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Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather. Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were present in shellfish under oyster farming structures used by seabirds, particularly at night, as roosting areas. Shellfish contamination levels were higher under roosting areas than under control structures. Initial results of F+ specific RNA bacteriophage genotyping in shellfish samples suggested contamination of animal origin., Les données acquises dans le cadre du réseau REMI sur la lagune de Thau ont permis de révéler des dégradations récurrentes de la qualité sanitaire des coquillages en élevage suite à des épisodes pluvieux mais également par temps sec. Le projet OMEGA Thau (Outil pour le Management Environnemental et la Gestion des Avertissements), initié en 2007, à maîtrise d'oeuvre SMBT1, et dans le cadre duquel ce rapport a été réalisé, s’attache à mieux connaître les sources de pollutions microbiologiques sur l’ensemble du bassin versant de la lagune et à étudier leur mode de transfert et leur impact sur la qualité de l’eau de la lagune et des coquillages en élevage, dans différentes conditions météorologiques. Les suivis hebdomadaires de la contamination en Escherischia coli de l’eau et des coquillages réalisés dans le cadre de l'étape 2 du projet OMEGA ont permis de confirmer la récurrence des contaminations microbiologiques des coquillages par temps sec en différents secteurs de la lagune. Des campagnes de mesures par temps sec, mises en oeuvre en 2008 simultanément sur le bassin versant (suivi des apports) et la lagune (suivis hydrologiques, microbiologiques, comptages d’oiseaux) montrent, qu’en l'absence d'apports d'eau douce du bassin versant et de dessalure des eaux de la lagune, des contaminations microbiologiques sont observées dans les coquillages en élevage sous les tables conchylicoles constituant des dortoirs pour d’importants regroupements d’oiseaux marins (Goélands, Mouettes, Cormorans et Sternes). Les niveaux de contamination des coquillages mesurés au niveau des tables dortoirs sont significativement plus élevés que ceux des tables témoins, indiquant que l’hypothèse d’une origine aviaire peut être privilégiée Les premiers résultats des génotypages des bactériophages F + ARN dans les coquillages orientent également vers une origine animale des contaminations. L’hypothèse d’une source aviaire des contaminations par temps sec des coquillages demande cependant à être confirmée par des investigations complémentaires sur la contamination fécale avec un plan d’échantillonnage mieux contrôlé (nombres d’oiseaux,…), par la poursuite des recherches et génotypages de bactériophages F + ARN, ainsi que par la recherche de pathogènes portés par les oiseaux.

In Europe, shellfish harvesting areas are classified according European Directive EC N°854/2004, using classic faecal indicator levels (Escherichia coli). A better indicator is needed, however, because shellfish may contain other human pathogens. Other indicator organisms have therefore been evaluated and, among these, coliphages meet most of the requirements to serve as indicators and models for enteroviruses. In order to evaluate the capacity of coliphages as indicators, a total of 764 shellfish were sampled in 2004 from 70 shellfish harvesting areas monitored by the Ifremer microbiological surveillance network (REMI, http://www.ifremer.fr/envlit/), and tested for F-specific RNA bacteriophages (FRNAPH). Two species of bivalve mollusc were collected monthly: blue mussels (32%) and Pacific oysters (68%). Results showed the absence or weak presence of bacteriophages in most shellfish growing areas classified A (94% of shellfish were below 1000 PFU (Plaque Forming Units)/100 g). These data are important for evaluating the potential of FRNAPH to discriminate between sources of pollution. Genotyping of FRNAPH may differentiate between human and animal contamination. Our results show that genotyping should be possible in 43% of the studied sites when the total flesh is analysed. As digestive tissues are known to concentrate micro organisms, this percentage could be increased if analysis were performed on them. The FRNAPH method, used with other discrimination markers, could help both states and regions to make investment decisions on how to recover suitable sanitary quality in shellfish rearing areas. For example, contamination observed in clam samples collected in Daoulas estuary (Brittany) was shown to be of mainly animal origin. Similar results were obtained on oysters from Thau lagoon (Mediterranean coast), collected during dry weather.

