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Shifting vehicle drivers to alternate modes is becoming a key focus of city planning groups. Key to understanding how to posit new transit opportunities requires a granular understanding of origin-destination travel demand. By using Mobiliti, a HPC simulation developed at Lawrence Berkeley National Laboratory that populates origins and destinations and simulates their use of the transportation network, that granular understanding can be achieved. This data can be used to understand how current and potential future transit routes serve regional demand and how those services can be improved, an increasingly important aspiration in the face of falling transit ridership, increasing congestion, and environmental concerns. To understand how existing transit routes serve the demand, an origin and destination falling within a quarter mile around bus and light rail routes were considered zero-transfer transit-feasible; the results of this rudimentary analysis were noteworthy, with simulated feasible ridership up to five times higher than actual ridership seen by the Santa Clara Valley Transportation Authority. Using OpenTripPlanner, we found the average transit trip time to be approximately three times the driving time for that set of transit-feasible trips. This points to a need to increase the operational efficiency of transit services that cannot compete with auto traffic. The second portion of the analysis focuses on understanding how the transit network can be changed to better accommodate the demand. By understanding the origin-destination pairs unserved by the current transit network, corridors of high demand can be visualized, identified. Public transit is key to cities, and this methodology uses novel data sources to inform the design and development of that oft-overlooked workhorse of urban mobility.

We present dispersion compensation by a liquid lens (DisCoBALL), which provides tunable group-delay dispersion (GDD) that is high speed, has a large tuning range, and uses off-the-shelf components. GDD compensation is crucial for experiments with ultrashort pulses. With an electrically tunable lens (ETL) at the Fourier plane of a 4 f grating pair pulse shaper, the ETL applies a parabolic phase shift in space and therefore a parabolic phase shift to the laser spectrum, i.e., GDD. The GDD can be tuned with a range greater than 2 × 105 fs2 at a rate of 100 Hz while maintaining stable coupling into a single mode fiber.

Supplemental material, 10.1177_1358863X19859072_supplementary_material for A randomized, placebo-controlled trial of canakinumab in patients with peripheral artery disease by Kerry S Russell, Denise P Yates, Christopher M Kramer, Andrea Feller, Ping Mahling, Laurence Colin, Timothy Clough, Tianke Wang, Lucy LaPerna, Alpa Patel, Holger Lawall, Mustafa M Shennak, James Fulmer, Sigrid Nikol, William B Smith, Oliver J Müller, Elizabeth V Ratchford and Craig T Basson in Vascular Medicine

Clinicians working on first-in-human clinical studies need to be able to judge whether safety signals observed on an investigational drug were more likely to have occurred by chance or to have been caused by the drug. We retrospectively reviewed 84 Novartis studies including 1,234 healthy volunteers receiving placebo to determine the expected incidence of changes in commonly measured laboratory parameters and vital signs, in the absence of any active agent. We calculated the frequency of random incidence of safety signals, focusing on the liver, cardiovascular system, kidney, and pancreas. Using the liver enzyme alanine aminotransferase (ALT) as an example, we illustrate how a predictive model can be used to determine the probability of a given subject to experience an elevation of ALT above the upper limit of the normal range under placebo, conditional on the characteristics of this subject and the study.

