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Ov. nasl. Avtorji navedeni v kolofonu.

Ov. nasl. Avtorji navedeni v kolofonu.

Ov. nasl. Avtorji navedeni v kolofonu.

BACKGROUND: there has been a long-standing, consistent use worldwide of Healthcare Administrative Databases (HADs) for epidemiological purposes, especially to identify acute and chronic health conditions. These databases are able to reflect health-related conditions at a population level through disease-specific case-identification algorithms that combine information coded in multiple HADs. In Italy, in the past 10 years, HAD-based case-identification algorithms have experienced a constant increase, with a significant extension of the spectrum of identifiable diseases. Besides estimating incidence and/or prevalence of diseases, these algorithms have been used to enroll cohorts, monitor quality of care, assess the effect of environmental exposure, and identify health outcomes in analytic studies. Despite the rapid increase in the use of case-identification algorithms, information on their accuracy and misclassification rate is currently unavailable for most conditions. OBJECTIVES: to define a protocol to systematically review algorithms used in Italy in the past 10 years for the identification of several chronic and acute diseases, providing an accessible overview to future users in the Italian and international context. METHODS: PubMed will be searched for original research articles, published between 2007 and 2017, in Italian or English. The search string consists of a combination of free text and MeSH terms with a common part on HADs and a disease-specific part. All identified papers will be screened for eligibility by two independent reviewers. All articles that used/defined an algorithm for the identification of each disease of interest using Italian HADs will be included. Algorithms with exclusive use of death certificates, pathology register, general practitioner or pediatrician data will be excluded. Pertinent papers will be classified according to the objective for which the algorithm was used, and only articles that used algorithms with "primary objectives" (I disease occurrence; II population/cohort selection; III outcome identification) will be considered for algorithm extraction. The HADs used (hospital discharge records, drug prescriptions, etc.), ICD-9 and ICD-10 codes, ATC classification of drugs, follow-back periods, and age ranges applied by the algorithms will be collected. Further information on specific accuracy measures from external validations, sensitivity analyses, and the contribution of each source will be recorded. This protocol will be applied for 16 different systematic reviews concerning eighteen diseases (Hypothyroidism, Hyperthyroidism, Diabetes mellitus, Type 1 diabetes mellitus, Acute myocardial infarction, Ischemic heart disease, Stroke, Hypertension, Heart failure, Congenital heart anomalies, Parkinson's disease, Multiple sclerosis, Epilepsy, Chronic obstructive pulmonary disease, Asthma, Inflammatory bowel disease, Celiac disease, Chronic kidney failure). CONCLUSION: this protocol defines a standardized approach to extensively examine and compare all experiences of case identification algorithms in Italy, on the 18 abovementioned diseases. The methodology proposed may be applied to other systematic reviews concerning diseases not included in this project, as well as other settings, including international ones. Considering the increasing availability of healthcare data, developing standard criteria to describe and update characteristics of published algorithms would be of great use to enhance awareness in the choice of algorithms and provide a greater comparability of results.

International audience; Streambanks form edges between aquatic and terrestrial habitats. Natural riparian habitats are known for their great biodiversity, which is extremely high compared to their relative area. However, human constructions are often built close to the water. Streambank protection works with bioengineering techniques can be a compromise both for protecting human issues and preserving riparian biodiversity. However we don't know precisely what technique can be used in which conditions and this lack of knowledge and experience feedback is one of the main obstacles to bioengineering techniques development. The present study aimed to assess the influence of some hydromorphological variables on the choice of the different bank-toe technique and if the riprap is restricted to the harsher conditions. The variables considered here are the stream width, slope and the location of the work in the meander. BDGeniVeg is a database with soil bioengineering works and their characteristics in France. The inventory of works consists of bibliography and field work. Information is gathered in six groups: the work itself (e.g. location, streambank features), the stream (section in front of the bioengineering work), the soil bioengineering techniques, the origin of the data (institute, project), the plant species and field trip information (current condition of the techniques). Our sample represented 267 works in France. We studied 5 techniques: fascine, wattle fence, comb, cribwall and riprap. We showed that riprap were used in harder conditions (steeper, wider stream) than the others techniques. Cribwalls were used on steeper streams in contrast to combs.

Ce livret vient en complément du premier livret sur les idées reçues sur les risques naturels en montagne, paru en 2013. Il aborde la question des idées reçues sur le changement climatique en montagne, sur la base de connaissances acquises dans les projets de recherche du centre Irstea de Grenoble. Les risques en montagne vont-ils augmenter ou au contraire disparaître ? Y aura-t-il toujours de la neige ? Que vont devenir les marmottes ? Vous en saurez plus en parcourant ces pages conçues pour aider à démêler le vrai du faux.

