven areas. The influenza A virus RNA was detected only in three samples from one flock and no hemagglutinating viruses were isolated from these specimens. Results obtained in this work suggest that low pathogenic avian influenza viruses are circulating in backyard poultry flocks raised in concentration areas of migratory birds in Brazil and alert to the importance of the expansion of active surveillance in this population

Vem se verificando uma crescente preocupação por parte de diversos países e de órgãos internacionais de saúde e conservação animais quanto à necessidade de monitoramento da ocorrência e da distribuição de enfermidades infecciosas em populações de animais silvestres, devido ao potencial destas doenças de causarem impacto na dinâmica e conservação de espécies silvestres, na saúde dos animais domésticos e na saúde pública. A ocorrência de brucelose vem sendo relatada em diversas espécies de mamíferos marinhos, em vários centros de pesquisa no mundo, contudo, não há dados na literatura científica sobre a ocorrência desta infecção em mamíferos aquáticos fluviais brasileiros. Nos cetáceos, a brucelose é causada pela Brucella ceti, sendo associada a problemas reprodutivos, quadros de meningoencefalite e infecções em tecidos linfóides. Assim, o presente trabalho teve como objetivo pesquisar a ocorrência de infecção por Brucella spp. em botos-vermelhos de vida livre da Amazônia (Inia geoffrensis), procedentes da Reserva de Desenvolvimento Sustentável de Mamirauá, Tefé, Amazonas, Brasil. A pesquisa foi realizada em animais de vida livre, de ambos os sexos e várias idades, sendo realizadas duas expedições para colheita de amostras, nos anos de 2010 e 2011. De cada animal foram coletadas amostras de sangue, leite e suabes genital, anal, nasal, oral e de eventuais lesões cutâneas apresentadas. Um total de 161 animais foi capturado. A detecção de anticorpos séricos anti-Brucella foi realizada utilizando-se as provas de soroaglutinação com antígeno acidificado tamponado (AAT), teste do 2-mercaptoetanol (2-ME) e o teste de polarização fluorescente (PF). As amostras de leite e de suabes foram submetidos ao cultivo microbiológico e à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção direta de Brucella spp. As colônias bacterianas que apresentaram características morfológicas compatíveis com Brucella spp. foram identificadas pela reação em cadeia pela polimerase (PCR), utilizando-se os primers específicos para detecção do gênero Brucella, direcionados ao DNA codificador da região interespaçadora do RNA ribossomal de Brucella (PCR-ITS). As amostras que apresentaram resultados positivos, foram caracterizadas quanto ao gene recA pela amplificação (PCR-recA) e posterior sequenciamento do produto amplificado. A PCR-ITS também foi empregada para o diagnóstico direto das infecções por Brucella spp. nas amostras de sangue, leite e suabes, as quais foram caracterizadas da mesma forma que as colônias bacterianas isoladas. As 67 amostras de soros colhidas apresentaram resultados negativos nos testes de AAT, PF e IDGA. Das 369 amostras submetidas ao cultivo microbiológico, duas amostras de suabe apresentaram características compatíveis com o gênero Brucella e resultados positivos pela PCR-ITS. Uma delas foi identificada como pertencendo à espécie Ochrobactrum intermedium. A segunda amostra não pôde ser caracterizada por não ter sido obtida em cultura pura. Das 118 amostras de sangue total analisadas pela PCR-ITS, seis (7,08%) apresentaram resultados positivos. Das 248 amostras de suabes analisadas pela PCR-ITS, uma (0,4%) apresentou resultado positivo. Das 29 amostras de leite analisadas pela PCR-ITS, cinco (17,24%) apresentaram resultados positivos. Considerando os 128 animais amostrados, 11 (8,59%) apresentaram resultado positivo pela PCR-ITS em pelo menos uma amostra testada. Das 12 amostras biológicas que apresentaram resultados positivos pela PCR-ITS e foram submetidas à PCR-recA, apenas duas apresentaram o produto amplificado no tamanho esperado. De acodo com a análise filogenética utilizada, uma delas apresentou similaridade aos microrganismos Cellulomonas fimi, Cellulomonas flavigena e Cellvibrio gilvus. A segunda amostra foi agrupada juntamente com as bactérias Propionicimonas paludicola, Micropruina glycogenica, Naumannella halotolerans e Propionibacterium propionicum com maior proximidade com a espécie P. propionicum. De acordo com os resultados apresentados, não foi evidenciada a ocorrência de infecções por Brucella spp. na população amostrada pelos métodos sorológicos e microbiológicos. Foi isolada uma estirpe de Ochrobactrum intermedium de um exemplar da espécie Inia geoffrensis, contudo, a importância sanitária destes resultados para esta espécie de boto não pôde ser determinada. There is a growing concern among several countries and international institutions of animal health and conservation regarding the surveillance of infectious diseases in wildlife populations, because these infections may cause impact on the dynamics and conservation of wildlife species, as well as on the health of livestock and public health. Brucellosis has been reported in several species of marine mammals in various research centers worldwide. However, there is no data about the occurrence of brucellosis in aquatic mammals in Brazil. Brucellosis in cetacean is caused by Brucella ceti and has been associated to reproductive problems, meningoencephalitis and lymphoid tissues infections. The objective of this study was to investigate the occurrence of Brucella spp. infection in free living amazon river dolphin (Inia geoffrensis), from Mamirauá Sustainable Development Reserve, in Tefé municipality, Amazonas State, Brazil. Samples were collected from free-living animals from both sexes and different ages during two expeditions, in 2010 and 2011. Samples of serum, whole blood and milk as well as genital, anal, nasal, oral and cutaneous lesions swabs were collected. One hundred and sixty one animals were samples. Serodiagnosis was performed using the acidified buffered antigen test (ABAT), the 2-mercaptoethanol (2ME) test and the fluorescent polarization assay (FPA). Milk and swabs samples were submitted to microbiological culture and polymerase chain reaction (PCR) to the direct diagnosis of Brucella spp. Bacterial colonies showing morphologies compatible with Brucella spp. were tested by a PCR using specific primers directed to the 16S-23S interpace region of the ribosomal DNA of Brucella (ITS-PCR). Samples with positive results by ITS-PCR were amplified using primers specific to the gene recA (PCR-recA), and the amplicon was sequenced. ITSPCR was also used to diagnosis of Brucella spp. infections directly in samples of blood, milk and swabs which were characterized as the bacterial colonies. All 67 serum samples were negative in the three serological tests used. Eleven of the 128 (8.59%) animals showed positive results by ITS-PCR in at least one biological sample. Of the 369 samples tested by microbiological culture, two had positive results in ITS-PCR. Accroding to the characterization of recA gene, one of them was identified as Ochrobactrum intermedium and the other sample could not be characterized because it was not isolated in pure culture. Of the 118 whole blood samples, six (7.08%) were positive by ITS-PCR. Five of the 248 (17.24%) milk samples and one of the 248 (0.4%) swab samples were positive by ITS-PCR. Of the 12 psoitive samples by ITS-PCR, only two were amplified by the recA-PCR and sequenced. According to the phylogenetic analysis, one sample clustered with Cellulomonas fimi, Cellulomonas flavigena e Cellvibrio gilvus group showing major similarity with C. fimi. The other sample clustered with the bacteria Propionicimonas paludicola, Micropruina glycogenica, Naumannella halotolerans, being more similar to Propionibacterium propionicum. An Ochrobactrum intermedium strain was isolated from a dolphin, however, the sanitary importance of the detection could not be determined.

No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.

A bronquite infecciosa é uma doença viral, aguda e altamente contagiosa que afeta as aves da espécie Gallus gallus, de todas as idades, causando grandes perdas econômicas devido à mortalidade, queda na produção e qualidade dos ovos. Variações na sequência de aminoácidos na região hipervariável da subunidadade S1 da proteína de espícula (S) levam à emergência de novos sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV). Este estudo teve como objetivo seqüenciar parcialmente o gene S1 para determinar a relação filogenética entre amostras vacinais e de campo com o intuito de investigar os genótipos circulantes. Cento e sessenta amostras foram coletadas, na forma de pools, de plantéis sintomáticos durante 2009/2010. Cada pool continha tecidos de 3 a 5 aves e foram compostos por diferentes órgãos (traquéia, pulmões, rins, conteúdo entérico, trato reprodutivo e swabs traqueais). As amostras foram triadas para a presença de IBV utilizando-se uma nested RT-PCR, direcionada a região 3UTR. As amostras positivas, (n=89) foram submetidas a nova nested RT-PCR dirigida para o gene S, resultando em 10 amplicons de 390pb que foram então submetidos a seqüenciamento de DNA e análise filogenética. As amostras brasileiras segregaram-se em dois grupos filogenéticos: Massachusetts (Mass) e tipos marcadamente brasileiros. Seis amostras agruparam-se no grupo Mass, com vacinas vivas atenuadas utilizadas no Brasil. Quatro amostras agruparam com cepas de campo brasileiras previamente descritas (acesso no GeneBank: FJ791257 to FJ791273). A identidade de aminoácidos no grupo Mass variou de 98% a 100%, sugerindo a detecção de vírus vacinal. Enquanto que entre as amostras brasileiras e o grupo Mass, a variabilidade de aminoácidos foi de 79% a 81%. Esses resultados mostram uma variação importante em genótipos virais circulantes nos plantéis industriais avícolas brasileiros. Portanto, o presente estudo reforça a contínua emergência e disseminação de novas linhagens de IBV no Brasil e a importância de constantes pesquisas e monitoramento, para que se compreendam aos fenômenos de emergência de novas linhagens e suas consequências, bem como para otimizar as medidas de controle do vírus. Infectious bronchitis is a viral disease, acute and highly contagious that affects birds of the Gallus gallus species, of all ages, causing huge economic losses due to mortality, drop in production and quality eggs. Differences between serotypes of IBV are due to variations in the amino acids sequence in S1 hypervariable region subunit of spike protein (S). This study aimed to partially sequence the S1 gene to determine the phylogenetic relationship between field and vaccine viral types, and to investigate circulating genotypes in Brazil. One hundred and sixty pool samples were collected from symptomatic flocks during 2009/2010. Each pool contained tissues from 3 to 5 birds and was composed by different organs (tracheas, lungs, kidneys, enteric contents, tract reproductive and tracheal swabs). Samples were screened for the presence of IBV using a nested RT-PCR targeted to the 3UTR. Positive samples (n=56) were submitted to a nested RT-PCR target to S gene resulting in 10 amplicons of 390pb that were then submitted to DNA sequencing and analysis. Brazilian IBV genotypes segregated in two phylogenetic groups: Massachusetts (Mass) and Brazilian types. Six samples clustered in the Mass group, with live attenuated vaccines used in Brazil. Four samples grouped with field Brazilian strains previously described (GeneBank accession: FJ791257 to FJ791273). In Mass cluster aminoacids identity range from 98% to 100%, suggesting vaccine virus detection, in this last case. Moreover, the verified identity between samples from this study and Mass group ranged 79% to 81%. Therefore the present study reinforces the emergence and circulation of news lineages of IBV in commercial Brazilian flocks, as well as the importance of consistent research and monitoring to better understand this phenomen and its consequences, aiming to improved control measures against the virus.

Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus aviários em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e determinar o papel epidemiológico das codornas na bronquite infecciosa das galinhas (BIG). Para isso, foram coletados em granjas localizadas no estado de São Paulo e Espírito Santo pools de aparelho reprodutivo, pulmões, rins, traquéia e conteúdo entérico de codornas e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com BIG. Estas amostras foram testadas para coronavírus aviário mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR) e as amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCR, incluindo uma tipo multiplex dirigidas a proteína de espícula S do vírus da BIG, para genotipagem. Amplicons ou fragmentos amplificados da 3\'UTR (a partir de amostras de codorna) foram clonados e sequenciados. Outras duas RT-PCR foram utilizadas para detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV). Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em galinhas e codornas criadas nas mesmas propriedades, sendo que aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Todos os coronavírus aviários encontrados, foram classificados como variantes pela multiplex RT-PCR, não sendo entretanto, obtidas sequências de DNA para o gene S. Com base em sequências de DNA para os genes codificadores da proteína RdRp e da região 3´UTR pode-se demonstrar que as codornas estudadas apresentaram o coronavírus aviário identificados como próximo àqueles relacionados à bronquite infecciosa das galinhas, havendo diversidade molecular filogeográfica para os vírus de codornas. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários onde haja criações em proximidade com outras espécies aviárias. This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of avian coronavirus in quails and laying hens, raised on the same farms and determine the role of quails in the epidemiology of avian infectious bronchitis (IB). To this end, pools of lungs, trachea, female reproductive tracts, kidneys and enteric contents were collected from quails and laying hens flocks with IB-like symptoms, co-housed in farms located in Sao Paulo and Espírito Santo states, Brazil, during 2009-2010. Chickens and quails samples were screened for IBV with an RT-PCR to the 3UTR and positive samples were submitted to RT-PCRs to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Amplicons of 3UTR (from quails samples) were cloned and sequenced. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in chickens and quails raised on the same farms, aMPV subtype B was found in chickens and the NDV was not observed in any samples. All avian coronavirus found were classified as variants by multiplex RT-PCR, however, DNA sequences for gene S were not obtained. Based on the DNA sequences for genes encoding the protein RdRp and the 3\'UTR region can be show that avian coronavirus in quails are closely related to avian infectious bronchitis virus, with a molecular phylogeographic diversity for quails viruses; thus, quails might act as reservoirs for avian coronaviroses when in close contact with other avian species.

A diarreia é apontada mundialmente como uma das principais enfermidades que acometem bovinos. Estudos em diferentes países tem reconhecido a participação do Torovírus Bovino (BToV) na etiologia de enterites em bezerros e bovinos adultos. Devido à inexistência de dados a respeito da sua ocorrência no Brasil, o presente estudo foi conduzido buscando detectar a presença deste vírus em amostras fecais diarreicas. Através da técnica de nested-RT-PCR dirigida para o gene que codifica a proteína do nucleocapsídeo (N), analisou-se 80 amostras fecais de animais com diarreia, jovens e adultos, dos estados de Mato Grosso, Rio Grande do Sul e São Paulo. Obteve-se amplificação de fragmento do gene N em 5 das amostras estudadas. Após clonagem em vetor plasmidial de 3 das amostras, confirmou-se a especificidade dos fragmentos obtidos. Através de estudo de diversidade molecular, demonstrou-se a presença de duas linhagens brasileiras, ambas relacionadas com as sequências reportadas na Europa e Japão. Diarrhea is pointed worldwide as a major disease affecting cattle. Studies in different countries have recognized the role of Bovine Torovirus (BToV) in the etiology in enteritis in calves and adult cattle. Due to lack of data about its occurrence in Brazil, this study was conducted to detect the presence of this virus in diarrheic stool samples. Using the nested-RT-PCR technique directed for the gene encoding the nucleocapside protein (N gene), we analyzed 80 stool samples from animal with diarrhea, calves and adults, from states of Mato Grosso, Rio Grande do Sul and São Paulo. We obtained amplification of gene N fragments in 5 samples. Three positive for BToV samples were clones in a plasmidial vector and then submitted to sequencing for confirmation of specificity. Studies of molecular diversity were showed the presence of 2 strains of BToV in Brazil, both related with sequences reported in Europe and Japan.

