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2. Data quality control considerations in multivariate environmental monitoring: experience of the French coastal network SOMLIT

Author

Breton, Elsa, primary, Savoye, Nicolas, additional, Rimmelin-Maury, Peggy, additional, Sautour, Benoit, additional, Goberville, Eric, additional, Lheureux, Arnaud, additional, Cariou, Thierry, additional, Ferreira, Sophie, additional, Agogué, Hélène, additional, Alliouane, Samir, additional, Aubert, Fabien, additional, Aubin, Sébastien, additional, Berthebaud, Eric, additional, Blayac, Hadrien, additional, Blondel, Lucie, additional, Boulart, Cédric, additional, Bozec, Yann, additional, Bureau, Sarah, additional, Caillo, Arnaud, additional, Cauvin, Arnaud, additional, Cazes, Jean-Baptiste, additional, Chasselin, Léo, additional, Claquin, Pascal, additional, Conan, Pascal, additional, Cordier, Marie-Ange, additional, Costes, Laurence, additional, Crec’hriou, Romain, additional, Crispi, Olivier, additional, Crouvoisier, Muriel, additional, David, Valérie, additional, Del Amo, Yolanda, additional, De Lary, Hortense, additional, Delebecq, Gaspard, additional, Devesa, Jeremy, additional, Domeau, Aurélien, additional, Durozier, Maria, additional, Emery, Claire, additional, Feunteun, Eric, additional, Fauchot, Juliette, additional, Gentilhomme, Valérie, additional, Geslin, Sandrine, additional, Giraud, Mélanie, additional, Grangeré, Karine, additional, Grégori, Gerald, additional, Grossteffan, Emilie, additional, Gueux, Aurore, additional, Guillaudeau, Julien, additional, Guillou, Gael, additional, Harrewyn, Manon, additional, Jolly, Orianne, additional, Jude-Lemeilleur, Florence, additional, Labatut, Paul, additional, Labourdette, Nathalie, additional, Lachaussée, Nicolas, additional, Lafont, Michel, additional, Lagadec, Veronique, additional, Lambert, Christophe, additional, Lamoureux, Jezebel, additional, Lanceleur, Laurent, additional, Lebreton, Benoit, additional, Lecuyer, Eric, additional, Lemeille, David, additional, Leredde, Yann, additional, Leroux, Cédric, additional, Leynaert, Aude, additional, L’Helguen, Stéphane, additional, Liénart, Camilla, additional, Macé, Eric, additional, Maria, Eric, additional, Marie, Barbara, additional, Marie, Dominique, additional, Mas, Sébastien, additional, Mendes, Fabrice, additional, Mornet, Line, additional, Mostajir, Behzad, additional, Mousseau, Laure, additional, Nowaczyk, Antoine, additional, Nunige, Sandra, additional, Parra, René, additional, Paulin, Thomas, additional, Pecqueur, David, additional, Petit, Franck, additional, Pineau, Philippe, additional, Raimbault, Patrick, additional, Rigaut-Jalabert, Fabienne, additional, Salmeron, Christophe, additional, Salter, Ian, additional, Sauriau, Pierre-Guy, additional, Seuront, Laurent, additional, Sultan, Emmanuelle, additional, Valdès, Rémi, additional, Vantrepotte, Vincent, additional, Vidussi, Francesca, additional, Voron, Florian, additional, Vuillemin, Renaud, additional, Zudaire, Laurent., additional, and Garcia, Nicole, additional

Published
2023
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3. Data quality control considerations in multivariate environmental monitoring: experience of the French coastal network SOMLIT