International audience; Microbial communities drive soil organic matter (SOM) decomposition through the production of a variety of extracellular enzymes. Climate change impact on soil microbial communities and soil enzymatic activities can therefore strongly affect SOM turnover, and thereby determine the fate of ecosystems and their role as carbon sinks or sources.To simulate projected impacts of climate change on Swiss Jura subalpine grassland soils, an altitudinal soil transplantation experiment was set up in October 2009. On the fourth year of this experiment, we measured microbial biomass (MB), microbial community structure (MCS), and soil extracellular enzymatic activities (EEA) of nine hydrolytic and oxidative extracellular enzymes in the transplanted soils on a seasonal basis.We found a strong sampling date effect and a smaller but significant effect of the climate manipulation (soil transplantation) on EEA. Overall EEA was higher in winter and spring but enzymes linked to N and P cycles showed higher potential activities in autumn, suggesting that other factors than soil microclimate controlled their pool size, such as substrate availability. The climate warming manipulation decreased EEA in most cases, with oxidative enzymes more concerned than hydrolytic enzymes. In contrast to EEA, soil MB was more affected by the climate manipulation than by the seasons. Transplanting soils to lower altitudes caused a significant decrease in soil MB, but did not affect soil MCS. Conversely, a clear shift in soil MCS was observed between winter and summer. Mass-specific soil EEA (EEA normalized by MB) showed a systematic seasonal trend, with a higher ratio in winter than in summer, suggesting that the seasonal shift in MCS is accompanied by a change in their activities. Surprisingly, we observed a significant decrease in soil organic carbon (SOC) concentration after four years of soil transplantation, as compared to the control site, which could not be linked to any microbial data.We conclude that medium term (four years) warming and decreased precipitation strongly affected MB and EEA but not MCS in subalpine grassland soils, and that those shifts cannot be readily linked to the dynamics of soil carbon concentration under climate change.

National audience; Augmenter la diversité des espèces forestières est aujourd'hui un des scénarios envisagés pour adapter la gestion sylvicole face aux changements climatiques et à l'augmentation des besoins en bois et des autres services écologiques rendus par la forêt aux sociétés humaines. En France, sur 15,1 millions d’hectares de surface forestière, 6,3 millions sont composés de peuplements à deux ou trois essences. Un des avantages avancés des peuplements mélangés, serait que ces derniers renfermeraient une plus grande diversité spécifique. Il a été montré qu’une plus grande diversité en arbre favorise l'apparition de différents microhabitats qui peuvent abriter différentes espèces végétales de sous-bois. Néanmoins, très peu d'études ont porté sur la diversité de la faune du sol dans les peuplements mélangés. Bien que certaines études mettent en évidence une réponse positive du mélange sur la biodiversité ou l’abondance de la faune du sol, d’autres montrent un effet peu marqué. De manière générale, l’effet des peuplements forestiers plurispécifiques face aux monospécifiques apparait comme fortement idiosyncratique ainsi que très dépendant du groupe de faune du sol étudié. De plus, il est important de relever que beaucoup d’études de ce type portent sur des effets de conversion forestière ou bien d’autres dispositifs qui ne permettent pas de statuer sur l’effet du mélange car toutes les modalités de peuplements purs et mixtes ne sont pas observées. Au travers ce constat, il est important de renforcer nos connaissances sur l’effet des peuplements mélangés sur la biodiversité et la structure des communautés de faune du sol qui sont des acteurs majeurs de la décomposition et interviennent fortement dans la régulation des cycles biogéochimiques de ces écosystèmes. Ainsi, cette étude vise à déterminer l'impact de la sylviculture en mélange sur la biodiversité des sols. Plus spécifiquement, nous avons étudié l'impact de la sylviculture en mélange en comparant des peuplements mélangés à des peuplements purs sur la diversité biologique des sols et plus spécifiquement sur les microarthropodes, en particulier les collemboles. Nous avons étudié deux massifs forestiers, un site de montagne et un de plaine, situés sur le massif de Belledonne (Isère) et en forêt d’Orléans (Centre), respectivement. Sur ces deux sites, trois compositions du peuplement ont été sélectionnés, à savoir deux peuplements purs (un feuillu et un résineux) et un peuplement mixte (mélange feuillu-résineux), avec 5 et 6 réplicats, pour Belledonne et Orléans, respectivement. Pour le site de montagne, les peuplements sont composés par du hêtre (Fagus sylvatica) et/ou du sapin (Abies alba). Pour le site de plaine, les peuplements sont constitués par du chêne (Quercus petraea) et/ou du pin (Pinus sylvestris). L’échantillonnage de microarthropodes a été réalisé en novembre 2013 pour les deux sites par carottage (Ø : 4,3 cm, 7 cm de profondeur) puis extraction par gradient de chaleur (Berlèse) pendant 8 jours. Les collemboles ont été identifiés à l’espèce. Parallèlement, plusieurs paramètres ont été mesurés tels que l’humidité du sol, le pH, le C/N, la CEC et les formes d’humus. Au total, 1490 individus ont été identifiés, appartenant à 41 espèces différentes. De manière générale, au regard des deux sites, l’abondance et la diversité des communautés de collemboles différent selon le type de peuplement. L’abondance et la richesse spécifique sont supérieures dans les peuplements de feuillus purs, 22 203 ind.m-2 et 10,27 espèces, en comparaison aux peuplements purs de résineux, 9 677 ind.m-2 et 6,54 espèces, respectivement. Les peuplements mélangés présentent des valeurs intermédiaires aux deux autres peuplements avec environ 14 782 ind.m-2 et 8,36 espèces. Comme attendu, l’analyse multivariée (BGA : between group analysis) des communautés de collemboles révèle que la réponse de ces communautés dans les peuplements mélangés diffère entre les deux sites. En effet, pour le site de plaine, les peuplements mélangés montrent une structure plus proche des peuplements résineux que celle des peuplements de feuillus (p simulée : 0,001). Bien que les différences soient nettement moins marquées en montagne (p simulée : 0,055), les communautés de collembole dans les peuplements mélangés semblent à l’inverse plus proches des communautés des peuplements de feuillus. Par l’intermédiaire d’une régression PLS (partial least square regression), nous avons présélectionné des variables explicatives pour chaque site que nous avons inséré de manière passive dans la BGA de chaque site (Figure 1). Il apparaît que les communautés de collemboles ne sont pas prédites par les mêmes facteurs environnementaux pour les deux sites. Ainsi, seulement le C/N apparaît en commun comme facteur explicatif de la variabilité des communautés des microarthropodes. Nous pouvons conclure que les peuplements mélangés ne soutiennent pas une diversité ou une abondance plus importante que les peuplements de feuillus quel que soit le site étudié. Toutefois, ils présentent toujours des valeurs intermédiaires aux deux peuplements purs, que ce soit pour l’abondance ou la diversité des collemboles. De plus, il apparaît évident que les facteurs de contrôle en fonction des sites ne sont pas les mêmes. Pour aller plus loin, il serait intéressant d’analyser les fonctions assurées par les organismes du sol dans les différents peuplements afin de prédire si les peuplements mélangés peuvent soutenir plus de services écosystémiques que les peuplements purs tels que la décomposition et le recyclage du carbone. Enfin, une étude comprenant plus de deux sites, placés sur un gradient climatique permettrait de découpler l'effet du mélange et des facteurs climatiques.

