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37 results on '"Borgo, V"'

2. Discordant liver fibrosis predictors in virologically suppressed people living with hiv without hepatitis virus infection

Author

Rossetti, B, Borgo, V, Emiliozzi, A, Colaneri, M, Zanelli, G, D'Alessandro, M, Motta, D, Maiocchi, L, Montagnani, F, Moioli, M, Baiguera, C, Sambo, M, Pieri, T, Valsecchi, P, Bruno, R, Puoti, M, Fabbiani, M, Rossetti B., Borgo V., Emiliozzi A., Colaneri M., Zanelli G., D'alessandro M., Motta D., Maiocchi L., Montagnani F., Moioli M. C., Baiguera C., Sambo M., Pieri T. C., Valsecchi P., Bruno R., Puoti M., Fabbiani M., Rossetti, B, Borgo, V, Emiliozzi, A, Colaneri, M, Zanelli, G, D'Alessandro, M, Motta, D, Maiocchi, L, Montagnani, F, Moioli, M, Baiguera, C, Sambo, M, Pieri, T, Valsecchi, P, Bruno, R, Puoti, M, Fabbiani, M, Rossetti B., Borgo V., Emiliozzi A., Colaneri M., Zanelli G., D'alessandro M., Motta D., Maiocchi L., Montagnani F., Moioli M. C., Baiguera C., Sambo M., Pieri T. C., Valsecchi P., Bruno R., Puoti M., and Fabbiani M.

Abstract

Severe liver fibrosis (LF) is associated with poor long-term liver-related outcomes in people living with HIV (PLWH). The study aimed to explore the prevalence and predictors of LF and the concordance between different non-invasive methods for the estimation of LF in HIV-infected individuals without hepatitis virus infection. We enrolled PLWH with HIV-1-RNA <50 copies/mL for >12 months, excluding individuals with viral hepatitis. LF was assessed by transient elastography (TE) (significant >6.65 kPa), fibrosis-4 (FIB-4) (significant >2.67), and AST-to-platelet ratio index (APRI) (significant >1.5). We included 234 individuals (67% males, median age 49 years, median time from HIV diagnosis 11 years, 38% treated with integrase strand transfer inhibitors). In terms of the TE, 13% had ≥F2 stage; FIB-4 score was >1.5 in 7%; and APRI > 0.5 in 4%. Higher body mass index, diabetes mellitus, detectable baseline HIV-1 RNA and longer atazanavir exposure were associated with higher liver stiffness as per TE. Predictors of higher APRI score were CDC C stage and longer exposure to tenofovir alafenamide, while HBcAb positivity and longer exposure to tenofovir alafenamide were associated to higher FIB-4 scores. Qualitative agreement was poor between FIB-4/TE and between APRI/TE by non-parametric Spearman correlation and kappa statistic. In our study, in the group of PLWH without viral hepatitis, different non-invasive methods were discordant in predicting liver fibrosis.

Published
2022

3. Rare variants in Toll-like receptor 7 results in functional impairment and downregulation of cytokine-mediated signaling in COVID-19 patients

Author

Mantovani, S., Daga, S., Fallerini, C., Baldassarri, M., Benetti, E., Picchiotti, N., Fava, F., Galli, A., Zibellini, S., Bruttini, M., Palmieri, M., Croci, S., Amitrano, S., Alaverdian, D., Capitani, K., Furini, S., Mari, F., Meloni, I., Montagnani, F., Tumbarello, M., Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, B., Bergantini, L., D'Alessandro, M., Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, F., Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, A., Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., D'Arminio Monforte, A., Miraglia, F. G., Bruno, R., Vecchia, M., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, A., Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Degli Antoni, M., Antoni, M. D., Zanella, I., Della Monica, M., Piscopo, C., Capasso, M., Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, G., Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, R., Bassetti, M., Di Biagio, A., Sanguinetti, M., Masucci, L., Guarnaccia, A., Valente, S., De Vivo, O., Doddato, G., Lista, M., Beligni, G., Valentino, F., Zguro, K., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, M. A., Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Ariani, F., Di Sarno, L., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, F., Lacerenza, G., Mussini, C., Martinelli, E., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Raimondi, F., Biscarini, F., Stella, A., Bachetti, T., La Rovere, M. T., Ludovisi, S., Bussotti, M., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, G., Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, P., Iacopini, S., Modica, S., Baroni, S., Segala, F. V., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, C., Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Lombardi, S., Lenzi, M., Di Pietro, M. A., Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Mene, R., Colaneri, M., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Frullanti, E., Mondelli, M. U., Renieri, A., Mantovani, S., Daga, S., Fallerini, C., Baldassarri, M., Benetti, E., Picchiotti, N., Fava, F., Galli, A., Zibellini, S., Bruttini, M., Palmieri, M., Croci, S., Amitrano, S., Alaverdian, D., Capitani, K., Furini, S., Mari, F., Meloni, I., Montagnani, F., Tumbarello, M., Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, B., Bergantini, L., D'Alessandro, M., Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, F., Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, A., Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., D'Arminio Monforte, A., Miraglia, F. G., Bruno, R., Vecchia, M., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, A., Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Antoni, M. D., Zanella, I., Della Monica, M., Piscopo, C., Capasso, M., Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, G., Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, R., Bassetti, M., Di Biagio, A., Sanguinetti, M., Masucci, L., Guarnaccia, A., Valente, S., De Vivo, O., Doddato, G., Lista, M., Beligni, G., Valentino, F., Zguro, K., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, M. A., Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Ariani, F., Di Sarno, L., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, F., Lacerenza, G., Mussini, C., Martinelli, E., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Raimondi, F., Biscarini, F., Stella, A., Bachetti, T., La Rovere, M. T., Ludovisi, S., Bussotti, M., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, G., Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, P., Iacopini, S., Modica, S., Baroni, S., Segala, F. V., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, C., Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Lombardi, S., Lenzi, M., Di Pietro, M. A., Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Mene, R., Colaneri, M., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Frullanti, E., Mondelli, M. U., Renieri, A., Mantovani, S, Daga, S, Fallerini, C, Baldassarri, M, Benetti, E, Picchiotti, N, Fava, F, Galli, A, Zibellini, S, Bruttini, M, Palmieri, M, Croci, S, Amitrano, S, Alaverdian, D, Capitani, K, Furini, S, Mari, F, Meloni, I, Montagnani, F, Tumbarello, M, Rancan, I, Fabbiani, M, Rossetti, B, Bergantini, L, D'Alessandro, M, Cameli, P, Bennett, D, Anedda, F, Marcantonio, S, Scolletta, S, Franchi, F, Mazzei, M, Guerrini, S, Conticini, E, Cantarini, L, Frediani, B, Tacconi, D, Raffaelli, C, Feri, M, Donati, A, Scala, R, Guidelli, L, Spargi, G, Corridi, M, Nencioni, C, Croci, L, Caldarelli, G, Romani, D, Piacentini, P, Bandini, M, Desanctis, E, Cappelli, S, Canaccini, A, Verzuri, A, Anemoli, V, Pisani, M, Ognibene, A, Pancrazzi, A, Lorubbio, M, Vaghi, M, D'Arminio Monforte, A, Miraglia, F, Bruno, R, Vecchia, M, Girardis, M, Venturelli, S, Busani, S, Cossarizza, A, Antinori, A, Vergori, A, Emiliozzi, A, Rusconi, S, Siano, M, Gabrieli, A, Riva, A, Francisci, D, Schiaroli, E, Paciosi, F, Tommasi, A, Scotton, P, Andretta, F, Panese, S, Baratti, S, Scaggiante, R, Gatti, F, Parisi, S, Castelli, F, Quiros-Roldan, E, Antoni, M, Zanella, I, Della Monica, M, Piscopo, C, Capasso, M, Russo, R, Andolfo, I, Iolascon, A, Fiorentino, G, Carella, M, Castori, M, Aucella, F, Raggi, P, Perna, R, Bassetti, M, Di Biagio, A, Sanguinetti, M, Masucci, L, Guarnaccia, A, Valente, S, De Vivo, O, Doddato, G, Lista, M, Beligni, G, Valentino, F, Zguro, K, Tita, R, Giliberti, A, Mencarelli, M, Rizzo, C, Pinto, A, Ariani, F, Di Sarno, L, Bargagli, E, Mandala, M, Giorli, A, Salerni, L, Zucchi, P, Parravicini, P, Menatti, E, Trotta, T, Giannattasio, F, Coiro, G, Lena, F, Lacerenza, G, Mussini, C, Martinelli, E, Tavecchia, L, Belli, M, Crotti, L, Parati, G, Sanarico, M, Raimondi, F, Biscarini, F, Stella, A, Bachetti, T, La Rovere, M, Ludovisi, S, Bussotti, M, Dei, S, Ravaglia, S, Artuso, R, Andreucci, E, Gori, G, Pagliazzi, A, Fiorentini, E, Perrella, A, Bianchi, F, Bergomi, P, Catena, E, Colombo, R, Luchi, S, Morelli, G, Petrocelli, P, Iacopini, S, Modica, S, Baroni, S, Segala, F, Falcone, M, Tiseo, G, Barbieri, C, Matucci, T, Grassi, D, Ferri, C, Marinangeli, F, Brancati, F, Vincenti, A, Borgo, V, Lombardi, S, Lenzi, M, Di Pietro, M, Vichi, F, Romanin, B, Attala, L, Costa, C, Gabbuti, A, Mene, R, Colaneri, M, Casprini, P, Merla, G, Squeo, G, Maffezzoni, M, Frullanti, E, Mondelli, M, and Renieri, A

