Search

The current study reports the optimal cultural parameters for GA3 production by Pseudomonas sp. isolated from wastes of processed olive affected by physiological conditions (incubation temperature, pH of the growth media, incubation period, and incubation conditions). The highest level of gibberellic acid (285.06 mg/l) production was obtained in nutrient broth when the bacteria culture was incubated at 30 °C for 72 h at pH 7 on rotary shaker and in the dark.

The present study was carried out to investigate usefulness and effectiveness of randomly amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction RAPD-PCR and repetitive element sequence-based polymerase chain reaction REP-PCR in differentiating of staphylococcal strains and to compare the results of these methods with those obtained by antibiotyping. Staphylococcal strains, obtained from various clinical samples and collected from different wards, were characterized phenotypically by susceptibility testing and genotypically by using RAPD-PCR and REP-PCR methods. It was found that there was no significant association between genotypes obtained from RAPD and REP-PCR. Strains with a similarity coefficient of 80% and 70% or greater were grouped in a cluster for RAPD-PCR and REP-PCR, respectively. RAPD-PCR was found to be very efficient with the discriminatory index DI of 0.91 whereas discrimination index DI of REP analysis was found to be 0.88 with RW3A primer and combination of REP1R-I, REP2-I primers. The findings of this study indicate that RAPD-PCR reliably distinguish ward and source-related clustering. The RAPD primers provide to discriminate MRSA, MSSA and CNS strains whereas REP analysis could not be as discriminative as RAPD. Therefore, RAPD-PCR, evidenced to be inconsiderably more discriminatory than REP-PCR, is well suited for fast and accurate strain identification., B u çalışmada stafilokokal suşların ayrımında RAPD-PCR Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA-Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve REP-PCR Tekrarlayan Ekstragenik Elementlerin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Amplifikasyonu yöntemlerinin etkinliğinin ve kullanılabilirliğinin araştırılmasını ve elde edilen sonuçların antibiyotipleme ile karşılaştırılması amaçlanmaktadır. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve farklı servislerden toplanan stafilokokal suşlar fenotipik olarak antibiyotik duyarlılık testi, genotipik olarak RAPDPCR ve REP-PCR yöntemleri ile karakterize edilmiştir. RAPD ve REP-PCR ile elde edilen genotipler arasında önemli ölçüde benzerlik bulunamamıştır. RAPD-PCR ve REP-PCR için sırasıyla %80 ve %70 olarak belirlenen benzerlik katsayısı ile suşlar gruplandırılmıştır. RAPD-PCR’ın 0.91 oranında ayrım gücü ile oldukça etkin olduğu tespit edilirken, RW3A primeri, REP1R-I ve REP2-I primerlerinin kombinasyonu ile elde edilen REP analizinin ayrım gücü 0.88 olarak bulunmuştur. Çalışmanın bulguları RAPD-PCR yönteminin klinik örnek ve servisler ile ilişkili kümelemede güvenilir olduğunu göstermektedir. RAPD primerlerinin MRSA, MSSA ve CNS suşların ayrımını sağlayabildiği, REP analizinin RAPD kadar ayırt edici olmadığı bulunmuştur. Böylece RAPD-PCR’ın REP-PCR’dan daha ayırt edici olduğu ve suşların tanımlanmasında hızlı ve doğru bir yöntem olarak uygunluğu kanıtlanmıştır

The increased amount of Prostate-specific antigen PSA binding capacity is estimated to be associated with the initial concentration of PSA in the serum or cancer-related glycosylation patterns. The aim of this study was to determine tPSA and fPSA binding capacities of mPGMA-HDMA-Con A beads using the serum samples of patients with PCa and BPH having the same concentration of tPSA. Concanavalin A Con A is preferred to use as ligand due to the high sugar specificity towards mannose. The initial concentration of the Con A in the medium was changed between 0.25 and 2.5 mg/mL in order to determine the optimum amount of Con A immobilized to the beads. Both tPSA and fPSA adsorption capacity of mPGMA-HDMA-ConA beads performed using the serum sample of patient with BPH were found to be higher than that of PCa. Therefore, the reason of high PSA adsorption capacity observed in patients with BPH could be attribute to the glycosylation changes., P rostat-spesifik antijen PSA bağlanma kapasitesindeki artışın başlangıçta serumda bulunan PSA derişimi ya da kansere bağlı değişen glikozilasyon paternleri ile ilişkili olduğu öngörülmektedir. Bu çalışmada, aynı tPSA derişimine sahip PCa ve BPH’lı hastaların serum örnekleri kullanılarak mPGMA-HDMA-ConA mikrokürelere tPSA ve fPSA bağlanma kapasitesinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Concanavalin A Con A mannoza karşı özgüllük göstermesi nedeniyle ligand olarak kullanılması tercih edilmiştir. mPGMA mikrokürelere immobilize olan optimum Con A miktarını belirlemek amacıyla ortamdaki Con A miktarı 0.25-2.5 mg/ml arasında değiştirilmiştir. Hem tPSA hem de fPSA için mPGMA-HDMA-ConA mikrokürelerin bağlanma kapasitesinin PCa ile kıyaslandığında BPH’da daha fazla olduğu gösterilmiştir. Böylece, yüksek PSA bağlanma kapasitesinin kansere bağlı değişen glikozilasyondan kaynaklandığı doğrulanmıştır

The increase in the frequency of methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA demands a quick and trustworthy characterization of isolates and identification of clonal spread within hospitals. The objective of this study is to establish variations of randomly amplified polymorphic DNA RAPD patterns in S. aureus isolates which are collected from clinical isolates and a systematic relationship between them. Identification of isolates and antimicrobial susceptibility tests were performed by automated system and conventional phe- notypic methods. A total of 30 out of 47 isolates 64% expressed methicillin-resistance. When methicillin-sus- ceptible and resistance isolates were compared, the least active agents were rifampin, all aminoglycosides and penicillines, tetracycline and amoxicillin-clavulonic acid for methicillin-resistance isolates. RAPD-PCR method with 25 different primers was analyzed on 47 clinical isolates of S.aureus. All the data were employed to cons- truct dendograms using the unweighted pair group method using arithmetic UPGMA . In this study, it is clear that, RAPD-PCR assayed with combination of five primers can be successfully applied to assess the genetic relationship between MRSA and MSSA isolates from clinical samples., M etisilin dirençli Staphylococcus aureus MRSA görülme sıklığındaki artış bu suşların karakterizasyonunun hızlı ve güvenilir bir şekilde yapılmasını ve hastanelerde klonal yayılımın tanımlanmasını gerektirmektedir. Bu çalışmanın amacı, klinik örneklerden elde edilen Staphylococcus aureus suşlarına ait rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA RAPD bant modellerindeki varyasyonu ve bunlar arasındaki sistematik ilişkiyi ortaya çıkarmaktır. Suşların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem ve geleneksel yöntemler ile belirlendi. Toplam 47 izolatın 30’u %64’ü metisiline dirençli bulundu. Metisilin duyarlı ve dirençli izolatlar karşılaştırıldığında metisilin dirençli izolatlarda en düşük etki gösteren antibiyotikler rifampin, tüm aminoglikozidler ve penisilinler, tetrasiklin ve amoksilin-klavulonik asittir. 47 S.aureus klinik izolat, RAPDPCR tekniği kullanılarak 25 farklı primer ile analiz edildi. Tüm veriler ile ağırlıksız çift grup yöntemi UPGMA kullanılarak dendogram çizildi. Bu çalışmada, beş primerin kombinasyonu kullanılan RAPD-PCR yöntemi klinik örneklerden izole edilen MRSA ve MSSA izolatları arasındaki genetik ilişkinin belirlenmesinde başarılı bir şekilde uygulanabildiği açıkça görülmektedir

T.viride was used to produce extracellular lactase in different media. Effect of various carbon sources lactose, glucose, galactose, sucrose, maltose, fructose and xylan on enzyme production was investigated. Among nitrogensources, NH4 H2PO4 was concluded to be the best nitrogen source, followed by NH4 2HPO4 and NH4 2SO4. Inaddition, increasing NH4 H2PO4 concentration to 0.250 M increased enzyme production. Finally, additional glucosewas not effective on lactase production

Bakteriyorodopsin (BR), halofilik mikroorganizmalardan Halobacterium salinarum'da bulunan bir transmembran proteindir. Proton pompası olarak görev yapan bu protein ışık ile aktive olarak güneş enerjisinden enerji eldesini sağlamaktadır. Ayrıca farklı fiziksel koşullara dayanıklılık göstermesi BR'i ilgi çekici kılmaktadır. Birçok uygulama alanında önemli yere sahip olan BR yenilenebilir enerji alanında da kullanılmaktadır. Çalışmamızda Bakteriyorodopsin Temelli Biyomolekül Duyarlı Güneş Hücresi (BR-BSSC) elde etmek amacıyla Halobacterium salinarum DSM 671 suşu kullanılmıştır. H.salinarum DSM 671'den BR üretimi gerçekleştirilmiş ve üretim koşullarının optimizasyonu için Deney Tasarım programından yararlanılmıştır. Ardışık olarak deney tasarımı programlarının (Plackett-Burman, Central Composite Design) kullanımı sonucunda 95.3 mgL-1 olacak şekilde BR eldesi sağlanmıştır. Sulu ikili faz sistemi ile saflaştırılan BR kullanılarak Cam/FTO/TiO2/BR/MoO3/Au (D1) ve Cam/FTO/ZnO/BR/MoO3/Au (D2) olacak şekilde iki farklı cihaz elde edilmiştir. Bu cihazlardan D1'in verimliliği 0.8989, D2'nin verimliliği 0.8429 olarak hesaplanmıştır. Bacteriorhodopsin (BR) is a transmembrane protein that found in Halobacterium salinarum which is a halophilic bacterium. BR, after being activated by solar energy, acts as a proton pump and creates energy. Besides this property, BR, also shows resistance to various physical conditions and hence makes it more interesting. Among many important implementations, BR also takes part in renewable energy applications. In this research, H. salinarum DSM 671strain was used to obtain Bacteriorhodopsin Based Biomolecule Sensitized Solar Cell (BR-BSSC). For this purpose, BR was synthesized by H. salinarum DSM 671 and for optimization of growth conditions, an experimental design program was used. After sequential application of Plackett-Burman and Central Composite Design. BR was obtained in proportion of 95.3 mgL-1. Following aqueous-two-phase system purification, BR was used to produce two different devices named as Glass/FTO/TiO2/BR/MoO3/Au (D1) and Glass/FTO/ZnO/BR/MoO3/Au (D2). The efficiency of these devices were 0.8989 and 0.8429 respectively. 79