O Herpesvírus equino tipo -1 (EHV-1) pertence ao gênero Varicellovírus da subfamília Alphaherpesvirinae pertencente à Família Herpesviridae. É um vírus envelopado, de DNA linear fita dupla, composto por 76 genes distintos. O EHV-1 é responsável por grandes prejuízos econômicos na equinocultura mundial. Responsável por doença neonatal fatal, mieloencefalopatia, rinopneumonite e abortamento, encontra-se amplamente distribuído pela população equina do território nacional. O objetivo do presente estudo foi o de padronizar uma reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção do EHV-1 em tecidos incluídos em parafina a fim de permitir estudos retrospectivos em arquivos de amostras histopatológicas. Assim, foram inoculados experimentalmente 12 camundongos com 21 dias de idade da linhagem CH3/Rockfeller com três diferentes isolados de EHV-1, dois provenientes da Argentina e um do Brasil. Esses animais foram observados por quatro dias e, após sacrifício por sobre dose de uma associação de ketamina e xilazina, foram submetidos à necropsia e colhidos o pulmão e sistema nervoso central (SNC). Os órgãos colhidos foram divididos em duas partes aproximadamente iguais: uma mantida a -20ºC até processamento e a outra fixada em formalina 10% tamponada e posteriormente incluída em parafina. A extração foi realizada com nove fragmentos contínuos de 4µm cada, a partir do protocolo de extração com proteinase K/ fenol/ clorofórmio. Foi realizada avaliação da sensibilidade analítica da PCR com oito diluições na base 10 para os três isolados utilizados. A amplificação do DNA viral foi realizada utilizando primers direcionados para a ORF64. A fim de descartar a eventual presença de inibidores da reação de PCR e assegurar a adequada extração de DNA, foram incluídos primers direcionados para o gene da beta-actina. A PCR mostrou-se capaz de amplificar DNA viral alvo numa diluição de até 10-5, sendo positiva entre 10-1 a 10-2 DICT50/25µL. Com a PCR padronizada, foi possível detectar o DNA do EHV-1 em: a) 100% (12/12) das amostras de pulmão congeladas e 100% (12/12) das amostras de pulmão incluídas em parafina; b) em 91% (11/12) das amostras de SNC congeladas e 41% (5/12) das amostras de SNC incluídas em parafina. A aplicação da PCR padronizada em uma coleção de amostras incluídas em parafina do Laboratório de Anatomia Patológica do IB/SP, colhidas de cinco casos de abortamento em equinos, revelou que o DNA do EHV-1 foi detectado em: a) um caso em que originalmente foi possível isolar o EHV-1; b) em 4/4 amostras que revelaram-se originalmente negativas. Com base nos resultados obtidos, foi possível concluir que a PCR padronizada teve bom desempenho na detecção de DNA viral em amostras incluídas em parafina de animais experimentalmente infectados e, provavelmente, uma sensibilidade diagnóstica mais elevada que os métodos utilizados para o diagnóstico do EHV-1 na coleção de amostras de equino testada. The equine herpesvirus type 1 (EHV-1) belongs to Varicellovírus genus, Alphaherpesvirinae subfamíly of the Herpesviridae Famíly. It is an enveloped virus, double stranded linear DNA, composed of 76 distinct genes. The EHV-1 is responsible for great losses in horsebread world. Responsible for neonatal death, mieloencephalopaty, rinopneumonite and abortion, it is widely distributed into brasilian equine population. The purpose of this study was to standardize a polymerase chain reaction (PCR) for EHV-1detection in paraffin- embedded tissues allowing retrospective studies based on the collection histopatological samples. Thus, 12 mice (CH3/Rockfeller) with 21 days of age were inoculated with 3 different isolates of EHV-1, 2 from Argentina and one from Brazil. These mice were observed for 4 days and, after sacrifice by overdose of a combination of ketamine and xylazina, it were subjected to necropsy and collected the lung and central nervous system (SNC). The collected tissues were divided into 2 approximately equal parts: 1one stored at -20ºC until processing, and another set at 10% buffering formalin and later paraffin-embedded. The extraction was performed with continuous 9 fragments of 4µm each, using the extration protocol with proteinase K/ fenol/ clorofórmio. The assessment of analytical sensitivity of PCR were determined using 8 dilutions for all 3 virus isolates. The viral DNA amplification was performed using primers targeted to ORF64. In order to rule out the possible presence of PCR inhibitors and to ensure adequate extraction of DNA, primers directed to the gene for beta-actin were included It was possible to amplify viral DNA until 10-5 dilution, corresponding to 10-1 to 10-2 DICT50/25µL. With the standardized PCR, it was possible to detect the EHV-1 DNA in: a) 100% (12/12) of lung frozen sample and 100% (12/12) of the paraffin-embedded lung; b) 91% (11/12) of the frozen CNS and 41% (5/12) CNS paraffin-embedded. Moreover, the standardized PCR was tested in a collection of paraffin-embedded specimens from Pathological Anatomy Laboratory od Biological Institute Sao Paulo State, taken 5 cases of the abortion in horses. It were possible to detect EHV-1 DNA in: a) 1 sample from a case in that originally was possible to isolate the EHV-1, b) 4/4 sample originally negative diagnosed. Based on these results, it is possible to conclude that the standardized PCR performed well for detection viral DNA in paraffin-embedded tissues of experimentally infected animals, and probably a higher diagnostic sensitivity than the methods used for diagnosis of EHV-1 in the collection samples tissues tested for equine.

Para estudar a epidemiologia e evolução do novo genótipo HRSVB denominado BA, caracterizado pela duplicação de 60 nt na proteína G, analisamos 4274 amostras clínicas coletadas de crianças hospitalizadas no Hospital Universitário/USP e Hospital da Santa Casa de Misericórdia, cidade de São Paulo entre os anos de 2001 e 2009. As amostras foram submetidas a RT-PCR seguido do sequenciamento da região G2 do gene G. A duplicação de 60 nt foi detectada em 104 (28.3%) das 367 amostras analisadas. De 2001 a 2004 a circulação do genótipo BA foi baixa, seguido de 85.4% (2005), 57.6% (2006), sem circulação (2007), 10% (2008) e 75% (2009) do total de amostras sequenciadas. As sequências foram comparadas com outras BA de diversos países do mundo. A análise filogenética preliminar dividiu as amostras brasileiras em 5 grupos (BA-I, BAII, BAIII, BAIV e BAVI), sendo que a maioria das amostras de 2005 a 2009 agruparam juntas na linhagem BA-IV, estabelecendo um grupo temporal e geográfico. In order to study the epidemiology and evolution of the new genotype of HRSVB named BA characterized with a 60-nt duplication in the G protein we analyzed 4274 clinical samples collected from children hospitalized in University Hospital/USP and Santa Casa de Misericórdia Hospital, in São Paulo city, during 2001 to 2009. The samples were subject to RT-PCR followed by sequencing of the G2 region of the G gene. The 60 nt-duplication were detected in 104 (28.3%) of 367 sequencing samples. From 2001 to 2004 the circulation of the BA genotype was low, followed by 85.4% (2005), 57.6% (2006), no circulation (2007), 10% (2008) and 75% (2009) of total sequencing samples. Sequences were compared with G sequences with the 60 nt-duplication globally sampled. Preliminary phylogenetic analysis divided Brazilian samples into five clusters (BA-I, BAII, BAIII and BAVI and BAIV), and almost all samples from 2005 to 2009 were clustered together in BA-IV lineage, establishing temporal and geographical cluster.

A brucelose é uma doença altamente contagiosa, responsável por grandes prejuízos econômicos e de saúde pública. É causada por bactérias do gênero Brucella, cujas espécies e seus biovares costumam ser caracterizados pelo isolamento e identificação de características fenotípicas da colônia. Dificuldades como, o perigo na manipulação dos microrganismos, processos laboriosos de tipificação, demora na obtenção de resultados e a instabilidade de características fenotípicas ou isolamento de linhagens atípicas dificultam a tipificação e encorajaram a busca de técnicas mais sensíveis e específicas, como a PCR, que resolveria as dificuldades e facilitaria a investigação epidemiológica dos casos humanos e animais. Diversas análises e o sequenciamento de determinados genes e do genoma completo de algumas espécies, demonstraram a existência de polimorfismos únicos no DNA das brucelas, que podem ser utilizados na sua identificação. Baseado nas dificuldades de identificação e na descoberta de polimorfismos únicos no DNA bacteriano das espécies, nosso objetivo foi desenvolver primers específicos para identificação de seis espécies do gênero B. abortus, B. melitensis, B. suis, B. canis, B. ovis e B. neotomae, e padronizar PCRs que permitissem identificá-las com maior sensibilidade e rapidez. Tentamos caracterizar marcadores moleculares para o desenho de primers espécie-específicos, através da amplificação randômica e clonagem dos fragmentos específicos, sem resultados satisfatórios. Apenas um primer para B. abortus foi conseguido quando foram analisados os polimorfismos já descritos na literatura. Assim, realizou-se o alinhamento múltiplo das sequências dos cromossomos I e II das espécies de Brucella, que permitiu a identificação de vários eventos polimórficos específicos para cada espécie, dos quais foram escolhidas regiões potenciais para o desenho de sete primers (dois para B. canis, B. melitensis e B. ovis, e outro para B. canis/B. suis) que tiveram sua especificidade analítica verificada com o programa Primer BLAST e testada nas 18 cepas de referência de Brucella, compreendendo a B. abortus, B. melitensis, B. suis e seus biovares, além da

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

A técnica de PCR pode ser empregada para a detecção e identificação de agentes patogênicos e, tem por isso grande aplicabilidade em estudos de epidemiologia molecular. Particularmente no que se refere às infecções por Leishmania spp., a detecção do seu agente é de suma importância em animais sorologicamente positivos, no caso de inquéritos para a detecção direta em vetores e em animais de vida livre, cujo anti-soro para provas sorodiagnósticas, não são disponíveis. A PCR ainda pode oferecer o recurso de identificação molecular do agente em pesquisa, quando marcadores filogeneticamente informativos são amplificados e seqüenciados. Neste sentido, foi realizado o presente trabalho, cujo objetivo foi avaliar o desempenho analítico e diagnóstico de PCRs baseadas em primers direcionados a marcadores universais para diagnosticar Leishmania spp. localizados em dois genomas da célula parasitária, a saber, kDNA (maxicírculo e minicírculo) e DNA nuclear. Foram avaliadas PCRs baseadas em primers direcionados ao (i) DNA de kinetoplasto (kDNA) minicirculo, ao gene codificador de Citocromo B e Citocromo C Oxidase subunidade II presentes no (ii) kDNA maxicírculo, e ao gene codificador Citicromo C, presente no (iii) DNA nuclear. Pelos resultados infere-se que a PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade analítica muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Pelo menos uma combinação dos primers de cada marcador foi capaz de detectar DNA de todas as espécies da Coleção de Leishmania do Instituto Oswaldo Cruz (CLIOC), tornando-os uma ferramenta útil para identificação de espécies de Leishmania spp. A PCR direcionada ao kDNA de minicírculo apresentou uma sensibilidade diagnóstica também muito superior às PCRs direcionadas ao DNA maxicirculo e nuclear. Amostras de baço e medula óssea produzem informações complementares para diagnóstico post-mortem de Leishmania spp. em cães soropositivos. Finalmente, as amostras de aspirado de medula óssea demonstraram ser uma alternativa confirmatória para o diagnóstico laboratorial do agente em animais soropositivos assintomáticos. The PCR technique can be employed for the detection and identification of pathogens, and therefore has wide application in molecular epidemiology studies. Particularly in relation to infection by Leishmania spp., the detection of its agent is important in seropositive animals, in the case of surveys for direct detection in vectors and in free-living animals, whose anti-serum for serodiagnosis test are not available. PCR can also offer the molecular identification of the agent, when phylogenetically informative markers are amplified and sequenced. In this sense, we performed the present study, whose aim was to evaluate the analytical and diagnostic performance of PCR based on universal primers that target markers to diagnose Leishmania spp located in two distinct genomes of the parasite cell, namely, kDNA (maxicírcle and minicircle) and nuclear DNA. PCRs were evaluated based on primers targeted to the kinetoplastids (i) DNA (kDNA) minicircles, the cytochrome B and cytochrome C oxidase subunit II genes present in the (ii) kDNA maxicircle and the gene encoding Citicromo C, present in (iii) nuclear DNA. Based on the results, the PCR directed to the kDNA minicircle showed an analytical sensitivity much higher than the PCR targeting the kDNA maxicircle and nuclear DNA. At least one combination of primers of each marker was able to detect DNA from all CLIOC - Leishmania collection of Oswald Cruz institute species, which qualifies a useful tool for species identification of Leishmania spp. The PCR targeted to minicircle kDNA also showed to have a diagnostic sensitivity much higher than PCRs directed to kDNA maxicircle and nuclear DNA. Spleen and bone marrow samples produces additional information post-mortem diagnosis of Leishmania spp. on seropositive dogs. Finally, samples of bone marrow aspirate are an alternative for confirmatory laboratory diagnosis of the agent in asymptomatic seropositive animals.

A raiva é uma zoonose que afeta todos os mamíferos e causa cerca de 55.000 mortes humanas por ano, causada pelo vírus da raiva. O vírus da raiva pertence à Ordem Mononegavirales, Família Rhabdoviridae e o Gênero Lissavirus. Atualmente, o tratamento humano se baseia no uso do Protocolo de Milwaukee composto de indução do paciente ao coma e uso de massiva terapia antiviral. O protocolo, apesar de ter sido utilizado duas vezes com sucesso, inclusive em um caso brasileiro, ainda requer aprimoramentos. Neste sentido, a interferência por RNA (RNAi) é uma nova abordagem para terapia de doenças virais. O objetivo deste trabalho foi avaliar a inibição da replicação do vírus da raiva in vitro e in vivo utilizando RNAi. Para tanto, foram utilizados três siRNAs (siRNA 124, siRNA 750, siRNA B) com a fita antisenso complementar ao mRNA da nucleoproteína (N) do vírus da raiva. Para o ensaio in vitro foram utilizadas a cepa PV do vírus da raiva e as células de BHK-21 (Baby hamster kidney). As monocamadas celulares foram infectadas com a cepa PV e depois de 2 horas de incubação transfectadas com cada um dos siRNAs em combinação com Lipofectamine 2000®. Depois de 22 horas as placas teste e controle foram submetidas à imunofluorescência direta (IFD) com conjugado globulina de coelho anti-nucleocapsídeo do vírus da raiva/isotiocianato de fluoresceína (BIO-RADTM). Os resultados revelaram títulos de 5,71logTCID50/ml, 5,56logTCID50/ml e 5,65logTCID50/ml para os siRNAs 124, B e 750, respectivamente, enquanto que, para a placa controle, o título foi 6,43logTCID50/ml. Para o ensaio in vivo, foram usados camundongos albino suíços de 21 dias com peso entre 11 e 14g, infectados com a cepa PV via intracerebral. Duas horas depois da infecção foi inoculada por via intracerebral uma solução do \"pool\" dos três siRNAs com Lipofectamine 2000® . Os animais com paralisia foram sacrificados e aqueles sobreviventes foram observados até completar 30 dias de observação quando foram, então, sacrificados. O sistema nervoso central de todos os animas foi recolhido e submetido a IFD. O título viral do grupo teste foi 7.03logLD50%/ml e do grupo controle 7.13logLD50%/ml. O resultado do ensaio in vitro demonstra que os siRNAs utilizados são efetivos em inibir a replicação do vírus da raiva, com eficiências equivalentes. A utilização do \"pool\" dos três siRNA em camundongos resultou em 30% de animais sobreviventes frente a 100 DL50% do vírus PV, enquanto que a mesma dose levou a 100% de mortalidade nos animais não tratados. Pode-se atribuir a menor eficiência em inibir a replicação do vírus da raiva in vivo quando se compara com os resultados in vitro possivelmente às elevadas doses virais utilizadas. Estes resultados, ainda que indiquem a necessidade de mais estudos, permitem concluir que a RNAi é uma tecnologia promissora como antiviral contra a raiva. Rabies is a zoonotic disease that affects all mammals and causes more than 55.000 human deaths every year, caused by rabies virus (RABV) a virus of the Mononegavirales order, Family Rhabdoviridae and the Lissavirus genus. After the onset of the symptoms, the illness has a fast progression and the patients feel intense physical suffering. Currently, human rabies treatment has been based on the Milwaukee Protocol which consists on the induction of coma and massive antiviral therapy. Despite this protocol has been successful in two cases, including a Brazilian case (Recife State), more studies on antiviral for human rabies treatment are required. RNA interference is a new antiviral approach, which gives hope to the possibility of rabies antiviral treatment. The aim of this study was to assess the decrease in the titer of rabies virus in vitro and in vivo using short-interfering RNAs. For this purpose, three siRNAs (siRNA 124, siRNA B, siRNA 750) were used with antisense strands complementary to rabies virus nucleoprotein (N) mRNA. Pasteur virus strain (PV) of rabies virus and BHK-21 cells were used, and the monolayers were transfected with each of tree RNAs with Lipofectamine-2000. After 22 hours, the siRNA-treated and the control plates were tested by direct fluorescent antibody test (DFAT) with anti-rabies virus nucleocapsid antibody conjugate with fluorescein isothiocianate. Virus titers were calculated by the Spearman-Karber method. The results revealed that all three siRNAs reduced the titer of PV strain and a more intense effect was obtained with siRNA B. The titer of the PV strain in the control plate was 6.43lg TCID50%/ml and 5.56lg TCID50%/ml in the plate treated with siRNA B, respectively. The similar result was obtained in plates treated with siRNAs 124 and 750. The title of PV strain of these plates was 5.71lg TCID50%/ml of siRNA 124 and 5.65lg TCID50%/ml of siRNA750, respectively. No cytopathic or cytotoxic effect was observed in the monolayers treated with Lipofectamine-2000®. Swiss albino mice with 21 days weighing between 11 and 14g infected with strain PV by the intracerebral route used in this in vivo essay. After two hours of infection, a pool solution of 3 siRNAs with lipofectamine was also inoculated by the intracerebral route. The animals with paralysis were euthanized and those which survived were observed until the 30th day when they were also euthanized. The central nervous system of all animals were collected and induced to IFD. The title viral test group was 7.03logLD50%/ml and the control group was 7.13logLD50%/ml. The in vitro test results indicate that siRNAS are effective in inhibiting the replication of rabies virus with similar efficiencies. The use of the pool of three siRNA in mice resulted in 30% of survivors for 100 LD50% of PV virus, while the same dose led to 100% mortality in untreated animals. A lower efficiency in inhibiting the replication of rabies virus in vivo when compared with results in vitro could be possibly due to the high viral doses used. These results, although indicative of the need for further studies, show that RNAi is a promising technology as antiviral against rabies.

