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36 results on '"Dalle, Céline"'

1. The Plasma Oxylipin Signature Provides a Deep Phenotyping of Metabolic Syndrome Complementary to the Clinical Criteria

Author

Dalle, Céline, Tournayre, Jérémy, Mainka, Malwina, Basiak-Rasała, Alicja, Pétéra, Mélanie, Lefèvre-Arbogast, Sophie, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Deschasaux-Tanguy, Mélanie, Lécuyer, Lucie, Kesse-Guyot, Emmanuelle, Fezeu, Léopold K, Hercberg, Serge, Galan, Pilar, Samieri, Cécilia, Zatońska, Katarzyna, Calder, Philip C, Hjorth, Mads Fiil, Astrup, Arne, Mazur, André, Bertrand-Michel, Justine, Schebb, Nils Helge, Szuba, Andrzej, Touvier, Mathilde, Newman, John W, and Gladine, Cécile

Subjects
Nutrition, Clinical Research, Aetiology, 2.1 Biological and endogenous factors, Good Health and Well Being, Cardiovascular Diseases, Case-Control Studies, Humans, Metabolic Syndrome, Oxylipins, oxylipins, lipid mediators, lipidomics, metabolic syndrome, metabolic phenotyping, Other Chemical Sciences, Genetics, Other Biological Sciences, Chemical Physics
Abstract

Metabolic syndrome (MetS) is a complex condition encompassing a constellation of cardiometabolic abnormalities. Oxylipins are a superfamily of lipid mediators regulating many cardiometabolic functions. Plasma oxylipin signature could provide a new clinical tool to enhance the phenotyping of MetS pathophysiology. A high-throughput validated mass spectrometry method, allowing for the quantitative profiling of over 130 oxylipins, was applied to identify and validate the oxylipin signature of MetS in two independent nested case/control studies involving 476 participants. We identified an oxylipin signature of MetS (coined OxyScore), including 23 oxylipins and having high performances in classification and replicability (cross-validated AUCROC of 89%, 95% CI: 85-93% and 78%, 95% CI: 72-85% in the Discovery and Replication studies, respectively). Correlation analysis and comparison with a classification model incorporating the MetS criteria showed that the oxylipin signature brings consistent and complementary information to the clinical criteria. Being linked with the regulation of various biological processes, the candidate oxylipins provide an integrative phenotyping of MetS regarding the activation and/or negative feedback regulation of crucial molecular pathways. This may help identify patients at higher risk of cardiometabolic diseases. The oxylipin signature of patients with metabolic syndrome enhances MetS phenotyping and may ultimately help to better stratify the risk of cardiometabolic diseases.

Published
2022

2. Harmonized procedures lead to comparable quantification of total oxylipins across laboratories

Author

Mainka, Malwina, Dalle, Céline, Pétéra, Mélanie, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Kampschulte, Nadja, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Bertrand-Michel, Justine, Newman, John W, Gladine, Cécile, and Schebb, Nils Helge

Subjects
Medical Biochemistry and Metabolomics, Biomedical and Clinical Sciences, Clinical Research, Calibration, Chromatography, Liquid, Humans, Oxylipins, Quality Control, Tandem Mass Spectrometry, eicosanoids, lipidomics, liquid chromatography, mass spectrometry, quantitation, harmonization, plasma lipids, interlaboratory comparison, oxidized fatty acids, lipid mediators, Biochemistry and Cell Biology, Biochemistry & Molecular Biology, Biochemistry and cell biology, Medical biochemistry and metabolomics
Abstract

Oxylipins are potent lipid mediators involved in a variety of physiological processes. Their profiling has the potential to provide a wealth of information regarding human health and disease and is a promising technology for translation into clinical applications. However, results generated by independent groups are rarely comparable, which increases the need for the implementation of internationally agreed upon protocols. We performed an interlaboratory comparison for the MS-based quantitative analysis of total oxylipins. Five independent laboratories assessed the technical variability and comparability of 133 oxylipins using a harmonized and standardized protocol, common biological materials (i.e., seven quality control plasmas), standard calibration series, and analytical methods. The quantitative analysis was based on a standard calibration series with isotopically labeled internal standards. Using the standardized protocol, the technical variance was within ±15% for 73% of oxylipins; however, most epoxy fatty acids were identified as critical analytes due to high variabilities in concentrations. The comparability of concentrations determined by the laboratories was examined using consensus value estimates and unsupervised/supervised multivariate analysis (i.e., principal component analysis and partial least squares discriminant analysis). Interlaboratory variability was limited and did not interfere with our ability to distinguish the different plasmas. Moreover, all laboratories were able to identify similar differences between plasmas. In summary, we show that by using a standardized protocol for sample preparation, low technical variability can be achieved. Harmonization of all oxylipin extraction and analysis steps led to reliable, reproducible, and comparable oxylipin concentrations in independent laboratories, allowing the generation of biologically meaningful oxylipin patterns.

Published
2020

3. Indazole–Quinolone Hybrids as Anti-Virulence Agents against Pseudomonas aeruginosa.

Author

Hanot, Marie, Duplantier, Marine, Dalle, Céline, Ren, Yani, Da Nascimento, Sophie, Becker, Jean-Paul, Taudon, Nicolas, Lohou, Elodie, and Sonnet, Pascal

Subjects
COUPLING reactions (Chemistry), QUORUM sensing, PSEUDOMONAS aeruginosa, DRUG resistance in bacteria, CYTOTOXINS
Abstract

Antibiotic resistance is a critical public health issue. Among the multi-drug resistant microorganisms in question, Pseudomonas aeruginosa has been designated by the WHO as a priority threat. Its virulence is orchestrated through quorum sensing (QS). This sophisticated communication network relies on the release and perception of autoinducers acting as population density indicators. Therefore, the interest of a quorum silencing pharmacological approach has unfolded to quench bacterial pathogenicity without impairing growth. In this article, we reported the development of a family of indazole–quinolone hybrids as anti-virulence agents. These new biaromatic compounds were designed as potential specific QS quenchers against P. aeruginosa. Our transdisciplinary research methodology included their synthesis using palladocatalyzed cross-coupling reactions, as well as their in silico physicochemical and in vitro biological evaluation. The hit 7-chloro-2-indazolyl-4-quinolone Ie shows a promising anti-biofilm and anti-pyocyanin efficiency (35% inhibition at 25 µM and 35% inhibition at 100 µM, respectively) without an anti-pseudomonal bacteriostatic effect. It also demonstrated a moderate eukaryotic cytotoxicity. Its anti-QS properties have been investigated using metabolomic and molecular modelling studies. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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7. Workflow4Metabolomics (W4M): a user-friendly metabolomics platform for analysis of MS and NMR data