CO-IMMOBILISED ENZYME DESIGNING FOR WASTEWATER PRETREATMENT SİNEM DİKEN GÜR Doctor of Philosophy, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ December 2016, 90 Pages Immobilized enzymes are defined as enzymes physically confined or localized in a particular region with retention of their catalytic activities, and which can be used continuously and stored for a long period; take the place of harsh chemical agents and long-lasting biological processes in the wastewater treatment process. In this study Na alginate, Na alginate-κ carrageenan hydrogels, Na alginate activated with glutaraldehyde, grafted Na alginate and chitosan activated with glutaraldehyde were used with intent to co-immobilization of protease, pectinase and α amylase enzymes. The study was continued by using Na alginate beads and glutaraldehyde-activated chitosan beads in which three enzymes could be successfully co-immobilized. The enzymes were covalently bond to the surface of chitosan beads activated by glutaraldehyde while entrapped into the Na alginate beads. Characterization studies were performed with scanning electron microscopy and Fourier transform infrared spectroscopy. Enzymes, co-immobilized using two different support materials and methods, were compared with each other in terms of temperature and pH stability, reusability and storage stability characteristics. Wastewater pretreatment process was performed by using glutaraldehyde-activated chitosan beads which have a higher immobilization yield and relative activity and are more appropriate in respect iv to reproducibility and storage stability. For this purpose, synthetic manucipial wastewater, real wastewater sample and sea water were used in which waste materials were added. In sea water, while pectinase enzyme was inhibited, the maximum removal quantity was determined by α amylase and protease. In terms of synthetic and municipal wastewater, while the removal rates of co-immobilized α amylase and protease enzymes showed very close results, it was determined that the product formation of pectinase in manucipal wastewater was higher. In this study, pectinase, protease and α amylase enzymes were co-immobilized using glutaraldehyde activated chitosan beads for pre-treatment of wastewater. We believe that this developed material will be a model for the design of multi enzyme co-immobilization studies and will shed light on future researches on this topic. İÇİNDEKİLER Sayfa ÖZET ................................................................................................................................................ i ABSTRACT ................................................................................................................................... iii TEŞEKKÜR .................................................................................................................................... v İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………………………..vi SİMGELER VE KISALTMALAR ................................................................................................. x ŞEKİLLER DİZİNİ ...................................................................................................................... xiii ÇİZELGELER DİZİNİ ................................................................................................................ xvi 1. GİRİŞ .......................................................................................................................................... 1 2. GENEL BİLGİ ............................................................................................................................ 4 2.1. Enzimler ................................................................................................................................... 4 2.1.1. Atıksu Arıtımında Enzimler .................................................................................................. 4 2.1.2. α amilaz Enziminin Özellikleri ve Atıksu Arıtımında Kullanımları ..................................... 5 2.1.3. Pektinaz Enziminin Özellikleri ve Atıksu Arıtımında Kullanımları ..................................... 7 2.1.4. Proteaz Enziminin Özellikleri ve Atıksu Arıtımında Kullanımları ....................................... 8 2.2. Enzim İmmobilizasyonu .......................................................................................................... 9 2.2.1. Enzim İmmobilizasyonunun Avantajları ............................................................................ 10 2.2.2. Enzim İmmobilizasyon Metotları ........................................................................................ 10 2.2.2.1. Taşıyıcıya Bağlanma ........................................................................................................ 11 2.2.2.1.1. Fiziksel Adsorbsiyon ..................................................................................................... 11 2.2.2.1.2. Kovalent Bağlanma ....................................................................................................... 11 2.2.2.1.3. İyonik Bağlanma ........................................................................................................... 12 2.2.2.2. Çapraz Bağlanma ............................................................................................................. 13 2.2.2.3. Tutuklama ve Kapsülleme ................................................................................................ 14 2.2.3. Enzim İmmobilizasyonunda Destek Materyal Olarak Kullanılan Bazı Doğal Polimerler . 14 2.2.3.1. Aljinat ............................................................................................................................... 15 2.2.3.2. Karragenan ....................................................................................................................... 16 2.2.3.3. Kitosan ............................................................................................................................. 17 2.2.4. Destek Materyallerin Aktive Edilmesinde Kullanılan Bazı Ajanlar ................................... 18 2.2.4.1. Glutaraldehit ..................................................................................................................... 18 2.2.4.2. Polietilenimin ................................................................................................................... 20 2.2.5. Enzim Ko-immobilizasyonu ............................................................................................... 20 vii 3. MATERYAL VE YÖNTEM .................................................................................................... 22 3.1. Kullanılan Enzimler ............................................................................................................... 22 3.2. Enzimatik Aktivite Tayini ...................................................................................................... 22 3.2.1. α amilaz Aktivite Tayini ...................................................................................................... 22 3.2.2. Pektinaz Aktivite Tayini ...................................................................................................... 22 3.2.3. Proteaz Aktivite Tayini ....................................................................................................... 22 3.3. İmmobilizasyon Verimi ve Yükleme Etkinliği Değerlerinin Hesaplanması ......................... 23 3.4. α amilaz, Pektinaz ve Proteaz Enzimlerinin Ko-immobilizasyonu için Uygun Destek Materyal ve İmmobilizasyon Metodunun Seçimi ................................................................. 23 3.4.1. Enzimlerin Aljinat-κ Karragenan Hidrojel ile Tutuklama Yöntemiyle Ko-immobilizasyonu ............................................................................................................................................... 23 3.4.2. Enzimlerin Glutaraldehit ile Aktive Edilen Na Aljinat Boncuklarda Kovalent Bağlanma ile Ko-immobilizasyonu ............................................................................................................. 24 3.4.3. Enzimlerin Ekleme Yapılmış Na Aljinat Boncuklar ile Ko-immobilizasyonu ................... 24 3.4.4. Enzimlerin Na aljinat Jelde Tutuklama Yöntemiyle Ko-immobilizasyonu ........................ 25 3.4.5. Na Aljinat Jelde Tutuklama Yöntemiyle Ko-İmmobilizasyon Koşullarının Optimizasyonu ............................................................................................................................................. 26 3.4.5.1. Na aljinat Konsantrasyonu ............................................................................................... 26 3.4.5.2. CaCl2 Konsantrasyonu ..................................................................................................... 26 3.4.5.3. Enzim Konsantrasyonları ................................................................................................. 27 3.4.6. Enzimlerin Glutaraldehit Aracılığıyla Kitosan Boncuk Yüzeyine Kovalent Bağlanma Yöntemiyle Ko-immobilizasyonu ........................................................................................ 27 3.4.6.1. Kitosan Boncukların Hazırlanması .................................................................................. 27 3.4.6.2. Kitosan Boncukların Glutaraldehit ile Aktivasyonu ........................................................ 27 3.4.6.3. α amilaz, Pektinaz ve Proteaz Enzimlerinin Aktive Kitosan Boncuklara Koİmmobilizasyonu ................................................................................................................. 28 3.4.7. Ko-İmmobilizasyon Koşullarının Optimizasyonu .............................................................. 29 3.4.7.1. Kitosan Konsantrasyonu .................................................................................................. 29 3.4.7.2. Glutaraldehit Konsantrasyonu .......................................................................................... 29 3.4.7.3. Aktivasyon süresi ............................................................................................................. 30 3.4.7.4. İmmobilizasyon Süresi ..................................................................................................... 30 3.4.8. Kitosan Boncukların Karakterizasyonu .............................................................................. 30 3.4.8.1. Kitosan Boncukların Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) Analizi ............................. 30 viii 3.4.8.2. Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FTIR) ..................................................... 30 3.5. Serbest ve İki Farklı Destek Materyal Kullanılarak Ko-immobilize Edilen Enzimlerin Bazı Özelliklerinin Saptanması ..................................................................................................... 30 3.5.1. Optimum Çalışma Sıcaklıklarının Belirlenmesi ................................................................. 30 3.5.2. Optimum Çalışma pH’ larının Belirlenmesi ....................................................................... 31 3.5.3. Termal Kararlılıklarının Saptanması ................................................................................... 31 3.5.4. pH Kararlılıklarının Saptanması .......................................................................................... 31 3.5.5. Depolama Karaklılıklarının Saptanması ............................................................................. 31 3.5.6. Operasyon Kararlılıklarının Saptanması ............................................................................. 32 3.6. Aktive Edilmiş Kitosan Boncuklara Ko-immobilize Enzimlerle Atıksu Ön Arıtımı ............ 32 4. SONUÇ ve TARTIŞMA ........................................................................................................... 34 4.1. α amilaz, Pektinaz ve Proteaz Enzimlerinin Ko-immobilizasyonu İçin Uygun Destek Materyal ve İmmobilizasyon Metodunun Seçimi ................................................................. 34 4.2. α amilaz, Pektinaz ve Proteaz Enzimlerinin Na aljinat Jelde Tutuklama Yöntemiyle Koimmobilizasyonu .................................................................................................................... 35 4.2.1. İmmobilizasyon Koşullarının Optimizasyonu .................................................................... 36 4.2.1.1. Na Aljinat Konsantrasyonu .............................................................................................. 36 4.2.1.2. CaCl2 Konsantrasyonu ..................................................................................................... 37 4.2.1.3. Yüklenen Enzim Konsantrasyonu .................................................................................... 39 4.3. Enzimlerin Glutaraldehit Aracılığıyla Kitosan Boncuk Yüzeyine Kovalent Bağlanma Yöntemiyle Ko-immobilizasyonu ........................................................................................ 40 4.3.1. Kitosan Boncukların Hazırlanması ..................................................................................... 40 4.3.2. Kitosan Boncukların Glutaraldehit ile Aktivasyonu ........................................................... 41 4.3.3.1 Kitosan Konsantrasyonu ................................................................................................... 42 4.3.3.2. Glutaraldehit Konsantrasyonu .......................................................................................... 44 4.3.3.3. Aktivasyon Süresi ............................................................................................................ 46 4.3.3.4. İmmobilizasyon Süresi ..................................................................................................... 47 4.3.4. Glutaraldehit ile Aktive Edilmiş Kitosan boncukların karakterizasyonu ............................ 49 4.3.4.1. Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) Analizi ............................................................... 49 4.4. Serbest ve İki Farklı Destek Materyal Kullanılarak Ko-immobilize Edilen Enzimlerin Bazı Özelliklerinin Saptanması ..................................................................................................... 53 4.4.1. Optimum Çalışma Sıcaklıklarının Belirlenmesi ................................................................. 53 4.4.2. Optimum Çalışma pH’ larının Belirlenmesi ....................................................................... 57 4.4.4. pH Kararlılıklarının Saptanması .......................................................................................... 62 4.4.5. Depolama Kararlılıklarının Saptanması .............................................................................. 63 4.4.6. Tekrar Kullanım Kararlılıklarının Saptanması .................................................................... 68 4.4.7. Atıksuda Ko-immobilize Enzimlerle Ön Arıtım ................................................................. 72 5.YORUM ..................................................................................................................................... 75 KAYNAKLAR .............................................................................................................................. 77 ÖZGEÇMİŞ .................................................................................................................................. 89 ÖZET ATIKSU ÖN ARITIMI İÇİN KO-İMMOBİLİZE ENZİM TASARIMI SİNEM DİKEN GÜR Doktora, Biyoloji Bölümü Tez Danışmanı: Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ Aralık 2016, 90 Sayfa Belirli bir bölgeye katalitik aktivitesini koruyarak yerleştirilmiş, sürekli kullanılabilir ve uzun süre saklanabilir enzimler olarak tanımlanan immobilize enzimler, atıksu arıtım işlemlerinde sert kimyasal ajanların ve uzun süren biyolojik işlemlerin yerini almaktadır. Bu çalışmada proteaz, pektinaz ve α amilaz enzimlerinin ko-immobilizasyonu amacıyla Na aljinat, Na aljinat-κ karragenan hidrojel, glutaraldehit ile aktive edilen Na aljinat, ekleme yapılmış Na aljinat ve glutaraldehit ile aktive edilen kitosan boncuklar kullanıldı. Üç enzimin de başarılı bir şekilde ko-immobilize edilebildiği Na aljinat boncuklar ve glutaraldehit ile aktive edilen kitosan boncuklar kullanılarak çalışmaya devam edildi. Enzimler, Na aljinat boncuklara hapsedilirken glutaraldehit kullanılarak aktive edilen kitosan boncukların yüzeyine kovalent olarak bağlandılar. Karakterizasyon çalışmaları taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR) ile gerçekleştirildi. İki farklı destek materyal ve metot kullanılarak ko-immobilize edilen enzimler sıcaklık ve pH stabilitesi, tekrarlanabilirlik ve saklama stabilitesi gibi özellikleri bakımından birbirleriyle karşılaştırıldılar. İmmobilizasyon verimi ve bağıl aktivitesi daha yüksek olan, tekrarlanabilirlik ve saklama stabilitesi bakımından daha uygun olan enzim ko-immobilize kitosan boncuklar kullanılarak atıksu ii ön arıtım işlemi gerçekleştirildi. Bu amaçla sentetik evsel atıksu, gerçek bir atıksu örneği ve deniz suyu içerisine atık maddeler eklenerek kullanıldı. Deniz suyunda pektinaz enzimi inhibe olurken, α amilaz ve proteazda maksimum giderim miktarları saptandı. Sentetik ve gerçek evsel atıksu örneklerinde ise, ko-immobilize α amilaz ve proteaz enzimlerinin giderim oranları birbirlerine yakın sonuçlar gösterirken, pektinaz için gerçek evsel atıksudaki ürün oluşumu daha yüksek olarak saptandı. Bu çalışmada atıksu ön arıtımı için glutaraldehit ile aktive kitosan boncuklar kullanılarak α amilaz, proteaz ve pektinaz enzimleri ko-immobilize edildi. Geliştirilen bu materyalin çoklu enzim koimmobilizasyon çalışmalarının tasarlanması için bir model olacağına ve gelecekte bu konuda yapılacak çalışmalara ışık tutacağına inanmaktayız.

Bakteriyel enfeksiyonlar insanlarda ve suda yaşayan organizmalarda yüksek oranda ölümlere neden olabilmektedirler. Her ne kadar bu tip enfeksiyonların tedavisinde antibiyotiklerden yararlanılıyorsa da bulaşıcı hastalıkların tedavisinde kullanılan bu antimikrobiyellere direnç kazanma söz konusu olabilir ve hatta bu ilaçların bazı yan etkileri de kullanımı kısıtlayıcı bir durum yaratabilir. Antimikrobiyal ajanlara karşı mikroorganizmaların direnç kazanmaları gelişmiş farmakokinetik özellikleri olan yeni antimikrobiyel bileşiklerin araştırılması ve bunlardan ilaç geliştirmesi gibi çalışmalara gerek göstermektedir. Bu yüzden ilaç üreticiler için gerek geleneksel kaynaklar (toprak ve bitkiler) ve gerekse de denizde yaşayan organizmalar gibi yeni kaynaklardan elde edilen bileşikler önem kazanmaktadır.Çalışmamızda bir siyanobakter (Chroococcus sp.), 2 mikroalg (Chlorella vulgaris ve Chlamydmonas sp.) ve 4 makroalg (Spirogyra subsalsa, Chara hispida, Enteromorpha flexuosa ve Ulva lactuca) türlerinin çeşitli çözgenlerden elde edilen ekstraktarının antimikrobiyal, antioksidan ve mutajenite aktiviteleri araştırılmıştır. Bu çalışmada alg ekstraktlarının aktiviteleri bazı Gram negatif (E. coli, E. caratovora subsp. caratovora, E. amylovora ve Pseudomonas syringae), Gram pozitif (Staphylococcus epidermidis, metisiline dirençli Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae ve Enterococcus faecalis) ve maya (Candida albicans) izolatlarına karşı araştırılmıştır. Ayrıca ekstraktların MIC ve MBC değerleri, antibakteriyal ve FIC indeksleri, sinerjik ve antagonistik etkileşimleri, DPPH, FRAP ve toplam fenol değerleri belirlenmiştir. Etkili bulunan ekstraktların mutajenite deneyleri Ames testi ile vurgulanmıştır. Bu araştırmada HPLC-TOF yöntemi kullanarak, antimikrobiyal etkisi olan alg ekstraktların fenolik bileşenleri tayin edilmiş ve kantitif olarak miktarları belirlenmiştir. Siyanobakter ve mikroalg üretimi için 3 farklı besiyeri (BGA, Bristol ve BG11) kullanılmış ve BG11 besi ortamı bu araştırma için uygun bulunmuştur. Araştırmada kullanılan alglerin ekstraktları distile su ayrıca metanol, butanol, aseton, DMSO, damıtma metanol, damıtma aseton gibi organik çözeltilerden hazırlanmıştır. Alg ekstraktlarının antimikrobiyal aktivite araştırması sonuçlarında belirtildiği gibi en etkili ekstraktlar Chroococcus sp.'nın damıtma metanol ekstraktı, Enteromorpha flexuosa'nın DMSO ekstraktı ve Chara hispida'nın metanol ekstraktı olmakta ve oluşturdukları 19 mm'lik inhibisyon zon çapı ile sırasıyla S. agalactiae, S. epidermidis ve S. agalactiae üzerinde etki oluşturmaktadır. Bu çalışmada antioksidan sonuçlarına dayanarak Chara hispida'nın metanol ekstraktı %75.13 değerle en yüksek serbest radikal giderme yüzdesine sahiptir. Bu araştırmada FRAP tayininde de Chara hispida'nın metanol ekstraktı 31 mM'lık bir değerle diğer alglerin metanol ekstaraktlarına kıyasla anlamlı bir fark göstermiştir. Ames testi sonuçlarına göre en etkili olan Chara hispida'nın metanol ekstraktında mutajenite etkisine rastlanmamıştır. Etkili bulunan ekstraktların HPLC-TOF yöntem ile fenolik bileşenleri belirlenmiş ve sonuçlara göre yüksek antimikrobiyal ve antioksidan etkiye sahip fenolik bileşen gallik asit ve gentisik asit vurgulanmıştır. Bacterial infections cause high mortality in human beings and aquatic organisms. Although antibiotics are used for infections, but it's mentioned that infectious bacteria develop resistance against the utilized antibiotics. Meanwhile the use of drugs may cause some side effects. With antibiotic resistance ability for the agents, it's necessary to improve pharmacokinetic properties of microorganisms for new antimicrobial compounds to develop new drugs. Thus for drug manufacturers, compounds derived from new sources such as living organisms in the sea are as important as traditional sources (soil and plants).In our study, antimicrobial, antioxidant and mutagenic activities of various organic extracts of a cyanobacteria (Chroococcus sp.), 2 microalgae (Chlorella vulgaris and Chlamydmonas sp.) and 4 macroalgae (Spirogyra subsalsa, Chara hispida, Enteromorpha flexuosa and Ulva lactuca) species were investigated. In this research, algal extract activities were studied against some Gram negative (E. coli, E. caratovora subsp. caratovora, E. amylovora and Pseudomonas syringae), Gram positive (Staphylococcus epidermidis, methicillin resistance Staphylococcus aureus (MRSA), Streptococcus agalactiae and Enterococcus faecalis) and yeast (Candida albicans). Also MIC and MBC values, antimicrobial and FIC indices, synergistic and antagonistic interactions, DPPH, FRAP and total phenol values of extracts were determined. Mutagenicity assays of effective extracts were highlighted by Ames test. In this study, HPLC- TOF method used to determine effective extract's phenolic compounds quantitatively and qualitatively.3 different algal media (BGA, Bristol and BG11) were used to grow cyanobacteria and microalgae, however BG11 medium has been found suitable for this research. Algal extracts were prepared using distilled water and organic solvents such as methanol, buthanol, dimethyl solfoxide (DMSO), acetone, distilled methanol and acetone. Algal extracts antimicrobial activity results revealed 19 mm inhibition zone for distilled acetone extract of Chroococcus sp., DMSO extract of Enteromorpha flexuosa and methanol extract of Chara hispida were effective against S. agalactiae, S. epidermidis and S. agalactiae respectively. According to the results methanol extract of Chara hispida showed the highest free radical scavenging value of 75.13%. In this research FRAP experiments results showed that methanol extract of Chara hispida (31 mM) has the highest antioxidant activity compared to value of other algal extracts. According to Ames tests results any mutagenicity was not found in the most effective extract (methanol extract of Chara hispida). Phenolic compounds of effective algal extracts were determined by HPLC-TOF method due to results Gallic acid and Gentisic acid have high antibacterial and antioxidant activity. 133

