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8 results on '"Bolze, Raphaël"'

1. A Monitoring and Visualization Tool and Its Application for a Network Enabled Server Platform

Author

Bolze, Raphael, Caron, Eddy, Desprez, Frederic, Hoesch, Georg, Pontvieux, Cyril, Hutchison, David, editor, Kanade, Takeo, editor, Kittler, Josef, editor, Kleinberg, Jon M., editor, Mattern, Friedemann, editor, Mitchell, John C., editor, Naor, Moni, editor, Nierstrasz, Oscar, editor, Pandu Rangan, C., editor, Steffen, Bernhard, editor, Sudan, Madhu, editor, Terzopoulos, Demetri, editor, Tygar, Dough, editor, Vardi, Moshe Y., editor, Weikum, Gerhard, editor, Gavrilova, Marina L., editor, Gervasi, Osvaldo, editor, Kumar, Vipin, editor, Tan, C. J. Kenneth, editor, Taniar, David, editor, Laganá, Antonio, editor, Mun, Youngsong, editor, and Choo, Hyunseung, editor

Published
2006
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4. Tunable scheduling in a GridRPC framework

Author

Amar, Abdelkader, Bolze, Raphaël, Caniou, Yves, Caron, Eddy, Chis, Andreea, Desprez, Frédéric, Depardon, Benjamin, Gay, Jean-Sébastien, Le Mahec, Gaël, Loureiro, David, Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Scheduling for Distributed Heterogeneous Platforms (GRAAL), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Architectures of networks of services (ARES), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CITI Centre of Innovation in Telecommunications and Integration of services (CITI), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), SysFera [Villeurbanne], Modélisation, Information et Systèmes - UR UPJV 4290 (MIS), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), ANR-05-CIGC-0011,LEGO,League for Efficient Grid Operations(2005), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
020203 distributed computing, 0303 health sciences, Grid Computing, Scheduling, Computer Networks and Communications, Middleware Deployment, 02 engineering and technology, DIET, Computer Science Applications, Theoretical Computer Science, 03 medical and health sciences, Computational Theory and Mathematics, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], GridRPC, Software, Workflow Management, 030304 developmental biology
Abstract

International audience; Among existing grid middleware approaches, one simple, powerful, and flexible approach consists of using servers available in different administrative domains through the classic client-server or Remote Procedure Call (RPC) paradigm. Network Enabled Servers (NES) implement this model also called GridRPC. Clients submit computation requests to a scheduler whose goal is to find a server available on the grid using some performance metric. The aim of this paper is to give an overview of a NES middleware developed in the GRAAL team called DIET and to describe recent developments around plugin schedulers, workflow management, and tools. DIET (Distributed Interactive Engineering Toolbox) is a hierarchical set of components used for the development of applications based on computational servers on the grid.

Published
2008
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5. A Volunteer Computing Platform Experience for Neuromuscular Diseases Problems

Author

Bard, Nicolas, Bertis, Viktors, Bolze, Raphaël, Desprez, Frédéric, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IBM Systems & Technology Group [Austin], IBM, Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cerin, C. and Fedak, G., Décrypthon, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
[INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

6. Décrypthon Grid - Grid Resources Dedicated to Neuromuscular Disorders

Author

Bard, Nicolas, Bolze, Raphaël, Caron, Eddy, Desprez, Frédéric, Heymann, Michael, Friedrich, Anne, Moulinier, Luc, Nguyen, Hoan-Ngoc, Olivier, Poch, Toursel, Thierry, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Scheduling for Distributed Heterogeneous Platforms (GRAAL), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interuniversitaire des Systèmes Atmosphériques (LISA (UMR_7583)), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)

Subjects
[INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract

International audience; Thanks to the availability of computational grids and their middleware, a seamless access to computation and storage resources is provided to application developers and scientists. The Décrypthon project is one example of such a high performance platform. In this paper, we present the architecture of the platform, the middleware developed to facilitate access to several servers deployed in France, and the data center for integrating large biological datasets over multiple sites, supported by a new query language and integration of various tools. The SM2PH project represents an example of a biological application that exploits the capacities of the Décrypthon grid. The goal of SM2PH is a better understanding of mutations involved in human monogenic diseases, their impact on the 3D structure of the protein and the subsequent consequences for the pathological phenotypes.

