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Num cenário de declínio de diversidade genética a nível mundial, estamos cientes da necessidade de preservar as raças autóctones portuguesas. Com este estudo pretendemos fazer face à ausência de caracterização da estrutura e das possíveis relações genéticas entre as diferentes raças autóctones caprinas portuguesas. Assim, na revisão bibliográfica procurou-se dar ênfase às possíveis causas e aos efeitos da erosão genética que se vem operando ao longo dos tempos. Por outro lado, deu-se importância ao género Capra, particularizando aspectos relativos às raças autóctones caprinas portuguesas, tais como: caracterização morfológica, distribuição geográfica de origem e principais aptidões. Os dois últimos capítulos foram dedicados às diferentes metodologias laboratoriais e estatísticas disponíveis e necessárias para levar a cabo o trabalho experimental. Foram recolhidas amostras de sangue de cinco raças autóctones portuguesas (Bravia, Serrana, Charnequeira, Serpentina e Algarvia) e respectivos ecótipos, para além de duas raças exóticas (Saanen e Alpina) que serviram como termo de comparação. A extracção de DNA foi realizada pelo método de MILLER et al. (1988). Após a escolha de 23 microssatélites, a sua amplificação foi realizada através da técnica de Polimerase Chain Reaction (PCR), utilizando um termociclador. A identificação dos alelos dos marcadores microssatélicos realizou-se mediante electroforese vertical em gel de poliacrilamida, em condições desnaturantes. Os marcadores foram analisados num sequenciador automatizado ALF Express R DNA Sequencer, utilizando-se para posterior análise genotípica o programa Allele Links. As frequências génicas foram calculadas através de contagem directa, o equilíbrio de Hardy-Weinberg foi estimado usando o programa GENETIX 4.02 (BELKHIR, 2000) e os desvios comparados segundo o Exact Test (GUO e THOMPSON, 1992). utilizando o programa GENEPOP 1.2 (RAYMOND e ROUSSET, 1995). A heterozigotia foi calculada segundo NEI (1987). A análise de componentes principais foi realizada recorrendo-se ao programa STATISTICA para Windows 5.1. Por fim, as distâncias genéticas e os dendrogramas foram obtidos usando o programa NJBAFD (TAKEZAKI, 1997). Neste estudo foi possível estabelecer um conjunto de microssatélites que podem ser amplificados em multiplex e que se revelaram apropriados à realização de estudos populacionais, podendo no futuro serem utilizados em várias vertentes da conservação de raças caprinas. viii A variabilidade encontrada entre as raças autóctones caprinas portuguesas foi semelhante e, em alguns casos, superior mesmo à encontrada entre raças autóctones de outros países. A análise de componentes principais, assim como as distâncias utilizadas, revelaram um afastamento das raças Bravia e Algarvia relativamente ao conjunto formado pela Serpentina, pela Charnequeira e pela Serrana. Por outro lado, observou-se um afastamento nítido entre as raças Bravia e Algarvia. A análise dos dendrogramas revelou algumas diferenças relativamente à metodologia multivariante, nomeadamente uma imprecisão no posicionamento das raças Bravia e Serrana e uma proximidade entre as raças Bravia e Charnequeira. Neste tipo de análise, os ecótipos da raça Serrana mostraramse mais próximos. Por fim, verificou-se uma proximidade entre as raças Algarvia e Serpentina. Embora se verifique a necessidade de utilizar modelos matemáticos que se ajustem melhor ao comportamento dos microssatélites, estes marcadores moleculares revelaram ser, até ao momento actual, os mais apropriados a estudos de variabilidade genética e de relações populacionais. En el presente estudio se ha realizado un análisis de las relaciones genéticas entre razas autóctonas de ganado caprino portugués utilizando marcadores de tipo microsatélite. En la Revisión bibliográfica se hace especial hincapié en las posibles causas y los efectos de la erosión genética que viene actuando en los últimos años. Por otro lado, se realizó una revisión sobre el origen de los diferentes grupos del género Capra, particularizando en los aspectos relativos a las razas autóctonas caprinas portuguesas, tales como la caracterización morfológica, la