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Due to advances in antiretroviral therapy (ART), HIV-1 replication can nowadays be controlled among treated patients. Now, the objective is to find new therapeutic strategies to either eradicate the virus or achieve a “functional cure”. Therapeutic vaccines inducing cytotoxic T lymphocytes (CTL) are one of the most promising approaches. An effective vaccine must take into account the CTL epitopes variability in viral reservoirs and the human leukocytes antigen (HLA)-class I- allele-specific restriction. Using data from archived virus in HIV-1-infected patients from the Bordeaux University Hospital, we provide confirmation of important CTL epitope variability in HIV-1 proviral DNA, a major source contributing to viral rebound after stopping ART. We also found that mutations leading to this variability can affect the predicting MHC-I-epitope binding affinity and prevent their recognition. Moreover, we have identified highly conserved epitopes and epitopes carrying mutations with no significant effect on binding affinity, which are restricted by the most common HLA-B alleles in Caucasians and Africans. These epitopes could be used for the development of a multi-epitope-based peptide vaccine according to the genetics of patients., Grâce aux antirétroviraux, il est désormais possible de contrôler durablement la réplication du VIH-1 chez les patients sous traitement. L’objectif est maintenant de trouver de nouvelles stratégies thérapeutiques visant soit une éradication du virus soit une guérison « fonctionnelle ». L’une d’entre elles consiste en l’élaboration d’un vaccin thérapeutique impliquant les lymphocytes T cytotoxiques (CTL). La mise au point d’un vaccin efficace doit inévitablement tenir compte de la variabilité des épitopes CTL dans les réservoirs viraux et de leur présentation par les molécules HLA de classe I. Dans cette étude réalisée sur des virus archivés chez des patients infectés par le VIH-1 suivis au CHU de Bordeaux, nous confirmons l’importante variabilité des épitopes CTL au sein de l’ADN proviral à partir duquel la réplication virale sera généralement réinitiée lors d’un arrêt thérapeutique. Nos résultats montrent que les mutations à l’origine de cette variabilité peuvent diminuer l’affinité théorique de ces épitopes pour les molécules HLA et empêcher leur présentation. Par ailleurs, nous avons identifié des épitopes présentables par les allèles HLA-B les plus fréquents dans la population caucasienne et africaine, épitopes hautement conservés ou dont la variabilité n’affecte pas l’affinité pour les molécules HLA. Ces épitopes pourraient être utilisés pour l’élaboration d’un vaccin lipopeptidique qui tiendra compte de la génétique immunitaire de l’hôte.

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is a newly emerging infectious disease caused by a novel coronavirus (SARS-CoV), which has overwhelmed more than 30 countries claiming nearly 8400 cases with over 800 fatalities. Thanks to the unprecedented international collaboration, the whole-genomes of SARS-CoVs were successfully deciphered shortly after the identification of the causative pathogen for outbreak of SARS in southern China, in 2003. Hitherto, the SARS-CoV, as a viral paradigm of emerging infectious entities, has been extensively studied that has ranged from epidemiology, molecular virology/immunology to structural genomics. Also, several lines of breakthroughs have been record-brokenly obtained, that included the finding of ACE2, a functional receptor for the SARS-CoV, solution of the 3CL(pro) structure, a first crystal structure of SARS-related macromolecules, revealing of bats as natural reservoirs for SARS-like viruses and the possible involvement of civet cats in the SARS emergence. This review intends to outline the major progress in the journey of SARS-related exploration, by emphasizing those inaugurated studies with milestone-like significance contributed by Chinese research groups.