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Le Crabier blanc est une espèce d'ardéidé classée « en danger d’extinction » à l’échelle mondiale. La population nicheuse française, composée de plusieurs centaines de couples sur Mayotte, fait l’objet d’un Plan national d’actions. Le Parc naturel marin (PNM) de Mayotte souhaite mettre en place un indicateur des tendances des effectifs nicheurs de crabiers de l’île. Depuis quelques années, ce suivi des colonies nicheuses dans les mangroves est assuré par le GEPOMAY, association ornithologique locale. Il consiste à réaliser des survols par drone de toutes les colonies nicheuses connues, puis à compter les individus et les nids par photo-interprétation des clichés obtenus. Bien que l’utilisation de drones offre un accès à de nombreuses données non mobilisables depuis le sol, on peut pointer certaines limites à cette approche, liées aux technologies et à l’écologie de l’espèce. En effet, la détection des individus ou des nids sur les clichés réalisés par drone n’est pas de 100%, et cette proportion pourrait varier dans le temps et dans l’espace selon plusieurs facteurs tels que la phénologie de l’espèce, son rythme d’activité journalier, l’expérience du photo-interprète, etc. Ces facteurs, s’ils ne sont pas contrôlés, pourraient être à l’origine de biais dans les estimations de tendances des effectifs. Nous avons mis en place une étude-pilote en 2020-2021 afin de répondre à deux principaux objectifs :(i) caractériser les variations d’abondance (comptages) des adultes, juvéniles et nids au cours de la journée et au sein de la saison de reproduction ; (ii) estimer les abondances et probabilités de détection des nids de crabiers par méthodes de CMR à partir des clichés obtenus lors des différentes sessions de survol. Cette étude-pilote nous permettra d’évaluer les forces et faiblesses de l’approche par drone. Nous nous appuyons sur les résultats obtenus pour proposer une stratégie d’échantillonnage temporelle et spatiale pour mesurer les tendances des effectifs en nids actifs et en juvéniles de crabiers blancs sur l’île de Mayotte. Ce document justifie les choix méthodologiques réalisés et propose un cadre pour le recueil, le stockage et l’analyse des données. Il fixe également les moyens logistiques nécessaires à la mise en œuvre du protocole proposé. L’ensemble de ces informations garantit la pérennité de l’étude sur le long terme.L’élaboration de ce protocole s’inscrit dans le cadre d’une coopération entre l’Office Français de la Biodiversité et le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive. Cette coopération lancée en 2018 vise à mettre en place un appui méthodologique et statistique pour un transfert continu de compétences, de savoirs, de méthodes, vers les gestionnaires des parcs nationaux et des autres aires protégées.

The phenology of births corresponds to the study of the position and duration of the period of births, related to its drivers and consequences on individuals and populations. Mainly regulated by environmental, biotic and internal factors through evolutionary processes and phenotypic adjustments, the date of birth has short- and long-term implications on individual survival and reproductive success. The phenology of births also affects population dynamics. Although the study of the phenology of births is an old discipline, it still arouses strong interest nowadays because of its sensitivity to climate change. The methods employed to study phenology are constantly progressing, but numerous interrogations remain regarding the diversity of phenology of births encountered in natura and the modifications to which they are exposed. The aim of this thesis is to study the phenology of births, from the validation of sampling methods to the identification of the ecological and evolutionary processes associated, with large herbivores as a case study.In the first chapter, I studied the ability of non-specialist volunteers to identify the presence or absence of young individuals in pictures produced by a camera trap grid located in Serengeti National Park, Tanzania. Some limitations still need to be accounted for before using such dataset to reconstruct phenology of births. In the second chapter, I explored and compared the different methods used to describe the phenology of births in large herbivores using simulated data. I reassessed the framework for studying phenology in terms of concepts and mathematical description, discussed the diversity of metrics, and proposed guidelines to help identify the most suitable method. In the third chapter, I explored the consequences of the timing of birth on the juveniles, yearlings and mares survival in plain zebras living in Hwange National Park, Zimbabwe. Survival decreased with an increasing proportion of time spent in dry season. Thus, climate change could have a detrimental effect on the population dynamics because of their phenology of births.Using direct observation data can be associated with several methodological limitations, but it is possible to account for them. Allometric relationships can also reduce the comparability of the studies between small and large organisms, and it could be interesting to account for this factor. Eventually, the study of the phenology of births is of major interest to understand the risks to which wild populations are exposed because of climate change. Involving the general public through citizen science is a great tool to raise awareness about such issues., La phénologie des naissances est l’étude du positionnement et de la durée des périodes de naissance en lien avec ses facteurs directeurs et les conséquences qu’elle peut avoir sur les individus et les populations. Principalement régulée par des facteurs environnementaux, biotiques et internes à travers des processus évolutifs et des ajustements phénotypiques, la date de naissance a des répercussions à court et long terme sur la survie et le succès reproducteur des individus et sur la dynamique des populations. Discipline à l’origine ancienne, l’étude de la phénologie suscite à l’heure actuelle un vif intérêt en raison de sa sensibilité aux changements climatiques. Les méthodes employées pour l’étudier sont nombreuses et en constante évolution, mais des interrogations subsistent quant à la diversité des phénologies observables dans la nature et aux modifications auxquelles elles sont exposées. L’objectif de cette thèse est d’étudier la phénologie des naissances, depuis la validation des méthodes de collecte des données jusqu’à la mise en évidence des processus écologiques et évolutifs associés, avec pour objet d’étude les grands mammifères herbivores.Dans le premier chapitre, j’ai étudié la capacité des volontaires non-spécialistes à identifier la présence ou absence de jeunes individus sur des photographies produites par piégeage photographique dans le Parc National du Serengeti, en Tanzanie. Certaines limitations doivent encore être prises en compte afin d’utiliser ce type de données pour reconstruire une phénologie des naissances. Dans le deuxième chapitre, j’ai exploré et comparé les différentes méthodes utilisées pour décrire la phénologie des naissances chez les grands herbivores sur la base de simulations. J’ai ainsi réexaminé le cadre d’étude de la phénologie en termes de concepts et descripteurs mathématiques, discuté la diversité des métriques, et proposé des guides pour aider au choix de la méthode la plus adaptée. Dans le troisième chapitre, j’ai exploré l’effet de la date de naissance sur la survie des poulains, des jeunes d’un à deux ans et des juments chez les zèbres du Parc National de Hwange, au Zimbabwe. Leur survie diminuant à mesure que le temps passé en saison sèche augmente, les changements climatiques pourraient avoir des conséquences néfastes sur la dynamique de la population en lien avec leur phénologie des naissances.L’utilisation de données d’observation directe va de pair avec certaines limitations méthodologiques, qui peuvent néanmoins être corrigées ou prise en compte. Les relations allométriques peuvent réduire la comparabilité des études entre petits et grands organismes, et il pourrait être intéressant de prendre compte de ce facteur. Enfin, l’étude de la phénologie des naissances revêt un intérêt majeur dans la compréhension des risques encourus par les populations sauvages face aux changements climatiques, et l’inclusion du grand public à travers les sciences participatives permet une sensibilisation vis-à-vis de ces enjeux.