We provide here a commented list of beetles collected using pitfall traps in the mountains of Vercors (France). A number of 135 traps were set up in coniferous forests, grasslands and crop fields. This sampling allowed us to collect 205 taxa. The observation of several uncommon or interesting species is discussed. This work provides an overview of the "ground" fauna present in this area., Nous proposons ici une liste commentée de coléoptères issus de piégeages Barber mis en place dans le massif du Vercors. Ce dispositif de 135 pièges placé en forêt de résineux, en pâquis et cultures de céréales a permis de contacter 205 taxons dont certains font ici l'objet d'un commentaire. Ce travail offre ainsi un aperçu de la faune circulante épigée du sol dans cette région.

International audience; Earthworms are known for their important role within the functioning of an ecosystem, and their diversity can be used as an indicator of ecosystem health. To date, earthworm diversity has been investigated through conventional extraction methods such as handsorting, soil washing or the application of a mustard solution. Such techniques are time consuming and often difficult to apply. We showed that combining DNA metabarcoding and next-generation sequencing facilitates the identification of earth-worm species from soil samples. The first step of our experiments was to create a reference database of mitochondrial DNA (mtDNA) 16S gene for 14 earthworm species found in the French Alps. Using this database, we designed two new primer pairs targeting very short and informative DNA sequences (about 30 and 70 bp) that allow unambiguous species identification. Finally, we analysed extracellular DNA taken from soil samples in two localities (two plots per locality and eight samples per plot). The two short metabarcode regions led to the identification of a total of eight earthworm species. The earthworm communities identified by the DNA-based approach appeared to be well differentiated between the two localities and are consistent with results derived from inventories collected using the handsorting method. The possibility of assessing earthworm communities from hundreds or even thousands of localities through the use of extracellular soil DNA will undoubtedly stimulate further ecological research on these organisms. Using the same DNA extracts, our study also illustrates the potential of environmental DNA as a tool to assess the diversity of other soil-dwelling animal taxa.

Dans ce livre, le Cemagref, institut de recherche en sciences et technologies pour l'environnement, fait le point de ses travaux scientifiques menés sur la forêt. Pourquoi une recherche sur la forêt ? D'abord parce qu'elle occupe plus d'un quart de la surface de notre territoire métropolitain. Ensuite, parce qu'elle fournit tout un ensemble de services variés et, pour certains, essentiels à notre société : la production de bois, la protection contre les aléas naturels, la chasse et la promenade en sont de très bonnes illustrations. Enfin, parce qu'elle constitue un milieu naturel riche en biodiversité et occupe une place notable dans les débats sur les enjeux environnementaux. Forts de ce constat, les chercheurs et experts du Cemagref apportent leur contribution en abordant des problématiques majeures pour la gestion durable des forêts : état et dynamique de la forêt, de sa biodiversité, vulnérabilité des forêts aux changements globaux et stratégies d'adaptation, gestion multifonctionnelle des forêts, rôle de protection contre les aléas naturels, place de la forêt dans les territoires et enjeux sociaux. L'interaction entre forêt et gestion se situe ainsi au c½ur de nos travaux.

