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12 results on '"Dominique Vanjak"'

1. Première vague COVID-19 : expérience d’un centre de lutte contre le cancer

Author

Carole Bouleuc, Pauline Vaflard, Pauline Moreau, Dominique Vanjak, Hervé Brisse, Perrine Vuagnat, Irène Kriegel, Laurence Bozec, Paul Cottu, and Maxime Frelaut

Subjects
0301 basic medicine, Male, Cancer Research, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Coronavirus disease 2019 (COVID-19), Databases, Factual, Population, Cancer Care Facilities, Article Original, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Cause of Death, Neoplasms, medicine, Curie, Humans, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Prospective Studies, Prospective cohort study, education, Cause of death, Cancer, Aged, education.field_of_study, business.industry, SARS-CoV-2, Incidence (epidemiology), Organisation des soins, Incidence, Health-care organization, COVID-19, Hematology, General Medicine, Middle Aged, medicine.disease, 030104 developmental biology, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, Female, France, business, Healthcare system
Abstract

L’émergence de la Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) a entraîné un profond bouleversement des systèmes de santé à travers le monde. Les patients atteints de cancer étant considérés comme plus à risque, l’organisation de la prise en charge oncologique a dû être adaptée. Nous rapportons le déroulement de la « première vague » de COVID-19 au sein de l’institut Curie, en décrivant les mesures mises en place pour limiter le risque de transmission de la COVID-19 tout en assurant autant que possible la poursuite des traitements anti-cancéreux. Nous présentons également les principaux résultats d’une base de données prospective institutionnelle dans laquelle étaient relevés les caractéristiques et le devenir de nos patients suivis pour un cancer et atteints de la COVID-19. Du 13 mars au 25 avril 2020, 141 patients suivis à l’institut Curie pour un cancer ont développé la COVID-19, dont 26 (18 %) en sont décédés. L’incidence minimale de la COVID-19 au sein de l’institut Curie est estimée à 1,4 % sur cette période. Aucun facteur de risque de développer une forme sévère de la COVID-19 en lien avec le cancer n’a été identifié. Les patients atteints de cancer ne semblent pas plus à risque de développer la COVID-19, ni de présenter une forme plus sévère que la population générale. Avec la recrudescence actuelle des cas de COVID-19, il est essentiel de partager l’expérience déjà acquise pour limiter au maximum l’impact de cette crise sur le devenir au long terme des patients suivis pour cancer.

Published
2021

2. Anaerobe

Author

Nagham Khanafer, Alain Gravet, Philippe Vanhems, Benoit Guery, Frédéric Barbut, David Boutoille, Anaelle Hemmendinger, Anne Vachee, Anne Marie Rogues, Dominique Vanjak, Fondation Mérieux, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), ESCMID Study Group for Clostridioides Difficile (ESGCD), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), CHU Roubaix, Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Bordeaux [Bordeaux], Groupe hospitalier de la région de Mulhouse et Sud-Alsace, Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut Curie [Paris], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Physiopathologie et Pharmacotoxicologie Placentaire Humaine (U1139), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), and Astellas Pharma

Subjects
Point prevalence survey, Adult, Male, medicine.medical_specialty, genetic structures, Adolescent, Microbiology, European studies, 03 medical and health sciences, Young Adult, Risk Factors, Epidemiology, Prevalence, Medicine, Humans, Registries, 030304 developmental biology, Aged, Aged, 80 and over, 0303 health sciences, Surveillance, 030306 microbiology, business.industry, Mortality rate, Incidence (epidemiology), Incidence, Gender distribution, Middle Aged, 3. Good health, Europe, Infectious Diseases, Clostridioides difficile infection, Population Surveillance, Emergency medicine, Epidemiological surveillance, Clostridium Infections, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Female, France, Symptom Assessment, business, Clostridioides
Abstract

International audience; INTRODUCTION: The magnitude and scope of Clostridioides difficile infection (CDI) has changed with an increase in incidence and severity. The epidemiology of CDI is not well known in France due to difficulties to conduct large continuous surveillance. The objectives were to compare the characteristics of patients with CDI collected through repeated point prevalence survey via DIFTEC™, a free electronic tool, with those from previous French or European studies. METHODS: DIFTEC™ was developed to evaluate epidemiological burden, diagnostic strategies and management of CDI in France. National and European guidelines were used for definitions. A literature review of studies conducted in Western Europe on CDI and published between January, 2008 and May, 2018 was done to compare their data with those included in the DIFTEC™ database. RESULTS: From January 2016, to December 2017, 455 CDI episodes from 22 French hospitals were included. Most of CDI cases were health-care associated (HCA) (78%). The comparison between included patients and French literature data showed that the rates of previous antibiotics exposure, crude mortality and recurrence were not statistically different. However HCA-CDI was significantly more frequent in the DIFTEC™ study. Gender distribution, recurrence and crude mortality rates were not statistically different compared to European data. HCA-CDI was more frequent in the DIFTEC™ study whereas previous treatment with proton pump inhibitors and antibiotics were significantly higher in European studies. DISCUSSION: These results illustrated the added value of a new tool for increasing the reliable knowledge of CDI in France based on epidemiological surveillance implemented in health-care settings.