distribución geográfica, el origen y sus principales aptitudes. Los dos últimos capítulos se dedicaron a las distintas metodologías laboratoriales y estadísticas disponibles y necesarias para llevar a cabo el trabajo experimental. Para la realización de esta Tesis, se recogieron muestras de sangre de cinco razas autóctonas portuguesas (Bravia, Serrana, Charnequeira, Serpentina y Algarvía) con sus respectivos ecotipos, además de dos razas foráneas (Saanen y Alpina) que se utilizaron como poblaciones de referencia. La extracción del DNA se llevó a cabo por el método de MILLER et al. (1998). Se analizaron 23 marcadores de tipo microsatélite mediante amplificación por la técnica de Reacción en cadena mediante la polimerasa (PCR) utilizando un termociclador. La identificación de los alelos de los marcadores microsatélites se realizó mediante electroforesis vertical en geles de poliacrilamida en condiciones desnaturalizantes utilizando para ello un secuenciador automático y el programa del análisis Allele Links. Se utilizó el programa GENETIX 4.02 (BELKHIR, 2000) para el cálculo de las frecuencias génicas y la heterocigosis. La adecuación de las poblaciones al equilibrio Hardy-Weinberg se estimó utilizando el test exacto propuesto por GUO y THOMPSON (1992) mediante el programa GENEPOP 1.2 (RAYMOND y ROUSSET, 1995). Las distancias genéticas y los dendrogramas se obtuvieron con el programa NJBAFD (TAKEZAKI, 1997) y el análisis de componentes principales y la clasificación poblacional con el paquete estadístico STATISTICA para Windows 5.1 En la presente memoria se obtuvo un conjunto de microsatélites que pueden ser amplificados de forma conjunta (multiplex) y que se muestran como muy útiles para la realización de estudios poblacionales, pudiendo en un futuro utilizarlos en diferentes aspectos de la conservación de las razas caprinas. La variabilidad encontrada en las razas caprinas autóctonas portuguesas fue similar, e incluso superior, a la que presentan las poblaciones de cabras de otros países. El análisis de componentes principales puso de manifiesto una separación de las razas Bravía y Algarvía x con respecto al bloque formado por Serpentina, Charnequeira y Serrana. Por otro lado, se observó una separación muy clara entre las poblaciones de Bravía y Algarvía. El análisis de los dendrogramas obtenidos a partir de las distancias genéticas estimadas puso de manifiesto un posicionamiento poco definido de las razas Serrana y Bravía, una relativa proximidad entre las razas Algarvía y Serpentina así como una clara proximidad de las razas Bravía y Charnequeira. En este tipo de análisis los ecotipos de la raza Serrana se mostraron muy próximos entre sí. Aunque se deben desarrollar modelos matemáticos que se ajusten mejor a los comportamientos mutacionales de los microsatélites, estos marcadores moleculares son, hasta el momento actual los más apropiados para los estudios de variabilidad genética y de relaciones poblacionales. While biodiversity is decreasing worldwide we are aware of the need to preserve Portuguese autochthonous breeds. This study aims to face the lack of structural characterization and possible genetics relationships between the different Portuguese autochthonous goat breeds. The bibliographic review focused on possible causes and effects of the genetic erosion taking place throughout time. An especially emphasis was paid to genre Capra, particularly to Portuguese autochthonous breeds features as morphological characterization, geographic area of origin and production performances. Lab and statistical methodologies necessaries to experimental work were reviewed on the last two chapters. Blood samples were collected from five Portuguese autochthonous breeds – Bravia, Serrana, Charnequeira, Serpentina and Algarvia – and respective ecotypes and two exotic breeds – Saanen and Alpina – for comparative purposes. DNA extraction was preformed according to MILLER et al. (1988) protocol. After selecting 23 microsatellites they were amplified by the Polimerase Chain Reaction (PCR) technique using a termocyclator. Microsatellites markers alleles were identified by poliacrilamide gel vertical electrophoresis under denatured conditions. Markers were assayed on