Um total de 8.961 amostras fecais coletadas de pacientes com diarréia aguda, no período de 1996 a 2006, no Estado de São Paulo foi testado para rotavírus por EIE. Destas, 20,0% foram positivas e posteriormente realizadas a caracterização dos rotavírus em genótipos G e P por nested RT-PCR. O genótipo G1 de rotavírus foi o mais freqüente, detectado em 35,2% das amostras, seguidos dos tipos G9, G2, G3, G4, infecção mista e G12. A associação mais freqüente foi a P[8]G1 e P[8]G9. Foi realizada a sequencia nucleotídica do gene 9 (VP7) de 38 rotavirus genótipo G1. Duas cepas foram analisadas dos anos de 1997, 1998, 2001 e 2002, três cepas dos anos 1996, 1999 e 2003, quatro cepas em 2000, sete cepas em 2004 e 2005, e cinco em 2006. Os 38 rotavírus G1 foram classificados em duas linhagens distintas, linhagem G1-I e linhagem G1-II. A linhagem G1-I foi detectada durante seis anos, 1996-1997, 2001-2002 e 2004-2006, e a linhagem G1-II foi detectada durante os anos de 1998-2001, e 2003-2005. Análises preliminares mostraram que Rotarix ® foi eficiente contra estas linhagens G1. Rotavirus (RV) infections are recognized as a major cause of severe gastroenteritis in children worldwide. In March 2006, a monovalente P[8]G1, human RV vaccine (Rotarix® GlaxoSmithKline Biologicals) was introduced in Brazil into the routine childhood immunization schedule. Therefore, the study of genetic diversity among rotavirus strains before and after the introduction of this vaccine may be important for the development of vaccination strategies. A total of 8,961 fecal samples collected from patients with acute diarrhea, during the 11-year period surveillance in São Paulo State (1996 to 2006) were tested for rotavirus by ELISA. One thousand seven hundred eighty- four (1,784, 20.0%) were positive, and the characterization of the G and P genotypes was performed on 1,300 rotavirus samples by nested RT-PCR. The G1 type was the most prevalent rotavirus strain (35.2%). The second most prevalente was the G9 type (31.2%), followed by G2 (4.0%), G3 (3.5%), G4 (2.2%), mix infection (1.8%) and G12 (0.5%). The more frequent association was P[8]G1 and P[8]G9. We performed a sequence analysis of 38 P[8]G1 rotavirus strains, selected from a total of 341 P[8]G1.Two strains from 1997, 1998, 2001, and 2002 were analyzed; three strains from 1996, 1999, and 2003; four strains from 2000; seven strains from 2004, and 2005; and five strains from 2006. All 38 rotavirus G1 sequence in this study were found to be classified into two distinct lineages, lineage I with 44.7% (17/38) and lineage II with 55.3% (21/38). The G1I lineages were detected during six rotavirus seasons 1996-1997, 2001- 2002, and 2004-2006 whereas and lineage G1- II was detected during 1998-2001, and 2003-2005. Preliminary analyses 4 demonstrated that Rotarix® has been efficacious against these G1 lineages.

O objetivo do presente trabalho é descrever o perfil epidemiológico e molecular dos vírus Parainfluenza em crianças menores de 5 ano de idade, com infecção das vias respiratórias. Por tanto, aspirados de nasofaringe de 742 crianças foram examinadas para os Vírus Parainfluenza Humano(HPIV1, HPIV2 e HPIV3), hRSV, hMPV e IA e IB pela técnica de RT-PCR, durante o ano de 2007. Ao todo foram identificados 52(7%) Parainfluenza vírus, sendo 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 e 35(67,3%) HPIV3. Destas, 12 (23%) foram casos de coinfecções, sendo 3 (25%) de HPIV3 com VRS, 3 (25%) com MPV e 3 (25%) com HPIV1 e 1(8,33%) com HPIV2; além de 1(8,33%) do HPIV1 com hVSR; e 1(8,33%) de HPIV2 com o hMPV. Com relação ao setor de atendimento, dos 52 pacientes com HPIV, 8(5%) dos casos foram atendidos no PA; 38(8,4%) na ENF; 6(18,2%) na UTI. Obtivemos, no estudo, 21(5,3%) crianças do sexo masculino com infecção por HPIV e 31(9%) de sexo feminino. Quanto a idade, as crianças entre 1 a 23 meses foram as mais frequentemente infectadas. Com relação ao diagnóstico clínico tivemos 19(36,5%) casos com bronquiolites, 13(25%) casos com pneumonia, 7(13,4%) com broncopneumonia, 2(3,9%) de casos de dispnéia e 2(3,9%) de IVAS, além de 9(17,3%) sem informação da sintomatologia. A sazonalidade do HPIV foi marcada pela circulação do HPIV3 durante o ano inteiro, com maior incidência em outubro(primavera). O HPIV 1 e 2 se alternaram durante o ano, onde o HPIV1 circulou no primeiro semestre com maior incidência no mês de abril e maio e o HPIV2 circulou no segundo semestre com maior incidência em outubro, coincidindo com o HPIV3. O Estudo filogenético dos HPIV1 demonstrou 9 mutações nucleotídicas, sendo que 4 são características das amostras brasileiras. Entretanto, quando feito a transdução para aminoácido, apenas uma mutação foi não silenciosa, onde observamos a mudança de glicina, nas amostras do Genbank, para argenina, nas amostras brasileiras, deixando-as em um clado único na topologia da árvore obtida. O HPIV3 apresentou 4 subgrupos distintos durante o ano e suas mutações tanto nucleotídicas quanto de aminoácidos foram todas silenciosas. Em conclusão o vírus parainfluenza representaram a 3ª maior causa de infecção das vias respiratórias inferiores, precedido pelo vírus respiratório Sincicial e o Metapneumovirus. The goal of the present work was to characterize the epidemiologic and molecular profile of the parainfluenza virus in children with less than 5 years of age and presenting respiratory tract infection. Human Parainfluenza (HPIV1, HPIV2, HPIV3), and hRSV, hMPV e IA e IB were evaluated in nasopharyngeal aspirate from 742 children by RT-PCR during the year of 2007. Human parainfluenza was identified in 52(7%) of the samples, which include 9(17,3%) HPIV1, 8(15,4%) HPIV2 and 35(67,3%) HPIV3 17,3% (n=9). Among the 52 cases with parainfluenza, 12 (23%) presented coinfection with other viruses: 3 (25%) coinfection with HPIV3 and VRS, 3 (25%) MPV , 3 (25%) HPIV1 , 1(8,33%) HPIV2 . In addition, it was observed 1(8,33%) of cases with HPIV1 and hVSR; and 1(8,33%) of cases with HPIV2 and hMPV. With respect to the clinical care of the 52 patients with HPIV, 8(5%) were treated at the ER? ; 38(8,4%) at the ENF and 6(18,2%) at the ICU. With respect to gender, a total of 21(5,3%) of the participants with HPIV infections were male and 31(9%) were female. The prevalent age range of participants with infections was 1-23 months of age. The following clinical parameters were observed: bronchiolitis 19(36,5%), pneumonia 13(25%), bronchopneumonia 7(13,4%), dyspnea 2(3,9%) and IVAS 2(3,9%). No clinical information was available for 9(17,3%) cases. HPIV3 infections were detected all year long with an incidence peak in October (Spring). HPIV1 and 2 infections were intercalated during the year. HPIV1 was detected during the first semester with peaks of incidence in April and May whereas HPIV2 was detected during the second semester with peaks of incidence in October, coexisting with HPIV3. HPIV1phylogenetic studies revealed 9 genetic mutations. 4 out of the 9 mutations are exclusively found in the brazilian population. However, only one of these 9 mutations is non-silent and causes a glycine to argenine substitution. When compared to other brazilian sequences in the GenBank, this observation revealed um clado único na topologia da árvore obtida. HPIV3 genotyping included 4 distinct groups detected all year long. All mutations observed in HPIV3 were silent. In conclusion, the parainfluenza virus represent the 3rd major cause of infection of the lower respiratory tract, following the sincicial respiratory virus and the Metapneumovirus.

Apesar de o protozoário Toxoplasma gondii ser considerado a única espécie válida para o gênero, são reconhecidas três linhagens clonais, denominadas Tipo I, Tipo II e Tipo III, predominantes em países da Europa ocidental e Estados Unidos. Com a pesquisa de amostras deste parasito provenientes de outras regiões do mundo, como no caso do Brasil, várias outras configurações genotípicas diferentes das dos arquétipos mencionados acima vêm sendo encontradas. Neste trabalho, quarenta galinhas/galos (Gallus domesticus) de criação livre de oito propriedades rurais de áreas limítrofes ao Pantanal da Nhecolândia no estado do Mato Grosso do Sul foram eutanasiadas e amostras de sangue, cérebro e coração foram coletadas. O sorodiagnóstico foi realizado através do Teste de Aglutinação Modificado (MAT) e, com um pool de órgãos dos animais positivos, foi realizado bioensaio em camundongos. Foram obtidos, após o bioensaio, 11 isolados de T. gondii. O DNA foi extraído dos tecidos dos camundongos infectados e a tipificação dos isolados foi realizada utilizando 12 marcadores PCR-RFLP, genericamente denominados SAG1, 5´3´SAG2, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3. Vinte e sete galinhas (67,5%) foram sorologicamente positivas para T. gondii e 13 (32,5%) foram negativas. Das amostras soropositivas, 7 (25,9%) foram positivas na diluição 1:5, 3 (11,1%) em 1:10, 2 (7,4%) em 1:20, 3 (11,1%) em 1:320, 1 (3,7%) em 1:640, 3 (11,1%) em 1:1280, 2 (7,4%) em 1:2560, 4 (14,8%) em 1:5120 e 2 (7,4%) em 1:10240. Quanto à genotipagem, cinco genótipos foram revelados nos 11 isolados de galinhas de cinco propriedades do município de Aquidauana e uma propriedade do município de Rio Verde do Mato Grosso, incluindo um genótipo misto encontrado em um isolado (TgCkBr198) que demonstrou um complexo cujos padrões são uma combinação de 2 alelos observados em oito loci. Dois genótipos foram descritos pela primeira vez, considerando os 140 isolados de galinhas de diferentes regiões brasileiras avaliadas em estudos anteriores. Os resultados corroboram com estudos anteriores sobre os isolados de T. gondii no Brasil, confirmando sua diversidade e atipicidade. Despite the protozoan Toxoplasma gondii is considered the only valid species for the genus, three clonal lineages are recognized, known as the Type I, Type II and Type III, which predominate in Western European countries and the USA. The search for samples of this parasite from other regions of the world, as in the case of Brazil, has revealed different genotypes other than the archetypes above mentioned. In this study, forty free range chickens (Gallus domesticus) of eight farms from areas belonging to the Pantanal Nhecolândia in the state of Mato Grosso do Sul were euthanized and samples of blood, brain and heart were collected. The serodiagnosis was performed using the technique of modified agglutination test (MAT) and a pool of organs of seropositive animals was used to perform the bioassay in mice. It was obtained 11 isolates of T. gondii. DNA was extracted from tissues of infected mice and characterization of isolates was performed using 12 PCR-RFLP markers, known generically SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, C29-2, L358, PK1, Apico and CS3. Twenty-seven chickens (67.5%) were serologically positive for T. gondii and 13 (32.5%) were negative. Among the seropositive samples, 7 (25.9%) were positive at 1:5 dilution, 3 (11.1%) in 1:10, 2 (7.4%) in 1:20, 3 (11.1%) at 1:320, 1 (3.7%) at 1:640, 3 (11.1%) in 1:1280, 2 (7.4%) in 1:2560, 4 (14.8%) on 1:5120 and 2 (7.4%) at 1:10240. With regard to genotyping, five genotypes were found within 11 isolates from chickens from five properties in the municipality of Aquidauana and one property of the municipality of Rio Verde of Mato Grosso, including a mixed genotype found in one isolate (TgCkBr198) that showed a complex pattern which is a combination of 2 alleles observed at eight loci. Two genotypes have been described for the first time, considering the 140 isolates from chickens in different Brazilian regions evaluated in previous studies. The results corroborate with previous studies on the isolates of T. gondii in Brazil, confirming their diversity and atypicality.

A Gonadotrofina Coriônica Eqüina (eCG) é produzida pela égua prenhe e tem ação folículo estimulante e luteinizante em animais domésticos não eqüídeos. Um pool formado por plasma de 4 éguas prenhes, com média de 69 dias de gestação, foi purificado em coluna cromatográfica com resina de afinidade Blue Sepharose FF (BS). As frações que adsorveram à resina BS foram purificadas em coluna cromatográfica com resina de afinidade Concanavalina A 4B (ConA). As frações que não adsorveram à resina BS também foram purificadas em coluna cromatográfica com resina de afinidade ConA. O mesmo pool de palsma foi diafiltrado, em cartucho de hemodiálise. O diafiltrado foi aplicado em coluna cromatográfica com resina de afinidade ConA. Atividade biológica (UI/mL) do plasma, do diafiltrado e das frações purificadas foram quantificadas por ensaio biológico com ratas impúbres. As atividades biológicas encontradas no plasma e no plasma diafiltrado foram de 3,63 e 5,14UI/mL, respectivamente. A atividade biológica encontrada nas frações que adsorveram à BS foi de 3,50UI/mL. Não foi encontrarda atividade biológica nas frações que não adsorveram à BS. A atividade biológica contida nas frações que adsorveram à BS e que também adsorveram a ConA foi de 3,65UI/mL. O rendimento do processo cromatográfico onde o plasma foi adsorvido pela BS e pela ConA, foi de 69,52%. Não foi encontrada atividade biológica nas frações obtidas da aplicação do plasma diafiltrado em coluna de ConA. O processo cromatográfico com uso de BS seguido de ConA mostou-se eficaz em purificar a eCG do plasma de éguas prenhes. The equine Chorionic Gonadotrophin (eCG) is produced by the pregnant mare and has follicle-stimulant and luteinizing actions on non-equine domestic animals. A pool formed by the plasma of 4 pregnant mares (with mean gestation of 69 days) was purified in chromatographic column with Blue-Sepharose FF affinity resin (BS resin). Fractions adsorbed by BS resin were then purified in chromatographic column with Concavalin A 4B affinity resin (ConA resin). The fractions not adsorbed by the BS resin were also purified in chromatographic column with ConA resin. The same plasma pool was dialyzed in hemodialysis cartridge. The dialyzed was applied in chromatographic column with ConA resin. Biological activities (in IU/mL) of the plasma, of the dialyzed and of the purified fractions were quantified in a biological assay with female rats that did not reach puberty. The biological activities found in the plasma and dialyzed were of 3.63 and 5.14 IU/mL, respectively. Fractions that were adsorbed by BS had a biological activity of 3.50 IU/mL. No biological activity was found in fractions that were not adsorbed by BS. Biological activity found in fractions adsorbed by both BS and ConA was of 3.65 IU/mL. When plasma was both adsorbed by BS and ConA, the chromatographic process yield had results of 69.52%. No biological activity was found in the fractions obtained from the administration of dialyzed plasma in ConA column. The BS - followed by ConA -chromatographic process showed efficacy in purifying the eCG from the plasma of pregnant mares.