Afin d'améliorer la qualité sanitaire des coquillages du secteur La Baule - Le Pouliguen, la Communauté d'Agglomération CAP Atlantique a mis en place un programme d'étude pour identifier les sources de pollution sur ce secteur et initier des actions permettant de limiter les apports d'origine fécale aux coquillages. Dans le cadre de cette présente étude, de juin 2006 à décembre 2007, deux méthodes d'identification de l'origine de la contamination fécale en cours de développement au laboratoire de microbiologie d'Ifremer de Brest, ont été appliquées sur des lots de coquillages (n=87 ; 6 sites) et des échantillons d'eaux (n=40 ; 7 localisations). La première méthode consistait à rechercher par PCR conventionnelle les gènes codant les ARN ribosomiques (ARNr) 16s de Bacteroidales spécifiques de l'homme, des ruminants ou du cheval et de l'ensemble des Bacteroidales tandis que la deuxième était basée sur la détection par méthode culturale et le génotypage de bactériophages F+ARN spécifiques ; la présence des phages de génogroupes 1 et IV, prédominants dans les feces et les effluents d'origine animale, suggérant une contamination d'origine animale et la présence des phages de génogroupes II et III, prédominants dans les effluents d'origine humaine, indiquant une contamination par l'homme. Les gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales spécifiques d'un hôte, recherchés dans les lots de coquillages dont les concentrations en E. coli étaient supérieures à 230 par 100 g de chair et liquide intervalvaire (n=44) et dans la totalité des eaux, ont été détectés dans 20 % des lots de coquillages et 50 % des échantillons d'eaux tandis que la recherche et le génotypage des bactériophages, réalisés sur la totalité des coquillages (n=87) et des eaux, ont conduit à un résultat représentatif (> 20 isolats) dans 38 % des lots de coquillages et 57 % des eaux. Les résultats obtenus par ces deux méthodes suggèrent une contamination mixte avec une prédominance de la contamination humaine dans les coques de la plage Benoît (La Baule) et de la plage de Nau (Le Pouliguen), une contamination essentiellement d'origine animale dans les moules de l'îlot des Evens (large de La Baule), avec suspicion d'une contamination par les fientes d'oiseaux présents en nombre important sur cet îlot, et une contamination essentiellement d'origine humaine pour les moules de Penchâteau (Le Pouliguen). L'application de ces méthodes sur les échantillons d'eau indique une contamination essentiellement humaine au niveau des rejets du Nau (Le Pouliguen), de Piriac, de l'étier du Pouliguen, du ruisseau de la Torre (La Baule) et des eaux du Croisic et de Mazy (La Baule) tandis que l'étier de Pont d'Arm au Frostidié (Assérac) semble être contaminé par des apports d'origine animale. Ces deux méthodes ont permis d'apporter des données complémentaires importantes pour identifier les sources de contamination sur ce secteur. Des améliorations techniques sont encore nécessaires pour obtenir une meilleure sensibilité et des résultats quantitatifs (recherche des gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales par PCR en temps réel, par exemple). De plus, afin d'acquérir une connaissance plus approfondie de certains sites, les analyses seront poursuivies en 2008 sur des lots de coquillages de certains sites et sur quelques affluents.

Un des objectifs de ce projet est d'assurer un développement économique durable à l'ostréiculture, basé sur des technologies propres à définir des produits adaptés à la sécurité alimentaire. La production conchylicole est importante sur le marché européen et représente plus d'un tiers du marché mondial, soit plus de 775 000 tonnes/an, dont plus de 140 000 tonnes d'huîtres produites par la France. En Europe, le marché des coquillages représente plus de 456 M d'euros/an produits par 8 500 entreprises employant environ 40 000 personnes. Les huîtres à elles seules, représentent plus de 140 Md' euros/an. Le développement durable de cette activité passe par la maîtrise de la qualité du produit et en particulier de sa qualité sanitaire. En fait, le libre échange communautaire offre un large brassage de coquillages de diverses origines dont la qualité peut être variable. Ces dernières années, des huîtres ont été suspectées d'être à l'origine d'épidémies alimentaires en Suède, au Danemark, en Grande Bretagne, en Espagne et en France. Dans la plupart des cas, des norovirus (large famille de virus intégrant les calicivirus et les virus Norwalk-like) ont été détectés dans les selles de malades ayant consommé des coquillages. Ces coquillages répondaient aux normes actuelles de salubrité basées sur les concentrations faibles en Escherichia coli « 230 UFCIlOO g). Cependant, cet indicateur ne garantit pas totalement l'absence d'autres microorganismes dans la mesure où il est plus sensible au milieu marin et disparaît plus vite que les virus par exemple. Le développement actuel des techniques de biologie moléculaire permet de détecter dans les coquillages, les virus potentiellement pathogènes pour l'homme et présentant un risque sanitaire. De ce fait, il était intéressant d'examiner, lors de la purification des coquillages les cinétiques d' éliuùnation de ces virus et d' améliorer les systèmes existants afin de garantir la qualité sanitaire des produits.