an automatic sequencer and genotype analysis performed using the ALLELE LINKS program. Genomic frequencies were calculated by direct count, Hardy-Weinberg equilibrium (EHW) estimated using the GENETIX 4.02 program (BELKHIR, 2000) and deviations analysis accomplished using the Exact Test (GUO and THOMPSON, 1992) of the GENOPOP 1.2 program (RAYMOND and ROUSSET, 1995). Heterozigosity was calculated according to NEI (1987). Main components analysis was performed using the STATISTICA program for Windows 5.1. At last genetic distances and dendrograms were achieved using the NJBAFD program (TAKEZAKI, 1997). A conjugation of microsattelites that could be amplified as multiplex was established on this study. It seemed appropriated to study population and it may be used on different aspects of goat breeds conservation in the future. Portuguese autochthonous goat breeds variability was identical or even higher than those found among other breeds in other countries. Main components analysis as genetic distances used showed a detachment between Bravia and Algarvia breeds and Serpentina, Charnequeira and Serrana set of breeds. A clear detachment between Bravia and Algarvia breeds was also found. Dendrogram analysis showed some diferences toward xii multivariance methodology, resulting in an imprecise positioning of Bravia and Serrana breeds and in Bravia and Charnequeira breeds’ vicinity. Serrana ecotypes seemed closer under this analysis. Finally proximity between Algarvia and Serpentina breeds was identified. Although it is necessary to use mathematic models more adjusted to microsatellites conduct, these molecular markers are presently the most appropriated to study genetic variability and population relationships. PRODEP II, Acção 5.2- Formação avançada no Ensino superior, Concurso de 1/96. Universidade de León - Espanha. Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro.

Um total de 803 amostras de leveduras foram isoladas em intervalos de quinze dias de amostras de mosto fermentado de quatro diferentes destilarias de álcool combustível no Nordeste do Brasil: 110 isolados da destilaria Miriri, 90 da destilaria Giasa e 443 da destilaria Japungu, todas localizadas no Estado da Paraíba. Outras 160 foram da destilaria JB, localizada no Estado de Pernambuco. Todas as leveduras foram submetidas à análise molecular baseada em PCR através do iniciador (GTG)5, que permite a amplificação de seqüências simples entre dois microssatélites no DNA. Também foram analisadas amostras de DNA de Saccharomyces cerevisiae de referência, de diferentes espécies de Saccharomyces e de espécies não pertencentes ao gênero Saccharomyces. Para todas as linhagens de S.cerevisae industriais e de coleção usadas como referência, foram obtidos padrões de amplificação que compartilham bandas não encontradas em outras espécies de Saccharomyces, nem nas espécies testadas não pertencentes ao gênero Saccharomyces. Isto demonstra que o iniciador (GTG)5 pode ser usado para discriminar S.cerevisae de qualquer outra espécie de levedura, o que sugere seu uso posterior em taxonomia molecular. Além disso, bandas polimórficas foram identificadas entre muitas linhagens de S. cerevisae, tanto de referência quanto de isolados industriais, o que permitiu a discriminação de 17 linhagens nativas de S. cerevisiae, confirmadas pelo método clássico de identificação. Em conjunto, os resultados obtidos neste trabalho demonstraram que o iniciador (GTG)5 pode ser usado no acompanhamento de populações de leveduras em processos fermentativos. Os isolados de perfil (GTG)5 P1 e P18 apresentaram características fermentativas e de persistência no processo sendo portanto indicadas para receberem genes de interesse industrial

Neste trabalho, visando dar subsídio à implantação do teste de paternidade em humanos, localizou-se loci microssatélites no genoma humano, escolheu-se um locus polimórfico e estudou-se as frequencias de seus alelos na população de Manaus. Made available in DSpace on 2019-03-22T00:34:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseIsabel.pdf: 48064541 bytes, checksum: dc1041b79fcc23db0f0f627a91afb5d0 (MD5) Previous issue date: 2003 Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos.