O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é um dos agentes patogênicos respiratórios de grande importância clínica, tendo em vista que acomete 64 milhões de crianças por ano em todo o mundo. A resposta imune do hospedeiro e a variabilidade genética do HRSV podem interferir na produção de uma vacina eficaz, tal como a presença de quasispecies na população viral. O objetivo deste trabalho foi detectar quasispecies em amostras de HRSV e verificar se soros obtidos da criança na fase convalescente da doença e de sua respectiva mãe selecionam estes mutantes. Uma alteração não sinonímia foi detectada no gene F em um dos clones seqüenciados, enquanto duas alterações sinonímias e duas não sinonímias foram encontradas no gene G do HRSV, sendo as últimas no mesmo nucleotídeo. Um dos clones pré-selecionados com soro humano apresentou a mesma alteração não-sinonímia, encontrada na ausência de anticorpos no gene G. Os resultados sugerem que diferentes sequencias virais presentes em menor quantidade na população podem ser selecionadas pelo sistema imunológico do hospedeiro. Human respiratory syncytial virus (HRSV) is one of the most important clinical respiratory pathogens, since 64 millions children in the world are infected by this agent every year. Host immunity and viral genetic variability are important factors to a vaccine development, besides quasispecies presence in the viral population. In this work, HRSV quasispecies were detected in clinical samples in absence and presence of human polyclonal serum collected by children in the convalescent phase and mother serum. A non-synonymy variation was found in the F gene in antibodies absence. Four mutations were found at HRSV G2 in polyclonal serum absence. Two were synonymy and two were non-synonymy variation, the last in the same nucleotide. A non-synonymy mutation was found in the G2 region in presence of polyclonal serum collected from child convalescent phase. This alteration was the same of the observed in absence of polyclonal serum so it is possible that host antibodies can selected different viral minority sequences present in the population.

Foram submetidos à análise molecular, 15 isolados do vírus da bronquite infecciosa (VBI) obtidos durante o período de 1988 a 2000, de surtos à campo da Bronquite Infecciosa (BI), em aves de corte ou de postura das regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados obtidos da análise filogenética das sequências parciais dos genes da glicoproteína de espícula (S1) e da nucleoproteína (N) evidenciaram que a maior parte dos isolados estão distribuídos em dois grandes grupos; o primeiro deles mais estreitamente relacionado às estirpes do genótipo Massachusetts e o segundo constituído apenas por isolados brasileiros autóctones com uma grande diversidade em relação às estirpes ou isolados do grupo Massachusetts e de outros países ou continentes. Os sítios polimórficos mais importantes formaram-se em locais específicos e de maneira agrupada nas sequências dos genes S1 ou N e predominam em regiões codificadoras das cadeias polipeptídicas S1 e N que configuram sítios estruturais e antigênicos importantes envolvidos, na expressão de propriedades biológicas relevantes. Fifteen Brazilian field isolates of infectious bronchitis virus (IBV); were recovered, between 1988 and 2000, from commercial broiler or layer flocks located in South and Southeast Brazilian regions. Molecular and phylogenetic analysis of partial sequences of 5\'-proximal of S1 gene and 3\'-terminus of N gene from these IBV isolates, identified two main groups; the Massachusetts group and a Brazilian indigenous group, which presenting a high diversity regarding the first group or other IBV strains from different countries and continents. The major polymorphic sites are arranged in clusters and predominate in the regions of S1 and N genes which code for relevant structural and antigenic sites responsible for the expression of important biological properties.

O objetivo do presente trabalho foi determinar a soroprevalência da leptospirose bovina no Estado da Bahia, bem como identificar fatores de risco associados à infecção. A amostragem foi delineada para a determinação da prevalência de propriedades positivas (focos) e de animais soropositivos para a leptospirose. O Estado foi dividido em quatro circuitos produtores, nos quais foram amostradas 10.823 fêmeas bovinas com idade ≥24 meses distribuídas em 1.414 propriedades. Na ocasião da colheita de sangue, foi aplicado um questionário epidemiológico por propriedade e as coordenadas geográficas foram obtidas com um aparelho de GPS. A reação de Soroaglutinação Microscópica (SAM), empregando 24 sorovares de Leptospira spp. como antígenos, foi utilizada como teste diagnóstico. O rebanho foi considerado foco quando apresentou pelo menos um animal soropositivo. As prevalências de foco e de animais soropositivos no Estado foram de 77,93% [75,73% 79.99%] e 45,42% [42,00% 48,88%], respectivamente. O sorovar mais freqüente foi o Hardjoprajitno, com 34,49% [31,93% 37,14%] de propriedades positivas e 14,95% [12,59% - 17,67%] de animais soropositivos. Nos circuitos produtores 1, 2, 3 e 4, as prevalências de focos foram de 62,40% [57,43% 67,13%], 88,10% [84,16% 91,15%], 77,47% [72,88% 81,49%] e 78,25% [73,47% 82,37%], e as prevalências de animais soropositivos foram de 42,52% [35,82% 49,51%], 48,60% [43,68% 53,56%], 47,72% [40,36% 55,18%] e 44,18% [38,13% 50,41%], respectivamente. A compra de reprodutores, presença de animais silvestres, utilização de pasto compartilhado, presença de eqüinos, cães e suínos, presença de cervídeos, abate de reprodutores nas fazendas, existência de áreas alagadiças, exploração de corte, aluguel de pasto e predominância de raças especializadas foram os principais fatores de risco identificados. A presença de gatos foi um fator de proteção contra a leptospirose. The aim of this work was to determine the seroprevalence of bovine leptospirosis in Bahia State, Northeastern Brazil, as well as to identify risk factors associated to infection. The sampling was delineated for the determination of the prevalence of positive herds and seropositive animals for bovine leptospiroses. The State was divided into four productive circuits in which 10,823 bovine females aged ≥24 months allocated in 1,414 herds were sampled. On the occasion of the blood collection, an epidemiological questionnaire was applied in each herd and the geographical coordinates were obtained with a GPS. The Microscopic Agglutination Teste (MAT), using 24 Leptospira spp. serovars as antigens, was employed as diagnostic test. The herd was considered positive if at least one animal was seropositive. The prevalences of positive herds and seropositive animals in State were 77. 93% [75.73% 79.99%] and 45.42% [42.00% 48.88%], respectively. Serovar Hardjoprajitno was the most frequent, with 34.49% [31.93% 37.14%] of positive herds and 14.95% [12.59% - 17.67%] of seropositive animals. In the productive circuits 1, 2, 3 and 4, the prevalences of positive herds were 62.40% [57.43% 67.13%], 88.10% [84.16% 91.15%], 77.47% [72.88% 81.49%] and 78.25% [73.47% 82.37%], and the revalences of seropositive animals were 42.52% [35.82% 49.51%], 48.60% [43.68% 53.56%], 47.72% [40.36% 55.18%] and 44.18% [38.13% 50.41%], respectively. Purchase of reproducers, presence of wild animals, utilization of shared pasturage, presence of equine, dogs and swine, presence of cervides, slaughter of reproducers in the farms, existence of flooded areas, meat farm enterprise, rent of pasturage and predominance of specialized breeds were the main identified risk factors. Presence of cats was a protective factor against leptospirosis.

Em decorrência da importância da leptospirose nas criações zootécnicas pelos prejuízos econômicos, principalmente pelas infecções crônicas, forma mais importante na propagação e permanência da bactéria no ambiente, este trabalho pretendeu estudar o curso da leptospirose e a formação do portador pela infecção experimental de hamsters com Leptospira interrogans sorvar Canicola, estirpe LO4, autóctone, pelas vias conjuntiva-nasal (CN) e cérvico-vaginal (CV) comparadas a via controle, intraperitonial (IP) com duas concentrações de inóculo (20-30 e 100-200 leptospiras/campo microscópico) e ainda estabelecer a eficácia conferida por cinco vacinas experimentais formuladas com dois tipos de adjuvantes (saponina e hidróxido de alumínio), pelo desafio de hamster. No preparo das vacinas foi considerada a virulência da estirpe LO4 submetida a duas e cinco passagens in vitro, que foi comparada com duas vacinas controle produzidas com a estirpe de referência, Hond Utrecht IV, com indeterminado número de passagens in vitro. Foram também avaliadas a indução de anticorpos aglutinantes e neutralizantes e as lesões histopatológicas por HE e Warthin-Starry. A detecção das leptospiras nos órgãos de hamsters mortos pela leptospirose ou eutanasiados foi realizada pela visualização direta, cultivo e PCR, considerando qualquer um dos resultados positivo. A visualização direta foi o melhor método de detecção na suspensão de órgãos. A via CN mostrou-se tão letal quanto IP na maior concentração de inóculo (p

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

Com o objetivo de se aperfeiçoar a PCR para detecção de Brucella spp. em leite bubalino, foram estudados diferentes protocolos de extração de DNA em leite bubalino experimentalmente contaminado com Brucella abortus amostra 1119-3. Esses protocolos basearam-se na utilização de isotiocianato de guanidina, fervura e proteinase K, com algumas variações. O critério de avaliação utilizado foi a sensibilidade analítica. O protocolo utilizando fervura com filtração inicial da amostra em colchão de sacarose a 40% apresentou sensibilidade analítica de 103 UFC/ml. Os protocolos utilizando proteinase K para extração de DNA apresentaram sensibilidade analítica de 104 UFC/ml. A maior sensibilidade analítica (10 UFC/ml) e a melhor visualização do produto amplificado foram obtidos com a utilização de isotiocianato de guanidina com precipitação imediata em álcool sem adição de Tween 20 na lavagem inicial da amostra. To improve the PCR performance for detection of Brucella spp. in buffalo milk, different DNA extraction protocols were carried out in buffalo milk spiked with Brucella abortus strain 1119-3. These protocols were based on utilization of guanidine isothiocyanate, boil and proteinase K, with some variations. The analytical sensitivity was the evaluation criteria. Boiling with initial filtration of the sample through a solution of sacarosis 40% presented analytical sensitivity of 103 CFU/ml. The protocols based on proteinase K presented analytical sensitivity of 104 CFU/ml. The highest analytical sensitivity (10 CFU/ml) and best visualization of the amplified product were verified for the protocol using guanidine isothyocianate with immediate precipitation in alcohol without addition of Tween 20 in the initial sample wash.

Apesar dos múltiplos avanços na compreensão gênica e taxonômica do Paramixovírus de serpentes (OPMV), apenas a patogenia pulmonar é razoavelmente conhecida nos viperídeos. O objetivo do presente estudo foi investigar, através de exames anátomo-patológicos, imunoistoquímicos, microbiológicos, hematológicos e sorológicos, a patogenia do Paramixovírus em jibóias (Boa constrictor). Dez animais foram inoculados por via endotraqueal com uma suspensão viral de OPMV. Os animais foram submetidos à eutanásia aos pares, aos 3, 7, 14, 21 e 60 dias após a infecção. Dois indivíduos foram utilizados como controle negativo. Lavados traqueais e amostras de sangue foram colhidas antes da inoculação, às necrópsias e nos animais dos grupos remanescentes. A presença de anticorpos anti-OPMV foi detectada aos 2 mPI através da técnica de inibição de hemaglutinação. A análise estatística dos resultados hematológicos demonstrou não haver diferença significativa entre os dados obtidos nos diversos tempos. À necrópsia amostras de órgãos foram colhidos para análises histopatológica, imunoistoquímica, bacteriológica e virológica (isolamento e RT-PCR). Macroscopicamente, apenas um animal (7dPI) apresentou pneumonia piogranulomatosa. As principais lesões microscópicas pulmonares observadas foram infiltração granulocítica, associada à formação de ninhos de células mononucleares, formação de sincícios; presença de hiperplasia e hipertrofia epiteliais em todos os tempos experimentais. Em pâncreas pôde ser diagnosticada formação de sincícios e presença de infiltrado mononuclear; em baço foi observada histiocitose, eventualmente associada à infiltração granulocítica perifolicular; gliose de padrão difuso ou focal. Os ensaios imunoistoquímicos e isolamento viral, com confirmação da presença do OPMV por RT-PCR, foram positivos em pulmão, fígado, baço e pâncreas dos 3 aos 21 dPI, sendo negativos aos 60 pPI. O diagnóstico molecular de lavado traqueal após passagem em cultura celular foram positivos aos 3, 7, 14 e 21d PI.. A ausência de sinais clínicos associada à detecção de lesões, isolamento e diagnóstico positivo por RT- PCR sugerem que as jibóias podem representar uma importante fonte assintomática de infecção até os 21 d PI. Despite multiple advances in the genetic and taxonomic understanding of ophidian paramyxovirus (OPMV), only pulmonary pathogenesis is reasonably known in viperids. The objective of the present study was to investigate the pathogenesis of paramyxovirus infection in Boidae by pathological, imunohistochemical, microbiological, hematological and serological studies. Ten Boa constrictor snakes were infected by endotracheal inoculation with a viral solution. The animals were euthanatized in pairs at 3, 7, 14 and 21 days and at 2 months after infection. Two uninfected boas were sacrificed before and after the experimental study and were used as negative controls. Tracheal washes and blood were collected from all snakes. Seroconversion was detected at 2 mPI by hemagglutination inhibition assays. Estatistical analysis of the hematological data by Friedman Test revealed no diferences between them. At necropsy, samples of all major organs were obtained for histopathological, immunohistochemical, bacteriological and virological (viral isolation and RT-PCR). At necropsy, only one snake (7 days PI) had gross changes in the lung. The most consistent microscopic findings in the lungs were granulocyte infiltration, associated with the formation of mononuclear cell nests, formation of syncytia, and presence of epithelial hyperplasia and hypertrophy. Formation of syncytia was observed in pancreas, a mononuclear infiltrate was also observed; splenic histiocytosis with perifollicular granulocyte infiltration; diffuse and focal pattern of gliosis was detected in the CNS of most of the animals. Immunohistochemical examination and viral isolation, with confirmation of the virus\' presence by RT-PCR, were positive for lung, liver, spleen and pancreas from 3 to 21 dPI and negative at 2 m PI. Virus isolation from tracheal washes, with confirmation by molecular diagnosis were positive at times 3, 7, 14 and 21 dPI. At 2 mPI all results were negative. The immunohistochemical results associated with virus isolation and RT-PCR suggest that the virus was probably eliminated from the organism at 2 mPI. The absence of clinical symptoms associated with the detection of lesions and with isolation and a positive diagnosis by PCR in the present study suggest that Boa constrictors may represent an important source of infection for other reptiles.