Subjects
Male, COVID-19, Cytokines, Down-Regulation, Humans, Leukocytes, Mononuclear, SARS-CoV-2, Toll-Like Receptor 7, Toll-Like Receptor 8. [MeSH], toll-like receptor 7, Immunology, Mononuclear, virus diseases, rare variants, Brief Communication, Toll-Like Receptor 8, Settore BIO/12 - BIOCHIMICA CLINICA E BIOLOGIA MOLECOLARE CLINICA, covid-19, Genetics, Leukocytes, Genetics (clinical)
Abstract

Toll-like receptors (TLR) are crucial components in the initiation of innate immune responses to a variety of pathogens, triggering the production of pro-inflammatory cytokines and type I and II interferons, which are responsible for innate antiviral responses. Among the different TLRs, TLR7 recognizes several single-stranded RNA viruses including SARS-CoV-2. We and others identified rare loss-of-function variants in X-chromosomal TLR7 in young men with severe COVID-19 and with no prior history of major chronic diseases, that were associated with impaired TLR7 signaling as well as type I and II IFN responses. Here, we performed RNA sequencing to investigate transcriptome variations following imiquimod stimulation of peripheral blood mononuclear cells isolated from patients carrying previously identified hypomorphic, hypofunctional, and loss-of-function TLR7 variants. Our investigation revealed a profound impairment of the TLR7 pathway in patients carrying loss-of-function variants. Of note, a failure in IFNγ upregulation following stimulation was also observed in cells harboring the hypofunctional and hypomorphic variants. We also identified new TLR7 variants in severely affected male patients for which a functional characterization of the TLR7 pathway was performed demonstrating a decrease in mRNA levels in the IFNα, IFNγ, RSAD2, ACOD1, IFIT2, and CXCL10 genes.

Published
2021
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4. An explainable model of host genetic interactions linked to COVID-19 severity

Author

Onoja, A., Picchiotti, N., Fallerini, C., Baldassarri, M., Fava, F., Mari, F., Daga, S., Benetti, E., Bruttini, M., Palmieri, Marco, Croci, S., Amitrano, S., Meloni, I., Frullanti, E., Doddato, G., Lista, Maddalena, Beligni, G., Valentino, Francesca, Zguro, K., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, Marta, Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Ariani, F., Di Sarno, Lorenzo, Montagnani, F., Tumbarello, Mario, Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, Barbara, Bergantini, L., D'Alessandro, Michele, Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, Francesca, Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, Andrea, Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., D'Arminio Monforte, A., Miraglia, F. G., Bruno, R., Vecchia, M., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, Armando, Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Zuccon, U., Vietri, L., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Antoni, M. D., Zanella, I., Della Monica, M., Piscopo, C., Capasso, Monica, Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, Giuseppe, Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, Raffaella, Bassetti, M., Di Biagio, Anna, Sanguinetti, Maurizio, Masucci, Luca, Guarnaccia, A., Valente, S., De Vivo, O., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, Francesco, Lacerenza, G., Coviello, D. A., Mussini, C., Martinelli, E., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Biscarini, F., Stella, A., Rizzi, M., Maggiolo, F., Ripamonti, D., Suardi, C., Bachetti, T., La Rovere, M. T., Sarzi-Braga, S., Bussotti, M., Capitani, K., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, Giovanni Cristiano, Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, Paolo, Iacopini, S., Modica, S., Baroni, Silvia, Segala, F. V., Menichetti, F., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, Cristiano, Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Lombardi, S., Lenzi, M., Di Pietro, Maria Luisa, Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Mene, R., Colaneri, M., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Mantovani, Susanna, Mondelli, M. U., Ludovisi, S., Colombo, F., Chiaromonte, F., Renieri, A., Furini, S., Raimondi, F., Palmieri M. (ORCID:0000-0001-8263-336X), Lista M., Valentino F., Mencarelli M. A., Di Sarno L., Tumbarello M. (ORCID:0000-0002-9519-8552), Rossetti B., D'Alessandro M., Franchi F., Donati A., Antinori A. (ORCID:0000-0002-6019-2417), Capasso M., Fiorentino G., Perna R., Di Biagio A., Sanguinetti M. (ORCID:0000-0002-9780-7059), Masucci L. (ORCID:0000-0002-8358-6726), Lena F. (ORCID:0000-0001-5528-319X), Gori G. (ORCID:0000-0002-3308-5309), Petrocelli P., Baroni S. (ORCID:0000-0002-3410-2617), Barbieri C., Di Pietro M. A. (ORCID:0000-0002-3893-8788), Mantovani S., Onoja, A., Picchiotti, N., Fallerini, C., Baldassarri, M., Fava, F., Mari, F., Daga, S., Benetti, E., Bruttini, M., Palmieri, Marco, Croci, S., Amitrano, S., Meloni, I., Frullanti, E., Doddato, G., Lista, Maddalena, Beligni, G., Valentino, Francesca, Zguro, K., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, Marta, Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Ariani, F., Di Sarno, Lorenzo, Montagnani, F., Tumbarello, Mario, Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, Barbara, Bergantini, L., D'Alessandro, Michele, Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, Francesca, Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, Andrea, Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., D'Arminio Monforte, A., Miraglia, F. G., Bruno, R., Vecchia, M., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, Armando, Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Zuccon, U., Vietri, L., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Antoni, M. D., Zanella, I., Della Monica, M., Piscopo, C., Capasso, Monica, Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, Giuseppe, Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, Raffaella, Bassetti, M., Di Biagio, Anna, Sanguinetti, Maurizio, Masucci, Luca, Guarnaccia, A., Valente, S., De Vivo, O., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, Francesco, Lacerenza, G., Coviello, D. A., Mussini, C., Martinelli, E., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Biscarini, F., Stella, A., Rizzi, M., Maggiolo, F., Ripamonti, D., Suardi, C., Bachetti, T., La Rovere, M. T., Sarzi-Braga, S., Bussotti, M., Capitani, K., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, Giovanni Cristiano, Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, Paolo, Iacopini, S., Modica, S., Baroni, Silvia, Segala, F. V., Menichetti, F., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, Cristiano, Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Lombardi, S., Lenzi, M., Di Pietro, Maria Luisa, Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Mene, R., Colaneri, M., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Mantovani, Susanna, Mondelli, M. U., Ludovisi, S., Colombo, F., Chiaromonte, F., Renieri, A., Furini, S., Raimondi, F., Palmieri M. (ORCID:0000-0001-8263-336X), Lista M., Valentino F., Mencarelli M. A., Di Sarno L., Tumbarello M. (ORCID:0000-0002-9519-8552), Rossetti B., D'Alessandro M., Franchi F., Donati A., Antinori A. (ORCID:0000-0002-6019-2417), Capasso M., Fiorentino G., Perna R., Di Biagio A., Sanguinetti M. (ORCID:0000-0002-9780-7059), Masucci L. (ORCID:0000-0002-8358-6726), Lena F. (ORCID:0000-0001-5528-319X), Gori G. (ORCID:0000-0002-3308-5309), Petrocelli P., Baroni S. (ORCID:0000-0002-3410-2617), Barbieri C., Di Pietro M. A. (ORCID:0000-0002-3893-8788), and Mantovani S.

Abstract

We employed a multifaceted computational strategy to identify the genetic factors contributing to increased risk of severe COVID-19 infection from a Whole Exome Sequencing (WES) dataset of a cohort of 2000 Italian patients. We coupled a stratified k-fold screening, to rank variants more associated with severity, with the training of multiple supervised classifiers, to predict severity based on screened features. Feature importance analysis from tree-based models allowed us to identify 16 variants with the highest support which, together with age and gender covariates, were found to be most predictive of COVID-19 severity. When tested on a follow-up cohort, our ensemble of models predicted severity with high accuracy (ACC = 81.88%; AUCROC = 96%; MCC = 61.55%). Our model recapitulated a vast literature of emerging molecular mechanisms and genetic factors linked to COVID-19 response and extends previous landmark Genome-Wide Association Studies (GWAS). It revealed a network of interplaying genetic signatures converging on established immune system and inflammatory processes linked to viral infection response. It also identified additional processes cross-talking with immune pathways, such as GPCR signaling, which might offer additional opportunities for therapeutic intervention and patient stratification. Publicly available PheWAS datasets revealed that several variants were significantly associated with phenotypic traits such as “Respiratory or thoracic disease”, supporting their link with COVID-19 severity outcome.