Après intégration dans le génome cellulaire de l’hôte, l’expression des rétrovirus dépend d’éléments agissant en cis localisés dans la longue répétition terminale 5’ (LTR5’) et la région leader, de facteurs de transcription cellulaires et viraux agissant en trans ainsi que de l’organisation chromatinienne du provirus intégré. Notre laboratoire a précédemment identifié dans le génome du rétrovirus HIV-1 (Human Immunodeficiency Virus type 1) une région intragénique importante (nt 4079-6026, où nt +1 est le début de U3 dans le LTR5’) composée du fragment 5103, du site hypersensible aux nucléases SH7 et du fragment 5105. Lors de ce travail, nous avons caractérisé physiquement et fonctionnellement différents sites de liaison pour des facteurs de transcription cellulaires localisés dans la région intragénique du virus HIV-1, dont trois sites de liaison pour le facteur inductible AP-1, dans des expériences de retard de migration sur gel et de transfection transitoire. Nous avons montré l’importance de ces trois sites AP-1 pour la réplication virale au niveau transcriptionnel dans des expériences d’infection et d’immunoprécipitation de la chromatine. De plus, nous avons caractérisé l’activité transcriptionnelle associée à la région intragénique du virus HIV-1. D’autre part, la structure nucléosomale du provirus intégré et les modifications épigénétiques associées jouent un rôle crucial pour l’expression des rétrovirus. La répression transcriptionnelle du rétrovirus oncogène BLV (Bovine Leukemia Virus) lui permet d’échapper au système immunitaire de son hôte bovin et favorise ainsi l’apparition de tumeurs. Dans ce contexte, nous avons montré que la méthylation de l’ADN au niveau du promoteur viral permet le maintient de la latence transcriptionnelle. En effet, la méthylation des dinucleotides CpGs localisés dans le LTR5‘ empêche le recrutement in vivo des facteurs de transcription activateurs CREB/CREM/ATF. Nous avons également montré que l’activation transcriptionnelle de l’expression du BLV par la combinaison PMA/ionomycine s’accompagne d’un remodelage chromatinien rapide mais transitoire au niveau du promoteur viral par des expériences de marquage indirect des extrémités et d’immunoprécipitation de chromatine. Nous avons ensuite démontré l’importance du site de liaison pour le facteur de transcription PU.1 et de la E-box 4 qui lie USF-1/-2, tous deux localisés dans la région dont l’accessibilité aux nucléases s’accroît après traitement des cellules, pour l’activation transcriptionnelle de l’expression virale par cette combinaison d’inducteurs. En conclusion, notre travail devrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes transcriptionnels et épigénétiques régulant l’expression des rétrovirus HIV-1 et BLV., Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Après intégration dans le génome cellulaire de l’hôte, l’expression des rétrovirus dépend d’éléments agissant en cis localisés dans la longue répétition terminale 5’ (LTR5’) et la région leader, de facteurs de transcription cellulaires et viraux agissant en trans ainsi que de l’organisation chromatinienne du provirus intégré. Notre laboratoire a précédemment identifié dans le génome du rétrovirus HIV-1 (Human Immunodeficiency Virus type 1) une région intragénique importante (nt 4079-6026, où nt +1 est le début de U3 dans le LTR5’) composée du fragment 5103, du site hypersensible aux nucléases SH7 et du fragment 5105. Lors de ce travail, nous avons caractérisé physiquement et fonctionnellement différents sites de liaison pour des facteurs de transcription cellulaires localisés dans la région intragénique du virus HIV-1, dont trois sites de liaison pour le facteur inductible AP-1, dans des expériences de retard de migration sur gel et de transfection transitoire. Nous avons montré l’importance de ces trois sites AP-1 pour la réplication virale au niveau transcriptionnel dans des expériences d’infection et d’immunoprécipitation de la chromatine. De plus, nous avons caractérisé l’activité transcriptionnelle associée à la région intragénique du virus HIV-1. D’autre part, la structure nucléosomale du provirus intégré et les modifications épigénétiques associées jouent un rôle crucial pour l’expression des rétrovirus. La répression transcriptionnelle du rétrovirus oncogène BLV (Bovine Leukemia Virus) lui permet d’échapper au système immunitaire de son hôte bovin et favorise ainsi l’apparition de tumeurs. Dans ce contexte, nous avons montré que la méthylation de l’ADN au niveau du promoteur viral permet le maintient de la latence transcriptionnelle. En effet, la méthylation des dinucleotides CpGs localisés dans le LTR5‘ empêche le recrutement in vivo des facteurs de transcription activateurs CREB/CREM/ATF. Nous avons également montré que l’activation transcriptionnelle de l’expression du BLV par la combinaison PMA/ionomycine s’accompagne d’un remodelage chromatinien rapide mais transitoire au niveau du promoteur viral par des expériences de marquage indirect des extrémités et d’immunoprécipitation de chromatine. Nous avons ensuite démontré l’importance du site de liaison pour le facteur de transcription PU.1 et de la E-box 4 qui lie USF-1/-2, tous deux localisés dans la région dont l’accessibilité aux nucléases s’accroît après traitement des cellules, pour l’activation transcriptionnelle de l’expression virale par cette combinaison d’inducteurs. En conclusion, notre travail devrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes transcriptionnels et épigénétiques régulant l’expression des rétrovirus HIV-1 et BLV., Doctorat en Sciences, info:eu-repo/semantics/published

