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L’infection par le virus de l’hépatite E (HEV) peut entraîner une hépatite aiguë chez l’Homme. Le plus souvent asymptomatique, l’infection peut évoluer vers des formes chroniques ou sévères entraînant des insuffisances hépatiques majeures. Dans les pays industrialisés, l’origine du HEV est zoonotique et son principal réservoir est le porc. Les contaminations par le HEV surviennent fréquemment après l’ingestion de produits à base de foie de porc consommés crus ou insuffisamment cuits. Dans les élevages intensifs, la présence du HEV dans les foies de porc est généralement associée à un abattage précoce (6 mois) ou à une infection des animaux peu de temps avant l’abattage. En France, la prévalence du HEV dans les foies de porc à l’abattoir est de 3 %. En Corse, les porcs sont élevés principalement de manière extensive et sont abattus à un âge avancé de plus de 12 mois. Afin d’étudier l’impact de cette pratique sur le nombre de foies infectés par le HEV qui entrent dans la chaîne alimentaire, 1197 foies ont été prélevés dans les deux abattoirs principaux de Corse. Parmi ceux-ci, 1083 provenaient d’animaux âgés de 12 à 48 mois. Les échantillons étaient issus d’élevages de 12 des 14 régions du territoire corse et 1054 provenaient d’élevages semi-extensifs et extensifs.L’analyse sérologique a permis de déterminer que 88,5 % des porcs échantillonnés possédaient des anticorps anti-HEV. Parmi les foies de porcs adultes (> 12 mois), 0,18 % contenaient des ARN HEV. Alors que chez les porcs de moins de 12 mois, une prévalence globale de 5,3 % a été trouvée, avec uniquement des porcelets âgés de 2-3 mois positifs (6/12). Les séquences obtenues à partir des échantillons de foies positifs correspondent aux génotypes 3c et 3f et sont génétiquement proches des souches retrouvées précédemment en Corse. La présence de virus infectieux dans deux broyats de foies de porcelets a été confirmée en suivant la réplication du HEV dans les cellules HepaRG pendant 45 jours. Au cours de cette étude, nous avons ainsi pu mettre en évidence la faible prévalence du HEV dans les foies de porcs âgés de plus de 12 mois (0,18 %), malgré une circulation active du virus dans les élevages corses. Cette forte circulation entraîne une infection précoce (2-3 mois) des animaux. L’utilisation exclusive de foies d’animaux âgés de plus de 12 mois dans la fabrication de produits locaux à base de foie cru de porc réduirait le risque HEV pour le consommateur.

