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Fungi are important for biomass degradation processes in mangrove forests. Given the presence of sea water in these ecosystems, mangrove fungi are adapted to high salinity. Here we isolate Pestalotiopsis sp. NCi6, a halotolerant and lignocellulolytic mangrove fungus of the order Xylariales. We study its lignocellulolytic enzymes and analyse the effects of salinity on its secretomes. De novo transcriptome sequencing and assembly indicate that this fungus possesses of over 400 putative lignocellulolytic enzymes, including a large fraction involved in lignin degradation. Proteomic analyses of the secretomes suggest that the presence of salt modifies lignocellulolytic enzyme composition, with an increase in the secretion of xylanases and cellulases and a decrease in the production of oxidases. As a result, cellulose and hemicellulose hydrolysis is enhanced but lignin breakdown is reduced. This study highlights the adaptation to salt of mangrove fungi and their potential for biotechnological applications.

International audience; Data integration is a key challenge for modern bioinformatics. It aims to provide biologists with tools to explore relevant data produced by different studies. Large-scale international projects can generate lots of heterogeneous and unrelated data. The challenge is to integrate this information with other publicly available data. Nucleotide sequencing throughput has been improved with new technologies; this increases the need for powerful information systems able to store, manage and explore data. GnpIS is a multispecies integrative information system dedicated to plant and fungi pests. It bridges genetic and genomic data, allowing researchers access to both genetic information (e.g. genetic maps, quantitative trait loci, markers, single nucleotide polymorphisms, germplasms and genotypes) and genomic data (e.g. genomic sequences, physical maps, genome annotation and expression data) for species of agronomical interest. GnpIS is used by both large international projects and plant science departments at the French National Institute for Agricultural Research. Here, we illustrate its use. Database URL: http://urgi.versailles.inra.fr/gnpis.

International audience; Microbial mannanases are biotechnologically important enzymes since they target the hydrolysis of hemicellulosic polysaccharides of softwood biomass into simple molecules like manno-oligosaccharides and mannose. In this study, we have implemented a strategy of molecular engineering in the yeast Yarrowia lipolytica to improve the specific activity of two fungal endo-mannanases, PaMan5A and PaMan26A, which belong to the glycoside hydrolase (GH) families GH5 and GH26, respectively. Following random mutagenesis and two steps of high-throughput enzymatic screening, we identified several PaMan5A and PaMan26A mutants that displayed improved kinetic constants for the hydrolysis of galactomannan. Examination of the three-dimensional structures of PaMan5A and PaMan26A revealed which of the mutated residues are potentially important for enzyme function. Among them, the PaMan5A-G311S single mutant, which displayed an impressive 8.2-fold increase in k(cat)/K-M due to a significant decrease of K-M, is located within the core of the enzyme. The PaMan5A-K139R/Y223H double mutant revealed modification of hydrolysis products probably in relation to an amino-acid substitution located nearby one of the positive subsites. The PaMan26A-P140L/D416G double mutant yielded a 30% increase in k(cat)/K-M compared to the parental enzyme. It displayed a mutation in the linker region (P140L) that may confer more flexibility to the linker and another mutation (D416G) located at the entrance of the catalytic cleft that may promote the entrance of the substrate into the active site. Taken together, these results show that the directed evolution strategy implemented in this study was very pertinent since a straightforward round of random mutagenesis yielded significantly improved variants, in terms of catalytic efiiciency (k(cat)/K-M).

SPE IPM

Bgpi : Equipe 6; Malgré leur rôle primordial dans les écosystèmes, les insectes, qui représentent les trois quarts des espèces animales identifiées, sont encore mal connus. Leur relation avec le règne végétal et l’espèce humaine, que ce soit comme compétiteurs au niveau des cultures ou comme auxiliaires, notamment par la pollinisation, revêt pourtant une importance majeure. Pour mieux comprendre les grandes fonctions des insectes, leur fonctionnement individuel et populationnel, leurs interactions avec les composantes de l’écosystème – en particulier les plantes – et plus globalement leur intégration dans les milieux naturels et anthropisés, cet ouvrage propose ainsi la première synthèse en français sur un domaine ayant connu récemment d’importants développements. Il offre une revue complète et actualisée des grands courants de pensée, des approches et des découvertes dans les différents champs disciplinaires : physiologie animale et végétale, éthologie, écologie chimique, biologie évolutive, agronomie, paléoentomologie... Il présente par ailleurs les multiples applications des recherches pour réduire l’impact des insectes ravageurs sur les cultures, tout en limitant l’usage des insecticides. Des questions souvent sujettes à controverse sont revisitées à la lumière des connaissances scientifiques actuelles : plantes transgéniques, impact des changements climatiques sur l’extension des aires de distribution de ravageurs ou de vecteurs... Illustrée de nombreuses figures et photos, cette somme à vocation pédagogique s’adresse aux étudiants, enseignants et chercheurs, mais aussi à tous les lecteurs intéressés par les relations complexes entre le monde des insectes et le règne végétal.

Les Fusarium sont des champignons qui infectent diverses céréales.Plusieurs espèces sont impliquées dans des infections opportunistes chez l’animal ou l’être humain, regroupées sous le nom de « fusariose ». Certaines espèces de Fusarium sont connues pour coloniser de nombreuses céréales, graminées et autres plantes. D’autre part, certains Fusarium sont producteurs de puissantes mycotoxines et peuvent donc poser des problèmes sérieux pour la santé. Les agriculteurs sont exposés. La plupart de ces particules fongiques reste en suspension dans l’air, lors de chaque manipulation du grain ou de la paille. En fonction de leur taille, elles peuvent arrêter leur parcours au niveau du nez ou pénétrer dans les poumons. La question se pose d’analyser l’effet sur la santé d’une telle exposition.

Traceability is defined according to ISO 9000 as the ability to retrieve the origin and use of an article or an activity through a registered method. Its implementation in the timber industry is delayed because of limits of classical identification systems with regard to the nature of timber and features of the manufacturing process. One hypothesis of tracing the source of timber and its products is by analysing in a global way the microbial communities of timber and linking this analysis statistically to its geographical origin. We proposed a very innovative tool of fungi ecology, the polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE), that was used to characterise the fungi flora of two tropical timbers species, teak and limbali from four countries: Côte d'Ivoire, Cameroon, Central African Republic and French Polynesia. The aim was to show if there was statistical relation between the fungal communities of the timbers and their geographical origins. PCR-DGGE method is a new, simple and cheap traceability tool that can trace the original locations of timbers.