Bovine leukemia virus (BLV) proviral latency represents a viral strategy to escape the host immune system and allow tumor development. Besides the previously demonstrated role of histone deacetylation in the epigenetic repression of BLV expression, we showed here that BLV promoter activity was induced by several DNA methylation inhibitors (such as 5-aza-2'-deoxycytidine) and that overexpressed DNMT1 and DNMT3A, but not DNMT3B, down-regulated BLV promoter activity. Importantly, cytosine hypermethylation in the 5'-long terminal repeat (LTR) U3 and R regions was associated with true latency in the lymphoma-derived B-cell line L267 but not with defective latency in YR2 cells. Moreover, the virus-encoded transactivator Tax(BLV) decreased DNA methyltransferase expression levels, which could explain the lower level of cytosine methylation observed in the L267(LTaxSN) 5'-LTR compared with the L267 5'-LTR. Interestingly, DNA methylation inhibitors and Tax(BLV) synergistically activated BLV promoter transcriptional activity in a cAMP-responsive element (CRE)-dependent manner. Mechanistically, methylation at the -154 or -129 CpG position (relative to the transcription start site) impaired in vitro binding of CRE-binding protein (CREB) transcription factors to their respective CRE sites. Methylation at -129 CpG alone was sufficient to decrease BLV promoter-driven reporter gene expression by 2-fold. We demonstrated in vivo the recruitment of CREB/CRE modulator (CREM) and to a lesser extent activating transcription factor-1 (ATF-1) to the hypomethylated CRE region of the YR2 5'-LTR, whereas we detected no CREB/CREM/ATF recruitment to the hypermethylated corresponding region in the L267 cells. Altogether, these findings suggest that site-specific DNA methylation of the BLV promoter represses viral transcription by directly inhibiting transcription factor binding, thereby contributing to true proviral latency.

Bovine Leukemia Virus (BLV) proviral latency represents a viral strategy to escape host immune system and allow tumor development. Besides the previously demonstrated role of histone deacetylation in the epigenetic repression of BLV expression, we showed here that BLV promoter activity was induced by several DNA methylation inhibitors (such as 5-AZAdc) and that overexpressed DNMT1 and DNMT3A, but not DNMT3B, downregulated BLV promoter activity. Importantly, cytosine hypermethylation in the 5'LTR U3 and R regions was associated with true latency in the lymphoma-derived B-cell line L267, but not with defective latency in YR2 cells. Moreover, the virus-encoded transactivator TaxBLV decreased DNMT expression levels, what could explain the lower level of cytosine methylation observed in the L267LTaxSN 5'LTR compared to the L267 5'LTR. Interestingly, DNA methylation inhibitors and TaxBLV synergistically activated BLV promoter transcriptional activity in a cAMP-responsive element (CRE)-dependent manner. Mechanistically, methylation at the -154 or at the -129 CpG position (relative to the transcription start site) impaired in vitro binding of CRE-binding protein (CREB) transcription factors to their respective CRE sites. Methylation at the -129 CpG alone was sufficient to decrease by two-fold BLV promoter-driven reporter gene expression. We demonstrated in vivo the recruitment of CREB/CREM and to a lesser extent of ATF-1 to the hypomethylated CRE region of the YR2 5'LTR, whereas we detected no CREB/CREM/ATF recruitment to the hypermethylated corresponding region in the L267 cells. Altogether, these findings suggest that site-specific DNA methylation of the BLV promoter represses viral transcription by directly inhibiting transcription factor binding, thereby contributing to true proviral latency., JOURNAL ARTICLE, SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published