Diniz, Augusto L., Zucchi, Maria I., Santini, Luciane, Benchimol-Reis, Luciana L., Fungaro, Maria Helena P., and Vieira, Maria Lucia Carneiro
Discriminating genotypes within plant collections is imperative, and DNA sequence approaches for detecting single nucleotide polymorphisms (SNPs) have proved essential in any modern analysis of germplasm. By sequencing the α-Phs and PvFROl genes that, respectively, encode phaseolin and an iron reductase, we prospected for SNPs in exonic and intronic regions of both genes in a sample of 31 accessions of Phaseolus vulgaris from Mesoamerican and Andean gene pools, and one accession of Phaseolus lunatus, chosen as an outgroup. Sequence alignment showed 95 SNPs in α-Phs and 83 in PvFROl, but diversity along the nucleotide sequences was not evenly distributed in both genes. Accessions from the same gene pool showed greater similarity than those from different gene pools, and the cluster patterns obtained in this study were consistent with the hierarchical organization into two P. vulgaris gene pools. The polymorphisms detected in the α-Phs gene allowed better discrimination among the accessions within each cluster than the PvFROl polymorphisms. Furthermore, some variations within exons changes amino acids in both predicted protein sequences. In an unprecedented result, the phaseolin-predicted amino acid variation allowed most of the accessions to be typified. Key words: common bean, nucleotide diversity, single nucleotide polymorphism, phaseolin, iron reductase, predicted amino acid variation. La capacite de distinguer des genotypes au sein de collections de materiel genetique est capitale et les analyses de sequences d'ADN, permettant de detecter des polymorphismes mononucleotidiques (SNP), se sont averees essentielles dans toute analyse moderne du germoplasme. En sequencant les genes α-Phs et PvFRO1, lesquels codent respectivement pour la phaseoline et une reductase du fer, les auteurs ont cherche a identifier des SNP au sein des exons et introns des deux genes au sein d'un echantillon de 31 accessions du Phaseolus vulgaris provenant des pools geniques mesoamericain et andeen, ainsi qu'une accession du Phaseolus lunatus comme groupe externe. L'alignement des sequences a revele 95 SNP au sein de l'α-Phs et 83 au sein de PvFRO1, mais cette diversite n'etait pas uniformement repartie au sein des genes. Les accessions d'un meme pool genique presentaient une plus grande similarite que celles appartenant a des pools differents, et les groupements observes dans ce travail etaient conformes a une organisation hierarchique au sein des deux pools geniques du P. vulgaris. Les polymorphismes detectes dans le gene α-Phs ont permis une meilleure discrimination entre les accessions au sein de chaque groupe que les polymorphisms au sein de PvFRO1. De plus, certains variants au sein des exons entrainaient des changements dans chacune des sequences peptidiques predites. De maniere inattendue, la variation notee au niveau de la sequence peptidique predite de la phaseoline permettait de distinguer pratiquement toutes les accessions. [Traduit par la Redaction] Mots-cles: haricot, diversite nucleotidique, polymorphismes mononucleotidiques, phaseoline, reductase du fer, variation dans la sequence peptidique predite., Introduction The geographical origins of the common bean (Phaseolus vulgaris L.) are well documented, and two large gene pools have been recognized in Mesoamerica and in the Andes where domestication [...]