Published
2022

5. An explainable model of host genetic interactions linked to COVID-19 severity

Author

Anthony, O, Nicola, P, Chiara, F, Margherita, B, Francesca, F, Francesca, C, Alessandra, R, Simone, F, Francesco, R, Mari, F, Daga, S, Benetti, E, Bruttini, M, Palmieri, M, Croci, S, Amitrano, S, Meloni, I, Frullanti, E, Doddato, G, Lista, M, Beligni, G, Valentino, F, Zguro, K, Tita, R, Giliberti, A, Antonietta Mencarelli, M, Lo Rizzo, C, Maria Pinto, A, Ariani, F, Di Sarno, L, Montagnani, F, Tumbarello, M, Rancan, I, Fabbiani, M, Rossetti, B, Bergantini, L, D’Alessandro, M, Cameli, P, Bennett, D, Anedda, F, Marcantonio, S, Scolletta, S, Franchi, F, Antonietta Mazzei, M, Guerrini, S, Conticini, E, Cantarini, L, Frediani, B, Tacconi, D, Spertilli Raffaelli, C, Feri, M, Donati, A, Scala, R, Guidelli, L, Spargi, G, Corridi, M, Nencioni, C, Croci, L, Piero Caldarelli, G, Romani, D, Piacentini, P, Bandini, M, Desanctis, E, Cappelli, S, Canaccini, A, Verzuri, A, Anemoli, V, Pisani, M, Ognibene, A, Pancrazzi, A, Lorubbio, M, Vaghi, M, D’Arminio Monforte, A, Gaia Miraglia, F, Bruno, R, Vecchia, M, Girardis, M, Venturelli, S, Busani, S, Cossarizza, A, Antinori, A, Vergori, A, Emiliozzi, A, Rusconi, S, Siano, M, Gabrieli, A, Riva, A, Francisci, D, Schiaroli, E, Paciosi, F, Tommasi, A, Zuccon, U, Vietri, L, Giorgio Scotton, P, Andretta, F, Panese, S, Baratti, S, Scaggiante, R, Gatti, F, Giuseppe Parisi, S, Castelli, F, Quiros-Roldan, E, Degli Antoni, M, Zanella, I, Della Monica, M, Piscopo, C, Capasso, M, Russo, R, Andolfo, I, Iolascon, A, Fiorentino, G, Carella, M, Castori, M, Aucella, F, Raggi, P, Perna, R, Bassetti, M, Di Biagio, A, Sanguinetti, M, Masucci, L, Guarnaccia, A, Valente, S, De Vivo, O, Bargagli, E, Mandalà, M, Giorli, A, Salerni, L, Zucchi, P, Parravicini, P, Menatti, E, Trotta, T, Giannattasio, F, Coiro, G, Lena, F, Lacerenza, G, Coviello, D, Mussini, C, Martinelli, E, Tavecchia, L, Ann Belli, M, Crotti, L, Parati, G, Sanarico, M, Biscarini, F, Stella, A, Rizzi, M, Maggiolo, F, Ripamonti, D, Suardi, C, Bachetti, T, Teresa La Rovere, M, Sarzi-Braga, S, Bussotti, M, Capitani, K, Dei, S, Ravaglia, S, Artuso, R, Andreucci, E, Gori, G, Pagliazzi, A, Fiorentini, E, Perrella, A, Bianchi, F, Bergomi, P, Catena, E, Colombo, R, Luchi, S, Morelli, G, Petrocelli, P, Iacopini, S, Modica, S, Baroni, S, Vladimiro Segala, F, Menichetti, F, Falcone, M, Tiseo, G, Barbieri, C, Matucci, T, Grassi, D, Ferri, C, Marinangeli, F, Brancati, F, Vincenti, A, Borgo, V, Lombardi, S, Lenzi, M, Antonio Di Pietro, M, Vichi, F, Romanin, B, Attala, L, Costa, C, Gabbuti, A, Menè, R, Colaneri, M, Casprini, P, Merla, G, Maria Squeo, G, Maffezzoni, M, Mantovani, S, Mondelli &amp, M, Ludovisi, S, Onoja, Anthony, Picchiotti, Nicola, Fallerini, Chiara, Baldassarri, Margherita, Fava, Francesca, Colombo, Francesca, Chiaromonte, Francesca, Renieri, Alessandra, Furini, Simone, Raimondi Francesco, Francesca Mari, Sergio Daga, Elisa Benetti, Mirella Bruttini, Maria Palmieri, Susanna Croci, Sara Amitrano, Ilaria Meloni, Elisa Frullanti, Gabriella Doddato, Mirjam Lista, Giada Beligni, Floriana Valentino, Kristina Zguro, Rossella Tita, Annarita Giliberti, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca Ariani, Laura Di Sarno, Francesca Montagnani, Mario Tumbarello, Ilaria Rancan, Massimiliano Fabbiani, Barbara Rossetti, Laura Bergantini, Miriana D’Alessandro, Paolo Cameli, David Bennett, Federico Anedda, Simona Marcantonio, Sabino Scolletta, Federico Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna Guerrini, Edoardo Conticini, Luca Cantarini, Bruno Frediani, Danilo Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Marco Feri, Alice Donati, Raffaele Scala, Luca Guidelli, Genni Spargi, Marta Corridi, Cesira Nencioni, Leonardo Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide Romani, Paolo Piacentini, Maria Bandini, Elena Desanctis, Silvia Cappelli, Anna Canaccini, Agnese Verzuri, Valentina Anemoli, Manola Pisani, Agostino Ognibene, Alessandro Pancrazzi, Maria Lorubbio, Massimo Vaghi, Antonella D’Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Raffaele Bruno, Marco Vecchia, Massimo Girardis, Sophie Venturelli, Stefano Busani, Andrea Cossarizza, Andrea Antinori, Alessandra Vergori, Arianna Emiliozzi, Stefano Rusconi, Matteo Siano, Arianna Gabrieli, Agostino Riva, Daniela Francisci, Elisabetta Schiaroli, Francesco Paciosi, Andrea Tommasi, Umberto Zuccon, Lucia Vietri, Pier Giorgio Scotton, Francesca Andretta, Sandro Panese, Stefano Baratti, Renzo Scaggiante, Francesca Gatti, Saverio Giuseppe Parisi, Francesco Castelli, Eugenia Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella Zanella, Matteo Della Monica, Carmelo Piscopo, Mario Capasso, Roberta Russo, Immacolata Andolfo, Achille Iolascon, Giuseppe Fiorentino, Massimo Carella, Marco Castori, Filippo Aucella, Pamela Raggi, Rita Perna, Matteo Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio Sanguinetti, Luca Masucci, Alessandra Guarnaccia, Serafina Valente, Oreste De Vivo, Elena Bargagli, Marco Mandalà, Alessia Giorli, Lorenzo Salerni, Patrizia Zucchi, Pierpaolo Parravicini, Elisabetta Menatti, Tullio Trotta, Ferdinando Giannattasio, Gabriella Coiro, Fabio Lena, Gianluca Lacerenza, Domenico A. Coviello, Cristina Mussini, Enrico Martinelli, Luisa Tavecchia, Mary Ann Belli, Lia Crotti, Gianfranco Parati, Maurizio Sanarico, Filippo Biscarini, Alessandra Stella, Marco Rizzi, Franco Maggiolo, Diego Ripamonti, Claudia Suardi, Tiziana Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Simona Sarzi-Braga, Maurizio Bussotti, Katia Capitani, Simona Dei, Sabrina Ravaglia, Rosangela Artuso, Elena Andreucci, Giulia Gori, Angelica Pagliazzi, Erika Fiorentini, Antonio Perrella, Francesco Bianchi, Paola Bergomi, Emanuele Catena, Riccardo Colombo, Sauro Luchi, Giovanna Morelli, Paola Petrocelli, Sarah Iacopini, Sara Modica, Silvia Baroni, Francesco Vladimiro Segala, Francesco Menichetti, Marco Falcone, Giusy Tiseo, Chiara Barbieri, Tommaso Matucci, Davide Grassi, Claudio Ferri, Franco Marinangeli, Francesco Brancati, Antonella Vincenti, Valentina Borgo, Stefania Lombardi, Mirco Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca Vichi, Benedetta Romanin, Letizia Attala, Cecilia Costa, Andrea Gabbuti, Roberto Menè, Marta Colaneri, Patrizia Casprini, Giuseppe Merla, Gabriella Maria Squeo, Marcello Maffezzoni, Stefania