Dans les régions tropicales humides, concilier intensification agricole et protection des ressources naturelles est un défi majeur et difficile à relever. Dans les savanes acides du nord-est laotien, des systèmes de culture de semis direct sur couverture végétale (SCV), basés sur les trois principes du non-labour, d’une couverture permanente du sol, et sur la pratique de rotations culturales diversifiées, sont proposés comme alternative technique à l’intensification agricole conventionnelle basée sur le labour. Si ces systèmes ont connu une diffusion importante et rapide dans les grandes agricultures mécanisées, leur diffusion reste néanmoins à ce jour limitée en contexte de petite agriculture familiale, aves de fait peu d’études relatives à leurs impacts agronomiques, économiques et écologiques. Par ailleurs, malgré le rôle essentiel des microorganismes telluriques dans le fonctionnement biologique et les services écosystémiques fournis par les sols, l’effet de ces systèmes sur les communautés microbiennes des sols reste encore largement méconnu. Dans ce contexte, cette thèse a pour objectif d’évaluer, à l’échelle de la parcelle agricole et à partir d’expérimentations menées au champ et en conditions contrôlées en laboratoire, l’impact de systèmes SCV vs. labour sur les propriétés des sols, leur fonctionnement biologique et les services écosystémiques qu’ils fournissent. Dans un premier chapitre, nous proposons une évaluation agronomique et économique de ces systèmes. Après trois années de culture, les résultats techniques sont favorables aux systèmes SCV avec des rendements grain, des marges brutes à l’hectare, des productivités du travail et des rendements paille similaires à supérieurs à ceux du labour. Les systèmes SCV nécessitent cependant un investissement financier initial et une maîtrise technique plus importants par rapport au système conventionnel basé sur le labour, ce qui les rend économiquement plus risqués à court terme. Dans un deuxième chapitre, nous analysons l’impact de ces systèmes agricoles sur les propriétés physico-chimiques et le fonctionnement microbiologique des sols par le biais d’outils issus de l’écologie moléculaire (extraction et caractérisation de l’ADN du sol) et de l’écologie fonctionnelle (mesure des activités microbiennes). Après deux ans de culture, nos résultats montrent que, contrairement au labour, les systèmes SCV permettent d’améliorer les propriétés physico-chimiques des sols (stabilité des agrégats, teneurs en carbone et en azote, disponibilité en éléments minéraux) tout en maintenant l’abondance et la diversité des communautés microbiennes des sols (bactéries et champignons). En parallèle, l’incubation de sols et la mesure d’activité de minéralisation après ajout de résidus végétaux marqués au 13C met en évidence un lien positif entre la minéralisation des résidus de culture et la diversité bactérienne sous le traitement labour. Elle montre par ailleurs un lien positif entre la minéralisation du carbone des sols, le priming effect (sur-minéralisation du carbone organique natif du sol suite à l’apport de substrats riches en énergie) et la diversité fongique sous le témoin (prairie naturelle). Les systèmes SCV se positionnent comme des situations écologiques intermédiaires entre labour et pâturage naturel, et représentent, de fait, un bon compromis entre le besoin d’intensifier la production agricole, et celui de préserver l’intégrité patrimoniale et fonctionnelle des sols. Dans un troisième chapitre, la spectroscopie dans le proche infra rouge (NIRS) est évaluée comme indicateur potentiel synthétique de la qualité des sols. L’analyse en composante principale des spectres bruts montre une différenciation nette des terroirs et des modes d’usage. L’utilisation de la NIRS pour prédire les caractéristiques des sols se montre par ailleurs très satisfaisante pour la texture, et les teneurs en carbone et azote du sol, mais moyennement à peu satisfaisante pour les autres caractéristiques du sol. Son utilisation comme outil de pilotage de la qualité des sols dépend principalement de l’accessibilité aux bases de données spectrales et aux outils de traitement informatique de ces données. Cette étude représente une des évaluations agroécologiques les plus complètes réalisées sur les SCV en contexte de petite agriculture familiale engagée dans un processus d’intensification agricole. Ce travail met en évidence un impact positif de ces systèmes sur la productivité, la rentabilité et la durabilité de la production agricole. Nos résultats montrent par ailleurs l’intérêt des indicateurs microbiens pour l’évaluation précoce de l’impact des modes d’usage sur les propriétés et le fonctionnement biologique des sols. Une telle évaluation constitue une condition nécessaire, mais pas suffisante, pour l’adoption et la diffusion de ces systèmes en milieu paysan. Des appuis institutionnels, techniques et financiers à long terme sont nécessaires pour qu’ils puissent devenir une alternative crédible à l’intensification actuelle basée sur le labour.

International audience; Si les champignons n'existaient pas, notre planète serait radicalement différente ! Qu'est-ce qu'un champignon ? Comment les champignons se reproduisent-ils ? Où vivent-ils ? De quoi se nourrissent-ils ? Quels « contrats » passent-ils avec les plantes ? Pourquoi sont-ils indispensables à la survie des forêts ? Quels êtres vivants consomment des champignons ? Quels produits alimentaires ou médicaments n'existeraient pas sans eux ? Etc.Lorsqu'on parle des champignons, c'est le plus souvent pour des raisons gastronomiques, parfois pour évoquer les dommages qu'ils causent aux humains, aux animaux, aux cultures ou encore aux objets. Mais on ignore souvent que ces organismes discrets jouent un rôle essentiel dans la biosphère et ont lié avec nous des relations millénaires.Cet ouvrage, sans équivalent en France, vise à permettre au plus grand nombre d'accéder à une compréhension de la biologie des champignons, afin notamment de mieux appréhender leur diversité et leur rôle fondamental dans l'environnement.

En 2012, l'INRS a souhaité mener une réflexion sur les besoins d'études épidémiologiques sur le thème des perturbateurs endocriniens (PEs) en milieu de travail et l'identification des PEs prioritaires.

The fate of a racemic lactic acid polymer (PLA50) was investigated by allowing parallelepiped plates of PLA50 to age in liquid medium containing a mixed culture of Fusarium moniliforme and Pseudomonas putida at 30°C. Microbial activity was monitored by measuring pH, lactic acid formation by high-performance liquid chromatography, and esterase activity in supernatant. Degradation of the plates was monitored by weighing, size exclusion chromatography, and visual examination. Under the selected conditions, pH increased up to 8, whereas it remained constant in the microorganism-free control. No significant lactic acid formation or esterase activity was detected in the supernatant during the experimental period (32 weeks). For the first 17 weeks, the water absorption rate of the plates was the same in both the microbial and the control media. Subsequently, plates absorbed more water in microbial than in control media. Typical surface/center differential degradation of plates was observed until 17 weeks, but it reduced progressively. At 32 weeks, specimens appeared completely disintegrated in the microbial medium. PLA50 plates were also buried in the soil for 8 weeks. After recovery, plates were allowed to degrade 8 weeks under controlled conditions. Scanning electron microscopy of these plates showed the development of some filamentous fungi at the surface and into the bulk of plates. Five fungal strains were isolated which appeared to be able to assimilate PLA50 oligomers in mixed cultures. It was assumed that PLA50 plates had been first degraded by chemical hydrolysis, followed by the bioassimilation of degradation by-products in both experiments. © 1996 John Wiley & Sons. Inc.

P. chrysosporium est un champignon saprophyte capable de dégrader de nombreux xénobiotiques, ce qui le rend particulièrement intéressant pour des applications en bioremédiation. Plusieurs publications mettent en avant l’importance de la maîtrise de l’homéostasie métallique dans la production de certaines enzymes lignolytiques. La présence de manganèse est en effet nécessaire à la production des manganèses peroxydases, alors qu’à l’inverse une carence permettra la production de lignines peroxydases. Cependant, la caractérisation de transporteurs impliqués dans le contrôle de l’homéostasie métallique n’a fait l’objet de recherches poussées que chez le champignon modèle S. cerevisiae. L’analyse des transporteurs putatifs de manganèse de 26 espèces fongiques représentant 20 ordres fongiques a permis de constituer un répertoire de 281 transporteurs de manganèse. L’analyse phylogénétique a permis de mettre en évidence que des processus de duplication, mais également de délétion, avaient eu lieu en particulier chez S. cerevisiae. Cependant ce dernier ne posséde pas de transporteurs de manganèse appartenant à la famille des Cation Diffusion Facilitator. Dans le génome de P. chrysosporium, onze transporteurs de manganèse appartenant à différentes familles de gènes ont été identifiés. Le niveau d’expression de ces différents gènes a été étudié notamment en condition lignolytique. Ces transporteurs ont également été clonés afin de vérifier leurs fonctions par complémentation en système hétérologue. Cette étude a permis de mettre en évidence les transporteurs de manganèse putatifs de nombreux organismes fongiques, ainsi que l’absence d’une famille de transporteurs impliquée dans les mouvements de manganèse chez S. cerevisiae., P. chrysosporium is a saprophytic fungus able to degrade many xenobiotics which makes it particularly attractive for applications in bioremediation. Several publications highlight the importance of metal homeostasis in the production of lignolytics enzymes. Indeed the presence of manganese is required for the production of manganese peroxidase. Conversely, deficiency allows the production of lignins peroxidases. Characterization of transporters involved in the control of manganese homeostasis has been only researched in the model S. cerevisiae. Analysis of putative manganese transporters of 26 fungal species representing 20 orders of fungus was used to form a repertory of 281 transporters of manganese. Phylogenetic analysis allowed to highlight that duplication process, but also deletion, had occurred particularly in S. cerevisiae. However this one is devoid of transporters belonging to the manganese Cation Diffusion Facilitator. Eleven transporters belonging to gene families in which manganese transporters have been found were identified in the P. chrysosporium’s genome. Expression level of these genes was examined particularly in ligninolytic condition. Transporters have also been cloned in order to verify their functions by complementation in heterologous system. This study allowed to identify putative manganese transporters of numerous fungal organisms and the lack of a transporters family involved in the manganese transport in S. cerevisiae.