Nozokomiyal ve toplum kaynaklı enfeksiyonlarda en sık karşılaşılan etkenler arasında yer alan Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae'nın insan sağlığı için tehlikeli enfeksiyonlara neden olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada, apse, bronşiyal aspirasyon, idrar, kan, plevral efüzyon, safra, trake, vücut sıvısı ve yara materyalleri, kateter ucu, kulak sıvısı ve rektal sürüntü kültürlerinden izole edilen 50 E.coli ve 50 K. pneumoniae klinik izolatının karbapenemaz gen bölgeleri ve virülans faktörlerin varlığı Multiplex-PCR kullanılarak saptandı.Çalışma kapsamında toplanan E.coli ve K.pneumoniae izolatının %44'ünde (E.coli'de 11, K.pneumoniae'de 33) OXA-48 tip karbapenem direnci saptandı. Bunun yanında K. pneumoniae izolatlarının birinde yalnızca NDM-1, dördünde hem OXA-48 hem de NDM-1 direnci bir arada görülmüştür. E.coli izolatları arasında sıklıkla rastlanan virülans gen bölgeleri sırasıyla; %92 oranında ferrik aerobaktin üretiminden sorumlu olan iutA, %90 aerobaktin üretiminden sorumlu olan aer ve %84 tip I fimbriya'yı kodlayan fimA gen bölgeleridir. fimA ve afa gen bölgelerinin karbapenem dirençli ve duyarlı suşlar arasında fimA ve afa gen bölgelerinde önemli derecede fark olduğu görülmüştür (fimA ve afa; P≤ 0.05). Aynı zamanda, tip I fimbriyanın (fimA) idrar yolu enfeksiyonlarına, P fimbriyanın (pap) komplike idrar yolu enfeksiyonlarına, S fimbriya (sfa) ve afimbriyal adezinin (afa) ise; idrar dışında diğer enfeksiyonlar ile ilişkili olduğu saptanmıştır.K. pneumoniae izolatlarında ise, sıklıkla rastlanan gen bölgeleri sırasıyla; %88 kapsül ile ilişkili wabG, %86 kapsül lipoproteini ile ilişkili uge, %80 dış membran proteini ile ilişkili ycfM ve %72 oranında enterobaktin üretiminden sorumlu entB gen bölgeleridir. Çalışma kapsamındaki virülans gen bölgelerinin dirençli ve duyarlı suşlar arasında önemli derecede fark olmadığı görülmüştür (P≥0.05). Bunun yanında, tip 1 (fimH) ve tip 3 (mrkD) fimbriyaların idrar yolu enfeksiyonu ve pnömoniye özgü faktörler olduğu bulunmuştur. Bu çalışma sonucunda izolatların sahip oldukları karbapenem direncinde ve çeşitliliğinde artış saptanmıştır. Aynı zamanda enfeksiyonlara özgü virülans faktörler ortaya konmuştur. Escherichia coli and Klebsiella pneumonia are most common factors of nosocomial and community acquired infections. They are known as major threats on public health. In this study, 50 E.coli and 50 K. pneumoniae clinic specimens isolated from abscess, bronchial, urea, blood, catheter, ear, pleural efusion, rectal, bile, tracheal, body fluid and wound cultures were collected and their carbapenemase gene regions and presence of virulence factors of these isolates were determined by using Multiplex-PCR. OXA-48 type of carbapenem resistance was determined as 44% of the total isolates (11 specimens for E.coli, 33 specimens for K. pneumoniae) collected in this study. In addition for K. pneumoniae isolates, NDM-1 resistance in one, OXA-48 and NDM-1 resistance in four specimens were detected. Virulence gene regions that encountered among E.coli isolates were 92% iutA, 90% aer and 84% fimA, which are responsible for ferric aerobactin, aerobactin and Type I fimbria production, respectively. There was a significant difference in fimA and afa gene regions between carbapenem resistant and sensitive strains (fimA and afa; P≤ 0.05). The relations of Type I fimbria (fimA) with urinary tract infections, P fimbria (pap) with complicated urinary tract infections, S fimbria (sfa) and fimbrial adezine (afa) with other infections except urinary tract infections were determined.As for K. pneumoniae isolates, gene regions that commonly encountered were 88% wabG, 86% uge, 80% ycfM and 72% entB, related with capsula, capsula lipoprotein, external membrane protein and responsible for enterobactin production, respectively. There was no significant difference between resistant and sensitive strains in virulence gene regions (P≥0.05). On the other hand, type 1 (fimH) and type 3 (mrkD) fimbria were determined as specific factors for urinary tract infections and pneumonia. According to the result of this study, an increase in the carbapenem resistance and diversity of isolates were determined. It was also determined that specific virulence factors takes part in certain infections. 103

Yapılan bu çalışmada Spirulina platensis'in boyar madde giderimi amacıyla kullanılabilirliği araştırılmıştır. Çalışma Zarrouk besiyerinde gerçekleştirilmiş ve önce boyar madde olarak, azo-boyalar olan Reactive Yellow, Reactive Red, Reactive Black 5 ve Basic Red 46 kullanılmış, Spirulina platensis 'in renk giderim oranı 240 saatlik inkübasyon sonucunda bu 4 boya için sırasıyla %44.4, %26.21, %50.1, %96.48 olarak saptanmıştır. Bu nedenle çalışmalara Basic Red 46 ile devam edilmiştir.Bu çalışmada renk giderimi için inkübasyon süresi, besiyeri pH değeri, inokülan miktarı, boya konsantrasyonu, statik ve çalkalamalı inkübasyonun etkisi gibi optimum fizyolojik koşullar incelendi. Tüm deneyler 240 saat inkübasyon süresince yapıldı. Optimum pH 9 olarak belirlenirken, 40°C de 96. saatte boya gideriminin %96.7 olarak gerçekleştirildi saptandı. Basic Red 46 boyasının gideriminde statik inkübasyonun uygun olduğu, boya konsantrasyonu artışının renk giderim etkinliğini azalttığı, başlangıç boya konsantrasyonunun 50 ppm olması halinde renk gideriminin 240. saate %97.2 olduğu, 75, 100, 125 ve 150 ppm oranlarında ise aynı süre sonunda sırasıyla %93.05, %34.1, %32.4 ve %3 olarak saptandığı belirlendi. Çalışmamızın son aşamasında ise Basic Red 46 boyasının giderimi için canlı ve ölü biyokütle kullanılarak renk giderimi araştırıldı ve canlı Spirulina platensis 'in az da olsa daha etkili olduğu saptandı. Optimize koşullarda elde edilen sonuçlar başlangıç koşulları ile kıyaslandığında dekolorizasyon süresinin kısaldığı gözlendi. The objective of this study was to investigate the decolorization capacity of Spirulina platensis. The study was performed in Zarrouk media and as dye material azo-dyes such as Reactive Yellow, Reactive Red, Reactive Black 5 and Basic Red 46 were used. After 240 hour of incubation, the decolorization rates were %44.4, %26.21, %50.1 and %96.48 respectively. Due to these results, the study was continued with Basic Red 46. Optimum physiological conditions for decolorization, such as incubation period, media pH, inoculum amount, dye concentration, static or rotational incubation, were investigated. All experiments were carried out for 240 hours. While the optimal pH value for color remover was detected as 9.0, in the 96th hour of incubation and at 40°C the decolorization rate was 96.7%. For Basic Red 46 color remover, static incubation was more effective when compared to rotational conditions. In this study, it was also determined that, increasing dye concentration caused a decrease in decolorization. When initial dye concentration was 50 ppm, 97.2% decolorization in 240th hour was observed and at the same duration with 75, 100, 125 ve 150 ppm dye concentration, decolorization effetiveness was recorded as %93.05, %34.1, %32.4 ve %3 respectively.At the last step of the study, for the decolorizaion of Basic Red 46 dye, the ability of live and dead biomass was investigated and it was determined that, althought not very significant, live Spirulina platensis had a more effective color remover capasity. As a final result, it was detected that decolorization of Basic Red 46, with Spirulina platensis, increased when the incubation was performed under optimal conditions. 80