Mantovani, Mario U. Mondelli &, Serena Ludovisi, Anthony, O, Nicola, P, Chiara, F, Margherita, B, Francesca, F, Francesca, C, Alessandra, R, Simone, F, Francesco, R, Mari, F, Daga, S, Benetti, E, Bruttini, M, Palmieri, M, Croci, S, Amitrano, S, Meloni, I, Frullanti, E, Doddato, G, Lista, M, Beligni, G, Valentino, F, Zguro, K, Tita, R, Giliberti, A, Antonietta Mencarelli, M, Lo Rizzo, C, Maria Pinto, A, Ariani, F, Di Sarno, L, Montagnani, F, Tumbarello, M, Rancan, I, Fabbiani, M, Rossetti, B, Bergantini, L, D’Alessandro, M, Cameli, P, Bennett, D, Anedda, F, Marcantonio, S, Scolletta, S, Franchi, F, Antonietta Mazzei, M, Guerrini, S, Conticini, E, Cantarini, L, Frediani, B, Tacconi, D, Spertilli Raffaelli, C, Feri, M, Donati, A, Scala, R, Guidelli, L, Spargi, G, Corridi, M, Nencioni, C, Croci, L, Piero Caldarelli, G, Romani, D, Piacentini, P, Bandini, M, Desanctis, E, Cappelli, S, Canaccini, A, Verzuri, A, Anemoli, V, Pisani, M, Ognibene, A, Pancrazzi, A, Lorubbio, M, Vaghi, M, D’Arminio Monforte, A, Gaia Miraglia, F, Bruno, R, Vecchia, M, Girardis, M, Venturelli, S, Busani, S, Cossarizza, A, Antinori, A, Vergori, A, Emiliozzi, A, Rusconi, S, Siano, M, Gabrieli, A, Riva, A, Francisci, D, Schiaroli, E, Paciosi, F, Tommasi, A, Zuccon, U, Vietri, L, Giorgio Scotton, P, Andretta, F, Panese, S, Baratti, S, Scaggiante, R, Gatti, F, Giuseppe Parisi, S, Castelli, F, Quiros-Roldan, E, Degli Antoni, M, Zanella, I, Della Monica, M, Piscopo, C, Capasso, M, Russo, R, Andolfo, I, Iolascon, A, Fiorentino, G, Carella, M, Castori, M, Aucella, F, Raggi, P, Perna, R, Bassetti, M, Di Biagio, A, Sanguinetti, M, Masucci, L, Guarnaccia, A, Valente, S, De Vivo, O, Bargagli, E, Mandalà, M, Giorli, A, Salerni, L, Zucchi, P, Parravicini, P, Menatti, E, Trotta, T, Giannattasio, F, Coiro, G, Lena, F, Lacerenza, G, Coviello, D, Mussini, C, Martinelli, E, Tavecchia, L, Ann Belli, M, Crotti, L, Parati, G, Sanarico, M, Biscarini, F, Stella, A, Rizzi, M, Maggiolo, F, Ripamonti, D, Suardi, C, Bachetti, T, Teresa La Rovere, M, Sarzi-Braga, S, Bussotti, M, Capitani, K, Dei, S, Ravaglia, S, Artuso, R, Andreucci, E, Gori, G, Pagliazzi, A, Fiorentini, E, Perrella, A, Bianchi, F, Bergomi, P, Catena, E, Colombo, R, Luchi, S, Morelli, G, Petrocelli, P, Iacopini, S, Modica, S, Baroni, S, Vladimiro Segala, F, Menichetti, F, Falcone, M, Tiseo, G, Barbieri, C, Matucci, T, Grassi, D, Ferri, C, Marinangeli, F, Brancati, F, Vincenti, A, Borgo, V, Lombardi, S, Lenzi, M, Antonio Di Pietro, M, Vichi, F, Romanin, B, Attala, L, Costa, C, Gabbuti, A, Menè, R, Colaneri, M, Casprini, P, Merla, G, Maria Squeo, G, Maffezzoni, M, Mantovani, S, Mondelli &amp, M, Ludovisi, S, Onoja, Anthony, Picchiotti, Nicola, Fallerini, Chiara, Baldassarri, Margherita, Fava, Francesca, Colombo, Francesca, Chiaromonte, Francesca, Renieri, Alessandra, Furini, Simone, Raimondi Francesco, Francesca Mari, Sergio Daga, Elisa Benetti, Mirella Bruttini, Maria Palmieri, Susanna Croci, Sara Amitrano, Ilaria Meloni, Elisa Frullanti, Gabriella Doddato, Mirjam Lista, Giada Beligni, Floriana Valentino, Kristina Zguro, Rossella Tita, Annarita Giliberti, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca Ariani, Laura Di Sarno, Francesca Montagnani, Mario Tumbarello, Ilaria Rancan, Massimiliano Fabbiani, Barbara Rossetti, Laura Bergantini, Miriana D’Alessandro, Paolo Cameli, David Bennett, Federico Anedda, Simona Marcantonio, Sabino Scolletta, Federico Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna Guerrini, Edoardo Conticini, Luca Cantarini, Bruno Frediani, Danilo Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Marco Feri, Alice Donati, Raffaele Scala, Luca Guidelli, Genni Spargi, Marta Corridi, Cesira Nencioni, Leonardo Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide Romani, Paolo Piacentini, Maria Bandini, Elena Desanctis, Silvia Cappelli, Anna Canaccini, Agnese Verzuri, Valentina Anemoli, Manola Pisani, Agostino Ognibene, Alessandro Pancrazzi, Maria Lorubbio, Massimo Vaghi, Antonella D’Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Raffaele Bruno, Marco Vecchia, Massimo Girardis, Sophie Venturelli, Stefano Busani, Andrea Cossarizza, Andrea Antinori, Alessandra Vergori, Arianna Emiliozzi, Stefano Rusconi, Matteo Siano, Arianna Gabrieli, Agostino Riva, Daniela Francisci, Elisabetta Schiaroli, Francesco Paciosi, Andrea Tommasi, Umberto Zuccon, Lucia Vietri, Pier Giorgio Scotton, Francesca Andretta, Sandro Panese, Stefano Baratti, Renzo Scaggiante, Francesca Gatti, Saverio Giuseppe Parisi, Francesco Castelli, Eugenia Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella Zanella, Matteo Della Monica, Carmelo Piscopo, Mario Capasso, Roberta Russo, Immacolata Andolfo, Achille Iolascon, Giuseppe Fiorentino, Massimo Carella, Marco Castori, Filippo Aucella, Pamela Raggi, Rita Perna, Matteo Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio Sanguinetti, Luca Masucci, Alessandra Guarnaccia, Serafina Valente, Oreste De Vivo, Elena Bargagli, Marco Mandalà, Alessia Giorli, Lorenzo Salerni, Patrizia Zucchi, Pierpaolo Parravicini, Elisabetta Menatti, Tullio Trotta, Ferdinando Giannattasio, Gabriella Coiro, Fabio Lena, Gianluca Lacerenza, Domenico A. Coviello, Cristina Mussini, Enrico Martinelli, Luisa Tavecchia, Mary Ann Belli, Lia Crotti, Gianfranco Parati, Maurizio Sanarico, Filippo Biscarini, Alessandra Stella, Marco Rizzi, Franco Maggiolo, Diego Ripamonti, Claudia Suardi, Tiziana Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Simona Sarzi-Braga, Maurizio Bussotti, Katia Capitani, Simona Dei, Sabrina Ravaglia, Rosangela Artuso, Elena Andreucci, Giulia Gori, Angelica Pagliazzi, Erika Fiorentini, Antonio Perrella, Francesco Bianchi, Paola Bergomi, Emanuele Catena, Riccardo Colombo, Sauro Luchi, Giovanna Morelli, Paola Petrocelli, Sarah Iacopini, Sara Modica, Silvia Baroni, Francesco Vladimiro Segala, Francesco Menichetti, Marco Falcone, Giusy Tiseo, Chiara Barbieri, Tommaso Matucci, Davide Grassi, Claudio Ferri, Franco Marinangeli, Francesco Brancati, Antonella Vincenti, Valentina Borgo, Stefania Lombardi, Mirco Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca Vichi, Benedetta Romanin, Letizia Attala, Cecilia Costa, Andrea Gabbuti, Roberto Menè, Marta Colaneri, Patrizia Casprini, Giuseppe Merla, Gabriella Maria Squeo, Marcello Maffezzoni, Stefania Mantovani, Mario U. Mondelli &, and Serena Ludovisi