Paternity misidentification is harmful due to the reduction in annual genetic earnings of the population and because it endangers an efficient genetic improvement program. The objectives of the present study was to evaluate nine microsatellites in Paternity Testing and to investigate misidentification paternity frequency in families of Gyr breed bovines population. In the present experiment blood samples from forty Gir breed families ( bull / cow / calf ), registered pure breed in the Zebu Breeders Brazilian Association (ABCZ) were used. The most part of the microsatellites used in this work were recommended by the International Society of Animal Genetics (ISAG). The genomic DNA extraction was performed from whole blood samples. The microsatellites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 and POTCHA were amplified by PCR. The amplification products were separated by electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. from the obtained data, allele frequencies, Gene Diversity, Polymorphism Informative Content and Probability of Exclusion for each microsatellite marker were calculated. the genotype frequencies, Heterozygosity, Combined Probability of Exclusion and Probability of Paternity have also been calculated in the considered families. The Combined Exclusion Probability for all microsatellites was around 0.9789. The Paternity Testing results showed misidentification in eleven of the 40 studied families, that means, 27.5% of the sample. The Paternity Probability ranged from 0.8691 to 0.9999, and the mean was 0.9512. Erros de identificação de paternidade são prejudiciais por reduzir o ganho genético anual e comprometer um programa eficiente de melhoramento genético. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar o potencial de uso de nove microssatélites em testes de paternidade e investigar a freqüência de erro de identificação de famílias de um rebanho de animais da raça Gir. No experimento foram utilizadas amostras de sangue de quarenta famílias (touro/ vaca/ bezerro) de animais da raça Gir, Puros de Origem e registrados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). A maior parte dos microssatélites avaliados neste trabalho são recomendados, para Testes de Paternidade em bovinos, pela Sociedade Internacional de Genética Animal (ISAG). As regiões microssatélites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 e POTCHA foram amplificadas por meio da técnica de PCR. Os produtos da amplificação foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante. A partir dos dados obtidos foram calculadas as freqüências alélicas, diversidade gênica, conteúdo de polimorfismo informativo e probabilidade de exclusão para cada microssatélite. Também foram calculadas as freqüências genotípicas, heterozigosidade, probabilidade de exclusão combinada e probabilidade de Paternidade nas famílias consideradas. A probabilidade de exclusão combinada para todos os microssatélites estudados foi de 0,9789. Os resultados dos testes de paternidade acusaram erro de identificação em onze das 40 famílias estudadas, ou seja, 27,5% da amostra. A probabilidade de paternidade variou entre 0,8691 e 0,9999, com valor médio de 0,9512.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T19:04:14Z No. of bitstreams: 1 S1413-95962002000300004.pdf: 64418 bytes, checksum: 01722f5252abf882d0289f60fc59f9d2 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T19:04:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S1413-95962002000300004.pdf: 64418 bytes, checksum: 01722f5252abf882d0289f60fc59f9d2 (MD5) Previous issue date: 2002-01-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T20:06:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1413-95962002000300004.pdf: 64418 bytes, checksum: 01722f5252abf882d0289f60fc59f9d2 (MD5) S1413-95962002000300004.pdf.txt: 26913 bytes, checksum: 12b1501b79dce5e2e4bf0f80247d7f2f (MD5) Previous issue date: 2002-01-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T15:17:08Z No. of bitstreams: 2 S1413-95962002000300004.pdf: 64418 bytes, checksum: 01722f5252abf882d0289f60fc59f9d2 (MD5) S1413-95962002000300004.pdf.txt: 26913 bytes, checksum: 12b1501b79dce5e2e4bf0f80247d7f2f (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T15:17:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1413-95962002000300004.pdf: 64418 bytes, checksum: 01722f5252abf882d0289f60fc59f9d2 (MD5) S1413-95962002000300004.pdf.txt: 26913 bytes, checksum: 12b1501b79dce5e2e4bf0f80247d7f2f (MD5) Previous issue date: 2002-01-01 Erros de identificação de paternidade são prejudiciais por reduzir o ganho genético anual e comprometer um programa eficiente de melhoramento genético. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar o potencial de uso de nove microssatélites em testes de paternidade e investigar a freqüência de erro de identificação de famílias de um rebanho de animais da raça Gir. No experimento foram utilizadas amostras de sangue de quarenta famílias (touro/ vaca/ bezerro) de animais da raça Gir, Puros de Origem e registrados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). A maior parte dos microssatélites avaliados neste trabalho são recomendados, para Testes de Paternidade em bovinos, pela Sociedade Internacional de Genética Animal (ISAG). As regiões microssatélites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 e POTCHA foram amplificadas por meio da técnica de PCR. Os produtos da amplificação foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante. A partir dos dados obtidos foram calculadas as freqüências alélicas, diversidade gênica, conteúdo de polimorfismo informativo e probabilidade de exclusão para cada microssatélite. Também foram calculadas as freqüências genotípicas, heterozigosidade, probabilidade de exclusão combinada e probabilidade de Paternidade nas famílias consideradas. A probabilidade de exclusão combinada para todos os microssatélites estudados foi de 0,9789. Os resultados dos testes de paternidade acusaram erro de identificação em onze das 40 famílias estudadas, ou seja, 27,5% da amostra. A probabilidade de paternidade variou entre 0,8691 e 0,9999, com valor médio de 0,9512. Paternity misidentification is harmful due to the reduction in annual genetic earnings of the population and because it endangers an efficient genetic improvement program. The objectives of the present study was to evaluate nine microsatellites in Paternity Testing and to investigate misidentification paternity frequency in families of Gyr breed bovines population. In the present experiment blood samples from forty Gir breed families ( bull / cow / calf ), registered pure breed in the Zebu Breeders Brazilian Association (ABCZ) were used. The most part of the microsatellites used in this work were recommended by the International Society of Animal Genetics (ISAG). The genomic DNA extraction was performed from whole blood samples. The microsatellites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 and POTCHA were amplified by PCR. The amplification products were separated by electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. from the obtained data, allele frequencies, Gene Diversity, Polymorphism Informative Content and Probability of Exclusion for each microsatellite marker were calculated. the genotype frequencies, Heterozygosity, Combined Probability of Exclusion and Probability of Paternity have also been calculated in the considered families. The Combined Exclusion Probability for all microsatellites was around 0.9789. The Paternity Testing results showed misidentification in eleven of the 40 studied families, that means, 27.5% of the sample. The Paternity Probability ranged from 0.8691 to 0.9999, and the mean was 0.9512. UNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética UNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética

The aim of the present study was to characterize physiological differences between animals of high and low fertility and to search for associations between molecular markers and reproductive performance, studding a population of Brangus-Ibagé cows (3/8 Nelore x 5/8 Abberdeen Angus). The cows were classified, in according to the average of the calving interval, in groups of high and low fertility. Cow weight at parturition (Pparturition), cow weight gain during the postpartum period (WGPP) and calf weight at weaning (CW205) were evaluated. The follicular population and the progesterone and estradiol levels were investigated during the postpartum period and the estrous cycle. It was not observed statistical differences among groups, in regarding to the Pparturition, WGPP and CW205. Heifers presented a low Pparturition (P0,05) entre grupos, para PParto, GPDpp, e Peso205. Vacas primíparas apresentaram um peso ao parto menor (P

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais Uma população de 118 RIL’s (linhagens recombinantes endogâmicas) foi obtida através do cruzamento entre o acesso BARC-8 (com alto teor de proteína) e a variedade brasileira Garimpo (com teor de proteína normal). Na geração F6 foram abertas linhas, que constituíram o material genético utilizado neste trabalho. Esse material foi analisado, utilizando-se marcadores microssatélites. Foi feita também a análise do teor de proteínas para essa população cultivada em dois ambientes distintos: Cascavel, PR, e Viçosa, MG. Análise de regressão simples e múltipla e mapeamento por intervalo composto foram utilizados para detectar e mapear as regiões genômicas associadas com alto teor de proteína. A proporção da variância fenotípica explicada por marcador variou entre 3,25% e 6,37% em Cascavel e entre 2,92 % e 12,43% em Viçosa. Na análise de regressão múltipla, os marcadores Satt190, Satt384, Satt422 e Sat-105 explicaram aproximadamente 23% do total da variação do teor de proteínas (Cascavel), e os marcadores Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 e Sat-105 explicaram, juntos, aproximadamente 31% do total da variação do teor de proteínas em Viçosa. Utilizando-se as médias dos teores de proteína dos dois locais, dois marcadores mostraram-se estáveis nos dois ambientes: Satt384 e Sat-105. Esses marcadores estão associados a genes conservados, cujas funções estão ligadas à determinação do conteúdo de proteínas na semente. No mapeamento por intervalo