Search

Cetintas, Vildan Bozok/0000-0003-3915-6363 WOS:000456211000066 PubMed: 29855127 Purpose The purpose of this in vitro study was to evaluate the cytotoxic and apoptotic effects of seven new-generation all-ceramic materials for CAD/CAM (Lava Ultimate [LU], VITA Mark II [VM], InCoris TZI [IC], IPS e.max CAD [EM], VITA Suprinity [VS], Cerasmart [CS], IPS Empress CAD [EC]) and six provisional materials (Protemp 4 [PT], Telio CAD [TC], CAD-Temp [CT], Telio Lab [TL], Temdent Classic [TD], Telio CS C&B [TS]) on L929 mouse fibroblast cells. Materials and Methods 24 disc-shaped specimens ( null = 5 mm, h = 2 mm) were prepared from each test material. Medium extracts were collected at the 1st, 3rd, and 7th days for each group and tested using the L929 cell line. Cytotoxicity was evaluated using XTT assay, and apoptosis was determined by Annexin-V/PI staining. Data were analyzed using one-way ANOVA, Tukey's multiple comparison tests at a significance level of p < 0.05. Results The cell viability results among all-ceramic material groups after the 1st and 7th days of incubation periods showed statistically significant differences (p < 0.05). There were significant differences within the ceramic groups in different incubation periods regarding apoptosis rate (p < 0.05). Throughout the entire test period, LU and VM from the CAD/CAM all-ceramic materials and PT and TC from the provisional restoration materials showed cell viability higher than 90%. EC and TD showed the lowest cell viability and highest apoptosis rates in their own groups. For the provisional materials, there were significant differences in cell viability and apoptosis rate in all the incubation periods for each material (p < 0.05). Conclusions Although some new-generation CAD/CAM and provisional restoration materials display slight cytotoxicity values, the results are still within the reliable range, and they can safely be used in clinical conditions. Scientific Research Project of Bezmialem Vakif University [3.2014/22, 3.2014/23] This study was supported by the Scientific Research Project of Bezmialem Vakif University (Projects Numbers: 3.2014/22, 3.2014/23).

(düzenli aralıklarla bölünmüş kısa palindromik tekrar kümeleri)/Cas9 (CRISPRilişkili nükleaz-9), kılavuz bir RNA (gRNA) eşliğinde özgül bir genomik bölgeye hedeflenen Cas9 nükleaz enziminin kullanıldığı bir genom düzenleme sistemidir. Son yıllarda bu RNA aracılı genom düzenleme teknolojisi "moleküler cerrahi" yöntemi olarak tanımlanmış, farklı alanlardaki birçok yenilikçi uygulamada kullanılmış ve elde edilen sonuçlar moleküler biyoloji için devrim yaratıcı nitelikte olmuştur. CRISPR/Cas sistemi ökaryot genomlarında bulunmamakta, fakat prokaryot organizmaların genomlarında viral istilacılara karşı güçlü bir savunma stratejisi olarak kullanılmaktadır. Doğal CRISPR/Cas sistemleri, yabancı bir DNA'nın parçalanmasından sorumlu olan çeşitli enzimlere ve endonükleaz işlevi için gerekli RNA kılavuzlarına sahiptir, ancak ökaryotlarda genom düzenleme çalışmaları için kullanıldığında, gereken tek CRISPR proteini Cas9 endonükleaz enzimi ya da bunun bir varyantıdır. Genom düzenleme yöntemi olarak CRISPR sisteminin kullanımı aslında Cas9 proteinin kısa bir rehber RNA molekülü ile birlikte DNA'ya bağlanarak çift zincir kırıkları oluşturabilme yeteneğine dayanmaktadır. CRISPR teknolojisi, kanser araştırması da dâhil olmak üzere yaşam bilimleri araştırmalarında karşılaşılan karmaşık moleküler biyoloji problemlerini çözmeye aday gözükmektedir. Bu derlemede, öncelikle bağışıklık sistemi olarak CRISPR/Cas sistemleri ele alınacak ve prokaryot organizmalarda bağışıklık yanı- tının oluşum aşamaları tanımlanacaktır. CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak genom düzenlenmesinde DNA zincir kırıklarının tamir mekanizmaları ile kılavuz RNA'lar tanımlanarak, etkin ve hedef dışı etkilerin en aza indirgendiği transfeksiyon yöntemleri tartışılacaktır. Son olarak kanserde CRISPR uygulamaları ile genom düzenleme teknolojisinin terapötik etkinliği değerlendirilecektir., The CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) /Cas9 (CRISPR -associated nuclease-9) system is a versatile tool for genome engineering that uses a guide RNA (gRNA) to target Cas9 to a specific genomic region. in recent years, this RNA-guided genome-editing technology has become a revolutionary tool in molecular biology and has many innovative applications in different fields. CRISPR /Cas system is not found in eukaryotic genomes, whereas a powerful defence strategy against viral invaders in the genomes of prokaryotic organisms. Native CRISPR/Cas systems have a variety of enzymes responsible for degradation of foreign DNA as well as the RNA guides required for endonuclease function, however when used for genome editing in eukaryotes, the only CRISPR protein required is the Cas9 endonuclease or a variant thereof. Using CRISPR system as a tool for altering genomes is due to the ability of Cas9 protein to cause doublestranded breaks in DNA after binding with short guide RNA molecules. CRISPR technology is candidate to solve several complex molecular biology problems faced in life science research including cancer research. in this review, CRISPR-Cas will be handled as an immune system regulator and immune system response steps will be defined in prokaryotic organisms. Repair mechanisms of DNA strand breaks and guide RNAs will be defined in means of using CRISPR-Cas9 system in genome editing and efficient transfection methods minimalized for off target effects will be discussed. Finally, CRISPR applications in cancer and therapeutic efficiency of genome editing technology will be evaluated.