[Notes_IRSTEA]Présenté au nom de 50 co-auteurs impliqués dans le projet européen IRISE (Impact de la Répétition des Incendies Sur l'Environnement) [Departement_IRSTEA]GT [TR1_IRSTEA]SET / RICOMED [TR2_IRSTEA]SET / DYMON; International audience; Between 2005 and 2008, a group of 10 research teams studied vegetation, litter, earthworms, microfauna, bacteria, soil physics, nutriments, organic matter (quality and quantity) and toxic compounds in a multidisciplinary research program dealing with the impact of repeated forest fires on biodiversity and the soil in mediterranean forests. Plots were laid in old growth forests and in sites burned between 1 and 4 times in the last 50 years. For each fire regime, fires dating 1, 3, 5, 15 and 25 years were chosen. The goals were: (1) to look for biodiversity indicators for the assessment of the ecosystem status and functioning, (2) to understand interactions between biotic and abiotic factors in ecosystem resistance and resilience, (3) to look for critical fire frequency thresholds. Taking advantage of the exceptional drought which occurred during the experiment, we studied the interaction between fire and drought. Two thresholds appeared in fire frequency (1 and 4 fires in 50 years) leading to deep changes in the ecosystem biodiversity and functioning. Few differences were observed 3 and 15 years after fire between plots burned 1, 2 or 3 times, the ecosystem being used for millenniums to such fire frequencies. Earthworms and bacteria diversity and activity appeared critical for ecosystem functioning and recovery after fire. Due to drought, this activity was severely reduced and strong interactions were found between fire and drought, each of these disturbances amplifying the impact of the other. High disturbance frequency by fire or drought reduced biological diversity, increasing the resistance but reducing the resilience of communities. Some obligate seeders tree species disappeared when fire occurred at less than 15 to 20 years interval, changing the ecosystem structure. Trees mortality due to drought was far higher in recently burned areas, degrading vegetation from forest to matorals. The quantitative resilience of several physical and chemical parameters is achieved within 15 to 25 years after fire, but 50 years are necessary to fully recover the qualitative values and balance for these parameters as well as for most of the biological factors. Most of the critical biological, physical and chemical processes were concentrated in the topsoil (0-5 cm), deeper horizons being impoverished by a long fire history, except in old growth forests. These ecosystems are fragile and their dynamics may shift to desertification with increasing drought due to climate change.

