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Os padrões de distribuição e abundância das espécies são regidos por um conjunto de condições ambientais que delineiam as áreas apropriadas para o estabelecimento e manutenção das populações, funcionando como filtros ambientais. Levando isto em consideração, este trabalho teve como objetivo comparar as estruturas da comunidade fitoplanctônica (composição e abundância) entre um ambiente lótico e um lêntico, que são conectados em cascata, e compreender quais fatores ambientais melhor explicam a estruturação dessas comunidades. Para isto, foram feitas coletas trimestrais durante maio e novembro de 2021, no reservatório Epitácio Pessoa e em um trecho do rio Paraíba, ambos localizados no Estado da Paraíba. As amostras coletadas foram conservadas e levadas para identificação em laboratório, onde foram realizadas também as análises estatísticas através da abundância relativa das espécies, da diversidade de Shannon e de uma GLM, no programa RStudio. Os resultados mostraram que não houve diferença significativa na diversidade entre os dois ambientes (p>0,05). No entanto, a análise da abundância relativa revelou diferentes estruturas para os ambientes, onde, no reservatório, o grupo que se destacou foi o das cianobactérias, com 41,68%, apresentando relação negativa com a alcalinidade e os sólidos em suspensão. Enquanto no trecho do rio foram as clorofíceas que se destacaram, com 45,20% da abundância relativa, sendo positivamente relacionada à condutividade elétrica, pH, sólidos dissolvidos, sólidos suspensos totais, turbidez e temperatura da água e do ar, e negativamente relacionada com a alcalinidade, cloreto total e oxigênio. A prevalência de cianobactérias em um ambiente de abastecimento público deve servir como alerta aos gestores e pesquisadores, visto que a toxicidade desses organismos pode afetar as comunidades presentes nesse ecossistema e também a saúde e a economia das pessoas que utilizam desse recurso. Além disso, o aumento da frequência dos eventos de eutrofização, facilita o domínio de cianobactérias, gerando mais custos para restauração.