A raiva é uma zoonose que afeta todos os mamíferos e causa cerca de 55.000 mortes humanas por ano, causada pelo vírus da raiva. O vírus da raiva pertence à Ordem Mononegavirales, Família Rhabdoviridae e o Gênero Lyssavirus. Ultimamente, o Protocolo de Milwaukee é a base do tratamento humano, com indução do paciente ao coma e uso de massiva terapia antiviral. O protocolo, embora tenha sido utilizado duas vezes com sucesso, inclusive em um caso brasileiro, ainda requer aperfeiçoamentos. Neste sentido, a interferência por RNA (RNAi) é uma nova abordagem para terapia de doenças virais. O objetivo deste trabalho foi avaliar a inibição da replicação do vírus da raiva in vitro e in vivo utilizando RNAi. Para este fim, foram utilizados três siRNAs (siRNA 360, siRNA 652, siRNA 649) com a fita antisenso complementar ao mRNA da fosfoproteína (P) e três siRNAs (Le 1, Le 2, Le 3) contra o RNA líder do vírus da raiva. Para o ensaio in vitro foram utilizadas as amostras PV e 4005 (AgV3) do vírus da raiva e as células de BHK-21 (Baby hamster kidney). As monocamadas celulares foram infectadas com as amostras PV ou 4005 e depois de 2 horas de incubação transfectadas com cada um dos siRNAs em combinação com Lipofectamine 2000TM. Depois de 24 e 48 horas as placas teste e controle foram submetidas à imunofluorescência direta (IFD) com conjugado globulina de coelho anti-ribonucleocapsídeo do vírus da raiva/isotiocianato de fluoresceína (Instituto Pasteur de São Paulo). Os resultados revelaram que os siRNAs contra o RNA líder do vírus não foram capazes de inibir a replicação do vírus. A utilização dos siRNAs contra mRNA P resultaram em títulos de 3,625logTCID50/ml, 3,875logTCID50/ml e 4,125logTCID50/ml para os siRNAs 360, 649 e 652, respectivamente, enquanto que, para a placa controle, o título foi 4,0logTCID50/ml nas placas infectadas com PV e período de incubação de 24h. Nas placas infectadas com a amostra 4005 e tratadas com siRNAs, a maior queda de título viral foi na placa tratada com siRNA 360, de 1,0 log, comparando-se com a placa controle de incubação de 24 para a amostra 4005. Nas placas tratadas com siRNA 649 e siRNA 652, também houve a diminuição de título viral, mas em uma escala menor (0,25log e 0,125log, respectivamente) comparando-se com o controle. Nas placas infectadas com PV e incubadas durante 48h, os títulos apresentados foram de 5,625logTCID50/ml, 4,625logTCID50/ml e 4,75logTCID50%/ml para os siRNAs 360, 649 e 652, respectivamente, enquanto que na placa controle o título foi 6,0logTCID50C%/ml. A placa com período de incubação de 48h com a amostra 4005 e tratada com siRNA 360 apresentou a maior queda de título viral entre os três siRNAs, o que resultou em 1,125log de diferença. Nas monocamadas onde foram administrados siRNA 649 e siRNA 652, observou-se também uma pequena queda de título viral igual a 0,875log e 0,295log, respectivamente, comparando-se com a placa não tratada. Para o ensaio in vivo, foram usados camundongos albino suíços de 21 dias com peso entre 11 e 14g, infectados com a cepa PV e AgV3 em 10DL50% via intracerebral. Duas horas depois da infecção, foi inoculada por via intracerebral uma solução do siRNA 360 com Lipofectamine 2000TM. Os animais com paralisia foram eutanasiados e aqueles sobreviventes foram observados até completar 30 dias de observação quando foram, então, eutanasiados. O sistema nervoso central de todos os animas foi recolhido e submetido a IFD. A utilização do siRNA 360 em camundongos resultou em 30% de animais sobreviventes frente amostra 4005, enquanto que a mortalidade nos animais não tratados foi de 90%. Nos animais inoculados com a amostra PV e tratados com este siRNA, a sobrevivência foi de 40%, enquanto que no grupo controle a mortalidade foi de 100%. O resultado do ensaio in vitro demonstra que os siRNAs utilizados são capazes de inibir a replicação do vírus da raiva, com eficiência mais pronunciada para o siRNA 360. In vivo, este siRNA foi capaz de induzir a proteção parcial dos animais inoculados com as duas variantes virais. Estes resultados, ainda que indiquem a necessidade de mais estudos, permitem concluir que a RNAi é uma tecnologia promissora como antiviral contra a raiva Rabies is a zoonotic disease that affects all mammals and causes more than 55.000 human deaths every year, caused by rabies virus (RABV) a virus of the Mononegavirales order, Family Rhabdoviridae and the Lyssavirus genus. After the onset of the symptoms, the illness has a fast progression and the patients feel intense physical suffering. Currently, human rabies treatment has been based on the Milwaukee Protocol which consists on the induction of coma and massive antiviral therapy. Despite this protocol has been successful in two cases, including a Brazilian one, more studies on antivirals for human rabies treatment are required. RNA interference is a new antiviral approach, which gives hope to the possibility of rabies antiviral treatment. The aim of this study was to assess the decrease in titres of rabies virus in vitro and in vivo using short-interfering RNAs. To this end, three siRNAs (siRNA 360, siRNA 652, and siRNA 649) were used with antisense strands complementary to rabies virus phosphoprotein (P) mRNA and three other (Le 1, Le 2, Le 3) to the leader RNA. Pasteur virus strain (PV) and strain 4005 (AgV3) of rabies virus and BHK-21 cells were used, and the monolayers were transfected with each of the RNAs with Lipofectamine-2000 TM. After 22 hours, the siRNA-treated and the control plates were tested by direct fluorescent antibody test (DFAT) with anti-rabies virus nucleocapsid antibody conjugate with fluorescein isothiocianate (Pasteur Insitutte, Brazil). The plates transfected with siRNA against phosphoprotein mRNA were also incubated for 48 hours and subjected to IFD assay. Virus titres were calculated by the Spearman-Karber method. The results showed that siRNAs against virus leader RNA were not able to inhibit the replication of the virus. The use of siRNAs against P mRNA resulting titres of 3.625logTCID50/ml 3.875logTCID50/ml and 4.125logTCID50/ml for siRNAs 360, 649 and 652, respectively, while, for the control plate, the titre was 4.0logTCID50/ml in plates with PV and 24h incubation period. In plates with strain 4005 and treated with siRNAs, the highest viral titre decrease was obtained with siRNA 360, with a 1.0 log difference compared to the control plate of strain 4005 incubated for 24h. The plates treated with siRNA 649 and siRNA 652 have was also shown a decrease in viral titres, but on a smaller scale (0.25log and 0.125log, respectively) compared to the control. The plates infected with PV and incubated for 48 hours showed titre of 5.625logTCID50/ml, 4.625logTCID50/ml and 4.75logTCID50%/ml for siRNAs 360, 649 and 652, respectively, while for the control plate the titre was 6.0logTCID50C%/ml. The plate with strain 4005 and then treated with siRNA360 and incubated for a total of 48h had the highest viral titre decrease among the three siRNAs, which resulted in a 1.125log difference compared to the control plate. In monolayers treated with siRNA649 and siRNA652 there was also a discrete drop in viral titres (0.875log and 0.295log, respectively) compared to the control plate. For the in vivo assay, 21-day old Swiss albino mice weighing between 11 and 14g were intracerebrally inoculated with PV or 4005 strains (10DL50%). Two hours after inoculation, a solution of siRNA360 with Lipofectamine 2000 TM was also intracerebrally injected. Mice presenting paralysis and those that survived the 30 days of observation were euthanized. The central nervous system of all animals was collected and submitted to IFD. The use of siRNA360 in mice resulted in survival of 30% of animals in the group inoculated with strain 4005, whereas 90% mortality was observed in the control group. In animals inoculated with the PV strain, and treated with siRNA360, the survival rate was 40% and in the control group the mortality was 100%. The results of the in vitro assay demonstrate that the siRNAs used are effective in inhibiting the replication of rabies virus with a more intense inhibition regarding siRNA 360. In vivo, this siRNA was able to induce partial protection of animals infected with both viral variants. These results also indicate that, despite the need for further studies, RNAi is a promising technology as antiviral against rabies

Coronavírus, incluindo-se o Coronavírus aviário (ACoV), possuem o maior genoma composto por RNA conhecido entre os vírus. Aproximadamente dois terços desse genoma codificam proteínas não estruturais (Nsps), cujas funções parecem estar associadas à replicação e patogênese viral. Até o momento, esses alvos têm sido pouco explorados quanto a sua diversidade em diferentes linhagens de ACoV. O presente estudo teve como objetivo investigar a diversidade dos genes codificadores das proteínas não estruturais Nsp2 e protease Papaína-like (Plpro), utilizando-se linhagens brasileiras de ACoV. Para tanto, 10 linhagens de ACoV, isoladas em ovos embrionados, foram submetidas à RT-PCR direcionada aos genes codificadores de Plpro e Nsp2, seguindo-se o sequenciamento de DNA e a análise filogenética, juntamente com sequências homólogas obtidas no GenBank. Além disso, realizou-se a genotipagem por meio do sequenciamento parcial do gene codificador da proteína de espícula (região S1). Três das amostras virais obtidas e investigadas no presente trabalho apresentaram padrão de segregação discordante para os genes estudados. O isolado CRG I22 agrupou-se com linhagens virais pertencentes ao genótipo Massachusetts para S1 e com o grupamento de ACoVs brasileiros os genes da Nsp2 e Plpro. O isolado CRG I33 agrupou-se com linhagens virais pertencentes ao genótipo brasileiro para s1 e plpro e de maneira divergente para o gene da Nsp2. Para o isolado CRG I38, não foi obtida a genotipagem por s1, entretanto, similarmente ao observado para o isolado CRG I33, esse isolado agrupo-se com linhagens virais brasileiras para o gene plro e de maneira independente para o gene nsp2. As demais linhagens estudadas resultaram na formação de um grupamento especificamente brasileiro de ACoV, para os três genes estudados. Esses achados sugerem a ocorrência de recombinação nessas amostras discrepantes. Quanto às identidades médias entre as sequencias nucleotídicas analisadas, a região de s1 analisada apresentou as menores identidades (73,75% ±16,78), seguido pelo gene plpro (88,06% ±5,7) e do gene nsp2 (92,28% ±4,37), em acordo com a literatura. Assim sendo, os alvos investigados podem constituir ferramentas úteis na epidemiologia molecular do ACoV e na investigação de linhagens recombinantes do vírus. O presente estudo é o primeiro a investigar a diversidade genética de genes codificadores de proteínas não-estruturais em linhagens brasileiras de ACoV. Os resultados aqui apresentados reforçam a existência de um genótipo brasileiro de ACoV, para os 3 genes estudados. Entretanto, discrepâncias pontuais encontradas no padrão genotípico para s1, nsp2 e nsp3 permitem inferir uma diversidade genética maior do que a conhecida até o momento, possivelmente resultante de eventos de recombinação entre ACoVs brasileiros, ACoVs vacinais e outros ainda desconhecidos. Os resultados obtidos auxiliam na compreensão dos padrões e evolução dos ACoVs Coronaviruses, including Avian coronavirus (ACoV), have the largest known RNA genome. Nearly two thirds of its genome codes for non-structural proteins (Nsps), whose functions appear to be linked to viral replication and pathogenesis. Hitherto these targets have been poorly explored regarding the ACoV lineages diversity. The present study aimed to assess the diversity of non-structural protein 2 (nsp2), papain-like protease (plpro) and spike protein (S1 subunit) coding genes, in Brazilian ACoV strains. To this end, 10 ACoV strains, isolated in embryonated eggs, had its 3rd and 5th passages submitted to RT-PCR targeting nsp2, plpro and s1, followed by DNA sequencing and phylogenetic analysis, herewith homologous sequences obtained from GenBank. Three of the ACoV strains sequenced showed a discordant segregation pattern for target genes. CRG I22 strain clustered with Massachusetts genotipe strains for S1, and with Brazilian cluster for nsp3 and plpro genes. CRG I33 strain, clustered with Brazilian strains for S1 and plpro genes, and was divergent for nsp2 gene. For CRG I38 strain, the S1 sequence was not obtained, however, similarly to what was observed for CRG I33, this strain grouped with the Brazilian lineage for plpro gene and was divergent for nsp2 gene. All the other ACoV here sequenced resulted in a specific Brazilian cluster for the three studied genes. Regarding the mean nucleotide identities measured, s1 gene showed the lowest identity (73.75% ±16.78), followed by plpro gene (88.06% ±5.7) and nsp2 gene (92.28% ±4.37), in accordance with previous reported data. Therefore, the targets of the present study are useful tools for ACoV molecular epidemiology studies and for the survey of recombinant ACoV strains. The presented study is the first one investigating the molecular diversity of non-structural proteins coding genes in Brazilian strains of ACoV. Results achieved herein reinforce the data over the circulation of ACoV Brazilian strains in this country, for the three investigated genes. However, divergences found between S1, nsp2 and plpro genetic patters allow inferring a higher molecular diversity than previously known. It is possible that this divergence is due to recombination events between ACoV from vaccines, Brazilian field strains and others still unknown. These results contribute on the comprehension over genetic patters and evolution of ACoV

O Torque teno vírus suíno é classificado como pertencente à família Anelloviridae gênero Iotatorquevirus que compreende as espécies: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) e Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b); e o gênero Kapatorquevirus que compreende apenas a espécie Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). O TTSuV foi identificado como potencial agente causador de falhas reprodutivas em porcas, como agente desencadeante nos quadros de doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2 (PCVAD) e em associação com outros agentes como o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva dos suínos (PRRSV), vírus da influenza suína (SIV) e Mycoplasma hyopneumoniae como co-agentes na manifestação clínica do complexo respiratório suíno (PRDC). No presente estudo foi utilizada uma PCR direcionada a região não traduzida do genoma viral (UTR), e foi investigado um total de 391 amostras divididas entre fetos abortados e mumificados, leitões natimortos, soro, fezes e pulmão de suínos de dez propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Diferenças entre as frequências do TTSuV1 e do TTSuVk2 foram comparadas entre amostras de porcas com problemas reprodutivos (fetos abortados e mumificados e leitões natimortos), diferentes fases da criação de suínos (porcas, leitões da creche e crescimento), leitões apresentando ou não diarréia, entre animais da terminação vacinados ou não contra o PCV2 e ainda entre amostras positivas e negativas para o PCV2. Amostras positivas de pulmão de suíno e um pool de soro de Porco Monteiro do Pantanal foram submetidos a uma PCR para amplificação da ORF1 de ambos os gêneros do TTSuV, seguida pela clonagem e posterior sequenciamento para reconstrução da filogenia. Foi investigada a ocorrência de eventos de recombinação entre as amostras, pressão de seleção e propriedades da proteína relacionadas à ligação com anticorpos. O TTSuVk2 foi mais presente infectando tanto fetos abortados quanto leitões natimortos. Porcas e leitões da creche foram mais frequentemente infectados pelo TTSuV1 enquanto que leitões do crescimento pelo TTSuVk2. A coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) foi mais frequente em amostras fecais diarreicas que nas não diarreicas. Animais da terminação apresentaram alta frequência de coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2), sendo ainda maior na associação com o PCV2. A filogenia construída pelo método neighborjoing baseada na sequência da ORF1 revelou existir quatro tipos do TTSuV1 (1a, 1b, 1c e 1d) e sete subtipos do TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulantes nas populações de suínos domésticos e ferais do Brasil. Entre as estirpes virais circulantes foram detectados eventos de recombinação intra-hospedeiro, inter-hospedeiro, intra-genótipo e inter-genótipo. A região carboxi-terminal da proteína demonstrou agrupar características relacionadas à ligação com anticorpos. Este estudo é o primeiro a caracterizar geneticamente amostras de TTSuV circulantes em suínos domésticos e ferais do Brasil e contribui para um melhor entendimento sobre a epidemiologia do vírus. The porcine torque teno virus is classified within the Anelloviridae family, genus Iotatorquevirus comprising the species: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) and Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b). The genus Kapatorquevirus comprises only one species, the Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). TTSuV was identified as a potential agent of reproductive failure causes in sows, as a trigger agent associated with porcine circovirus associated diseases (PCVAD) and in combination with other agents such as porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV), swine influenza virus (SIV) and Mycoplasm hyopneumoniae as a co-agent in the clinical manifestation of porcine respiratory disease complex (PRDC). In this study, PCR targeting the untranslated region (UTR) of the virus genome was used to investigate a total of 391 samples within aborted and mummified fetuses, stillborn piglets, serum, feces and lungs of pigs from ten different properties located at São Paulo State. Differences between frequencies of TTSuV1 and TTSuVk2 were compared among samples of sows with reproductive failure (aborted and mummified fetuses and stillborn piglets), different phases of pig breeding (sows, nursery and growing piglets), samples from piglets with diarrhea or not, finishing pigs vaccinated or not against PCV2 and between positive and negative samples for PCV2. Positive lung samples from pigs and a pool of sera from feral pigs were used to PCR amplification for the ORF1 of both genera of TTSuV, followed by cloning and subsequent sequencing to reconstruct the phylogeny. The occurrence of recombination events among the samples, selection pressure and protein-related antibodies binding properties was investigated. The TTSuVk2 was more frequent infecting both aborted fetuses as stillborn piglets. Sows and nursery piglets were frequently more infected by TTSuV1 while growing piglets by TTSuVk2. The coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) was more frequent in diarrheic stool samples than in the non-diarrheic. Finishing pigs showed high frequency of coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2) and and increase of the coinfection in association with PCV2. Phylogeny constructed by neighborjoing method based on the ORF1 sequence revealed the existence of four types TTSuV1 (1a, 1b, 1c and 1d) and seven subtypes of TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulating within populations of domestic and feral pigs in Brazil. Among circulating viral strains, intra-host, inter-host, intra-and inter-genotype recombination events were detected. The carboxy-terminal region of the protein showed the have characteristics related with antibodies binding activity. This study is the first to genetically characterize samples of TTSuV circulating in domestic and feral pigs from Brazil and contributes to a better understanding of the epidemiology of the virus.