Author

Delporte, Cédric, Tremblay-Franco, Marie, Guitton, Y., Canlet, Cecile CC, Weber, Ralf J. M., Hecht, Helge, Price, Elliott James, Klanova, Jana, Joly, Charlotte, Dalle, Céline, Saint-Vanne, Julien, Thévenot, Etienne E.A., Schmitz, Isabelle, Chéreau, Sylvain, Dechaumet, Sylvain, Diémé, Binta, Giacomoni, Franck FG, Le Corguillé, Gildas G C, Pétéra, Mélanie MP, Souard, Florence, Delporte, Cédric, Tremblay-Franco, Marie, Guitton, Y., Canlet, Cecile CC, Weber, Ralf J. M., Hecht, Helge, Price, Elliott James, Klanova, Jana, Joly, Charlotte, Dalle, Céline, Saint-Vanne, Julien, Thévenot, Etienne E.A., Schmitz, Isabelle, Chéreau, Sylvain, Dechaumet, Sylvain, Diémé, Binta, Giacomoni, Franck FG, Le Corguillé, Gildas G C, Pétéra, Mélanie MP, and Souard, Florence

Abstract

info:eu-repo/semantics/inPress

Published
2024

8. Untargeted plasma metabolomic profiles associated with overall diet in women from the SU.VI.MAX cohort

Author

Lécuyer, Lucie, Dalle, Céline, Micheau, Pierre, Pétéra, Mélanie, Centeno, Delphine, Lyan, Bernard, Lagree, Marie, Galan, Pilar, Hercberg, Serge, Rossary, Adrien, Demidem, Aicha, Vasson, Marie-Paule, Partula, Valentin, Deschasaux, Mélanie, Srour, Bernard, Latino-Martel, Paule, Druesne-Pecollo, Nathalie, Kesse-Guyot, Emmanuelle, Durand, Stéphanie, Pujos-Guillot, Estelle, Manach, Claudine, and Touvier, Mathilde

Published
2020
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9. Eicosanoids and Oxylipin Signature in Hereditary Hemochromatosis Patients Are Similar to Dysmetabolic Iron Overload Syndrome Patients but Are Impacted by Dietary Iron Absorption.

Author

Lobbes, Hervé, Dalle, Céline, Pereira, Bruno, Ruivard, Marc, Mazur, Andrzej, and Gladine, Cécile

Subjects
*ARACHIDONIC acid, *RESEARCH funding, *IRON overload, *UNSATURATED fatty acids, *LINOLEIC acid, *OXIDATIVE stress, *DESCRIPTIVE statistics, *EICOSANOIDS, *HEMOCHROMATOSIS, *IRON compounds, *LONGITUDINAL method, *GENETIC disorders, *RESEARCH, *LIQUID chromatography, *MASS spectrometry, *FACTOR analysis, *ABSORPTION, *PHENOTYPES, *FASTING, *DISEASE complications
Abstract

Introduction: Oxylipins are mediators of oxidative stress. To characterize the underlying inflammatory processes and phenotype effect of iron metabolism disorders, we investigated the oxylipin profile in hereditary hemochromatosis (HH) and dysmetabolic iron overload syndrome (DIOS) patients. Methods: An LC-MS/MS-based method was performed to quantify plasma oxylipins in 20 HH and 20 DIOS patients in fasting conditions and 3 h after an iron-rich meal in HH patients. Results: Principal component analysis showed no separation between HH and DIOS, suggesting that the clinical phenotype has no direct impact on oxylipin metabolism. 20-HETE was higher in DIOS and correlated with hypertension (p = 0.03). Different oxylipin signatures were observed in HH before and after the iron-rich meal. Discriminant oxylipins include epoxy fatty acids derived from docosahexaenoic acid and arachidonic acid as well as 13-HODE and 9-HODE. Mediation analysis found no major contribution of dietary iron absorption for 16/22 oxylipins significantly affected by the meal. Discussion: The oxylipin profiles of HH and DIOS seemed similar except for 20-HETE, possibly reflecting different hypertension prevalence between the two groups. Oxylipins were significantly affected by the iron-rich meal, but the specific contribution of iron was not clear. Although iron may contribute to oxidative stress and inflammation in HH and DIOS, this does not seem to directly affect oxylipin metabolism. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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10. Update on technological developments and opportunities with Workflow4Metabolomics

Author

Pavot, Lain, Pétéra, Mélanie, Paulhe, Nils, Guitton, Yann, Le Corguillé, Gildas, Saint-Vanne, Julien, Tremblay-Franco, Marie, Canlet, Cécile, Martin, Jean-François, Weber, Ralf, Delporte, Cédric, Souard, Florence, Dalle, Céline, Giacomoni, Franck, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), University of Birmingham [Birmingham], Université libre de Bruxelles (ULB), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Plateforme Exploration du Métabolisme-MetaboHUB (PFEM-MetaboHUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), and Petera, Mélanie

Subjects
Métabolomique non ciblée, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Galaxy web interface, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.CHEM] Chemical Sciences/Cheminformatics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Traitement de données, [CHIM.CHEM]Chemical Sciences/Cheminformatics, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

International audience; IntroductionMetabolomics data analysis is a complex and multistep process, which is constantly evolving with the development of new analytical technologies, mathematical methods, bioinformatics tools and databases. The Workflow4Metabolomics (W4M) infrastructure[1] provides tools in a single online web interface (through Galaxy[1]). During the last two years, W4M has evolved with new upgrades for LC-MS, LC-MSMS, GC-MS and NMR pipelines, including preprocessing, quality control, statistical analysis and annotation tools. W4M also proposes new community resources promoting open science in metabolomics.Technological and methodological innovationW4M major updates include: Specific Galaxy interactive tools with NMRPro[2] for NMR spectra visualization and Xseeker for visualization and annotation of LC-MSMS data (In collaboration with CHOPIN ANR project[3]); An improved MSMS pipeline; New annotation tools suite allowing connexion with PeakForest[4], a new spectral data manager infrastructure for laboratories; New functionalities regarding mixed model computation for repeated measure designs, and improvements in annotation of complex mixture bidimensional NMR spectra. New training resources through the Galaxy Training Network (GTN) are also proposed, and Training Infrastructure as a Service (TIass) is available through the new usegalaxy.fr host.Results and impactW4M’s improvements increase raw data input management and LC/GC-MS(MS) workflow efficiency. We highlight how current advances, along with community training as through the yearly international school Workflow4Experimenters, contribute to open data analysis practices worldwide. In addition the W4M organization on Github repository aims to review code, annotate tools and propose a showcase for contributors from the metabolomics community.References[1] Giacomoni F., Le Corguillé et al (2015). Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics 2015, May 1;31(9):1493-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btu813[2] Mohamed A, Nguyen CH, Mamitsuka H. NMRPro: an integrated web component for interactive processing and visualization of NMR spectra. Bioinformatics. 2016 Jul 1;32(13):2067-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btw102. Epub 2016 Feb 26. PMID: 27153725.[3] https://anr.fr/ProjetIA-16-RHUS-0007[4] Paulhe, N., Canlet, C., Damont, A. et al. PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management. Metabolomics 18, 40 (2022). doi: 10.1007/s11306-022-01899-3[5] Afgan E. et al. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W3-W10. doi: 10.1093/nar/gkw343