International audience; Capture-mark-recapture techniques are smart non-invasive sampling methods to evaluate the number of individuals in a population. Primarily used in ecology, they also find a much broader scope for investigations in various fields. From a pedagogical standpoint, they nicely illustrate, in a very simple and practical way, many key points of probabilistic reasoning as a rationale essential 1 to statistician-modellers. Starting from an affordable toy experiment that can be easily performed indoors with stickers, beans, a tablespoon and a saladbowl, we show how to deal with the following key points in a simple and interesting way, in the specific context of estimating the unknown size of a population :-the basic ingredients of a problem of inferential statistics, unknowns versus observables ;-the design of a possible probabilistic/stochastic model by assembling several binomial building blocks, as well as the many possible decomposi-tions of the associated likelihood ;-the search for estimators, their theoretical study as well as the comparative study of their mathematical properties using computer simulations ;-the major operational differences between the frequentist and Bayesian statistical approaches, This experiment also illustrates how the everyday work of a statistician-modeller often resembles the one of a police investigator ....; Les méthodes de capture-marquage-recapture sont des méthodes astucieuses d'échantillonnage peu invasives pour évaluer le nombre d'individus dans une population. Utilisées principalement en écologie, elles trouvent aussi des applications de portée bien plus large pour des enquêtes discrètes dans divers domaines. Du point de vue de la pédagogie, elles permettent d'illustrer de façon simple, pratique et vivante de nombreux points clés du raisonnement probabiliste indispensables au statisticien-modélisateur. A l'aide d'une expérience ludique facile à effectuer en salle avec des gommettes, des haricots secs, une cuillère à soupe et un saladier, nous montrons comment aborder de façon simple et intéressante les points-clés suivants dans le cadre d'un problème d'estimation de la taille inconnue d'une population :-les ingrédients de base du problème de statistique inférentielle considéré, en particulier, inconnues versus observables ;-la construction d'un modèle probabiliste/stochastique possible, fondé sur l'assemblage de plusieurs briques binomiales élémentaires, ainsi que les différentes décompositions possibles de la vraisemblance associée ;-la recherche d'estimateurs, leur étude théorique ainsi que la comparaison de leurs propriétés mathématiques par simulation numérique ;-les différences opérationnelles majeures entre approches statistiques fré-quentielle et bayésienne. Cette expérience permet également d'illustrer en quoi le travail d'un statisticien-modélisateur ressemble bien souvent à celui d'un enquêteur de police....

International audience; Capture-mark-recapture techniques are smart non-invasive sampling methods to evaluate the number of individuals in a population. Primarily used in ecology, they also find a much broader scope for investigations in various fields. From a pedagogical standpoint, they nicely illustrate, in a very simple and practical way, many key points of probabilistic reasoning as a rationale essential 1 to statistician-modellers. Starting from an affordable toy experiment that can be easily performed indoors with stickers, beans, a tablespoon and a saladbowl, we show how to deal with the following key points in a simple and interesting way, in the specific context of estimating the unknown size of a population :-the basic ingredients of a problem of inferential statistics, unknowns versus observables ;-the design of a possible probabilistic/stochastic model by assembling several binomial building blocks, as well as the many possible decomposi-tions of the associated likelihood ;-the search for estimators, their theoretical study as well as the comparative study of their mathematical properties using computer simulations ;-the major operational differences between the frequentist and Bayesian statistical approaches, This experiment also illustrates how the everyday work of a statistician-modeller often resembles the one of a police investigator ....; Les méthodes de capture-marquage-recapture sont des méthodes astucieuses d'échantillonnage peu invasives pour évaluer le nombre d'individus dans une population. Utilisées principalement en écologie, elles trouvent aussi des applications de portée bien plus large pour des enquêtes discrètes dans divers domaines. Du point de vue de la pédagogie, elles permettent d'illustrer de façon simple, pratique et vivante de nombreux points clés du raisonnement probabiliste indispensables au statisticien-modélisateur. A l'aide d'une expérience ludique facile à effectuer en salle avec des gommettes, des haricots secs, une cuillère à soupe et un saladier, nous montrons comment aborder de façon simple et intéressante les points-clés suivants dans le cadre d'un problème d'estimation de la taille inconnue d'une population :-les ingrédients de base du problème de statistique inférentielle considéré, en particulier, inconnues versus observables ;-la construction d'un modèle probabiliste/stochastique possible, fondé sur l'assemblage de plusieurs briques binomiales élémentaires, ainsi que les différentes décompositions possibles de la vraisemblance associée ;-la recherche d'estimateurs, leur étude théorique ainsi que la comparaison de leurs propriétés mathématiques par simulation numérique ;-les différences opérationnelles majeures entre approches statistiques fré-quentielle et bayésienne. Cette expérience permet également d'illustrer en quoi le travail d'un statisticien-modélisateur ressemble bien souvent à celui d'un enquêteur de police....

Population monitoring must be based on reliable and optimized methods in order to develop relevant management or conservation measures, but also to evaluate the effectiveness of these measures. My general objective is to develop and validate a methodological framework for the optimized monitoring of small cetacean sedentary populations. My study showed that (1) it is possible to estimate the probability of reproduction and the probability of survival of calves taking into account the imperfect detection of the animals and the uncertainty about the reproductive status of the females (2) the spatial and temporal heterogeneity of field effort and the spatial distribution of individuals can be explicitly incorporated into models to correct estimates of survival probability and population size, and (3) the reduction in field effort particularly affects the precision of population size estimates but has little impact on the precision of adult survival probability., Le suivi des populations doit reposer sur des méthodes fiables et optimisées dans le but d’élaborer des mesures de gestion ou de conservation pertinentes, mais aussi pour évaluer l’efficacité de ces mesures. Mon objectif général est de développer et valider un cadre méthodologique pour le suivi optimisé des populations sédentaires de petits cétacés. Mes travaux ont montré que (1) il est possible d’estimer la probabilité de reproduction et la probabilité de survie des jeunes en tenant compte de la détection imparfaite des animaux et de l’incertitude sur le statut reproducteur des femelles (2) l’hétérogénéité spatio-temporelle de l’effort de terrain et la distribution spatiale des individus peuvent être explicitement intégrées dans les modèles pour corriger les estimations de la probabilité de survie et la taille de la population et (3) la réduction de l’effort de recherche affecte particulièrement la précision des estimations de la taille de la population mais n’a que très peu d’impact sur la précision de l’estimation de la survie adulte.