Abstract

We employed a multifaceted computational strategy to identify the genetic factors contributing to increased risk of severe COVID-19 infection from a Whole Exome Sequencing (WES) dataset of a cohort of 2000 Italian patients. We coupled a stratified k-fold screening, to rank variants more associated with severity, with the training of multiple supervised classifiers, to predict severity based on screened features. Feature importance analysis from tree-based models allowed us to identify 16 variants with the highest support which, together with age and gender covariates, were found to be most predictive of COVID-19 severity. When tested on a follow-up cohort, our ensemble of models predicted severity with high accuracy (ACC = 81.88%; AUCROC = 96%; MCC = 61.55%). Our model recapitulated a vast literature of emerging molecular mechanisms and genetic factors linked to COVID-19 response and extends previous landmark Genome-Wide Association Studies (GWAS). It revealed a network of interplaying genetic signatures converging on established immune system and inflammatory processes linked to viral infection response. It also identified additional processes cross-talking with immune pathways, such as GPCR signaling, which might offer additional opportunities for therapeutic intervention and patient stratification. Publicly available PheWAS datasets revealed that several variants were significantly associated with phenotypic traits such as “Respiratory or thoracic disease”, supporting their link with COVID-19 severity outcome.

Published
2022

6. Burden of Disease in PWH Harboring a Multidrug-Resistant Virus: Data from the PRESTIGIO Registry

Author

Galli, L, Parisi, M, Poli, A, Menozzi, M, Fiscon, M, Garlassi, E, Francisci, D, DI Biagio, A, Sterrantino, G, Fornabaio, C, Degli Antoni, A, Angarano, G, Fusco, F, D'Arminio Monforte, A, Corbelli, G, Santoro, M, Zazzi, M, Castagna, A, Gianotti, N, Maggiolo, F, Calza, L, Foca, E, Cenderello, G, Rusconi, S, Mussini, C, Antinori, A, Gagliardini, R, Bonora, S, Ferrara, M, Galli, A, Carini, E, Bigoloni, A, Tavio, M, Butini, L, Giacometti, A, Vaccher, E, Martellotta, F, Da Ros, V, Saracino, A, Balena, F, Comi, L, DI Filippo, E, Valenti, D, Suardi, C, Mazzola, B, Viale, P, Del Turco, E, Ramirez, M, Castelli, F, Celotti, A, Brognoli, F, Bonoldi, G, Menzaghi, B, Abeli, C, Farinazzo, M, Ortu, F, Campus, M, Cacopardo, B, Celesia, M, Pan, A, Bartoloni, A, Rinaldi, F, Giache, S, Pierluigi, B, Vichi, F, Santantonio, T, Ferrara, S, Bruno, S, Cassola, G, Marcello, F, Calautti, F, Bassetti, M, Bruzzone, B, Artioli, S, Lazzarin, A, Canetti, D, Galli, M, Formenti, T, Morena, V, Gabrieli, A, Gazzola, L, Merlini, E, Minieri, V, Gori, A, Bandera, A, Pastore, V, Ferroni, V, Puoti, M, Moioli, C, Vassalli, S, Enrica, R, Giulia, N, Beghetto, B, Manzillo, E, Franco, A, Cattelan, A, Marinello, S, Cavinato, S, Macario, A, Cascio, A, Mazzola, G, Antoni, A, Ferrari, C, Laccabue, D, Filice, G, Gulminetti, R, Pagnucco, L, Asti, A, Schiaroli, E, Papalini, C, Italiani, F, DI Pietro, M, Magnani, G, Elisa, G, Barchi, E, Corsini, R, Vergori, A, Cicalini, S, Onnelli, G, Giannetti, A, Cauda, R, Ciccullo, A, La Monica, S, Vullo, V, Dettorre, G, Cavallari, E, Andreoni, M, Malagnino, V, Ceccarelli, L, Viviani, F, Sasset, L, Dentone, C, Rossetti, B, Modica, S, Borgo, V, DI Perri, G, Carcieri, C, Malena, M, Padovani, B, Luzzati, R, Centonze, S, Valentinotti, R, Galli L., Parisi M. R., Poli A., Menozzi M., Fiscon M., Garlassi E., Francisci D., DI Biagio A., Sterrantino G., Fornabaio C., Degli Antoni A., Angarano G., Fusco F. M., D'Arminio Monforte A., Corbelli G. M., Santoro M. M., Zazzi M., Castagna A., Gianotti N., Maggiolo F., Calza L., Foca E., Cenderello G., Rusconi S., Mussini C., Antinori A., Gagliardini R., Bonora S., Ferrara M., Santoro M., Galli A., Carini E., Bigoloni A., Tavio M., Butini L., Giacometti A., Vaccher E., Martellotta F., Da Ros V., Saracino A., Balena F., Comi L., DI Filippo E., Valenti D., Suardi C., Mazzola B., Viale P., Del Turco E. R., Ramirez M. V., Castelli F., Celotti A., Brognoli F., Bonoldi G., Menzaghi B., Abeli C., Farinazzo M., Ortu F., Campus M., Cacopardo B., Celesia M., Pan A., Bartoloni A., Rinaldi F., Giache S., Pierluigi B., Vichi F., Santantonio T., Ferrara S., Bruno S. R., Cassola G., Marcello F., Calautti F., Bassetti M., Bruzzone B., Artioli S., Lazzarin A., Canetti D., Galli M., Formenti T., Morena V., Gabrieli A., Gazzola L., Merlini E., Minieri V., Gori A., Bandera A., Pastore V., Ferroni V., Puoti M., Moioli C., Vassalli S., Enrica R., Giulia N., Beghetto B., Manzillo E., Franco A., Cattelan A. M., Marinello S., Cavinato S., MacArio A., Cascio A., Mazzola G., Antoni A. M. D., Ferrari C., Laccabue D., Filice G., Gulminetti R., Pagnucco L., Asti A., Schiaroli E., Papalini C., Italiani F., DI Pietro M., Magnani G., Elisa G., Barchi E., Corsini R., Vergori A., Cicalini S., Onnelli G., Giannetti A., Cauda R., Ciccullo A., La Monica S., Vullo V., Dettorre G., Cavallari E. N., Andreoni M., Malagnino V., Ceccarelli L., Viviani F., Sasset L., Dentone C., Rossetti B., Modica S., Borgo V., DI Perri G., Carcieri C., Malena M., Padovani B., Luzzati R., Centonze S., Valentinotti R., Galli, L, Parisi, M, Poli, A, Menozzi, M, Fiscon, M, Garlassi, E, Francisci, D, DI Biagio, A, Sterrantino, G, Fornabaio, C, Degli Antoni, A, Angarano, G, Fusco, F, D'Arminio Monforte, A, Corbelli, G, Santoro, M, Zazzi, M, Castagna, A, Gianotti, N, Maggiolo, F, Calza, L, Foca, E, Cenderello, G, Rusconi, S, Mussini, C, Antinori, A, Gagliardini, R, Bonora, S, Ferrara, M, Galli, A, Carini, E, Bigoloni, A, Tavio, M, Butini, L, Giacometti, A, Vaccher, E, Martellotta, F, Da Ros, V, Saracino, A, Balena, F, Comi, L, DI Filippo, E, Valenti, D, Suardi, C, Mazzola, B, Viale, P, Del Turco, E, Ramirez, M, Castelli, F, Celotti, A, Brognoli, F, Bonoldi, G, Menzaghi, B, Abeli, C, Farinazzo, M, Ortu, F, Campus, M, Cacopardo, B, Celesia, M, Pan, A, Bartoloni, A, Rinaldi, F, Giache, S, Pierluigi, B, Vichi, F, Santantonio, T, Ferrara, S, Bruno, S, Cassola, G, Marcello, F, Calautti, F, Bassetti, M, Bruzzone, B, Artioli, S, Lazzarin, A, Canetti, D, Galli, M, Formenti, T, Morena, V, Gabrieli, A, Gazzola, L, Merlini, E, Minieri, V, Gori, A, Bandera, A, Pastore, V, Ferroni, V, Puoti, M, Moioli, C, Vassalli, S, Enrica, R, Giulia, N, Beghetto, B, Manzillo, E, Franco, A, Cattelan, A, Marinello, S, Cavinato, S, Macario, A, Cascio, A, Mazzola, G, Antoni, A, Ferrari, C, Laccabue, D, Filice, G, Gulminetti, R, Pagnucco, L, Asti, A, Schiaroli, E, Papalini, C, Italiani, F, DI Pietro, M, Magnani, G, Elisa, G, Barchi, E, Corsini, R, Vergori, A, Cicalini, S, Onnelli, G, Giannetti, A, Cauda, R, Ciccullo, A, La Monica, S, Vullo, V, Dettorre, G, Cavallari, E, Andreoni, M, Malagnino, V, Ceccarelli, L, Viviani, F, Sasset, L, Dentone, C, Rossetti, B, Modica, S, Borgo, V, DI Perri, G, Carcieri, C, Malena, M, Padovani, B, Luzzati, R, Centonze, S, Valentinotti, R, Galli L., Parisi M. R., Poli A., Menozzi M., Fiscon M., Garlassi E., Francisci D., DI Biagio A., Sterrantino G., Fornabaio C., Degli Antoni A., Angarano G., Fusco F. M., D'Arminio Monforte A., Corbelli G. M., Santoro M. M., Zazzi M., Castagna A., Gianotti N., Maggiolo F., Calza L., Foca E., Cenderello G., Rusconi S., Mussini C., Antinori A., Gagliardini R., Bonora S., Ferrara M., Santoro M., Galli A., Carini E., Bigoloni A., Tavio M., Butini L., Giacometti A., Vaccher E., Martellotta F., Da Ros V., Saracino A., Balena F., Comi L., DI Filippo E., Valenti D., Suardi C., Mazzola B., Viale P., Del Turco E. R., Ramirez M. V., Castelli F., Celotti A., Brognoli F., Bonoldi G., Menzaghi B., Abeli C., Farinazzo M., Ortu F., Campus M., Cacopardo B., Celesia M., Pan A., Bartoloni A., Rinaldi F., Giache S., Pierluigi B., Vichi F., Santantonio T., Ferrara S., Bruno S. R., Cassola G., Marcello F., Calautti F., Bassetti M., Bruzzone B., Artioli S., Lazzarin A., Canetti D., Galli M., Formenti T., Morena V., Gabrieli A., Gazzola L., Merlini E., Minieri V., Gori A., Bandera A., Pastore V., Ferroni V., Puoti M., Moioli C., Vassalli S., Enrica R., Giulia N., Beghetto B., Manzillo E., Franco A., Cattelan A. M., Marinello S., Cavinato S., MacArio A., Cascio A., Mazzola G., Antoni A. M. D., Ferrari C., Laccabue D., Filice G., Gulminetti R., Pagnucco L., Asti A., Schiaroli E., Papalini C., Italiani F., DI Pietro M., Magnani G., Elisa G., Barchi E., Corsini R., Vergori A., Cicalini S., Onnelli G., Giannetti A., Cauda R., Ciccullo A., La Monica S., Vullo V., Dettorre G., Cavallari E. N., Andreoni M., Malagnino V., Ceccarelli L., Viviani F., Sasset L., Dentone C., Rossetti B., Modica S., Borgo V., DI Perri G., Carcieri C., Malena M., Padovani B., Luzzati R., Centonze S., and Valentinotti R.

Abstract

Background: Currently, no data are available on the burden of morbidity and mortality in people with HIV-1 (PWH) harboring a 4-class drug-resistant (4DR) virus (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, protease inhibitors, integrase strand transfer inhibitors). The study aimed to assess the incidence of clinical events and death in this population. Methods: This was a cohort study on PWH from the PRESTIGIO Registry with a documented 4DR virus. Burden of disease was defined as the occurrence of any new event including an AIDS-defining event (ADE) or non-AIDS-defining event (NADE) or death from any cause after 4DR evidence (baseline). Cox regression models evaluated factors associated with the risk of new clinical events/death. Results: Among 148 PWH followed for a median (interquartile range) of 47 (32-84) months after 4DR evidence, 38 PWH had 62 new events or died from any cause (incidence rate, 9.12/100 person-years of follow-up; 95% CI = 6.85-11.39): 12 deaths (6 AIDS-related and 6 non-AIDS-related), 18 ADEs, 32 NADEs; 20 of the 38 NADEs (45%) of the incident clinical events were malignancies. The 4-year cumulative incidence of death was 6% (95% CI, 3%-13%), and that of ≥1 event or death was 22% (95% CI, 16%-31%). A higher risk of new clinical events/death was more likely in PWH with previous clinical events (adjusted hazard ratio [aHR], 2.67; 95% CI, 1.07-6.67) and marginally associated with lower baseline CD4+/CD8+ ratio (aHR, 0.82; 95% CI, 0.65-1.02). Conclusions: PWH harboring 4DR have a high burden of disease with a worrying incidence of malignancies, strongly advising for close prevention and monitoring interventions as well as access to innovative therapeutic strategies, especially in people with a history of clinical events and low CD4+/CD8+ ratio.