Published
2022

12. Oxylipin profiling identifies a mechanistic signature of metabolic syndrome: results from two independent cohorts

Author

Dalle, Céline, primary, Tournayre, Jérémy, additional, Mainka, Malwina, additional, Basiak-Rasała, Alicja, additional, Pétéra, Mélanie, additional, Lefèvre-Arbogast, Sophie, additional, Dalloux-Chioccioli, Jessica, additional, Deschasaux-Tanguy, Mélanie, additional, Lécuyer, Lucie, additional, Kesse-Guyot, Emmanuelle, additional, Fezeu, Léopold, additional, Hercberg, Serge, additional, Galan, Pilar, additional, Samieri, Cécilia, additional, Zatońska, Katarzyna, additional, Calder, Philip C., additional, Hjorth, Mads Fiil, additional, Astrup, Arne, additional, Mazur, André, additional, Bertrand-Michel, Justine, additional, Schebb, Nils H., additional, Szuba, Andrzej, additional, Touvier, Mathilde, additional, Newman, John W., additional, and Gladine, Cécile, additional

Published
2022
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13. Developments and opportunities with Workflow4Metabolomics

Author

Pavot, Lain, Pétéra, Mélanie, Paulhe, Nils, Guitton, Yann, Le Corguillé, Gildas, Saint-Vanne, Julien, Tremblay-Franco, Marie, Canlet, Cécile, Martin, Jean-François, Weber, Ralf, Delporte, Cédric, Souard, Florence, Dalle, Céline, Giacomoni, Franck, LESUR, Hélène, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), University of Birmingham [Birmingham], Faculté de Pharmacie [Bruxelles] (ULB), Université libre de Bruxelles (ULB), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)

Subjects
NMR pipelines, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], New W4M LC-MS, LC-MSMS, GC-MS, [PHYS.PHYS.PHYS-DATA-AN] Physics [physics]/Physics [physics]/Data Analysis, Statistics and Probability [physics.data-an], [PHYS.PHYS.PHYS-DATA-AN]Physics [physics]/Physics [physics]/Data Analysis, Statistics and Probability [physics.data-an]
Abstract

International audience; Metabolomics data analysis is a complex, multistep process, constantly evolving with the development of new analytical technologies, mathematical methods, bioinformatics tools and databases. Workflow4Metabolomics[1] is a collaborative portal dedicated to metabolomics data processing, analysis and annotation for the Metabolomics community. In the latest version of W4M, the core team proposes new upgrades for LC-MS, GC-MS and NMR pipelines, including new preprocessing steps, as well as enhancement of statistical analysis and annotation tools. W4M aims to promote open science in Metabolomics and facilitate knowledge dissemination by providing community resources.

Published
2022

15. Diet-Related Metabolomic Signature of Long-Term Breast Cancer Risk Using Penalized Regression: An Exploratory Study in the SU.VI.MAX Cohort

Author

Lécuyer, Lucie, primary, Dalle, Céline, additional, Lefevre-Arbogast, Sophie, additional, Micheau, Pierre, additional, Lyan, Bernard, additional, Rossary, Adrien, additional, Demidem, Aicha, additional, Petera, Mélanie, additional, Lagree, Marie, additional, Centeno, Delphine, additional, Galan, Pilar, additional, Hercberg, Serge, additional, Samieri, Cecilia, additional, Assi, Nada, additional, Ferrari, Pietro, additional, Viallon, Vivian, additional, Deschasaux, Mélanie, additional, Partula, Valentin, additional, Srour, Bernard, additional, Latino-Martel, Paule, additional, Kesse-Guyot, Emmanuelle, additional, Druesne-Pecollo, Nathalie, additional, Vasson, Marie-Paule, additional, Durand, Stéphanie, additional, Pujos-Guillot, Estelle, additional, Manach, Claudine, additional, and Touvier, Mathilde, additional

Published
2020
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16. MS-based targeted metabolomics of eicosanoids and other oxylipins: Analytical variability and interlaboratory comparison of esterified oxylipin profile

Author

Dalle, Céline, Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Newman, John W., Gladine, Cécile, Schebb, Nils Helge, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Chair of Food Chemistry, University of Würzburg, University of Wuppertal, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut of Food Toxicology, University of Veterinary Medicine [Hannover], Lipidomix GMBH, Western Human Nutrition Research Center, United States Department of Agriculture (USDA), Department of Nutrition, Harvard School of Public Health, ProdInra, Archive Ouverte, MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Toulouse III - Paul Sabatier, MetaToul, United States Department of Agriculture - USDA (USA), Université de Toulouse (UT), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

IntroductionOxylipins are potent lipid mediators involved in numerous physiological and pathological processesand their quantitative profiling has gained a lot of attention [1]. To maximize the utility of theoxylipin profiling in clinical research it is now crucial (i) to assess its analytical variability; (ii) todetermine its comparability between laboratories and (iii) to identify putative critical oxylipins. Thesethree main challenges are addressed within the EU JPI HDHL*-Oxygenate project.Technological and methodological innovationTo address the challenges stated above, a SOP was established by a reference laboratory for the MSbasedtargeted metabolomics of total oxylipins (free + esterified, ~160 oxylipins) in human plasma[2]. The intra- and inter-day variabilities of each oxylipin were assessed. Then, the SOP wastransferred to 4 independent laboratories together with mixtures of internal standards, calibrantsand 7 different pools of plasma to determine the comparability of oxylipin profiles between labs.Results and impactThe cumulated intra-/inter-day variabilities revealed that 68 % of oxylipins (>LLOQ) have a CV

Published
2020

17. Profilage lipidomique des oxylipines pour mieux caractériser le syndrome cardiométabolique et ses liens avec l’alimentation

Author

Dalle, Céline, Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Newman, John.W., Bertrand-Michel, Justine, Schebb, C, Gladine, Cécile, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Wuppertal, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lipidomix GMBH, USDA Western Human Nutrition Research Center, UCDavis (UCD), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme MetaToul, Université de Toulouse (UT), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
comparaison interlaboratoires, oxylipines, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, alimentation, lipidomique ciblée, syndrome cardiométabolique, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare) Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare)Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare); Le syndrome cardiométabolique est un désordre complexe et progressif qui constitue un facteur de risque significatif de maladies cardiovasculaires et de diabète de type II. Il se caractérise par l’association d’au moins trois anomalies incluant un tour de taille élevé, une pression sanguine haute, une hyperglycémie, une hypertriglycéridémie et un taux faible de HDL-cholestérol. Le diagnostic et la prise en charge du syndrome cardiométabolique reste insatisfaisant car il est souvent trop tardif et pas assez intégratif. Les oxylipines, métabolites issus de l’oxygénation des acides gras polyinsaturés, sont des médiateurs lipidiques impliqués dans la régulation de nombreux processus biologiques en lien avec le développement du syndrome cardiométabolique. Par ailleurs, la synthèse des oxylipines est modulable par l’alimentation. Dans le cadre du projet JPI-HDHL OXYGENATE, nous avons émis l’hypothèse que la signature d’oxylipines pourrait permettre d’identifier des perturbations précoces du statut cardiométabolique et pourrait aider à suivre l’effet d’une intervention nutritionnelle sur la prise en charge du syndrome cardiométabolique. Le projet OXYGENATE a pour but d’identifier et valider les signatures d’oxylipines caractéristiques du statut cardiométabolique et de son évolution.