During the last decades, the number of ponds decreased by more than 50 % in European countries, occasionally reaching up to 90 % in some regions. Their decline in number has led to a strong loss of connectivity between waterbodies. Yet, these small and scattered ecosystems are essential for the life cycle of a high diversity of freshwater species. Land use policies like the creation of Greenways and Blueways in France aim to improve ecological continuities to allow maintenance of existent biological populations and exchanges between them. However, the connectivity between ponds must be considered according to the dispersal abilities of freshwater species and this information often lacks to guide restoration measures. In the present work, we studied the dispersal abilities of dragonflies on several spatial scales and investigated the biological traits and environmental factors that shaped their movements. In the first part, we evaluated the colonization of 20 ponds in Normandy by dragonflies during three years after pond restoration or pond creation. The results highlight high colonization rates during the first year and no difference in species richness was found between newly created or restored ponds. This suggests that restoration of ponds after complete drought should not always be prioritized over pond creation in management strategies. We found that generalist species were more present in the first year after pond creation or restoration, whereas the occurrence of forest specialists increased with the age of the pond. The results also highlighted that the landscape context around ponds (i.e. forest vs. open lands) had an effect on the composition of dragonfly communities. Finally, the total abundance of odonate species was related to the density of other ponds in the surroundings. This result emphasizes that highly connected ponds can support larger populations than isolated ones and thus, be more resilient to perturbations. The second part provides insights into the larval development of Anax imperator and the relationship between morphological traits of larvae and adults. The results suggest that the survival of this species might depend on its body length during the maturation period. We also tried to study the natal dispersal by marking 87 individuals at emergence, but only two males were resighted after the maturation period. Finally, the effect of two water pollutants (i.e. Round-up and DEET) at different concentrations was also investigated on the larval development and adults of Aeshna cyanea. Larvae were reared under laboratory conditions and exposed to concentrations up to 30 mg.L-1 of the two pollutants. No effect of the pollutants was detected on the morphological conditions of larvae or tenerals, suggesting that A. cyanea is tolerant to potential water pollution of ponds. The level of HSP70 stress protein was also similar according to the different treatments, but teneral adults presented higher levels of stress than larvae, suggesting that emergence induced a high stress in the individuals. The third part focuses on the dispersal of A. imperator. We first assessed the local movements within a pond network in the Normandy region., Au cours des dernières décennies, le nombre de mares a connu un déclin de plus de 50 % dans les pays européens, atteignant parfois jusqu'à 90 % dans certaines régions. Cette diminution a entraîné une forte perte de connectivité entre les mares. Pourtant, ces écosystèmes petits et dispersés sont essentiels au cycle de vie d'une grande diversité d'espèces d'eau douce. Les politiques d'aménagement du territoire, comme la création des Trames Vertes et Bleues en France, visent à améliorer les continuités écologiques pour permettre le maintien des populations existantes et les échanges entre elles. Cependant, les études de connectivité entre les mares doivent prendre en compte les capacités de dispersion des espèces et cette information fait souvent défaut pour orienter les mesures de restauration. Dans le présent travail, nous avons étudié les capacités de dispersion des libellules à plusieurs échelles spatiales ainsi que les caractéristiques biologiques et les facteurs environnementaux qui façonnent leurs mouvements. Dans la première partie, nous avons évalué la colonisation par les libellules de 20 mares normandes pendant les trois années suivant leur création ou leur restauration. Les résultats mettent en évidence des taux de colonisation élevés pendant la première année et aucune différence de richesse spécifique n'a été constatée entre les mares nouvellement créées ou restaurées. Cela suggère que la restauration des mares après un assèchement total ne devrait pas toujours être prioritaire par rapport à la création de nouvelles mares dans les stratégies de gestion. Nous avons constaté que les espèces généralistes étaient davantage présentes la première année après la création ou la restauration des mares, alors que la présence d’espèces spécialistes des forêts augmentait avec l'âge du plan d’eau. Les résultats ont également mis en évidence que le contexte paysager autour des mares (i.e. milieu forestier ou ouvert) avait un effet sur la composition des communautés de libellules. Enfin, l'abondance totale des espèces d'odonates était liée à la densité des plans d’eau alentours. Ce résultat souligne que les mares très connectées peuvent abriter des populations plus importantes que les mares isolées et donc être plus résistantes aux perturbations. La deuxième partie fournit des éléments sur le développement larvaire d'Anax imperator et la relation entre les caractéristiques morphologiques des larves et des adultes. Les résultats suggèrent que la survie de cette espèce pendant la période de maturation pourrait dépendre de la longueur des individus. Nous avons également essayé d'étudier la dispersion natale en marquant 87 individus à l'émergence, mais seuls deux mâles ont été retrouvés après la période de maturation. Enfin, l'effet de deux polluants de l'eau (Round-up et DEET) sur le développement larvaire et les adultes d'Aeshna cyanea a également été étudié à différentes concentrations. Les larves ont été élevées dans des conditions de laboratoire et exposées à des concentrations allant jusqu'à 30 mg.L-1 des deux polluants. Aucun effet des polluants sur les conditions morphologiques des larves ou des ténéraux n'a été détecté, ce qui suggère que A. cyanea est une espèce tolérante aux potentielles pollutions de l'eau dans les mares. Le niveau de la protéine de stress HSP70 était également similaire selon les différents traitements, mais les adultes ténéraux présentaient des niveaux de stress plus élevés que les larves, ce qui suggère que l'émergence a provoqué un stress élevé chez les individus.

During the last decades, the number of ponds decreased by more than 50 % in European countries, occasionally reaching up to 90 % in some regions. Their decline in number has led to a strong loss of connectivity between waterbodies. Yet, these small and scattered ecosystems are essential for the life cycle of a high diversity of freshwater species. Land use policies like the creation of Greenways and Blueways in France aim to improve ecological continuities to allow maintenance of existent biological populations and exchanges between them. However, the connectivity between ponds must be considered according to the dispersal abilities of freshwater species and this information often lacks to guide restoration measures. In the present work, we studied the dispersal abilities of dragonflies on several spatial scales and investigated the biological traits and environmental factors that shaped their movements. In the first part, we evaluated the colonization of 20 ponds in Normandy by dragonflies during three years after pond restoration or pond creation. The results highlight high colonization rates during the first year and no difference in species richness was found between newly created or restored ponds. This suggests that restoration of ponds after complete drought should not always be prioritized over pond creation in management strategies. We found that generalist species were more present in the first year after pond creation or restoration, whereas the occurrence of forest specialists increased with the age of the pond. The results also highlighted that the landscape context around ponds (i.e. forest vs. open lands) had an effect on the composition of dragonfly communities. Finally, the total abundance of odonate species was related to the density of other ponds in the surroundings. This result emphasizes that highly connected ponds can support larger populations than isolated ones and thus, be more resilient to perturbations. The second part provides insights into the larval development of Anax imperator and the relationship between morphological traits of larvae and adults. The results suggest that the survival of this species might depend on its body length during the maturation period. We also tried to study the natal dispersal by marking 87 individuals at emergence, but only two males were resighted after the maturation period. Finally, the effect of two water pollutants (i.e. Round-up and DEET) at different concentrations was also investigated on the larval development and adults of Aeshna cyanea. Larvae were reared under laboratory conditions and exposed to concentrations up to 30 mg.L-1 of the two pollutants. No effect of the pollutants was detected on the morphological conditions of larvae or tenerals, suggesting that A. cyanea is tolerant to potential water pollution of ponds. The level of HSP70 stress protein was also similar according to the different treatments, but teneral adults presented higher levels of stress than larvae, suggesting that emergence induced a high stress in the individuals. The third part focuses on the dispersal of A. imperator. We first assessed the local movements within a pond network in the Normandy region.; Au cours des dernières décennies, le nombre de mares a connu un déclin de plus de 50 % dans les pays européens, atteignant parfois jusqu'à 90 % dans certaines régions. Cette diminution a entraîné une forte perte de connectivité entre les mares. Pourtant, ces écosystèmes petits et dispersés sont essentiels au cycle de vie d'une grande diversité d'espèces d'eau douce. Les politiques d'aménagement du territoire, comme la création des Trames Vertes et Bleues en France, visent à améliorer les continuités écologiques pour permettre le maintien des populations existantes et les échanges entre elles. Cependant, les études de connectivité entre les mares doivent prendre en compte les capacités de dispersion des espèces et cette information fait souvent défaut pour orienter les mesures de restauration. Dans le présent travail, nous avons étudié les capacités de dispersion des libellules à plusieurs échelles spatiales ainsi que les caractéristiques biologiques et les facteurs environnementaux qui façonnent leurs mouvements. Dans la première partie, nous avons évalué la colonisation par les libellules de 20 mares normandes pendant les trois années suivant leur création ou leur restauration. Les résultats mettent en évidence des taux de colonisation élevés pendant la première année et aucune différence de richesse spécifique n'a été constatée entre les mares nouvellement créées ou restaurées. Cela suggère que la restauration des mares après un assèchement total ne devrait pas toujours être prioritaire par rapport à la création de nouvelles mares dans les stratégies de gestion. Nous avons constaté que les espèces généralistes étaient davantage présentes la première année après la création ou la restauration des mares, alors que la présence d’espèces spécialistes des forêts augmentait avec l'âge du plan d’eau. Les résultats ont également mis en évidence que le contexte paysager autour des mares (i.e. milieu forestier ou ouvert) avait un effet sur la composition des communautés de libellules. Enfin, l'abondance totale des espèces d'odonates était liée à la densité des plans d’eau alentours. Ce résultat souligne que les mares très connectées peuvent abriter des populations plus importantes que les mares isolées et donc être plus résistantes aux perturbations. La deuxième partie fournit des éléments sur le développement larvaire d'Anax imperator et la relation entre les caractéristiques morphologiques des larves et des adultes. Les résultats suggèrent que la survie de cette espèce pendant la période de maturation pourrait dépendre de la longueur des individus. Nous avons également essayé d'étudier la dispersion natale en marquant 87 individus à l'émergence, mais seuls deux mâles ont été retrouvés après la période de maturation. Enfin, l'effet de deux polluants de l'eau (Round-up et DEET) sur le développement larvaire et les adultes d'Aeshna cyanea a également été étudié à différentes concentrations. Les larves ont été élevées dans des conditions de laboratoire et exposées à des concentrations allant jusqu'à 30 mg.L-1 des deux polluants. Aucun effet des polluants sur les conditions morphologiques des larves ou des ténéraux n'a été détecté, ce qui suggère que A. cyanea est une espèce tolérante aux potentielles pollutions de l'eau dans les mares. Le niveau de la protéine de stress HSP70 était également similaire selon les différents traitements, mais les adultes ténéraux présentaient des niveaux de stress plus élevés que les larves, ce qui suggère que l'émergence a provoqué un stress élevé chez les individus.

