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Cooles, Faye A H, primary, Vidal-Pedrola, Gemma, additional, Naamane, Najib, additional, Pratt, Arthur G, additional, Millar, Ben, additional, Anderson, Amy E, additional, Hilkens, Catharien MU, additional, Casement, John, additional, Bondet, Vincent, additional, Duffy, Darragh, additional, Zhang, Fan, additional, Shukla, Ruchi, additional, and Isaacs, John D, additional

Moreau, Thomas RJ, primary, Bondet, Vincent, additional, Ramos, Juliette, additional, Ouldali, Naïm, additional, Alyanakian, Marie-Alexandra, additional, Bodemer, Christine, additional, Dingulu, Glory, additional, Dumaine, Cécile, additional, Duong, Ngoc-Bao, additional, Charuel, Jean-Luc, additional, Eveillard, Laurye-Anne, additional, Fournier, Benjamin, additional, Frémond, Marie-Louise, additional, Herbeuval, Jean-Philippe, additional, Isapof, Arnaud, additional, Quartier, Pierre, additional, Vinit, Caroline, additional, Welfringer-Morin, Anne, additional, Gitiaux, Cyril, additional, Melki, Isabelle, additional, Duffy, Darragh, additional, Bader-Meunier, Brigitte, additional, and Rodero, Mathieu P, additional

Aquino, Yann, primary, Bisiaux, Aurélie, additional, Li, Zhi, additional, O’Neill, Mary, additional, Mendoza-Revilla, Javier, additional, Merkling, Sarah Hélène, additional, Kerner, Gaspard, additional, Hasan, Milena, additional, Libri, Valentina, additional, Bondet, Vincent, additional, Smith, Nikaïa, additional, de Cevins, Camille, additional, Ménager, Mickaël, additional, Luca, Francesca, additional, Pique-Regi, Roger, additional, Barba-Spaeth, Giovanna, additional, Pietropaoli, Stefano, additional, Schwartz, Olivier, additional, Leroux-Roels, Geert, additional, Lee, Cheuk-Kwong, additional, Leung, Kathy, additional, Wu, Joseph T.K., additional, Peiris, Malik, additional, Bruzzone, Roberto, additional, Abel, Laurent, additional, Casanova, Jean-Laurent, additional, Valkenburg, Sophie A., additional, Duffy, Darragh, additional, Patin, Etienne, additional, Rotival, Maxime, additional, and Quintana-Murci, Lluis, additional

