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Objetivo: analizar la filogenia de la secuencia parcial de la glicoproteína de la envoltura E2 del virus Mayaro de aislamientos virales de 7 muestras serológicas de pacientes de regiones: Madre de Dios, San Martin y Loreto; detectados por el Laboratorio de Referencia Nacional de Metaxenicas Virales. Métodos: se realizó un estudio descriptivo, analizando la secuencia parcial de la glicoproteína de la proteína E2 de envoltura, para lo cual se aisló el virus en células vero CCL-81, obteniéndose la cepa viral de 7 muestras de suero de pacientes provenientes de las regiones Madre de Dios, San Martin, y Loreto, para luego proceder a extraer el ARN por medio del Kit QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN), siguiendo las indicaciones del fabricante. Para la identificación de los genotipos virales, se utilizó RTPCR convencional para la amplificación de la región E2/ E3 del genoma del MAYV mediante el uso de los primers MayF1 (5'CTTCCCATGTTTCCAACCGAG 3') y MayB2 (5' GCCAGGATAAAGTGTCCCATTGTG 3'), estos amplificados posteriormente fueron secuenciados. El análisis de las secuencias de nucleótidos obtenidas, se realizó utilizando el programa Chromas Lite version 2.1 (2012, Technelysium Pty Ltd, South Brisbane, Queensland, Australia). Y para el ensamblaje se utilizó el programa MEGA 6.06, hasta llegar a una secuencia consenso. Resultados: las 7 secuencias del MAYV procedentes de Madre de Dios, San Martin y Loreto durante el año 2017 se agrupan dentro del genotipo D. Seis secuencias de este estudio mostraron estrecha relación con secuencias de MAYV encontrado en Bolivia del año 2006 y Loreto-Yurimaguas 2011. Una secuencia de Madre de Dios a diferencia de las otras secuencias en estudio mostro mayor afinidad con secuencias de MAYV de Bolivia del año 2002 y Venezuela 2010. Conclusiones: en todos los casos se conserva estrecha relación con secuencias de MAYV encontrado en Bolivia. Lo cual sugiere la continua dispersión de MAYV entre Bolivia y el Perú. Nuestros resultados evidencian la necesidad de establecer un sistema de vigilancia genética. Se requiere más estudios de epidemiologia molecular para comprender mejor la dispersión de esta infección. [ABSTRACT FROM AUTHOR]