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Poster apresentado no 20º Congresso Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, 5ª Reunião da rede de Serviços médico-legais de Língua Portuguesa, Coimbra, 2022 O Serviço de Genética e Biologia Forenses do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. da Delegação do Centro (SGBF-C) pretende implementar a metodologia de Next Generation Sequencing (NGS) aplicada a Short Tandem Repeats (STRs) autossómicos. Com esse propósito foi realizado um estudo para validação do painel Precision ID GlobalFilerTM NGS STR panel v2 da Applied Biosystems ThermoFisher Scientific. Esta tecnologia permite realizar a sequenciação de um elevado número de fragmentos de ADN por amostra, levando à determinação de um maior número de alelos por marcador genético, não detetáveis através da metodologia usualmente utilizada para STRs autossómicos no SGBF-C. Antes de realizar a implementação de uma nova metodologia na rotina de um laboratório acreditado é necessário testar e validar o novo método. Neste estudo foram selecionadas várias amostras de processos criminais e de processos de parentesco, previamente analisadas por Eletroforese Capilar (EC), pretendendo-se avaliar o potencial desta nova metodologia, nomeadamente através do aumento do poder de discriminação. Durante todo o procedimento foram seguidas as recomendações da casa comercial para a utilização deste painel, com recurso aos equipamentos HID Ion ChefTM e Ion S5TM System. Após a análise dos resultados com o ConvergeTM Software, e realizando uma comparação com os resultados previamente obtidos para EC, foi possível concluir que o painel de GlobalFiler para NGS traz algumas vantagens em relação ao kit GlobalFiler™ PCR Amplification para EC. No entanto, antes da sua implementação, deverão ser realizados mais alguns estudos complementares de validação. N/A

Poster apresentado no 20º Congresso Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, 5ª Reunião da rede de Serviços médico-legais de Língua Portuguesa, Coimbra, 2022 A identificação individual carece do estudo e caracterização de marcadores polimórficos presentes no ADN, sendo a análise de Short Tandem Repeats (STRs) a metodologia de eleição em Genética Forense. A introdução da técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction) revolucionou a área forense, dado que permite a obtenção de inúmeras cópias de ADN, através da amplificação de sequências específicas de interesse. O contínuo desenvolvimento científico e o aparecimento de novas metodologias, compele à atualização dos procedimentos laboratoriais implementados, de forma a rentabilizá-los e torná-los mais eficientes. No entanto, a implementação de uma metodologia, num laboratório acreditado, requer uma validação interna que compreende uma análise extensiva a fim de confirmar a sua adequabilidade. A avaliação direta por comparação com métodos desenvolvidos constitui uma fase crucial deste processo. O kit Investigator® 26plex QS, da QIAGEN, assenta numa reação de PCR multiplex, através da amplificação simultânea de 24 STRs, 2 Sensores de Qualidade e Amelogenina. Os Sensores de Qualidade inclusos neste kit de amplificação permitem inferir sobre a qualidade da amostra e o sucesso da reação de PCR, alertando, igualmente, para a presença de inibidores. Com o objetivo de avaliar o kit Investigator® 26plex QS, nomeadamente por comparação direta com as metodologias já implementadas e validadas no SGBF-C, o GlobalFiler™ PCR Amplification Kit e o PowerPlex® Fusion 6C System, foram selecionadas 24 amostras para amplificação (PE-SGBF-C-001 Rev09, Determinação de perfil genético de ADN por PCR/eletroforese capilar a partir de amostras de referência de sangue e saliva – procedimento interno do SGBF-C). A eletroforese capilar realizou-se no sequenciador automático ABI PRISM® 3500 Genetic Analyzer, seguindo-se a análise dos eletroferogramas através do software GeneMapper™ ID-X 1.6. Neste estudo foi possível constatar que os perfis genéticos obtidos com o kit Investigator® 26plex QS são concordantes com os perfis resultantes da análise através das metodologias supramencionadas. Adicionalmente, os dados preliminares deste trabalho evidenciam o potencial deste kit de amplificação e sugerem tratar-se de uma metodologia robusta de análise. Sendo, não obstante, imprescindível a realização de estudos complementares de validação. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

The presence of a bridge foundation leads to the formation of a scour hole, from which entrainment and transport of sediments are controlled by the turbulent structures therein developed. Hence, once formed, these scour holes interfere significantly with the scouring process in several ways, for instance, by modifying the incoming flow patterns. Therefore, a three-dimensional survey of the scour hole and the characterization of the deposition features is essential for prevention and safety control purposes. To investigate this, scouring experiments around two oblong bridge piers were performed in a tilting flume of the Portuguese National Laboratory of Civil Engineering (LNEC), under live bed flow conditions. A comprehensive characterization of laboratory scour holes was performed using two advanced image-based measuring techniques, namely close-range photogrammetry and the Kinect V2 sensor. The produced 3D bed morphology models provided detailed measurements, with significant accuracy, with quite similar results between the characterization approaches. A database for calibration and validation of numerical models is thus provided.