Trutschel, Diana, Bost, Pierre, Mariette, Xavier, Bondet, Vincent, Llibre, Alba, Posseme, Celine, Charbit, Bruno, Thorball, Christian W., Jonsson, Roland, Lessard, Christopher J., Felten, Renaud, Ng, Wan Fai, Chatenoud, Lucienne, Dumortier, Hélène, Sibilia, Jean, Fellay, Jacques, Brokstad, Karl A., Appel, Silke, Tarn, Jessica R., Quintana‐Murci, Lluis, Mingueneau, Michael, Meyer, Nicolas, Duffy, Darragh, Schwikowski, Benno, Gottenberg, Jacques Eric, Dernis, Emmanuelle, Devauchelle‐Pensec, Valerie, Dieude, Philippe, Dubost, Jean‐Jacques, Fauchais, Anne‐Laure, Goeb, Vincent, Hachulla, Eric, Hatron, Pierre Yves, Larroche, Claire, Le Guern, Véronique, Morel, Jacques, Perdriger, Aleth, Salliot, Carinne, Rist, Stephanie, Saraux, Alain, Vittecoq, Olivier, Nocturne, Gaétane, Ravaud, Philippe, Seror, Raphaèle, Abel, Laurent, Alcover, Andres, Aschard, Hugues, Astrom, Kalla, Bousso, Philippe, Bruhns, Pierre, Cumano, Ana, Demangel, Caroline, Deriano, Ludovic, Di Santo, James, Dromer, Françoise, Eberl, Gérard, Enninga, Jost, Gelpi, Odile, GompertsBoneca, Ivo, Hasan, Milena, Hercberg, Serge, Lantz, Olivier, Leclerc, Claude, Mouquet, Hugo, Pellegrini, Sandra, Pol, Stanislas, Rausell, Antonio, Rogge, Lars, Sakuntabhai, Anavaj, Schwartz, Olivier, Shorte, Spencer, Soumelis, Vassili, Tangy, Frédéric, Tartour, Eric, Toubert, Antoine, Touvier, Mathilde, Ungeheuer, Marie‐Noëlle, Albert, Matthew L., Biomédecine computationelle des systèmes / Computational systems biomedicine, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Service de Rhumatologie [CHU Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Projet NECESSITY (PN), Hôpitaux Universitaires Paris Sud [AP-HP] (HUPS)-Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Lausanne University Hospital, University of Bergen (UiB), Oklahoma Medical Research Foundation (OMRF), University of Oklahoma Health Sciences Center (OUHSC), Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Newcastle University [Newcastle], Newcastle Upon Tyne Hospitals NHS Foundation Trust, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Immunologie, Immunopathologie et Chimie Thérapeutique (I2CT), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogen Inc. [Cambridge, MA, USA], Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Supported by the Innovative Medicines Initiative 2 Joint Undertaking (JU) (grant 806975). The JU receives support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program and the European Unionand the European Federation of Pharmaceutical Industries and Associations. This work was also supported by the National Institutes of Health (National Institute of Arthritis and Musculoskeletal Skin Disease grant R01-AR-065953). The Assessment of Systemic Signs and Evolution in Sjögren’s Syndrome(ASSESS) national multicenter prospective cohort was formed in 2006 with aFrench Ministry of Health grant (Programme Hospitalier de Recherche Clinique 2005 P060228). The ASSESS cohort is promoted by the French Society of Rheumatology and receives research grants from the French Society of Rheumatology. Dr. Gottenberg’s work was supported by Bristol Myers Squibbfor transcriptomic analysis of the ASSESS and Norwegian cohorts and by Geneviève Garnier (Association Française du Syndrome de Gougerot-Sjögrenet des syndromes secs). Drs. Trutschel’s and Schwikowski’s work was supported by Geneviève Garnier (Association Française du Syndrome de Gougerot-Sjögren et des syndromes secs)., Milieu Intérieur Consortium, ASSESS study investigators, and NECESSITY Consortium: Emmanuelle Dernis, Valerie Devauchelle-Pensec, Philippe Dieude, Jean-Jacques Dubost, Anne-Laure Fauchais, Vincent Goeb, Eric Hachulla, Pierre Yves Hatron, Claire Larroche, Véronique Le Guern, Jacques Morel, Aleth Perdriger, Carinne Salliot, Stephanie Rist, Alain Saraux, Jean Sibilia, Olivier Vittecoq, Gaétane Nocturne, Philippe Ravaud, Raphaèle Seror, Laurent Abel, Andres Alcover, Hugues Aschard, Kalla Astrom, Philippe Bousso, Pierre Bruhns, Ana Cumano, Caroline Demangel, Ludovic Deriano, James Di Santo, Françoise Dromer, Gérard Eberl, Jost Enninga, Jacques Fellay, Odile Gelpi, Ivo GompertsBoneca, Milena Hasan, Serge Hercberg, Olivier Lantz, Claude Leclerc, Hugo Mouquet, Sandra Pellegrini, Stanislas Pol, Antonio Rausell, Lars Rogge, Anavaj Sakuntabhai, Olivier Schwartz, Benno Schwikowski, Spencer Shorte, Vassili Soumelis, Frédéric Tangy, Eric Tartour, Antoine Toubert, Mathilde Touvier, Marie-Noëlle Ungeheuer, Matthew L Albert, Darragh Duffy, Lluis Quintana-Murci., European Project: 806975,NECESSITY, Clauss, Isabelle, and NEw Clinical Endpoints in primary Sjögren’s Syndrome: an Interventional Trial based on stratifYing patients - NECESSITY - 0000-00-00 - 0000-00-00 - 806975 - VALID

Duffy, Darragh, primary, SMITH, Nikaïa, additional, Possémé, Céline, additional, Bondet, Vincent, additional, Sugrue, Jamie, additional, Townsend, Liam, additional, Charbit, Bruno, additional, Rouilly, Vincent, additional, Saint-André, Violaine, additional, Dott, Tom, additional, Pozo, Andre Rodriguez, additional, Yatim, Nader, additional, Schwartz, Olivier, additional, Cervantes-Gonzales, Minerva, additional, Ghosn, Jade, additional, Bastard, Paul, additional, Casanova, Jean-Laurent, additional, Szwebel, Tali-Anne, additional, Terrier, Benjamin, additional, Conlon, Niall, additional, O'Farrelly, Cliona, additional, Cheallaigh, Cliona Ni, additional, and Bourke, Nollaig, additional