Prostat kanserinin (PCa) tanısı ve izleminde biyoişaret olarak kullanılan glikoprotein yapısındaki prostat spesifik antijenin (PSA) hastalık sürecinde değişen glikozillenme özelliği, patogenezin anlaşılabilmesi için yeni ve önemli bir bakış açısı kazandırmıştır. Bu çalışmada, Konkanavalin A (Con A) immobilize manyetik poli(glisidilmetakrilat) (mPGMA) mikroküreler hazırlandı ve lektin-glikoprotein etkileşimlerinden yararlanılarak bu mikrokürelerin PCa ve benign prostat hiperplazideki (BPH) PSA bağlama kapasiteleri karşılaştırıldı. Söz konusu mikrokürelere manyetik özellik kazandırmak amacıyla demir oksit (Fe3O4) nanopartüküller sentezlendi. Bu nanopartiküller kullanılarak dispersiyon polimerizasyonu yöntemi ile mPGMA mikroküreler hazırlandı. Karakterizasyon çalışmaları, taramalı elektron mikroskobu, elektron spin rezonans, termogravimetrik analiz, yüzey alanı analizi, fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi ve titreştirici örnek manyetometresi ile gerçekleştirildi. mPGMA mikrokürelerin PSA bağlama kapasitesine uzatıcı kolun etkisinin araştırılması amacıyla 1,6 diaminohekzan (HDMA) kullanıldı. Uzatıcı kol takılan mPGMA mikroküreler glutaraldehit ile aktive edildikten sonra kovalent bağlama ile Con A immobilizasyonu gerçekleştirildi. Adsorpsiyon çalışmaları öncesinde, serumda yüksek derişimde bulunan albümin ve immunoglobulin-G, sırasıyla Cibacron mavisi-F3GA immobilize poli(hidroksietil metakrilat) (PHEMA) kriyojel diskler ve HiTrap rProtein A FF kolonu ile uzaklaştırıldı. PCa'lı ve BPH'lı bireylerden alınan serum örneklerinde uzatıcı kol takılan ve takılmayan mPGMA mikrokürelerin PSA bağlama kapasiteleri karşılaştırıldı. Serum örneklerindeki PSA miktarları CLIA (Kemilüminesans immunassay) ile ölçüldü. Uzatıcı kol takılı Con A immobilize mPGMA (mPGMA-HDMA-Con A) mikrokürelerin total PSA (tPSA) ve serbest PSA (fPSA) bağlama kapasitesi, uzatıcı kol takılı olmayan Con A immobilize mPGMA (mPGMA-Con A) mikroküreler ile karşılaştırıldığında daha yüksek bulundu. Söz konusu mikrokürelerin PSA bağlama kapasitesi sıcaklık, başlangıç serum derişimi, ligand yükleme miktarı ve zaman parametreleri açısından incelendi. Elde edilen verilere adsorpsiyon modelleri ve kinetikleri uygulandı. Elüsyon ajanı olarak 0.1 M mannoz kullanıldı ve yaklaşık %85 oranında desorpsiyon gerçekleştiği belirlendi. mPGMA-HDMA-ConA mikrokürelerin bağlanma kapasitesinde önemli derecede bir kayıp olmaksızın ardışık kullanılabileceği gösterildi. Serum fraksiyonları SDS-PAGE (Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi) ile analiz edildi. Çalışmamızda hazırlanan mPGMA-HDMA-ConA mikrokürelerin serum gibi karmaşık bir ortamdan PSA gibi bir PCa biyoişaretini bağlama kapasitesine sahip olduğu gösterilmiştir. Söz konusu mikrokürelerin ticari kitlerin geliştirilmesinde yararlı araçlar olarak kullanılabileciği düşünülmektedir. Lektin immobilize mPGMA mikrokürelerin henüz keşfedilmemiş diğer glikoprotein yapısındaki biyoişaretler için model bir sistem olabileceği görüşüne varılmıştır. Prostate specific antigen (PSA) is a glycoprotein and has been used as a biomarker in the prognosis and diagnosis of prostate cancer (PCa). The alterations in the glycosylation feature of PSA during disease processes have brought a new and important perspective in order to understand the pathogenesis. In this study, Concanavalin A (Con A) immobilized magnetic poly(glycidyl methacrylate) (mPGMA) beads were prepared and PSA binding capacities of these beads were compared in PCa and BPH using lectin-glycoprotein interactions. For generating a magnetic property, iron oxide nanoparticles were synthesized. Then, mPGMA beads were prepared by dispersion polymerization using these iron oxide nanoparticles. Characterization studies were performed with scanning electron microscopy, electron spin resonance, thermogravimetric analysis, surface area analysis, fourier transform infrared spectroscopy and vibrating sample magnetometer. Before adsorption studies, high abundant proteins in the serum such as albumin and immunoglobulin G were depleted with Cibacron blue-F3GA immobilized poly(hydroxyethyl methacrylate) (PHEMA) cryogel discs and HiTrap rProtein A FF column, respectively. In order to investigate the effect of spacer-arm attachment to the PSA binding capacity of the beads, a spacer arm (1,6 diaminohexane-HDMA) was used. Following the spacer-arm attachment, mPGMA beads were activated with glutaraldehyde, then Con A immobilization was carried out by covalent binding. The PSA binding capacities of plain and spacer-arm attached mPGMA beads were compared in the serum samples of patients with PCa and BPH. The PSA concentrations in the serum samples were measured by CLIA (Chemiluminescent immunoassay). The total PSA (tPSA) and free PSA (fPSA) binding capacities of mPGMA-HDMA-Con A beads were found to be higher than that of mPGMA-Con A beads. PSA binding onto the mPGMA-HDMA-ConA beads was investigated in terms of temperature, initial serum concentration, ligand loading and time parameters. Adsorption models and kinetics were applied to the obtained data. Up to 85% of the bound PSA was eluted using 0.1 M mannose as an elution agent. It was observed that the mPGMA-HDMA-Con A beads could be appropriate for sequential use without a remarkable reduction in the binding capacities. Serum fractions are analyzed with SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis). In our study, mPGMA-HDMA-ConA beads were shown to be capable of binding PCa biomarkers such as PSA from a complex media like serum. It is considered that these beads could be regarded as promising tools in the development of commercial kits. It can be suggested that lectin immobilized mPGMA-HDMA-ConA beads were expected to be a model system for other glycoprotein biomarkers which have not been discovered yet. 119

Bu çalışmada doğal kaynaklardan izole edilen yeni bir mikrobiyal kaynaktan fitaz üretimi amaçlanmıştır. Mikroorganizma izolasyonu için ahır ve kümes çevrelerinden alınan 12 farklı toprak örneği kullanılmıştır. İzolatlar arasından K12 kodlu izolatın en yüksek fitaz üreticisi olduğu saptanmıştır. 16S rRNA dizi analizi sonucunda K12 izolatının Bacillus subtilis türüne ait olduğu ortaya çıkmıştır. Yüksek enzim üretimini sağlamak amacıyla K12 izolatının çeşitli üretim parametreleri optimize edilmiştir. Üretim ortamında en uygun karbon kaynağının glukoz ve en uygun azot kaynağının ise amonyum nitrat (NH4NO3) olduğu tespit edilmiştir. Glukoz, amonyum nitrat ve sodyum fitat varlığında 150 rpm çalkalama hızında, 72 saat 300C'de inkübasyonun fitaz üretimi için en uygun koşul olduğu belirtilmiştir. Optimize edilen üretim koşullarında elde edilen fitaz enzimi pH 6.5'da 600C'de 1:9 enzim substrat oranında en yüksek aktiviteye sahiptir. MgCl2, CuCl2, ZnCl2 ve CoCl2 çözeltileri ve EDTA fitaz aktivitesinde kayba neden olurken CaCl2 çözeltisinin aktiviteyi artırıcı yönde etkisi olduğu tespit edilmiştir. Etanol ile kısmi olarak saflaştırılan enzimin SDS-PAGE jel elektroforezi sonucunda yaklaşık olarak 25 ve 17 kDa'luk iki farklı bant elde edilmiştir. In this study, the production of phytase is aimed from a new microbial source that was isolated from natural sources. 12 different soil samples that were taken from barn and coop surroundings are used for the isolation of microorganism. K12 coded isolate among whole isolates is determined to be the highest producer of phytase.As a result of 16S rRNA sequencing analysis,K12 isolate was found Bacillus subtilis. The various production parameters of K12 isolate were optimized in order to ensure high enzyme production. In production medium, glucose was founded as the most suitable carbon source and ammonium nitrate (NH4NO3) was found to be the most suitable nitrogen source. In the presence of glucose, ammonium nitrate and sodium phytate and at the agitation speed of 150 rpm, 72 hours incubation at 30oC is said to be the most suitable conditions for the production of phytase. Phytase enzyme that was obtained from optimized production conditions, at pH 6.5 at 60oC and enzyme substrate ratio of 1:9 has the highest activity. MgCl2, CuCl2, CoCl2, ZnCl2 solutions and EDTA causing a loss of phytase activity whereas CaCl2 solution has been found to be effective as an activity enhancer.As a result of SDS-PAGE gel electrophoresis of enzyme that was partially purified with ethanol, approximately 25 and 17 kDa weight two different bands were obtained. 88

Acinetobacter türleri, çeşitli enfeksiyonların nedeni olmasının yanında nozokomiyal fırsatçı patojen olarak karışımıza çıkmaktadırlar. Her ortama kolay adapte olmalarının sonucunda antibakteriyel ajanlara karşı Acinetobacter türlerinin giderek artan oranda direnç geliştirdiği görülmektedir. Acinetobacter türleri ayrıca biyofilm oluşturma yetenekleri ve çeşitli patojenite kriterleri ile de öne çıkmaktadırlar. Çevrelerine karşı geliştirdikleri bu özellikler quorum sensing olarak bilinen bakteriyel iletişim veya çevreyi algılama mekanizması ile düzenlenerek oluşmaktadır. Bu çalışmada nozokomiyal etken olarak tanımlanan 50 Acinetobacter türü ile toprak gibi doğal ortamdan izole edilen 20 Acinetobacter türü arasında bakteriyel iletişim molekülü olarak bir farklılık olup olmadığı araştırıldı. Aynı zamanda antioksidan özellikleri ile bilinen `quercetin` ve `resveratrol` moleküllerinin quorum sensing mekanizması üzerindeki etkisi de incelendi. Nozokomiyal Acinetobacter türlerinin izole edildiği klinik materyal ve servis bilgilerinin yansıra hastalara ait cinsiyet özellikleri ile Acinetobacter türleri arasındaki dağılımları hesaplandı. Biyokimyasal testler sonucunda nozokomiyal olarak tanımlanan tüm türlerin A. baumannii, topraktan izole edilen türlerin ise Acinetobacter baumannii, Acinetobacter haemolyticus ve A. calcoaceticus olduğu saptanmıştır. Fenotipik yöntemlerle tanımlamaları yapılan 70 Acinetobacter türünün biyosensör bakteriler olan Chromobacterium violaceum 026, Agrobacterium tumefaciens A136, Agrobacterium tumefaciens WCF47, Agrobacterium tumefaciens NTL1 yardımıyla yapılan çapraz doğrulama ve ince tabaka kromotografisi sonuçlarına göre topraktan izole edilen türlerin 3-oxo-C8-AHL ve C8-AHL sinyal moleküllerini üretebildiği saptanmıştır. Klinik izolatların ise topraktan izole edilen türlerin ürettiği sinyal moleküllerinin yanısıra C10-AHL,C12-AHL, C14-AHL ve C16-AHL gibi uzun zincirli sinyal moleküllerini de üretebildikleri görülmüştür. Bakteriyel iletişim molekülü üreten Acinetobacter izolatlarının quorum sensing sistemi tarafından düzenlenen biyofilm oluşturma yeteneklerinin ve demir kazanımında önemli rolü olan siderofor yapma yeteneklerinin olduğu görülmüştür. Antioksidan özelliklerinden dolayı seçilen quercetin ve resveratrol'ün yapılan çalışmalarla bakteriyel iletişim sistemini inhibe edebildikleri saptanmıştır. Quercetin ve resveratrol'ün bu anti-quorum sensing yolu ile oluşan inhibisyon yetenekleri Acinetobacter türlerinin oluşturduğu antimikrobiyal ajanlara karşı geliştirilen direnci de önleyebilecekleri görüşüne varılmıştır. In addition to causing various infections, Acinetobacter species are described as nosocomical pathogens. These species are increasingly developing resistance against antibacterial agents due to their capability to adapt to any environment. Acinetobacter species are also prominent their biofilm forming ability and various pathogeniticity criteria. Acinetobacter species develops these capabilities against their environment by quorum sensing mechanism which is a bacterial communication or ambient sensing mechanism.In this study, to detect the differences in bacterial communication molecules of 50 nosocomial and 20 soil isolated Acinetobacter spp. In addition, the effect of `quercetin` and `resveratrol` molecules on quorum sensing mechanism is also investigated. These molecules are known to have antioxidant properties. Distribution of nosocomial Acinetobacter species according to their isolation material and services along with patients' gender are also analyzed during this study. According to the biochemical tests, although all nosocomial isolated where identified as A. baumannii, the soil isolates belonged to A. baumannii, A. haemolyticus or A. calcoaceticus species. 70 Acinetobacter species which where classified by phenotypic methods, where compared with the biosensor bacteria, Chromobacterium violaceum 026, Agrobacterium tumefaciens A136, Agrobacterium tumefaciens WCF47 and Agrobacterium tumefaciens NTL1 by cross validation and thin layer chromotography for their ability to produce signal molecules. As result of this study it was determined that, while soil isolates can produce 3-oxo-C8-AHL and C8-AHL, clinical isolates in addition can also produce long chained signalling molecules such as C10-AHL, C12-AHL, C14-AHL and C16-AHL.As other results of this study it can be stated that; Acinetobacter isolates that produce bacterial signalling molecules have the ability to form biofilms which is regulated by quorum sensing system. Also these isolates can produce siderophores which play an important role in iron absorption. Along with these findings, it was detected that antioxidant molecules like quarcetin and resveratrol, can inhibit the bacterial communication system. By this quorum sensing inhibition prosess it can be suggested that quercetin and resveratrol can prevent the resistance formed by Acinetobacter species against antimicrobial agents. 132

Antimikrobiyal madde, mikroorganizmaları öldüren veya üremesini engelleyen doğal veya sentetik kimyasallardır. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda bazı fotokatalizör maddelerin fotokatalitik aktiviteleri ile mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etki gösterdiği belirlenmiştir. Fotokatalitik enerji kullanılarak su arıtma, kötü kokulardan ve uçucu organik bileşiklerden arındırma, hava temizliği, çürümeyi önleme, bakteri ve fungusları öldürme gibi işlemler için çeşitli uygulamalar mevcuttur. Bu çalışmada, mermer tozu ile hazırlanmış titanyum dioksit nanokompozitlerin, UV veya 60 Wlık ışık aracılığıyla Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Candida albicans ve Aspergillus niger örnekleriyle hazırlanan kültürler üzerindeki antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla %3, %5, %10 titanyum dioksit konsantrasyonları içeren nanokompozitler kullanılmıştır. Nanokompozitlerin antimikrobiyal inhibisyonları ile yapılan çalışmalarda UV ışığı ve aktivasyon süresinin, 60 W ışıklandırmanın, mikroorganizmaların konsantrasyonlarının etkileri araştırılmıştır. Çalışma sonucunda %10 TiO2 nanokompozitlerinin daha etkin olarak inhibisyon oluşturduğu gözlemlenmiş ve 60 W ışıklandırmanın en iyi etkiyi verdiği saptanmıştır. Mikroorganizma konsantrasyonlarının antimikrobiyal etki üzerinde rol oynadığı, nanokompozitlerin inhibisyona etkisi için ışıklandırmanın gerekli olduğu, ortaya çıkan inhibisyonun organizmalar yönünden Gram pozitif bakteriler> Gram negatif bakteriler> Küf Maya sırası ile azaldığı gösterilmiştir.Anahtar kelimeler: Antimikrobiyal, fotokatalizör, nanokompozit, titanium dioksit Antimicrobial substances are natural or synthetic chemicals which kill or prevent the proliferation of microorganisms. In the recent studies, it has been determined that some photocatalyzer substances show antimicrobial effects on microorganisms with their photocatalitic activity. There are different kinds of practices using photocathalytic energy, for the procedures such as water purification, removal of bad odour and organic compounds, air cleaning, avoiding putrification, killing bacteria and fungi.The aim of this study is to determine the antimicrobial effects of titanium dioxide nanocomposites made with marble powder whereby UV or 60 W light on Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Candida albicans and Aspergillus niger cultures. Nanocomposites, containing 3%, 5%, 10% titanium dioxide, are used for this aim. The effects of the used microorganisms UV light and activation period, 60 W lighting, concentration are searched with the studies of antimicrobial inhibition of nanocomposites. It has been observed that 10% TiO2 nanocomposites shows higher inhibition and 60 W lighting cause the best effect. It has also been shown that; the concentrations of microorganisms have a role on the strength antimicrobial, lighting is necessary for the inhibition effect of nanocomposites, and the inhibition is in a descending order as Gram positive bacteria > Gram negative bacteria > Mold Yeast.Keywords: Antimicrobial, photocatalyst, nanocomposite, titanium dioxide 131