The Hepatitis E Virus (HEV) is an RNA single-stranded positive of 7,2kb and responsible for twenty millions of infections and 70,000 death every year in the world. In industrialized countries, like France, human cases are caused by genotype 3 and 4 (HEV-3 and HEV-4), are sporadic and mainly due to zoonotic origin. The role of Suidae in these transmissions is frequently reported in the literature, whether through contact with animals, consumption of meat products, or products with pork liver. A French study in 2016 among blood donors showed a regional anti-HEV IgG seroprevalence of 60% on the island (but with a little number of donors included). In addition, studies on domestic pigs in Corsica have also shown a higher seropositive rate than on the continental French. Finally, figatellu, which is widely consumed on the island has been repeatedly implicated to be at the origin of human cases and frequently reported positive for the detection of viral RNA.In this context, the objectives of the thesis were to confirm the hyper-endemicity of Corsica for the human and animal population with a solid number of samples and to determine what were the risk factors associated with the detection of the markers of infection. For this, we have conducted three main studies: (i) a seroprevalence study among blood donors population with anti-HEV IgG quantification, (ii) a seroprevalence study in three Corsican adult populations with a specific questionnaire and (iii) a study of infection of domestic Corsican pigs within the traditional pigs breeding.We have calculated very high detection rates of infection markers in human and animal populations, thus confirming the hyperendemicity of Corsica. In addition, we have shown that the exposure on the island seemed to be homogeneous, across the different geographical areas of the island, the different adult populations studied and the different pig farms. We have identified new risk factors such as fittonu consumption and skinning/butchering, but also confirmed factors already described in the literature such as figatellu consumption and the effect of increasing age on IgG anti-HEV detection. Our results also showed trends in the possible environmental secondary route of transmission (mountain spring water, wild berries, etc.).Among traditional pig farms, we confirmed that the critical period for HEV swine infection was at the age of 3-4 months and that no pigs older than 9 months were positive for the RNA HEV detection. We also identified the two genotypes circulating in Corsica, genotypes 3c and 3f. These results suggest that, despite the high exposure of pigs to the virus in Corsica, the late slaughtering typical of traditional breeding could mean that products from this sector are less at risk than the industrial sector. All the results of this thesis have improved the understanding of the HEV epidemiology in Corsica and to set up coherent research perspectives for the future, including the environmental aspect.; Le virus de l’hépatite E (VHE) est un virus à ARN simple brin positif d’environ 7,2kb et responsable de 20 millions d’infections et de 70 000 décès par an dans le monde. Dans les pays industrialisés comme la France, les génotypes en cause sont les génotypes 3 et 4, les cas humains sont sporadiques et majoritairement d’origine zoonotique. Le rôle des suidés dans ces transmissions est maintenant avéré dans la littérature, que ce soit par le contact avec les animaux, la consommation de produit carnés, ou à base de foie de porc. Une étude française de 2016 chez les donneurs de sang a montré une séroprévalence des IgG anti-VHE régionale de 60% sur l’île (mais avec un échantillon faible). De plus, des études sur les porcs domestiques en Corse ont également démontré un taux de porcs séropositifs plus élevé que sur le continent. Enfin, le figatellu, qui est largement consommé sur l’île a été de nombreuses fois mis en cause dans la littérature pour être à l’origine de cas humains et positif pour la détection de l’ARN viral.C’est dans ce contexte que les différents travaux de thèse ont été menés afin d’améliorer la compréhension de l’épidémiologie du VHE dans cette région supposée hyperendémique. Les objectifs de la thèse ont été de confirmer l’hyper endémicité de la Corse que ce soit pour la population humaine et animale avec un nombre d’échantillons solide, et de déterminer quels étaient les facteurs de risques associés à la détection des marqueurs d’infection. Pour cela nous avons mis en place et mené trois études principales : (i) une étude de séroprévalence chez les donneurs de sang et la quantification des anticorps IgG anti-VHE, (ii) une étude de séroprévalence au sein de trois populations adultes corses avec un questionnaire spécifique et (iii) une étude de l’infection des porcs domestiques corses au sein de la filière porcine traditionnelle.Nos résultats ont permis de calculer des taux de détection des marqueurs d’infection très élevés en population humaine et animale, confirmant ainsi l’hyperendémicité de la Corse. De plus, nous avons pu démontrer que l’exposition sur l’île semblait être homogène, que ce soit à travers les différentes zones géographiques de l’île, les différentes populations adultes étudiées et les différents élevages porcins. Nous avons déterminé de nouveaux facteurs de risque comme la consommation de fittonu et la pratique du dépeçage/éviscération, mais également confirmé des facteurs déjà décrits dans la littérature comme la consommation du figatellu et l’effet de l’âge sur la détection des anticorps IgG anti-VHE. Certains de nos résultats ont également montré des tendances sur l’éventuelle présence du virus au niveau environnemental (eau de source en montagne, baies sauvages, etc.). Au sein des élevages porcins, nous avons pu confirmer que la période critique pour l’infection des porcs se situait à l’âge de 3-4 mois et qu’aucun des porcs âgés de plus de 9 mois n’était positif à la détection de l’ARN viral. Nous avons également identifié les deux souches circulant en Corse, génotypes 3c et 3f. Ces résultats suggèrent que malgré une forte exposition des porcs au virus en Corse, l’âge d’abattage tardif propre à l’élevage traditionnel pourrait signifier que les produits issus de cette filière sont moins à risque que la filière industrielle. L’ensemble des résultats de cette thèse ont permis de mieux comprendre l’épidémiologie du VHE en Corse et de mettre en place des perspectives de recherche cohérentes pour l’avenir incluant fortement l’aspect environnemental.