A vaccínia bovina (VB) é uma zoonose emergente, causada peloVaccinia virus(VACV),umOrthopoxvirus(OPV). A doença é caracterizada pelo surgimento de lesões ulceradas nastetasde vacas em lactação e mãos dos ordenhadores, podendo ocasionalmente acometerbezerrosque mamam em vacas doentes. O DNA do VACV, assim como partículas virais infecciosas,pode ser detectado em amostras de leite de vacas naturalmente infectadas. Entretanto, não sesabe o período e o padrão de eliminação viral no leite, nem se a detecção de VACV no leite édevida a uma infecção localizada ou sistêmica. O objetivo do trabalho foi detectar equantificar oDNA do VACV emleite, queijo, leite pasteurizado, iogurte e nas fases do leite após ter sidosubmetido aprocesso de centrifugação, nas amostras de leite de vacasexperimentalmenteinoculadas com o VACV amostra GP2, durante 33 dias. Alémdisso, foi feita a pesquisa departículas virais viáveis nas amostras de leite e queijo.Em outra fase do experimento, apóstratamento das vacas com droga imunodepressora, foi pesquisadaa presença de DNA viral eomesmo foi quantificado utilizando a técnica de PCR convencional e PCR em tempo real,respectivamente, nasamostras de leite. ODNA do VACV pode ser detectado no leite de formaintermitente em vacasexperimentalmente infectadas a partir do 1º dia pós-inoculação (d.p.i.)atéo 33º d.p.i, indicando que oVACV continua sendo eliminado no leite mesmo após aresoluçãodas lesões, a qual ocorreu no 22º d.p.i. Foi possível detectar DNA deVACV nasfrações decreme e células do leite, obtidas após a centrifugação do leite, e no soro de leite de amostras deleitepasteurizado e iogurte. Além disso, foi possível isolar partículas virais viáveis deVACV noqueijo, soro do queijo e no leite de vacaspreviamente inoculadas com oVACV e posteriormentesubmetidas atratamento comimunodepressor,reforçando a hipótese de nova replicação viral emlocais distintos daquele da inoculação inicial após tratamento com imunodepressor. A reduçãona produção do leite e o aumento da contagem de células somáticas (CCS) foram maissignificativos nos tetos que foram inoculados com o VACV-GP2 quando comparados aos tetosque serviram de controle e, portanto não foram inoculados com o vírus, reforçando a hipótese deassociação entre a presença do vírus no teto e o comprometimento da qualidade do leite.Adetecção tanto do DNA quanto de partículas infecciosas do VACV em amostras de leite, mesmoapós o término da fase clínica da doença, reforça a hipótese de que o VACV pode causarinfecção persistente em bovinos, além de chamar a atenção para o potencial risco à SaúdePública associado ao consumo de leite proveniente de vacas que foram acometidas pela VB. Bovine vaccinia (VB) is an emerging zoonotic disease caused by Vaccinia virus (VACV), anOrthopoxvirus (OPV). The disease is characterized by the emergence of ulcerated lesions in theteats of dairy cows and in milkers hands and can occasionally affect calves that suck in sickcows. The DNA of VACV, as well as infectious viral particles can be detected in milk samplesof naturally infected cows. However, it is unknown the period and the pattern of viral sheddingin the milk or if the VACV detection in milk is due to a localized or systemic infection. Theobjective of this study was to detect and quantify the VACV DNA in milk, cheese, pasteurizedmilk, yogurt and milk phases after centrifugation, on milk samples collected from cowsexperimentally inoculated with VACV-GP2 strain during 33 days. Moreover, viral isolation wasattempted in milk and cheese samples. In another phase of the experiment, after the cowsreceived animmunosuppressivetreatment, the presence of viral DNA and its quantities in milksamples were determined by conventional and real time PCR, respectively. The VACV DNAcould be detected intermittently in milk of cows experimentally infected from the 1st day postinfection(dpi) until the 33thdpi, indicating that VACV is still eliminated in milk even after theresolution of the lesions, which occurred at the 22nddpi. It was possible to detect VACV DNA inmilk cream and cellular fractions, after milk centrifugation, as well as in whey frompasteurizedmilk and yogurt. Moreover, it was possible to isolate VACV viable viral particles in cheese,cheese whey and milk of cows inoculated with VACV and then subjected to treatment withimmunosuppressive drug, reinforcing the hypothesis of new viral replication in differentlocations from the initial inoculation site, after the immunosuppressive treatment. The reductionin milk production and increase in the somatic cell count (SCC) were more significant in theteats that were inoculated with VACV-GP2 when compared to teats that served as a control andtherefore were not inoculated with the virus, reinforcing the hypothesis of association betweenthe presence of virus in the teats and compromised quality of milk. The detection of both VACVDNA and infectious particles in milk samples, even after the end of the clinical stage of thedisease, strengthens the hypothesis that VACV can cause a persistent infection in cattle, as wellas draw attention to the potential risk to the Public health associated with the milk consumptionfrom cows that were affected by VB.

O coronavírus felino (FCoV) ocorre sob uma grande diversidade gênica de amostras e é classificado em dois patotipos: o coronavírus felino entérico (FECoV) e o vírus da peritonite infecciosa felina (FIPV). O patotipo FIPV é altamente virulento e responsável pelo desenvolvimento de uma doença altamente fatal, denominada de peritonite infecciosa felina (PIF). Já o FECoV apresenta-se amplamente disseminado na população felina e é responsável na maioria das vezes por infecção assintomática. Atualmente, nenhum marcador gênico conhecido é capaz de diferenciar os patotipos FECoV de FIPV. O presente estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, objetivou-se avaliar a diversidade molecular do gene da membrana (M) em 190 amostras provenientes de 5 gatos sem manifestações de PIF (PIF-) e de 10 gatos com manifestações clínicas e histopatológicas de PIF (PIF+). Com esse estudo, conclui-se que tanto a hipótese de mutação in vivo do FECoV para FIPV, quanto a hipótese de transmissão entre gatos do patotipo FIPV são plausíveis. No segundo capítulo, com o objetivo de avaliar a diversidade dos genes 3a-c, E e M foram sequenciados clones de amplicons para estes genes obtidos, de 6 gatos PIF+ e 2 gatos PIF-. Os genes 3a-c, E e M apresentaram diversidade gênica que confere a constituição das quasiespécies de coronavírus felino com probabilidade de emergência do patotipo de alta virulência, mas de um modo hospedeiro-específico. Com o segundo estudo, conclui-se que as linhagens FIPV de coronavírus felino apresentaram a proteína 3c truncada, sendo o gene 3c o único marcador de patotipo dos FCoVs observado dentre os genes estudados. Feline coronavirus (FCoV) occurs as a large genic diversity of strains and is classified as two pathotypes: feline enteric coronavirus (FECoV) and feline infectious peritonitis virus (FIPV). The FIPV pathotype is highly virulent and responsible for the onset of a highly fatal disease named feline infectious peritonitis (FIP), while the FECoV pathotype is widely disseminated in feline populations leading mostly to asymptomatic infections. No genic marker is currently known to differentiate the FECoV and FIPV pathotypes. This study has been divided in two chapters. In the first chapter, the aim was to evaluate the molecular diversity of the membrane (M) gene in 190 samples from 5 cats without FIP (FIP-) and 10 cats with clinical and histopathological evidence of FIP (FIP+). The conclusion of this study is that both the in vivo mutation hypothesis in the FECoV-to-FIP direction and the hypothesis of FIPV transmission amongst cats are plausible. In the second chapter, aimed to evaluate the diversity of genes 3a-c, E and M, clones of amplicons for these genes were obtained and sequenced from samples from six FIP+ and 2 FIP- cats. Genes 3a-c, E and M show a genic diversity that results in a quasispecies constitution of FCoV that leads to the probability of the emergence of the highly virulent pathotype in a host-specific way. The conclusion of this second study is that FIPV lineages show a truncated form of the 3C protein, making the 3c gene the only pathotype marker for FCoV observed amongst the genes studied herein.

Os vírus da Influenza Equina (EIV) (H3N8 e H7N7) pertencem à família Orthomyxoviridae, gênero Influenza A. Apesar de existirem poucos relatos de infecção humana pelo EIV, é conhecido o risco zoonótico e infecção interespécies. Serviços de vigilância epidemiológica da OIE e WHO informam que o subtipo H3N8 é isolado de surtos que ocorrem mundialmente, enquanto o subtipo H7N7, menos patogênico, não é isolado desde 1980, sendo então considerado um vírus extinto. Embora o EIV seja endêmico em nosso meio, há poucos trabalhos nacionais que tenham versado sobre a avaliação atual de anticorpos (Ac) anti-EIV presentes nos equídeos do Estado de São Paulo, o que motivou a realização do presente estudo. Os objetivos do presente trabalho foram: 1) avaliar a ação de diferentes tratamentos de soro descritos pela OIE e WHO para a remoção de inibidores inespecíficos da hemaglutinação em soros de 10 equinos vacinados (H3N8 A/Equi/Kentucky/1/1997), sendo eles: a) TPH: tripsina, metaperiodato de potássio seguido de adsorção de hemácias; b) KH: kaolin 20% seguido de adsorção de hemácias; e c) RDEH: RDE seguido de adsorção de hemácias; 2) avaliar a presença de Ac contra os vírus H3N8 e H7N7, em 84 equídeos não vacinados do Estado de São Paulo; 3) comparar a frequência de Ac contra H3N8 entre equídeos amostrados do estado de SP e de um painel de soros de equídeos do município de Mossoró - RN, região onde não há estudos sobre a circulação do EIV. Constatou-se que não houve diferença estatística entre os tratamentos de soro para a remoção de inibidores inespecíficos da hemaglutinação (p>0,05; confiança de 95%), todavia o tratamento RDEH apresentou resultados mais consistentes, corroborando a recomendação da OIE e da WHO de utilizar preferencialmente este tratamento. O perfil sorológico dos animais amostrados de SP sugere que circule o subtipo H3N8 e que o subtipo H7N7 circule de forma subclínica nos equídeos, o que é sustentado por outros trabalhos realizados no Brasil. Há evidências no Brasil sobre a detecção de anticorpos em equinos contra o subtipo H7N7, mesmo não havendo o isolamento deste no mundo desde 1980. No painel de soros do RN, onde a espécie Equus asinus era maioria, verificou-se a igualdade estatística entre as frequências de Equus caballus e Equus asinus positivos no teste de HI para o subtipo H3N8 (p>0,05; confiança de 95%), dado inédito em nosso meio. A frequência dos equídeos positivos no teste de HI para o subtipo H3N8 foi estatisticamente maior (p0.05; 95% confidence) however RDEH treatment showed results more consistent confirming OIE and WHO recommendation to use this treatment with priority. The serological profile of SP samples suggests H3N8 subtype circulates in those animals and H7N7 subtype might circulate in a subclinical form in equines, which is supported by other studies conducted in Brazil. There is evidence of antibodies detection against equine H7N7 subtype in Brazil, even without since 1980 isolation in the world. In animals from RN State which had Equus asinus representing a major fraction there was statistical equal frequencies of Equus caballus and Equus asinus positivity in HI test against H3N8 subtype (p>0.05; 95% of confidence), as unprecedented in the world. The frequency of positive equine against H3N8 subtype on HI test in SP was statistically higher (p

O Vírus de Influenza aviária pertence à família Orthomyxoviridae. Nos últimos anos vários subtipos da gripe aviária de baixa patogenicidade têm causado surtos e epidemia em humanos e aves domésticas. As aves selvagens e migratórias participam da manutenção e transmissão interespécie dos 16 subtipos de hemaglutinina e 9 subtipos de Neuraminidase na natureza. Nosso estudo teve como objetivo subtipar as amostras positivas através de teste sorológico de inibição da hemaglutinação (HI) e técnica de Biologia Molecular. Foram positivas as amostras das espécies: Elaenia mesoleuca (2), Sporophila lineola (1) Sporophila caerulescen (1), Vireo olivaceus (3), Columbina talpacoti (3), Paroaria dominicana (2), foram coletadas das reservas experimentais de campo localizadas no estado de São Paulo-Brasil,durante os anos de 1997 e 1998. Tais amostras foram identificadas por teste preconizado HI(de acordo com WHO) usando 20 soros imunes anti-influenza do tipo A e um do tipo B e análise de RT-PCR com sequenciamento do gene Hemaglutinina e Neuraminidase. O teste HI demonstrou que 12 amostras apresentou estreita afinidade com com soros imune A/HongKong/1/68 (H3N2), A/Equine/Miami/63 (H3N8) and A/Duck/Ukraine/63 (H3N8). As análises de sequenciamento do gene hemaglutinina e Neuraminidase desses isolados revelaram uma alta homologia com os do subtipos H3N2. As análise filogenética e variabilidade genética em comparação com as seqüências de Genbank representando diversos países, mostraram que nossas amostras apresentou estreita homologia com os vírus do subtipos que circularam em Victoria (1990), Siena (1991) e Beijim (1989). A análise de amino ácido indicou que há mutações não sinônimas no gene da Hemaglutinina exclusiva de nossas amostras e as mutações da Neuraminidase são sinônimos, quando comparadas com amostras de AIV de outros paises. Nossas Amostras quando análisadas a NA, não apresentaram mutações nos aminoácidos y285t e r297n que conferem resistencia aos inibidores da Neuminidase. Avian Influenza virus belongs to Orthomyxoviridae family. The last years several low pathogenic avian influenza subtypes have caused outbreaks and epidemic in human and poultry. The wild and migrating birds may be participating of maintenance and interspecies transmission of the sixteen subtypes of the Hemagglutinina and nine Neuraminidase in nature. Our study was aimed to subtype the positive samples for influenza A isolated from migrating and wild birds by molecular technique and Haemagglutination inhibition test (HI). The samples from species Elaenia mesoleuca (2), Sporophila lineola (1) Sporophila caerulescens (1), Vireo olivaceus (3), Columbina talpacoti (3), Paroaria dominicana (2), were collected in reserves and experimental field stations located in the São Paulo State - Brazil, during the years 1997 and 1998. The samples were identified by HI test (according WHO) using the 20 antibody patterns anti-influenza A type and one for the influenza type B and RT-PCR and Sequence analysis of Hemaglutinina and Neuraminidase gene. The HI test demonstrated that 12 samples presented an antigenic close relationship with A/HongKong/1/68 (H3N2), A/ Equine/Miami /63 (H3N8) and A/Duck/ Ukraine/ 63 (H3N8) antiserum.The sequencing analyses of Hemaglutinin and Neuraminidase gene of these 12 isolates revealed a high homology with H3N2. Phylogenetic analysis and genetic variability compared with genbank sequence representing several countries, showed that our current samples submitted close homology to that circulated in Victoria (1990), Siena (1991) and Beijim (1989). Amino acid analysis compared our samples with representative genbank samples all of mutation are synonymous.