Published
2019

18. MS-based lipidomic profiling of oxylipins supports mild inflammation in dysmetabolic iron overload syndrome affected patients

Author

Dalle, Céline, Lahaye, Clément, Bosviel, Rémy, Ruivard, Marc, Gladine, Cécile, Mazur, André, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Médecine interne, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), University Hospital of Clermont-Ferrand and by the French Society of Internal Medicine, ASN American Society for Nutrition., Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
[SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Topical Area: Energy and Macronutrient Metabolism, ObesityTopical Area: Energy and Macronutrient Metabolism, Obesity; Insulin resistance-associated hepatic iron overload, referred as dysmetabolic iron overload syndrome (DIOS) associates a mild increase of both liver and body iron stores and various components of the metabolic syndrome (MetS). DIOS occurrence is frequent and concerns up to 20% of patients with MetS. The causes and clinical relevance of DIOS are still misunderstood. Oxylipins refer to a large family of signaling lipids notably involved in the regulation of inflammation. We hypothesized that iron overload in DIOS could be associated with an altered oxylipin profile reflecting the dysregulation of inflammatory and oxidative stress status.Methods : This case-control study involved 20 subjects with DIOS (DIOS), 20 subjects with metabolic syndrome without iron overload (MetS) and 20 healthy control subjects (Healthy). Oxylipin profiling was performed in plasma of each participant using mass spectrometry (MS)-based lipidomic profiling.Results : Univariate analysis identified eleven oxylipins significantly higher in the DIOS group in comparison with MetS and healthy subjects. These include (i) prostaglandin D2 which is produced from arachidonic acid (AA) via the cylcooxygenase action, (ii) 8-hydroxy fatty acids including 5-HETE and 15-HETE, well known mediators of inflammation derived from AA via the lipooxygenase pathway, and (iii) two oxylipins of the cytochrome P450 pathways, namely 14,15-EET and 5,6-DiHETE. Of notes, PGD2 as well as 5- and 15-HETE are mediators of inflammation. Multivariate analysis including hierarchical cluster analysis and PCA did not discriminate subjects from the different groups.Conclusions : Iron overload in DIOS was associated with moderate alterations of the oxylipin profile suggesting a mild inflammation, but larger sample size would be necessary to confirm results from this pilot study.Funding Sources : This study was funded by the University Hospital of Clermont-Ferrand and by the French Society of Internal Medicine.

Published
2019

19. Validation inter-laboratoires d’une méthode de profilage lipidomique des oxylipines dans le cadre du projet JPI-HDHL OXYGENATE

Author

Dalle, Céline, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

communication flash poster; Actuellement 20 à 25% de la population adulte mondiale présente un syndromecardiométabolique (CardMet) qui se caractérise par des troubles métaboliques, cardiovasculaires et inflammatoires amenant au développement du diabète de type II et des maladies cardiovasculaires. Cependant le diagnostic de ce syndrome n’est pas satisfaisant car pas assez intégratif et précoce pour permettre une prise en charge nutritionnelle. Les oxylipines sont des médiateurs lipidiques impliqués dans la régulation de processus biologiques liés à ce syndrome et dont la biosynthèse est modulée par le statut CardMet et aussi par l’alimentation. Le projet OXYGENATE a pour but d’identifier et de valider des oxylipines discriminant le statut CardMet et la qualité de l’alimentation. Pour cela, il est nécessaire d’avoir une méthode fiable de profilage quantitatif des oxylipines permettant d’obtenir des profils comparables entre différents laboratoires. Nous avons donc réalisé une comparaison inter-laboratoires de notre méthode afin d’estimer les variabilités analytiques et d’identifier les oxylipines critiques. Cinq laboratoires ont préparé (en triplicat et sur 2 jours différents) et analysé 7 plasmas présentant des profils d’oxylipines très contrastés. Les variabilités intra- et inter-jour ainsi que la part de variabilité attribuable à la préparation et à l’appareillage sont évalués. Au-delà de l’intérêt pour le projet OXYGENATE, cette comparaison inter-laboratoires unique permettra d’harmoniser les profils d’oxylipines réalisés par l’ensemble de la communauté scientifique.

Published
2019

20. Comparaison inter-laboratoires de profils d’oxylipines par lipidomique ciblée dans le cadre du projet OXYGENATE

Author

Dalle, Céline, Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika, Rothe, Mikael, Newman, John W, Bertrand-Michel, Justine, Gladine, Cécile, Schebb, Nils H, ProdInra, Archive Ouverte, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), University of Wuppertal, Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Department of Food Toxicology, University of Veterinary Medicine Hanover, Hannover, Lipidomix GMBH, USDA-ARS : Agricultural Research Service, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), United States Department of Agriculture - Agricultural Research Service, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), MetaToul Lipidomics, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Toulouse (UT)

Subjects
oxylipines, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Alimentation et Nutrition, Chimie analytique, comparaison inter laboratoires, Food and Nutrition, lipidomique ciblée, syndrome cardiométabolique, Analytical chemistry, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Actuellement 20 à 25% de la population adulte mondiale présente un syndrome cardiométabolique. Ce syndrome est un exemple de maladie multifactorielle en lien avec l’alimentation et se caractérise par des troubles cardiovasculaires, métaboliques et inflammatoires. Ces troubles amènent au développement du diabète de type II et des maladies cardiovasculaires. Cependant le diagnostic de ce syndrome n’est pas satisfaisant car pas assez intégratif et précoce pour permettre une prise en charge nutritionnelle. Les oxylipines, métabolites issus de l’oxygénation des acides gras polyinsaturés via différentes voies de biosynthèse, sont connues pour être des médiateurs lipidiques impliqués dans la régulation de processus biologiques liés au syndrome cardiométabolique et dont la biosynthèse est modulée par le statut cardiométabolique et aussi par l’alimentation. D’où l’hypothèse qu’un profilage complet des oxylipines pourrait révéler des perturbations précoces du statut cardiométabolique et pourrait être un nouvel outil d’évaluation de l’efficacité des préventions et interventions nutritionnelles. Le projet OXYGENATE a pour but d’identifier et valider des oxylipines discriminant le statut cardiométabolique et la qualité de l’alimentation. Pour cela, il est nécessaire d’avoir une méthode fiable de profilage quantitatif des oxylipines permettant d’obtenir des profils comparables entre différents laboratoires. Une comparaison inter-laboratoires de notre méthode a été réalisée afin d’estimer les variabilités analytiques et d’identifier les oxylipines critiques. Cinq laboratoires ont préparé (en triplicat et sur 2 jours différents) et analysé 7 plasmas présentant des profils d’oxylipines très contrastés. Les variabilités intra- et inter-jour ainsi que la part de variabilité attribuable à la préparation et à l’appareillage sont évalués. Au-delà de l’intérêt pour le projet, cette comparaison inter-laboratoires unique permettra d’harmoniser les profils d’oxylipines réalisés par l’ensemble de la communauté scientifique.