Published
2020

7. Burden of Disease in PWH Harboring a Multidrug-Resistant Virus: Data from the PRESTIGIO Registry

Author

Galli, L., Parisi, M. R., Poli, A., Menozzi, M., Fiscon, M., Garlassi, E., Francisci, D., DI Biagio, A., Sterrantino, G., Fornabaio, C., Degli Antoni, A., Angarano, G., Fusco, F. M., D'Arminio Monforte, A., Corbelli, G. M., Santoro, M. M., Zazzi, M., Castagna, A., Gianotti, N., Maggiolo, F., Calza, L., Foca, E., Cenderello, G., Rusconi, S., Mussini, C., Antinori, A., Gagliardini, R., Bonora, S., Ferrara, M., Santoro, M., Galli, A., Carini, E., Bigoloni, A., Tavio, M., Butini, L., Giacometti, A., Vaccher, E., Martellotta, F., Da Ros, V., Saracino, A., Balena, F., Comi, L., DI Filippo, E., Valenti, D., Suardi, C., Mazzola, B., Viale, P., Del Turco, E. R., Ramirez, M. V., Castelli, F., Celotti, A., Brognoli, F., Bonoldi, G., Menzaghi, B., Abeli, C., Farinazzo, M., Ortu, F., Campus, M., Cacopardo, B., Celesia, M., Pan, A., Bartoloni, A., Rinaldi, F., Giache, S., Pierluigi, B., Vichi, F., Santantonio, T., Ferrara, S., Bruno, S. R., Cassola, G., Marcello, F., Calautti, F., Bassetti, M., Bruzzone, B., Artioli, S., Lazzarin, A., Canetti, D., Galli, M., Formenti, T., Morena, V., Gabrieli, A., Gazzola, L., Merlini, E., Minieri, V., Gori, A., Bandera, A., Pastore, V., Ferroni, V., Puoti, M., Moioli, C., Vassalli, S., Enrica, R., Giulia, N., Beghetto, B., Manzillo, E., Franco, A., Cattelan, A. M., Marinello, S., Cavinato, S., Macario, A., Cascio, A., Mazzola, G., Antoni, A. M. D., Ferrari, C., Laccabue, D., Filice, G., Gulminetti, R., Pagnucco, L., Asti, A., Schiaroli, E., Papalini, C., Italiani, F., DI Pietro, M., Magnani, G., Elisa, G., Barchi, E., Corsini, R., Vergori, A., Cicalini, S., Onnelli, G., Giannetti, A., Cauda, R., Ciccullo, A., La Monica, S., Vullo, V., Dettorre, G., Cavallari, E. N., Andreoni, M., Malagnino, V., Ceccarelli, L., Viviani, F., Sasset, L., Dentone, C., Rossetti, B., Modica, S., Borgo, V., DI Perri, G., Carcieri, C., Malena, M., Padovani, B., Luzzati, R., Centonze, S., Valentinotti, R., Galli L., Parisi M.R., Poli A., Menozzi M., Fiscon M., Garlassi E., Francisci D., DI Biagio A., Sterrantino G., Fornabaio C., Degli Antoni A., Angarano G., Fusco F.M., D'Arminio Monforte A., Corbelli G.M., Santoro M.M., Zazzi M., Castagna A., Gianotti N., Maggiolo F., Calza L., Foca E., Cenderello G., Rusconi S., Mussini C., Antinori A., Gagliardini R., Bonora S., Ferrara M., Santoro M., Galli A., Carini E., Bigoloni A., Tavio M., Butini L., Giacometti A., Vaccher E., Martellotta F., Da Ros V., Saracino A., Balena F., Comi L., DI Filippo E., Valenti D., Suardi C., Mazzola B., Viale P., Del Turco E.R., Ramirez M.V., Castelli F., Celotti A., Brognoli F., Bonoldi G., Menzaghi B., Abeli C., Farinazzo M., Ortu F., Campus M., Cacopardo B., Celesia M., Pan A., Bartoloni A., Rinaldi F., Giache S., Pierluigi B., Vichi F., Santantonio T., Ferrara S., Bruno S.R., Cassola G., Marcello F., Calautti F., Bassetti M., Bruzzone B., Artioli S., Lazzarin A., Canetti D., Galli M., Formenti T., Morena V., Gabrieli A., Gazzola L., Merlini E., Minieri V., Gori A., Bandera A., Pastore V., Ferroni V., Puoti M., Moioli C., Vassalli S., Enrica R., Giulia N., Beghetto B., Manzillo E., Franco A., Cattelan A.M., Marinello S., Cavinato S., MacArio A., Cascio A., Mazzola G., Antoni A.M.D., Ferrari C., Laccabue D., Filice G., Gulminetti R., Pagnucco L., Asti A., Frsdi E., Schiaroli E., Papalini C., Italiani F., DI Pietro M., Magnani G., Elisa G., Barchi E., Corsini R., Vergori A., Cicalini S., Onnelli G., Giannetti A., Cauda R., Ciccullo A., La Monica S., Vullo V., Dettorre G., Cavallari E.N., Andreoni M., Malagnino V., Ceccarelli L., Viviani F., Sasset L., Dentone C., Rossetti B., Modica S., Borgo V., DI Perri G., Carcieri C., Malena M., Padovani B., Luzzati R., Centonze S., Valentinotti R., Galli, L, Parisi, M, Poli, A, Menozzi, M, Fiscon, M, Garlassi, E, Francisci, D, DI Biagio, A, Sterrantino, G, Fornabaio, C, Degli Antoni, A, Angarano, G, Fusco, F, D'Arminio Monforte, A, Corbelli, G, Santoro, M, Zazzi, M, Castagna, A, Gianotti, N, Maggiolo, F, Calza, L, Foca, E, Cenderello, G, Rusconi, S, Mussini, C, Antinori, A, Gagliardini, R, Bonora, S, Ferrara, M, Galli, A, Carini, E, Bigoloni, A, Tavio, M, Butini, L, Giacometti, A, Vaccher, E, Martellotta, F, Da Ros, V, Saracino, A, Balena, F, Comi, L, DI Filippo, E, Valenti, D, Suardi, C, Mazzola, B, Viale, P, Del Turco, E, Ramirez, M, Castelli, F, Celotti, A, Brognoli, F, Bonoldi, G, Menzaghi, B, Abeli, C, Farinazzo, M, Ortu, F, Campus, M, Cacopardo, B, Celesia, M, Pan, A, Bartoloni, A, Rinaldi, F, Giache, S, Pierluigi, B, Vichi, F, Santantonio, T, Ferrara, S, Bruno, S, Cassola, G, Marcello, F, Calautti, F, Bassetti, M, Bruzzone, B, Artioli, S, Lazzarin, A, Canetti, D, Galli, M, Formenti, T, Morena, V, Gabrieli, A, Gazzola, L, Merlini, E, Minieri, V, Gori, A, Bandera, A, Pastore, V, Ferroni, V, Puoti, M, Moioli, C, Vassalli, S, Enrica, R, Giulia, N, Beghetto, B, Manzillo, E, Franco, A, Cattelan, A, Marinello, S, Cavinato, S, Macario, A, Cascio, A, Mazzola, G, Antoni, A, Ferrari, C, Laccabue, D, Filice, G, Gulminetti, R, Pagnucco, L, Asti, A, Schiaroli, E, Papalini, C, Italiani, F, DI Pietro, M, Magnani, G, Elisa, G, Barchi, E, Corsini, R, Vergori, A, Cicalini, S, Onnelli, G, Giannetti, A, Cauda, R, Ciccullo, A, La Monica, S, Vullo, V, Dettorre, G, Cavallari, E, Andreoni, M, Malagnino, V, Ceccarelli, L, Viviani, F, Sasset, L, Dentone, C, Rossetti, B, Modica, S, Borgo, V, DI Perri, G, Carcieri, C, Malena, M, Padovani, B, Luzzati, R, Centonze, S, Valentinotti, R, Galli, Laura, Parisi, Maria Rita, Poli, Andrea, Menozzi, Marianna, Fiscon, Marta, Garlassi, Elisa, Francisci, Daniela, Di Biagio, Antonio, Sterrantino, Gaetana, Fornabaio, Chiara, Degli Antoni, Anna, Angarano, Gioacchino, Fusco, Francesco Maria, D'Arminio Monforte, Antonella, Corbelli, Giulio Maria, Santoro, Maria Mercede, Zazzi, Maurizio, and Castagna, Antonella

Subjects
0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, 4-class drug resistance, AIDS-defining event, cancer, death, non-AIDS-defining event, Population, Major Articles, Settore MED/07, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Interquartile range, Internal medicine, medicine, Cumulative incidence, 030212 general & internal medicine, education, Disease burden, education.field_of_study, Proportional hazards model, business.industry, Incidence (epidemiology), Hazard ratio, 030112 virology, AcademicSubjects/MED00290, Infectious Diseases, Oncology, business, Cohort study
Abstract