Goals: This project aimed at assessing the impact of forest fire repetition on vegetation and the soil, in terms of biodiversity, carbon balance and the global ecosystem potential. The study area is the Maures massif (Mediterranean area in the Southeast of France), an ecosystem developed on crystalline rocks. Because of the persistent drought during all the project, we studied the interaction between of fire recurrence and drought recurrence. Protocols: The sampling design includes 3 fire regimes during the last 50 years (many fires = 3-5, medium = 1-2 fires, control = no fire) and 3 time spans since the last fire (very recent = 9-12 months, recent = 3-5 years, old = 15-25 years). Control plots did not burn since either 50 years, or 200 years. 31 plots were laid out, five by treatment except for the old growth control forest (1 plot). The follow-up of the same plots during 3 years allowed furthermore studying the short-term dynamics of the environment after fire. We studied the functional relations between various aerial and soil compartments of the ecosystem at several spatial and temporal scales, combining physical, chemical and biologic factors, to identify key processes and species controlling the resilience of the environment or its resistance to disturbances. Results: Globally, the time since the last fire, thus the ecosystem resilience dynamics, were more influent on most of the measured parameters than the number or the frequency of fires. However, these last ones often play a functionally significant role, their relative importance increasing with the number of fires. The absence of fires for 150 - 200 years allowed a dramatic recovery of the fertility and biological activity. The repletion of the carbon stock in the superficial soil horizons (0 15 cm) and important modifications in flora structure and composition were particularly significant. With a mean fire frequency of one fire every 25 to 50 years, a good global resilience of the ecosystem, its flora and its functioning was observed, but at a low level of potential and at the shrinkage limit: most of the organic matter was limited to the first centimeters of the topsoil (0-5cm) where the biologic activity concentrated at fire's mercy. Most of the parameters which are modified by the fire recovered quantitatively in 15 to 25 years. But 50 years were generally necessary for the resilience of qualitative aspects, notably for the organic matter, biogeochemical cycles, microbiologic functioning of the soil and plant diversity.With higher fire frequencies (4 fires or more in 50 years, or fires occurring at less than 10 years interval), many parameters are durably altered, showing a global degradation of the ecosystem potential: it was particularly true for vegetation composition and structure, soil fauna and the loss of organic matter and its qualitative transformation. This last change led to drop in the activity, the resistance and the resilience of microbial communities. The nitrogen cycle was particularly disturbed. With one to 3 fires in 50 years, these forests do not store nor lose significantly carbon in the superficial soil horizons nor in the living biomass; a higher frequency led the forest to be a carbon source. With no fires over 50 years, and particularly after more than 150 years, these forests become a good carbon sink. The conjunction of numerous fires and repeated droughts led to a collapse of the biological functioning of the ecosystem. Fire and drought amplified mutually their deleterious impact. The persistent drought from 2003 to 2007 stopped the normally fast recovery dynamics in the first year after the fire of year 2003, and even made some biologic parameters decline. Plots with the higher fire frequency up to 2003 were the most impacted by drought. The preliminary effect of drought also dramatically increased the impact of the fires of year 2007. A threshold of 4 successive years of severe drought seems to be a critical threshold for the ecosystem, as well as 4 fires would be a critical threshold for the number of fires in 50 years., Objectifs : Ce projet avait pour objectif d'évaluer l'impact de la répétition des feux de forêt sur le sol et la végétation en termes de biodiversité, de bilan de carbone et de dégradation générale des potentialités de l'écosystème. La zone d'étude se situe dans le massif des Maures (zone méditerranéenne au Sud-Est de la France, écosystème développés sur roches cristallines). Nous avons simultanément étudié l'interaction entre récurrence des feux et récurrence des sécheresses. Protocoles : Le plan d'échantillonnage comprend 3 régimes d'incendies au cours des 50 dernières années (nombreux = 3-5 feux, peu nombreux = 1-2 feux, témoin) et 3 modalités de date du dernier feu (très récent = 9 mois -1 an, récent =3 ans, ancien = 15-25 ans), les témoins n'ayant pas brûlé depuis soit 50 ans, soit 200 ans ou plus. Il y a 5 placettes par modalité sauf témoin très ancien, soit au total 31 placettes. Le suivi sur plusieurs années des mêmes placettes a permis de plus d'étudier la dynamique à court terme du milieu après le feu. Nous avons étudié les relations fonctionnelles entre différents compartiments aériens et souterrains à plusieurs niveaux des échelles spatiale et temporelle de l'écosystème, en combinant des facteurs physiques, chimiques et biologiques, afin d'identifier des processus et espèces clefs de la résilience du milieu ou de sa résistance aux perturbations. Résultats : Globalement, le temps depuis le dernier feu, donc la dynamique de reconstitution de l'écosystème, influence plus les paramètres mesurés que le nombre ou la fréquence des feux, mais ces derniers jouent cependant un rôle souvent significatif et fonctionnellement important, plus rarement dominant. L'absence de feux durant 150 à 200 ans permet une spectaculaire remontée biologique et du potentiel de l'écosystème, marquée par la reconstitution d'un stock significatif de carbone dans les horizons superficiels du sol (0 à 15 cm) et une modification importante de la structure et composition floristique. Une fréquence moyenne d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans permet une bonne résilience globale de l'écosystème, de sa flore et de son fonctionnement, mais à un niveau faible de potentialités et en limite de la rupture. L'essentiel du stock de matière organique est limité aux premiers centimètres du sol (0-5cm) où se concentre l'activité biologique. La plupart des paramètres qui sont modifiés par le feu récupèrent quantitativement au bout de 15 à 25 ans. Mais il faut en général 50 ans pour les aspects qualitatifs, notamment au niveau de la matière organique, des cycles biogéochimiques, du fonctionnement microbiologique du sol et de la biodiversité végétale. Avec des fréquences plus élevées, aboutissant à 4 feux ou plus en 50 ans ou à quelques feux très rapprochés (5-10 ans), de nombreux paramètres chimiques et biologiques sont durablement altérés, et marquent une dégradation globale des potentialités du système. On note un changement durable de la composition et de la structure de la végétation et une perte significative de matière organique et sa transformation qualitative, responsables d'une baisse sensible de l'activité, de la résistance et de la résilience microbiologique. Le cycle de l'azote est particulièrement touché. Pour les fonctions de séquestration de carbone : dans un régime moyen d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans, ces forêts ne stockent pas ni ne perdent significativement de carbone dans les horizons superficiels du sol et dans la biomasse vivante ; elles en perdent par contre en cas de feux répétés plus souvent. Elles possèdent un grand potentiel de stockage (effet puits de CO2) en cas ne non-brûlage sur des durées de 150 à 200 ans. La conjonction de nombreux feux et de sécheresses répétées conduit à un effondrement du fonctionnement biologique de l'écosystème dans ses parties aérienne comme souterraine. Chacune des perturbations (feu et sécheresse) amplifie les effets néfastes de l'autre. La sécheresse persistante a non seulement totalement arrêté la dynamique normalement rapide de l'écosystème entre la 3ème et la 5ème année après le feu, mais a fait largement régresser certains paramètres biologiques. Les placettes les plus impactées par le feu (incendies récents ou nombreux) ont été les plus touchées. L'effet préalable de la sécheresse a aussi considérablement aggravé l'impact d'un feu survenu en 2007. Un seuil de 4 années successives de sécheresse marquée semble constituer un seuil critique pour l'écosystème, de la même manière que 4 feux seraient un seuil critique pour le nombre de feux en 50 ans. Le changement climatique ne peut donc que le fragiliser d'avantage ces écosystèmes, en accentuant les effets néfastes des incendies et en les multipliant.

