Objective To investigate risk factors, including reported net use, for Plasmodium infection and anaemia among school children and to explore variations in effects across different malaria ecologies occurring in Kenya. Methods This study analysed data for 49 975 school children in 480 schools surveyed during a national school malaria survey, 2008–2010. Mixed effects logistic regression was used to investigate factors associated with Plasmodium infection and anaemia within different malaria transmission zones. Results Insecticide-treated net (ITN) use was associated with reduction in the odds of Plasmodium infection in coastal and western highlands epidemic zones and among boys in the lakeside high transmission zone. Other risk factors for Plasmodium infection and for anaemia also varied by zone. Plasmodium infection was negatively associated with increasing socio-economic status in all transmission settings, except in the semi-arid north-east zone. Plasmodium infection was a risk factor for anaemia in lakeside high transmission, western highlands epidemic and central low-risk zones, whereas ITN use was only associated with lower levels of anaemia in coastal and central zones and among boys in the lakeside high transmission zone. Conclusions The risk factors for Plasmodium infection and anaemia, including the protective associations with ITN use, vary according to malaria transmission settings in Kenya, and future efforts to control malaria and anaemia should take into account such heterogeneities among school children. Objectif: Etudier les facteurs de risque, y compris l’utilisation rapportee des moustiquaires, pour l’infection a Plasmodium et l’anemie chez les ecoliers et explorer les variations dans les effets a travers differentes ecologies du paludisme au Kenya. Methodes: Cette etude a analyse les donnees de 49.975 ecoliers dans 480 ecoles surveillees lors d’une enquete nationale sur le paludisme dans les ecoles de 2008 a 2010. La regression logistique a effets mixtes a ete utilisee pour etudier les facteurs associes a l’infection a Plasmodium et a l’anemie dans les differentes zones de transmission du paludisme. Resultats: L’utilisation des moustiquaires impregnees d’insecticide (MII) a ete associee a une reduction de la probabilite d’infection a Plasmodium dans les zones montagneuses cotieres et de l’ouest et chez les garcons dans la zone de transmission elevee. D’autres facteurs de risque pour l’infection a Plasmodium et l’anemie varient aussi selon la zone. L’infection a Plasmodium etait negativement associee au niveau du statut socio-economique dans toutes les zones de transmission, sauf dans les zones semi-arides du nord-est. L’infection a Plasmodium etait un facteur de risque d’anemie dans les zones en bordures du lac, les zones de montagnes epidemiques de l’ouest et du centre a faible risque, alors que l’utilisation des MII etait seulement associee a des taux plus faibles d’anemie dans les zones cotieres et centrales et chez les garcons dans les zones en bordures du lac avec une transmission elevee. Conclusions: Les facteurs de risque pour l’infection a Plasmodium et l’anemie, y compris les protections associees a l’utilisation des MII, varient selon les zones de transmission du paludisme au Kenya. Les efforts futurs visant a lutter contre le paludisme et l’anemie devraient tenir compte de telles heterogeneites parmi les ecoliers. Objetivo: Investigar los factores de riesgo, incluido el uso reportado de redes mosquiteras, para la infeccion por Plasmodium y la anemia en ninos escolares, y explorar variaciones en los efectos a lo largo de diferentes ecologias de malaria en Kenia. Metodos: Este estudio analiza datos de 49,975 ninos de 480 escuelas encuestadas durante un estudio nacional de malaria entre el 2008–2010. Se utilizo una regresion logistica de efectos mixtos para investigar los factores asociados a la infeccion por Plasmodium y anemia en diferentes zonas de transmision de malaria. Resultados: El uso de mosquiteras impregnadas estaba asociado a una reduccion en la probabilidad de infeccion por Plasmodium en zonas de costa y las zonas altas occidentales, y entre ninos en area de alta transmision. Otros factores de riesgo para infeccion por Plasmodium y anemia tambien variaban por zona. La infeccion por Plasmodium estaba asociada negativamente a un mayor estatus socio-economico en todos los emplazamientos con transmision, excepto en las zonas semiaridas del nordeste. La infeccion por Plasmodium era un factor de riesgo en zonas cercanas a un lago, las zonas altas occidentales epidemicas y las zonas centrales de bajo riesgo, mientras que el uso de mosquiteras impregnadas solo estaba asociado con menores niveles de anemia en zonas de costa y zonas centrales y entre los ninos de zonas de alta transmision al lado de un lago. Conclusiones: Los factores de riesgo para la infeccion por Plasmodium y anemia, incluyendo las asociaciones protectoras con el uso de mosquiteras impregnadas, varian segun el emplazamiento de transmision de malaria en Kenia. Los futuros esfuerzos para controlar la malaria y la anemia deberian tener en cuenta las heterogeneidades entre ninos escolares.