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In 2024, the French NS-IBTS Q1 survey was conducted as part of the International Bottom Trawl Survey program carried out by main countries bordering the North Sea in order to assess abundance and stocks distribution, independently of commercial fisheries data. The first target of the NS-IBTS Q1 survey is to provide a diagnosis on the main commercial fish species by estimating their abundance per age. A standardized protocol is rigorously applied by all participants. The R/V Thalassa sampled the eastern part of the Channel and southern North Sea (until 55° N) from 20th January to 9th February 2024. During daily time, 50 hauls, lasting 30 minutes, have been carried out with a GOV bottom trawl. All collected species have been collected, determined and measured, 1916 otoliths (for age estimation) have been collected for 10 species, and 550 stomach (for trophic informations) have been collected for 4 species. This year, whiting (Merlangius merlangus) represented 60% of the total biomass caught followed by herring (Clupea harengus; 21%) and mackerel (Scomber scombrus; 9%). During the night, 89 MIK net have been deployed to calculate an index for herring, sardine and lemon sole larvae abundance. Within each station, a CTD sensor was deployed to record environmental parameters (e.g., temperature, salinity and oxygen) all along the water column, from surface to bottom. In order to study the whole marine ecosystem, some additional studies were carried out in the context of the Marine Strategy Framework Strategy and for various research projects.

Otolith shape is often used as a tool in fish stock identification. The goal of this study was to experimentally assess the influence of changing temperature and ontogenic evolution on the shape component of the European seabass (Dicentrarchus labrax) otolith during early-life stages. A total of 1079 individuals were reared in a water temperature of 16°C up to 232 days post hatch (dph). During this experiment, several specimens were transferred into tanks with a water temperature of 21°C to obtain at the end of this study four different temperature treatments, each with varying ratios between the number of days at 16 and 21°C. To evaluate the otolith morphogenesis, samples were examined at 43, 72, 86 and 100 dph. The evolution of normalized otolith shape from hatching up to 100 dph showed that there were two main successive changes. First, faster growth in the antero-posterior axis than in the dorso-ventral axis changed the circular-shaped otolith from that observed at hatching and, second, increasing the complexity relating to the area between the rostrum and the anti-rostrum. To test the effect of changing temperature, growing degree-day was used in three linear mixed-effect models. Otolith morphogenesis was positively correlated to growing degree-day, but was also dependent on temperature level. Otolith shape is influenced by environmental factors, particularly temperature, making it an efficient tool for fish stock identification.

Guide d'utilisation de l’interface web https://labcollector6.ifremer.fr/labsih/ dans le processus Obsbio ayant vocation à gérer la traçabilité des échantillons s’inscrivant dans l’objectif du projet SI MORSE (Marine ganisms and Ressources and Storage systEm) (https://w3z.ifremer.fr/morse/ ). De plus, le pôle de Sclérochronologie traite de manière minoritaire des échantillons dans le cadre de projets de recherche hors processus habituel avec des partenaires français et étrangers. Si les données ne peuvent être assimilables au processus Obsbio, ce guide aide à l'utilisation de l’interface pour bancariser ces données.

As part of the monitoring of commercial species targeted by fisheries in the outermost regions, Ifremer has developed the Accobiom project (ACquisition de COnnaissances sur les paramètres Biologiques des ressources marines exploitées en Outre-Mer) in order to improve knowledge of fish stocks in the overseas territories. In the future, once sufficient in quantitative and temporal terms, these data will make it possible to reconstitute life history traits on the scale of the total population (size-weight relationship, size-age relationship, ogive of sexual maturity, size and age of first sexual maturity, reproduction period) and to make a diagnosis of the stocks. Financed by the French Development Agency (AFD) and implemented by Ifremer between 2021 and 2022 in four overseas departments (Guadeloupe, Martinique, French Guiana and Reunion Island), this project involved the drafting of a sampling protocol and the associated data collection, the analysis of the biological data collected (size, weight, age, sex, sexual maturity phase) as well as methodological developments allowing the integration of these new data into the assessment models of the main fish stocks of the DOMs, identified under the Data Collection Framework (DCF) regulation (EU) n°2017/10041. This document is therefore the methodological guide concerning the acquisition, validation, logistics and banking of the associated data. It builds on several documents already produced in the context of other sampling (Badts & Bertrand, 2012; Elleboode, Badts, Telliez, et al., 2022; Elleboode, Telliez, Aumond, et al., 2022; Elleboode, Badts, Prigent, et al., 2022; Garren et al., 2019; Scientific, Technical and Economic Committee for Fisheries (STECF), 2020), Dans le cadre du suivi des espèces commerciales ciblées par la pêche dans les RUP (régions ultrapériphériques), l’Ifremer a élaboré le projet Accobiom (ACquisition de COnnaissances sur les paramètres Biologiques des ressources marines exploitées en Outre-Mer) afin de renforcer les connaissances sur les stocks halieutiques en Outre-mer. A l’avenir, une fois suffisantes en termes quantitatifs et temporels, ces données permettront de reconstituer les traits d’histoire de vie à l’échelle de la population totale (relation taille-poids, relation taille-âge, ogive de maturité sexuelle, taille et âge de première maturité sexuelle, période de reproduction) et de porter un diagnostic sur les stocks. Financé par l’Agence Française de Développement (AFD) et mis en œuvre par l’Ifremer entre 2021 et 2022 dans quatre départements d’Outre-Mer (DOM) (Guadeloupe, Martinique, Guyane et La Réunion), ce projet prévoyait la rédaction d’un protocole d’échantillonnage et la collecte de données associée, l’analyse des données biologiques collectées (tailles, poids, âge, sexe, phase de maturité sexuelle) ainsi que des développements méthodologiques permettant d’intégrer ces nouvelles données aux modèles d’évaluation des principaux stocks de poissons des DOM, identifiés au titre du règlement Data Collection Framework (DCF) (UE) n°2017/10041. Ce présent document est donc le guide méthodologique concernant l’acquisition, la validation, la logistique et la bancarisation des données associées. Il s’appuie sur plusieurs documents déjà réalisés dans le cadre d’autres échantillonnages (Badts & Bertrand, 2012; Elleboode, Badts, Telliez, et al., 2022; Elleboode, Telliez, Aumond, et al., 2022; Elleboode, Badts, Prigent, et al., 2022; Garren et al., 2019; Scientific, Technical and Economic Committee for Fisheries (STECF), 2020).