International audience; Hepatitis E virus (HEV) is a major cause of acute hepatitis worldwide. In France, hyperendemic areas including Corsica have an anti-HEV Immunoglobulin G (IgG) prevalence higher than 50%. The aim of this study was to determine the seroprevalence of anti-HEV IgG in three adult populations in Corsica and the risk factors associated with antibody detection. Between 2017 and 2019, a total of 930 individuals, including 467 blood donors, 393 students or university staff members and 70 patients from general practice, were tested for the presence of anti-HEV IgG using the Wantai HEV IgG enzyme immunoassay kit and filled a questionnaire. The association between seropositivity and potential risk factors was tested with univariate and multivariate analyses. Out of the 930 samples, 52.3% (486/930) were seropositive-54.4% (254/467) among blood donors, 47.6% (187/393) among university students and 64.3% (45/70) among patients of general practice. Three main risk factors were identified: (i) skinning and butchering (Adjusted Odds Ratio aOR = 2.76, 95% confidence interval [95% CI] [1.51-5.37]; p-value < 10-3), (ii) consumption of a local pork live raw sausage (fittonu) (aOR = 1.95 95% CI [1.45-2.64]; p-value = 10-5), and (iii) increasing age (p-value = 0.003). Seropositivity rates between the different populations were homogeneous after age stratification. This cross-sectional study indicates a high anti-HEV IgG seroprevalence in the Corsican adult population, not significantly different between women and men and increasing with age. This serosurvey also showed homogeneity regarding the exposure to HEV among three different types of populations. Finally, we confirmed the endemicity of Corsica with respect to HEV and identified a strong association between consumption of figatellu/fittonu and the practice of skinning and butchering with the detection of anti-HEV IgG.

International audience; BACKGROUND: Epidemiological analysis of past influenza epidemics remains essential to understand the evolution of the disease and optimize control and prevention strategies. Here, we aimed to use data collected by a primary care surveillance system over the last three decades to study trends in influenza epidemics and describe epidemic profiles according to circulating influenza viruses.METHODS: Influenza-like illness (ILI) weekly incidences were estimated using cases reported by general practitioners participating in the French Sentinelles network, between 1984 and 2017. Influenza epidemics were detected by applying a periodic regression to this time series. Epidemic (co-)dominant influenza virus (sub)types were determined using French virology data.RESULTS: During the study period, 297 607 ILI cases were reported allowing the detection of 33 influenza epidemics. On average, seasonal epidemics lasted 9 weeks and affected 4.1% of the population (95% CI 3.5; 4.7). Mean age of cases was 29 years. Epidemic size decreased over time by -66 cases per 100 000 population per season on average (95% CI -132; -0.2, P value = 0.049) and epidemic height decreased by -15 cases per 100 000 (95% CI -28; -2, P value = 0.022). Epidemic duration appeared stable over time. Epidemics were mostly dominated by A(H3N2) (n = 17, 52%), associated with larger epidemic size, higher epidemic peak and older age of cases.CONCLUSIONS: The declining trend in influenza epidemic size and height over the last 33 years might be related to several factors like increased vaccine coverage, hygiene improvements or changing in influenza viruses. However, further researches are needed to assess the impact of potential contributing factors to adapt influenza plans.

We report the isolation and genomic characterization of a Sapelovirus A strain, or porcine sapelovirus (PSV), from a diarrheic Corsican piglet in France. It shares 87% nucleotide identity with a 2014 German isolate.

We report the isolation and genomic characterization of a Sapelovirus A strain, or porcine sapelovirus (PSV), from a diarrheic Corsican piglet in France. It shares 87% nucleotide identity with a 2014 German isolate.

Gastrointestinal symptomsâ proportion by respiratory pathogens infection found in previous studies. (PDF 210Â kb)

a) Seasonal distribution of influenza viruses identified in patients consulting for an Acute Respiratory Infection (ARI) during 2014-2015 season and 2015-2016 season. (PDF 389Â kb)

List of information collected by General Practitioners in the Case Report Form during consultation recruiting of patients with ARI. (DOCX 20Â kb)

Detection number and/or detection rate of respiratory viruses in stool of Acute Respiratory Infection (ARI) patients found in previous studies. (PDF 93Â kb)