Bu çalışmada verimli yeni bir alternatif fungal kaynaktan tirosinaz üretimi amaçlandı. İncelenen funguslar arasında Funalia trogii`nin en yüksek tirosinaz üreticisi olduğu saptandı ve yüksek enzim üretimi için bazı kültürel parametreler optimize edildi. Üretim ortamındaki karbon ve azot kaynaklarının tirosinaz aktivitesine etkisi incelendiğinde, glukoz ve NaNO3'ün uygun olduğu saptandı. En yüksek enzim üretimi için kültür ortamının fizyolojik koşulları incelendiğinde (Glukoz-C, NaNO3-N) 5:1 oranında C:N içeren pH değeri 5 olan enzim üretimi ortamında, 30ºC'de, 200 rpm'de 7 gün inkübasyonun uygun olduğu görüldü. Optimize koşullarda elde edilen kaba enzim ekstresi başlangıç koşulları ile kıyaslandığında enzim üretiminde artış gözlendi. Üretilen kaba tirosinaz enzimi ekstresi pH, sıcaklık ve günlere göre dayanıklılığı incelendi. Enzimin 73ºC'ye kadar dayanıklı olduğu saptandı. Ayrıca -20ºC'de saklanmak koşuluyla 100.günde enzimin dayanıklı olduğu sonuçu elde edildi. Tirosinaz enziminin reaksiyon ortamındaki pH değişikliklerine dayanıklılığı incelendiğinde pH:3,5-7 arası değerlerde, enzimin dayanıklı olduğu görüldü. Ürettiğimiz kaba enzim ekstresi bentonite immobilize edildi. Tutuklu tirosinaz enziminin günlere göre ve tekrarlı kullanımındaki dayanıklılığı incelendiğinde 8. tekrarlı kullanıma kadar dayanıklı olduğu ayrıca -20ºC'de saklanmak koşuluyla 16 günlük ölçümlerde dayanıklı olduğu görüldü. In this study, the objective was to produce tyrosinase enzyme efficiently from an alternative fungal soruce. Among the sources investigated, Funalia trogii was found to be the most potent tyrosinase producer and some cultural parameters were optimized in order to maximaze tyrosinase production. When the effect of the carbon and additional nitrogen sources in the cultural medium on tyrosinase production was investigated, it was observed that glucose and NaNO3 was suitable. Some physiological conditions were optimized for enzyme production and it was concluded that, incubation for 7 days at 30ºC, 200 rpm of tyrosinase production medium containing 5:1 ratio of (Glucose-C, NaNO3-N) C:N with pH 5, was suitable. Temperature, pH and by days stabilities of the crude extract of enzyme were studied and it was concluded that crude extract of tyrosinase was stable at 73ºC and pH 3,5-7 about 100 days. In the next step, crude extract of tyrosinase enzyme was immobilized onto bentonit. In addition, repeated use and daily stability of the immobilized enzyme was studied. Stabilities of immobilized crude extract of tyrosinase activity at 8. Frequently reaction and until 16. day were determined. 91

Pseudomonas aeruginosa, yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden hastane enfeksiyonlarına neden olmaktadır. Pekçok antibiyotiğe doğal olarak dirençli olmasının yanı sıra genetik varyasyonlar ile de antibiyotiklere hızla direnç geliştirebilmektedir. Son yıllarda çoklu ilaç direnci görülen P. aeruginosa suşlarının etkeni olduğu nozokomiyal enfeksiyonlarda artış görülmektedir. Bu nedenle suşlar arasındaki klonal ilişkilerin ortaya konmasında hızlı ve güvenilir tiplendirme yöntemlerinin kullanılması gerekmektedir.Bu çalışmada 3 farklı hastanenin çeşitli servislerindeki hastaların farklı klinik materyallerinden izole edilen P. aeruginosa suşlarının fenotipik ve genotipik yöntemler ile tiplendirilmesi amaçlanmaktadır. Bu amaçla identifikasyonu gerçekleştirilen P. aeruginosa suşları antibiyotik profillerinin belirlenmesine dayanan antibiyotipleme yöntemiyle fenotipik olarak tiplendirildi. 74 P. aeruginosa suşu 14 farklı antibiyotip grubuna ayrıldı, ayrıca suşların 38'inde çoklu antibiyotik direnci saptandı. Antibiyotipleme işleminin ardından RAPD PZR ve ERIC PZR metodları kullanılarak suşların genotipik tiplendirilmesi gerçekleştirildi. RAPD PZR metodu ile suşların tamamının tiplendirilmesi gerçekleştirilebilirken ERIC PZR metoduyla 61 suşun klonal ilişkisi belirlenebildi. Elde edilen veriler değerlendirildiğinde RAPD PZR ile 22 farklı genotip belirlenirken, ERIC PZR yöntemi ile 27 farklı genotip belirlendi. Çalışmada genotipik tipleme ile antibiyotipleme arasında bir ilişki görülemedi. Bu durumun direnç genlerinin horizontal yayılmasından kaynaklandığı düşünülmektedir. Pseudomonas aeruginosa is a cause of nosocomial infections that has high mortality and morbidity rates. Addition to its intrinsic resistance to many antibiotics, with genetic variations it may also rapidly develop resistivity to antibiotics. In recent years, nosocomial infections caused by multidrug resistant P. aeruginosa strains shows an increasing rise. Therefore, fast and reliable typing methods must be used for displaying the colonial relations between the strains.In this study, typing of P. aeruginosa strains, which were isolated from clinical materials from patients receiving treatment in different services of 3 different hospitals, is aimed. In order to achieve this aim, phenotypic typing of identified Pseudomonas strains were carried out by antibiotyping method and antibiotic profiles were formed (generated). 74 P. aeruginosa strains showed 14 different antibiotype profiles and 38 of these isolates were detected as multidrug resistant strains. Following the antibiotyping, genotypic typing of strains was carried out using RAPD PCR and ERIC PCR methods. While all of the strains were typed with RAPD PCR method, colonial relation of only 61 strains were detected by the ERIC PCR method. After assessment of the acquired data, 22 different genotypes with RAPD PCR method, and 27 different genotype with ERIC PCR were identified. According to our findings, no interrelation between genotipic typing and antibiotyping was detected. It is assumed that this situation is the result of the horizontal transfer of resistance genes. 131

Staphylococcus aureus tüm dünyada en önemli hastane kökenli enfeksiyon etkenlerinden biridir. Günümüzde nozokomiyal patojenler arasında öneminin giderek artması, epidemilere yol açabilmesi ve çoklu antibiyotik direncine bağlı tedavi seçeneklerinin kısıtlı olması nedeniyle dünya tıp gündeminin başlarında yer almaktadır. S.aureus suşlarının antibiyotiklere karşı çok kısa zamanda direnç geliştirmesi, Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA) görülme sıklığındaki artışa ve vankomisin dirençliliğinin ortaya çıkmasına neden olmuştur. Bu nedenle tanımlamanın en kısa sürede, hızlı ve güvenilir bir şekilde yapılması gerekmektedir.Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus suşları ile koagülaz negatif Staphylococcus suşlarının RAPD-PCR (Random Amplified Polimorphic DNA-PCR) ve REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic-PCR) yöntemi ile tiplendirilmeleri amaçlanmaktadır. Bu amaçla fenotipik yöntemlerle tanımlanan Staphylococcus suşların antibiyotik duyarlılıkları incelenerek antibiyotip grupları oluşturuldu. 46 Staphylococcus suşunda (26 Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus, 15 Metisiline Duyarlı Staphylococcus aureus ve 5 Koagülaz Negatif Staphylococcus) 8 farklı antibiyotip grubu belirlendi. Antibiyotiplemenin ardından, bu suşlar RAPD-PCR ve REP-PCR yöntemi kullanılarak tiplendirildi ve elde edilen dendogramlar incelendiğinde, RAPD-PCR ile 10 farklı genotip, REP-PCR ile 16 farklı genotip belirlendi.Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, antibiyotipleme, RAPD-PCR, REP-PCR. Staphylococcus aureus is one of the most important nosocomial pathogens all over the world. Nowadays, the increase in the importance of S.aureus among nosocomial pathogens, leading to epidemies and limited antimicrobial treatment makes its place at the top of the world medical agenda. Developing resistance against various antimicrobial agents contributes to wide range in the prevalance of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA and the emergence of the vancomycin resistance. Hence, rapid and reliable identification of these microorganisms in short term is required.The aim of this study is to identify Staphylococcus aureus and CNS (Coagulase Negative Staphylococcus) isolates isolated from various clinical specimens by using RAPD-PCR (Random Amplified Polimorphic DNA-PCR) and REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic-PCR). For this purpose, antibiotype groups were generated by the examination of antibiotic susceptibilities of Staphylococcus strains which were identified by using phenotypic methods. Eight different antibiotype groups were assigned in forty-six Staphylococcus strains (twenty-six Methicillin Resistant Staphylococcus aureus, fifteen Methicillin Sensitive Staphylococcus aureus ve five Coagulase Negative Staphylococcus). After antibiotyping, these strains were identified by using RAPD-PCR and REP-PCR methods. When dendograms were analyzed, ten different genotypes were assigned by RAPD-PCR and sixteen different genotypes were assigned by REP-PCR.Key Words: Staphylococcus aureus, antibiotyping, RAPD-PCR, REP-PCR. 93

Dunaniella denizler ve tuzcul alanlarda bulunan, bol miktarda sentezlediğikarotenoidleri yolu ile antioksidan kapasitesi olan, yesil-turuncu renkli birmikroalgdir. Tuzlalar gibi yüksek tuz konsantrasyonlu alanlarda ancak az sayıdacanlı türü canlı kalabilmektedir. Bu tip organizmalar yasamlarını sürdürebilmek içinß-karoten gibi siddetli ısıktan ve gliserol gibi osmotik basınç farkından koruyucumaddeler sentezlemektedirler. Bu maddeler de ticari açıdan değerli ve önemlibilesikler olup bu nedenlerle üretimleri amaçlanmaktadır. Dunaliella mikroalgi deson yıllarda ß- karoten üretimi, beslenme, eczacılık, kozmetik ve genetikmühendisliğindeki önemi nedeniyle dikkatlerin ve çalısmaların odağı olmaktadır.Bu nedenlerle yüksek üretim kapasiteli yeni türlerinin identifikasyonu önemkazanan çalısmalar arasında yer almaktadır.Bu çalısmada İran'ın tuzlu göllerinden elde edilen Dunaliella izolatlarının ß-karotenüretimlerine etkili kültürel parametrelerin optimize edilmesi amaçlanmıstır.Bu çalısmada Urummiye ve Mahurlu tuzlu gölleri ile Qum tuzlası ve Gavkhunibataklığından örnekler alınmıs Modifiye Jonson besiyerinde ön kültürleri yapılan vezenginlestirilen örnekler, tuzluluk ve pH değerlerinin artırılması yolukontaminasyondan korunmuslardır. Daha sonra tek koloni ekimleri ile saflastırılanörnekler 1M NaCl içeren pH değeri 7.5 olarak ayarlanmıs ortamlarda 100 ?molfoton.m-2.s-1 ısık siddeti altında 30 gün üretilmislerdir.Yukarıdaki kosullar altında en yüksek oranda ß-karoten üreten sus seçilmis veçesitli stres kosullarının (yüksek tuzluluk, yüksek sıcaklık, siddetli ısık, nitrat vefosfat içermemesi gibi) uygulanması ile ürün artırımı için çalısmalar yapılmıs veuygun ortamda pH ve KNO3 konsantrasyonunun optimizasyonu gerçeklestirilmistir.Yapılan çalısmalar sonucunda ß-karoten üretiminin nitrat ve fosfat kaynağı kısıtlı,pH değeri 7.0 olarak ayarlanan ve 3 M NaCl ile 2M KNO3 içeren MJ ortamında,35ºC inkübasyon sıcaklığında, siddetli ısık altında (400 ?mol foton.m-2.s-1) 21 güniiinkübe edilen kültürlerde optimal kosulların sağlanmadığı kültürlere kıyasla hücrebasına karoten miktarı (HBKM) cinsinden olmak üzere yüksek oranda ürüneldesinin (63.26 p.g.hücre-1) mümkün olduğu gözlenmistir.Bu çalısmalar sırasında ayrıca ileride yapılacak bazı moleküler biyolojikçalısmalarda daha saf ve temiz bantlar elde etmek için geçerli olacak bir DNAekstraksiyon protokolü modifikasyonu da yapılmıstır.Anahtar Kelimeler: Dunaliella, ß-karoten, tuzlu göller, DNA ekstraksiyon,stres,optimizasyon Dunaliella is a type of halophile green-orange microalgae especially found in seaand salty fields and is known for its antioxidant activity because of its ability tocreate large amount of carotenoids. Few organisms can survive in highly salineconditions such as salt evaporation ponds. To survive, these organismssynthesize high concentrations of ß-carotene to protect against the intense lightand high concentrations of glycerol to provide protection against osmotic pressure.This offers an opportunity for commercial biological production of thesesubstances. Nowadays microalga Dunaliella is under increasing attention for its ß-carotene production, its applications in nutritional, pharmaceutical industries,cosmetics and in research field such as genetic engineering. Hence identificationof this genus and high productive species has great importance.In this research optimization of the cultural parameters forß- carotene production by Dunaliella isolates from saline lakes of İran has beenstudied.For this purpose sampling was done from varying areas of Urumia salt lake,Maharlu salt lake, Qum saltern and Gavkhuni lagoon. After enrichment of obtainedsamples, culturation was carried out in modified Johnson media. By altering thesalinity concentration and pH during subcultures, contamination was eliminated.After single colony isolation Dunaliella? isolates were cultured in media containing1 M NaCl, pH 7.5, with 100 ?mol foton m-2 s-1, for 30 days and best culturalparameters were selected.After this processes highest ß- carotene producing Dunaliella sp. was isolated andwas treated under conditions mentioned above and new strength and stressfulfactors such as high salinity, temprature stress, high light intensity stress, nitratand phosphate depletion stress and 2 molarities of KNO3 with CO2, was testedfortheir effects on ß-carotene production. It was concluded that ß- caroteneivproduction was the higher in 3M salinity and at high light intensity. By adding thestress conditions and lacking nitrate and phosphate nutritional supply, maximum ß-carotene production for per cell was determined. This amount was 63.26 pg.cell-1.Paralel to these studies a modified whole genomic DNA extraction protocol wasalso suggested for obtaining more purified and clarifield bands.Keywords: Dunaliella, ß-carotene, hypersaline lakes , DNA extraction, stressfactors, optimization. 161