The Centre International de Ressources Microbiennes (CIRM) was created by INRA in 2004. The CIRM is now a network of five collections dedicated to the preservation, distribution and exploration of microbial biodiversity. It preserves more than 15,000 strains of plant, food and pathogenic bacteria, yeasts and filamentous fungi. CIRM is a Biological Research Center (BRC), ISO 9001 certified since 2008. The CIRM coordinated the European infrastructure project EMbaRC, which brought together 8 major microbial BRCs in Europe (www.embarc.eu). The CIRM is now partner of a larger infrastructure project established on the ESFRI roadmap, MIRRI (Microbial Resource Research Infrastructure). It includes over 70 microbial domain resource centers in 26 European countries (www.mirri.eu). Type strains are deposited in public collections under the pressure of journal editors and various international committees. However, despite the existence of dedicated BRCs, a very small proportion of published strains are deposited in such structures (1); this restricts further research and jeopardizes valorization of the biological material. To improve this situation, CIRM encourages strain deposit by INRA scientists. In return, CIRM ensures a high standard preservation and an enhanced visibility of the deposited material through its display in various databases (CIRM and FBRCMi databases, WFCC web site, StrainInfo.net…). In addition, CIRM also provides protection of the intellectual properties of the deposited material. Together with Inra scientists, CIRM therefore proposes to establish a deposition policy to improve the availability and visibility of INRA biological resources. This joint enterprise will constitute a strong example for the new landscape of European biodiversity preservation, which is currently being built in the MIRRI project.

International audience

International audience

La symbiose mycorhizienne est une association entre un champignon mycorhizogène et une racine de plante-hôte. La mycorrhize à arbuscules (MA) est extrêmement ancienne puisqu’elle est datée de la même époque que l’apparition des plantes terrestres, il y a 460 millions d’années. Elle s’effectue entre un champignon mycorhizogène à arbuscules (CMA, phylum Glomeromycota) et plus de 80% des plantes terrestres. Les CMA sont des microorganismes ubiquitaires du sol et sont des biotrophes obligatoires qui nécessitent une plante-hôte pour compléter leur cycle de vie. La plupart des plantes cultivées sont des hôtes de la MA et bénéficient de l'association. En améliorant l'exploration du sol par leur réseau de fins filaments et ainsi en augmentant l'absorption des éléments minéraux peu mobiles du sol, les champignons agissent comme biofertilisants. Ceci est en particulier de grande importance pour le phosphate, ressource limitée sur terre. De plus, les CMA sont des biorégulateurs qui modifient le métabolisme de la plante et des bioprotecteurs qui améliorent la résistance des plantes vis à vis des stress abiotiques et biotiques, tel que métaux lourds ou pathogènes microbiens. Afin d'exploiter la MA dans des contextes agricoles il y a deux démarches principales: une augmentation de la communauté locale des CMA, ou une amélioration par inoculation. Les CMA étant des biotrophes obligatoires, la production d'inoculum fongique présente des enjeux considérables. La production dans les parcelles d'une pépinière ou en pots ouverts dans une serre est techniquement facile mais implique un contrôle rigoureux d'autres microorganismes susceptibles de se développer. La culture in vitro sur racines dans un milieu artificiel est plus exigeante et n'est possible qu'avec peu d'espèces, mais présente l'avantage d'une stérilité absolue. Les possibles applications de la biotechnologie des mycorhizes impliquent entre autres des sols de pépinières et de champs déficitaires en microorganismes bénéfiques, des sols perturbés ou érodés et la culture de plantes produites par micropropagation. Des exemples de projets à l'INRA Dijon utilisant cette technologie seront présentés.

p. 81; absent

Mortality due to fungal infections has increased substantially, becoming a worldwide problem in public health. As a contribution to the discovery of new antifungal agents, the properties of the heartwood essential oils of two trees growing in New Caledonia, Callitris neocaledonica and C. sulcata (Cupressaceae) were investigated. The essential oils extracted by hydrodistillation were characterized by GC-FID and GC/MS analyses. From C. neocaledonica oil, 31 constituents were identified, representing 97.0% of the total oil composition, which was mainly constituted by oxygenated sesquiterpenes (88%). Among them, guaiol (1; 30.2%), bulnesol (2; 12.5%), α-eudesmol (3; 10.5%), β-eudesmol (4; 10.5%), γ-eudesmol (10.2%), and elemol (4.9%) predominated. The chemical composition of C. sulcata oil, from which 39 constituents were identified (96.8% of the total oil composition), showed some similarities with that of C. neocaledonica oil. The major constituents were also oxygenated sesquiterpenes, accounting for 78.5% of the oil, amongst them, mainly compounds 1 (16.1%), 3 and 4 (9.7% each), as well as 2 (7.4%). The antifungal activity of the oils against clinical isolates of four dermatophytic fungi (Trichophyton mentagrophytes, T. rubrum, Microsporum canis, and M. gypseum) and six yeasts (Candida albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. krusei, Cryptococcus neoformans, and Cryptococcus gattii) was tested by determining minimum inhibitory concentrations (MICs) using the microdilution method. The best antifungal activities of the C. neocaledonica and C. sulcata oils were obtained against C. krusei (MICs of 3.9 and 0.975 μg/ml, resp.). These MIC values were similar to those of the reference drugs itraconazole and fluconazole (1.0 and 0.5 mg/ml, resp.). The oils were also subjected to a screening for their possible DPPH(.) (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) radical-scavenging activity. C. neocaledonica essential oil was more active than C. sulcata oil (93.3 vs. 32.2% DPPH(.) scavenged at 250 μg/ml).

Session 1 : Interactions Moléculaires. Poster n°1.2; absent

The physico-chemical properties of serpentine soils lead to strong selection of plant species. Whereas many studies have described the serpentine flora, little information is available on the fungal communities dwelling in these sites. Asbestos minerals, often associated with serpentine rocks, can be weathered by serpentine-isolated fungi, suggesting an adaptation to this substrate. In this study, we have investigated whether serpentine substrates characterized by the presence of rocks with distinct mineral composition could select for different fungal communities. Both fungal isolation and 454 pyrosequencing of amplicons obtained from serpentine samples following direct DNA extraction revealed some fungal taxa shared by the four ophiolitic substrates, but also highlighted several substrate-specific taxa. Bootstrap analysis of 454 OTU abundances indicated weak clustering of fungal assemblages from the different substrates, which did not match substrate classification based on exchangeable macronutrients and metals. Intra-substrate variability, as assessed by DGGE profiles, was similar across the four serpentine substrates, and comparable to inter-substrate variability. These findings indicate the absence of a correlation between the substrate ( mineral composition and available cations) and the diversity of the fungal community. Comparison of culture-based and culture-independent methods supports the higher taxonomic precision of the former, as complementation of the better performance of the latter.