Published
2010
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7. Analysis and deployment of algorithm and software solutions forlarge scale bioinformatic applications into computing grid

Author

Bolze, Raphaël, Algorithms and Scheduling for Distributed Heterogeneous Platforms (GRAAL), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, Frédéric Desprez(frederic.desprez@ens-lyon.fr), GRAAL, Décrypthon, and Grid'5000

Subjects
intergiciel de grille, [INFO.INFO-NI]Computer Science [cs]/Networking and Internet Architecture [cs.NI], grid middleware, étude compartive de grilles, calcul sur grille de volontaire, comparative grids study, bioinformatics, multi-workflow scheduling, ordonnancement multi-workflow, Décrypthon, volunteer computing, bioinformatique, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract

This thesis was conducted by the needs of the Decrypthon project (collaborative project between AFM, CNRS and IBM). First we show the role of architect played in order to select and define the Decrypthon grid infrastructure. The resources of this grid are hosted by five Universities (Bordeaux I, Lille I, ENS-Lyon, Pierre et Marie Curie Paris VI et Orsay). The network connexion is provided by RENATER (Réseau National de Télécommunications pour l'Enseignement et la Recherche). The CRIHAN ( Centre de ressources Informatiques de Hautes Normandie) is also involved into this parternship and provides data warehouse for scientists. In a second hand we present several experiments carried on Grid'5000 in order to validate the grid middleware DIET and its tools on a large scale platform such as Grid'5000. On this research platform, we also studied the application of the project "Help Cure Muscular Dystrophy", one of the project selected by the Decrypthon. This study prepared the launch of a 6 months computing phase on the volunteers grid : World Community Grid support by IBM US. The document presents all steps before and after the computing phase which require more than 80 centuries of CPU time on the volunteers device. Finally, we have designed several heuristics to tackle the problem of online multi-workflow scheduling in a shared grid environment. We have implemented those heuristics into DIET middleware and we have validated their behavior with case study applications from Decrypthon. This work required many software developments in the aim to grid enabled bioinformatic applications and transparenlty give access to the Decrypthon grid, but also into DIET middleware and tools around : DIET_Webboard, VizDIET, GoDIET, LogService, MA_DAG, etc. The results exposed in this thesis were obtained with tree different grids : the Decrypthon grid, the volunteer grid (World Community Grid) and the research grid (Grid'5000).; Cette thèse présente un ensemble d'objectifs dont le fil conducteur est le programme Décrypthon (projet tripartite entre l'AFM, le CNRS et IBM) où les applications et les besoins ont évolué au fur et à mesure de l'avancée de nos travaux. Dans un premier temps nous montrerons le rôle d'architecte que nous avons endossé pour la conception de la grille Décrypthon. Les ressources de cette grille sont supportées par les cinq universités partenaires (Bordeaux I, Lille I, ENS-Lyon, Pierre et Marie Curie Paris VI et Orsay), ainsi que le réseau RENATER (Réseau National de Télécommunications pour l'Enseignement et la Recherche), sur lequel est connecté l'ensemble des machines. Le Centre de ressources informatiques de Haute Normandie (CRIHAN) participe également au programme, il héberge les données volumineuses des projets scientifiques. Nous présenterons ensuite les expériences que nous avons effectuées sur l'intergiciel DIET afin de tester ses propriétés de façon à explorer sa stabilité dans un environnement à grande échelle comme Grid'5000. Nous nous sommes intéressés, en outre, au projet "Help Cure Muscular Dystrophy", un des projets sélectionnés par le programme Décrypthon. Nous avons conduit des expériences dans le but de préparer la première phase de calcul sur la grille de volontaires "World Community Grid". Nous dévoilerons l'ensemble des étapes qui ont précédées et suivies la première phase calculatoire qui a demandé quelques 80 siècles de temps processeur. Pour terminer, nous avons développé une fonctionnalité à l'intergiciel DIET, le rendant capable de gérer l'exécution de tâches ayant des dépendances. Nous nous sommes intéressés à développer des algorithmes prenant en compte plusieurs applications qui demandent l'accès aux mêmes ressources de manière concurrente. Nous avons validé cette fonctionnalité avec des applications issues des projets du programme Décrython. Ces travaux ont nécessité un développement logiciel important, d'une part sur les applications du Décrypthon elles-mêmes et sur leur portage afin de rendre transparente leur utilisation sur la grille Décrypthon, mais aussi au niveau de l'intergiciel DIET et son écosystème : DIET_Webboard, VizDIET, GoDIET, LogService, MA_DAG, etc. Les résultats présentés ont été obtenus sur trois grilles mises à notre disposition: la grille universitaire du Décrypthon, la grille d'internautes (World Community Grid) et la grille expérimentale Grid'5000.

Published
2008

8. Grid'5000: A Large Scale And Highly Reconfigurable Experimental Grid Testbed

Author

Bolze, Raphaël, primary, Cappello, Franck, additional, Caron, Eddy, additional, Daydé, Michel, additional, Desprez, Frédéric, additional, Jeannot, Emmanuel, additional, Jégou, Yvon, additional, Lanteri, Stephane, additional, Leduc, Julien, additional, Melab, Noredine, additional, Mornet, Guillaume, additional, Namyst, Raymond, additional, Primet, Pascale, additional, Quetier, Benjamin, additional, Richard, Olivier, additional, Talbi, El-Ghazali, additional, and Touche, Iréa, additional

Published
2006
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Catalog

Books, media, physical & digital resources
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