BackgroundCurrently, no data are available on the burden of morbidity and mortality in people with HIV-1 (PWH) harboring a 4-class drug-resistant (4DR) virus (nucleoside reverse transcriptase inhibitors, non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, protease inhibitors, integrase strand transfer inhibitors). The study aimed to assess the incidence of clinical events and death in this population.MethodsThis was a cohort study on PWH from the PRESTIGIO Registry with a documented 4DR virus. Burden of disease was defined as the occurrence of any new event including an AIDS-defining event (ADE) or non-AIDS-defining event (NADE) or death from any cause after 4DR evidence (baseline). Cox regression models evaluated factors associated with the risk of new clinical events/death.ResultsAmong 148 PWH followed for a median (interquartile range) of 47 (32–84) months after 4DR evidence, 38 PWH had 62 new events or died from any cause (incidence rate, 9.12/100 person-years of follow-up; 95% CI = 6.85–11.39): 12 deaths (6 AIDS-related and 6 non-AIDS-related), 18 ADEs, 32 NADEs; 20 of the 38 NADEs (45%) of the incident clinical events were malignancies. The 4-year cumulative incidence of death was 6% (95% CI, 3%–13%), and that of ≥1 event or death was 22% (95% CI, 16%–31%). A higher risk of new clinical events/death was more likely in PWH with previous clinical events (adjusted hazard ratio [aHR], 2.67; 95% CI, 1.07–6.67) and marginally associated with lower baseline CD4+/CD8+ ratio (aHR, 0.82; 95% CI, 0.65–1.02).ConclusionsPWH harboring 4DR have a high burden of disease with a worrying incidence of malignancies, strongly advising for close prevention and monitoring interventions as well as access to innovative therapeutic strategies, especially in people with a history of clinical events and low CD4+/CD8+ ratio.

Published
2020

10. Dai bruchi alle farfalle

Author

Gambini, A, Galimberti, B, Borgo, V, GAMBINI, ANNASTELLA, Borgo, V., Gambini, A, Galimberti, B, Borgo, V, GAMBINI, ANNASTELLA, and Borgo, V.

Published
2010

13. Dai bruchi alle farfalle

Author

GAMBINI, ANNASTELLA, Galimberti, B, Borgo, V., Gambini, A, Galimberti, B, and Borgo, V

Subjects
scuola dell'infanzia, educazione scientifica, allevamento di animali, relazioni tra animali e piante, M-PED/03 - DIDATTICA E PEDAGOGIA SPECIALE
Published
2010

16. Tre luoghi d’acqua a confronto. Osservazione, analisi, relazioni

Author

GAMBINI, ANNASTELLA, PEZZOTTI, ANTONELLA, Borgo, V., Gambini, A, Pezzotti, A, and Borgo, V

Subjects
BIO/03 - BOTANICA AMBIENTALE E APPLICATA, M-PED/03 - DIDATTICA E PEDAGOGIA SPECIALE, didattica dell’ecologia, didattica sul campo, educazione ambientale, ecosistemi acquatici, relazioni in un ecosistema, confronto tra ecosistemi, BIO/07 - ECOLOGIA
Published
2007

18. Massive data pre-processing with a cluster based approach

Author

Borgo V., Pascucci V., and Scopigno R.

Subjects
direct volume rendering, computer simulation, 3D graphics, simplicial decompositions
Abstract

Data coming from complex simulation models reach easily dimensions much greater than available computational resources. Visualization of such data still represents the most intuitive and effective tool for scientific inspection of simulated phenomena. To ease this process several techniques have been adopted mainly concerning the use of hierarchical multi-resolution representations. In this paper we present the implementation of a hierarchical indexing schema for multiresolution data tailored to overwork the computational power of distributed environments.

Published
2004

19. COMPARATIVE MORPHOLOGIC STUDIES OF THE SUPERFICIAL BRANCHES OF THE MIDDLE CEREBRAL ARTERY.

Author

Dal Borgo, V. and Niceta, P.

Subjects
CEREBRAL arteries, ARTERIAL physiology, BLOOD-vessel physiology, MORPHOLOGY, PATHOLOGY
Abstract

A previous study of the middle cerebral artery demonstrated that the resistance to pressure of the anterior perforating branch was less than that of the superficial branches, and the hypothesis was advanced that the differences in resistance were due to differences in structure. In order to check this hypothesis histologically, the anterior perforating branches and some superficial branches of the middle cerebral arteries were removed from the brains of 21 adults, and the relative thicknesses of the tunica mediae were compared. Instead of the absolute thickness of the tunica media, were varies with the diameter of the artery, a parameter, M, was determined, where M is the ratio of the thickness of the tunica media to the external diameter of the artery. Measurements were made, not of the stained arterial preparation itself, but of its projection on graph paper, by means of a planimeter and a curvimeter. The M values were extremely variable, and were not correlated with type of superficial arterial branch, hemisphere of the brain, or age or sex of the person. This evidence indicates that the two types of arterial branches are structurally similar, and suggests that the differences in resistance to pressure are due to differences in topographic position. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
1960
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28. An explainable model of host genetic interactions linked to COVID-19 severity