Nozokomikal enfeksiyon etkeni olarak Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus(Methicillin Resistant Staphylococcus aureus-MRSA) görülme sıklığındaki artış vevankomisine dirençliliğin oluşması izolat karakterizasyonunun hızlı ve güvenilir birşekilde yapılmasını ve hastanelerde klonal yayılımın tanımlanmasınıgerektirmektedir.Bu çalışmanın amacı, klinik izolatlardan elde edilen Staphylococcus aureus suşlarınaait RAPD bant modellerindeki varyasyonu ve bunlar arasındaki sistematik ilişkiyiortaya çıkarmaktır. Klinik izolatlara disk difüzyon metodu kullanılarak antibiyotikduyarlılıklarına bakıldı. Bütün izolatlar vankomisine duyarlı bulundu. Bu çalışmada;MSSA için 6 (iki baskın tip-%29.4) ve MRSA için 8 (bir baskın tip-%26.6) farklıantibiyotip paterni belirlendi. 47 S.aureus ve kontrol olarak S.aures ATCC 29213,S.epidermidis ve S.saprophyticus 25 farklı primer ile rastgele çoğaltılmış polimorfikDNA (RAPD) PCR tekniği kullanılarak analiz edildi. Tüm veriler ile UPGMA metodukullanılarak dendogram çizildi. Rastgele seçilmiş 25 primerden 15'i informatifbulundu. Buna ek olarak; RAPD PCR metodu ile izolatlar MRSA ve MSSA olmaküzere ayrılmıştır. İzolatlardaki genetik uzaklık 0.1142'den 0.9565'ye değişenaralıktadır. Çalışmadan elde edilen veriler bize izolatların antibiyotip paternleri ileRAPD paternlerinin birbiri ile benzer olduğunu göstermektedir.Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, RAPD-PCR, UPGMA. The increase in the frequency of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus(MRSA) as the causal agent of nosocomial infection and the possibility of emergenceof resistance to vancomycin demands a quick and trustworthy characterization ofisolates and identification of clonal spread within hospitals.The objective of this study is to establish variations of RAPD band patterns inStaphylococcus aureus strains which are collected from clinical isolates and itssystematic relationship between them. Antimicrobial susceptibility tests of clinicalisolates were performed by the disc diffusion method. All the isolates weresusceptible to vancomycin. In this study different antibiotype patterns weredetermined; 6 for MSSA (with two dominant patterns-%29.4) and 8 for MRSA (withone dominant pattern-%26.6). Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) PCRmethod with 25 different primers was analysed on 47 clinical isolates ofStaphylococcus aureus and S.aures ATCC 29213, S.epidermidis andS.saprophyticus as controls. All the data were employed to construct dendrogramsusing the UPGMA. Randomly selected 15 primers were informative out of 25. Inaddition, RAPD PCR method differentiated between MRSA and non-MRSA based onthe clustering.The overall genetic distances ranged from 0.1142 to 0.9565 among theisolates. These data suggested that the antibiotype patterns of the isolates wereidentical to RAPD patterns.Key Words: Staphylococcus aureus, RAPD-PCR, UPGMA. 104

MET S L N D RENÇL Staphylococcus aureus SUŞLARININ ANT B YOT KDUYARLILIKLARI VE PCR-RFLP LE T PLEND R LMESASLI METEÖZSon yıllarda, metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) dünya çapında görülenhastane kaynaklı enfeksiyonların en yaygın nedenlerinden biri haline gelmiştir. S.aureus'un kesin ve hızlı olarak tiplendirilmesi bu organizmanın kontrolü için büyükönem taşımaktadır. MRSA izolatlarını tiplendirmek üzere birçok tiplendirme yöntemibulunmaktadır. Bu yöntemler MRSA izolatları arasındaki fenotipik ve genotipikfaklılıkları esas almaktadır.Coa geni PCR-RFLP analizi, koagülaz genin PCR amplifikasyonunu takiben Alu Ienzimi ile kesimi ve kesim sonucu elde edilen restriksiyon fragmentlerinin uzunlukanalizidir (RFLP).Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nin çeşitli servislerinde yatmaktaolan hastalardan Ocak 2003 tarihi itibari ile 6 aylık bir dönemde toplanan MRSAörnekleri antibiyotik duyarlılıkları ve PCR-RFLP yöntemleri ile tiplendirilmiştir.Anahtar Kelimeler: MRSA, Hastane Enfeksiyonları, PCR-RFLP, Coa, AntibiyotikduyarlığıDanışman: Prof.Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji Bölümü,Biyoteknoloji Anabilim Dalı TYPING OF METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus STRAINS BYANTIBIOTIC SUSCEPTIBILITY AND PCR-RFLPAslı MeteABSTRACTIn the past decade, methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are anincreasingly common cause of nosocomial infection worldwide. Accurate and rapidtyping of S. aureus is crutial for the control of this organism. There are lots of typingsystems for distinguishing individual strains of MRSA. These typing methods arebased on either phenotypic or genotypic differences among MRSA strains.Coagulase gene PCR-RFLP analysis is a novel typing method for MRSA based onpolymerase chain reaction amplification of the coagulase gene followed by Alu Irestriction digestion and analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP).In this study, coagulase gene PCR-RFLP analysis and antibiotic susceptibilitytechniques were used to type MRSA isolates recovered from hospitalized patients ofHacettepe Universty Faculty of Medicine in 6 months period starting from October2003.Key words: MRSA, Nosocomial infection, PCR-RFLP, Coa, Antibiotic susceptibility.Advisor: Prof.Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe University, Department of Biology,Biotechnology Section 106

Hastane enfeksiyonları hastaların yaşam kalitesini düşürebilir ve hatta ölümlerineneden olabilirler. Hastane enfeksiyonlarının ekonomik etkisi hastanede geçirilenzamanın ve dolayısıyla masrafın artmasıyla sınırlı kalmamakta bunun dışında toplumave hastanın ailesine iş gücünün ve zamanının kaybıyla da yansımaktadır. Hastaneiçindeki salgınların kontrolünde etiyolojik ajanın tiplendirilmesinin önemi büyüktür.Bugün PFGE tiplendirmenin altın standardı olarak kabul edilmektedir.Bu çalışmada Ekim 2003 tarihini izleyen 6 ay içerisinde Hacettepe Üniversitesi TıpFakültesi'nde yatan hastalardan izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus(MRSA) 'ların genomları SmaI restriksiyon endonükleaz ile kesildi ve pulsed field jelelektroforezi (PFGE) kullanılarak söz konusu bakterilerin karakterizasyonları yapıldı.Sonuç olarak hastane içinde yayılım gösteren gruplar belirlendi.Anahtar Kelimeler: Hastane enfeksiyonları, MRSA, PFGE, Genotiplendirme Hospital-acquired infections can deteriorate the life quality of patients and even canthey sometimes cause death. The economic impact of hospital-acquired infections isnot only limited to the increased time of hospitalization thus increased expense, butalso increased cost to family and society is encountered due to lost working time andpower. Typing of etiological agents is crucial for the controlling of outbreaks takingplace in hospitals. Today, Pulsed Field Gel Electrophoresis is accepted as the goldenstandard of typing.In this study, genomes of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA)isolates which are obtained from hospitalized patients of Hacettepe University Facultyof Medicine in 6 months period starting from October 2003 are digested by SmaIrestriction endonuclease and these bacteria are characterized by using Pulsed FieldGel Electrophoresis. In conclusion, clusters that are present in the hospital aredetermined.Key words: Hospital-acquired infections, MRSA, PFGE, Genotiplendirme 69

BAZİ MATR1KSLERE TUTUKLANMIŞ Aspergillus niger* DEN GİBBERELLİK ASİT ÜRETİMİ ŞAFAK BAŞIAÇIK KARAKOÇ ÖZ Bu çalışmada uygun bir destek maddesine tutuklanmış Aspergillus n/gemden bitki büyüme regülatörü gibberellik asitin üretimi hedeflendi. İncelenen sekiz Aspergillus sp. kaynakları arasından A.nigefın (H.Ü) en yüksek gibberellik asit üreticisi olduğu saptandı. Tutuklama çalışmalarında en uygun destek maddesinin seçimi için sodyum alginat, k-karrageenan, agar, poliüretan köpük, sentetik sünger, ponza taşı ve P(EGDMA/HEMA) mikroküreleri denendi. Bunların içinden gibberellik asit sentezinde sünger A.niger'in tutuklanması için kullanılmak üzere seçildi. Daha sonra immobilize hücrelerden gibberellik asit üretimi için bazı inkübasyon koşulları, sıcaklık, pH, inkübasyon süresi, gibi kültürel parametreler optimize edildi. Alınan sonuçlara göre gibberellik asit miktarının pH 5'de, 30°C'de, çalkalamalı koşullardaki 12 günlük inkübasyonda en yüksek değere ulaştığı görüldü. Ayrıca üretim ortamındaki farklı karbon ve azot kaynaklarının GA3 üretim aktivitesine olan etkisi incelendiğinde sukroz ve NaNOVın uygun karbon ve azot kaynakları olduğu saptandı. Bu kaynaklarla karbon / azot oranı çalışmaları yapıldı ve bu çalışmada oran 100/10 olarak bulundu. Bunlardan ayrı olarak immobilize hücrelerin tekrar kullanımları test edildi. Bu sonuçlara göre 12 günlük normal bir süreçten sonra en az 2 defa daha aynı aktivite ile GA3 üretimi yapabildikleri bulundu. Çalışmamızda bazı atıklarda gibberellik asit üretimi için alternatif hammadde kaynağı olarak denendi. Melas, peyniraltı suyu, zeytin karasuyu ve çeşitli meyve suları gibi atıkların arasından melasın ve zeytin karasuyunun gibberellik asit sentezi için kullanılabilir olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Gibberellik asit, Aspergillus niger, hücre immobilizasyonu, bitki büyüme regülatörleri. Danışman: Prof.Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı GIBBERELLIC ACID PRODUCTION FROM Aspergillus niger IMMOBILIZED IN SOME MATRICES ŞAFAK BAŞIAÇIK KARAKOC In this research, plant growth regulator GA3 production from immobilized A.niger was purposed. Among eight different Aspergillus sp. sources investigated, A.niger (H.Ü) was found to be the most potent GA3 producer. For immobilization studies, alginat, k-carrageenan, polyurethane foam, pumice stone, P(EGDMA/HEMA) microspheres and sponge were tested. Among these materials tested, sponge was choosen for further investigations. Some cultural parameters such as temperature, pH, incubation period, incubation conditions were optimized in order to maximize GA3 production. According to these results, quantity of GA3 was maximum on the 12th day of incubation period in medium with pH degree 5, incubated at 30°C on rotary shaker. In addition, when the affect of the additional carbon and nitrogen sources in the growth medium on GA3 production was investigated, it was observed that sucrose and NaNÛ3 were suitable sources. Optimal carbon-nitrogen ratio was estimated as 100/10. Also the repetative usage of the immobilized cells were tested. It was estimated that after the 12 days of normal period, these cells could be used at least two more times giving the same GA3 yield. In the research some waste materials were tested as nutritional sources for GA3 production. Molasses, whey, olive oil mill and fruit juice were used for this purpose and it was investigated that among the sources tested, molasses and olive oil mill were suitable sources for GA3 production. Key Words: Gibberellic Acid, Aspergillus niger, Cell Immobilization, Plant Growth Regulators. Advisor: Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe University, Department of Biology, Biotechnology Section. 11 114

