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16 results on '"Barres, Benoît"'

6. Trends and challenges in pesticide resistance detection

Author

R4P (Reflection and Research on Resistance to Pesticides), ., Barres, Benoît, Corio-Costet, Marie-France, Debieu, Danièle, Délye, Christophe, Fillinger-David, Sabine, Grosman, Jacques, Micoud, Annie, Siegwart, Myriam, Walker, Anne-Sophie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt Auvergne (DRAAF Auvergne), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) ( UMR SAVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt Auvergne ( DRAAF Auvergne ), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles ( PSH ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )

Subjects
0301 basic medicine, Insecticides, Pesticide resistance, Insecta, Genotyping Techniques, Emerging technologies, diagnosis, échange, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant Science, Biology, Insecticide Resistance, maladie, 03 medical and health sciences, vitis vinifera, Animals, Pesticides, bioassays, gestion intégrée des ravageurs, pesticide, Enzyme Assays, Mites, Resistance (ecology), [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Herbicides, pest and control product, indicator, système de production, exchange, food and beverages, biochemical assays, weed control methods, Pesticide, quantification, bioessai, produit phytosanitaire, molecular detection, 030104 developmental biology, Economic advantage, Risk analysis (engineering), méthode de lutte, integrated disease management, Biological Assay, pathology, indicateur, Herbicide Resistance
Abstract

Pesticide resistance is a crucial factor to be considered when developing strategies for the minimal use of pesticides while maintaining pesticide efficacy. This goal requires monitoring the emergence and development of resistance to pesticides in crop pests. To this end, various methods for resistance diagnosis have been developed for different groups of pests. This review provides an overview of biological, biochemical, and molecular methods that are currently used to detect and quantify pesticide resistance. The agronomic, technical, and economic advantages and drawbacks of each method are considered. Emerging technologies are also described, with their associated challenges and their potential for the detection of resistance mechanisms likely to be selected by current and future plant protection methods.

Published
2016
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7. A real-time evolution experiment with oak and powdery mildew

Author

Barres, Benoît, Bodénès, Catherine, Burban, Christian, Dutech, Christian Cyril, Fievet, Virgil, Garnier‐Géré, Pauline, Lepoittevin, Camille, Saint-Jean, Gilles, Desprez Loustau, Marie Laure, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

8. Identifying the genetic bases of natural variation in resistance to powdery mildew in a Quercus robur population

Author

Barres, Benoît, Garnier‐Géré, Pauline, Bodénès, Catherine, Burban, Christian, Chancerel, Emilie, Fabreguettes, Olivier, Lepoittevin, Camille, Plomion, Christophe, Robin, Cécile, Saint-Jean, Gilles, Desprez Loustau, Marie Laure, ProdInra, Migration, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), and Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202).

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2012

9. Disentangling the genetic origins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiology approach

Author

Xhaard, Constance, Barres, Benoît, Andrieux, Axelle, Bousset, Lydia, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
Genotype, rouille du peuplier, épidémiologie moléculaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], biological invasions, flux de gènes, emerging diseases, Models, Biological, landscape epidemiology, pcr, alpes françaises, test génétique, Plant Diseases, Molecular Epidemiology, poplar rust fungus, Virulence, Basidiomycota, gene flow, Melampsora larici-populina, maladie émergente, Bayes Theorem, analyse bayésienne, Populus, extraction d'adn, invasion biologique, France, génotype, Microsatellite Repeats
Abstract

International audience; The advent of molecular epidemiology has greatly improved our ability to identify the population sources and track the pathogen movement. Yet the wide spatial and temporal scales usually considered are useful only to infer historical migration pathways. In this study, Bayesian genetic assignments and a landscape epidemiology approach were combined to unravel genetic origin and annual spread during a single epidemic of a plant pathogen: the poplar rust fungus [i]Melampsora larici-populina[/i]. The study focused on a particular area—the Durance River valley—which enabled inoculum sources to be identified and channelled spread of the epidemic along a one-dimensional corridor. Spatio-temporal monitoring of disease showed that the epidemic began in the upstream part of the valley and spread out downstream. Using genetic assignment tests, individuals collected at the end of the epidemic were sorted into two genetic groups; very few hybrids were detected, although individuals from both groups coexisted locally downstream in the valley. The epidemic originated from two genetically distinct inoculum sources. Individuals of each group then dispersed southwards along the Durance River and became mixed in poplar riparian stands. These two genetic groups were found previously at a wider spatial scale and proved to result from distinct evolutionary histories on either wild or cultivated poplars. This study showed that the two groups can mix during an epidemic but do not hybridize because they then reproduce asexually. In general, the methods employed here could be useful for elucidating the genetic origin and retracing the colonization history and migration pathways of recent epidemics.