Goals: This project aimed at assessing the impact of forest fire repetition on vegetation and the soil, in terms of biodiversity, carbon balance and the global ecosystem potential. The study area is the Maures massif (Mediterranean area in the South-East of France), an ecosystem developed on crystalline rocks. Because of the persistent drought during the project, we studied the interaction between fire recurrence and drought recurrence. Protocols: The sampling design includes 3 fire regimes during the last 50 years (many fires = 3-5, medium = 1-2 fires, control = no fire) and 3 time spans since the last fire (very recent = 9-12 months, recent = 3-5 years, old = 15-25 years). Control plots did not burn since either 50 years, or 200 years. 31 plots were laid out, five by treatment except for the old growth control forest (1 plot). The follow-up of the same plots during 3 years allowed furthermore studying the short-term dynamics of the environment after fire. We studied the functional relations between various aerial and soil compartments of the ecosystem at several spatial and temporal scales, combining physical, chemical and biologic factors, to identify key processes and species controlling the resilience of the environment or its resistance to disturbances. Results: Globally, the time since the last fire, thus the ecosystem resilience dynamics, were more influent on most of the measured parameters than the number or the frequency of fires. However, these last ones often play a functionally significant role, their relative importance increasing with the number of fires. The absence of fires for 150 - 200 years allowed a dramatic recovery of the fertility and biological activity. The repletion of the carbon stock in the superficial soil horizons (0 15 cm) and important modifications in flora structure and composition were particularly significant. With a mean fire frequency of one fire every 25 to 50 years, a good global resilience of the ecosystem, its flora and its functioning was observed, but at a low level of potential and at the shrinkage limit: most of the organic matter was limited to the first centimetres of the topsoil (0-5cm) where the biologic activity concentrated at fire's mercy. Most of the parameters which are modified by the fire recovered quantitatively in 15 to 25 years. But 50 years were generally necessary for the resilience of qualitative aspects, notably for the organic matter, biogeochemical cycles, microbiologic functioning of the soil and plant diversity.With higher fire frequencies (4 fires or more in 50 years, or fires occurring at less than 10 years interval), many parameters are durably altered, showing a global degradation of the ecosystem potential: it was particularly true for vegetation composition and structure, soil fauna and the loss of organic matter and its qualitative transformation. This last change led to drop in the activity, the resistance and the resilience of microbial communities. The nitrogen cycle was particularly disturbed. With one to 3 fires in 50 years, these forests do not store nor lose significantly carbon in the superficial soil horizons nor in the living biomass; a higher frequency led the forest to be a carbon source. With no fires over 50 years, and particularly after more than 150 years, these forests become a good carbon sink. The conjunction of numerous fires and repeated droughts led to a collapse of the biological functioning of the ecosystem. Fire and drought amplified mutually their deleterious impact. The persistent drought from 2003 to 2007 stopped the normally fast recovery dynamics in the first year after the fire of year 2003, and even made some biologic parameters decline. Plots with the higher fire frequency up to 2003 were the most impacted by drought. The preliminary effect of drought also dramatically increased the impact of the fires of year 2007. A threshold of 4 successive years of severe drought seems to be a critical threshold for the ecosystem, as well as 4 fires would be a critical threshold for the number of fires in 50 years. A set of indicators of the health status and dynamics of the ecosystem was selected among biological, physical and chemical parameters.; Objectifs : Ce projet avait pour objectif d'évaluer l'impact de la répétition des feux de forêt sur le sol et la végétation en termes de biodiversité, de bilan de carbone et de dégradation générale des potentialités de l'écosystème. La zone d'étude se situe dans le massif des Maures (zone méditerranéenne au Sud-Est de la France, écosystème développés sur roches cristallines. Nous avons simultanément étudié l'interaction entre récurrence des feux et récurrence des sécheresses. Protocoles : Le plan d'échantillonnage comprend 3 régimes d'incendies au cours des 50 dernières années (nombreux = 3-5 feux, peu nombreux = 1-2 feux, témoin) et 3 modalités de date du dernier feu (très récent = 9 mois -1 an, récent =3 ans, ancien = 15-25 ans), les témoins n'ayant pas brûlé depuis soit 50 ans, soit 200 ans ou plus. Il y a 5 placettes par modalité sauf témoin très ancien, soit au total 31 placettes. Le suivi sur plusieurs années des mêmes placettes a permis de plus d'étudier la dynamique à court terme du milieu après le feu. Nous avons étudié les relations fonctionnelles entre différents compartiments aériens et souterrains à plusieurs niveaux des échelles spatiale et temporelle de l'écosystème, en combinant des facteurs physiques, chimiques et biologiques, afin d'identifier des processus et espèces clefs de la résilience du milieu ou de sa résistance aux perturbations. Résultats : Globalement, le temps depuis le dernier feu, donc la dynamique de reconstitution de l'écosystème, influence plus les paramètres mesurés que le nombre ou la fréquence des feux, mais ces derniers jouent cependant un rôle souvent significatif et fonctionnellement important, plus rarement dominant. L'absence de feux durant 150 à 200 ans permet une spectaculaire remontée biologique et du potentiel de l'écosystème, marquée par la reconstitution d'un stock significatif de carbone dans les horizons superficiels du sol (0 à 15 cm) et une modification importante de la structure et composition floristique. Une fréquence moyenne d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans permet une bonne résilience globale de l'écosystème, de sa flore et de son fonctionnement, mais à un niveau faible de potentialités et en limite de la rupture. L'essentiel du stock de matière organique est limité aux premiers centimètres du sol (0-5cm) où se concentre l'activité biologique. La plupart des paramètres qui sont modifiés par le feu récupèrent quantitativement au bout de 15 à 25 ans. Mais il faut en général 50 ans pour les aspects qualitatifs, notamment au niveau de la matière organique, des cycles biogéochimiques, du fonctionnement microbiologique du sol et de la biodiversité végétale. Avec des fréquences plus élevées, aboutissant à 4 feux ou plus en 50 ans ou à quelques feux très rapprochés (5-10 ans), de nombreux paramètres chimiques et biologiques sont durablement altérés, et marquent une dégradation globale des potentialités du système. On note un changement durable de la composition et de la structure de la végétation et une perte significative de matière organique et sa transformation qualitative, responsables d'une baisse sensible de l'activité, de la résistance et de la résilience microbiologique. Le cycle de l'azote est particulièrement touché. Pour les fonctions de séquestration de carbone : dans un régime moyen d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans, ces forêts ne stockent pas ni ne perdent significativement de carbone dans les horizons superficiels du sol et dans la biomasse vivante ; elles en perdent par contre en cas de feux répétés plus souvent. Elles possèdent un grand potentiel de stockage (effet puits de CO2) en cas ne non-brûlage sur des durées de 150 à 200 ans. La conjonction de nombreux feux et de sécheresses répétées conduit à un effondrement du fonctionnement biologique de l'écosystème dans ses parties aérienne comme souterraine. Chacune des perturbations (feu et sécheresse) amplifie les effets néfastes de l'autre. La sécheresse persistante a non seulement totalement arrêté la dynamique normalement rapide de l'écosystème entre la 3ème et la 5ème année après le feu, mais a fait largement régresser certains paramètres biologiques. Les placettes les plus impactées par le feu (incendies récents ou nombreux) ont été les plus touchées. L'effet préalable de la sécheresse a aussi considérablement aggravé l'impact d'un feu survenu en 2007. Un seuil de 4 années successives de sécheresse marquée semble constituer un seuil critique pour l'écosystème, de la même manière que 4 feux seraient un seuil critique pour le nombre de feux en 50 ans. Le changement climatique ne peut donc que le fragiliser d'avantage ces écosystèmes, en accentuant les effets néfastes des incendies et en les multipliant. Un jeu d'indicateurs de l'état et de l'évolution de l'écosystème a été retenu, basé sur des paramètres biologiques, physiques et chimiques.