This paper provides reviews of the most commonly used methods to detect plant pests belonging to groups of invasive organisms with high economic relevance, including Coleoptera (bark beetles, flathead borers, leaf beetles, longhorn beetles, weevils), Diptera (cone and seed flies, fruit flies), Homoptera (aphids, leafhoppers and psyllids, whiteflies), Lepidoptera (moths and butterflies), Thysanoptera (thrips), bacteria (potato brown rot Ralstonia solanacearum) and fungi (pitch canker disease Gibberella circinata, brown rot disease Monilinia fructicola). Future perspectives in detection methods are discussed, with particular reference to the considerable increase in the volume, commodity type and origins of trade in plant material from third countries, the introduction of new crops, the continuous expansion of the EU with new border countries being added, and the impact of climate change affecting the geographical boundaries of pests and their vectors., Cet article passe en revue les méthodes les plus utilisées pour détecter les organismes nuisibles aux plantes appartenant à des groupes d'organismes envahissants qui ont une grande importance économique, comme les Coleoptera (scolytes, buprestides foreurs du bois, chrysomèles, longicornes, charançons), Diptera (mouches des cônes, mouches des fruits), Homoptera (pucerons, cicadelles et psylles, aleurodes), Lepidoptera (papillons), Thysanoptera (thrips), bactéries (pourriture brune de la pomme de terre Ralstonia solanacearum), champignons (chancre du pin Gibberella circinata, moniliose Monilinia fructicola). Les perspectives pour les méthodes de détection sont discutées, avec une référence particulière à l'importante augmentation dans les volumes, les types de marchandises et les origines de échanges commerciaux de matériel végétal à partir de pays tiers, l'introduction de nouvelles cultures, l'expansion continue de l'UE avec l'addition de nouveaux pays à ses frontières et l'impact du changement climatique affectant les frontières géographiques des organismes nuisibles et de leurs vecteurs., Oбзop мeтoдoв oбcлeдoвaний для выявлeния кapaнтинныx вpeдныx opгaнизмoв в Eвpoпeйcкoм coюзe B этoй cтaтьe paccмaтpивaютcя нaибoлee чacтo иcпoльзyeмыe мeтoды, пoзвoляющиe выявлять вpeдныe для pacтeний opгaнизмы, пpинaдлeжaщиe к paзличным гpyппaм инвaзивныx opгaнизмoв, имeющиe выcoкyю экoнoмичecкyю знaчимocть, тaкиe кaк жecткoкpылыe (жyки-кopoeды, злaтки, лиcтoeды, ycaчи, дoлгoнocики), двyкpылыe (шишкoвыe ceмeнныe и плoдoвыe мyxи), paвнoкpылыe (тли, цикaдки, лиcтoблoшки и бeлoкpылки), чeшyeкpылыe (бaбoчки), пyзыpeнoгиe (тpипcы), бaктepии (кapтoфeльнaя бypaя гниль Ralstonia solanacearum), гpибы (paк cocны Gibberella circinata, бypaя гниль Monilinia fructicola). Paccмaтpивaютcя пepcпeктивы paзвития мeтoдoв выявлeния, пpи этoм внимaниe зaocтpяeтcя нa знaчитeльнoм yвeличeнии oбъeмoв тopгoвли, нa paзнooбpaзии типoв тoвapoв и иcтoчникoв oтпpaвки pacтитeльныx мaтepиaлoв, пpoиcxoдящиx из тpeтьиx cтpaн, нa зaвoзe нoвыx кyльтyp, нa пpoдoлжaющeмcя pacшиpeнии EC c дoбaвлeниeм нoвыx cтpaн к eгo гpaницaм и нa вoздeйcтвии климaтичecкиx измeнeний, зaтpaгивaющиx гeoгpaфичecкиe гpaницы pacпpocтpaнeния вpeдныx opгaнизмoв и иx пepeнocчикoв.

In plants, long distance transport of sugars from photosynthetic source leaves to sink organs comprises different crucial steps depending on the species and organ types. Sucrose, the main carbohydrate for long distance transport is synthesized in the mesophyll and then loaded into the phloem. After long distance transport through the phloem vessels, sucrose is finally unloaded towards sink organs. Alternatively, sugar can also be transferred to non‐plant sinks and plant colonization by heterotrophic organisms increases the sink strength and creates an additional sugar demand for the host plant. These sugar fluxes are coordinated by transport systems. Main sugar transporters in plants comprise sucrose (SUTs) and monosaccharide (MSTs) transporters which constitute key components for carbon partitioning at the whole plant level and in interactions with fungi. Although complete SUTs and MSTs gene families have been identified from the reference Dicot Arabidopsis thaliana and Monocot rice (Oriza sativa), sugar transporter families of the leguminous plant Medicago truncatula, which represents a widely used model for studying plant-fungal interactions in arbuscular mycorrhiza (AM), have not yet been investigated.With the recent completion of the M. truncatula genome sequencing as well as the release of transcriptomic databases, monosaccharide and sucrose transporter families of M. truncatula were identified and now comprise 62 MtMSTs and 6 MtSUTs. I focused on the study of the newly identified MtSUTs at a full family scale; phylogenetic analyses showed that the 6 members of the MtSUT family distributed in all three Dicotyledonous SUT clades; they were named upon phylogenetic grouping into particular clades: MtSUT1-1, MtSUT1-2, MtSUT1-3, MtSUT2, MtSUT4-1 and MtSUT4-2. Functional analyses by yeast complementation and expression profiles obtained by quantitative RT-PCR revealed that MtSUT1-1 and MtSUT4-1 are H+/sucrose symporters and represent key members of the MtSUT family. Conservation of transport capacity between orthologous leguminous proteins, expression profiles and subcellular localization compared to previously characterized plant SUTs indicate that MtSUT1-1 is the main protein involved in phloem loading in source leaves whilst MtSUT4-1 mediates vacuolar sucrose export for remobilization of intracellular reserve.The AM symbiosis between plants and fungi from the phylum Glomeromycota is characterized by trophic exchanges between the two partners. The fungus supplies the autotrophic host with nutrients and thereby promotes plant growth. In return, the host plant provides photosynthate (sugars) to the heterotrophic symbiont. Here, sugar fluxes from plant source leaves towards colonized sink roots in the association between the model leguminous plant M. truncatula and the arbuscular mycorrhizal fungus (AMF) Glomus intraradices were investigated. Sugar transporter candidates from both the plant and fungal partners presenting differential expression profiles using available transcriptomic tools were pinpointed. Gene expression profiles of MtSUTs and sugar quantification analyses upon high and low phosphorus nutrient supply and inoculation by the AMF suggest a mycorrhiza-driven stronger sink in AM roots with a fine-tuning regulation of MtSUT gene expression. Conserved regulation patterns were observed for orthologous SUTs in response to colonization by glomeromycotan fungi.In parallel, a non-targeted strategy consisting in the development of a M. truncatula - G. intraradices expression library suitable for yeast functional complementation and screening of symbiotic marker genes, similar to the approach that led to the identification of the first glomeromycotan hexose transporter (GpMST1), has been developed in this study. [...], Pas de résumé en français

Fungal communities play a key role in ecosystem functioning. However, only little is known about their composition in plant roots and the soil of biomass plantations. The goal of this study was to analyze fungal biodiversity in their belowground habitats and to gain information on the strategies by which ectomycorrhizal (ECM) fungi form colonies. In a 2-year-old plantation, fungal communities in the soil and roots of three different poplar genotypes (Populus 9 canescens, wildtype and two transgenic lines with suppressed cinnamyl alcohol dehydrogenase activity) were analyzed by 454 pyrosequencing targeting the rDNA internal transcribed spacer 1 (ITS) region. The results were compared with the dynamics of the root-associated ECM community studied by morphotyping/ Sanger sequencing in two subsequent years. Fungal species and family richness in the soil were surprisingly high in this simple plantation ecosystem, with 5944 operational taxonomic units (OTUs) and 186 described fungal families. These findings indicate the importance that fungal species are already available for colonization of plant roots (2399 OTUs and 115 families). The transgenic modification of poplar plants had no influence on fungal root or soil communities. Fungal families and OTUs were more evenly distributed in the soil than in roots, probably as a result of soil plowing before the establishment of the plantation. Saprophytic, pathogenic, and endophytic fungi were the dominating groups in soil, whereas ECMs were dominant in roots (87%). Arbuscular mycorrhizal diversity was higher in soil than in roots. Species richness of the root-associated ECM community, which was low compared with ECM fungi detected by 454 analyses, increased after 1 year. This increase was mainly caused by ECM fungal species already traced in the preceding year in roots. This result supports the priority concept that ECMs present on roots have a competitive advantage over soil-localized ECM fungi. peerReviewed