Published
2019

21. Plasma metabolomic signatures associated with long-term breast cancer risk in the SU.VI.MAX prospective cohort

Author

LECUYER, Lucie, Dalle, Céline, Lyan, Bernard, Demidem, Aïcha, Rossary, Adrien, VASSON, Marie-Paule, Petera, Mélanie, Lagree, Marie, Ferreira, Thomas, Centeno, Delphine, Zelek, Laurent, Galan, Pilar, Hercberg, Serge, DESCHASAUX, Mélanie, PARTULA, Valentin, SROUR, Bernard, Latino Martel, Paule, Kesse-Guyot, Emmanuelle, Druesne Pecollo, Nathalie, Manach, Claudine, Durand, Stéphanie, Pujos-Guillot, Estelle, Touvier, Mathilde, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Clermont Université-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Clinical Epidemiology, Biostatistics and Bioinformatics, Amsterdam UMC - Academic medical center, Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (UREN), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris 13 (UP13)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lécuyer, Lucie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Paris 13 (UP13)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153))

Subjects
[SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract

International audience; Purpose: Breast cancer is a major cause of death in occidental women. Mechanisms involved in its etiology remain misunderstood. Metabolomics is a powerful tool which may help elucidating novel biological pathways and identify new biomarkers in order to predict breast cancer well before symptoms appear. The aim of this study was to investigate whether untargeted metabolomic signatures from blood draws of healthy women could contribute to better understand and predict the long-term risk of developing breast cancer. Methods: A nested case-control study was conducted within the SU.VI.MAX prospective cohort (13 years of follow-up) to analyze baseline plasma samples of 211 incident breast cancer cases and 211 matched controls by LC-MS mass spectrometry. Multivariable conditional logistic regression models were computed. Results: 83 ions were significantly associated (corrected-pvalue

Published
2018

22. Extraction of lipids and oxylipins from plasma for quantification of total oxylipins – Challenges and strategies

Author

Koch, Elisabeth, Ostermann, Annika I, Mainka, Malwina, Dalle, Céline, Konrad, Thade, Gladine, Cécile, Schebb, Nils Helge, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Wuppertal, Institute for Food Toxicology and Analytical Chemistry, University of Veterinary Medicine Hannover, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Catholique de Louvain (UCLouvain). BEL., ProdInra, Archive Ouverte, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
[SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Several eicosanoids and other oxylipins are potent lipid mediators which are involved in theregulation of physiological functions such as inflammation. It is believed that they act predominantlyin their free, i.e. non-esterified, form. However, a major portion of oxylipins is found as esters, e.g. inpolar lipids.Only little information is available on the biological activity of these esterified oxylipins. An importantstep towards a better understanding of their biological role is a comprehensive comparison of thechanges in the pattern of free vs. esterified mediators induced by pharmacological intervention ordietary supplementation as well as during onset and progression of diseases.While several LC-MS based methods for the detection of free oxylipins have been developed,esterified oxylipins are commonly quantified as a sum of free and esterified oxylipins following basehydrolysis. However, different approaches have been described for preparation of samples beforehydrolysis and for the solid phase extraction. Here, we present a three-step strategy for thequantification of total oxylipins including extraction of total lipids, saponification to liberate esterifiedoxylipins and solid phase extraction of free oxylipins. We thoroughly investigated different liquidliquidextraction procedures and protein precipitation in terms of extraction efficiency for variouslipid classes from plasma. Moreover, to optimize sample throughout we compared extraction of freeoxylipins via solid phase extraction on cartridges with 96-well plates.In conclusion, our results emphasis the challenges related to the extraction procedures and providedifferent strategies for reliable oxylipin quantification with a focus on efficient and reproducibleextraction.

Published
2018

23. Plasma Metabolomic Signatures Associated with Long-term Breast Cancer Risk in the SU.VI.MAX Prospective Cohort

Author

Lécuyer, Lucie, primary, Dalle, Céline, additional, Lyan, Bernard, additional, Demidem, Aicha, additional, Rossary, Adrien, additional, Vasson, Marie-Paule, additional, Petera, Mélanie, additional, Lagree, Marie, additional, Ferreira, Thomas, additional, Centeno, Delphine, additional, Galan, Pilar, additional, Hercberg, Serge, additional, Deschasaux, Mélanie, additional, Partula, Valentin, additional, Srour, Bernard, additional, Latino-Martel, Paule, additional, Kesse-Guyot, Emmanuelle, additional, Druesne-Pecollo, Nathalie, additional, Durand, Stéphanie, additional, Pujos-Guillot, Estelle, additional, and Touvier, Mathilde, additional

Published
2019
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24. Metabolomics applied to nutritional epidemiology to identify biomarkers of food intake in the framework of the Metabo-Breast cancer project, SU.VI.MAX cohort

Author

LECUYER, Lucie, Dalle, Céline, Petera, Mélanie, Centeno, Delphine, Lyan, Bernard, Durand, Stéphanie, Pujos-Guillot, Estelle, Micheau, Pierre, Morand, Christine, Galan, Pilar, Hercberg, Serge, PARTULA, Valentin, DESCHASAUX, Mélanie, Srour, Bernard, Latino Martel, Paule, Kesse, Emmanuelle, Touvier, Mathilde, Manach, Claudine, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Hôpital avicenne, Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Avicenne, Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (UREN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris 13 (UP13)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), French National Cancer Institute [INCa_8085, INCa_11323], French network for Nutrition And Cancer Research (NACRe), Centre de Recherche en Nutrition Humaine (CRNH). FRA., Lécuyer, Lucie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Academic Medical Center - Academisch Medisch Centrum [Amsterdam] (AMC), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Paris 13 (UP13)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract

International audience; The work presented is part of the Metabo-Breast cancer project (2015-2017, INCa, P.I. M. Touvier), which aims at 1) discovering predictive biomarkers of breast cancer using metabolomics 2) identifying biomarkers of the quality of the usual diet and of specific foods with putative health effects and 3) relating these biomarkers to enhance our understanding of the role of nutrition and specific dietary factors on breast cancer. Here we focus on the objective of discovering biomarkers of food intake by the exploration of the food metabolome in serum samples from the SU.VI.MAX cohort, using high-resolution mass spectrometry. Untargeted metabolomics is a holistic, data-driven approach that has proved efficient to discover dietary biomarkers through the comparison of the comprehensive profiles of plasma or urine metabolites from subjects differing according to their dietary habits or recent food consumption (Scalbert et al., AJCN 2014). SU.VI.MAX female subjects who filled at least ten 24h dietary records during the first 2 years of follow-up were stratified in deciles according to their level of adherence to the guidelines of the Programme National Nutrition Santé, assessed by the score PNNS-GS previously described (Estaquio et al., JADA 2009) but not taking into account the physical activity component. A total of 80 women, aged 48±6.4 years old was randomly selected in the 10th decile of the PNNS-GS distribution and 80 women matched for age, baseline menopausal status, BMI, smoking and season of blood draw were selected in the 1st decile. Plasma samples collected at baseline in the SU.VI.MAX study were analyzed using Ultra Performance Liquid Chromatography (UPLC) coupled with a quadrupole time of flight mass spectrometer (QToF, Impact II Bruker), equipped with an electrospray ionization source. Metabolic profiles were acquired in both positive and negative modes with a scan range from 50 to 1,000 mass-to-charge ratio. Data were pre-processed using Galaxy workflow4metabolomics. A total of 1575 and 601 signals (ions) were detected in positive and negative mode, respectively. Metabolomics profiles were compared using univariate (with Benjamini-Hochberg (BH) correction) and multivariate statistical methods (ANOVA, multivariable conditional logistic regression, PCA, HCA, PLS andcorrelation analyses) to determine the ions associated with the PNNS-GS, some specific components of the score and with the level of consumption of 58 foods/food groups assessed with the 24h dietary records.84 ions in positive mode and 30 ions in negative mode were found correlated with specific foods/food groups (r>0.3, p-value after BH correction

Published
2017

25. Muscle Loss Associated Changes of Oxylipin Signatures During Biological Aging: An Exploratory Study From the PROOF Cohort

Author

Dalle, Céline, primary, Ostermann, Annika Irmgard, additional, Konrad, Thade, additional, Coudy-Gandilhon, Cécile, additional, Decourt, Alice, additional, Barthélémy, Jean-Claude, additional, Roche, Frédéric, additional, Féasson, Léonard, additional, Mazur, André, additional, Béchet, Daniel, additional, Schebb, Nils Helge, additional, and Gladine, Cécile, additional

Published
2018
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26. Signatures métabolomiques par spectrométrie de masse et risque de cancer du sein

Author

Dalle, Céline, Lyan, Bernard, Petera, Mélanie, Lagree, Marie, Rossary, Adrien, Demidem, Aïcha, Ferreira, Tom, Centeno, Delphine, Galan, Pilar, Hercberg, Serge, Deschasaux, Mélanie, Partula, Valentin, Srour, Bernard, Latino Martel, Paule, Kesse Guyot, Emmanuelle, Manach, Claudine, Vasson, Marie-Paule, Durand, Stéphanie, Pujos Guillot, Estelle, Touvier, Mathilde, and Lécuyer, Lucie

Subjects
métabolomique, cancer du sein, spectrométrie de masse, plasma, étude prospective, Cancer
Abstract

Contexte et objectifs : La métabolomique permet d’étudier l’ensemble des métabolites présents dans un biofluide. Cette étude basée sur une analyse non ciblée en spectrométrie de masse a pour but d’étudier si des profils métabolomiques établis à partir d’un prélèvement sanguin sur des femmes a priori en bonne santé, pourrait contribuer à prédire le risque à long terme de développer le cancer du sein et d’améliorer la compréhension de son étiologie. Méthodes : Un cas-témoin niché prospectif a été mené dans la cohorte SU.VI.MAX, incluant 211 cas de cancer du sein et 211 témoins appariés. Les profils métabolomiques ont été établis sur des échantillons de plasma prélevés à l’inclusion, avant l’apparition du cancer, grâce à une analyse non ciblée par spectrométrie de masse (LC-MS). Des modèles de régressions logistiques conditionnelles multivariées ont été calculés sur chaque ion présélectionné grâce à une ANOVA et sur les combinaisons de potentiels biomarqueurs issus d’une Analyse en Composante Principale. Une correction de test multiple de type FDR (False Discovery Rate) a été appliquée. Résultats : Plusieurs métabolites étaient associés au risque de cancer du sein. La finalisation de l’identification des métabolites discriminants est en cours. Au vu des résultats actuels, les femmes caractérisées par un niveau plasmatique plus élevé de valine (OR=1,45 [1,15-1,83] ; p= 0,009), de phénylalanine (OR=1,43 [1,14-1,78] ; p=0,009), de tryptophane (OR=1,4 [1,1-1,79] ; p=0,01), et de glutamine (OR=1,33 [1,07-1,66] ; p=0,01) et d’un niveau plus bas d’O-succinyl-L-homosérine (OR=0,7 [0,55-0,89] ; p=0,01) auraient un risque plus important de développer un cancer du sein dans la décennie qui suit. Conclusions et perspectives : Cette étude suggère plusieurs associations entre profils métabolomiques à l’inclusion et risque à long terme de développer le cancer du sein et confirme certains résultats que nous avons mis en évidence par une analyse RMN. Cette étude pourrait aider à améliorer l’identification des femmes à risque de développer un cancer du sein, bien avant l’apparition des symptômes. L’étude des biomarqueurs nutritionnels associés au risque de développer cette pathologie (actuellement en cours) pourra permettre de préciser le rôle de la nutrition (facteur modifiable) dans l’étiologie du cancer du sein et d’améliorer les stratégies préventives.

Published
2017

27. BioBanaTom study: Metabolomics to dientidy biomarkers of banana and tomato intake

Author

Vazquez Manjarrez, Natalia, Lyan, Bernard, Petera, Mélanie, Dalle, Céline, Pujos-Guillot, Estelle, Durand, Stéphanie, Morand, Christine, Touvier, Mathilde, DRAGSTED, Laars Ove, Manach, Claudine, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Clermont Auvergne (UCA) - Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] (INRA Auvergne/Rhône-Alpes), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Université Paris 13 - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, and Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)

Subjects
approche métabolomique, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Chimie analytique, digestive, oral, and skin physiology, consommation alimentaire, food and beverages, tomato, banane, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, tomate, banana, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, food consumption, Alimentation et Nutrition, impact sur la santé, Food and Nutrition, Analytical chemistry, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Demonstrating the health benefits of food bioactives: challenges and opportunitiesDemonstrating the health benefits of food bioactives: challenges and opportunities; BioBanaTom study: Metabolomics to dientidy biomarkers of banana and tomato intake. 1. International Conference on Food Bioactive and Health

Published
2016

28. Two complementary metabolomics studies to identify biomarkers of banana intake

Author

Vazquez Manjarrez, Natalia, Lyan, Bernard, Petera, Mélanie, Dalle, Céline, Pujos-Guillot, Estelle, Durand, Stéphanie, Morand, Christine, Touvier, Mathilde, DRAGSTED, Laars Ove, Manach, Claudine, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), JPI, FOODBALL, Nutrigenomics Organisation (NuGO). NLD., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Nutrition, Exercise and Sports [Copenhagen], Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Max Rubner-Institut (MRI). DEU., Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), ProdInra, Archive Ouverte, Université Clermont Auvergne (UCA) - Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] (INRA Auvergne/Rhône-Alpes), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7) - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Université Paris 13 - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Nutrition, Exercise and Sports, and University of Copenhagen (KU)

