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Introduction: the new coronavirus pandemic has been a reality throughout 2020, and it has brought great challenges. The virus predominantly manifests in the pediatric population with mild symptoms. However, an increase in the incidence of Multisystemic Inflammatory Syndrome in Children (MIS-C) associated with COVID-19 has been described in the literature. MIS-C manifests mainly with fever and gastrointestinal symptoms and may mimic acute abdomen due to acute appendicitis. The objective of this study is to propose a care flowchart for suspected cases of acute appendicitis in the initial phase in pandemic times, considering the possibility of MIS-C. This situation was brought up by a patient treated in a pediatric hospital in Brazil. Discussion: It was possible to identify common signs and symptoms in the reported patient and those published cases that may serve as alerts for early identification of MIS-C cases. Based on the literature review and on the similarities between the syndrome and the inflammatory acute abdomen in children, we elaborated an initial approach for these cases to facilitate the identification, early diagnosis, and management. The flowchart considers details of the clinical history, physical examination, and complementary exams prior to the indication of appendectomy in patients with initial phase symptoms. Conclusion: MIS-C, although rare and of poorly known pathophysiology, is most often severe and has a high mortality risk. The use of the proposed flowchart can help in the diagnosis and early treatment of MIS-C. RESUMO Introdução: a pandemia do novo coronavírus arrastou-se ao longo de 2020 e trouxe grandes desafios. Acredita-se que o vírus manifesta-se na população pediátrica predominantemente com quadros leves, entretanto, aumento da incidência da Síndrome Inflamatória Multissistêmica em Crianças (SIM-C) associada à COVID-19 tem sido descrito na literatura. A SIM-C manifesta-se principalmente com febre e sintomas gastrointestinais, podendo mimetizar abdome agudo inflamatório por apendicite aguda. O objetivo deste trabalho é propor fluxograma de atendimento dos casos suspeitos de apendicite aguda em fase inicial, em tempos de pandemia, considerando-se a possibilidade de SIM-C, motivado pelo caso de paciente atendido em hospital pediátrico no Brasil. Discussão: Foi possível identificar sinais e sintomas em comum entre o paciente aqui relatado e casos publicados que podem servir de alerta para identificação precoce dos casos de SIM-C. Com base na revisão da literatura e nas semelhanças entre a síndrome e quadros de abdome agudo inflamatório na criança, foi elaborado fluxograma de abordagem inicial destes doentes para facilitar a identificação, diagnóstico precoce e condução dos pacientes. O fluxograma leva em consideração detalhes da história clínica, exame físico e exames complementares antes da indicação de apendicectomia em pacientes com sintomas na fase inicial. Conclusão: A SIM-C, apesar de rara e da fisiopatologia pouco conhecida, apresenta-se na maioria das vezes de forma grave e possui alto risco de mortalidade. O uso do fluxograma proposto pode auxiliar no diagnóstico e tratamento precoce da SIM-C.