composto, foram encontrados dois QTL’s associados a teor de proteína nos grupos de ligação C1 e C2, para as famílias cultivadas em Cascavel, que explicam, respectivamente, 11,13% e 12,19% da variação do teor de proteínas. Outras regiões foram encontradas nos grupos de ligação B2, C1, G, K (Viçosa) e E (Cascavel), mas a ligação entre essas regiões e o conteúdo de proteínas não foi significativa nas condições do teste de ligação efetuado. A soybean population of 118 RILs (recombinant inbred lines) obtained from the cross between the accession BARC - 8 (genotype with high protein content, around 50%) and the brazilian commercial variety Garimpo (genotype with normal protein content, around 36%) was used for the construction of a molecular linkage map, with SSR markers, and for identifying QTLs which control protein level in soybean seeds. F6 generations were grown in two distinct locations (Viçosa, MG and Cascavel, PR) in the summer of 1998/99. Protein contents in the seeds from each line cultivated in the two locations were determined by the Kjedahl method. DNA samples purified from leaves from each line of the population were amplified with 567 soybean SSR primers. Sixty five SSR markers were polymorphic and segregated in a 1:1 ratio in the population. Single and multiple regression and composed interval mapping analysis were used to detect genomic regions associated with high protein content. The SSR markers were also used to construct a molecular genetic map containing 16 linkage groups. The proportion of the phenotypic variance explained by the markers varied from 3,25% to 6,37% in Cascavel, and from 2,92% to 12,43% in Viçosa. Multiple regression analysis identify that markers Satt190, Satt384, Satt422 and Sat-105 explained 23% of the total protein content variation in the RILs cultivated in Cascavel, PR, and Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 and Sat-105 explained 31% of the total protein content variation in the RILs grown in Viçosa, MG. By using mean values of protein content of the two places, markers Satt384 and Sat-105 shown to be stable in the two environment. It is proposed that these markers are associated with conserved genes, whose functions are very important in protein synthesis and deposition in the seed. Composed interval mapping analysis identified two QTL's associated with protein content in linkage groups C1 and C2 for RIL’s cultivated in Cascavel, which explained, respectively, 11,13% and 12,19% of protein content variation. Other genomic regions were detected in linkage groups B2, C1, G, K (Viçosa) and E (Cascavel), but with no significative correlation with protein content based on the test used.

O objetivo deste trabalho foi avaliar, por meio de marcadores SSR, a diversidade genética de Xylella fastidiosa no Estado da Bahia. Foram estudadas duas das principais regiões produtoras de citros no Estado, o Litoral Norte e o Recôncavo Sul. Para fins comparativos, utilizaram-se dez amostras provenientes do Estado de São Paulo. Foram empregados os seguintes iniciadores: ASSR20, OSSR9, OSSR17, CSSR4, CSSR12 e CSSR20, dos quais os quatro últimos permitiram identificar 22 loci polimórficos. As populações de X. fastidiosa presentes em citros no Estado da Bahia apresentam elevada diversidade genética, com base nos marcadores SSR, com pools gênicos distintos e agrupamento geográfico. No Litoral Norte, as populações do isolado apresentam maior diversidade genética do que as da região do Recôncavo Sul da Bahia.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017. A aquicultura é uma atividade que vem crescendo de forma acentuada tanto no Brasil como no mundo. Dentre as espécies de peixes marinhos da costa brasileira, o bijupirá (Rachycentroncanadum, Linnaeus, 1766), comumente conhecido como cobia, é uma das que mais apresenta potencial para o incremento na produção pesqueira. Tendo ganhado espaço no cenário econômico de vários países e a fim de garantir a comercialização legal e aliviar possíveis conflitos e impactos ao meio ambiente, a caracterização dos perfis genéticos dos peixes de cultivo e de populações selvagens podem reduzir os potenciais impactos genéticos negativos. Neste contexto, a informação sobre a estrutura genética do cobia é essencial para otimização da gestão da pesca e formação de plantéis de reprodutores nos diversos sistemas de cultivo. Desta forma, este estudo se propôs a analisar a diversidade e estruturação genética de populações naturais e de cultivo do cobia no Brasil. Com intuito de avaliar quanto da diversidade genética do cobia é observado nos espécimes selvagens do nordeste brasileiro, foram avaliados as relações filogenéticas com populações selvagens do cobia do Atlântico ocidental e de regiões Indo-Pacíficas a partir da análise de seqüências do DNA mitocondrial (mtDNA). As análises foram realizadas a partir de 1.525 pares de bases (pb) envolvendo duas regiões do mtDNA (Cytb e ATP6). Foi evidenciada uma baixa diversidade genética entre as populações das diferentes bacias oceânicas. Uma maior proximidade genética entre as amostras do Atlântico Norte e Sul (FST = 0,020; p = 0,063) foi observada. Contudo, a