Aspergillus niger' den Pektinaz Eldesi Barış KAYMAK ÖZ Pektinazlar pektik maddeleri parçalayan bir grup enzimdir. Pektin bitki hücre duvarında bulunan, bitki dokularının bütünlüğünü sağlayan yapısal bir polisakkarittir. Pektik enzimler endüstriyel olarak meyve sularının berraklaştırılması ve konsantre edilmesi, şarapların berraklaştırılması ve keten için selüloz liflerinin hazırlanmasında kullanılmaktadır. Bu çalışmada, yeryüzünde geniş bir yayılım gösteren Aspergillus niger1 in farklı bölgelerden izole edilen 7 farklı susundan Czapek-Dox + %3 Pektin besiyerinde pektinaz üretimi gerçekleştirilmiştir. Bunlardan Aspergillus niger izolat 7 en iyi verimi göstermiş ve tüm çalışmalarımızda bu suş kullanılmıştır. Bunun yanı sıra bu suş ile yapılan çalışmalarda enzim sentezinin optimal koşulların saptanabilmesi amacıyla üretim zamanı, üretim sıcaklığı, üretim pH' sı ve üretim şekli gibi fizyolojik parametreler incelenmiştir. En iyi pektinaz aktivitesi, pH 3' e dengelenmiş besiyerinde 150 rpm çalkalama hızlı 30° C lik inkübatörde 18 saatlik inkübasyon sonrası elde edilmiştir (5,20 U/ml). Uygun parametreler tespit edildikten sonra çiğit küspesi, pamuk küspesi, portakal kabuğu, havuç posası ve elma kabuğu kullanılarak yarıkatı besiyerleri hazırlanmış, pektinaz aktivitesi tayin edilmiş ve sonuçlar yorumlanmıştır. Besi ortamı olarak kullanılan atıklardan en iyi verim, pamuk küspesi ile hazırlanan yarı-katı besiyerinden elde edilmiştir (2.104 U/ml). Anahtar Kelimeler : Pektinaz, Aspergillus niger, Yarı-katı Besiyeri, Optimizasyon Danışman : Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı Pectinase Production from Aspergillus niger Barış KAYMAK ABSTRACT Pectinases are a group of enzymes that degradates pectic substances. Pectin, which takes place in plant cell wall, is a polysaccharide that provides the structural entireness of plant tissues. Pectic enzymes are used in food industry for clarifying and concentrating fruit juices, clarifying wines and also for preparing cellulose fibers for linnen. In this study, pectinase production was carried out by 7 various strains of Aspergillus niger, which indicates an extensive spread at the world, isolated from different locations, using Czapek-Dox + 3% Pectin medium. Aspergillus niger isolate no:7 showed the best enzyme activity of screened fungi, and this strain was used for further studies. Physiological parameters such as incubation period, temperature, pH and static or rotator cultuvation tecniques were investigated to find the optimum conditions for enzyme production. It was concluded that incubation for 18 hours at 30°C in medium with initial pH 3 at 150 rpm, were suitable conditions. By this, an enzyme activity of 5.20 U/ml was determined. After, solid state fermentation was prepared using cotton seed baggases, cotton baggases, orange peelings, carrot pulps and apple peelings, In such media, pectinase activity was determined. As a result, the suitable medium was found to be the solid media prepared with cotton baggases with an activity of 2.104 U/ml. Key Words : Pectinase, Aspergillus niger, Solid-State Medium, Optimization Advisor : Prof. Dr Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe University, Department of Biology, Biotechnology Section 60

BAZI FUNGAL KAYNAKLARDAN LAKTAZ ENZİMİ ELDESI Işıl Seyis ÖZ Bu çalışmada, verimli yeni bir alternatif fungal kaynaktan laktaz üretimi amaçlandı. İncelenen funguslar arasında Trichoderma viride ATCC 32098ün en yüksek laktaz üreticisi olduğu saptandı ve yüksek enzim üretimi için bazı kültürel paramatreler optimize edildi. Üretim ortamındaki karbon ve ilave azot kaynaklarının laktaz aktivitesine etkisi incelendiğinde laktoz ile (NH4)H2P04'ün uygun olduğu saptandı. En yüksek enzim aktivitesi için fizyolojik koşullar incelendiğinde % 0,5 ONPG içeren pH değeri 5 olan enzim inkübasyon ortamında, 50-65°C'de 30 dakika inkübasyonun uygun olduğu görüldü. Bazı atıklar laktaz üretimi için karbon ve azot kaynakları olarak denendi. Peynir altı suyu ile kaba buğday kepeğinin üretim ortamında ayrı ayrı kullanımının laktaz üretimi için daha uygun olduğu ve pamuk yaprak küspesinin azot kaynağı olarak maya-özütü ve pepton yerine alternatif olarak kullanılabileceği saptandı. Üretilen laktaz enziminin pH ve sıcaklık kararlılığı incelendi ve enzimin 50, 60 ve 70°C'lerdeki kararlığı da saptandı. Laktazın kısmi saflaştırımı, amonyum sülfat çöktürmesi ve diyaliz işlemleri ile gerçekleştirildi. Galaktoz ve glukozun yanısıra reaksiyon ortamında bulunan çeşitli kimyasalların ve metal iyonlarının laktaz aktivitesine olan etkisi belirlendi. Ürettiğimiz laktaz enzimi kalsiyum-aljinata immobilize edildi ve immobilize enzim için reaksiyon ortamının uygun koşulları belirlendi. Sonuç olarak, serbest enzimden farklı olarak % 0,75 ONPG konsantrasyonu ve 240 dakika inkübasyon süresinin uygun olduğu görüldü. Ayrıca, immobilize enzimin pH ve sıcaklık kararlılığı incelendi ve bu enzimin 50, 60 ve 70°C'lerdeki kararlılığı saptandı. Çalışmamızın son aşamasında ise laktaz enziminin laktoz hidrolizi, incelendi ve laktoz örneğinde % 98,08, peyniraltı suyunda % 97,98 ve sütte ise % 89,54 olarak bulundu. Anahtar Kelimeler: Laktaz, B-galaktosidaz, laktoz, Trichoderma. Danışman: Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı LACTASE ENZYME PRODUCTION FROM SOME FUNGAL SOURCES Işıl Seyis ABSTRACT In this study, the objective was to produce lactase enzyme efficiently from an alternative fungal source. Among the sources investigated, Trichoderma viride ATCC 32098 was found to be the most potent lactase producer and some cultural parameters were optimized in order to maximize lactase production. When the effect of the carbon and additional nitrogen sources in the production medium on lactase activity was investigated, it was observed that lactose and (NH4)H2P04 was suitable. In the second part of the study, some physiological conditions were optimized for maximum enzyme activity and it was concluded that, incubation for 30 min at 50-65°C in medium containing 0.5 % ONPG with pH 5 was suitable. Some wastes were used as carbon and nitrogen sources and it was concluded that using whey and crude wheat bran in the production medium separately was more suitable for lactase production. In addition, cotton leave residue could be a good alternative to yeast-extract and peptone as nitrogen sources. Temperature and pH stability of the enzyme was studied and stabilities at 50, 60 and 70°C were determined. Partial purification of lactase was carried out with ammonium sulphate precipitation followed by dialysis. Effects of various chemicals and metal ions as well as galactose and glucose on lactase activity were investigated. In the next step, lactase enzyme was immobilized into calcium alginate and optimum conditions of the reaction medium were determined. It was concluded that, 0.75 % ONPG concentration and 240 min incubation time was suitable differing from the free enzyme case. In addition, temperature and pH stability of the immobilized enzyme was studied and stabilities at 50, 60 and 70°C were determined. Finally, the lactose hydrolysis by the lactase enzyme was determined as % 98,08, % 97,98 and % 89,54 in lactose solution, whey and milk, respectively. Keywords: Lactase, B-galactosidase, lactose, Trichoderma Advisor: Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ, Hacettepe University, Department of Biology, Biotechnology Section 140

IV ÖZET Bu çalışmada proteofitik bir enzim olan ve yapay tatlandırıcı aspartamın ( N- benziloksikarbonil-l-aspartil fenilalanin metilesîeri ) sentezi için kullanılabilen elastaz enziminin üretimine etkili bazı fizyolojik koşullar üzerinde çalışılmıştır. Denenen mikroorganizmalar arasında ( Pseudomonas aeruginosa suşlan, Pseudomonas sp. E01 ve Pseudomonas sp. E08 suşlan, Bacillus subtitis ( LP. Eh. 1.1 953 ), Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus subtilis 10649 MERCK ve Bacillus cereus ATCC 11778 suşlan ) yapılan çalışmalar sonucunda Pseudomonas aeruginosa No:20 susunun elastaz enzimi üretimi bakımından diğerlerine kıyasla daha potent olduğunu gösterildi. Çalışmalarımızda karbon kaynağı olarak 0.05 M glukoz ve azot kaynağı olarak 0.20 M NH4CI veya %0.5 maya Ozütû içeren, pH 7.0'a ayarlanmış 100 mi besiyerinde 30 oC'de, üç gün çalkalaması koşulda inkübasyonu yapılan kültürlerde enzim üretiminin, diğer koşullara kıyasla daha yüksek olduğu gösterilmiştir. Bu ortamda optimum kültürel koşullarla 5.1 U/ml elastaz enzimi aktivltesi saptanmıştır. Çalışmamızda enzim reaksiyon ortamında tamponun, substrat ve enzim konsantrasyonunun, inkübasyon süresinin, inkübasyon sıcaklığının ve pH'ın enzim aktivitesine etkisi de araştırılmış; en yüksek akîfvite ( 4.566 U/m! ) 10 mg substrat Elastin-Congo red ve 1 mi enzim içeren, pH'ı 7.0 olan 3 mi 10 M TrisHCl tamponunda 3 saat 37 oc'de çaikalamalı Inkübe edilen reaksiyon ortamlarında bulunmuştur. Elastaz enziminin amonyum sülfatla çöktürme ve diyalizle kısmf olarak saflaştırması yapılmış ve enzim, kültür süpernatanına göre 10.18 kat saflaştınlmıştır. Araştırmamızın diğer bir amacı immobilize edilmiş bakteri hücrelerinin elastaz enzimi aktivitesinin ve yine immobilize edilmiş enzimin aktivitesinin serbest hücre ve serbest enzim ile karşılaştırılmasıdır. Bu amaçla bakteri ve enzim sodyum aljinat ve ağara ayrı ayrı tutuklanmıştır. Serbest formdaki hücrelere kıyasla enzim aktivitesinin %4'lük sodyum aljinaîa tutuklananhücrelerde %78.40, %8'lik sodyum aljinata tutuklananlarda %51.20, %2'lik ağara tutuklanan hücrelerde ise %76.1S oranında korunduğu bulunmuştur. Tutuklama matriksl olarak %4'lük sodyum aljinata tutuklanan enzimde ise aktiviîenin azaldığı; fakat yine de %58.90 oranında korunduğu saptanmıştır. Sonuç olarak; optimum kültür koşullarının uygulanmasıyla Pseudomanas aeruginosa No:20 susunun elastaz enzimi üretimi arttın im ıştır, reaksiyon ortamında da optimal koşulların uygulanmasıyla enzim aktsvitesi maksimum bulunmuştur. Tutuklamayla enzim üretimi ve aktivitenin azalmasına karşın kullanım kolaylığı bu dezavantajı ortadan kaldırmaktadır. ¥1 ABSTRACT In this study, effects of some physiological conditions on the production of elastase enzyme which is a proteoiitic enzyme that can be used for the synthesis of the artificial sweetener aspartame ( N-benziioxicarbonyl-L- aspartil phenylalanine methyl ester ) were examined. For this purpose, Pseudomonas aeruginosa strains, Pseudomonas sp. E01 and Pseudomoms sp. E08 strains, Bacillus subtiiis ( LP. Eh. 1.1 953 ), Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus subtiiis 10649 MERCK and Bacillus cereus ATCC 1 1 778 strains were tested. Our results show that Pseudomonas aeruginosa No:20 strain was found the most potent strain for elastase activity among the tested organisms. It was detected that, the optimum enzyme production was determined in a 100 ml medium containing 0.05 M glucose as carbon source, 0.20 M NH4CS or 0.5% yeast extract as nitrogen sources, with a pH level 7.0 which was incubated at 30 oc for 3 days in a shaking incubator. In such media, when the optimal cultural conditions were applied, the enzyme activity was found as 5.1 U/ml. in the study, the effects of the buffer, substrate and enzyme consantrations, incubation period, temperature and pH value on the enzyme activity in the reaction mixture were also established. It was shown that highest activity was determined in a mixture containing Tris HCL buffer 10 M, at pH 7.0 that was incubated at 37 oc for 3 hours with aeration that contained 10 mg Elastin Congo Red as substrate and 1 ml enzyme^ ml. Elastase enzyme was partially purified by ammonium sulphate precipitation and dialysis. The crude enzyme was purified 10.18 fold by this process. Another aim of the research was to investigate elastase activities by immobilized bacterial cells and the enzyme entrapped by Na-alginate and agar comparatively. When compared to free cells, enzyme activity was retained 78.40%, 51.20%, 76.13% after immobilized with 4% Na-alginate, 8% Na-alginate and 2% agar, respectively.VI! With entrapment enzyme to Na-alginate, enzyme activity decreased but the 58.90% of its activity was still remaining. As a consequence, when the optimum culture conditions were applied the production of elastase enzyme by Pseudomonas aeruginosa No:20 strain increased. Also, the activity of the enzyme was maximal by the aplication of optima! conditions detected for reaction mixture. Although the production and activity of the enzyme decreased by immobilization, the useability offsets this disadvantage. 104