Circovirus suíno 2 (PCV2) associado a doenças (PCVAD do inglês Porcine circovirus associated disease) pode se manifestar como infecção sistêmica, enterite, problemas reprodutivos, síndrome de dermatite e nefropatia suína e complexo de doenças respiratórias (PRDC). A ocorrência de PRDC, que afeta, principalmente, animais de crescimento e terminação, caracteriza-se por crescimento lento, tosse prolongada e dispnéia, assim como lesões macroscópicas características em pulmão. PCV2 possui três principais regiões abertas de leitura (ORFs): ORF-1 codifica proteínas envolvidas na replicação (gene Rep); ORF-2 codifica proteína estrutural do capsídeo (gene Cap) e ORF-3 codifica proteína envolvida na indução de apoptose celular. O gene Cap é a região mais variável do PCV2, havendo indícios da associação entre a proteína Cap e patogenicidade. De acordo com a nomenclatura unificada proposta por Segalés et al., três diferentes genótipos são atualmente reconhecidos (PCV2a, - 2b, -2c). O aumento na incidência e gravidade da PCVAD foi atribuído ao surgimento do PCV2b tornando-se o mais prevalente subtipo em países da América do Norte, Europa, e no Brasil. Diante dos prejuízos que a PRDC acarreta, 200 amostras de pulmão com e sem lesões pneumônicas macroscópicas foram analisadas para PCV2 pela PCR; 88,5 % (177/200) foram positivas para PCV2 por PCR corroborando com estudos em que o PCV2 foi encontrado em um grande numero de amostras e poderia desenvolver um papel da PRDC. Entretanto, não houve associação significativa entre amostras positivas e presença ou ausência de lesões pneumônicas macroscópicas (p=0,26). A análise filogenética de 27 amostras PCV2 positivas sequênciadas (22 genoma completo e cinco ORF-2 completa) foram agrupadas no genótipo PCV2b. Devido à alta identidade de nucleotídeos e aminoácidos entre as sequencias obtidas e as recuperadas de estudos anteriores com presença e ausência de PCVAD, não há indícios de associação entre patogenicidade e o subtipo de PCV2 identificado neste trabalho Porcine circovirus 2 (PCV2) associated disease (PCVAD) may manifest as systemic infection, enteritis, reproductive problems, dermatitis and nephropathy syndrome and porcine respiratory disease complex (PRDC). The occurrence of PRDC, which affects mainly the growing and finishing animals, characterized by slow growth, prolonged cough and dyspnea, as well as characteristic gross lesions in the lungs. PCV2 has three main regions denominated open reading frames (ORFs): ORF-1 encodes a protein involved in replication (Rep gene), ORF-2 encodes the capsid structural protein (Cap gene) and ORF-3 encodes a protein involved in the induction of cellular apoptosis. The Cap gene is the most variable region of PCV2, with evidence of association between the Cap protein and pathogenicity. According to an unified nomenclature proposed by Ségales et al., three different subtypes are currently recognized (PCV2a,-2b-2c). The increased incidence and severity of PCVAD was attributed to the rise of PCV2b becoming the most prevalent subtype in countries of North America, Europe, and Brazil. Given the damage that leads to PRDC, 200 samples of lungs with and without macroscopic pneumonic lesions were analyzed for PCV2 by PCR; 88.5% (177/200) were positive for PCV2 by PCR corroborating with studies in which PCV2 was found in a large number of samples and could develop a role in PRDC. However, there was no significant association between positive samples and the presence or absence of macroscopic pneumonic lesions (p=0.26). Phylogenetic analysis of the 27 samples PCV2 positive sequenced (22 complete genome and five complete ORF-2) were grouped in genotype PCV2b. Due to the high identity between the nucleotide and amino acid sequences obtained and retrieved from previous studies with presence and absence of PCVAD, there is no evidence of association between subtype and pathogenicity of PCV2 identified in this work

Circovírus suíno 2 (PCV2) é responsável pelas doenças associadas ao circovírus suíno (PCVAD do inglês Porcine circovirus associated disease) que engloba várias condições clínicas. Acomete suínos nas principais áreas produtoras do mundo causando grandes prejuízos. A situação acerca do conhecimento acerca da complexa patogenia e os múltiplos fatores de risco permitem compreender apenas em parte o verdadeiro impacto das PCVADs em suínos, sendo este um conhecimento mais amplo e dependente de resultados obtidos com infecções experimentais. Os objetivos do presente trabalho foram: i) verificar a infectividade do isolado brasileiro de PCV2 em animais infectados experimentalmente; ii) verificar a transmissão horizontal do isolado brasileiro de PCV2 em animais infectados experimentalmente; iii) avaliar a patologia do isolado brasileiro nos animais infectados experimentalmente; e iv) avaliar a resposta imune humoral nos animais infectados experimentalmente com o isolado brasileiro. Foram utilizados nove leitões divididos em três grupos com três animais cada: i) G1 animais inoculados por via intra-nasal, com aproximadamente 49 dias de idade; ii) G2 animais não inoculados mantidos na mesma baia que os G1; e iii) GC animais controle. Amostras de soro, suabes (nasal e fecal) e dados de desempenho foram coletados semanalmente. Amostras de tecidos foram coletadas durante a necropsia, aos 42 dias após a inoculação (dpi). Os animais do GC foram acompanhados até 140 dias de idade. A infecção pelo PCV2 foi avaliada através da descrição das manifestações clínicas, alterações anatômicas e histológicas, quantificação do DNA de PCV2 nas amostras de soro, suabes e tecidos e detecção de anticorpo anti-PCV2 no soro. As técnicas utilizadas foram coloração de tecido pela Hematoxilina-Eosina (HE), reação em cadeia pela polimerase quantitativa (PCRq), imunohistoquímica (IHQ) e ELISA ( do inglês enzyme-linked imunossorbente assay). Os resultados demonstraram que o isolado brasileiro induziu infecção subclínica nos animais inoculados (G1), demonstrado através da detecção de baixa carga de DNA viral nos tecido e soros, ausência de sinais clínicos e achados histopatológicos característicos de PCVAD, além da ausência de soroconversão nos três animais inoculados. A transmissão horizontal foi demonstrada, pois em um animal contactante (G2) foi recuperado o DNA de PCV2 em vários tecidos. No entanto, a ausência de soroconversão, não permitiu avaliar a resposta imune humoral nos diferentes grupos (G1 e G2). Fatores como idade dos animais no momento da inoculação (49 dias), via de inoculação, inóculo e ausência de co-agentes podem ter contribuído para o desencadeamento dos resultados observados. Porcine circovirus 2 (PCV2) is responsible for the porcine circovirus associated diseases (PCVAD) that encompasses several clinical conditions. It affects the main pig producing areas of the world, causing extensive damage. Currently, knowledge about the complex pathogenesis associated with the multiple risk factors provides insight into the true impact of PCVADs, depending on the extensive knowledge based on the experimental infections. The aims of this study were: i) verify the infectivity of the brazilian PCV2 in experimentally infected animals; ii) verify the horizontal transmission of the Brazilian PCV2 in experimentally infected animals; iii) evaluete the patology of Brasilian PCV2 in experimentally infected animals; iv) evaluete the humoral immune response in experimentally infected animals with the Brazilian isolate. Nine piglets were divided into three groups with three animal each: i) G1 inoculated animals by intranasally route, with approximately 49 days of age; ii) G2 non-inoculated animals maintained in the same pen that G1 and iii) GC control animals. Serum samples, swabs (nasal and fecal) and performance data were collected weekly. Tissue samples were collected during necropsy at 42 days post inoculation (dpi). Animals from GC were monitored up to 140 days of age. PCV2 infection was evaluated by clinical, anatomical and histological alteration, quantification of PCV2 DNA in serum samples, swabs and tissues and detection of PCV2 antibodies in serum. The techniques of tissue hematoxylin-eosin staining, polymerase chain reaction quantitative (PCRq), immunohistochemistry (IHC) and ELISA were used. The results showed that the Brazilian PCV2 virus induced subclinical infection in inoculated animals (G1), shown by the low viral DNA load in the tissue and serum, the lack of clinical and pathological signs of PCVAD and absence of seroconversion in the three inoculated animals. The horizontal transmission was demonstrated by the recovery of the viral DNA on one of contacting animals in various tissues. However, the absence of seroconversion, does not allowed the antibody levels evaluation in the different groups (G1 and G2). Factors such as age at the time of inoculation (49 days), route of inoculation, inoculum and absence of co-agents may contribute to the onset of the observed results.

A raiva é uma antropozoonose com alta letalidade, acomete todos os animais de sangue quente, essa doença causa enormes prejuízos econômicos ao rebanho pecuário nacional, é impossível estimar os custos reais com controle dessa doença, em decorrência do grande número de subnotificações. O uso de ferramentas moleculares permite identificar as linhagens virais circulantes, facilitando desse modo à compreensão da epidemiologia da raiva. A técnica de RT-PCR para amplificação parcial dos genes N e G, foi aplicada em 60 amostras positivas para o vírus da raiva pelas provas de imunofluorescência direta e prova biológica, procedentes dos Estados do Pará, Tocantins, Rondônia e Acre das espécies bovina, equídea, bubalina e suína. As sequências nucleotídicas obtidas para os genes N (41 amostras) e G (17 amostras) foram analisadas pelo algoritmo Neighbor-Joining e modelo evolutivo Kimura 2-parâmetros. Essa análise permitiu identificar distintas linhagens circulantes nas regiões estudadas, foi evidenciado ainda, um padrão de distribuição geográfico dessas linhagens. Além disso, este estudo possibilitou identificar marcadores moleculares para diferentes regiões geográficas, promovendo um melhor entendimento da epidemiologia molecular da raiva das linhagens circulantes da região em estudo. Rabies is an anthropozoonosis with high mortality, affects all warm-blooded animals, this disease causes major economic losses to livestock. It is difficult to estimate the actual costs of disease control, due to sub notification of cases. Molecular techniques allow identification of genetic viral strains circulating, improving rabies epidemiology comprehension. Sixty rabies virus isolates from bovines, equines, swine and buffaloes coming from the states of Pará, Tocantins, Rondônia and Acre were analyzed in the present study. All samples were previously submitted to direct immunofluorescence test and inoculation in mice, afterwards were submitted to RT-PCR for amplification of partial Nucleoprotein and Glycoprotein genes. Nucleotide sequences from nucleoprotein (41 samples) and glycoprotein G (17 samples) genes were analyzed by Neighbor-joining algorithm and Kimura two-parameter model. This analysis allowed to identify different genetic strains circulating and its geographic distribution patterns. Moreover this study revealed molecular markers for different geographic regions, promoting a better understanding of rabies molecular epidemiology of circulating strains of study area.

Os herpesvírus equinos do tipo 1 (EHV-1) e do tipo 4 (EHV-4) são considerados os principais agentes infecciosos para a espécie equina. Dentre as doenças causadas por estes agentes, destacam-se a rinopneumonite em animais jovens, o abortamento em fêmeas no terço final da gestação, a mortalidade perinatal em potros e a mieloencefalopatia. Estudos anteriores relatam ampla disseminação do EHV-1 na população eqüina no Estado de São Paulo, entretanto a ocorrência de infecção pelo EHV-4 não possui registro. Devido à similaridade antigênica entre os dois tipos virais, a diferenciação pelos métodos de sorodiagnóstico tradicionais, como a Soroneutralização e a Reação de Fixação de Complemento, não é possível. Assim, este trabalho avaliou, pela primeira vez no Estado de São Paulo, através de um teste de ELISA indireto que emprega uma região da glicoproteína G para diferenciar o EHV-1 do EHV-4 (iELISAgG),a presença de anticorpos específicos para os dois tipos de herpesvírus equino em 512 animais de 20 municípios de 8 mesoregiões do Estado de São Paulo, dentre equinos, muares e asininos, de ambos os sexos, diferentes faixas etárias, vacinados e não vacinados. As mesmas amostras foram testadas para o EHV através do teste de soroneutralização, tradicionalmente empregado para a pesquisa de anticorpos contra o vírus. Os resultados obtidos com a soroneutralização revelam 205/512 (40,03%) animais soropositivos. Através do teste de ELISA obteve-se 3/512 (0,59%) animais positivos para o EHV-1, 347/512 (67,77%) animais positivos para o EHV-4 e 108/512 (21,09%) animais positivos para ambos. O grupo de animais não vacinados apresentou 127/352 (36,07%) soropositivos pelo teste de soroneutralização; enquanto 4/352 (1,14%) foram positivos para o EHV-1, 237/352 (67,33%) foram positivos para o EHV-4 e 69/352 (19,6%) foram positivos para ambos, pelo teste de ELISA. O grupo de animais vacinados apresentou 78/160 (48,75%) soropositivos pelo teste de soroneutralização; enquanto 1/160 (0,63%) foram positivos para o EHV-1, 112/160 (70%) foram positivos para o EHV-4 e 37/160 (23,13%) foram positivos para ambos, pelo teste de ELISA. Os resultados sugerem baixa circulação de EHV-1 e alta circulação de EHV-4, de acordo com os resultados encontrados nos animais não vacinados. A análise de correlação entre os dois testes empregados mostrou baixa concordância. The equine herpesvirus type 1 (EHV-1) and type 4 (EHV-4) are considered the major infectious agents for the equine species. Among the diseases caused by these agents, we highlight the rinopneumonite in young animals, abortion in females in the final third of pregnancy, perinatal mortality in foals and encefalopathy. Previous studies have reported wide spread of EHV-1 equine population in the State of São Paulo, however the occurrence of infection with EHV-4 is not registered. Due to the antigenic similarity between the two virus types, the differential serodiagnosis by traditional methods such as neutralization and complement fixation reaction, it is not possible. Thus, this study evaluated the first time in São Paulo, through an indirect ELISA employing a region of glycoprotein G to differentiate EHV-1 EHV-4 (iELISAgG), the presence of specific antibodies to the two types of equine herpesvirus in 512 animals from 20 municipalities in 8 regions the State of São Paulo, among horses, mules and donkeys of both sexes, different age groups, vaccinated and unvaccinated. The same samples were tested for EHV through the neutralization test, traditionally used for the detection of antibodies against the virus. The results obtained with the neutralization revealed 205/512 (40.03%) seropositive animals. By ELISA we obtained 3/512 (0.59%) animals positive for EHV-1, 347/512 (67.77%) animals positive for EHV-4 and 108/512 (21.09% ) animals positive for both. The group of unvaccinated animals showed 127/352 (36.07%) HIV-positive by serum neutralization test, while 4/352 (1.14%) were positive for EHV-1, 237/352 (67.33%) were positive for EHV-4 and 69/352 (19.6%) were positive for both ELISA. The group of vaccinated animals showed 78/160 (48.75%) seropositive by neutralization test, while 1 / 160 (0.63%) were positive for EHV-1, 112/160 (70%) were positive for EHV-4 and 37/160 (23.13%) were positive for both ELISA. The results suggest low circulation of EHV-1 and high circulation of EHV-4 according to the results found in unvaccinated animals. The correlation analysis between the two tests employed showed poor agreement

Erysipelothrix rhusiopathiae é um importante patógeno em suinocultura e apesar do uso freqüente de vacinas contra o mesmo na maior parte das propriedades produtoras do país, a ocorrência de quadros clínicos da infecção tem sido amplamente observada e diagnosticada. Tendo em vista o ressurgimento deste agente como causa de prejuízos econômicos para a indústria suinícola nacional e seu potencial risco à saúde pública, este estudo teve como objetivo caracterizar 151 amostras de Erysipelothrix spp. isoladas de suínos nos útlimos 30 anos por meio de sorotipagem, determinação da susceptibilidade antimicrobiana, AFLP e PFGE. Dentre os 151 isolados, 139 foram classificados em 18 sorotipos diferentes (1a, 1b, 2a, 2b, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 15, 17, 19, 21, 24 e 25), sendo que o sorotipo 2b foi o mais freqüente. Os perfis de susceptibilidade antimicrobiana foram muito semelhantes entre os isolados, o que impossibilitou a subtipagem dos isolados de Erysipelothrix spp. pelos testes de sensibilidade. Dentre os primers testados no AFLP, o HI-G foi o mais adequado à tipagem molecular de Erysipelothrix spp. Apesar do AFLP/HI-G e da PFGE apresentarem o mesmo índice discriminatório (0,98), a PFGE apresentou melhor relação com os dados epidemiológicos que o AFLP/HI-G, tendo em conta os agrupamentos por ela gerados. Independente da técnica molecular empregada, não foi observado a discriminação entre isolados recentes e históricos, bem como um padrão epidemiológico fixo de agrupamento dos mesmos. Contudo, o AFLP/HI-G pode ser uma alternativa interessante para diferenciar as espécies de Erysipelothrix, assim como a PFGE tem grande potencial para agrupar isolados deste gênero de acordo com os sorotipos. Erysipelothrix rhusiopathiae is an important pathogen in swine production and even with the frequent use of vaccines against it in most of Brazilian pig farms, the occurrence of clinical manifestations of its infection has been widely observed and diagnosed. Given the resurgence of this agent as a cause of economic losses to the national pig industry and its potential risk to public health, this study aimed to characterize 151 samples of Erysipelothrix spp. isolated from swine in last 30 years by serotyping, determination of antimicrobial susceptibility, AFLP and PFGE. Among the 151 isolates, 139 were classified in 18 different serotypes (1a, 1b, 2a, 2b, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 15, 17, 19, 21, 24 and 25) and serotype 2b was the most frequent. The susceptibility profiles were very similar among the isolates, which precluded the subtyping of Erysipelothrix spp. isolates by sensitivity tests. Among the primers tested in AFLP, the HI-G was the most suitable for molecular typing of Erysipelothrix spp. Despite AFLP/HI-G and PFGE provided the same discriminatory index (0.98), PFGE presented better relationship with epidemiological data than AFLP/HI-G, given the types of groups generated by it. Regardless of the molecular technique employed, there was no discrimination between recent and historical isolates as well as a fixed epidemiological pattern of grouping them. Nevertheless AFLP/HI-G could be an interesting alternative for Erysipelothrix species discrimination, even as PFGE has a good potential to diferenciate this genus according to serotypes.