Subjects
intermediate consumption, approche métabolomique, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Chimie analytique, education, consommation alimentaire, food and beverages, clinical study, banane, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, consommation, banana, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, food consumption, Alimentation et Nutrition, impact sur la santé, Food and Nutrition, biomarker, étude clinique, Analytical chemistry, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, biomarqueur, health care economics and organizations
Abstract

13 th NuGOwee: PHENOTYPES AND PREVENTION -THE INTERPLAY OF GENES, LIFE-STYLES FACTORS AND GUT ENVIRONMENT Session 1 board 2: Biomarkers13 th NuGOwee: PHENOTYPES AND PREVENTION -THE INTERPLAY OF GENES, LIFE-STYLES FACTORS AND GUT ENVIRONMENTSession 1 board 2: Biomarkers; Two complementary metabolomics studies to identify biomarkers of banana intake. NuGOweek 2016

Published
2016

29. Two complementary metabolomics studies to identify biomarkers of banana intake

Author

Lyan, Bernard, Pétéra, Mélanie, Dalle, Céline, Pujos-Guillot, Estelle, Durand, Stéphanie, Morand, Christine, Touvier, Mathilde, Dragsted, Laars Ove, Manach, Claudine, and Vazquez Manjarrez, Natalia

Subjects
approche métabolomique, consommation alimentaire, étude clinique, biomarqueur, banane
Published
2016

30. Muscle Loss Associated Changes of Oxylipin Signatures During Biological Aging: An Exploratory Study From the PROOF Cohort.

Author

Dalle, Céline, Coudy-Gandilhon, Cécile, Mazur, André, Béchet, Daniel, Gladine, Cécile, Ostermann, Annika Irmgard, Schebb, Nils Helge, Konrad, Thade, Decourt, Alice, Barthélémy, Jean-Claude, Roche, Frédéric, and Féasson, Léonard

Subjects
*OXYLIPINS, *MUSCLE mass, *AGING, *PHYSIOLOGICAL control systems, *MUSCLES
Abstract

Characterizations of the multiple mechanisms determining biological aging are required to better understand the etiology and identify early biomarkers of sarcopenia. Oxylipins refer to a large family of signaling lipids involved in the regulation of various biological processes that become dysregulated during aging. To investigate whether comprehensive oxylipin profiling could provide an integrated and fine characterization of the early phases of sarcopenia, we performed a quantitative targeted metabolomics of oxylipins in plasma of 81-year-old subjects from the PROOF cohort with decreased (n = 12), stable (n = 16), or increased appendicular muscle mass (n = 14). Multivariate and univariate analyses identified significant and concordant changes of oxylipin profiles according to the muscle status. Of note, 90% of the most discriminant oxylipins were derived from EPA and DHA and were increased in the sarcopenic subjects. The oxylipins signatures of sarcopenic subjects revealed subtle activation of inflammatory resolution pathways, coagulation processes, and oxidative stress as well as the inhibition of angiogenesis. Heat maps highlighted relationships between oxylipins and the cardiometabolic health parameters which were mainly lost in sarcopenic subjects. This exploratory study supports that targeted metabolomics of oxylipins could provide relevant and subtle characterization of early disturbances associated with muscle loss during aging. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2019
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31. Cloud metabolomics-Response to cold shock in bacteria originating from clouds

Author

Dalle, Céline, Mendes, Cédric, Canet, Isabelle, Sancelme, Martine, Lagrée, Marie, Traïkia, Mounir, Delort, Anne-Marie, Amato, Pierre, Jousse, Cyril, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Plate-Forme d'Exploration du Métabolisme, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Chimie, Metabolomics Society., Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, and MetaboHUB-MetaboHUB

Subjects
bactérie, atmosphère, microorganisme, stress au froid, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, cellule, biomarqueur, nuage, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, profil métabolique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Présentation poster Cyril Jousse; International audience

Published
2013

32. Analyse métabolomique sur l’hémolymphe d’abeille. Contraintes de l’étude et évaluation d’un stress biotique (nosémose)

Author

Fontbonne, Régis, Dalle, Céline, Lagrée, Marie, Traïkia, Mounir, Roussel, Michaël, Jousse, Cyril, and Delbac, Frédéric

Subjects
stress biotique, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, abeille, métabolomique, hémolymphe
Abstract

L’objectif de ce travail est d’évaluer les conséquences physiologiques d’une infection par Nosema ceranae sur l’abeille européenne Apis mellifera [1,2]. Cette microsporidie colonise l’épithélium intestinal et engendre un stress énergétique associé à la fois à une baisse de l’immunité et à une altération de la production de phéromones [3,4]. L’hémolymphe est le liquide circulant qui assure alimentation, défense et communication à l’échelle de l’organisme. La découverte du métabolome de ce tissu commence à peine [5,6,7] et peut nous apporter une première information concernant les perturbations métaboliques engendrées par l’infection. Sur un des deux lots d’abeilles émergentes issues du rucher expérimental du LMGE (Clermont-Ferrand), une infection manuelle est réalisée en proposant à chaque abeille 5μl d’eau sucrée contenant 125000 spores de N. ceranae . L’hémolymphe est récoltée 2 et 10 jours post-infection et analysée à l’aide du Metabolic Profiler [8,9] (PFEM, Clermont-Ferrand), par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire du proton (RMN 500MHz) puis par chromatographie liquide (UPLC) couplée à un spectromètre de masse à temps de vol (ESI-μToF). Les protocoles analytiques ont été adaptés au regard des quantités d’hémolymphe disponible, 10 à 15 µL par abeille. Le traitement des données (bucketing/ binning), l’analyse statistique en composantes principales (ACP & PLS) et l’interrogation des banques de données, ont permis d’identifier des métabolites discriminant significativement les lots d’individus. Cette expérience s’inscrit en préliminaire de plus vastes études, étant donnée l’importance écologique (biodiversité), agronomique (rendement agricole) et économique (apiculture) de cet insecte social.