Özet ÖZET Sunulan araştırmanın amacı fungal kaynaklardan kirinaz enzimini elde etmek, bu enzimin antifungal aktivitesini araştırmak ve fungusitler ile birlikte kullanıldığında bitki patojenleri üzerinde sinerjik etkisinin olup olmadığını göstermektir. Kirinaz üretimi için Aspergillus niger ve Penicillium spimılosum kullanıldı Funguslar öncelikle Potato Dextrose Ağarda (PDA) üretildi ve kirinaz üretimi, Enzyme Production Medium (EPM)'da gerçekleştirildi. Bu ortamda her iki fungus için enzim ürerim koşullan optimize edildi. A.niger için bu koşullar 48 saat, 30 °C, pH 6, 104 komdi/40ml, %0.5 g kolloidal kitin ve çalkalaman ortam, P. spimılosum 'da farklı olarak 106 konidi/40 mi bulundu. EPM ortammda üretilen kirinaz enzimi amonyum sülfatlama ve dializ ile kısmı olarak saflaştınldı ve A.niger krtinazı (Kit A) 17,35 kat, P.spimılosum krtinazı (Kit P) 10,73 kat saflaştınldı. Bundan sonra tepkime ortamında enzimin spesifik aktivitesini etkileyen optimum fizyolojik koşullar araştırıldı. Bunlar A.niger için 60 dakika, 30 °C, pH 5.5 ve Km 1.8 mg kitin/mi, P.spinulosum için 30 dakika, 30 °C, pH 5.5 ve Km 2.7 mg kitin/ml olarak saptandı. Sinerjik etki için denenen fungusitler çaptan, benomyl ve maneb, fitopatojen funguslar ise Rhizoctonia oryzae, Fusarium culmorum ve Bipolaris sorokiniana'Ğır. Fungusitler, fitopatojen funguslann üretildiği PDA ortamlarına 0.1, 1, 10, 100, 1000 ppm olacak şekilde, enzimler ise 0.64, 3.2, 6.4, 9.6 ve 12.8 U/ml olacak şekilde steril olarak ilave edildi. Bu ortamda fitopatojen funguslann inhibisyon yüzde oranlan ve ayrıca doz cevap eğrisi kullanılarak fungusit ve enzimlerin ED50 değerleri saptandı. Fungusitlerin düşük konsantrasyonlarından (0. 1 ve 1 ppm) en az etkilenen Roryzae iken Kit A ve Kit P'den de en az etkilenen yine aynı fungusdur. Kit A ve Kit P'nin fitopatojenlerin koloni gelişimini % 60'a kadar inhibe ettiği bulundu. Bununla beraber Kit A'nın Kit P'den daha etkili olduğu ve sonuç olarak bu enzimlerin antifungal aktivitesinin bulunduğu saptandı. Fungusitler ve kitinaz enzimleriÖzet birlikte kullanıldıklarında tek tek bulunduklarından daha fazla etkili oldukları saptandı. Örneğin maneb 100 ppm'de F. culmonım'vm. koloni gelişimini %51 inhibe ederken, Kit A ve Kit P ile birlikte kullanıldığında misel gelişiminin % 100 inhibe olduğu saptandı. Bununla beraber Kit A-fungusit kombinasyonlarında sinerjik etkinin daha yüksek olduğu gözlendi. Çalışmamızın sonuçlarına göre Kit A ve Kit P'nin fungusitler ile birlikte kullanılmasınm antifungal etki üzerine sinerjik etki gösterdiği söylenebilir. Abstract iii ABSTRACT The aim of this research is to produce chitinase enzyme from fungal sources and to research the antifungal activity of this enzyme also to determine any probable synergic effect of the enzyme combined with fungicides. For chitinase production, A.niger and P.spinulosum were used. At first, fungi were grown on Potato Dextrose Agar (PDA) and the chitinase production was realized on Enzyme Production Medium (EPM). Using this medium, for both fungi the production of enzyme conditions were optimized. It was shown that when the pH of the medium, which contained 0.5 % g colloidal chitin, was adjusted to pH 6.0, and the cultivation was carried out at 30 °C for 48 hours, with aeration the chitinase production increased for both fungi. It was also detected that for A.niger inoculation with 104 conidia/ 40 ml, and 106 conidia/40 ml for P.spinulosum gave maximal enzyme production. Kit A 17.35, and Kit P 10.73 fold partially purified using ammonium sulfate precipitation and dialysis. As a second step of the research, the conditions effecting the specific activity of chitinase in reaction medium were also determined. These conditions were as follows: For A.niger chitinase, 60 min, 30 °C, pH 5.5, Km 1.8 mg chitin/ml and for P.spinulosum chitinase 30 min, 30 °C, pH 5.5 and Km 2.7 mg chitin/ml. The synergic affect of the enzyme whit fungicides, çaptan, benomyl and maneb were determined. Also phytopathogenic fungi Rhizoctonia oryzae, Fusarium culmorum and Bipolaris sorokiniana were used. Fungicides were added to PDA medium in which phytopathogen fungi were inoculated at 0.1, 1, 10, 100, 1000 ppm and sterilized enzymes at 0.64, 3.2, 6.4, 9.6 and 12.8 U/ml concentrations and the ED50 values of the fungicides and enzymes were determined. For the determinations of ED50 values the dosage response curve was used. R. oryzae was shown as the least affected fungus from low concentrations of fungicides and from Kit A and Kit P. It was determinedAbstract iv that the coloni growth was inhibited up to 60 % with Kit A and Kit P for all phytopathogens. In addition, Kit A was much more effective than Kit P and as a result it was found that these enzymes have antifungal activity. It is also been detected that enzymes were much more effective when used together with fungicides. For example, the 100 ppm concentration of maneb inhibited the coloni growth of F.culmorum 51 %, but this inhibition was increased to 100 % when it was combined either with Kit A or Kit P. However it is observed that the synergic effect of enzyme - fungicide combinations, is higher when Kit A is used as enzyme preparation. According to these results it can be said for maneb, çaptan and benomyl that Kit A and Kit P have an increasive effect on their fungicidal activity. 109

ÖZET Bu çalışmada dünyada geniş kullanım alanı olan Gibberellik asit (GA3 ) bakteriyel kaynaklardan elde edilmiştir. Bu amaçla çalışmanın ilk aşamasında; Pseudomonas putida TF4-1L, P. aeruginosa ve Trakya Üniversitesi tarafından Edremit Zeytinyağı Fabrika atıklarından izole edilmiş ve bize gönderilmiş olan birkaç Pseudomonas türü test edilmiştir. Bunlar arasından Pseudomonas spp. E01 olarak gösterilen bakteri en yüksek GA3 verimi göstererek ilerdeki çalışmalarda kullanılmak üzere seçilmiştir. Daha sonraki çalışmalarda Pseudomonas spp. E01 kullanılarak GA3 üretimine, üretim ortamının bazı fizyolojik koşullarının etkileri saptanmıştır. İnkübasyon sıcaklığı, üretim ortamının pH'sı, inkübasyon süresi, aerasyon test edilmiştir. Bu sonuçlardan GA3 veriminin 72 saatlik, pH 7'de, karanlıkta, 30°C'de ve çalkalamalı koşullardaki inkübasyonda en yüksek değere ulaştığı görülmüştür. Pseudomonas spp. E01 'in GA3 üretimi için optimal karbon ve azot kaynakları da bulunmuştur. Maltoz, sukroz, fruktoz, glukoz, laktoz karbon kaynağı olarak denenmiş, bunların içinden fruktoz içeren ortamlarda GA3 veriminin yüksek olduğu tespit edilmiştir. Aynı şekilde azot kaynaklan da ( KN03, NH4CI, NaN03, Üre, Glisin ) uygulanmış ve NaN03 en uygun azot kaynağı olarak bulunmuştur. Bunlardan ayrı olarak optimal karbon - azot oranı (C/N) tespit edilmiştir. 17mM NaN03 ve 100mM fruktoz ilave edilen ortamlarda GA3 veriminin yüksek olduğu bulunmuştur. SUMMARY In this research gibberellic acid (GA3) for which there is a world wide demand, was obtained from bacterial sources. For this purpose in the first step of the research, Pseudomonas putida TF41L, P. aeruginosa and several Pseudomonas sp. which were isolated from wastes of olive prossesing manifactures around Edremit region were used as test organisms. The bacterium coded Pseudomonas spp. E01 gave the heighest GA3 yield and so this organisms was used for further experiments. In later experiments useing Pseudomonas spp. E01, the effect of some physiological conditions of the growth media on the GA3 production was tested. Criteria such as incubation temperature, pH of the growth media, incubation period, aeration were tested, As a result it was shown that GA3 yield was maximum on the 72nd hour of the incubation of the culture with a pH degree 7, in the dark at 30°C, with aeration. The optimal carbon and nitrogen sources for Pseudomonas spp. E01 were detected and media containing fructose out of 5 carbon ( Glucose, maltose, sucrose, lactose) sources and NaN03 out of 5 nitrogen ( KN03, NH4CI, Urea, Glycine) sources gave better GA3 yields. Also the optimal carbon - nitrogen (C/N) ratio was detected and it was shown that when 100mM ( Fructose) and 17mM (NaN03) were added to the growth medium the highest GA3 yield was obtained. 53

TEK HÜCRE PROTEİNİ ÜRETİMİ VE BUNUN DROSOPHILA GELİŞİMİNE ETKİSİ (Yüksek Lisans Tezi) Hikmet TÜRK KATIRCIO?LU GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ HAZİRAN, 1995 ÖZ Eldeki verilere göre endüstrileşmenin başlangıcından bu yana endüstri atıkları bugün ve gelecekte büyük sorunlar yaratacaktır. Bu nedenle, bu araştırmada bazı meyva atıklarının (elma, vişne, muz, şeftali, kavun, karpuz), domates, patates, ekmek ve melasın tek hücre proteini üretiminde kullanımı araştırılmıştır. Üretimde kullanılan maya, Drosophila melanogaster (meyva sineği)' in mamasına ilave edilerek gelişimindeki etkisi incelenmiştir. Çalışma sırasında maya olarak sadece Saccharomyces cerevisiae kullanılmıştır. Atıklarda yapılan üretim çalışmaları sonucunda en yüksek oranda üreme karpuz atıklarının kullanıldığı ortamlarda gözlenirken, muz kabuğu atıklarından elde edilen ortamda ise üremenin diğer kaynaklara kıyasla daha düşük olduğu saptanmıştır. Bilim Kodu : 4010104 Anahtar Kelimeler : Saccharomyces cerevisiae, Tek Hücre Proteini (THP) Üretimi, Meyva Atıkları Sayfa Adedi : 54 Tez Yöneticisi : Prof. Dr.Nilüfer AKSÖZ SINGLE CELL PROTEIN PRODUCTION and ITS EFFECTS ON DROSOPHILA GROWTH (Master Thesis) Hikmet TÜRK KATIRCIO?LU GAZİ UNIVERSITY INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY JUNE, 1995 ABSTRACT Industrial wastes will create high problems today and in the future, according to existing data. In this study some fruit wastes (apple, sour cherry, banana, peach, muskmelon, watermelon) in the production of tomato's, potato's bread's and molasses were used as media for the production of single cell protein. After production, the yeast was added to Drosophila melanogaster feed and the effect on its growth was examined. During this research Saccharomyces cerevisiae was used as a ferment. At the end of production process with the wastes, best growth and development was shown in medium prepared with watermelon wastes. On the other hand lowest yield was detected in banana medium when compered with other media prepared with different wastes. Science Code : 4010104 Keywords : Saccharomyces cerevisiae, Single Cell Protein (SCP) Production, Fruit Wastes Number of Pages : 54 Advisor : Prof. Dr. Nilüfer AKSÖZ 54

IV ÖZET Bu çalışmada önemi ve kullanım alanı gün geçtikçe artan indol-3- asetik asitin (IAA) fungal kaynaklardan eldesi amaçlanmıştır. Gibbe rella Jujikuroi G5, Gibberella fiijikuroi LAM 8048, Fusarium monili- forme IAM 5062, Gibberelta zea, Aspergillus niger FÜRSAN ve Al- ternaria spp. funguslan IAA verimi yönünden taranmış, Gibberella jujikuroi G5'in en fazla verime sahip olduğu saptanmıştır. Çalışmada, karanlıkta ve çalkalamak olarak 30 °C sıcaklıkta inkübe edilen, pH: 5.0'a ayarlanmış besiyerinde, üremenin 18. gününde Gibberella jujikuroi Gs'in en yüksek oranda IAA ürettiği tespit edil miştir. Ayrıca IAA üretiminin kültür ortamındaki azot miktarının azlığına bağlı olarak arttığı saptanmıştır. ABSTRACT The aim of this research was to obtain indole-3-acetic acid (LAA) for which there was a worldwide demand for fungal sources. Gibbe rella fujikuroi G5, Gibberella fujikuroi IAM 8048, Fusarium monili- forme IAM 5062, Gibberella zea, Aspergillus niger FÛRSAN and Al- ternaria spp. strains were examined for their IAA production rates, as a result Gibberella fujikuroi G5 was found to be the most potent microorganism. In this research, it was detected that aeration, incubation at dark, initial pH of 5.0 and incubation at 30 °C for 18 days were ideal opti mal conditions for IAA production from Gibberella fujikuroi G5. In addition, to production of IAA was shown to increase in inverse proportion to the amount of nitrogen in the growth media. 60

IV ÖZET A.parasttJcu$ NRRl 2999 kullanıldığı bu çalışmada, cesitü fizyolojik parametreler ve YES kültür ortamına ve spor süspansiyonuna farklı konsantrasyonlarda ilave edilen organofosforlu bir insektisit olan Dichlorvos (DDVP)'un ve herbisitlerden nitroanilin grubunda yer alan trifluralin (treflan)'in aflatoksin üretimine etkisi araştırılmıştır. Bu fungusun aflatoksin üretiminde optimum koşulların, çalkalamak ve karanlık ortam, 30°C sıcaklık, pH: 6.5, 106 spor/ 100 mi ve inkûbasyonun 7. günü olduğu tespit edilmiştir. Çalışmanın 2. aşamasında Dichlorvos (DDVP) ve trifluralin YES besi ortamına % 10 ve 20 ppm olacak şekilde ilave edilmiş 5 ppm trifluralin'in aflatoksin üretimini arttırdığı, buna karşılık bu biyositlerin diğer konsantrasyonlarında aflatoksin üretiminde çeşitli oranlarda azalma olduğu gözlenmiştir. Bu 2 biyosit yine 5, 10 ve 20 ppm olacak şekilde spor sospansiyonuna ilave edilmiş ve 30 güne kadar bekletilmiştir. Sonuçta aflatoksin üretiminde önemli bir azalma gözlenmemiştir. Biyositlerin kültür ortamında ve spor süspansiyonlarında aflatoksin üretimine etkisi karşılaştırıldığında üreme ortamında aflatoksin üretimini önemli derecede inhibe ederlerken spor süspansiyonunda önemli bir etkide bulunmadıkları tespit edilmiştir. SUMMARY In this research A.psrsstticus NRRL 2999 was used to study the effects of organophosphorous insecticide dichloreos (DDVP) and nitroanilin herbicide trifluralin (treflan) and different cultural parameters on anatoxin biosynthesis. The biocides were added in to the YES media and the fungal spore suspensions in different concentrations. As cultural parameters incubation temperature, medium pH, inoculated spore amount, incubation time dark or light incubation, and effect of aeration were tested. It was detected that aeration, incubation at dark, initial pH of 6.5 and incubation at 30 K for 7 days were ideal conditions for toxin production. Also when 10* spore/ 100 ml were inoculated to YES medium, better fungal growth and more toxin production were detected. In the second step of the research the biocides were added to YES media at 5, 10 and 20 ppm concantrations. Only 5 ppm trifluralin stimulated af latoxin production while the other concentration of the two biocides reduced toxin contents in media. On the other hand, when spore süspansiyona were treated up to 30 days, with 5, 10 and 20 ppm concentration of two biocides no important effecet an aflatoksin production was deteced. 51