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

A Febre Amarela (FA) é uma doença viral infecciosa, não contagiosa que pode se manifestar desde um quadro febril até a forma clássica íctero-hemorrágica, cujo agente etiológico é o vírus da febre amarela (VFA). A doença tem avançando para as regiões Sudeste e Sul com um aumento de 4 vezes no número de vítimas fatais. O presente trabalho teve como objetivos avaliar a possível circulação do vírus da febre amarela silvestre, através da detecção de anticorpos IgM por meio da técnica de MAC-ELISA, e anticorpos IgG, pelas técnicas de Inibição da hemaglutinação e Neutralização; detecção do genoma viral utilizando a técnica de RT-PCR no soro de indivíduos assintomáticos; bem como avaliar a proteção vacinal, por meio da técnica de neutralização em soros de indivíduos das zonas rurais do município de Jacupiranga e Teodoro Sampaio. Um total de 238 soros foram coletados, 152 (Jacupiranga) e 86 (Teodoro Sampaio). Foram detectados um total 15,9% (38/238) de anticorpos IH contra o vírus selvagem e/ou vacinal. Destes 13,16% (5/38) anticorpos IH foram provenientes dos soros de Jacupiranga e 86,84 (33/38) de Teodoro Sampaio. Anticorpos neutralizantes foram detectados em 34% (13N/38IH) dos IH reativos, destes 15,38% (2/13) foram oriundos deJacupiranga e 84,62% (11/13). A detecçção de anticorpos neutralizantes nos indivíduos de Jacupiranga levantam a necessidade de pesquisas futuras na busca do vírus da febre amarela nos seus reservatórios selvagens e vetores. Não houve a detecção do genoma viral por RTPCR nas duas populações, bem como a detecção de anticorpos IgM específicos, por meio das reações de MACELISA, o que evidencia a não circulação recente deste vírus na população estudada. O grau de imunizaçao na população de Teodoro Sampaio, com histórico de vacinação, por meio das reações de IH e Neutralização foi baixo, uma vez que somente 42,30% da população apresentou anticorpos inibidores da hemaglutinação e o grau de proteção pela reação de neutralização foi de apenas 33,33%. Este trabalho aponta não só para a necessidade de monitoramento pós-vacinal em áreas endêmicas de febre amarela, com indicação de vacinação, como também a necessidade de estudos epidemiológicos, uma vez que se detectou reação monotípica no teste do IH, além de anticorpos neutralizantes para o vírus selvagem da febre amarela em um indivíduo residente em município de risco para a febre amarela. Yellow fever (YF) is an non-contagious infection disease. The clinical signs can be a nonspecific fever or the classical ictero-hemorrhagic form as a result of the Yellow Fever virus (YFV) infection. Considering the recent spread of the disease to the South and Southeast of Brazilian regions and the increased number of fatal cases, the aim of this study was to evaluate the possible circulation of the YFV, using the IgM enzyme-linked immnunosorbent assay (MACELISA) and Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), as well as, to conduct a serological inquire and evaluate the protective vaccine response, by the hemagglutination inhibition test (HI) and serum neutralization test (SN), in the rural population of Jacupiranga and Teodoro Sampaio, located in the southern region of Brazil. A total of 238 serum samples were tested, 152 from Jacupirang and 86 from Teodoro Sampaio. Of the serum collected, 15,9% (38/238) were positive by HI, using wild and vaccine strains of YF, and out of these 13,16% (5/38) were from Jacupiranga and 86,84% (33/38) were from Teodoro Sampaio. Neutralizing antibodies were detected in 34% of the HI positive samples (13SN/38HI) and out of these 15,38% (2/13) were from Jacupiranga and 84,62% (11/13) were from Teodoro Sampaio. None of the samples were positive by MACELISA and RT-PCR indicating no evidences of recent virus circulation in the population analyzed in this study. However, the YF neutralizing antibodies detection in samples from Jacupiranga indicates the necessity of further researches in order to detect the YFV in its wild reservoirs and vectors. On the other hand, considering that 42,30% of the Teodoro Sampaio samples were positive by HI and out of these only 33,33% had neutralizing antibodies to the YFV, our results also pointed out to the importance of pos-vaccination protective immunity surveys, in order to evaluate the efficiency of the vaccines in endemic areas.

Morcegos vêm recebendo crescente importância em Saúde Pública, pois são os principais reservatórios para a raiva em diversas partes do mundo. Estudos filogenéticos baseados no gene N demonstraram que os vírus da raiva (RABV) encontrados em morcegos frugívoros Artibeus spp. são próximos àqueles associados ao morcego hematófago Desmodus rotundus, mas pouco se conhece sobre a diversidade genética do RABV nestes morcegos. Este estudo teve como objetivos avaliar a filogenia de linhagens do RABV variante três (AgV3) relacionadas a morcegos Artibeus spp. e D. rotundus, com base em sequências do gene N e do gene G, e a possibilidade de distinção entre isolados de vírus da raiva detectadas em Artibeus spp. e D. rotundus para a epidemiologia molecular da raiva. Vinte amostras do RABV isoladas de Artibeus spp. e 15 obtidas de bovinos e relacionadas ao D. rotundus, todos do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a RT -PCRs, e os amplicons gerados submetidos ao sequenciamento de DNA, e as sequências alinhadas com sequências homólogas obtidas do GenBank para a construção de árvores Neighbor-Joining de nucleotídeos (modelo MCL) e aminoácidos (modelo Poisson), utilizando European bat lyssavirus 1 (EBLV1) como outgroup. A árvore filogenética gerada para o gene N demonstrou a formação de três grupos apoiados em bootstraps de no mínimo 60%. Estes grupos foram denominados como grupo D, exclusivamente com isolados relacionadas ao D. rotundus e A1 e A2 principalmente com isolados de Artibeus spp., enquanto que para o gene G, segregaram em duas linhagens, ou seja, relacionadas ao D. rotundus (grupo D) e relacionadas ao Artibeus spp. (grupo A). Para todos os grupos as identidades de aminoácidos foram superiores às de nucleotídeos, uma indicação da predominância de substituições sinônimas. Concluindo, padrões gênero-específicos para isolados do RABV AgV3 foram detectados em D. rotundus e Artibeus spp., com uma topologia concordante para linhagens fixas em cada um destes quirópteros. Estes resultados mostram uma intrincada relação com o hospedeiro na história evolutiva do RABV, sob o ponto de vista básico, como também a determinação das fontes de infecções na epidemiologia molecular da raiva. Bats have been assigned an increasing importance in Public Health as these are the main rabies reservoirs in many parts of the world. Phylogenetic studies based on the N gene have shown that rabies virus (RABV) strains from Artibeus spp. frugivorous bats are closely associated to those from the vampire bat Desmodus rotudus, but little is known about the genetic diversity of RABV in these bats. This study aimed to assess the phylogeny of RABV strains from the antigenic variant 3 (AgV3) from these bats based on N and G sequences and to evaluate the possibility of distinction between RABV lineages of these for the molecular epidemiology of rabies. Twenty RABV strains isolated from Artibeus spp. bats and 15 obtained from cattle and related to D. rotundus, all from Sao Paulo State, Brazil, were submitted to RT-PCRs to the N and G genes amplifications and the amplicons were submitted to cycle sequencing; the sequences were aligned with homologous sequences retrieved from the Genbank for the construction of Neighbor-Joining trees for nucleotides (MCL model) and amino acids (Poisson model) with European bat lyssavirus 1 (EBLV1) as outgroup. N gene tree showed three major clusters with bootstraps 60% and named as clusters D, exclusively with strains related to D. rotundus and A1 and A2, chiefly with Artibeus spp. strains while for the G gene only two lineages, i.e., D. rotundus related (cluster D) and Artibeus-related (cluster A) were formed. For all the groups the amino acids identities were superior to the nucleotides identities, an indication of the predominance of synonymous substitutions. As a conclusion, genus specific lineages of AgV3 RABV have been detected in D. rotundus and Artibeus spp. bats with a concordant topology for fixed strains for each of these two bat genus. These results not only show an intricate host-relationship of RABV evolutionary history on the basic point of view, but have an invaluable application for the determination of sources of infections in rabies molecular epidemiology.

Doenças infecciosas entéricas das aves comerciais apresentam uma etiologia complexa e são distribuídas mundialmente, acarretando elevadas perdas econômicas. Aliadas à possibilidade de infecções únicas ou concomitantes entre diversos patógenos, as gastroenterites podem se refletir em outros sistemas, contribuindo ainda mais para a queda da performance dos lotes. Recentemente, foi detectado um coronavírus no conteúdo intestinal de aves apresentando despigmentação e diarréia. Este vírus, denominado de CECoV (chicken enteric coronavírus) é sugestivo de pertencer ao grupo 2, divergente dos demais coronavírus comuns em aves, pertencentes ao grupo 3 do gênero Coronavirus. No Brasil, há uma grande necessidade no conhecimento acerca da participação dos agentes virais nas diarréias de aves, sendo este um passo fundamental para o estabelecimento de medidas profiláticas específicas e para a exportação de produtos avícolas. Este estudo teve por objetivos detectar este coronavírus do grupo 2 em aves de corte, poedeiras comerciais e matrizes com e sem diarréia pela técnica de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente (gene RdRp) dos coronavírus do grupo 2, estabelecer a relação genealógica entre diversas amostras detectadas deste vírus com base em seqüências dos genes RdRp, gene codificador da proteína de espícula (S), gene codificador da proteína hemaglutinina-esterase (HE), gene 5, gene 3 e região 3\'UTR e realizar o diagnóstico diferencial com reovírus, rotavírus, variedades enterotrópicas do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBIG), astrovírus e adenovírus. O coronavírus CECoV foi detectado em 25 de 119 amostras de conteúdo entérico de aves de corte, matrizes e poedeiras com e sem diarréia, em diversas granjas produtoras no Brasil, pela técnica da reação em cadeia pela polimerase dirigida ao gene RdRp. O CECoV tem papel como agente primário e secundário em processos patológicos do trato digestório de aves e, ao serem analisadas filogeneticamente, diferentes amostras de CECoV formaram um grupo único com base no gene RdRp dentro do grupo 2 do gênero Coronavirus, possuindo homologia com coronavírus do grupo 3 na região 3\'UTR, sendo sua origem sugerida como um evento de recombinação entre coronavírus dos grupos 2 e 3. Através do estabelecimento de uma rotina de diagnóstico diferencial, as freqüências de ocorrência de vírus entéricos em aves de produção criadas nas 119 granjas no Brasil foram: rotavírus=48,74%, reovírus=2,52%, VBIG=65,54%, CECoV=21% e astrovírus=3,36%. Infectious enteric diseases in poultry have a complex etiology and a worldwide distribution, causing large economic losses. Along with the possibility of single or multiple infections by different pathogens, enteric diseases may also be reflected in other systems, contributing even more to the fall of performance in the affected flocks. Recently, a coronavirus was detected in the intestinal contents of chickens with depigmentation and diarrhea. This virus, named CECoV (chicken enteric coronavirus), has been suggested as belonging to group 2, divergent of the common avian coronaviruses, which belongs to the group 3 of the genus Coronavirus. In Brazil, there is a great need for the knowledge on the role of viral agents in diarrhea of poultry, what is a fundamental step for the establishment of specific prophylactic measures and for the exportation of poultry-derived products. The present study aimed the detection of this group 2 coronavirus in broilers, laying hens and breeders with and without diarrhea using a PCR targeted to the gene coding for the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) of group 2 coronaviruses, the establishment of the genealogical relationship among the different strains detected based on sequences of the RdRp, the genes coding for the spike protein (S gene), hemagglutinin-esterase protein (HE gene), gene 5, gene 3 and the 3\' UTR and the differential diagnosis with reovirus, rotavirus, enterotropic strains of infectious bronchitis virus (IBV), astrovirus and adenovirus. CECoV was found in 25 out of 119 samples of enteric contents of broilers, breeders and laying hens in different farms in Brazil using the PCR to the RdRp. CECoV has a role as a primary and secondary pathogen in pathological processes of the enteric tract of poultry and the phylogenetic analysis showed that different strains of CECoV formed an unique cluster based on the RdRp inside the group 2 of coronaviruses, harboring homology with group 3 coronaviruses in the 3\'UTR, being its origin suggested as a recombination event between coronaviruses of groups 2 and 3. By the establishment of a routine of diagnosis, the frequencies of enteric viruses in the 119 poultry farms surveyed were: rotavirus = 48.74%, reovirus = 2.52%, IBV = 65.54%, CECoV = 21% and astrovirus = 3.36%.

O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é principal agente causador de infecções do trato respiratório inferior em crianças e lactentes. Um diagnóstico rápido e preciso evitaria o uso desnecessário de antibióticos, nos casos em que a infecção é viral. A reação em cadeia da polimerase após transcrição reversa (RT-PCR) e o ensaio de imunofluorescência indireta (IFI) são considerados ferramentas importantes na detecção do HRSV, pela alta sensibilidade e especificidade. Visando simplificar e minimizar os riscos de contaminação freqüentes, em duas etapas, foi padronizada uma reação em tubo único para detecção do HRSV em amostras clínicas. Aspirados de nasofaringe de 226 crianças de 0-5 anos de idade, com doença respiratória, atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (HU-USP), foram testados por imunofluorescência indireta, RT semi Nested PCR e RT-PCR em tubo único. Cento e duas amostras (45,1%) foram positivas em pelo menos uma das técnicas e 75 (33,2%) em todas. Três (1,3%) amostras foram positivas por IFI e RT semi Nested PCR, 1 (0,4%) foi positiva por IFI e RT-PCR em tubo único, 5 (2,2%) amostras foram positivas somente por IFI, 2 (0,9%) somente por RT semi Nested PCR e 16 (7,1%) amostras foram positivas pela RT semi Nested PCR e RT-PCR em tubo único. A RT-PCR em tubo único mostrou ser uma técnica rápida, sensível e específica, e o uso combinado de dois métodos aumenta a detecção do HRSV. Respiratory Syncytial Virus is the main cause of acute lower respiratory tract infection (ALTRs) in infants, elderly and immunodepressed patients. Rapid diagnosis of Respiratory Syncytial Virus (RSV) infection is necessary to efficient treatment, avoiding the unnecessary use of antibiotics and determining patient isolation requirements. The reverse trancriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and indirect immunofluorescence assay (IFA) methods have been referred as important tools for virus detection considering the high sensitivity and specificity, respectively of such methods. In order to maximize the simplicity and minimize the risk of sample cross-contamination by two steps RT-PCR, we developed a RT-PCR using a single-tube to detect HRSV in clinical samples. Nasopharyngeal aspirates (Nas) of 226 patients with acute respiratory illness, ranging 0-5 years old, were collected at the University of São Paulo Hospital (HU-USP) in São Paulo city. Samples were tested by indirect immunofluorescence assay, RT semi Nested PCR and single-tube RT-PCR. One hundred two (45,1%) of the 226 samples were positive at least by one of the three methods tested and 75 (33,2%) were positive by all methods. Three (1,3%) samples were positive only by IFI and RT semi Nested PCR, 1 (0,4%) sample were positive only by IFI and RT-PCR single-tube, 5 (2,2%) were positive only by IFI, 2 (0,9%) were positive only by RT semi Nested PCR and 16 (7,1) were positive only RT semi Nested PCR and RT-PCR single-tube. RT-PCR single-tube, showed to be fast, sensitive and specific for diagnosis of RSV and the combined use of both methods enhanced HRSV detection.

Os objetivos desse trabalho foram avaliar in vitro a sensibilidade de zigotos murinos à Brucella abortus, assim como a eficácia das lavagens seqüenciais e do tratamento com tripsina, padronizados pela International Embryo Transfer Society, na sua remoção e/ou inativação, a fim de estabelecer um modelo acessível para o estudo de interações embriões-patógenos. Para a coleta dos zigotos, foram utilizados camundongos fêmeas (Swiss Webster), púberes, nulíparas, 6-8 semanas de idade, acasaladas com machos inteiros da mesma linhagem, após superestimulação ovariana. Para a infecção foi utilizada a bactéria B.abortus 1119.3. A suspensão de bactérias foi preparada no momento da inoculação, na diluição de 106 bactérias/ml. Os zigotos obtidos foram separados em controle e infectados. A infecção dos zigotos foi feita com 30µl da suspensão de bactérias, e após 24h e 96h foram analisados quanto à morfologia e taxa de clivagem. Os procedimentos de lavagem seqüencial e tratamento com tripsina foram realizados após 24h. Para detecção da bactéria após os procedimentos de lavagem, as amostras foram inoculadas em cultura de bactérias e submetidas ao teste de reação em cadeia pela polimerase (PCR). Uma amostra da última gota de lavagem de cada grupo também foi testada. Para analise estatística dos resultados foi utilizado o teste do χ2. No grupo controle não foram verificadas alterações morfológicas, já no infectado foi possível verificar a presença de blastômeros irregulares, falha de divisão, citoplasma com granulação e aspecto degenerativo. As taxas de clivagem obtidas foram de 77,4% (controle) e 59,2% (infectados) (χ2 de 0,001674; p