The study of life history traits and their covariations is critical to fully understand population demography and evolution. Among these traits, adult survival is central, as a component of fitness. Reproductive phenology is also a key element through its major consequences on fitness and through its sensitivity to environmental variations, particularly in the current context of climate change. The study of the relationship between these two traits is crucial in understanding the complex relationships between life history traits in a population. It is however surprisingly not often studied. This thesis aims to explore variations in survival in four populations of blue tit (Cyanistes caeruleus) in the Mediterranean region, and to examine the existence of links between survival and other demographic or environmental components of populations, including reproductive phenology. Using capture-mark-recapture models, we were able to estimate survival probabilities in the different populations. We showed that in one of these populations, the phenology of the population impacted adult survival at the population level (a decrease in the median laying date of the population causes a decrease in subsequent survival) as well as at the individual level (but in the opposite direction: the earliest individuals in the population are those who have the highest survival probabilities in the following year). These covariations are part of a complex relationship system that involves reproductive success (related to laying date), environment (which impacts laying date and reproductive success), and population density (which has negative effects on laying date, reproductive success and adult survival). In total, our work sheds new light on the processes related to adult survival and its spatial and temporal variations in the populations studied, as well as their links with environmental variations.; L’étude des traits d’histoires de vie des organismes et de leurs covariations est extrêmement informative sur la démographie des populations ainsi que sur leur évolution. Parmi ces traits, la survie adulte est centrale en tant que composante de la valeur sélective. La phénologie de la reproduction est également un élément clef par ses conséquences majeures sur la valeur sélective et sa sensibilité aux variations environnementales, notamment dans le contexte actuel de changement climatique. L’étude du lien entre ces deux traits est déterminante dans la compréhension des relations complexes entre traits d’histoires de vie dans une population, mais il reste cependant peu étudié. Cette thèse vise à explorer les variations de survie dans quatre populations de mésanges bleues (Cyanistes caeruleus) en région méditerranéenne, et à examiner l’existence de lien entre celle-ci et d’autres composantes démographiques ou environnementales des populations, notamment la phénologie de la reproduction. Grâce à des modèles de type capture-marquage-recapture, nous avons pu estimer les taux de survie dans les différentes populations. Nous avons montré que dans l’une de ces populations, la phénologie de la population impactait la survie adulte au niveau populationnel (une diminution de la date de ponte médiane de la population est liée à une diminution de la survie) ainsi qu’au niveau individuel en sens contraire (les individus les plus précoces au sein de la population sont ceux qui ont la survie la plus élevée dans l’année qui suit). Ces covariations s’inscrivent dans un système de relations complexe qui fait intervenir le succès reproducteur (lié à la date de ponte), l’environnement (effet sur la date de ponte et sur le succès reproducteur), et la densité de population (effets sur la date de ponte, le succès reproducteur et sur la survie adulte). Au total, nos travaux éclairent d’un jour nouveau les processus liés à la survie adulte et ses variations spatio-temporelles dans les populations étudiées, ainsi que leurs liens avec les variations environnementales.

The study of life history traits and their covariations is critical to fully understand population demography and evolution. Among these traits, adult survival is central, as a component of fitness. Reproductive phenology is also a key element through its major consequences on fitness and through its sensitivity to environmental variations, particularly in the current context of climate change. The study of the relationship between these two traits is crucial in understanding the complex relationships between life history traits in a population. It is however surprisingly not often studied. This thesis aims to explore variations in survival in four populations of blue tit (Cyanistes caeruleus) in the Mediterranean region, and to examine the existence of links between survival and other demographic or environmental components of populations, including reproductive phenology. Using capture-mark-recapture models, we were able to estimate survival probabilities in the different populations. We showed that in one of these populations, the phenology of the population impacted adult survival at the population level (a decrease in the median laying date of the population causes a decrease in subsequent survival) as well as at the individual level (but in the opposite direction: the earliest individuals in the population are those who have the highest survival probabilities in the following year). These covariations are part of a complex relationship system that involves reproductive success (related to laying date), environment (which impacts laying date and reproductive success), and population density (which has negative effects on laying date, reproductive success and adult survival). In total, our work sheds new light on the processes related to adult survival and its spatial and temporal variations in the populations studied, as well as their links with environmental variations.; L’étude des traits d’histoires de vie des organismes et de leurs covariations est extrêmement informative sur la démographie des populations ainsi que sur leur évolution. Parmi ces traits, la survie adulte est centrale en tant que composante de la valeur sélective. La phénologie de la reproduction est également un élément clef par ses conséquences majeures sur la valeur sélective et sa sensibilité aux variations environnementales, notamment dans le contexte actuel de changement climatique. L’étude du lien entre ces deux traits est déterminante dans la compréhension des relations complexes entre traits d’histoires de vie dans une population, mais il reste cependant peu étudié. Cette thèse vise à explorer les variations de survie dans quatre populations de mésanges bleues (Cyanistes caeruleus) en région méditerranéenne, et à examiner l’existence de lien entre celle-ci et d’autres composantes démographiques ou environnementales des populations, notamment la phénologie de la reproduction. Grâce à des modèles de type capture-marquage-recapture, nous avons pu estimer les taux de survie dans les différentes populations. Nous avons montré que dans l’une de ces populations, la phénologie de la population impactait la survie adulte au niveau populationnel (une diminution de la date de ponte médiane de la population est liée à une diminution de la survie) ainsi qu’au niveau individuel en sens contraire (les individus les plus précoces au sein de la population sont ceux qui ont la survie la plus élevée dans l’année qui suit). Ces covariations s’inscrivent dans un système de relations complexe qui fait intervenir le succès reproducteur (lié à la date de ponte), l’environnement (effet sur la date de ponte et sur le succès reproducteur), et la densité de population (effets sur la date de ponte, le succès reproducteur et sur la survie adulte). Au total, nos travaux éclairent d’un jour nouveau les processus liés à la survie adulte et ses variations spatio-temporelles dans les populations étudiées, ainsi que leurs liens avec les variations environnementales.