Cet article présente "l'état de l'art" des protocoles utilisés par le réseau Mycologie de l'ONF pour les inventaires dans les réserves biologiques occupées par des habitats forestiers (principalement les réserves biologiques intégrales - RBI). C'est en quelque sorte un bilan méthodologique et une formalisation de la pratique du réseau à partir de l'expérience acquise par le réseau depuis 2007. L'orientation, l’orientation prépondérante retenue tout au long de ce travail étant de tendre vers une méthode de relevé standardisée et reproductible, à un coût maîtrisé et donc dans un temps contraint.

Wood is an important economical resource for many tropical countries. Among the benefits of most of the tropical woody species, we can mention their natural durability and their capacity of withstanding outside environment without the use of chemical preservatives. Also, many of these tropical species show undeniable properties that people looked for such as aesthetic appearance and good mechanical property. Different marking systems are available in order to facilitate the traceability of wood but they present some limitations in their use at a larger scale. This study aims at developing a reliable technique to asses the geographical origin of different wood species. Wood can be colonized by destroying fungal microorganisms known as endophyte. The main objective of this work is to use these microorganisms as a molecular marker. An amplification of the ITS region has been done and used with CE-SSCP on tree different tropical species from 6 countries: Limba (Terminalia superba), Limbali (Gilbertiodendron dewerei-preussii) and Teak (Tectona grandis). Results show a grouping among different microbial profiles related to the wood species and discernment between Limba and Limbali. We show that microbial profiles could be used as a marker to ensure the proper origin of wood as part of an ecocertification for sustainable management of the forest. Also, they will help in controlling the itinerary of a wood product from forest to consumer.

Les graves risques que l'ochratoxine A (OTA) engendre sur la santé des consommateurs, ont conduit les instances sanitaires de l'Union Européenne à établir des normes qui définissent les limites maximales tolérables dans plusieurs denrées agricoles et dans le café en particulier. Avec le nouveau règlement européen 178/2002 imposant la détermination d'origine géographique dans le processus de traçabilité des produits alimentaires au cours des transactions commerciales, les normes se durcissent. Dans la pratique, il est difficile de déterminer avec exactitude l'origine géographique des produits alimentaires. Le présent travail a eu pour objectif de déterminer les teneurs en OTA du café par dosage chromatographique, d'identifier et de mettre en oeuvre une méthode utilisant la PCR-DGGE pour analyser la totalité des flores fongiques présentes sur les échantillons de café et de déterminer l'origine géographique de ce dernier. 104 échantillons de café ont été collectés dans la région de l'Ouest (Bafoussam, Dschang, Bafang et Santchou) et dans la plaine côtière (Melong) du Cameroun durant deux campagnes caféières: 2009 et 2010. Deux traitements ont été évalués (voie sèche et voie humide) à trois étapes différentes du procédé de transformation (café en parche, en coque et café vert). La caractérisation du profil fongique des échantillons de café, s'est faite par les techniques microbiologiques classiques et par PCR-séquençage, les niveaux d'OTA ont été évalués par HPLC après extraction et filtration dans une colonne d'immunoaffinité. Les résultats obtenus ont indiqué un pourcentage de contamination fongique totale compris entre 60-92% en 2009 et 70-90% en 2010; la mycoflore toxinogène associée aux grains de café contaminés par l'OTA est constituée majoritairement d'A. carbonarius et d'A. niger. Le stade de prélèvement a eu une influence significative sur la teneur en OTA du café, et le site n'a eu aucune influence sur celle-ci. Exception faite des échantillons de cafés issus du traitement par voie humide du début de la campagne caféière 2009 (124,1 ?g/Kg et 46,81 ?g/Kg), les analyses réalisées sur les échantillons de café montrent que de façon globale, les grains de café provenant des deux campagnes caféières ont des faibles teneurs en OTA (0,1 - 5,11 ?g/Kg). Dans la présente étude, la technique moléculaire employant l'ADNr 28S en PCR-DGGE a été utilisée afin de détecter la variation des structures de la communauté fongique du café des cinq localités soumises à cette étude. Cette technique a permis de mettre en évidence un plus grand nombre d'espèces fongiques comparé à la méthode culturale classique. De plus, la PCR-DGGE a révélé que chaque site a un profil fongique qui lui est caractéristique, et malgré le fait que le type de traitement influence sur la population fongique, il y a eu des bandes communes aux échantillons de café provenant de tous les sites, ceux-ci peuvent constituer des marqueurs biologiques potentiels pour assurer la traçabilité du café de ces régions. La PCR-DGGE ayant l'avantage d'être plus rapide (24h) que l'ensemble des techniques utilisées en microbiologie classique, permet d'éviter l'analyse précise des champignons par biochimie ou en biologie moléculaire (séquençage). Elle peut donc être proposée comme un outil de traçabilité analytique rapide pour le café camerounais.

In this study, natural fungal diversity in wood-decaying species was explored for biomass deconstruction. In 2007 and 2008, fungal isolates were collected in temperate forests mainly from metropolitan France and in tropical forests mainly from French Guiana. We recovered and identified 74 monomorph cultures using morphological and molecular identification tools. Following production of fungal secretomes under inductive conditions, we evaluated the capacity of these fungal strains to potentiate a commercial Trichoderma reesei cellulase cocktail for the release of soluble sugars from biomass. The secretome of 19 isolates led to an improvement in biomass conversion of at least 23%. Of the isolates, the Trametes gibbosa BRFM 952 (Banque de Ressources Fongiques de Marseille) secretome performed best, with 60% improved conversion, a feature that was not universal to the Trametes and related genera. Enzymatic characterization of the T. gibbosa BRFM 952 secretome revealed an unexpected high activity on crystalline cellulose, higher than that of the T. reesei cellulase cocktail. This report highlights the interest in a systematic high-throughput assessment of collected fungal biodiversity to improve the enzymatic conversion of lignocellulosic biomass. It enabled the unbiased identification of new fungal strains issued from biodiversity with high biotechnological potential.

