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La Directive 2000/60/CE du Parlement Européen et du Conseil du 23 octobre 2000 impose aux Etats membres de contrôler tous les éléments de qualité biologique, physico-chimique et hydromorphologique des masses d’eau entrant dans le programme de surveillance. Les peuplements ichtyologiques sont un des descripteurs biologiques retenus dans l’annexe V de la Directive pour les eaux de transition. Pour pouvoir évaluer l’état de cet élément de qualité dans les eaux de transition, le Ministère a confié à Irstea (anciennement Cemagref) de Bordeaux, dans le cadre du projet LITEAU II, la mise au point d’un indicateur « poisson ». Une première étape d’inventaires piscicoles de terrain, conduite par Irstea et financée/pilotée par l’Agence de l’Eau RM&C, a été réalisée sur treize masses d’eau méditerranéennes de transition en 2006. En 2010-2011, une nouvelle campagne d’échantillonnage a été menée par l’Ifremer. Les résultats sont présentés dans ce rapport.

Dans le cadre du contrôle de surveillance imposé par la Directive Cadre européenne sur l’eau (DCE), les Etats membres doivent contrôler tous les éléments de qualité biologique, physico-chimique et hydromorphologique des eaux de transition. Ces contrôles ont pour but de fournir des informations sur l’état écologique des masses d’eau mais aussi de mettre en évidence des modifications ou fluctuations naturelles à long terme ou résultant de l’activité humaine. Parmi les éléments de qualité biologique, on trouve le compartiment « ichtyofaune » pour lequel un suivi particulier doit être mis en place. Les informations disponibles sur la composition et la répartition des peuplements piscicoles dans les eaux de transition sont très rares et dans certains cas inexistantes. Les lagunes n’échappent pas à la règle même si quelques études sont disponibles dans ces milieux. Les lagunes remplissent des fonctions biologiques majeures pour un grand nombre d’espèces marines (bars, soles, dorades, …) (Dumay et al., 2004) pour les migrateurs (mulet, anguille, lamproies ….) et pour certaines espèces d’eau douce (épinoche, sandre, barbeau, …). Ils sont souvent considérés comme les milieux les plus productifs et supportent régulièrement une activité de pêche professionnelle et amateur (Crespi, 2002). La connaissance parcellaire actuelle des peuplements lagunaires en tant que peuplement et non espèce par espèce, nous place aujourd’hui dans l’impossibilité de répondre correctement aux objectifs de la DCE. Ces connaissances de bases sont pourtant nécessaires à l’établissement d’états initiaux et à la définition d’état de référence. De plus, la mise au point d'un outil de classification de la qualité écologique des masses d'eau, basé sur le compartiment « ichtyofaune » nécessite une connaissance approfondie des peuplements de chaque masse d'eau de transition. Réaliser une première étude complète de toutes les masses d’eau de transition du district Rhône Méditerranée et Corse ayant pour but d’établir une base quantitative d’information sur la composition et la répartition des peuplements. Celle-ci doit être entreprise afin de permettre l’évaluation ultérieure des modifications et évolutions résultant des incidences naturelles ou anthropiques. Il apparaît illusoire de vouloir réaliser des inventaires exhaustifs de l'ichtyofaune qui fréquente les lagunes tout au long de l'année car ce travail demanderait un effort de pêche mensuel en multipliant les techniques de pêche pour espérer capturer la majeure partie des espèces constituant le peuplement. Ce type d'étude chronophage et coûteuse n'est pas envisageable sur un grand nombre de masses d'eau et encore moins en routine dans le cadre de contrôle de surveillance. Pour ces raisons, cette étude visera à mettre en évidence les fonctionnalités des lagunes ou services rendus par les lagunes aux poissons qui seront ensuite interprétés dans le cadre du projet LITEAU II sur la définition d’un indicateur poisson pour les eaux de transition, en terme de qualité de la masse d’eau. Cette étude fournira également les éléments nécessaires pour pouvoir proposer des mesures de contrôle standardisées, à mettre en place dès 2009.