A fundamental endeavor in population ecology is to identify the drivers of population dynamics. The main objective of this thesis is to determine what are the demographic and population responses of superior marine predators to the fluctuations of their prey abundance, to climatic variations, to density-dependence while taking into account inter and intra individual heterogeneity (age, experience, sex, quality or strategy). To do this, we analysed long-term individual and population-based monitoring of long-lived seabirds and phylogenetically close apical predators in two contrasting biomes: the south polar skua Catharacta maccormicki at Pointe Géologie archipelago, Antarctica, and the brown skua Catharacta lonnbergi on the sub-Antarctic Kerguelen Archipelago. We will use direct abundance of their respective prey: Adélie penguin Pygoscelis adeliae and emperor penguin Aptenodytes forsteri in Antarctica, and the blue petrel Halobaena caerulea and the thin-billed prion Pachyptila belcheri prion in Kerguelen islands. These datasets provide a unique opportunity to simultaneously disentangle and quantify the different sources of variability driving variation in natural populations occupying one of the highest trophic levels of the Antarctic and sub-Antarctic food webs. We found variation in several vital traits of both populations influenced by individual performance and latent individual heterogeneity. We discuss the mechanisms by which climatic variability, prey abundance, and population density can differentially affect the different age classes of each age class, and the potential consequences of future environmental changes.; Une question fondamentale en écologie des populations est l’identification des facteurs influençant la dynamique d’une population. L’objectif principal de cette thèse est de déterminer quelles sont les réponses démographiques et populationnelles de prédateurs marins supérieurs face aux fluctuations d’abondance de leurs proies, aux variations climatiques, à la densité-dépendance tout en tenant compte de l’hétérogénéité inter et intra-individuelle (âge, expérience, sexe, qualité ou stratégie). Pour ce faire, nous nous baserons sur l’analyse de suivis à long-terme individuels et populationnels d’oiseaux marins longévifs et prédateurs apicaux phylogénétiquement très proches dans deux biomes contrastés : le labbe de McCormick Catharacta maccormicki sur l’archipel de Pointe Géologie en Antarctique et le labbe subantarctique Catharacta lonnbergi sur l’archipel des Kerguelen en milieu subantarctique. Nous tirerons parti d’estimations d’abondances de leurs proies respectives : le manchot Adélie Pygoscelis adeliae et le manchot empereur Aptenodytes forsteri en Antarctique, et le pétrel bleu Halobaena caerulea et le prion de Belcher Pachyptila belcheri à Kerguelen. Ces jeux de données offrent une opportunité unique de pouvoir déterminer et quantifier simultanément les différentes sources de variabilité dans les changements de taille de populations naturelles occupant l’un des niveaux trophiques les plus élevés des réseaux alimentaires antarctiques et subantarctiques. Nous avons mis en évidence de la variation dans plusieurs traits vitaux des deux populations influencées par les performances des individus et de l’hétérogénéité individuelle latente. Nous discutons des mécanismes par lesquels la variabilité climatique, l’abondance de proie et la densité de population peuvent affecter différentiellement les différentes classes d’âges de chaque trait vital, et les conséquences potentielles de futurs changements environnementaux.

Implementing networks of ecological continuities requires estimation of functional connectivity in landscapes. Particularly when those landscapes are fragmented by Large-scale Transportation Infrastructures (LTIs). In this context, four terrestrial species were monitored using genetic and demographic surveys across six LTIs in south-western France. The results showed that a significant amount of genetic variability was explained by LTIs (38%), that are mostly acting as dispersal barriers. However, LTI effects are variable depending on the species under study and, in some cases, they can even act as infrastructures enhancing dispersal. Furthermore, the combined use of genetic tools and demographic surveys showed that depending on the selected approach, results might differ. Therefore, these two approaches should be more used simultaneously in landscape surveys.; La mise en place des réseaux de continuités écologiques dans les paysages nécessite l'estimation de la connectivité fonctionnelle, particulièrement lorsque ces paysages sont fragmentés par les Infrastructures Linéaires de Transport (ILT). Dans ce contexte, des suivis génétiques et démographiques ont été réalisé sur quatre espèces terrestres dans un paysage fragmenté par six types d'infrastructures en Dordogne, France. Les résultats ont montré qu'une part importante de la variabilité génétique (38 %) est expliquée par les ILT, qui agissent majoritairement comme des barrières à la dispersion. Cependant, les effets des ILT varient fortement d'une espèce à l'autre et peuvent, dans certains cas, agirent comme des éléments favorisant la dispersion. Par ailleurs, l'utilisation conjointe des outils de génétique du paysage et des suivis démographiques montre que selon l'approche utilisée, les résultats peuvent diverger. Ces deux approches devraient donc être davantage utilisées simultanément dans les études paysagères.

A fundamental endeavor in population ecology is to identify the drivers of population dynamics. The main objective of this thesis is to determine what are the demographic and population responses of superior marine predators to the fluctuations of their prey abundance, to climatic variations, to density-dependence while taking into account inter and intra individual heterogeneity (age, experience, sex, quality or strategy). To do this, we analysed long-term individual and population-based monitoring of long-lived seabirds and phylogenetically close apical predators in two contrasting biomes: the south polar skua Catharacta maccormicki at Pointe Géologie archipelago, Antarctica, and the brown skua Catharacta lonnbergi on the sub-Antarctic Kerguelen Archipelago. We will use direct abundance of their respective prey: Adélie penguin Pygoscelis adeliae and emperor penguin Aptenodytes forsteri in Antarctica, and the blue petrel Halobaena caerulea and the thin-billed prion Pachyptila belcheri prion in Kerguelen islands. These datasets provide a unique opportunity to simultaneously disentangle and quantify the different sources of variability driving variation in natural populations occupying one of the highest trophic levels of the Antarctic and sub-Antarctic food webs. We found variation in several vital traits of both populations influenced by individual performance and latent individual heterogeneity. We discuss the mechanisms by which climatic variability, prey abundance, and population density can differentially affect the different age classes of each age class, and the potential consequences of future environmental changes., Une question fondamentale en écologie des populations est l’identification des facteurs influençant la dynamique d’une population. L’objectif principal de cette thèse est de déterminer quelles sont les réponses démographiques et populationnelles de prédateurs marins supérieurs face aux fluctuations d’abondance de leurs proies, aux variations climatiques, à la densité-dépendance tout en tenant compte de l’hétérogénéité inter et intra-individuelle (âge, expérience, sexe, qualité ou stratégie). Pour ce faire, nous nous baserons sur l’analyse de suivis à long-terme individuels et populationnels d’oiseaux marins longévifs et prédateurs apicaux phylogénétiquement très proches dans deux biomes contrastés : le labbe de McCormick Catharacta maccormicki sur l’archipel de Pointe Géologie en Antarctique et le labbe subantarctique Catharacta lonnbergi sur l’archipel des Kerguelen en milieu subantarctique. Nous tirerons parti d’estimations d’abondances de leurs proies respectives : le manchot Adélie Pygoscelis adeliae et le manchot empereur Aptenodytes forsteri en Antarctique, et le pétrel bleu Halobaena caerulea et le prion de Belcher Pachyptila belcheri à Kerguelen. Ces jeux de données offrent une opportunité unique de pouvoir déterminer et quantifier simultanément les différentes sources de variabilité dans les changements de taille de populations naturelles occupant l’un des niveaux trophiques les plus élevés des réseaux alimentaires antarctiques et subantarctiques. Nous avons mis en évidence de la variation dans plusieurs traits vitaux des deux populations influencées par les performances des individus et de l’hétérogénéité individuelle latente. Nous discutons des mécanismes par lesquels la variabilité climatique, l’abondance de proie et la densité de population peuvent affecter différentiellement les différentes classes d’âges de chaque trait vital, et les conséquences potentielles de futurs changements environnementaux.