The first two studies investigated the course of the nutritional status in patients un-dergoing allogeneic haematopoietic cell transplantation (alloHCT) and the validity of nutritional markers as independent risk factors for outcome. In line with others, we detected an overall good nutritional status before alloHCT by employing quick screening tools such as BMI and the SGA questionnaire for identifying malnutrition. However, upon closer inspection, we observed unintentional weight loss previous to alloHCT to be a frequent condition, detecting many more underweight patients using age- and gender-specific BMI classification and overall low bioelectrical impedance phase angle values at admission. Deterioration in nutritional status during the early post-transplant period was significant in the cohort. Furthermore, we identified ano-rexic patients and those with clinically-relevant aGVHD (≥°II) to have an increased risk for a decline in nutritional status during early rehabilitation. In addition, it could be demonstrated for the first time that the pretransplant phase angle (≤25th percen-tile) used as a standardised value was an independent predictor for 2-year overall survival, non-relapse mortality and progression-free survival. BMI adjusted for age and gender emerged as an independent risk factor for OS and NRM. Both of these nutritional markers performed better than numerous generally-accepted risk factors, and they were the only significant prognostic values for outcome in this cohort be-sides HLA-C compatibility, donor and remission status. In addition, these two nutri-tional markers are theoretically modifiable during the often lengthy treatment period before transplantation. Further investigation is necessary to demonstrate whether or not the phase angle can be increased by strategies that enhance muscle mass via physical training together with nutritional support, and whether it can prevent dete-rioration in nutritional status and lead to beneficial effects on outcome after alloHCT. The third study investigated the association between AOX status (α-tocopherol, ascorbic acid and ß-carotene) in buccal mucosa cells (BMC) or plasma and the risk of developing oral mucositis (OM) after conditioning chemotherapy. We observed no significant differences in baseline AOX concentrations in plasma or BMC among the different OM groups (no or mild, ulcerative and severe OM), revealing that no single AOX has predictive value for the incidence or severity of OM after conditioning chemotherapy. However, patients with an overall good plasma AOX status tended to require a shorter duration of parenteral nutrition, which is a relevant clinical and economic marker for OM treatment compared to patients with at least one plasma AOX beneath the normal range. These findings may indicate that an intact antioxidative network is more relevant than any one AOX for lowering the OM risk. Future studies should consider both the exogenous- and endogenous AOX systems. The fourth study revealed a generally low serum 25-hydroxyvitamin D [25(OH)D3] status in these patients at admission. Furthermore, their 25(OH)D3 status remained low during the early post-transplant period, showing a trend towards further deterio-ration, especially in patients with corticosteroid-treated aGVHD. In addition, we con-ducted a detailed investigation of the impact of well-known influencing factors on baseline serum 25(OH)D3 status, revealing only higher body fat mass to be an inde-pendent risk factor for reduced baseline status. In fact the most important influenc-ing factors, namely dietary factors and season, revealed no detectable impact, most probably due to inadequate oral intake, prolonged disease history, and hospitalisa-tion. In conclusion, these results provide a clear rationale for the use at least of vitamin D-containing multivitamin preparations in standard multivitamin prescrip-tions, and for the monitoring of vitamin D status at regular intervals from the date of diagnosis. The fifth study was a randomised controlled trial revealing for the first time in humans that the bioavailability of vitamin D2 from vitamin D2-enhanced button mushrooms via UV-B irradiation is effective in improving vitamin D status in young, healthy adults and not different than a vitamin D2 supplement. The vitamin D2 enhancement of mushrooms boosts their nutraceutical value by creating both an abundant and excellent source of vitamin D2 that opens up new opportunities in fighting widespread vitamin D deficiency. Die ersten zwei Studien untersuchten den Verlauf des Ernährungsstatus bei Patien-ten, die eine allogene hämatopoetische Zelltransplantation (alloHZT) erhielten, sowie die Validität von Ernährungsparametern als unabhängige Risikofaktoren für das Outcome. In Übereinstimmung mit anderen Studien stellten wir vor Beginn der alloHZT mithilfe einfacher Screening-Verfahren für Mangelernährung wie BMI und SGA-Fragenbogen einen insgesamt guten Ernährungsstatus fest. Jedoch bei näherer Betrachtung zeigte sich häufig ein unbeabsichtigter Gewichtsverlust vor Beginn der alloHZT. Des Weiteren wurden bei Aufnahme deutlich mehr untergewichtige Patienten durch den Einsatz von alters- und geschlechtsspezifischer BMI-Klassifikation ermittelt und allgemein niedrige Phasenwinkel-Werte mittels bioelektrischer Impedanzanalyse gemessen. Signifikante Verschlechterungen des Ernährungsstatus in der frühen Phase nach Transplantation waren in dieser Kohorte häufig. Darüber hinaus identifizierten wir anorektische Patienten und solche mit einer klinisch relevanten aGVHD (≥°II) als solche mit erhöhtem Risiko für eine Verschlechterung des Ernäh-rungsstatus während der frühen Rehabilitationsperiode. Diese Ergebnisse zeigen erstmals, dass der Phasenwinkel vor Transplantation (≤25te Perzentile) als standardisierter Wert, ein unabhängiger Prädiktor für das 2-Jahres Gesamtüberleben, therapiebedingte Mortalität (NRM) und progressionsfreies Überleben (PFS) ist. Des Weit-ren stellte sich der alters- und geschlechtsadaptierte BMI als ein unabhängiger Risikofaktor für Gesamtüberleben und therapiebedingte Mortalität heraus. Beide Ernährungsparameter übertrafen zahlreiche allgemein anerkannte Risikofaktoren in ihrer Aussagekraft und waren neben HLA-C-Kompatibilität, Donor- und Remissionsstatus die einzigen signifikanten prognostischen Werte für das Outcome in der vorliegenden Kohorte. Zusätzlich lassen sich diese Ernährungsparameter während der häufig langen Behandlungsperiode vor Transplantation theoretisch beeinflussen. Weitere Untersuchungen sind nötig um zu zeigen, ob der Phasenwinkel mittels Strategien erhöht werden könnte, welche beispielsweise die Muskelmasse durch körperliches Training in Kombination mit Ernährungstherapie steigern, und ob auf diese Weise eine Verschlechterung des Ernährungsstatus verhindert würde und zu positiven Effekten für das Outcome nach alloHZT führen würde. In der dritten Studie wurde der Zusammenhang untersucht zwischen dem AOX-Status (α-Tocopherol, Ascorbinsäure und ß-Carotin) in den bukkalen Mukosazellen (BMZ) sowie dem Plasma und dem Risiko eine orale Mukositis (OM) nach der Konditionierungschemotherapie zu entwickeln. Es konnten jedoch keine signifikanten Unterschiede in den AOX-Ausgangswerten im Plasma oder in den BMZ zwischen den verschiedenen OM-Gruppen (keine oder leichte, ulzerierende und schwere OM) festgestellt werden. Dies zeigte, dass kein einzelner AOX-Wert einen prädikativen Wert für die Inzidenz oder die Schwere der OM nach Konditionierungschemotherapie hat. Hingegen benötigten Patienten mit einem insgesamt guten AOX-Status im Vergleich zu Patienten mit mindestens einem AOX-Wert unterhalb des Normbereiches tendenziell weniger Tage parenterale Ernährung, was ein relevanter klinischer und ökonomischer Parameter für die Behandlung von OM ist. Diese Ergebnisse können darauf hinweisen, dass für die Reduktion des OM-Risikos ein intaktes antioxidatives Netzwerk wichtiger ist, als ein einzelner AOX. Weiterführende Studien sollten sowohl die exogenen wie auch die endogenen AOX-Systeme berücksichtigen. Die vierte Studie zeigte bei diesen Patienten einen insgesamt niedrigen 25-Hydroxyvitamin-D [25(OH)D3] Status im Serum zum Zeitpunkt der Aufnahme. Darüber hinaus blieb der Vitamin D Status in der frühen Posttransplantationsphase erniedrigt und zeigte eine Tendenz zu einer weiteren Verschlechterung, besonders bei Patienten mit Kortikosteroid-behandelter aGVHD. Außerdem führten wir eine detaillierte Untersuchung bekannter Einflussfaktoren auf den 25(OH)D3 Basiswert durch, bei der sich lediglich eine erhöhte Körperfettmasse bei Aufnahme als unabhängiger Risikofaktor für einen reduzierten Ausgangswert herausstellte. Die wichtigsten Einflussfaktoren, nämlich Ernährungsfaktoren sowie Jahreszeit, hatten hingegen keinen feststellbaren Einfluss, wahrscheinlich aufgrund unzureichender oraler Aufnahme, prolongiertem Krankheitsverlauf und häufigem stationären Aufenthalt. In der Zusammenschau liefern diese Ergebnisse ein klares Argument für den Einsatz von mindestens Vitamin D-haltigen Multivitaminpräparaten und für die Überwachung des Vitamin D Status in regelmäßigen Abständen ab dem Zeitpunkt der Diagnose. Die fünfte Studie war eine randomisierte Kontrollstudie, die erstmals am Menschen zeigen konnte, dass Vitamin D2 aus UVB-behandelten und dadurch Vitamin D2-optimierten Champignons den Vitamin D Status junger, gesunder Erwachsener signifikant verbessern konnte. Weiterhin war die Bioverfügbarkeit vergleichbar mit einem herkömmlichen Vitamin D2 Präparat. Die Vitamin D2 Optimierung von Champignons ist eine reichhaltige und hervorragende Quelle für Vitamin D2 und eröffnet neue Möglichkeiten, die weitverbreitete Vitamin D Unterversorgung zu bekämpfen.