Aim: t(4,11) is a chromosomal abnormality formed by the translocation MLL-AF4, which is the result of the fusion of the AF4 gene, localized on 4q21 chromosomal band, to the MLL gene, localized on 11q23 chromosomal band. The aim of this study is to examine the results of the analysis of t (4;11) MLL-AF4 translocation in acute lymphoblastic leukemia (ALL) patients retrospectively. Materials and Methods: Peripheral blood or bone marrow samples of 176 children (70 girls, 106 boys) and 144 adults (60 women, 84 men) with a preliminary diagnosis of acute leukemia between 2009-2013 were analyzed in the Medical Biology Department of Ege University Faculty of Medicine. The translocation RNA results of 71 peripheral blood and 473 bone marrow samples of these patients were evaluated quantitatively for t(4;11) with real-time RT-PCR. t(4;11) quantitation was performed by real-time qRT-PCR instrument after the synthesis of complementary DNA with conventional PCR from total RNA or mRNA isolated from blood and bone marrow. Quantitative analysis of the patients was performed by comparing positive and negative controls and samples classified as positive or negative (the ratio of the number of positive copies to the number of reference copies). Results: A total of 320 patients, with 98 having also follow-ups, were evaluated for t(4;11) translocation. Totally 34 patients (24 children and 10 adults) were found positive and the other samples were negative. Conclusion: The assessment of these results supports that, quantitative determination of t(4;11) with RT-PCR method among newly diagnosed ALL patients and ALL patients undergoing treatment, is a valuable method for both confirming the diagnosis and guiding the treatment intended to achieve molecular remission., Amaç: t(4;11), MLL-AF4 translokasyonu sonucu oluşan, 4q21 kromozomal bandına yerleşim gösteren AF4 geninin 11q23 kromozomal bandına yerleşim gösteren MLL genine füzyonu sonucu gelişen kromozomal bir anomalidir. Bu çalışmada, retrospektif olarak 2009-2013 yılları arasındaki akut lenfoblastik lösemi (ALL) hastalarındaki t(4;11) MLL-AF4 translokasyonunun analiz sonuçlarının incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'na 2009-2013 yılları arasında akut lösemi ön tanısıyla 176 çocuk (70 kız, 106 erkek) ve 144 yetişkin (60 kadın, 84 erkek) olgunun kan veya kemik iliği örnekleri incelendi. Bu olgulara ait 71 kan ve 473 kemik iliği örneğinin t(4;11) translokasyon RNA sonuçları, gerçek zamanlı RT-PCR yöntemi ile kantitatif olarak değerlendirildi. İlk aşamada, kan ve kemik iliği örneklerinden izole edilen total RNA veya mRNA'dan konvansiyonel bir PCR cihazı ile komplementer DNA sentezlendi. İkinci aşamada, gerçek zamanlı PCR cihazı ile t(4;11) kantitasyonu gerçekleştirildi. Olguların kantitatif olarak değerlendirilmesi, pozitif kontrol ve negatif kontrolün karşılaştırılması ile örneklerin negatif yada pozitif (pozitif olgu kopya sayısının referans kopya sayısına oranı) olması şeklinde yapıldı. Bulgular: Çalışmamızda 98'i takip hastası olmak üzere toplam 320 hasta t(4;11) MLL-AF4 translokasyonu için değerlendirildi. Çalışmaların sonucunda toplam 34 olgu (24 çocuk, 10 yetişkin) pozitif ve diğer örnekler negatif olarak bulundu. Sonuç: Bu değerlendirmenin sonuçları, RT-PCR yöntemi ile ALL hastalarında yeni tanı döneminde ve tedavi sürecinde t(4;11) MLL-AF4 translokasyonunun kantitatif tayini, hem tanının kesinleştirilmesinde hem de moleküler remisyon sağlanmasına yönelik tedaviyi yönlendirmesinde değerli bir yöntem olduğunu desteklemektedir.

