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The aim of this study was to generate and analyze the atlas of the loggerhead turtle blood transcriptome by RNA-seq, as well as identify and characterize thioredoxin (Tnxs) and peroxiredoxin (Prdxs) antioxidant enzymes of the greatest interest in the control of peroxide levels and other biological functions. The transcriptome of loggerhead turtle was sequenced using the Illumina Hiseq 2000 platform and de novo assembly was performed using the Trinity pipeline. The assembly comprised 515,597 contigs with an N50 of 2,631 bp. Contigs were analyzed with CD-Hit obtaining 374,545 unigenes, of which 165,676 had ORFs encoding putative proteins longer than 100 amino acids. A total of 52,147 (31.5%) of these transcripts had significant homology matches in at least one of the five databases used. From the enrichment of GO terms, 180 proteins with antioxidant activity were identified, among these 28 Prdxs and 50 putative Tnxs. The putative proteins of loggerhead turtles encoded by the genes Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn and Txnip were predicted and characterized in silico. When comparing Prdxs and Txns of loggerhead turtle with homologous human proteins, they showed 18 (9%), 52 (18%) 94 (43%), 36 (16%), 35 (33%) and 74 (19%) amino acid mutations respectively. However, they showed high conservation in active sites and structural motifs (98%), with few specific modifications. Of these, Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn and Txnip presented 0, 25, 18, three, six and two deleterious changes. This study provides a high quality blood transcriptome and functional annotation of loggerhead sea turtles.

De las cuatro especies de plasmodios capaces de infectar con malaria a los seres humanos, Plasmodium falciparum es el que reviste mayor importancia debido a la severidad en la variante de malaria que produce, mortal en la mayoría de los casos. Esta ha sido la razón fundamental por la cual el conocimiento acerca de la genómica y proteómica de esta especie sea mayor al que se tiene de las demás especies de plasmodios que infectan a los seres humanos. Por otra parte, Plasmodium vivax produce un tipo de malaria menos severa que casi nunca es mortal, pero se encuentra muy extendida a nivel mundial, este hecho hace que el conocimiento acerca de la proteómica y genómica de esta especie sea también de gran importancia. Se realizaron búsquedas de secuencias proteícas con actividad antigénica de P. falciparum, en la porción hasta ahora secuenciada del genoma de P. vivax, las cuales no habían sido descritas previamente en este último. Estas búsquedas fueron realizadas en su totalidad mediante técnicas y herramientas bioinformáticas, estableciendo diversos patrones de alineamiento, así como niveles de similitud no menores al 40%. A pesar de un riguroso enmascaramiento tanto de las secuencias protéicas de P. falciparum, como del genoma de P. vivax, en este último fue evidente una alta presencia de regiones repetitivas que no fueron enmascaradas por ninguna de las fuentes de ADN repetitivo presente en la base de datos de REPBASE, lo cual lleva a pensar que dichas regiones pueden ser específicas de este tipo de organismos. Finalmente se encontraron coincidencias entre 76 secuencias proteicas con actividad antigénica de P. falciparum y el genoma hasta ahora secuenciado de P. vivax, que cumplían con los requisitos mínimos para establecer los niveles de coincidencia, entre las cuales se determinó que cuatro constituyen importantes candidatos a una vacuna contra la malaria producida por P. vivax.