Author

Breton, Elsa, Savoye, Nicolas, Rimmelin-maury, Peggy, Sautour, Benoit, Goberville, Eric, Lheureux, Arnaud, Cariou, Thierry, Ferreira, Sophie, Agogué, Hélène, Alliouane, Samir, Aubert, Fabien, Aubin, Sébastien, Berthebaud, Eric, Blayac, Hadrien, Blondel, Lucie, Boulart, Cedric, Bozec, Yann, Bureau, Sarah, Caillo, Arnaud, Cauvin, Arnaud, Cazes, Jean-baptiste, Chasselin, Leo, Claquin, Pascal, Conan, Pascal, Cordier, Marie-ange, Costes, Laurence, Crec’hriou, Romain, Crispi, Olivier, Crouvoisier, Muriel, David, Valérie, Del Amo, Yolanda, De Lary, Hortense, Delebecq, Gaspard, Devesa, Jeremy, Domeau, Aurélien, Durozier, Maria, Emery, Claire, Feunteun, Eric, Fauchot, Juliette, Gentilhomme, Valérie, Geslin, Sandrine, Giraud, Mélanie, Grangeré, Karine, Grégori, Gerald, Grossteffan, Emilie, Gueux, Aurore, Guillaudeau, Julien, Guillou, Gael, Harrewyn, Manon, Jolly, Orianne, Jude-lemeilleur, Florence, Labatut, Paul, Labourdette, Nathalie, Lachaussée, Nicolas, Lafont, Michel, Lagadec, Veronique, Lambert, Christophe, Lamoureux, Jezebel, Lanceleur, Laurent, Lebreton, Benoit, Lecuyer, Eric, Lemeille, David, Leredde, Yann, Leroux, Cédric, Leynaert, Aude, L’helguen, Stéphane, Liénart, Camilla, Macé, Eric, Maria, Eric, Marie, Barbara, Marie, Dominique, Mas, Sébastien, Mendes, Fabrice, Mornet, Line, Mostajir, Behzad, Mousseau, Laure, Nowaczyk, Antoine, Nunige, Sandra, Parra, René, Paulin, Thomas, Pecqueur, David, Petit, Franck, Pineau, Philippe, Raimbault, Patrick, Rigaut-jalabert, Fabienne, Salmeron, Christophe, Salter, Ian, Sauriau, Pierre-guy, Seuront, Laurent, Sultan, Emmanuelle, Valdès, Rémi, Vantrepotte, Vincent, Vidussi, Francesca, Voron, Florian, Vuillemin, Renaud, Zudaire, Laurent., Garcia, Nicole, Breton, Elsa, Savoye, Nicolas, Rimmelin-maury, Peggy, Sautour, Benoit, Goberville, Eric, Lheureux, Arnaud, Cariou, Thierry, Ferreira, Sophie, Agogué, Hélène, Alliouane, Samir, Aubert, Fabien, Aubin, Sébastien, Berthebaud, Eric, Blayac, Hadrien, Blondel, Lucie, Boulart, Cedric, Bozec, Yann, Bureau, Sarah, Caillo, Arnaud, Cauvin, Arnaud, Cazes, Jean-baptiste, Chasselin, Leo, Claquin, Pascal, Conan, Pascal, Cordier, Marie-ange, Costes, Laurence, Crec’hriou, Romain, Crispi, Olivier, Crouvoisier, Muriel, David, Valérie, Del Amo, Yolanda, De Lary, Hortense, Delebecq, Gaspard, Devesa, Jeremy, Domeau, Aurélien, Durozier, Maria, Emery, Claire, Feunteun, Eric, Fauchot, Juliette, Gentilhomme, Valérie, Geslin, Sandrine, Giraud, Mélanie, Grangeré, Karine, Grégori, Gerald, Grossteffan, Emilie, Gueux, Aurore, Guillaudeau, Julien, Guillou, Gael, Harrewyn, Manon, Jolly, Orianne, Jude-lemeilleur, Florence, Labatut, Paul, Labourdette, Nathalie, Lachaussée, Nicolas, Lafont, Michel, Lagadec, Veronique, Lambert, Christophe, Lamoureux, Jezebel, Lanceleur, Laurent, Lebreton, Benoit, Lecuyer, Eric, Lemeille, David, Leredde, Yann, Leroux, Cédric, Leynaert, Aude, L’helguen, Stéphane, Liénart, Camilla, Macé, Eric, Maria, Eric, Marie, Barbara, Marie, Dominique, Mas, Sébastien, Mendes, Fabrice, Mornet, Line, Mostajir, Behzad, Mousseau, Laure, Nowaczyk, Antoine, Nunige, Sandra, Parra, René, Paulin, Thomas, Pecqueur, David, Petit, Franck, Pineau, Philippe, Raimbault, Patrick, Rigaut-jalabert, Fabienne, Salmeron, Christophe, Salter, Ian, Sauriau, Pierre-guy, Seuront, Laurent, Sultan, Emmanuelle, Valdès, Rémi, Vantrepotte, Vincent, Vidussi, Francesca, Voron, Florian, Vuillemin, Renaud, Zudaire, Laurent., and Garcia, Nicole

Abstract

IntroductionWhile crucial to ensuring the production of accurate and high-quality data—and to avoid erroneous conclusions—data quality control (QC) in environmental monitoring datasets is still poorly documented. MethodsWith a focus on annual inter-laboratory comparison (ILC) exercises performed in the context of the French coastal monitoring SOMLIT network, we share here a pragmatic approach to QC, which allows the calculation of systematic and random errors, measurement uncertainty, and individual performance. After an overview of the different QC actions applied to fulfill requirements for quality and competence, we report equipment, accommodation, design of the ILC exercises, and statistical methodology specially adapted to small environmental networks (<20 laboratories) and multivariate datasets. Finally, the expanded uncertainty of measurement for 20 environmental variables routinely measured by SOMLIT from discrete sampling—including Essential Ocean Variables—is provided. Results, Discussion, ConclusionThe examination of the temporal variations (2001–2021) in the repeatability, reproducibility, and trueness of the SOMLIT network over time confirms the essential role of ILC exercises as a tool for the continuous improvement of data quality in environmental monitoring datasets.