Aim: In this study, it was aimed to evaluate the analysis of inv16 blood and bone marrow samples quantitively by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) method of 402 patients (322 adult, 80 children) prediagnosed as acute myeloid leukemia (AML), who were admitted to Ege University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology between years 2009-2013. Materials and Methods: cDNA's were obtained following the total RNA/mRNA isolation which were taken from patients' blood and bone marrow samples and quantitaion of inv16 were performed by reverse transcriptase RT-PCR method at LightCycler2. Results: Four hundred and two cases were evaluated in terms of inv(16) CBFBETA-MYH11 inversion. As a result of the analysis, a total of 19 patient were determined inv16 positivity includes 12 adult (% 4) and 7 children (9%). Conclusion: Inv16 of quantitative analysis is supported to be an effective method for clinical evaluation of patients with AML, regarding remission of disease and implimentation of the treatment protocols toward achieving remission. More studies with AML patients are required for confirmation of the results., Amaç: Bu çalışmada, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'na 2009-2013 yılları arasında akut myeloid lösemi (AML) ön tanısı ile başvuran 402 olgunun (322 yetişkin, 80 çocuk) kan veya kemik iliği örneklerinin inv16 kantitasyon analizlerinin RT-PCR yöntemi ile değerlendirilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Hastalardan alınan kan ve kemik iliği örneklerinden total RNA/mRNA izolasyonunu takiben cDNA'ları elde edilerek revers-transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemiyle inv16 kantitasyonu LightCycler2 cihazında gerçekleştirildi. Bulgular: Dört yüz iki olgu, inv(16) CBFBETA-MYH11 inversiyonu açısından değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda 12 (% 4) erişkin ve 7 (% 9) çocuk olmak üzere toplam 19 olguda inv16 pozitifliği saptandı. Sonuç: Inv16 kantitatif analizi, AML hastalarının klinik değerlendirilmesinde, hastalığın seyri ve remisyon sağlanmasına yönelik tedavi protokollerinin uygulanmasında etkili bir yöntem olduğunu desteklemektedir. AML hasta grubunu içeren daha geniş kapsamlı çalışmalar yapılarak elde edilen sonuçlar desteklenmelidir.

Amaç: Bu çalışmada, tedavi amaçlı uygulanan endotelin reseptör antagonist-A’nın (ERA-A) streptozotozin (STZ) ile indüklenmiş diyabetik sıçanların aortlarındaki hücresel bağlantı ve hücre adezyon moleküllerinin gen ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Toplamda 80 sıçan 4 eşit gruba bölünerek incelenmiştir: Grup1: Kontrol, Grup2: ERA-A uygulanan, Grup3: Diyabet ve Grup4: Diyabet sonrası ERA-A uygulanan grup. Kırk sıçanda tek doz STZ enjeksiyonu ile diyabet indüklenmiştir ve hayvanlar 2 ay takip edilmiştir. Ayrıca, 20 diyabetik ve 20 sağlıklı sıçana 7. ve 15. günlerde ERA-A uygulanmıştır. Sıçan aort doku örneklerindeki hücreler arası bağlantı birimlerinin bileşenlerini ve hücre adezyon moleküllerini kodlayan genlerin ekspresyonları kantitatif gerçek-zamanlı ters transkripsiyon-polimer zincir reaksiyonu ile analiz edilmiştir. Bulgular: Konneksin-30 (Cx30), Cx33, Cx37, Cx40 ve Cx45 ekspresyonları diyabet grubunda azalmıştır. ERA-A uygulanan diyabetik sıçanlarda ise Cx33 ve Cx36 ekspresyonları istatistiksel olarak anlamlı artış göstermiştir. Diyabet grubu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında ?-1-katenin ekspresyonunun anlamlı olarak arttığı, ve ?-1-katenin ekspresyonunun da anlamlı olarak azaldığı görülmüştür. Sonuç: Çalışmamızda, endotel hücrelerin hücreler arası iletişimini sağlayan oluklu bağlantılarında diyabet ile indüklenen hasar saptanmıştır. ERA-A uygulaması bazı konneksin alt tiplerinin ekspresyonlarını arttırdığı için, bu durumun sağaltımı için gelecekteki rutin kullanımı düşünülebilir., Aim: The aim of this study was to investigate the effects of endothelin receptor type-A antagonist (ERA-A), that has been applied for therapeutic reasons, on the gene expressions of cell junctions and cell adhesion molecules in the aorta of streptozotocin (STZ) induced diabetic rats. Materials and Methods: A total of 80 rats were analyzed in 4 equally distributed groups: Group 1: Control, Group 2: ERA-A administered, Group 3: Diabetic, and Group 4: Diabetic ERA-A treated. Diabetes was induced in 40 rats by a single injection of STZ and the animals were followed for 2 months. Twenty diabetic and 20 healthy rats were also treated with ERA-A at days 7 and 15. The expressions of genes coding for cell junctions and cell adhesion molecules in rat aortic tissue samples were analyzed by quantitative real-time reverse transcription-polymerase chain reaction. Results: The expressions of connexin-30 (Cx30), Cx33, Cx37, Cx40, and Cx45 were decreased in the diabetic group. A statistically significant increase in the expressions of Cx33 and Cx36 was determined in diabetic rats treated with ERA-A. When the diabetic group was compared to the control group a significant increase in the expression of α- 1-catenin, and a significant decrease in the expression of β-1-catenin was found. Conclusion: In our study, diabetes induced damages in the intercellular communication of endothelial cells provided by gap junctions. Since administration of ERA-A has led to an increase in the expression of some connexin subtypes, its routine use in the treatment of this condition could be considered in the future.

…

…

…