Habitat loss and fragmentation are the main causes of amphibian decline in Western Europe. In spite of regulations concerning the construction of new infrastructures, the lack of knowledge concerning species and their habitat make difficult to evaluate the impact as well as the implementation of effective solutions to preserve biodiversity. Using the example of marbled newt (Triturus marmoratus), a protected species presents in Western France, this works aims at estimating the relevance of the fieldwork and modeling methods available to obtain data necessary for characterizing the dynamic of population for this species. To do so, two populations of marbled newts (situated in Loire Atlantique and Vendée) were studied using torch counts, traps, dip nets, with an intensive capture recapture (CR) protocol, and environmental DNA (eDNA) method. In the first part, this work allowed us to show that within the framework of quantitative characterization of the dynamics of a population, the information gathered by CR is the most reliable. This is especially due to the low and heterogeneous detection rate in space and time for marbled newt, which does not allow traditional methods to get reproducible and transposable results. eDNA is the most accurate method when it comes to estimating occurence but the possibility to use it to estimate absolute or even relative abundances stays a promising perspective that did not succeed yet. In a second chapter, we showed how recent methodological advances in modeling approaches allow estimating time spent by a species in a site thanks to CR data. These methods were applied to marbled newts to highlight a particular phenology, with arriving and leaving individuals being not simultaneous but progressive and each individual occupying the pond only for a part of the breeding season. These results allows to define a methodological frame adapted to develop long term studies of compensation measures within the framework of the construction project, but also more generally for future studies of urodele species., La perte d’habitat et la fragmentation sont les principales causes de déclin des amphibiens en Europe de l’ouest. Malgré les réglementations mises en place concernant la construction de nouvelles infrastructures, le manque de connaissances fondamentales concernant les espèces et leurs habitats rendent difficiles l’évaluation des impacts ainsi que la mise en place de solutions efficaces pour conserver la biodiversité. En se basant sur l’exemple du triton marbré (Triturus marmoratus), espèce protégée présente dans l’ouest de la France, ce travail vise à évaluer la pertinence des méthodes de terrain et de modélisation disponibles pour la récolte des données nécessaires à la caractérisation de la dynamique des populations chez cette espèce. Pour ce faire, deux populations de tritons marbrés (Loire Atlantique et Vendée) ont été étudiées grâce à des techniques de comptages à la lampe, piégeage, utilisation d’épuisettes avec un suivi intensif par capture-marquage-recapture (CMR), complété par la méthode de l’ADN environnemental (ADNe). Dans une première partie ce travail a permis de montrer que dans le cadre de la caractérisation quantitative de la dynamique d’une population, les informations apportées par la CMR sont les plus fiables. Ceci est notamment dû au taux de détection faible et hétérogène dans l’espace et dans le temps du triton marbré, qui ne permet pas aux autres méthodes s’en affranchissant de produire des résultats reproductibles et transposables. L’ADNe est la méthode permettant d’estimer l’occurrence le plus efficacement mais la possibilité d’une utilisation pour estimer des abondances absolues voire des abondances relatives reste du domaine des perspectives prometteuses mais non abouties à ce jour. Dans un second chapitre, nous avons montré comment les récentes avancées méthodologiques dans les approches de modélisation permettent de déterminer le temps passé par une espèce sur un site grâce aux données de CMR. Ces méthodes ont été appliquées au triton marbré pour mettre en évidence une phénologie particulière avec des individus arrivant et repartant du site de reproduction de manière non simultanée et n’occupant chacun la mare qu’une partie de la période de reproduction. L’ensemble de ces résultats permettent de définir un cadre méthodologique adapté pour développer un suivi dans le temps des mesures de compensation envisagées dans le cadre du projet de construction, mais aussi pour le suivi des populations d’urodèles en général.

Habitats and landscape fragmentation, caused by linear land transports infrastructures, is one of the major cause for the current loss of biodiversity. Among those infrastructures, road is a major cause of fragmentation, especially as it possess specific traffic-linked effects, which induces wildlife-vehicles collisions and landscape pollution. In order to decrease those negative effects, mitigation measures are taken, among which wildlife crossings, enabling wildlife to cross the road. Road also creates new potential habitats for small wildlife species in anthropogenic and fragmented landscapes. In this essay are shown (1) the potential as habitat of different road-linked elements; (2) the possibility to anticipate wildlife-vehicles collisions in order to improve the position of mitigation measures; (3) the importance of methodology in the evaluation of wildlife crossings effectiveness; and (4) the possibility to improve existing wildlife crossings. Those results will allow improving landscape defragmentation strategies.; La fragmentation des paysages et des habitats induite par les infrastructures linéaires de transport terrestres est une des principales causes de la perte de biodiversité actuelle. Parmi ces infrastructures, la route est un acteur majeur de fragmentation, d’autant plus qu’elle possède des effets propres dus au trafic circulant qui induit des collisions véhicule-faune et une pollution des paysages. Afin de diminuer ces effets négatifs, des mesures de réduction sont mises en place, notamment des passages à faune permettant de faire traverser la faune de part et d’autre des voies. La route crée aussi de nouveaux habitats potentiels pour les espèces de la petite faune dans des paysages anthropisés et fragmentés. Dans ce mémoire sont démontrées (1) la potentialité d’habitat de différents éléments routiers ; (2) la possibilité de prédire les collisions véhicule-faune afin de positionner au mieux les mesures de réduction ; (3) l’importance de la méthodologie dans l’évaluation de l’efficacité des passages à faune ; et (4) la possibilité d’améliorer les passages à faune existants. Ces résultats permettront d’améliorer les stratégies de défragmentation des paysages.

Habitats and landscape fragmentation, caused by linear land transports infrastructures, is one of the major cause for the current loss of biodiversity. Among those infrastructures, road is a major cause of fragmentation, especially as it possess specific traffic-linked effects, which induces wildlife-vehicles collisions and landscape pollution. In order to decrease those negative effects, mitigation measures are taken, among which wildlife crossings, enabling wildlife to cross the road. Road also creates new potential habitats for small wildlife species in anthropogenic and fragmented landscapes. In this essay are shown (1) the potential as habitat of different road-linked elements; (2) the possibility to anticipate wildlife-vehicles collisions in order to improve the position of mitigation measures; (3) the importance of methodology in the evaluation of wildlife crossings effectiveness; and (4) the possibility to improve existing wildlife crossings. Those results will allow improving landscape defragmentation strategies., La fragmentation des paysages et des habitats induite par les infrastructures linéaires de transport terrestres est une des principales causes de la perte de biodiversité actuelle. Parmi ces infrastructures, la route est un acteur majeur de fragmentation, d’autant plus qu’elle possède des effets propres dus au trafic circulant qui induit des collisions véhicule-faune et une pollution des paysages. Afin de diminuer ces effets négatifs, des mesures de réduction sont mises en place, notamment des passages à faune permettant de faire traverser la faune de part et d’autre des voies. La route crée aussi de nouveaux habitats potentiels pour les espèces de la petite faune dans des paysages anthropisés et fragmentés. Dans ce mémoire sont démontrées (1) la potentialité d’habitat de différents éléments routiers ; (2) la possibilité de prédire les collisions véhicule-faune afin de positionner au mieux les mesures de réduction ; (3) l’importance de la méthodologie dans l’évaluation de l’efficacité des passages à faune ; et (4) la possibilité d’améliorer les passages à faune existants. Ces résultats permettront d’améliorer les stratégies de défragmentation des paysages.