Published
2023
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4. Enhancing the learning of evolutionary anthropology skills by combining student‐active teaching with actual and virtual immersion of Master's students in fieldwork, laboratory practice, and dissemination

Author

Bayle, Priscilla, primary, Armand, Dominique, additional, Bessou, Maryelle, additional, Cochard, David, additional, Couture, Christine, additional, Deguilloux, Marie‐France, additional, Ferrier, Catherine, additional, Haget, Cathy, additional, Jaubert, Jacques, additional, Knüsel, Christopher, additional, Martins, Stéphanie, additional, Pubert, Éric, additional, Rottier, Stéphane, additional, Souron, Antoine, additional, Beauval, Cédric, additional, Caillo, Arnaud, additional, Dutailly, Bruno, additional, Girault, Thomas, additional, Hesry, Malo, additional, Lacrampe‐Cuyaubère, François, additional, Ledevin, Ronan, additional, Masset, Caroline, additional, Mesa‐Saborido, Miriam, additional, Mora, Pascal, additional, Muth, Xavier, additional, Pinson, Raphaël, additional, Thibeault, Adrien, additional, Thomas, Marc, additional, Vanderesse, Nicolas, additional, and Bordes, Jean‐Guillaume, additional

Published
2022
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5. From the field to the database: a user-oriented approach to promote cyber-curating of scientific continental drilling cores

Author

Pignol, Cécile, godinho, elodie, Galabertier, Bruno, Caillo, Arnaud, Bernardet, Karim, Tosello, Vanessa, Augustin, Laurent, Crouzet, Christian, Billy, Isabelle, Teste, Gregory, Moreno, Eva, Crosta, Xavier, Chappellaz, Jérome, Calzas, Michel, Rousseau, Denis-Didier, Arnaud, Fabien, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), C2FN, Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Division technique INSU/SDU (DTI), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SISMER - Service des Systèmes d'Informations Scientifiques pour la MER, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire de Géodynamique des Chaines Alpines (LGCA), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne (EDYTEM), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Systèmes d'Information Scientifique pour la Mer (SISMER), Infrastructures de Recherche et Systèmes d'Information (IRSI), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Variabilité à long terme du climat de l'océan (VALCO), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])

Subjects
[SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

International audience; Managing scientific data is probably one the most challenging issues in modern science. In plaeosciences the question is made even more sensitive with the need of preserving and managing high value fragile geological samples: cores. Large international scientific programs, such as IODP or ICDP led intense effort to solve this problem and proposed detailed high standard work- and dataflows thorough core handling and curating. However many paleoscience results derived from small-scale research programs in which data and sample management is too often managed only locally – when it is… In this paper we present a national effort leads in France to develop an integrated system to curate ice and sediment cores. Under the umbrella of the national excellence equipment program CLIMCOR, we launched a reflexion about core curating and the management of associated fieldwork data. Our aim was then to conserve all data from fieldwork in an integrated cyber-environment which will evolve toward laboratory-acquired data storage in a near future. To do so, our demarche was conducted through an intimate relationship with field operators as well laboratory core curators in order to propose user-oriented solutions. The national core curating initiative proposes a single web portal in which all teams can store their fieldwork data. This portal is used as a national hub to attribute IGSNs. For legacy samples, this requires the establishment of a dedicated core list with associated metadata. However, for forthcoming core data, we developed a mobile application to capture technical and scientific data directly on the field. This application is linked with a unique coring-tools library and is adapted to most coring devices (gravity, drilling, percussion etc.) including multiple sections and holes coring operations. Those field data can be uploaded automatically to the national portal, but also referenced through international standards (IGSN and INSPIRE) and displayed in international portals (currently, NOAA’s IMLGS). In this paper, we present the architecture of the integrated system, future perspectives and the approach we adopted to reach our goals. We will also present our mobile application through didactic examples.