Dans le cadre du contrôle de surveillance imposé par la Directive Cadre européenne sur l’eau (DCE), les Etats membres doivent contrôler tous les éléments de qualité biologique, physico-chimique et hydromorphologique des eaux de transition. Ces contrôles ont pour but de fournir des informations sur l’état écologique des masses d’eau mais aussi de mettre en évidence des modifications ou fluctuations naturelles à long terme ou résultant de l’activité humaine. Parmi les éléments de qualité biologique, on trouve le compartiment « ichtyofaune » pour lequel un suivi particulier doit être mis en place. Les informations disponibles sur la composition et la répartition des peuplements piscicoles dans les eaux de transition sont très rares et dans certains cas inexistantes. Les lagunes n’échappent pas à la règle même si quelques études sont disponibles dans ces milieux. Les lagunes remplissent des fonctions biologiques majeures pour un grand nombre d’espèces marines (bars, soles, dorades, …) (Dumay et al., 2004) pour les migrateurs (mulet, anguille, lamproies ….) et pour certaines espèces d’eau douce (épinoche, sandre, barbeau, …). Ils sont souvent considérés comme les milieux les plus productifs et supportent régulièrement une activité de pêche professionnelle et amateur (Crespi, 2002). La connaissance parcellaire actuelle des peuplements lagunaires en tant que peuplement et non espèce par espèce, nous place aujourd’hui dans l’impossibilité de répondre correctement aux objectifs de la DCE. Ces connaissances de bases sont pourtant nécessaires à l’établissement d’états initiaux et à la définition d’état de référence. De plus, la mise au point d'un outil de classification de la qualité écologique des masses d'eau, basé sur le compartiment « ichtyofaune » nécessite une connaissance approfondie des peuplements de chaque masse d'eau de transition. Réaliser une première étude complète de toutes les masses d’eau de transition du district Rhône Méditerranée et Corse ayant pour but d’établir une base quantitative d’information sur la composition et la répartition des peuplements. Celle-ci doit être entreprise afin de permettre l’évaluation ultérieure des modifications et évolutions résultant des incidences naturelles ou anthropiques. Il apparaît illusoire de vouloir réaliser des inventaires exhaustifs de l'ichtyofaune qui fréquente les lagunes tout au long de l'année car ce travail demanderait un effort de pêche mensuel en multipliant les techniques de pêche pour espérer capturer la majeure partie des espèces constituant le peuplement. Ce type d'étude chronophage et coûteuse n'est pas envisageable sur un grand nombre de masses d'eau et encore moins en routine dans le cadre de contrôle de surveillance. Pour ces raisons, cette étude visera à mettre en évidence les fonctionnalités des lagunes ou services rendus par les lagunes aux poissons qui seront ensuite interprétés dans le cadre du projet LITEAU II sur la définition d’un indicateur poisson pour les eaux de transition, en terme de qualité de la masse d’eau. Cette étude fournira également les éléments nécessaires pour pouvoir proposer des mesures de contrôle standardisées, à mettre en place dès 2009.

The biology and the behaviour of fish populations in hypersaline environments are poorly known. The habitat occupation strategy of the tilapia Sarotherodon melanotheron has been studied along a salinity gradient in the Saloum hypersaline estuary in Senegal ( salinity between 32 and 100). The individual migratory behaviour has been analysed from otolith strontium-to-calcium concentration ratios from fish sampled in five locations during the 2003 wet season and the 2004 dry season. In the upper part of the estuary ( salinities > 50), the Sr: Ca ratio in the otolith showed high variations, from 2.51 to 33.30 x 10(-3). These maximum observed values have never been reported in the literature. The individual mean of Sr: Ca ratios increased according to the salinity gradient in the estuary, with significantly higher values in the upper part ( Sr: Ca mean = 16 x 10(-3)) than in the lower part ( salinity < 50, Sr: Ca mean = 12 x 10(-3)). No significant difference in the Sr: Ca mean was observed between locations with comparable salinities. Sr concentration in the water at the different locations was positively correlated with ambient salinity. The mean of Sr: Ca in the otoliths was then in relationship with the level of Sr in the water. Thus, the Sr: Ca ratios in the otolith of S. melanotheron allowed to discriminate the populations of this species and to hypothesize that they did not undertake large scale movements within the estuary.

Fish communities from two lagoon ecosystems, Ria Formosa (Portugal) and Grand Cul-de-Sac Marin (Guadeloupe), show interesting similarities of spatial and temporal organization. On the temporal scale, three community changes are observed in both systems, corresponding to massive arrivals and/or departures of migratory species. However, these migrations are more conspicuous in the Ria Formosa than in the Grand Cul-de-Sac Marin. On a spatial scale, the community structure is also largely determined by migratory species, whose abundance is a factor of homogenization. This is clearly observed in Ria Formosa, where the lagoon selection applies on a regional scale. Conversely, the community of sedentary fish identifies remarkable stations affected by chronic aggressions such as tourism or pollution. An explicative analysis, comprising a discriminant analysis and multiple regressions was realized on the data collected in the Grand Cul-de-Sac Marin. This analysis made it possible to determine the important environmental descriptors in the two complementary processes involved in recruitment: migrant availability, which determines the temporal organization of the fish assemblage. These migrations are explained by water temperature and salinity, two descriptors controlled by climatic conditions; the settlement process, which determines the spatial organization of the fish assemblage. This is explained by habitat descriptors such as visibility and turtlegrass blade length, or trophic descriptors, such as primary production, zooplankton density or nitrate concentration.

Les herbiers à #Thalassia testudinum$ du Grand Cul-de-Sac Marin en Guadeloupe ont fait l'objet d'une étude de la variabilité spatiale de la faune ichtyologique et de quelques paramètres de l'environnement (densité, biomasse et longueur foliaire, agitation, température, oxygène dissous, pH et salinité). Les échantillons de poissons ont été prélevés à la senne de plage dans 11 stations réparties de la côte (mangrove) à la barrière frangeante des récifs coralliens, pendant 12 mois consécutifs (août 1987 à juillet 1988). Les stations non significativement différentes (test de Kruskal-Wallis) pour la température ou le pH, le sont en revanche, pour la densité, la biomasse et la longueur des feuilles de #Thalassia$, l'oxygène dissous et la salinité, ainsi que pour la richesse spécifique, la régularité et la biomasse ichtyologique