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Estuaries are unique coastal ecosystems that sustain and provide essential ecological services for mankind. Estuarine ecosystems include a variety of habitats with their own sediment-fauna dynamics, all of them globally undergoing alteration or threatened by human activities. Mangrove forests, saltmarshes, tidal flats and other confined estuarine systems are under increasing stress due to human activities leading to habitat and species loss. Combined changes in estuarine hydromorphology and in climate pose severe threats to estuarine ecosystems on a global scale. The ReBentos network is the first integrated attempt in Brazil to monitor estuarine changes in the long term to detect and assess the effects of global warming. This paper is an initial effort of ReBentos to review current knowledge on benthic estuarine ecology in Brazil. We herein present and synthesize all published work on Brazilian estuaries that has focused on the description of benthic communities and related ecological processes. We then use current data on Brazilian estuaries and present recommendations for future studies to address climate change effects, suggesting trends for possible future research and stressing the need for long-term datasets and international partnerships. Resumo Estuários são ecossistemas costeiros que sustentam uma ampla variedade de serviços ambientais para a humanidade. Estuários abrigam muitos ambientes bentônicos com características específicas e seriamente ameaçados globalmente. Manguezais, marismas e planícies de maré são amplamente impactados por poluentes domésticos e industriais, por atividades comerciais que levam à perda de habitat e pela sobrepesca. Os diversos impactos locais, associados a mudanças regionais e globais na hidromorfologia estuarina e potenciais efeitos de mudanças climáticas, colocam sérias ameaças a ecossistemas estuarinos. A rede Bentos foi criada para estudar o efeito de mudanças no clima em ecossistemas bentônicos costeiros brasileiros. Este trabalho faz parte dos esforços iniciais do Grupo de Trabalho Estuários em rever o conhecimento sobre comunidades bentônicas estuarinas no Brasil. Aqui apresentamos uma breve revisão crítica sobre os trabalhos realizados objetivando o estudo, em nível de comunidades, do bentos estuarino e processos ecológicos associados. A partir do cenário atual, realizamos recomendações de estudo para responder questões científicas sobre efeitos de mudanças climáticas em comunidades bentônicas estuarinas, e enfatizamos a necessidade de bases de dados contínuas e de longa duração e o estabelecimento de parcerias internacionais com foco específico nos estuários brasileiros.