Le développement des activités humaines dans les régions littorales entraîne le rejet de germes pathogènes d'origine fécale dans l'environnement estuarien et marin. L'amélioration des traitements d'épuration, mais aussi la mise en place de normes bactériologiques pour surveiller les zones de production conchylicole, ont entraîné une diminution des épidémies liées à la consommation de coquillages. Ainsi, à l'heure actuelle, même si l'origine de ces gastro-entérites n'est pas élucidée dans sa globalité (rôle probable des vibrios ou d'autres bactéries), les virus semblent jouer un rôle important et leur implication té clairement établie dans les phénomènes épidémiques (Miossec et Vaillant, 2001) Les principaux virus humains susceptibles d'être détectés dans l'environnement sont les virus présentant un cycle de multiplication entérique. Parmi les nombreux types (au moins120 types différents) de virus excrétés dans les fèces de malades ou de porteurs sains, on trouve les entérovirus, hépatovirus, rotavirus, calcivirus (virus Norwalk* - like et Sapporolke), astrovirus, adénovirus, coronavirus, parvovirus..... Ces virus sont excrétés dans les selles pendant un durée variant de quelques jours à plusieurs semaines(Kholi et al, 2001).

The sanitary classification of harvesting areas for bivalve mollusks in France is based on the level of Escherichia Coli contamination detected in shellfish meat, as defined in EC Directive 91/492 EEC. However, outbreaks of gastroenteritis or hepatitis after consumption of shellfish meeting current bacteriological standards suggest that E. coli is a poor indicator of viral contamination. The purpose of this study was to assess the adequacy of enterovirus and F-specific RNA bacteriophages as new indicators of human enteric viruses. Shellfish were sampled over a 37-mo period to characterize microbial contamination in two coastal areas subjected to different sewage contamination inputs. Contamination by E. coli, F-specific RNA bacteriophages (F+ RNA) and human enteric viruses (enterovirus, EV; hepatitis A virus, HAV; Norwalk-like virus, NLV: astrovirus, AV; and rotavirus, RV) was measured in the same samples. E. coli analysis was performed by conductance measurement, enteric viruses were detected by reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and hybridization. and F+ RNA was evaluated by culture according to the ISO 10705-1 method. Statistical analysis based on bootstrap methods was performed on 95 series of paired observations. The validity of E. coli, enterovirus, and F-specific RNA bacteriophages as viral indicators was evaluated by measuring their sensitivity and specificity in the presence of enteric viruses. None of the tested indicators proved adequate to protect the public from viral shellfish contamination. The sensitivity of all indicators was better in the highly contaminated zone, and enteroviruses showed the highest specificity for both sites.

D'un point de vue purement écologique, le milieu marin est particulièrement agressif pour les bactéries d'origine entérique. Jusqu'à la fin des années soixante dix, il était généralement admis que ces bactéries pathogènes étaient détruites en quelques heures dans l'eau de mer, ou selon l'espèce en quelques jours. On parlait alors du "pouvoir auto-épurateur" de l'eau de mer. Depuis des travaux plus récents ont démontré la persistance de microorganismes dans les zones littorales. En fait, la survie en mer des bactéries d'origine fécale dans le milieu marin dépend de deux grands facteurs : la qualité de l'eau ou du sédiment permettant aux bactéries de mettre en oeuvre plus ou moins facilement des mécanismes de "résistance", et leur historique avant leur rejet en mer. Si le premier facteur, bien que complexe vu sa diversité (influence de la température, de la lumière solaire, de la salinité... ) a été largement étudié, il n'en est pas de même du second pour lequel seules des observations ont été réalisées. Ainsi, l'état physiologique des bactéries lors de leur arrivée en mer conditionne leur survie dans ce milieu : si elles se trouvent en phase exponentielle de croissance, leur résistance sera moindre que si elles sont en phase stationnaire. L'entrée en phase stationnaire des bactéries entraîne des modifications métaboliques et des réorientations majeures de l'expression génétique se traduisant en particulier par la dégradation de certaines protéines préexistantes, et la synthèse de nouvelles protéines indispensables pour la survie des bactéries en état de carence. Il a été montré ensuite que le gène rpoS, activé par l'arrêt de croissance, contrôle par l'intermédiaire de son produit RpoS, l'expression de nombreux gènes codant pour des protéines aux fonctions adaptatives aux différents stress. Il semblerait que ces processus d'adaptation et de protection contre le stress puissent être induits lors du transit en eaux usées. Cette étude a pour objectif, d'une part, d'évaluer le rôle du gène rpoS chez Escherichia coli, bactérie d'origine entérique placée dans des conditions stressantes rencontrées lors d'un transit dans les réseaux d'assainissement puis lors du rejet en mer et d'autre part, de mettre en oeuvre une méthode d'évaluation de l'expression de ce gène.

