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Resumo: Ilhas costeiras abrigam comunidades biológicas diversas e grande riqueza de espécies. Os habitats subtidais das ilhas da costa sul do Brasil foram insuficientemente estudados, principalmente em relação às comunidades bênticas sésseis. A maior parte dos estudos centrou em inventários da fauna e flora. O objetivo deste trabalho é contribuir para o conhecimento da biodiversidade marinha do Estado de Santa Catarina, descrever a estrutura espacial e composição quali-quantitativa das comunidades sésseis e analisar a conectividade genética entre as ilhas. Através de mergulho autônomo, em profundidades entre 6 e 15 metros, métodos não-destrutivos baseados em fotografia digital foram aplicados para o estudo ecológico. Espécimens foram coletados para a taxonomia e biologia molecular. Cento e onze táxons foram identificados na área de estudo, dos quais cinquenta e sete são novos registros. As análises ecológicas detectaram diferenças em relação à cobertura bêntica entre as ilhas do norte (Galés, Arvoredo e Deserta) e as do sul (Campeche e Arquipélago de Moleques do Sul). Na análise de espécies indicadoras Porifera foi indicador de formação do grupo das ilhas do sul, e Anthozoa, do grupo de ilhas ao norte. Grupos orfofuncionais e locais específicos são recomendados para um futuro e necessário programa de monitoramento na região. Os resultados das análises genéticas da ascídia Didemnum granulatum Tokioka 1954 ugerem ausência de conectividade entre as ilhas, e dois morfotipos de cor submetidos à análise de divergência genética comprovaram fortes evidências da existência de subespécies. Os conhecimentos gerados são base para subsidiar planos gestores das ilhas da região, assim como o monitoramento das comunidades frente à compreensão de possíveis mudanças ambientais, garantindo a proteção à biodiversidade e ao atrimônio genético local.