Laccases are multi-copper oxidases that catalyse the oxidation of a wide range of phenols and their use in industrial oxidative processes is increasing. A laccase has been purified from the fungus Trametes versicolor and crystallized using the hanging-drop method. Crystals belong to the monoclinic space group P2(1), with unit-cell parameters a = 87.7, b = 110.5, c = 123.2 A, beta = 103.4 degrees. A complete data set was collected to 2.4 A resolution on a Cu K(alpha) rotating-anode X-ray source. Molecular replacement was performed and the initial electron-density maps indicate that the four expected Cu atoms are all present.

Les microorganismes agissent comme un puits et une source de N et P disponibles car ils sont responsables des cycles biogéochimiques de N et P. La boucle microbienne, basée sur la prédation des bactéries par les microprédateurs tels que les nématodes bactérivores, est considérée comme un facteur majeur de la minéralisation de Net de P dans les écosystèmes terrestres. Cependant, peu de données sont disponibles sur l'impact de la prédation par les nématodes sur la nutrition minérale des plantes ligneuses ectomycorhizées. Différentes expérimentations ont été conduites pour quantifier le rôle dela prédation des bactéries par les nématodes sur l'architecture et la croissance racinaire, la nutrition minérale (N et P) d'une espèce ligneuse, Pinus pinaster, associée ou non avec le basidiomycète ectomycorhizien Hebeloma cylindrosporum. Les plantes ont été cultivées dans un système expérimental simplifié et stérile, et inoculées ou non avec Bacillus subtilis et des nématodes bactérivores (de la famille des Rhabditidae ou des Cephalobidae) isolés à partir d'ectomycorhizes et de sol provenant d'une plantation de Pin maritime. L'effet de la prédation sur la croissance des plantes et le devenir du 15N bactérien vers les parties aériennes dépend très fortement de la disponibilité en P du milieu. De plus, la prédation des bactéries est indispensable pour permettre à la plante d'utiliser le P du phytate, une source de P organique très peu disponible pour la plante mais très facilement utilisable par B. subtilis car cette bactérie est capable de libérer de la phytase dans le milieu. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour améliorer l'utilisation du phytate pour la nutrition phosphatée des plantes., Soil microorganisms act as a sink and a source of available N and P bymediating key processes in the biogeochemical N and P cycling. The microbial loop, based upon the grazing of bacteria by predators such as bacterial-feeding nematodes, is thought to play a major role in the mineralization of nutrients such as nitrogen (N) and phosphorus (P) in terrestrial ecosystems. However, little is known about the impact of grazing by nematodes on mineral nutrition of ectomycorrhizal woody plants. Different studies were undertaken to quantify the role of nematode grazing on bacteria on the root growth and architecture, mineral nutrition (N and P) of a woody species, Pinus pinaster, whether or not associated with the ectomycorrhizal basidiomycete Hebeloma cylindrosporum. Plants were grown in a sterile simplified experimental system, whether inoculated or not with Bacillus subtilis and bacterial-feeding nematodes (belonging to Rhabditidae or Cephalobidae families) that were isolated from ectomycorrhizae and from soil of a P. pinaster plantation. The effect of nematode grazing on plant growth and the fate of bacterial 15N towards plant shoots was strongly dependent upon medium P availability. In addition, nematode grazing was required to enable the plant to access P from phytate, a well-known poorly available P source to plants but that was used by bacterial populations of B. subtilis due to its ability to release phytase in the medium. These results open an alternative route to increase the use of phytate for plant P nutrition.

absent

Aujourd’hui, il est indispensable de découvrir de nouveaux agents thérapeutiques pour faire face à l’expansion des infections fongiques humaines. D’un autre côté, certains arbres amazoniens ont acquis des moyens pour se protéger contre la dégradation fongique. Ces composés d’origine végétale pourraient donc être des candidats potentiels au développement de composés antifongiques. Il est ainsi exposé dans ce travail la sélection bio-inspirée et la récolte d’espèces d’arbres amazoniens résistants à la dégradation fongique ; à partir desquelles il est proposé d’isoler, d’identifier et de valoriser les métabolites responsables de la durabilité naturelle et d’étudier leurs propriétés sur des champignons pathogènes humains. Cette étude a conduit à l’isolement de molécules inédites apportant un complément d’information chimiotaxonomique pour les espèces étudiées. De plus, il a pu être mis en avant deux molécules pouvant devenir des composés pertinents pour le développement de traitements antimycotiques., It is now essential to discover new therapeutic agents against the increase of human fungal infections. On the other hand, some Amazonian trees have succeeded to develop a chemical defense arsenal to protect themselves against fungal degradation. These compounds of plant origin could become potential candidates for the development of antifungal compounds for the treatment of human fungal diseases. Therefore, this manuscript describes the bio-inspired selection and collection of Amazonian tree species capable of specializing a highly fungiresistant wood; from which it is proposed to isolate, identify and valorize the secondary metabolites responsible for the natural durability, and study their properties on human pathogenic fungi. Ultimately, this study led to the isolation of new compounds and providing additional important chemotaxonomic information for the species studied. In addition, it as been established that two compounds could be relevant for the development of antimitotic therapies.

Three molecular markers were compared between a cultivated strain of Agrocybe chaxingu from South-Eastern Asia (SM960903) and a French wild strain of Agrocybe cylindracea (SM47): (i) the nuclear ribosomal unit, (ii) the mitochondrial SSU-rDNA and (iii) the mitochondrial cob gene. All markers reveal extensive variations: the ribosomal units possess up to 67 polymorphic sites (89% of nt identity), the variable domains of the mitochondrial SSU-rDNA differ by large indel sequences and the cob gene molecular organization is characterized by non-orthologous group I introns. In fruiting tests, sporophores of the two strains were macroscopically distinguishable, especially by a thicker and stronger annulus in A. chaxingu. In inter-stock mating tests, hyphal clamp connections were detected in mycelia of the junction lines for all the confrontations. The dikaryotic status of the presumed hybrids was confirmed by the presence of both A. chaxingu and A. cylindracea nuclear ribosomal units. Dikaryotization was also observed in distal regions from the junction lines, indicating that nuclei migration occurred in these matings. Four selected hybrids containing each of the four A. cylindracea mating type genotypes were put in fruiting conditions. These hybrid sporophores were molecularly verified and shown to be fertile based on the presence of mature basidiospores. Despite extensive variations at the molecular and phenotypic levels, the complete inter-fertility observed between the Asian A. chaxingu and the European A . cylindracea strains strongly argues for con-specificity of both taxa. A. chaxingu would be a variety of the A. cylindracea species which was firstly described.

National audience; During the exploration of diversity of non-gilled fungi and their ectomycorrhizal morphotypes from Pakistan, Suillus brevipes was found ectomycorrhizal with Quercus incana while Suillus sibiricus was found associated with roots of Pinus wallichiana and Salix alba. Basidiomes and ectomycorrhizae of the latter are characterized morpho-anatomically and by using rDNA-ITS and 5.8S gene while for the former, both the basidiome and the ectomycorrhizae have been identified and characterized morpho-anatomically. Previously, S. sibiricus was found associated only with P. wallichiana. In the present work S. alba has been found as new host for S. sibiricus. Molecular analysis of S. sibiricus was used to describe the phylogenetic position of the fungus using Maximum Parsimony analysis. S. brevipes and morphotypes of both boletes are new records for Pakistan.