129 strains of Micrococcaceae were isolated from food of animal origin (minced meat, cakes with confectioner's custard) on Baird-Parker medium. 120 were Staphylococcus and 9 Micrococcus, according to the ID 32 STAPH-System (1989). The results were analyzed using a computer program. 60% of these 120 Staphylococcus strains of animal origin were coagulase positive S. aureus (aurease+, Rapidec Staph technique). 46% were resistant to novobiocin (5 microg/ml), 13 to 44% were identified with negative discordant tests using this micromethod. 44% produced no acetoin, 35% had no urease and 15% no arginine dihydrolase. 48 Staphylococcus strains (40%) were identified as human coagulase negative Staphylococcus species (strains: 39; species: 9) or as animal species (strains: 4; species: 1). 5 were Staphylococcus sp S. epidermidis and S. warneri represented 63% of these Micrococcaceae with particular biochemical characteristics. (The En version of this paper is published on pp. 1084-1086 of this issue of FLEISCHWIRTSCHAFT).

Les départements et territoires d'outre mer sont généralement l'objet d'enjeux économiques importants, et de conflits d'activités liés au développement touristique, aquacole, agricole et industriel. Les études font généralement état d'une lente dégradation de l'environnement marin avec diminution des coraux et de la faune associée, au profit d'une augmentation de la couverture algale. On constate parfois un envasement ou un ensablement des sites, la présence dans l'eau de polluants organiques, dont des pesticides, des métaux ainsi que des microorganismes d'origine fécale. En Martinique, ce dernier aspect, lié à l'assainissement des zones rurales, urbaines et touristiques est actuellement considéré comme une préoccupation majeure pour les prochaines années. L'étude réalisée sur le site de la baie de Fort de France en Martinique, en 1990 - 1993, avait pour objectif de définir l'impact des activités sur la qualité bactériologique des eaux de la baie. Ce travail comporte plusieurs aspects : - l'estimation des concentrations en bactéries d'origine fécale des principaux rejets ou rivières situées autour de la baie, - l'étude de la circulation des masses d'eaux dans la baie pour l'établissement d'un modèle hydrodynamique, - l'estimation des temps de mortalité des bactéries d'origine fécale dans les eaux martiniquaises en fonction des conditions locales (ensoleillement, température de l'eau, teneur en matière en suspension ... ).

Afin d'améliorer les numérations bactériennes du sédiment, nous avons testé différentes méthodes physiques et chimiques pour relarguer les bactéries des particules. Une étude préliminaire a permis de définir des concentrations et des temps d'action non toxiques pour des bactéries d'intérêt sanitaire. Les différentes techniques testées ne permettent d'augmenter la numération, dans le meilleur des cas (action du lauryl sulfate de sodium), que d'une demi unité log.

Seismic, Seabeam, magnetic and gravimetrie surveys in the southern part of the N-Fiji basin were conducted during the SEAPSO LEG III Cruise. The active spreading axis was recognized between 17°30'S and 21°S. It consists of a continuous N-S Ridge cross-cut by transverse directions oriented N25 and N45. North of 17°30'S, the spreading System is more complex due to the existence of a possible triple junction located around 15° S. The eastern part of the N-Fiji basin, west of Viti Levu is mostly characterized by alternating highs and deeps (, La mission SEAPSO III a permis de localiser une zone d'accrétion active, d'orientation méridienne et pratiquement continue entre 17°30'S et 21° S. Des accidents transverses, qui encadrent ou recoupent cette dorsale, s'orientent autour de deux directions principales N25 et N45. Au Nord de 17 30'S le système d'accrétion, beaucoup plus complexe, annonce la triple jonction reconnue aux alentours de 15" S. La partie orientale du bassin Nord-Fidjien (à l'Ouest de l'île de Viti Levu) est caractérisée par l'alternance de zones hautes et de dépressions dont certaines dépassent 4000 m de profondeur. Il s'agit d'une zone complexe de déformations liées à des accidents cisaillants transverses.

Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather.Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were present in shellfish under oyster farming structures used by seabirds, particularly at night, as roosting areas. Shellfish contamination levels were higher under roosting areas than under control structures. Initial results of F+ specific RNA bacteriophage genotyping in shellfish samples suggested contamination of animal origin.