Author

Onoja, Anthony, Picchiotti, Nicola, Fallerini, Chiara, Baldassarri, Margherita, Fava, Francesca, Colombo, Francesca, Chiaromonte, Francesca, Renieri, Alessandra, Furini, Simone, Raimondi, Francesco GEN-COVID Multicenter Study: Francesca Mari, Sergio, Daga, Elisa, Benetti, Mirella, Bruttini, Maria, Palmieri, Susanna, Croci, Sara, Amitrano, Ilaria, Meloni, Elisa, Frullanti, Gabriella, Doddato, Mirjam, Lista, Giada, Beligni, Floriana, Valentino, Kristina, Zguro, Rossella, Tita, Annarita, Giliberti, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca, Ariani, Laura Di Sarno, Francesca, Montagnani, Mario, Tumbarello, Ilaria, Rancan, Massimiliano, Fabbiani, Barbara, Rossetti, Laura, Bergantini, Miriana, D'Alessandro, Paolo, Cameli, David, Bennett, Federico, Anedda, Simona, Marcantonio, Sabino, Scolletta, Federico, Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna, Guerrini, Edoardo, Conticini, Luca, Cantarini, Bruno, Frediani, Danilo, Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Marco, Feri, Alice, Donati, Raffaele, Scala, Luca, Guidelli, Genni, Spargi, Marta, Corridi, Cesira, Nencioni, Leonardo, Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide, Romani, Paolo, Piacentini, Maria, Bandini, Elena, Desanctis, Silvia, Cappelli, Anna, Canaccini, Agnese, Verzuri, Valentina, Anemoli, Manola, Pisani, Agostino, Ognibene, Alessandro, Pancrazzi, Maria, Lorubbio, Massimo, Vaghi, Antonella D'Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Raffaele, Bruno, Marco, Vecchia, Massimo, Girardis, Sophie, Venturelli, Stefano, Busani, Andrea, Cossarizza, Andrea, Antinori, Alessandra, Vergori, Arianna, Emiliozzi, Stefano, Rusconi, Matteo, Siano, Arianna, Gabrieli, Agostino, Riva, Daniela, Francisci, Elisabetta, Schiaroli, Francesco, Paciosi, Andrea, Tommasi, Umberto, Zuccon, Lucia, Vietri, Pier Giorgio Scotton, Francesca, Andretta, Sandro, Panese, Stefano, Baratti, Renzo, Scaggiante, Francesca, Gatti, Saverio Giuseppe Parisi, Francesco, Castelli, Eugenia, Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella, Zanella, Matteo Della Monica, Carmelo, Piscopo, Mario, Capasso, Roberta, Russo, Immacolata, Andolfo, Achille, Iolascon, Giuseppe, Fiorentino, Massimo, Carella, Marco, Castori, Filippo, Aucella, Pamela, Raggi, Rita, Perna, Matteo, Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio, Sanguinetti, Luca, Masucci, Alessandra, Guarnaccia, Serafina, Valente, Oreste De Vivo, Elena, Bargagli, Marco, Mandalà, Alessia, Giorli, Lorenzo, Salerni, Patrizia, Zucchi, Pierpaolo, Parravicini, Elisabetta, Menatti, Tullio, Trotta, Ferdinando, Giannattasio, Gabriella, Coiro, Fabio, Lena, Gianluca, Lacerenza, Domenico, A Coviello, Cristina, Mussini, Enrico, Martinelli, Luisa, Tavecchia, Mary Ann Belli, Lia, Crotti, Gianfranco, Parati, Maurizio, Sanarico, Filippo, Biscarini, Alessandra, Stella, Marco, Rizzi, Franco, Maggiolo, Diego, Ripamonti, Claudia, Suardi, Tiziana, Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Simona, Sarzi-Braga, Maurizio, Bussotti, Katia, Capitani, Simona, Dei, Sabrina, Ravaglia, Rosangela, Artuso, Elena, Andreucci, Giulia, Gori, Angelica, Pagliazzi, Erika, Fiorentini, Antonio, Perrella, Francesco, Bianchi, Paola, Bergomi, Emanuele, Catena, Riccardo, Colombo, Sauro, Luchi, Giovanna, Morelli, Paola, Petrocelli, Sarah, Iacopini, Sara, Modica, Silvia, Baroni, Francesco Vladimiro Segala, Francesco, Menichetti, Marco, Falcone, Giusy, Tiseo, Chiara, Barbieri, Tommaso, Matucci, Grassi, Davide, Ferri, Claudio, Marinangeli, Franco, Brancati, Francesco, Antonella, Vincenti, Valentina, Borgo, Lombardi, Stefania, Mirco, Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca, Vichi, Benedetta, Romanin, Letizia, Attala, Cecilia, Costa, Andrea, Gabbuti, Roberto, Menè, Marta, Colaneri, Patrizia, Casprini, Giuseppe, Merla, Gabriella Maria Squeo, Marcello, Maffezzoni, Stefania, Mantovani, Mario, U Mondelli, Serena, Ludovisi, Onoja, Anthony, Picchiotti, Nicola, Fallerini, Chiara, Baldassarri, Margherita, Fava, Francesca, nbsp, Multicenter Study, GEN-COVID, Colombo, Francesca, Chiaromonte, Francesca, Renieri, Alessandra, Furini, Simone, Raimondi, Francesco, Anthony, O, Nicola, P, Chiara, F, Margherita, B, Francesca, F, Francesca, C, Alessandra, R, Simone, F, Francesco, R, Mari, F, Daga, S, Benetti, E, Bruttini, M, Palmieri, M, Croci, S, Amitrano, S, Meloni, I, Frullanti, E, Doddato, G, Lista, M, Beligni, G, Valentino, F, Zguro, K, Tita, R, Giliberti, A, Antonietta Mencarelli, M, Lo Rizzo, C, Maria Pinto, A, Ariani, F, Di Sarno, L, Montagnani, F, Tumbarello, M, Rancan, I, Fabbiani, M, Rossetti, B, Bergantini, L, D’Alessandro, M, Cameli, P, Bennett, D, Anedda, F, Marcantonio, S, Scolletta, S, Franchi, F, Antonietta Mazzei, M, Guerrini, S, Conticini, E, Cantarini, L, Frediani, B, Tacconi, D, Spertilli Raffaelli, C, Feri, M, Donati, A, Scala, R, Guidelli, L, Spargi, G, Corridi, M, Nencioni, C, Croci, L, Piero Caldarelli, G, Romani, D, Piacentini, P, Bandini, M, Desanctis, E, Cappelli, S, Canaccini, A, Verzuri, A, Anemoli, V, Pisani, M, Ognibene, A, Pancrazzi, A, Lorubbio, M, Vaghi, M, D’Arminio Monforte, A, Gaia Miraglia, F, Bruno, R, Vecchia, M, Girardis, M, Venturelli, S, Busani, S, Cossarizza, A, Antinori, A, Vergori, A, Emiliozzi, A, Rusconi, S, Siano, M, Gabrieli, A, Riva, A, Francisci, D, Schiaroli, E, Paciosi, F, Tommasi, A, Zuccon, U, Vietri, L, Giorgio Scotton, P, Andretta, F, Panese, S, Baratti, S, Scaggiante, R, Gatti, F, Giuseppe Parisi, S, Castelli, F, Quiros-Roldan, E, Degli Antoni, M, Zanella, I, Della Monica, M, Piscopo, C, Capasso, M, Russo, R, Andolfo, I, Iolascon, A, Fiorentino, G, Carella, M, Castori, M, Aucella, F, Raggi, P, Perna, R, Bassetti, M, Di Biagio, A, Sanguinetti, M, Masucci, L, Guarnaccia, A, Valente, S, De Vivo, O, Bargagli, E, Mandalà, M, Giorli, A, Salerni, L, Zucchi, P, Parravicini, P, Menatti, E, Trotta, T, Giannattasio, F, Coiro, G, Lena, F, Lacerenza, G, Coviello, D, Mussini, C, Martinelli, E, Tavecchia, L, Ann Belli, M, Crotti, L, Parati, G, Sanarico, M, Biscarini, F, Stella, A, Rizzi, M, Maggiolo, F, Ripamonti, D, Suardi, C, Bachetti, T, Teresa La Rovere, M, Sarzi-Braga, S, Bussotti, M, Capitani, K, Dei, S, Ravaglia, S, Artuso, R, Andreucci, E, Gori, G, Pagliazzi, A, Fiorentini, E, Perrella, A, Bianchi, F, Bergomi, P, Catena, E, Colombo, R, Luchi, S, Morelli, G, Petrocelli, P, Iacopini, S, Modica, S, Baroni, S, Vladimiro Segala, F, Menichetti, F, Falcone, M, Tiseo, G, Barbieri, C, Matucci, T, Grassi, D, Ferri, C, Marinangeli, F, Brancati, F, Vincenti, A, Borgo, V, Lombardi, S, Lenzi, M, Antonio Di Pietro, M, Vichi, F, Romanin, B, Attala, L, Costa, C, Gabbuti, A, Menè, R, Colaneri, M, Casprini, P, Merla, G, Maria Squeo, G, Maffezzoni, M, Mantovani, S, Mondelli &amp, M, and Ludovisi, S

Subjects
Genetics, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), Host (biology), COVID-19, Medicine (miscellaneous), Settore BIO/11 - Biologia Molecolare, Biology, Settore MED/07 - MICROBIOLOGIA E MICROBIOLOGIA CLINICA, Whole Exome Sequencing, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, machine learning, Phenotype, Exome Sequencing, Humans, Genetic Predisposition to Disease, Genome-Wide Association Study, General Agricultural and Biological Sciences, COVID, Human
Abstract

We employed a multifaceted computational strategy to identify the genetic factors contributing to increased risk of severe COVID-19 infection from a Whole Exome Sequencing (WES) dataset of a cohort of 2000 Italian patients. We coupled a stratified k-fold screening, to rank variants more associated with severity, with training of multiple supervised classifiers, to predict severity on the basis of screened features. Feature importance analysis from tree-based models allowed to identify a handful of 16 variants with highest support which, together with age and gender covariates, were found to be most predictive of COVID-19 severity. When tested on a follow-up cohort, our ensemble of models predicted severity with good accuracy (ACC=81.88%; ROC_AUC=96%; MCC=61.55%). Principal Component Analysis (PCA) and clustering of patients on important variants orthogonally identified two groups of individuals with a higher fraction of severe cases. Our model recapitulated a vast literature of emerging molecular mechanisms and genetic factors linked to COVID-19 response and extends previous landmark Genome Wide Association Studies (GWAS). It revealed a network of interplaying genetic signatures converging on established immune system and inflammatory processes linked to viral infection response, such as JAK-STAT, Cytokine, Interleukin, and C-type lectin receptor signaling. It also identified additional processes cross-talking with immune pathways, such as GPCR signalling, which might offer additional opportunities for therapeutic intervention and patient stratification. Publicly available PheWAS datasets revealed that several variants were significantly associated with phenotypic traits such as “Respiratory or thoracic disease”, confirming their link with COVID-19 severity outcome. Taken together, our analysis suggests that curated genetic information can be effectively integrated along with other patient clinical covariates to forecast COVID-19 disease severity and dissect the underlying host genetic mechanisms for personalized medicine treatments.

Published
2022
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29. Discordant Liver Fibrosis Predictors in Virologically Suppressed People Living with HIV without Hepatitis Virus Infection

Author

Barbara Rossetti, Valentina Borgo, Arianna Emiliozzi, Marta Colaneri, Giacomo Zanelli, Miriana d’Alessandro, Davide Motta, Laura Maiocchi, Francesca Montagnani, Maria Cristina Moioli, Chiara Baiguera, Margherita Sambo, Teresa Chiara Pieri, Pietro Valsecchi, Raffaele Bruno, Massimo Puoti, Massimiliano Fabbiani, Rossetti, B, Borgo, V, Emiliozzi, A, Colaneri, M, Zanelli, G, D'Alessandro, M, Motta, D, Maiocchi, L, Montagnani, F, Moioli, M, Baiguera, C, Sambo, M, Pieri, T, Valsecchi, P, Bruno, R, Puoti, M, and Fabbiani, M

Subjects
Medicine (General), R5-920, Clinical Biochemistry, Liver fibrosis, HIV, Liver fibrosi, ART, Article, liver fibrosis
Abstract

Severe liver fibrosis (LF) is associated with poor long-term liver-related outcomes in people living with HIV (PLWH). The study aimed to explore the prevalence and predictors of LF and the concordance between different non-invasive methods for the estimation of LF in HIV-infected individuals without hepatitis virus infection. We enrolled PLWH with HIV-1-RNA 12 months, excluding individuals with viral hepatitis. LF was assessed by transient elastography (TE) (significant >6.65 kPa), fibrosis-4 (FIB-4) (significant >2.67), and AST-to-platelet ratio index (APRI) (significant >1.5). We included 234 individuals (67% males, median age 49 years, median time from HIV diagnosis 11 years, 38% treated with integrase strand transfer inhibitors). In terms of the TE, 13% had ≥F2 stage; FIB-4 score was >1.5 in 7%; and APRI > 0.5 in 4%. Higher body mass index, diabetes mellitus, detectable baseline HIV-1 RNA and longer atazanavir exposure were associated with higher liver stiffness as per TE. Predictors of higher APRI score were CDC C stage and longer exposure to tenofovir alafenamide, while HBcAb positivity and longer exposure to tenofovir alafenamide were associated to higher FIB-4 scores. Qualitative agreement was poor between FIB-4/TE and between APRI/TE by non-parametric Spearman correlation and kappa statistic. In our study, in the group of PLWH without viral hepatitis, different non-invasive methods were discordant in predicting liver fibrosis.

Published
2021
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