Published
2012
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10. The chestnut blight fungus world tour: successive introduction events from diverse origins in an invasive plant fungal pathogen

Author

Dutech, Christian Cyril, Barres, Benoît, Bridier, J., Robin, Cécile, Milgroom, M.G., Ravignés, V., Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Plant Pathology and Plant-Microbe Biology, Cornell University [New York], and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
Phylogénie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Analyse en composantes (statist), Évolution, biological invasion, Cryphonectria, Génétique des populations, Marqueur génétique, Castanea crenata, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Reproduction, Provenance, Cryphonectria parasitica, Génotype, approximate Bayesian computation analysis, Bioinformatique, Variation génétique, H20 - Maladies des plantes, Méthode statistique, Castanea sativa, fungi, Microsatellite, Castanea dentata, Castanea mollissima, mode of reproduction, multiple introductions, genetic admixture, Espèce envahissante
Abstract

International audience; Clonal expansion has been observed in several invasive fungal plant pathogens colonizing new areas, raising the question of the origin of clonal lineages. Using microsatellite markers, we retraced the evolutionary history of introduction of the chestnut blight fungus, Cryphonectria parasitica, in North America and western Europe. Combining discriminant analysis of principal components and approximate Bayesian computation analysis, we showed that several introduction events from genetically differentiated source populations have occurred in both invaded areas. In addition, a low signal of genetic recombination among different source populations was suggested in North America. Finally, two genetic lineages were present in both invaded areas as well as in the native areas, suggesting the existence of genetic lineages with a high capacity to establish in diverse environments and host species. This study confirmed the importance of multiple introductions, but questioned the role of genetic admixture in the success of introduction of a fungal plant pathogen.

Published
2012
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11. The genetic structure of the plant pathogenic fungus Melampsora larici-populina on its wild host is extensively impacted by host domestication

Author

Xhaard, Constance, Fabre, Bénédicte, Andrieux, Axelle, Gladieux, P., Barres, Benoît, Frey, Pascal, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie Systématique et Evolution (ESE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), French Ministry of Education and Research (MESR), INRA, Agence Nationale de la Recherche [ANR 07-BDIV-003], French Ministry for Agriculture and Fisheries [142, 27], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)

Subjects
clustering analysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], dispersion spatiale, fungi, rust fungus, disease spread, flux de gènes, food and beverages, selection, demographic history, gene flow, champignon pathogène, populus, gène de résistance, plante cultivée, plante sauvage, dynamique de la maladie, structure génétique, melampsora larici populina, marqueur microsatellite, pcr, extraction d'adn, génotype
Abstract

Wild and cultivated plants represent very different habitats for pathogens, especially when cultivated plants bear qualitative resistance genes. Here, we investigated to what extent the population genetic structure of a plant pathogenic fungus collected on its wild host can be impacted by the deployment of resistant cultivars. We studied one of the main poplar diseases, poplar rust, caused by the fungus Melampsora larici-populina. A thousand and fifty individuals sampled from several locations in France were pheno-typed for their virulence profile (ability to infect or not the most deployed resistant cultivar 'Beaupre'), and a subset of these was genotyped using 25 microsatellite markers. Bayesian assignment tests on genetic data clustered the 476 genotyped individuals into three genetic groups. Group 1 gathered most virulent individuals and displayed evidence for selection and drastic demographic changes resulting from breakdown of the poplar cultivar 'Beaupre'. Group 2 comprised individuals corresponding to ancestral populations of M. larici-populina naturally occurring in the native range. Group 3 displayed the hallmarks of strict asexual reproduction, which has never previously been demonstrated in this species. We discuss how poplar cultivation has influenced the spatial and genetic structure of this plant pathogenic fungus, and has led to the spread of virulence alleles (gene swamping) in M. larici-populina populations evolving on the wild host.

Published
2011
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12. INTERPOPGER Interactions entre peupleraies naturelles et cultivées et pressions évolutives liées à leurs modes de gestion. Bilan scientifique 2005‐2008

Author

Bastien, Catherine, Almeida Falcon, Jose-Luis, Chenault, Nicolas, Dowkiw, Arnaud, Guérin, Vanina, Jorge, Véronique, Juteau, Mary, Poursat, Patrick, Valade, Romain, Villar, Marc, Frey, Pascal, Barres, Benoît, Xhaard, Constance, Fabre, Bénédicte, Halkett, Fabien, Duplessis, Sébastien, Rinaldi, Cécile, Kohler, Annegret, Petre, Benjamin, Tisserant, Emilie, Delaruelle, Christine, Martin, Francis, Faivre-Rampant, Patricia, Bresson, Alois, Paolucci, Isabella, Plomion, Christophe, Lalanne, Céline, Klein, Etienne K., Allard, Denis, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), and Commanditaire : Projet financé dans le cadre du programme ECOGER

Subjects
PEUPLIER ORNEMENTAL, [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, INTERACTION PEUPLIER-ROUILLE, PEUPLIER, PEUPLERAIE, INTROGRESSSION, [INFO]Computer Science [cs], PEUPLERAIE ARTIFICIELLE, [MATH]Mathematics [math]
Published
2008

13. INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster

Author

Jorge, Véronique, Dowkiw, Arnaud, Juteau, Mary, Guérin, Vanina, Poursat, Patrick, Villar, Marc, Bastien, Catherine, Frey, Pascal, Pinon, Jean, Duplessis, Sébastien, Kholer, Annegret, Barres, Benoît, Rinaldi, Cecile, Martin, Francis, Faivre-Rampant, Patricia, Bresson, Alois, Plomion, Christophe, Lalanne, Céline, Klein, Etienne K., Allard, Denis, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)

Subjects
résistance aux maladies, arbre forestier, Vegetal Biology, flux de gènes, champignon phytopathogène, ressource génétique, espèce sauvage, système d'information géographique, feuillu, diversité génétique, dynamique spatiotemporelle, hybridation interspécifique, MELAMPSORA LARICI-POPULINA, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, marqueur moléculaire, france, Biologie végétale, populus nigra, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Diffusion du document : public; International audience

Published
2006

14. Etude de la structuration génétique de populations de Melampsora larici-populina, agent de la rouille du peuplier, à différentes échelles spatiales

Author

Barres, Benoît, ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Université Henri Poincaré (Nancy 1), and Jean Pinon

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], ECHELLE SPATIALE, BANQUE ENRICHIE, STRUCTURE GENETIQUE, DISPERSION, [SDV]Life Sciences [q-bio], DISTANCE, MICROSATELLITE, PEUPLIER, POLYMORPHISME, GENETIQUE DES POPULATIONS, MELAMPSORA LARICI POPULINA
Abstract

Diplôme : Ph. D.; L'agent de la rouille du peuplier, Melampsora larici-populina, est l'agent pathogène qui pose le plus de problèmes phytosanitaires dans la populiculture européenne depuis ces 25 dernières années. L'étude directe de caractéristiques biologiques, tels que la distance de dispersion ou l'importance relative de la reproduction sexuée et asexuée, est souvent complexe chez ce type de champignons phytopathogènes. L'apport de l'étude de marqueurs moléculaires peut donc se révéler essentiel dans l'estimation de tels paramètres. Quinze marqueurs microsatellites ont été développés afin de réaliser des études de génétique des populations de M. larici-populina à différentes échelles spatiales. L'étude à l'échelle fine (feuille, rameau, arbre, site) de la diversité a révélé un fort polymorphisme génotypique ainsi qu'une structuration significative au niveau site et au niveau arbre. A une échelle régionale, l'étude de populations de M. larici-populina dans le corridor de la vallée de la Durance a permis de montrer la co-occurrence de deux épidémies, dans le compartiment sauvage et dans le compartiment cultivé. De plus, des échanges du compartiment cultivé vers le compartiment sauvage ont été mis en évidence. La capacité de migration de M. larici-populina à longue distance a été évaluée en étudiant huit populations du continent européen et deux populations récemment fondées en Islande et au Canada. Un isolement par la distance entre les populations européennes a été mis en évidence, tandis que les populations non-européennes semblent avoir été fondées par une dispersion à longue distance d'un faible nombre d'individus.

Published
2006

15. Clonalité et diversité génétique hiérarchique de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier

Author

Barres, Benoît, Andrieux, Axelle, Dutech, Christian Cyril, Pinon, Jean, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], MELAMPSORA LARICI-POPULINA, PEUPLIER, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2006

16. Développement de marqueurs microsatellites chez Melampsora larici-populina

Author

BARRES, Benoît, DUTECH, Christian Cyril, ANDRIEUX, Axelle, PINON, Jean, FREY, Pascal, ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Biodiversité, Gènes et Ecosystèmes (BioGeCo), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1

Subjects
marqueurs microsatellites, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Melampsora larici populina
Abstract

National audience; La rouille foliaire, causée par Melampsora larici-populina, est actuellement la maladie la plus préoccupante pour la populiculture européenne. En effet, la plantation sur de grandes superficies d'un très faible nombre de cultivars à résistance race-spécifique a conduit à une adaptation très rapide des populations de M. larici-populina par contournements successifs des gènes de résistance déployés. La structure génétique des populations de M. larici-populina a déjà été étudiée à l'aide de marqueurs sélectionnés (facteurs de virulence) et de marqueurs neutres dominants (RAPD). Le stade urédien de M. larici-populina, qui correspond à la phase épidémique sur peuplier, étant dicaryotique, l'utilisation de marqueurs codominants pour l'analyse génétique de ces populations s'avère plus pertinente. C'est pourquoi, nous avons entrepris le développement de marqueurs microsatellites chez ce champignon. Des banques d'ADN enrichies en motifs di-nucléotidiques ont été obtenues par deux techniques : hybridation sur membranes et sur billes magnétiques. Après clonage et séquençage, nous avons défini des couples d'amorces spécifiques des loci microsatellites. Le polymorphisme de ces loci a été testé sur un panel hiérarchisé (mondial, régional, local) de souches de M. laricipopulina. L'utilisation de ces marqueurs microsatellites nous permettra d'étudier la structure génétique de M. larici-populina, en particulier le rôle de la reproduction sexuée, les échanges entre compartiments cultivés et sauvages, et la migration intercontinentale.

Published
2004

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