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Additional file 3.Pvdbp-II haplotypes. Identification of 90 haplotypes and their respective nucleotide sequence compared to Salvador 1 reference sequence (PVX_110810).

Additional file 1.Pvdbp-II-gene haplotypes in São Gabriel da Cachoeira (BA) and in Rio de Janeiro (AF).

Additional file 2. Multiple sequence alignment of pvdbp-II from AF and BA regions. Multiple alignment of 675 bp pvdbp-II fragment of field isolates compared to Salvador 1 reference sequence (PVX_110810).

Supplemental material, uomf_july_23_2018_s5_table for Systematic Identification and Classification of β-Lactamases Based on Sequence Similarity Criteria: β-Lactamase Annotation by Melise Chaves Silveira, Rangeline Azevedo da Silva, Fábio Faria da Mota, Marcos Catanho, Rodrigo Jardim, Ana Carolina R Guimarães and Antonio B de Miranda in Evolutionary Bioinformatics

Supplemental material, S2_table for Systematic Identification and Classification of β-Lactamases Based on Sequence Similarity Criteria: β-Lactamase Annotation by Melise Chaves Silveira, Rangeline Azevedo da Silva, Fábio Faria da Mota, Marcos Catanho, Rodrigo Jardim, Ana Carolina R Guimarães and Antonio B de Miranda in Evolutionary Bioinformatics

Web Resources on TB: Information, Research, and Data Analysis

Since the eighties, Bioinformatics has acquired a growing importance in the biological sciences. Due to the complexity of hardware and software tools, and the need for a specialized management of network infrastructure, data processing and storage, many research institutions organized a bioinformatics core facility. In this work, we describe typical bioinformatics activities and the organization of a bioinformatics core with institutional support. Since the end of the 80s, FIOCRUZ has contributed for the development and establishment of Bioinformatics in Rio de Janeiro, through different initiatives. Starting with sequence analysis courses, today our institution has a permanent Bioinformatics service, integrated with other strategic activities through a thematic network of technological platforms imbedded in the Program for Technological Development of Health Products (PDTIS), where the main attributions of such platforms are concentrated in support, establishment of new methodologies and active participation in research projects and technological development. In this paper we present the PDTIS Bioinformatics Platform, its scope, resources and its support, teaching and research activities. Bioinformatics has emerged as a new scientific area and a short history of its development at FIOCRUZ is also summarized. Desde os anos 1980, a Bioinformática tem adquirido uma importância crescente nas ciências biológicas. Devido à complexidade de ferramentas tanto de hardware quanto de software, e a necessidade de ter-se um gerenciamento especializado de infra-estruturas de rede, processamento e armazenamento de dados, muitas instituições de pesquisa organizaram um núcleo de bioinformática (core facility, CPD, Centro de (Bio)informática etc.). Neste artigo, descrevemos uma evolução típica de atividades na área de bioinformática e a organização de um núcleo mínimo com suporte institucional. Desde o final da década de 1980, a Fiocruz tem contribuído para o estabelecimento e desenvolvimento da Bioinformática no Rio de Janeiro, através de diferentes iniciativas. Iniciando com cursos de análise de seqüências ministrados na Fiocruz, hoje a instituição conta com um serviço permanente de Bioinformática, integrado a outras atividades estratégicas desenvolvidas, através de uma rede temática de plataformas com suporte de um Programa de Desenvolvimento Tecnológico em Insumos para a Saúde (PDTIS), cujas principais atribuições concentram-se no suporte, no estabelecimento de novas metodologias e na participação ativa em projetos de desenvolvimento tecnológico. Neste artigo, descrevemos a Plataforma PDTIS de Bioinformática, o seu escopo, os seus recursos e as suas atividades de suporte, ensino e pesquisa, considerando que muitos outros centros de pesquisa encontram-se em situação similar O surgimento da Bioinformática como uma nova área do conhecimento e um histórico de seu desenvolvimento na Fiocruz também são apresentados, de forma resumida.

Since the 1990's, the complete genetic code of more than 600 living organisms has been deciphered, such as bacteria, yeasts, protozoan parasites, invertebrates and vertebrates, including Homo sapiens, and plants. More than 2,000 other genome projects representing medical, commercial, environmental and industrial interests, or comprising model organisms, important for the development of the scientific research, are currently in progress. The achievement of complete genome sequences of numerous species combined with the tremendous progress in computation that occurred in the last few decades allowed the use of new holistic approaches in the study of genome structure, organization and evolution, as well as in the field of gene prediction and functional classification. Numerous public or proprietary databases and computational tools have been created attempting to optimize the access to this information through the web. In this review, we present the main resources available through the web for comparative analysis of prokaryotic genomes. We concentrated on the group of mycobacteria that contains important human and animal pathogens. The birth of Bioinformatics and Computational Biology and the contributions of these disciplines to the scientific development of this field are also discussed. Desde a década de 1990, os esforços internacionais no sentido de obter seqüências genômicas completas levaram à determinação de todo o código genético de mais de 600 organismos, entre estes, procariotos, leveduras, protozoários, plantas, invertebrados e vertebrados, incluindo o próprio Homo sapiens. Atualmente, mais de 2.000 outros projetos genoma estão em andamento, representando interesses médicos, comerciais, ambientais e industriais, ou contemplando organismos-modelos importantes para o desenvolvimento de pesquisas científicas. Aliada ao vertiginoso avanço da computação nas últimas décadas, a obtenção de seqüências genômicas completas de inúmeros organismos têm permitido o uso de abordagens holísticas e ao mesmo tempo inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes, entre outros. Inúmeros bancos de dados e ferramentas computacionais de acesso público ou privado têm sido criados na tentativa de organizar e permitir acesso eficiente e rápido a estas informações através da internet. Nesta revisão apresentamos os principais recursos disponíveis publicamente na internet para a análise comparativa de genomas procarióticos, especialmente de genomas micobacterianos, grupo que contém importantes patógenos humanos e de animais. A Bioinformática e a Biologia Computacional, áreas do conhecimento responsáveis pelo desenvolvimento e aplicação de tais instrumentos computacionais, são também abordadas, enfatizando-se suas origens e contribuições para o desenvolvimento da ciência.