Based on the previous work from WKARHOM3 (ICES, 2018), the Working Group on Biological Parameters (ICES, 2020) identified the need for a new otolith exchange followed by an age read-ing Workshop. The Workshop on Age reading of Horse Mackerel, Mediterranean Horse Macke-rel and Blue Jack Mackerel (Trachurus trachurus, T. mediterraneus and T. picturatus) (WKAR-HOM4) had several main objectives; to review the current protocols of ageing Trachurus species, to update the advances in the validation of the ageing criteria (i.e. the annual deposition of one annulus, coherency of the interpretation), to evaluate the new precision of ageing data of Tra-churus species and to update guidelines, common ageing criteria and reference collections of otoliths. An online otolith exchange was performed using SmartDots during 2021 and 2022, and results including the three Trachurus species were published in advance of the meeting, showing a low Percentage of Agreement (PA) both when considering all the readers (44-55%) and the advanced readers only (52-54%) (Massaro and Jurado-Ruzafa, 2022). For T. trachurus the Coef-ficient of Variation (CV) was lower for the sliced samples (22-18%) than for whole otoliths sam-ples (44-38%). Readers participating in the exchange, following discussion during the WKAR-HOM4 meeting, agreed that the main cause of age determination error for T. trachurus was due to the different otolith preparation techniques (whole/sliced). These differences reflect the stunted growth and compactness of the annuli in older specimens (from the 4th-5th annuli on-wards). Anyway, for the three Trachurus species, there are several difficulties in age determina-tion: identification of the first growth annulus, presence of many false rings (mainly in the first and second annuli) and the interpretation and identification of the edge characteristics (opaque/translucent). The second reading exercise was performed during the workshop orga-nized in four different events (i.e. Trachuru

This document provides instructions to use the Otolith Analysis plugins for the Icy software.Plugins have been developed by Icy Services for the Laboratoire de Ressources Halieutiques de Boulogne (PDG-RBE-HMMN-LRHBL), IFREMER, Boulogne-sur-Mer. This is a Java plugin running on the bioimage analysis software Icy. This plugin is composed of three modules: pre-processing of mosaic images, otolith shape analysis and otolith texture analysis (semiautomatic detection of increments for ageing measurements)., Ce document fournit des instructions pour l'utilisation de plugins d'analyses des otolithes pour le logiciel Icy. Les plugins ont été développés par Icy Services pour le compte du Laboratoire de Ressources Halieutiques de Boulogne (PDG-RBE-HMMN-LRHBL), IFREMER, Boulogne-sur-Mer. Il s'agit d'un plugin Java plugin fonctionnant sur le logiciel d'analyse de bioimage Icy. Ce plugin est composé de trois modules : le prétraitement des images en mosaïque, l'analyse de la forme des otolithes et l'analyse de la texture des otolithes (de façon semi-automatique détection semi-automatique des incréments pour les mesures de vieillissement).

Ce guide présente les règles de prélèvement des pièces calcifiées ayant pour objectif d’obtenir la donnée d’âge par le pôle national de sclérochronologie de l’Ifremer de Boulogne sur Mer. Cette donnée d’âge répond aux objectifs inscrits au Plan de Travail National (PTN) (https://datacollection.jrc.ec.europa.eu/wp-np-ar & https://sih.ifremer.fr/Le-SIH/Appui-auxpolitiques- publiques/Plan-de-Travail-National-francais-et-rapports-annuels). Dans ce contexte, le type de pièce calcifiée sélectionnée pour chaque espèce est en concordance avec les consignes issues des protocoles de collecte et workshops, des groupes de travail internationaux (exemple pour le bar https://doi.org/10.17895/ices.pub.9556). La pièce calcifiée utilisée est majoritairement l'otolithe (Sagittae) à l'exception de certaines espèces

Ce guide présente les règles d’envoi de pièces calcifiées ayant pour objectif d’obtenir la donnée d’âge par le pôle national de sclérochronologie de l’Ifremer de Boulogne sur Mer. Cette donnée d’âge répond aux objectifs inscrits au Plan de Travail National (PTN) (https://datacollection.jrc.ec.europa.eu/wp-npar & https://sih.ifremer.fr/Le-SIH/Appui-aux-politiques-publiques/Plan-de-Travail- National-francais-et-rapports-annuels).

