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INTRODUCTION: Hepatitis B virus (HBV) infection is a serious public health issue worldwide. Hepatitis B virus is classified into eight genotypes, varying from A to H, with distinct geographical distributions. In Brazil, the most frequent genotypes are A, D, and F. METHODS: This study aimed to characterize the HBV genotypes in cases of hepatitis B virus and hepatitis D virus (HDV) co-infections in an endemic area in the Western Brazilian Amazon. We analyzed 86 serum samples reactive for HBsAg from indigenous and non-indigenous populations obtained from previous serological surveys. RESULTS: Of the 86 reactive serum samples, 39 were found to be HBV-DNA-positive by semi-nested PCR. The genotypes were established by sequencing the amplified S gene region. We obtained 20 sequences classified into three genotypes: A, D, and F. Genotype A was the most frequent (60%), followed by D (35%) and F (5%). CONCLUSIONS: The distribution of the HBV genotypes reflected the pattern of historical occupation of the region. INTRODUÇÃO: A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) é um importante problema de saúde pública no mundo. O VHB é classificado em oito genótipos diferentes, A-H, com distinta distribuição geográfica. No Brasil, os genótipos mais frequentes são o A, D e F. MÉTODOS: Objetivo deste estudo foi caracterizar os genótipos do VHB, em região endêmica de infecção pelos vírus da hepatite B e hepatite D (VHD), na Amazônia Ocidental Brasileira. Foram analisadas 86 amostras sororreativas para o HBsAg de indivíduos indígenas e não-indígenas, obtidas de inquéritos sorológicos realizados no município de Lábrea, Estado do Amazonas. RESULTADOS: Das 86 amostras sororreativas, 39 foram VHB-DNA positivas pela semi-nested PCR. Os genótipos foram estabelecidos pelo sequenciamento da região do gene S amplificado. Foram obtidas 20 sequências, classificadas em três genótipos A, D e F; sendo o genótipo A o mais frequente (60%), seguido do D (35%) e F (5%). CONCLUSÕES: O perfil de distribuição dos genótipos encontrados do VHB reflete o padrão de ocupação histórica da região.