Rodero, Mathieu P, Dabbak, Imène, Rodero, Mathieu, Aeschlimann, Florence, Authier, François-Jérôme, Bodemer, Christine, Quartier, Pierre, Bondet, Vincent, Charuel, Jean-Luc, Duffy, Darragh, Gitiaux, Cyril, Bader-Meunier, Brigitte, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies autoimmunes systémiques rares de l'enfant [Paris] (RAISE), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Chimie et Biologie, Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de Référence National des Maladies Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), Service de Dermatologie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Centre d'investigation clinique Paris Est [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC Paris-Est), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Funding: This work was supported by a research grant from Association Française contre les Myopathies (AFM) via TRANSLAMUSCLE (PROJECT 19507) and a research grant from Agence Nationale de la Recherche (ANR) via project JDMINF2 (ANR-21-CE17-0025)., ANR-21-CE17-0025,JDMINF2,Dérégulation de la voie de l'interféron de type I dans la dermatomyosite juvénile: mieux comprendre la physiopathologie pour mieux identifier de nouveaux biomarqueurs pronostiques(2021), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Unité de Recherche Clinique des hôpitaux Pitié-Salpêtrière – Charles Foix [CHU Pitié Salpêtrière] (URC PSL-CFX), CHU Charles Foix [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation [AP-HP] (DRCI), Hôpital Henri Mondor, This work was supported by a research grant from Association Française contre les Myopathies (AFM) via TRANSLAMUSCLE (PROJECT 19507) and a research grant from Agence Nationale de la Recherche (ANR) via project JDMINF2 (ANR-21-CE17-0025)., Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation [AP-HP] (DRCI)

Cooles, Faye, Tarn, Jessica, Lendrem, Dennis, Naamane, Najib, Lin, Chung Ma, Millar, Ben, Maney, Nicola, Anderson, Amy, Thalayasingam, Nishanthi, Diboll, Julie, Bondet, Vincent, Duffy, Darragh, Barnes, Michael, Smith, Graham, Ng, Sandra, Watson, David, Henkin, Rafael, Cope, Andrew, Reynard, Louise, Pratt, Arthur, Isaacs, John, Newcastle University [Newcastle], Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), William Harvey Research Institute, Barts and the London Medical School, University College of London [London] (UCL), King‘s College London, RA-MAP Consortium: Adwoa Hughes-Morley, Alexandra Walker, Alexandru Cuza, Amaya Gallagher-Syed, Amy Anderson, Andrea Haynes, Andrew Filer, Andrew Long, Andrew P Cope, Angela Parke, Anthony Rowe, Arnaud Didierlaurent, Ashley Gilmour, Athula Herath, Ayako Wakatsuki, Pedersen Aysin, Tulunay Virlan, Ben Allen, Benjamin A Fisher, Blerina Kola, Bohdan Harvey, Brian Tom, Carl S Goodyear, Carolyn Cuff, Catharien Hilkens, Catharina Lindholm, Catherine T Mela, Christopher D Buckley, Chris Larminie, Chris Marshall, Christopher John, Christopher M Mela, Claudio Carini, Costantino Pitzalis, Coziana Ciurtin, Dan Baker, Daniel Ziemek, Daniela Dastros-Pitei, Dao Nguyen, David L Scott, David S Watson, Deborah Symmons, Dennis Lendrem, Denny Verbeeck, Desmond Padhji, Donna Finch, Duncan Porter, Emma Vernon, Faye Cooles, Feng Hong, Fiona Clarke, Fiona Stirling, Fowzia Ibrahim, Frances Humby, Francisco Bonachela Capdevila, Frederic Geissmann, Frederique Ponchel, Gemma Molyneux, Gemma Simpson, Georgina Thorborn, Gerry Parker, Gioia Altobelli, Graham R Smith, Hannah Edwards, Hannah Tipney, Hans-Dieter Zucht, Hayley Noble, Heidi Lempp, Humayara AliIain B McInnes, Ian C Scott, Ian N BruceIona Donnelly, Ivana Vranic, James A Butler, James Galloway, Jamie C Sergeant, Jane Worthington, Jehan El-Jawhari, Jessica Tarn, Joanne Ellis, John Casement, John Isaacs, Julie Diboll, Karim Raza, Katriona Goldmann, Kirsty Hicks, Liliane Fossati-Jimack, Lucy Rowell, Marc Levesque, Mark C Coles, Mark Coles, Mark Curran, Martin Hodge, Martin Jenkins, Mateusz Maciejewski, Matt Page, Matthew A Sleeman, Matthew J Loza, Maya Buch, Meilien Ho, Michael Binks, Michael F McDermott, Michael Macoritto, Michael R Barnes, Michael R Ehrenstein, Michele Bombardieri, Myles Lewis, Neil Gozzard, Neil Payne, Neil Ward, Nina Joseph, Paul Emery, Peter C Taylor, Peter Schulz-Knappe, Petra Budde, Philip Jones, Philip Stocks, Rachel Harry, Rafael Henkin, Ravi Rao, Ray Harris, Rekha Parmar, Ruth Toward, Sally Hollis, Samana Schwank, Samantha Lipsky, Samiul Hasan, Sandra Martins, Sandra Ng, Sarah Brockbank, Sarah Keidel, Scott Jelinsky, Sharmila Rana, Simon Read, Stephen Kelly, Stephen Wright, Steve P Young, Sukru Kaymakcalan, Susan Talbot, Suzanne Mm Verstappen, Tomi Lazarov, Tony Sabin, Valerie Ludbrook, Vernon Farewell, Wayne Tsuji, Wing Wu, Wivine Burny, Yujie Zhong, Zheng Liu, Zhilong Jia, and Vougny, Marie-Christine