National audience; Plus de 25 % des espèces animales et végétales des forêts, soitplusieurs milliers, résident dans le bois mort ou dans desimperfections des arbres vivants ou dépérissants. Les défauts desarbres constituent des milieux de vie de petite dimension, communémentappelés micro-habitats. Les cavités vides, comme les trous de pics, sontutilisées comme abris contre le mauvais temps ou les prédateurs, ou biencomme sites de reproduction, par des chauves-souris, des rongeurs et par40 % des oiseaux forestiers. Les cavités remplies de terreau de bois endécomposition sont habitées par des champignons, des lichens, desmousses et des assemblages complexes d’insectes qui se nourrissent dece terreau, de champignons ou d’insectes. Les fentes et les écorcesdécollées sont recherchées par certaines chauves-souris spécialistes, desoiseaux, des punaises et des araignées. Les pertes d’écorce permettent àdes champignons et des insectes de se nourrir du bois mis à nu.

Session 5 : Bio-Informatics and Comparative Genomics - O5.1 and O5.2; absent

Session 3 : Post-Genome Functional Analysis : P3.6; absent

Session 3 : Post-Genome Functional Analysis : P3.3; absent

Arthropods and nematodes are important protagonists in human health because either they act as vectors of pathogens (bacteria, protozoa, viruses or fungus), or are themselves parasites. Fighting infectious diseases is based essentially on vaccination (prevention) or chemotherapeutic (curative) approaches in human, but one can envisage as an alternative to reduce the number of vectors or limit their ability to spread pathogens. Such strategies controling dissemination will undoubtedly benefit from the knowledge accumumulated by recent works on powerful mechanisms developped by symbiotic insect bacteria such as Wolbachia to popagate in arthropods and nematods. This review summarizes these recent data, and indicate how these mechanisms can be manipulated to reduce the dissemination of insect vectors propagating human diseases., Les arthropodes et les nématodes sont des acteurs importants de la santé humaine en étant soit des vecteurs de pathogènes (bactéries, champignons, protozoaires, virus), soit eux-mêmes des parasites. Si la lutte contre les maladies infectieuses repose essentiellement sur l’utilisation de la vaccination ou de traitements curatifs chez l’homme, la réduction des populations de vecteurs ou la limitation de leur compétence vectorielle constitue des stratégies alternatives de contrôle. Dans ce domaine, des travaux récents sur les bactéries symbiotiques hébergées par les arthropodes et les nématodes permettent d’envisager, et même de mettre en place, des stratégies originales de contrôle.

Les bois ont longtemps été traités avec des fongicides et "impact de ces fongicides sur les sols après lessivage constitue un vrai problème écologique. Dans cette perspective nous nous proposons d'étudier des communautés fongiques de ces bois contaminés dans un but de biorémédiation. La plupart des études précédentes se sont focalisées sur la capacité de certains Basidiomycètes et de certains champignons de la pourriture blanche à dégrader ces produits biocides. Des échantillons de bois traités et témoins ont été incubés dans des containers de sols forestiers en Guyane. Deux premiers échantillonnages de ces bois et du sol des containers ont été réalisés à S mois d'écart. Une étude culturale et moléculaire a permis l'isolement et l'identification de 40 souches d'Ascomycètes qui sont capables de se développer sur le bois et de résister à des xénobiotiques. D'autre part, une étude des communautés fongiques du bois et du sol a été effectuée par D-HPLC et CE-SSCP puis analysée par ACP. D'après ces analyses les produits biocides sont lessivés dans le sol et ont un impact sur les communautés fongiques. Celles-ci sont en effet différentes selon le temps d'échantillonnage et selon le traitement du bois. Ces résultats intéressants sont cependant à approfondir par d'autres échantillonnages et une étude culturale plus approfondie.

Wood inhabiting fungi cause real problems in the preservation of wooden surfaces and are responsible for the deterioration of cultural heritage. The identification of fungi based on morphological characteristics are still a topical issue. Nevertheless, they are limited for characterization and identification on an intraspecific level and even sometimes on an interspecific level. It is not always evident and thus many fungi remain unnamed or confused. The objective of this study was to circumvent these limitations by using a new molecular approach allowing fungal detection and identification in historic buildings in Italy. Fungal colonization was assessed by using PCR amplification and amplicons separation by Denaturing High Performance Liquid Chromatography. Due to its high sensitivity, the PCR-DHPLC technique was optimised to profile fungal communities in wood decay as well as ubiquitous contaminants.

communication orale invitée; absent

The URGI platform (http://urgi.versailles.inra.fr) develops a genome annotation system dedicated to plants and their pathogens. This Integrated System relies on: (i) pipelines for Transposable Elements annotation (REPET) and gene structural and functional predictions (ii) databases and user-friendly interfaces to browse and query the data (URGI Information System GnpIS, Genome Report System GRS), (iii) A distributed annotation system for curation of gene structure.

International audience; The main effects of antagonistic rhizobacteria on plant pathogenic fungi are antibiosis, fungistasis or an indirect constraint through the induction of a plant defence response. To explore different biocontrol mechanisms, an in vitro confrontation assay was conducted with the rhizobacterium Pseudomonas fluorescens Pf29Arp as a biocontrol agent of the fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt) on wheat roots. In parallel with the assessment of disease extension, together with the bacterial and fungal root colonization rates, the transcript levels of candidate fungal pathogenicity and plant-induced genes were monitored during the 10-day infection process. The bacterial inoculation of wheat roots with the Pf29Arp strain reduced the development of Ggt-induced disease expressed as attack frequency and necrosis length. The growth rates of Ggt and Pf29Arp, monitored through quantitative polymerase chain reaction of DNA amounts with a part of the Ggt 18S rDNA gene and a specific Pf29Arp strain detection probe, respectively, increased throughout the interactions. Bacterial antagonism and colonization had no significant effect on root colonization by Ggt. The expression of fungal and plant genes was quantified in planta by quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction during the interactions thanks to the design of specific primers and an innovative universal reference system. During the early stages of the tripartite interaction, several of the fungal genes assayed were down-regulated by Pf29Arp, including two laccases, a β-1,3-exoglucanase and a mitogen-activated protein kinase. The plant host glutathione-S-transferase gene was induced by Ggt alone and up-regulated by Pf29Arp bacteria in interaction with the pathogen. We conclude that Pf29Arp antagonism acts through the alteration of fungal pathogenesis and probably through the activation of host defences

Actuellement les champignons des régions tropicales sont sous-représentés dans la classification contrairement à ceux des zones européennes où la diversité et la taxonomie fongique est bien mieux connue. Cette étude est essentiellement destinée à préciser et fiabiliser l'identification moléculaire des champignons tropicaux, notamment ceux qui dégradent les bois. Elle a été réalisée à partir de 80 carpophores secs et 27 mycéliums purs des souches de champignons lignivores de Guyane. Cette étude taxonomique basée sur les séquences de la région ITS entre l'ITS1 et l'ITS2 a montré que parmi les 107 champignons étudiés, 42 ont pu être identifiées par BLAST. La plupart sont des ascomycètes des genres tels que Alternaria, Aspergillus, Dipodascus, Galactomyces, Helicomyces et Xylaria. BLAST a également identifié les principaux genres de basidiomycètes dégradant les bois tels que Auricularia, Coriolopsis, Fomitopsis, Geastrum, Gloeophyllum, Ganoderma, Lentinus, Phlebia, Pycnoporus, Stereum, Steccherinum et Trametes. Ainsi, cette étude devra permettre une meilleure connaissance de la diversité des champignons lignivores issus d'écosystèmes forestiers de Guyane. Elle servira également de base pour des études concernant la détection précoce de champignons dans les bois et la traçabilité des bois tropicaux.