Tese de mestrado, Geologia do Ambiente (Riscos Geológicos e Ordenamento do Território), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2011-07-21T15:29:19Z No. of bitstreams: 2 ulfc095337_tm_Ana_Margarida_Bento.pdf: 22550115 bytes, checksum: 1a4ffa3dfa8711c83a24c737dbd1af24 (MD5) Dados da Tese_Ana_Bento.pdf: 90286 bytes, checksum: 2dc5ebd36c8df2514132031febb5d87e (MD5) Made available in DSpace on 2011-07-21T15:29:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 ulfc095337_tm_Ana_Margarida_Bento.pdf: 22550115 bytes, checksum: 1a4ffa3dfa8711c83a24c737dbd1af24 (MD5) Dados da Tese_Ana_Bento.pdf: 90286 bytes, checksum: 2dc5ebd36c8df2514132031febb5d87e (MD5) Previous issue date: 2009

Num ambiente perfeito o ADN pode ser extraído de qualquer material biológico, como cabelo, saliva, sangue e até osso. Um desastre em massa, quer seja natural, quer artificial, apresenta condições adversas que podem levar a uma extensa carbonização, fragmentação e putrefação tornando difícil a obtenção de um bom perfil de ADN, sendo muitas vezes os tecidos duros, ossos e dentes, os únicos viáveis para a extração. Os ossos e dentes possuem biologicamente quantidades de ADN menores, e logo, os métodos de extração têm que ser escolhidos de modo a recuperar o máximo de material genético possível. Foram analisadas 11 amostras vestígio ósseas provenientes do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses em Coimbra, através da extração do seu material genético com o kit PrepFiler Express BTA™ Forensic DNA Extraction no robot AutoMate Express™ Forensic DNA Extraction System, que utiliza partículas magnéticas. Após a extração, procedeu-se à quantificação, amplificação e separação eletroforética, para obtenção de resultados da análise genética. O kit PowerPlex® Fusion 6C System devido à combinação de marcadores muito informativos, tal como o kit GlobalFiler™ PCR Amplification, é recomendado para amostras degradadas, com pouco material ou até misturas, sendo utilizados neste estudo para análise dos produtos de extração. O objetivo centrou-se na comparação dos métodos com diferentes volumes de eluição, 20μl e 50μl, avaliando os níveis de recuperação de ADN e a qualidade dos perfis obtidos. Este método mostrou-se muito útil para amostras difíceis com baixos níveis de ADN e elevada degradação, conseguindo aumentar a concentração de ADN recuperado e obter perfis com maior qualidade comparativamente ao protocolo em uso, aumentando a eficiência de análise que é importante em casos de identificação de vítimas de desastre (DVI). In a perfect environment DNA can be extracted from any biological material, as hair, saliva, blood and even bone. A mass disaster, natural or artificial, presents adverse conditions that can lead to extensive carbonization, fragmentation, and putrefaction making it difficult to obtain a good DNA profile, and often the hard tissues, bones and teeth are the only feasible for extraction. Bones and teeth have biologically smaller amounts of DNA, so the extraction methods have to be chosen in order to recover as much genetic material as possible. Eleven bone traces samples from the National Institute of Forensic Medicine and Forensic Sciences in Coimbra were analyzed by extracting their genetic material with the PrepFiler Express BTA™ Forensic DNA Extraction kit in the AutoMate Express ™ Forensic DNA Extraction System, which uses magnetic particles. After extraction, electrophoretic quantification, amplification and separation were performed to obtain genetic analysis results. The PowerPlex® Fusion 6C System kit due to the combination of very informative markers, such as the GlobalFiler ™ PCR Amplification kit, is recommended for degraded samples, with little material or even mixtures, and is used in this study to analyze the extraction products. The objective was to compare the methods with different volumes of elution, 20μl and 50μl, evaluating the levels of DNA recovery and the quality of the profiles obtained. This method proved to be very useful for difficult samples with low levels of DNA and high degradation, being able to increase the concentration of recovered DNA and obtain profiles with higher quality compared to the protocol in use, increasing the efficiency of analysis that is important in cases of disaster victim identification (DVI). Mestrado em Biologia Molecular e Celular