existência de SNP’sem sítios específicos do mtDNA nas populações do Atlântico evidenciaram maior diferenciação genética destas com às amostras Indo-Pacíficas (FST = 0,842; p = 0,000). A estruturação genética do cobia no Brasil foi avaliada a partir da diversidade haplotípica e nucleotídica das sequências do mtDNA associadas a marcadores de microssatélites. As análises de diversidade molecular (AMOVA) realizada par-a-par entre grupos formados por espécimes selvagens e os de cultivo demonstraram a existência de uma diversidade molecular de 76% entre espécimes dentro destes dois grupos (FST = 0,2304; p = 0,00). Dos vinte locos de microssatélites analisados, quinze mostraram-se polimórficos nos dois grupos. De modo geral, os grupos de espécimes apresentaram uma heterozigose próxima à esperada, sendo consideradas em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Contudo, um nível moderado de diferenciação populacional foi observado entre estes grupos (фst = 0,07231; p = 0,000). A maior diferenciação foi observada entre espécimes selvagens coletados na região litorânea do Piauí e os provenientes do sistema de cultivo de Pernambuco (фst = 0,10156; p = 0,000). As análises do mtDNA e dos marcadores de microssatélites convergiram para uma baixa diversidade genética entre os espécimes selvagens e de cultivo. Contudo, uma estruturação de dois pools gênicos (k = 2), sendo um formado por animais de cativeiro e o outro formado por espécimes de vida livre, foi identificada. Fato importante quando observamos que a atividade de cultivo de espécimes marinha é recente no Brasil e que políticas voltadas para conservação dos estoques naturais devem ser realizadas. Com base nessas diferenças genéticas, discussões sobre a comercialização de reprodutores do cobia entre as diversas empresas aquícolas devem ser analisadas, principalmente quando se diz respeito a reprodutores de origem Indo-Pacíficas. Aquaculture is an activity that has grown significantly in Brazil and worldwide. Among the species of marine fish of the Brazilian coast, bijupira (Rachycentroncanadum, Linnaeus, 1766), commonly known as cobia, is one of the ones that presents the greatest potential for the increase in fish production. Having gained space in the economic landscape of several countries and in order to ensure legal commercialization and to alleviate possible conflicts and impacts on the environment, the characterization of the genetic profiles of farmed fish and wild populations may reduce potential negative genetic impacts. In this context, information on the genetic structure of cobia is essential for optimizing fishery management and training breeding stock in the various cropping systems. Thus, this study aimed to analyze the diversity and genetic structuring of natural populations and cobia cultivation in Brazil. In order to evaluate how much of the genetic diversity of cobia is observed in the wild specimens of the Brazilian northeast, the phylogenetic relationships with wild populations of cobia of the western Atlantic and of the Indo-Pacific regions were analyzed from mtDNA sequences. The analyzes were performed from 1,525 base pairs (bp) involving two regions of mtDNA (Cytb and ATP6). There was a low genetic diversity among the populations of the different ocean basins. Greater genetic proximity between North Atlantic and South Atlantic samples (FST = 0,020; p = 0,063) was observed. However, the existence of SNP’s at specific mtDNA sites in the Atlantic populations showed a greater genetic differentiation of these with Indo-Pacific samples (FST = 0,842; p = 0,000). The genetic structure of cobia in Brazil was evaluated from the haplotype and nucleotide diversity of the mtDNA sequences associated with microsatellite markers. Molecular diversity analyzes (AMOVA) performed in pairs between groups of wild and cultivated specimens demonstrated the existence of a 76% molecular diversity between specimens within these two groups (FST = 0,2304; p = 0,00). Of the twenty microsatellite loci analyzed, fifteen were polymorphic in both groups. In general, the groups of specimens showed a heterozygosity close to that expected, being considered in Hardy-Weinberg equilibrium. However, a moderate level of population differentiation was observed among these groups (фst= 0,07231; p = 0,000). The highest differentiation was observed among wild specimens collected in the coastal region of Piaui and those from the Pernambuco farming system (фst = 0,10156; p = 0,000). Analyzes of mtDNA and microsatellite markers converged to low genetic diversity between wild and cultivated specimens. However, a structuring of two gene pools (k = 2), one consisting of captive animals and the other formed by free-living specimens, was identified. This is an important fact when we observe that the activity of growing marine specimens is recent in Brazil and that policies aimed at the conservation of natural stocks must be carried out. Based on these genetic differences, discussions on the commercialization of cobia breeders among the various aquaculture companies should be analyzed, especially when it comes to breeders of Indo-Pacific origin.