Ce guide présente les modes et règles de prélèvement puis d'envois des pièces calcifiées dans le cadre de réseaux d’observation coordonnés au niveau international, en particulier au sein du règlement européen sur la collecte des données halieutiques (DCF jusqu'en 2013 puis DCMAP, Data Collection Multi Annual Programme à partir de 2014). Ce guide a pour but de standardiser les prélèvements effectués à l'Ifremer. Il reprend et complète la synthèse française des procédures d'estimation d'âge (Mahé et al., 2009) et le manuel d'utilisation du fichier : "Parametres biologiques v8.xls" (Mahé et al., 2007). Les procédures décrites dans ce guide sont conformes aux référentiels de la base Harmonie de l'Ifremer. Pour toutes remarques sur ce document, merci d'envoyer un mail à romain.elleboode@ifremer.fr en précisant dans l'objet " Guide de prélèvements des pièces calcifiées ".

Otolith shape is an efficient tool for fish stock discrimination. Therefore, it is crucial to identify the environmental parameters that could influence otolith morphogenesis and growth. Current global ocean warming negatively affects the production of polyunsaturated fatty acids (EPA and DHA) by phytoplankton and thus their availability in marine food webs. As EPA and DHA are essential nutrients for most fish species, their deficiency could affect many aspects of fish physiology, notably otolith morphogenesis. The goal of this study was to assess experimentally the combined influences of temperature (T) and dietary polyunsaturated fatty acid (PUFA) content on European seabass (Dicentrarchus labrax) otolith morphogenesis during early life stages. 300 individuals were reared from 94 to 200 days post hatch (dph) at 15 or 20 °C and fed a high (1.65% PUFA) or low (0.73% PUFA) nutrient diet. To analyze the temperature effect, Growing Degree Days (GDD) were used. Otolith morphometric measurements, shape factors and normalized Elliptical Fourier coefficients describing outline shape were extracted using image analysis. The directional asymmetry (DA) between left and right otolith shapes was not significantly correlated to the GDD or food nutrient level. The effects of T and PUFA on otolith shape were estimated using four linear mixed effects models and, for all descriptors of otolith outline, the best model included GDD, PUFA and T and their interaction as predictors. This temperature effect was described by GDD value and the interaction between GDD and T. Consequently, temperature has an effect on the speed but also on the morphogenesis trajectory of the otolith. Conversely, the concentration of PUFA in the diet had no significant effect on otolith shape. The otolith shape was first modified by a decrease in the width/length ratio during the first period of experiment and by the distance between rostrum and antirostrum during the second period of experiment. Our results i

Cet atelier 2018 a été mis en place pour intercalibrer les estimations d'âge des anchois et des sardines en Atlantique entre Erwan Duhamel qui est le lecteur de ces espèces du golfe de Gascogne et Célina Chantre et Geoffrey Bled Defruit du pôle national de Sclérochronologie du laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne sur mer qui vont commencer à estimer l'âge de ces petits pélagiques dans le golfe de Gascogne. L'objectif est d'abord de calibrer les estimations d’âge pour ces 2 espèces de petits pélagiques dans le golfe de Gascogne et de revoir les moyens pour réaliser les images en mer lors de la campagne Pelgas et à terre en laboratoire. Cette intercalibration est basée sur la lecture d’images : 136 otolithes d'anchois et 140 otolithes de sardine par 3 lecteurs. Cet atelier a permis de calibrer les lectures entre Erwan Duhamel (lecteur d'anchois et de sardines du golfe de Gascogne) et Geoffrey Bled Defruit et Célina Chantre (lecteurs du pôle de Sclérochronologie). Les discussions ont permis d'identifier les problèmes d'estimation d'âge et de corriger les écarts entre lecteurs. En comparant les résultats des 3 lecteurs à partir des images de sardines, la précision a fortement augmentée entre la première lecture lors de l’échange et la deuxième lecture lors du workshop passant d’un pourcentage d’agrément de 71.7% à 89% et un CV de 36% à 9%. Ceci se traduit par des estimations d’âge pour la sardine réalisées par Erwan et Geoffrey sans biais dû au lecteur. En ce qui concerne l’anchois, les résultats des lectures dès la première lecture lors de l’échange ne montrent pas de différences significatives entre lecteurs avec un pourcentage d'agrément total de 83.5% et un coefficient de variation de 16.9%. Ainsi, il n’y a pas de biais entre les 3 lectures. Ce rapport d'atelier se veut être un support pour l'interprétation des otolithes de ces deux espèces.