Published
2017

6. From core referencing to data re-use: two French national initiatives to reinforce paleodata stewardship (National Cyber Core Repository and LTER France Retro-Observatory)

Author

Arnaud, Fabien, Pignol, Cécile, Stéphan, Pierre, Develle, A.L., Sabatier, P., Evrard, O., Mourier, Brice, Debret, Maxime, Grobois, Cécile, Millet, Laurent, Rius, Damien, Marguerie, Dominique, Rouan, Mathias, godinho, elodie, Galabertier, Bruno, Caillo, Arnaud, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de géographie physique : Environnements Quaternaires et Actuels (LGP), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), C2FN, Division technique INSU/SDU (DTI), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE]Environmental Sciences, [INFO]Computer Science [cs], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

Poster; International audience; Managing paleoscience data is highly challenging to the multiplicity of actors in play, types of sampling, analysis, post-analysis treatments, statistics etc. However, a well-structured curating of data would permit innovative developments based on data and/or sample re-use, such as meta-analysis or the development of new proxies on previously studied cores. In this paper, we will present two recent initiatives that allowed us tackling this objective at a French national level: the “National Cyber Core Repository” (NCCR) and the “LTER-France retro-observatory” (ROZA).NCCR was developed under the umbrella of the French National Center fo Coring and Drilling (C2FN) thanks to the national excellence equipment project CLIMCOR. It aims at gathering on a unique website the locations and metadata of any scientific coring/drilling performed by French teams or using French facilities, whatever the type of archive it is (lake/marine sediment; ice etc.). It uses international standard, notably IGSN (for samples), ORCID (for persons) and DOI (for campaigns). NCC follows the INSPIRE ISO 19115 standard in order to catalogue the data. For continental sediment, NCCR may be fed directly on the field through a specifically developed mobile application.Based on NCCR, further initiatives may be led. In particular, under the umbrella of LTER-France (Long Term Ecological Research), we developed ROZA in order to facilitate the re-use of data and samples. Here the idea is to capitalise the knowledge on a given lake from which several sediment cores can be taken through time. In that aim we selected at least one lake from each of the 13 areas composing the network LTER-France. To enter the database, a set of mandatory data must be provided under a pre-determined format. In that case, the insertion of ROZA within the network LTER will favor to use of paleodata by non-paleodata scientists, in particular ecologists.

Published
2017

7. The French NATIONAL CYBER CORE REPOSITORY: a user-oriented approach to promote the referencing of scientific cores

Author

Pignol, Cécile, Arnaud, Fabien, godinho, elodie, Galabertier, Bruno, Caillo, Arnaud, Billy, Isabelle, Augustin, Laurent, Calzas, Michel, Rousseau, Denis-Didier, Referent HAL Edytem, Christine Maury, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), C2FN, Division technique INSU/SDU (DTI), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), and Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

Poster; International audience; In plaeosciences the question of data management is made sensitive by the need of preserving and managing high value fragile geological samples: cores. Large international scientific programs, such as IODP or ICDP led intense effort for such, proposing detailed high standard work- and dataflows. However many paleoscience results derived from small-scale research programs in which data and sample management are too often managed only locally – when they are. In France a national effort is currently led to develop an integrated system to curate ice and sediment cores. Under the umbrella of the national excellence equipment program CLIMCOR, we launched a reflexion about core curating and the management of associated fieldwork data. Our aim was then to preserve all data from fieldwork in an integrated cyber-environment. To do so, our demarche was conducted through an intimate relationship with field operators and laboratory core curators in order to propose user-oriented solutions. We built a single web portal that is used as a national hub from any team’s data and to international standards (IGSNs, INSPIRE) and databases (IMLGS). For legacy samples, this requires the establishment of a dedicated cores list with associated metadata. However, for forthcoming core data, we developed a mobile application to capture technical and scientific data directly on the field. This application is linked with a unique coring-tools library and is adapted to most coring devices (gravity, drilling, percussion etc.) including multiple sections and holes coring operations. In this paper, we present the architecture of the integrated system, future perspectives and the approach we adopted to reach our goals. We will also present our mobile application through didactic examples.