This paper contributes to a better understanding of the pharmaceutical market for neglected diseases and propose a program that creates incentives and encourage research and development of new medicines for neglected diseases. The current patent system ensures that incentives are directed towards generating products that people want. However, the patent system has failed to create incentives to produce products for which there is a social need but no economic demand, such as drugs for diseases that primarily affect populations with little purchasing power. This paper investigates why it is occurring and shows the impact of this problem worldwide. It reviews several proposed reforms to encourage the research and development of new drugs for neglected diseases. Getting developing countries involved in the research process turns out to be critical not only for the pharmaceutical industry but also for poor and developing countries. This is a key feature of the proposed Double Push-and-Pull program, which proposes to, systematically, reorganize some of the ideas to spur innovation by involving effectively the developing countries in the process of research and development of new drugs for neglected diseases, since they are the most affected by them. The main goal of this program is to find a connection between global decisions, policies and local people's priorities regarding neglected diseases. It is a program that makes possible a link between local needs, reality on low-income countries and global assistance.

[Departement_IRSTEA]GT [TR1_IRSTEA]SET / RICOMED [TR2_IRSTEA]SET / DYMON; Goals: This project aimed at assessing the impact of forest fire repetition on vegetation and the soil, in terms of biodiversity, carbon balance and the global ecosystem potential. The study area is the Maures massif (Mediterranean area in the South-East of France), an ecosystem developed on crystalline rocks. Because of the persistent drought during the project, we studied the interaction between fire recurrence and drought recurrence. Protocols: The sampling design includes 3 fire regimes during the last 50 years (many fires = 3-5, medium = 1-2 fires, control = no fire) and 3 time spans since the last fire (very recent = 9-12 months, recent = 3-5 years, old = 15-25 years). Control plots did not burn since either 50 years, or 200 years. 31 plots were laid out, five by treatment except for the old growth control forest (1 plot). The follow-up of the same plots during 3 years allowed furthermore studying the short-term dynamics of the environment after fire. We studied the functional relations between various aerial and soil compartments of the ecosystem at several spatial and temporal scales, combining physical, chemical and biologic factors, to identify key processes and species controlling the resilience of the environment or its resistance to disturbances. Results: Globally, the time since the last fire, thus the ecosystem resilience dynamics, were more influent on most of the measured parameters than the number or the frequency of fires. However, these last ones often play a functionally significant role, their relative importance increasing with the number of fires. The absence of fires for 150 - 200 years allowed a dramatic recovery of the fertility and biological activity. The repletion of the carbon stock in the superficial soil horizons (0 15 cm) and important modifications in flora structure and composition were particularly significant. With a mean fire frequency of one fire every 25 to 50 years, a good global resilience of the ecosystem, its flora and its functioning was observed, but at a low level of potential and at the shrinkage limit: most of the organic matter was limited to the first centimetres of the topsoil (0-5cm) where the biologic activity concentrated at fire's mercy. Most of the parameters which are modified by the fire recovered quantitatively in 15 to 25 years. But 50 years were generally necessary for the resilience of qualitative aspects, notably for the organic matter, biogeochemical cycles, microbiologic functioning of the soil and plant diversity.With higher fire frequencies (4 fires or more in 50 years, or fires occurring at less than 10 years interval), many parameters are durably altered, showing a global degradation of the ecosystem potential: it was particularly true for vegetation composition and structure, soil fauna and the loss of organic matter and its qualitative transformation. This last change led to drop in the activity, the resistance and the resilience of microbial communities. The nitrogen cycle was particularly disturbed. With one to 3 fires in 50 years, these forests do not store nor lose significantly carbon in the superficial soil horizons nor in the living biomass; a higher frequency led the forest to be a carbon source. With no fires over 50 years, and particularly after more than 150 years, these forests become a good carbon sink. The conjunction of numerous fires and repeated droughts led to a collapse of the biological functioning of the ecosystem. Fire and drought amplified mutually their deleterious impact. The persistent drought from 2003 to 2007 stopped the normally fast recovery dynamics in the first year after the fire of year 2003, and even made some biologic parameters decline. Plots with the higher fire frequency up