Este trabalho teve como objectivos: 1) caracterizar geneticamente e avaliar a diversidade genética das raças de bovinos autóctones: Mirandesa (MIR), Maronesa (MAR) e Barrossã (BAR); 2) compara os parâmetros de diversidade genética das raças portuguesas com um grupo de 19 raças originárias de várias regiões europeias, nomeadamente: Anatólia, Balcãs, Alpes, Noroeste Europeu. Para tal, foram colhidas amostras de sangue ou de pêlo de 50 indivíduos, de cada uma das três raças portuguesas, escolhidos com base na informação do pedigree para evitar, se possível, a escolha de animais aparentados. Os dados referentes às raças europeias incluídas neste estudo forma gentilmente cedidos investigador, da Universidade de Medicina Veterinária, Ivica Medugorac. As amostras biológicas foram analisadas para 93 microssatélites previamente identificados no trabalho de Ramjalak et al. (2011). Os softwares fstat v.2.9.3. e a package adegenet do software R foram utilizados para calcular, para cada um dos marcadores, os parâmetros de variabilidade genética: heterozigotia esperada (He), heterozigotia observada (Ho) e riqueza alélica. No total das 21 raças, incluídas neste trabalho, o número médio de alelos por locus foi de 6,72. Para os loci estudados, a Ho média foi de 0,64, a He média foi de 0,6 e a RA média foi de 58,5 alelos. Nas raças Portuguesas, o número de alelos raros foi de 30, 52 e 33, para a BAR, MAR, MIR, respectivamente; e o número de alelos privados foi de 5 na MIR e BAR e 2 na MAR. No geral, a raças portuguesas, quando comparadas com as raças autóctones de outras regiões europeias, apresentaram uma menor variabilidade genética. Entre as raças Portuguesas, a MIR apresentou maior distância genética relativamente às raças MAR e BAR, pelo que se apresenta como um grupo genético distinto. The objectives of this work were: 1) to characterize geneically and to study the genetic variability of three Portuguese cattle breeds: Mirandesa (MIR), Maronesa (MAR) and Barrosã (BAR); and 2) to compare the genetic diversity parameters of portuguese cattle breeds with a set of 19 european cattle breeds that have been genotyped for the same markers and covering several european geographical regions: Anatolia, Balkans and Alpine, and north-west of Europe. Blood or hair biological samples were collected from 50 individuals of each breed, selected based on the pedigree information in order to avoind the use of related animals. Data concerning the set of european cattle breeds were courtesy of the researcher Ivica Medugorac from the University of Munchen. The biological samples were analysed for ninetythree microsatellites, previously identified by Ramjalak et al. (2011), to get thorough information about genetic diversity and population structure. Estimates of genetic variability, observed (Ho) and expected heterozygosity (He), allelic richness (AR) for each locus were determined using the fstat v.2.9.3. software and he library adgenet form the R sofware. For the 21 breeds, included in this work, the mean number of alleles per locus was 6.72. For all loci studied, the average Ho was 0.64, the average He was 0.68, and the AR was 58.5. For the portuguese breeds, the number of rare alleles found was 52 in MAR, 33 in MIR, and 30 in BAR; and the number of private alleles found was 5 in MIR and BAR, and 2 in MAR. The overall results of his work recognize Portuguese breeds as harbouring a lower genetic diversity than other traditional unselected cattle breeds. When compared with the other european cattle breeds, the portuguese cattle showed lower genetic variability. Among the portuguese cattle breeds, the MIR breed showed greater genetic distance relatively to the MAR and BAR breeds, therefore constitutes a distinct genetic group.