Devi-Marulkar, Priyanka, Moraes-Cabe, Carolina, Campagne, Pascal, Corre, Béatrice, Meghraoui-Kheddar, Aida, Bondet, Vincent, Llibre, Alba, Duffy, Darragh, Maillart, Elisabeth, Papeix, Caroline, Pellegrini, Sandra, Michel, Frédérique, Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work was funded by the ARSEP (Aide à la Recherche sur la Sclérose En Plaques), FRM (Fondation pour la Recherche Médicale), INSERM, the Milieu Interieur ANR-10-LABX-69-01, and the Institut Pasteur, Paris., We thank the Milieu Interieur consortium and Etienne Patin for HLA class II typing data. We thank Prof. Bertrand Fontaine (Hospital Pitié-Salpêtrière, Paris) for advice in the initiation of the study. DD thanks ImmunoQure AG for sharing antibodies used in the IFNα assay. We acknowledge for support in conducting this study, the Technology Core of the Center for Translational Science, Estelle Mottez from the Clinical Core, the biobanking ICAReB core, Damien Mornico and Natalia Pietrosemoli from the Center of Bioinformatics, Biostatistics and Integrative biology, Institut Pasteur, Paris., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), BONDET, Vincent, and Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID

Smith, Nikaïa, Goncalves, Pedro, Charbit, Bruno, Grzelak, Ludivine, Beretta, Maxime, Planchais, Cyril, Bruel, Timothée, Rouilly, Vincent, Bondet, Vincent, Hadjadj, Jérôme, Yatim, Nader, Pere, Helene, Merkling, Sarah H., Ghozlane, Amine, Kernéis, Solen, Rieux-Laucat, Frederic, Terrier, Benjamin, Schwartz, Olivier, Mouquet, Hugo, Duffy, Darragh, Di Santo, James P., Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Paris (UP), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Datactix, Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université de Paris (UP), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Hôpital Cochin [AP-HP], Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials (EMAE), This study was supported by grants from the Institut Pasteur (CoVarImm) and from the Agence National de la Recherche (ANR-flash COVID-19, to D.D. and J.P.D.), and by the Laboratoire d’Excellence ‘Milieu Intérieur’ (grant no. ANR-10-LABX-69-01) and the Fonds IMMUNOV, for Innovation in Immunopathology. N.S. is a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship., We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Simoa analysis. We thank L. Motreff and L. Ma (Biomics Platform supported by France Génomique, ANR-10-INBS-09-09), IBISA and the Illumina COVID-19 Projects’ offer for microbial sequencing. We thank the Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur for the assistance with the 16S rRNA-sequencing data analysis. We acknowledge all health-care workers involved in the diagnosis and treatment of patients in Cochin Hospital, especially C. Azoulay, L. Beaudeau, E. Canoui, P. Cohen, A. Contejean, B. Dunogué, D. Journois, P. Legendre, J. Marey and A. Régent., ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), BONDET, Vincent, Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence - - CoVarImm2020 - ANR-20-COVI-0053 - COVID-19 - VALID, Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), and École Pratique des Hautes Études (EPHE)