to 2003 were the most impacted by drought. The preliminary effect of drought also dramatically increased the impact of the fires of year 2007. A threshold of 4 successive years of severe drought seems to be a critical threshold for the ecosystem, as well as 4 fires would be a critical threshold for the number of fires in 50 years. A set of indicators of the health status and dynamics of the ecosystem was selected among biological, physical and chemical parameters.; Objectifs : Ce projet avait pour objectif d'évaluer l'impact de la répétition des feux de forêt sur le sol et la végétation en termes de biodiversité, de bilan de carbone et de dégradation générale des potentialités de l'écosystème. La zone d'étude se situe dans le massif des Maures (zone méditerranéenne au Sud-Est de la France, écosystème développés sur roches cristallines. Nous avons simultanément étudié l'interaction entre récurrence des feux et récurrence des sécheresses. Protocoles : Le plan d'échantillonnage comprend 3 régimes d'incendies au cours des 50 dernières années (nombreux = 3-5 feux, peu nombreux = 1-2 feux, témoin) et 3 modalités de date du dernier feu (très récent = 9 mois -1 an, récent =3 ans, ancien = 15-25 ans), les témoins n'ayant pas brûlé depuis soit 50 ans, soit 200 ans ou plus. Il y a 5 placettes par modalité sauf témoin très ancien, soit au total 31 placettes. Le suivi sur plusieurs années des mêmes placettes a permis de plus d'étudier la dynamique à court terme du milieu après le feu. Nous avons étudié les relations fonctionnelles entre différents compartiments aériens et souterrains à plusieurs niveaux des échelles spatiale et temporelle de l'écosystème, en combinant des facteurs physiques, chimiques et biologiques, afin d'identifier des processus et espèces clefs de la résilience du milieu ou de sa résistance aux perturbations. Résultats : Globalement, le temps depuis le dernier feu, donc la dynamique de reconstitution de l'écosystème, influence plus les paramètres mesurés que le nombre ou la fréquence des feux, mais ces derniers jouent cependant un rôle souvent significatif et fonctionnellement important, plus rarement dominant. L'absence de feux durant 150 à 200 ans permet une spectaculaire remontée biologique et du potentiel de l'écosystème, marquée par la reconstitution d'un stock significatif de carbone dans les horizons superficiels du sol (0 à 15 cm) et une modification importante de la structure et composition floristique. Une fréquence moyenne d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans permet une bonne résilience globale de l'écosystème, de sa flore et de son fonctionnement, mais à un niveau faible de potentialités et en limite de la rupture. L'essentiel du stock de matière organique est limité aux premiers centimètres du sol (0-5cm) où se concentre l'activité biologique. La plupart des paramètres qui sont modifiés par le feu récupèrent quantitativement au bout de 15 à 25 ans. Mais il faut en général 50 ans pour les aspects qualitatifs, notamment au niveau de la matière organique, des cycles biogéochimiques, du fonctionnement microbiologique du sol et de la biodiversité végétale. Avec des fréquences plus élevées, aboutissant à 4 feux ou plus en 50 ans ou à quelques feux très rapprochés (5-10 ans), de nombreux paramètres chimiques et biologiques sont durablement altérés, et marquent une dégradation globale des potentialités du système. On note un changement durable de la composition et de la structure de la végétation et une perte significative de matière organique et sa transformation qualitative, responsables d'une baisse sensible de l'activité, de la résistance et de la résilience microbiologique. Le cycle de l'azote est particulièrement touché. Pour les fonctions de séquestration de carbone : dans un régime moyen d'incendie de l'ordre d'un feu tous les 25 à 50 ans, ces forêts ne stockent pas ni ne perdent significativement de carbone dans les horizons superficiels du sol et dans la biomasse vivante ; elles en perdent par contre en cas de feux répétés plus souvent. Elles possèdent un grand potentiel de stockage (effet puits de CO2) en cas ne non-brûlage sur des durées de 150 à 200 ans. La conjonction de nombreux feux et de sécheresses répétées conduit à un effondrement du fonctionnement biologique de l'écosystème dans ses parties aérienne comme souterraine. Chacune des perturbations (feu et sécheresse) amplifie les effets néfastes de l'autre. La sécheresse persistante a non seulement totalement arrêté la dynamique normalement rapide de l'écosystème entre la 3ème et la 5ème année après le feu, mais a fait largement régresser certains paramètres biologiques. Les placettes les plus impactées par le feu (incendies récents ou nombreux) ont été les plus touchées. L'effet préalable de la sécheresse a aussi considérablement aggravé l'impact d'un feu survenu en 2007. Un seuil de 4 années successives de sécheresse marquée semble constituer un seuil critique pour l'écosystème, de la même manière que 4 feux seraient un seuil critique pour le nombre de feux en 50 ans. Le changement climatique ne peut donc que le fragiliser d'avantage ces écosystèmes, en accentuant les effets néfastes des incendies et en les multipliant. Un jeu d'indicateurs de l'état et de l'évolution de l'écosystème a été retenu, basé sur des paramètres biologiques, physiques et chimiques.