Published
2017

8. The French initiative for scientific cores virtual curating : a user-oriented integrated approach

Author

Pignol, Cécile, Godinho, Elodie, Galabertier, Bruno, Caillo, Arnaud, Bernardet, Karim, Augustin, Laurent, Crouzet, Christian, Billy, Isabelle, Teste, Grégory, Moreno, Eva, Tosello, Vanessa, Crosta, Xavier, Chappellaz, Jérome, Calzas, Michel, Rousseau, Denis-Didier, Arnaud, Fabien, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), C2FN, Division technique INSU/SDU (DTI), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution et Modélisation des Bassins Sédimentaires (EMBS), Institut des Sciences de la Terre de Paris (iSTeP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SISMER - Service des Systèmes d'Informations Scientifiques pour la MER, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne (EDYTEM), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Systèmes d'Information Scientifique pour la Mer (SISMER), Infrastructures de Recherche et Systèmes d'Information (IRSI), and Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)

Subjects
[SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

Poster; International audience; Managing scientific data is a crucial issue for modern science. This concerns particularly the conservation of high value geological samples: cores. International scientific programs are leading an intense effort to solve this problem and propose detailed high standard work- and dataflows including core handling and curating. However, there is currently no consensual standard for sample and associated metadata management. The national excellence equipment program CLIMCOR aims at developing French facilities for scientific coring (ice, marine and continental). As part of it, we led a reflexion about cores and associated metada curating. Our aim is to conserve all metadata from fieldwork in an integrated cyber-environment which could evolve toward laboratory-acquired data storage. In that aim, our demarche was conducted through a close relationship with field operators and core curators, in order to propose user-oriented solutions.The national core curating initiative currently proposes a single web portal to store field data. For forthcoming samples, we propose a mobile application to capture technical and scientific metadata on the field or in cruise. This application is linked with a unique coring tools library and is adapted to most coring devices, including multiple sections and holes coring operations.Those field data can be uploaded automatically to the national portal, but also referenced through international standards or persistent identifiers (IGSN - SESAR, ORCID) and INSPIRE schema and displayed in international portals (currently, NOAA IMLGS).In this paper, we present the architecture of the integrated system, future perspectives and the approach we adopted to reach our goals.(1) http://climcor-equipex.dt.insu.cnrs.fr/?lang=en

Published
2016

9. The French initiative for scientific cores virtual curating : a user-orientedintegrated approach

Author

Pignol, Cécile, godinho, elodie, Galabertier, Bruno, Caillo, Arnaud, Bernardet, Karim, Augustin, Laurent, Crouzet, Christian, Billy, Isabelle, Teste, Grégory, Moreno, Eva, Tosello, Vanessa, Crosta, Xavier, Chappellaz, Jérome, Calzas, Michel, Rousseau, Denis-Didier, Arnaud, Fabien, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), C2FN, Division technique INSU/SDU (DTI), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution et Modélisation des Bassins Sédimentaires (EMBS), Institut des Sciences de la Terre de Paris (iSTeP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SISMER - Service des Systèmes d'Informations Scientifiques pour la MER, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne (EDYTEM), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Systèmes d'Information Scientifique pour la Mer (SISMER), Infrastructures de Recherche et Systèmes d'Information (IRSI), and Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)

Subjects
[SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

Poster; International audience; Managing scientific data is probably one the most challenging issue in modern science. The question is made evenmore sensitive with the need of preserving and managing high value fragile geological sam-ples: cores. Largeinternational scientific programs, such as IODP or ICDP are leading an intense effort to solve this problem andpropose detailed high standard work- and dataflows thorough core handling and curating. However most resultsderived from rather small-scale research programs in which data and sample management is generally managedonly locally – when it is . . .The national excellence equipment program (Equipex) CLIMCOR aims at developing French facilities for coringand drilling investigations. It concerns indiscriminately ice, marine and continental samples. As part of this initiative,we initiated a reflexion about core curating and associated coring-data management. The aim of the project isto conserve all metadata from fieldwork in an integrated cyber-environment which will evolve toward laboratoryacquireddata storage in a near future. In that aim, our demarche was conducted through an close relationship withfield operators as well laboratory core curators in order to propose user-oriented solutions.The national core curating initiative currently proposes a single web portal in which all scientifics teams can storetheir field data. For legacy samples, this will requires the establishment of a dedicated core lists with associatedmetadata. For forthcoming samples, we propose a mobile application, under Android environment to capture technicaland scientific metadata on the field. This application is linked with a unique coring tools library and is adaptedto most coring devices (gravity, drilling, percussion, etc...) including multiple sections and holes coring operations.Those field data can be uploaded automatically to the national portal, but also referenced through internationalstandards or persistent identifiers (IGSN, ORCID and INSPIRE) and displayed in international portals (currently,NOAA’s IMLGS).In this paper, we present the architecture of the integrated system, future perspectives and the approach we adoptedto reach our goals. We will also present in front of our poster, one of the three mobile applications, dedicated moreparticularly to the operations of continental drillings.

Published
2016

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