Bondet, Vincent, Rodero, Mathieu, Posseme, Céline, Bost, Pierre, Decalf, Jérémie, Haljasmägi, Liis, Bekaddour, Nassima, Rice, Gillian, Upasani, Vinit, Herbeuval, Jean-Philippe, Reynolds, John, Briggs, Tracy, Bruce, Ian, Mauri, Claudia, Isenberg, David, Menon, Madhvi, Hunt, David, Schwikowski, Benno, Mariette, Xavier, Pol, Stanislas, Rozenberg, Flore, Cantaert, Tineke, Eric Gottenberg, J., Kisand, Kai, Duffy, Darragh, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Biologie systémique - Systems Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole Doctorale Complexité du Vivant (ED515), Sorbonne Université (SU), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Tartu, University of Manchester [Manchester], Manchester University NHS Foundation Trust (MFT), Immunologie [Phnom Penh], Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Birmingham [Birmingham], Sandwell and West Birmingham NHS Trust (Sandwell General Hospital), University College of London [London] (UCL), University of Edinburgh, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Service de Rhumatologie [CHU Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Strasbourg (UNISTRA), We acknowledge support from the ANR (CE17001002) awarded to DD., ANR-16-CE17-0010,IFNX,Investigation des interferonopathies type I humaine(2016), Institut Pasteur [Paris], Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Lefeuvre, Claire, Payet, Cloé, Fayet, Odessa-Maud, Maillard, Solène, Truffault, Frédérique, Bondet, Vincent, Duffy, Darragh, Thomas de Montpreville, Vincent, Ghigna, Maria-Rosa, Fadel, Elie, Mansuet-Lupo, Audrey, Alifano, Marco, Validire, Pierre, Gossot, Dominique, Behin, Anthony, Eymard, Bruno, Berrih-Aknin, Sonia, Le Panse, Rozen, Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut de Myologie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Chirurgical Marie Lannelongue (CCML), Hôpital Bicêtre, Adhésion et Inflammation (LAI), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Pathologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S 872)), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de chirurgie thoracique et vasculaire, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Mutualiste de Montsouris (IMM), Institut mutualiste Monsouris (IMM), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Rodero, Mathieu Paul, Pelleau, Stéphane, Welfringer-Morin, Anne, Duffy, Darragh, Melki, Isabelle, Bader-Meunier, Brigitte, Bondet, Vincent, Gitiaux, Cyril, Bonigen, Julie, Fayand, Antoine, Courdavault Vagh Weinmann, Laurence, Mahe, Emmanuel, Charuel, Jean Luc, Alyanakian, Marie-Alexandra, Herbeuval, Jean Philippe, White, Michael, Rodero, Mathieu, Évaluer l'immunité contre SARS-CoV-2 à l'échelle de la population grâce aux tests sérologiques - - CorPopImm2020 - ANR-20-COVI-0052 - COVID-19 - VALID, Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence - - CoVarImm2020 - ANR-20-COVI-0053 - COVID-19 - VALID, Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Epidémiologie et Analyse des Maladies Infectieuses - Infectious Disease Epidemiology and Analytics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Laboratory of neurogenetics and neuroinflammation (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies autoimmunes systémiques rares de l'enfant [Paris] (RAISE), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Service de Médecine Interne = Hôpital de jour de médecine [CHU Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Victor Dupouy, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), DD was supported by the Agence Nationale de la Recherche as part of the Flash Covid funding (CoVarImm). MW was supported by the Agence Nationale de la Recherche and Fondation pour la Recherche Médicale (CorPopImm)., FJDM study group, ANR-20-COVI-0052,CorPopImm,Évaluer l'immunité contre SARS-CoV-2 à l'échelle de la population grâce aux tests sérologiques(2020), ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Service de Médecine Interne [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Robert Debré, and FJDM Study group Vincent Bondet, Cyril Gitiaux, Julie Bonigen, Antoine Fayand, Laurence Courdavault Vagh Weinmann, Emmanuel Mahe, Jean Luc Charuel, Marie-Alexandra Alyanakian, Jean Philippe Herbeuva, Michael White

Menon, Madhvi, primary, Bradford, Hannah F., additional, Haljasmagi, Liis, additional, Vanker, Martti, additional, Peterson, Pärt, additional, Wincup, Chris, additional, Abida, Rym, additional, Gonzalez, Raquel Fernandez, additional, Bondet, Vincent, additional, Duffy, Darragh, additional, Isenberg, David A., additional, Kisand, Kai, additional, and Mauri, Claudia, additional

Bondet, Vincent, primary, Rodero, Mathieu P, additional, Posseme, Céline, additional, Bost, Pierre, additional, Decalf, Jérémie, additional, Haljasmägi, Liis, additional, Bekaddour, Nassima, additional, Rice, Gillian, additional, Upasani, Vinit, additional, Herbeuval, Jean-Philippe, additional, Reynolds, John A, additional, Briggs, Tracy A, additional, Bruce, Ian N, additional, Mauri, Claudia, additional, Isenberg, David, additional, Menon, Madhvi, additional, Hunt, David, additional, Schwikowski, Benno, additional, Mariette, Xavier, additional, Pol, Stanislas, additional, Rozenberg, Flore, additional, Cantaert, Tineke, additional, Gottenberg, J Eric, additional, Kisand, Kai, additional, and Duffy, Darragh, additional