La perdrix rouge fait partie des gibiers les plus prisés des chasseurs européens et à ce titre les gestionnaires cynégétiques mettent en place de nombreux aménagements destinés à améliorer la capacité d’accueil des milieux et à dynamiser les populations. Parmi ces aménagements on compte notamment les cultures à gibier, les agrainoirs, mais aussi les abreuvoirs. D’autres pratiques comme la gestion agricole ou la limitation des prédateurs spécifiques peuvent impacter les populations de perdrix rouges. Ce mémoire fait dans un premier temps une synthèse bibliographique des relations que la perdrix rouge entretien avec son milieu (I). Il s’attache ensuite à décrire l’utilisation des abreuvoirs destinés à la perdrix rouge dans le cadre d’une étude menée dans le département du Gard. Le suivi de ces abreuvoirs s’est fait à l’aide d’appareils photographiques automatiques (II). Les lâchers de perdrix rouge d’élevage font partie des pratiques courantes afin d’augmenter les populations. Nous avons également utilisé le dispositif d’appareils photographiques pour estimer la survie de 622 perdrix rouges issues d’élevage marquées individuellement à l’aide des méthodes de Capture-Marquage-Recapture (II). Enfin nous avons décrit l’utilisation des abreuvoirs destinés à la perdrix rouge, par les autres espèces de faune sauvage (II). Les résultats de cette étude mettent en évidence que les perdrix rouges sauvages utilisent les abreuvoirs essentiellement en été, le matin, lorsque les températures maximales quotidiennes atteignent ou dépassent les 30°c. Les perdrix rouges issues de lâcher utilisent beaucoup les abreuvoirs dans les mois qui suivent leur lâcher, pendant les périodes d’adaptation à leur nouvel environnement. Ensuite elles adoptent un comportement d’utilisation des abreuvoirs similaire aux perdrix rouges sauvages. Le milieu dans lequel est positionné l’abreuvoir est déterminant pour qu’il soit utilisé par les perdrix rouges, ainsi que son positionnement au sein de la végétation. Nos résultats concernant la survie des perdrix rouges issues de lâcher mettent en évidence qu’il existe une différence importante dans la survie en fonction du site de lâcher. En effet nous avons estimé la survie d’un groupe d’individus lâchés dans un enclos à 95% la première semaine alors qu’elle était de 69% pour les individus lâchés à l’extérieur de l’enclos. Pour les semaines suivantes la survie à l’intérieur de l’enclos était de 99%, alors qu’elle était de 91% à l’extérieur de l’enclos. Enfin les abreuvoirs que nous avons suivis ont été utilisés par de nombreuses espèces dont certaines hautement patrimoniales comme la fauvette pichou, la fauvette passerinette ou le bruant ortolan.

The Hermit beetle, Osmoderma eremita (Coleoptera : Cetoniidae) is an emblematic and endangered species of the saproxylic communities. A monitoring programme was planned for ten years in France (Sarthe department) to gain a best understanding of the local conservation stakes of this protected species. The monitoring includes capture – mark – recapture and radio-tracking methods to analyse the occupancy rate of hollow trees, the size of the populations and the dispersal behaviour of the adults. We present in particular the data collected during the fi rst season of radio-tracking of this programme. No dispersal was observed with capture – mark – recapture but this method brought out the adults emerged in small numbers (one to seven adults per tree). Radio-tracking enabled the observation of the movements of one individual. The range of these movements reached almost 700 m. Such a distance had never been observed and could lead to new insights about the dispersal abilities of O. eremita. Furthermore, this observation led us to first considerations regarding the management of chesnut orchards, a key habitat for conservation of O. eremita in Sarthe department (France). Particularly, we emphasized the potential positive effect of keeping grafted trees producing drupes and the potential negative effect of coppices on the efficiency of individual movements., Premiers résultats de radio-pistage d’Osmoderma eremita (Coleoptera : Cetoniidae) dans les châtaigneraies françaises. — Le Pique-prune Osmoderma eremita (Coleoptera, Cetoniidae) est une espèce menacée et emblématique des communautés saproxyliques. Un programme de suivi a été défi ni sur une durée de dix ans en France (département de la Sarthe) pour obtenir une meilleure connaissance des enjeux locaux de la conservation de cette espèce protégée. Le suivi s’appuie sur des méthodes de capture-marquage-recapture et de radio-pistage afin d’analyser le taux d’occupation des arbres creux, la taille des populations et le comportement de dispersion des adultes. Nous présentons en particulier les données recueillies durant la première saison de radio-pistage de ce programme. Aucune dispersion n’a été observée par la méthode de capture-marquage-recapture mais celle-ci a permis de mettre en évidence un faible nombre d’adultes émergeant par arbre (un à sept par arbre). Le radio-pistage a permis l’observation des déplacements d’un individu. L’étendue de ces derniers s’est élevée à presque 700 m. Une telle distance qui n’avait encore jamais été observée peut conduire à une nouvelle vision des capacités de dispersion d’O. eremita. De plus, cette observation nous amène à de premières considérations sur la gestion des châtaigneraies, un habitat clé pour la conservation d’O. eremita dans le département de la Sarthe (France). En particulier, nous soulignons l’effet potentiellement positif du maintien d’arbres greffés produisant des drupes et l’effet potentiellement négatif des taillis sur l’efficacité des déplacements individuels., Dubois Glenn,Vignon Vincent. First results of radio-tracking of Osmoderma eremita (Coleoptera: Cetoniidae) in French chestnut orchards. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), supplément n°10, 2008. 4ème colloque sur la conservation des coléoptères saproxyliques, tenu à Vivoin (Sarthe – France) du 27 au 29 juin 2006 / Proceedings of the 4th symposium and workshop on the conservation of Saproxylic beetles, held in vivoin, sarthe department – France 27–29 June 2006. pp. 131-138.

Dispersal is defined as the movement made by an individual between his birthplace and the site of his first breeding attempt (natal dispersal) or between successive breeding sites (breeding dispersal). It has many causes (proximate and ultimate) and consequences (fitness, etc.), rarely studied in large spatial and temporal scales. This thesis emphasizes the role of density, climate, and populations, with a dynamic approach and the role of migration, on the dispersal of the White Stork (Ciconia ciconia) in France. Dispersal influences survival and reproduction in the White-throated Dipper (Cinclus cinclus) and is heritable, highlighting the underlying evolutionary process of this behavior. This work recontextualized the role of the environment on the dispersal in an inter-population level, as long as the links with migration and the evolutionary context of this trait., La dispersion est définie comme le mouvement fait par un individu entre son lieu de naissance et le site de sa première reproduction (dispersion natale) ou entre deux sites de reproduction successifs (dispersion de reproduction). Il possède de nombreuses causes (proximales et ultimes) et conséquences (fitness, etc.), peu étudiées à des échelles spatiotemporelles larges. Cette thèse souligne le rôle de la densité, du climat, et des populations considérées, avec une approche dynamique des échanges et un rôle de la migration, sur la dispersion de la Cigogne blanche (Ciconia ciconia) en France. La dispersion influence la survie et la reproduction chez le Cincle plongeur (Cinclus cinclus) et est héritable, ce qui souligne le processus évolutif sous-jacent à l’apparition de ce comportement. Ces travaux recontextualisent le rôle de l’environnement sur la dispersion à une échelle inter-populationnelle, en soulignant les liens avec la migration, ainsi que le contexte évolutif de ce trait.