Published
2013

33. Metabolomic study of the response to cold shock in a strain of Pseudomonas syringae isolated from cloud water.

Author

Jousse, Cyril, Dalle, Céline, Canet, Isabelle, Lagrée, Marie, Traïkia, Mounir, Lyan, Bernard, Mendes, Cédric, Sancelme, Martine, Amato, Pierre, and Delort, Anne-Marie

Subjects
METABOLOMICS, PSEUDOMONAS syringae, WATER chemistry, NUCLEAR magnetic resonance spectroscopy, LIQUID chromatography-mass spectrometry
Abstract

Introduction: Active microorganisms have been recently discovered in clouds, thus demonstrating the capacity of microorganisms to exist in harsh environments, including exposure to UV and oxidants, osmotic and cold shocks, etc. It is important to understand how microorganisms respond to and survive such stresses at the metabolic level. Objectives: The objective of this work is to assess metabolome modulation in a strain of Pseudomonas syringae isolated from cloud water and facing temperature downshift from 17 to 5 °C by identifying key molecules and pathways of the response/adaptation to cold shock. Methods: Bacterial extracts from suspensions of cells grown at 17 °C and further incubated in microcosms at 5 and 17 °C to mimic cloud conditions were analysed by combining LC-MS and NMR; the results were evaluated in comparison to similar suspensions kept at constant temperature. The differences in the metabolome profiles were deciphered using multivariate statistics (PLS-DA). Results: Key cold shock biomarkers were observed, including cryoprotectants (trehalose, glucose, glycerol, carnitine, glutamate), antioxidants (glutathione and carnitine) and their precursors, alkaloids (bellendine and slaframine) and metabolites involved in energy metabolism (ATP, carbohydrates). Furthermore, new short peptides (nine dipeptides and a tetrapeptide) were found that have no known function. Conclusions: This study shows that in response to cold temperatures, Pseudomonas syringae PDD-32b-74 demonstrates numerous metabolism modifications to counteract the impacts of low temperatures. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2018
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34. MS-based targeted metabolomics of eicosanoids and other oxylipins: Analytical variability and interlaboratory comparison of esterified oxylipin profile

Author

Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Newman, John W., Gladine, Cécile, Schebb, Nils Helge, and Dalle, Céline

Subjects
Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract

Introduction Oxylipins are potent lipid mediators involved in numerous physiological and pathological processes and their quantitative profiling has gained a lot of attention [1]. To maximize the utility of the oxylipin profiling in clinical research it is now crucial (i) to assess its analytical variability; (ii) to determine its comparability between laboratories and (iii) to identify putative critical oxylipins. These three main challenges are addressed within the EU JPI HDHL*-Oxygenate project. Technological and methodological innovation To address the challenges stated above, a SOP was established by a reference laboratory for the MSbased targeted metabolomics of total oxylipins (free + esterified, ~160 oxylipins) in human plasma [2]. The intra- and inter-day variabilities of each oxylipin were assessed. Then, the SOP was transferred to 4 independent laboratories together with mixtures of internal standards, calibrants and 7 different pools of plasma to determine the comparability of oxylipin profiles between labs. Results and impact The cumulated intra-/inter-day variabilities revealed that 68 % of oxylipins (>LLOQ) have a CV

Published
2020

35. Profilage lipidomique des oxylipines pour mieux caractériser le syndrome cardiométabolique et ses liens avec l’alimentation

Author

Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Newman, John.W., Bertrand-Michel, Justine, Schebb, C, Gladine, Cécile, and Dalle, Céline

Subjects
Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, lipidomique ciblée, oxylipines, syndrome cardiométabolique, comparaison interlaboratoires, alimentation
Abstract

Le syndrome cardiométabolique est un désordre complexe et progressif qui constitue un facteur de risque significatif de maladies cardiovasculaires et de diabète de type II. Il se caractérise par l’association d’au moins trois anomalies incluant un tour de taille élevé, une pression sanguine haute, une hyperglycémie, une hypertriglycéridémie et un taux faible de HDL-cholestérol. Le diagnostic et la prise en charge du syndrome cardiométabolique reste insatisfaisant car il est souvent trop tardif et pas assez intégratif. Les oxylipines, métabolites issus de l’oxygénation des acides gras polyinsaturés, sont des médiateurs lipidiques impliqués dans la régulation de nombreux processus biologiques en lien avec le développement du syndrome cardiométabolique. Par ailleurs, la synthèse des oxylipines est modulable par l’alimentation. Dans le cadre du projet JPI-HDHL OXYGENATE, nous avons émis l’hypothèse que la signature d’oxylipines pourrait permettre d’identifier des perturbations précoces du statut cardiométabolique et pourrait aider à suivre l’effet d’une intervention nutritionnelle sur la prise en charge du syndrome cardiométabolique. Le projet OXYGENATE a pour but d’identifier et valider les signatures d’oxylipines caractéristiques du statut cardiométabolique et de son évolution.

Published
2019

36. Metabolomics applied to nutritional epidemiology to identify biomarkers of food intake in the framework of the Metabo-Breast cancer project, SU.VI.MAX cohort

Author

Pétéra, Mélanie, Centeno, Delphine, Lyan, Bernard, Durand, Stéphanie, Pujos Guillot, Estelle, Micheau, Pierre, Morand, Christine, Galan, Pilar, Hercberg, Serge, Partula, Valentin, Deschasaux, Mélanie, Srour, Bernard, Latino Martel, Paule, Kesse Guyot, Emmanuelle, Dalle, Céline, Lécuyer, Lucie, Touvier, Mathilde, and Manach, Claudine

Abstract

The work presented is part of the Metabo-Breast cancer project (2015-2017, INCa, P.I. M. Touvier), which aims at 1) discovering predictive biomarkers of breast cancer using metabolomics 2) identifying biomarkers of the quality of the usual diet and of specific foods with putative health effects and 3) relating these biomarkers to enhance our understanding of the role of nutrition and specific dietary factors on breast cancer. Here we focus on the objective of discovering biomarkers of food intake by the exploration of the food metabolome in serum samples from the SU.VI.MAX cohort, using high-resolution mass spectrometry. Untargeted metabolomics is a holistic, data-driven approach that has proved efficient to discover dietary biomarkers through the comparison of the comprehensive profiles of plasma or urine metabolites from subjects differing according to their dietary habits or recent food consumption (Scalbert et al., AJCN 2014). SU.VI.MAX female subjects who filled at least ten 24h dietary records during the first 2 years of follow-up were stratified in deciles according to their level of adherence to the guidelines of the Programme National Nutrition Santé, assessed by the score PNNS-GS previously described (Estaquio et al., JADA 2009) but not taking into account the physical activity component. A total of 80 women, aged 48±6.4 years old was randomly selected in the 10th decile of the PNNS-GS distribution and 80 women matched for age, baseline menopausal status, BMI, smoking and season of blood draw were selected in the 1st decile. Plasma samples collected at baseline in the SU.VI.MAX study were analyzed using Ultra Performance Liquid Chromatography (UPLC) coupled with a quadrupole time of flight mass spectrometer (QToF, Impact II Bruker), equipped with an electrospray ionization source. Metabolic profiles were acquired in both positive and negative modes with a scan range from 50 to 1,000 mass-to-charge ratio. Data were pre-processed using Galaxy workflow4metabolomics. A total of 1575 and 601 signals (ions) were detected in positive and negative mode, respectively. Metabolomics profiles were compared using univariate and multivariate statistical methods (ANOVA with Benjamini-Hochberg (BH) correction, PCA, HCA, PLS, correlation analyses adjusted for energy intake) to determine the ions associated with the PNNS-GS, some specific components of the score and with the level of consumption of 58 foods/food groups assessed with the FFQ. 84 ions in positive mode and 30 ions in negative mode were found correlated with specific foods/food groups (r>0.3, p-value with BH

Published
2017

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