International audience; In a population exhibiting partial migration (i.e. migration and residency tactics occur in the same population), the mechanisms underlying the tactical choice are still unclear. Empirical studies have highlighted a variety of factors that could influence the coexistence of resident and migratory individuals, with growth and body size considered to be key factors in the decision to migrate. Most studies suffer from at least one of the two following caveats: (1) survival and capture probabilities are not taken into account in the data analysis, and (2) body size is often used as a proxy for individual growth. We performed a capture–mark–recapture experiment to study partial migration among juvenile brown trout Salmo trutta at the end of their first year, when a portion of the population emigrate from the natal stream while others choose residency tactic. Bayesian multistate capture–recapture models accounting for survival and recaptures probabilities were used to investigate the relative role of body size and individual growth on survival and migration probabilities. Our results show that, despite an apparent effect of both size and growth on migration, growth is the better integrative parameter and acts directly on migration probability whereas body size acts more strongly on survival. Consequently, we recommend caution if size is used as a proxy for growth when studying the factors that drive partial migration in juvenile salmonid species.

he Yellow-bellied toad (Bombina variegata) is a vulnerable species which decreases throughout its distribution area since the beginning of the twentieth century. In fact, this pioneer species lives in small water bodies recently created, often of anthropogenic, such as ruts in forest. Paradoxically, the cause of its decline is linked to this human activity, hence it difficult to develop a management plan and appropriate conservation. In Lorraine, a regional action plan for the protection of the Yellow-bellied toad and temporary aquatic environments began in 2008 for three years. He has been implemented to precise Thus, seven populations are studied, one of which is located in state forest of Darney (Vosges). The monitoring by Capture-Mark-Recapture (CMR) has permitted to identify 1730 animals from the beginning of March 2008 until the end of July 2010 and 1198 this year. The statistical analysis software MARK 5.2 was used to estimate the population (2983 individuals) and various biological parameters such as survival rate (90%) and catch rate (58%). Moreover, a database have been created and some actions are suggested to allow the coexistence of species to human activity in order to maintain the reproduction areas.

Saproxylophagous insects are an important part of the biodiversity of temperate forests and play a fundamental biogeochemical role being involved in the degradation of dead wood. The European saproxylic complex is now disrupted by anthropogenic changes in forests. Many species of this complex are endangered and their conservation necessitates understanding the causes of their vulnerability. We studied the ecology of a cavity-dwelling saproxylophagous beetle, Osmoderma eremita, a species that is becoming scarce throughout its range and has low dispersal capacities. We monitored its populations by capture-recapture and radio-tracking. Additional measures were undertaken in the laboratory (flight-mill). Our objectives were to explain the distribution of the species in an agricultural landscape, to study its dispersal capacities and to analyze its other demographic characteristics. We have revealed the influence of openness and of the density of microhabitats on the presence of the species, with a preference for areas that have suffered the smallest loss of habitat within 60 years. We measured dispersal capacities that were three times greater than those observed in nature. The capacities of females were related to their condition. The demographic analysis revealed biased sex-ratios depending on population and year. We have demonstrated the role of sex in the demography of the species, a factor which should take place in viability analyses. Such analyses enable to propose conservation measures for O. eremita adaptable to other saproxylophagous species.; les insectes saproxylophages forment une part importante de la biodiversité des forêts tempérées et jouent un rôle biogéochimique fondamental en participant à la dégradation du bois mort. Le complexe saproxylique européen est aujourd'hui perturbé par les modifications anthropiques des forêts. De nombreuses espèces de ce complexe sont menacées de disparition et leur conservation nécessite de connaître les causes de leur vulnérabilité. Nous avons étudié l'écologie d'un coléoptère saproxylophage cavicole, Osmoderma eremita, espèce qui se raréfie à l'échelle de son aire de distribution et présente de faibles capacités de dispersion. Nous avons suivi ses populations par capture-recapture et pistage-radio. Des mesures complémentaires ont été réalisées au laboratoire (manège de vol). Nos objectifs étaient d'expliquer la distribution de l'espèce dans un bocage, d'étudier ses capacités de dispersion et d'analyser ses autres caractéristiques démographiques. Nous avons révélé l'influence de l'ouverture du paysage et de la densité de microhabitats sur la présence de l'espèce, avec une préférence pour les zones ayant subi la plus faible perte d'habitat en 60 ans. Nous avons mesuré des capacités de dispersion trois fois supérieures à celles alors relevées in natura. Les capacités des femelles étaient liées à leur condition. Les analyses démographiques ont révélé des sex-ratios biaisées en fonction de la population et de l'année. Nous avons démontré le rôle du sexe dans la démographie de l'espèce, facteur qui devrait intervenir dans les analyses de viabilité. De telles analyses permettent de proposer des mesures de conservation d'O. eremita adaptables à d'autres espèces saproxylophages.

Fisheries research often involves a repetitive sampling protocol for multiple ecological units (our example is gillnetting of lakes). Estimates of abundance based on catch per unit effort can be erroneous due to lake effects on sampling efficiency. Conversely dividing data into individual lakes may lead to poor inference due to sparse data. Hierarchical Bayesian analysis compromises between these two extreme methods by estimating parameters for an individual lake, but borrowing information from other lakes. We estimated size-selective gillnet efficiency with mark-recapture data across a series of lakes subject to a constant netting effort. Hierarchical Bayesian analysis was able to prevent unrealistic selectivity functions that arose from individual lake analysis. Furthermore, the hierarchical approach was able to derive accurate parameter estimates with very few mark-recaptures in sub-sampled data trials. This paper demonstrates the hierarchical methodology for the estimation of fishery selectivity parameters. The results could be used to derive informative priors for future research which uses the proposed gillnet protocol.

This study aimed at assessing the viability of a threatened population of Chough (Pyrrhocoax pyrrhocorax) in a protected area facing drastic changes of landuse: abandonment of agricultural lands and development of tourism. In the first part, the study identifies the main factors influencing demographic parameters. Population appears to be limited by nest site availability. Fledging success is influenced by prey biomass availability and by area of available foraging habitat close to the nest. Summer survival of juveniles is strongly negatively correlated to the number of tourists visiting the island, thus suggesting a potential negative impact of tourism on chough population dynamics.In the second part, demographic viability of the Chough population was assessed by comparing different likely scenarii of evolution and impacts of human activities. Individual-Based model simulations showed that the population is expected to be stable under the current level of tourist activity and land encroachment, but could extinguish if the current increase in the number of tourist visits is maintained. Multi-Agent System modelling showed that land management could be optimized if spatial issues and species demands were considered.; L'objectif de cette étude a été d'évaluer la viabilité d'une population de Crave à bec rouge (Pyrrhocorax pyrrhocorax), dans un contexte d'espaces protégés confrontés à de profonds changements d'usages des sols. Cet oiseau, espèce emblématique, est en effet susceptible d'être affecté par les modifications des relations société-nature, telles l'abandon des pratiques agricoles et le développement touristique.L'étude s'est dans un premier temps focalisée sur l'identification des facteurs susceptibles d'influencer les paramètres démographiques de cette espèce. Le nombre de sites de reproduction apparaît comme un facteur très probablement limitant. Le succès reproducteur est quant à lui influencé par la superficie d'habitats favorables à proximité des sites de reproduction ainsi que par l'abondance des ressources alimentaires au printemps. Enfin la limitation de l'accès aux zones d'alimentation et la réduction du temps d'alimentation des oiseaux, occasionnées par la fréquentation touristique estivale du littoral, affectent la survie des jeunes Craves. Dans un second temps, la viabilité démographique de cette population a été évaluée à l'aide de différents modèles et au travers de comparaisons de différents scénarios plausibles d'évolution et d'impacts des activités humaines. Dans l'éventualité d'une stabilisation de la fréquentation touristique et du processus d'enfrichement aux niveaux actuels, la population semble viable. Mais comparativement au contexte passé particulièrement favorable, la population semble désormais sur "le fil du rasoir", une diminution même légère d'un des paramètres démographiques conduirait à une extinction inéluctable. Compte-tenu des dynamiques actuelles, le dérangement touristique estival semble impacter le plus la population à court terme. Différents scénarios de gestion ont donc été envisagés, via notamment un modèle démographique spatialement explicite, développé au sein d'un Système Multi-Agents.

La modélisation de la dynamique spatiale d'une population de truite commune (Salmo trutta) par une méthode de capture-marquage-recapture multi-états.. 3. Rencontres de l'Ichtyologie en France, Société Française d'Itchyologie

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