Published
2020
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3. Characteristics and Outcome of SARS-CoV-2 Infection in Cancer Patients

Author

Audrey Bellesoeur, Gilles Dhonneur, Marie-Ange Massiani, Geoffroy Bilger, Anne-Sophie Bouyer, Alexis Burnod, Aurélien Noret, Clémence Basse, Nathalie Cassoux, Carole Bouleuc, Pauline Moreau, Perrine Vuagnat, François-Clément Bidard, Sandra Malak, Irène Kriegel, Sarah Diakite, Dominique Vanjak, Vincent Servois, Paul Cottu, Toulsie Ramtohul, Maxime Frelaut, Laurence Bozec, and Xavier Paoletti

Subjects
Male, Cancer Research, Antibiotics, Comorbidity, law.invention, 0302 clinical medicine, COVID-19 Testing, law, Risk Factors, Neoplasms, Outcome Assessment, Health Care, 030212 general & internal medicine, Registries, education.field_of_study, Incidence (epidemiology), Middle Aged, Intensive care unit, Hospitalization, Intensive Care Units, medicine.anatomical_structure, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, outcome, Female, France, AcademicSubjects/MED00010, medicine.medical_specialty, medicine.drug_class, Population, Antiviral Agents, Article, 03 medical and health sciences, Case mix index, Breast cancer, Internal medicine, medicine, cancer, Humans, education, Pandemics, Aged, Lung, business.industry, SARS-CoV-2, Cancer, COVID-19, medicine.disease, Survival Analysis, COVID-19 Drug Treatment, Pneumonia, incidence, business
Abstract

BackgroundConcerns have emerged about the higher risk of fatal coronavirus disease 2019 (COVID-19) in cancer patients. In this article, we review the experience of a comprehensive cancer center.MethodsA prospective registry was set up at Institut Curie at the beginning of the COVID-19 pandemic. All cancer patients with suspected or proven COVID-19 were entered and actively followed for 28 days.ResultsAmong 9842 patients treated at Institut Curie between March 13 and May 1, 2020, 141 (1.4%) were diagnosed with COVID-19, based on reverse transcription polymerase chain reaction testing and/or computerized tomography scan. In line with our case mix, breast cancer (40.4%) was the most common tumor type, followed by hematological and lung malignancies. Patients with active cancer therapy or/and advanced cancer accounted for 87.9% and 68.9% of patients, respectively. At diagnosis, 78.7% of patients had COVID-19–related symptoms, with an extent of lung parenchyma involvement inferior to 50% in 95.8% of patients. Blood count variations and C-reactive protein elevation were the most common laboratory abnormalities. Antibiotics and antiviral agents were administered in 48.2% and 6.4% of patients, respectively. At the time of analysis, 26 patients (18.4%) have died from COVID-19, and 100 (70.9%) were cured. Independent prognostic factors at the time of COVID-19 diagnosis associated with death or intensive care unit admission were extent of COVID-19 pneumonia and decreased O2 saturation.ConclusionsCOVID-19 incidence and presentation in cancer patients appear to be very similar to those in the general population. The outcome of COVID-19 is primarily driven by the initial severity of infection rather than patient or cancer characteristics.

Published
2020

4. Predominance of healthcare-associated cases among episodes of community-onset bacteraemia due to extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae

Author

Jean-Ralph Zahar, Philippe Lesprit, Stephane Ruckly, Aurelia Eden, Hitoto Hikombo, Louis Bernard, Stephan Harbarth, Jean-François Timsit, Christian Brun-Buisson, Nejla Aissa, Alain Losniewski, Sandrine Henard, Christian Rabaud, Cécile Janssen, Léonardo Pagani, Stéphane Bland, Jacques Gaillat, Jean Pierre Bru, Pierre Bonnin, Gaelle Clavère, Virginie Vitrat, Laurence Maulin, Luc Quarsaet, Helene Roger, Jean-Baptiste Euzen, Eric Denes, Elodie Couve-Daecon, Catherine Lechiche, Jean-Philippe Lavigne, Véronique Mondain, Celine Pulcini, Veronique Garnier, Dorothée Lambert, Maxime Hentzien, Yohan Nguyen, Jean Paul Talarmin, Pascaline Rameau, Françoise Geffroy, Arnaud Salmon-Rousseau, Vincent Cattoir, Antoine Froissart, Said Aberrane, Laurence Legout, France Roblot, Guillaume Beraud, Patricia Pavese, Olivier Belmonte, Nicolas Traversier, Laurent Bellec, Marie Lagrange-Xelot, Marie-Pierre Moiton, Barbara Kuli, Pascal Longuet, Agnes Scanvic, Lea Colombain, Milagros Ferreyra, Maxime Jean, Etienne Laurens, Matthieu Saada, Hugues Aumaitre, Martine Malet, Frederique Roustant, Vincent LeMoing, Jean-Pierre Helene, Jonathan Theodore, Caroline Garandeau, Jocelyne Caillon, Benjamin Olivero, David Boutoille, Didier Lepelletier, Lucia Grandière-Perez, Aurélie Beaudron, Céline Ramanantsoa, Catherine Varache, Nicolas Varache, Nicolas Crochette, Hikombo Hitoto, Sophie Blanchi, Pascale Penn, Bernard Louis, Dominique Vanjak, Marie-Christine Escande, René-Gilles Patrigeon, Stéphanie Honoré, Audrey Barrelet, Marlène Amara, Jean-Marc Galempoix, Jean-Claude Réveil, Patricia Bucchiotty, Carine Couzigou, Alban LeMonnier, Emilie Boidin, Stephane Sire, Nelly Luizy, Caroline Bronstain, Carolina Fankhauser, Caroline Brossier, Elodie von Dach, Colette Sauve, Marie-Noelle Adam, Laurent Hocqueloux, Laurent Bret, Marie-Hélène André, Régine Barruet, Marion Challier, Andre Cabié, Benoit Roze, Patrick Plesiat, Katy Jeanot, Isabelle Patry, Joséphine Moreau, Catherine Chirouze, Aaron Laurent, Marie-Nadège Bachelier, Guillaume Kac, Nicolas Farthouat, Nicolas Feuillebois, Thomas Guimard, Sandra Bourdon, Sophie Nguyen, Serge Alfandari, Houcine Bentayeb, Mari-Thérèse Albertini, Bruno Marchou, Noémie Gaudré, Damien Dubois, Christelle Guillet-Caruba, Florence Doucet Populaire, Nicolas Fortineau, Leila Escaut, Vincent Fihman, Rémy Gauzit, Josette Raymond, Solene Kerneis, Veronique Leflon-Guibout, Agnes Lefort, Aurelien Dinh, Anne-Laure Roux, Sophie Abgrall, Françoise Jauréguy, Jean-Christophe Lucet, Nathalie Soismier, Amanda Lopes, Emmanuelle Cambau, Veronique Manceron, Guilène Barnaud, Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Hôpital Foch [Suresnes], Outcomerea, Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Faculté de médecine [Genève], Prévention et contrôle des infections (PCI ), Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de réanimation médicale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)

Subjects
Male, 0301 basic medicine, Pediatrics, Bacteremia, Community-Acquired Infections/epidemiology/microbiology, Antibiotic appropriateness, Klebsiella spp, 0302 clinical medicine, Healthcare associated, Risk Factors, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Prevalence, Risk of mortality, Medicine, Pharmacology (medical), Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, beta-Lactamases/secretion, Community onset, ddc:616, Aged, 80 and over, Cross Infection, education.field_of_study, biology, Enterobacteriaceae Infections, General Medicine, Middle Aged, Enterobacteriaceae, 3. Good health, Community-Acquired Infections, Treatment Outcome, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cross Infection/microbiology, Female, Bacteremia/epidemiology/microbiology, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Population, beta-Lactamases, 03 medical and health sciences, Extended-spectrum β-lactamase, Antibiotic therapy, Enterobacteriaceae/classification/enzymology/isolation & purification, Humans, Risk factor, education, Aged, Enterobacteriaceae Infections/epidemiology/microbiology, business.industry, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, Survival Analysis, Risk factors, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Bacteraemia, business
Abstract

International audience; Extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE) are endemic pathogens worldwide. Infection with ESBL-PE may be associated with inadequate antibiotic therapy and a poor outcome. However, risk factors for ESBL-PE community-acquired infections are ill-defined. An observational multicentre study was performed in 50 hospitals to identify the prevalence of and risk factors for community-acquired ESBL-PE bacteraemia. All patients presenting with community-onset Enterobacteriaceae bacteraemia were recorded over a 2-month period (between June and November 2013). Risk factors and 14-day outcomes of patients were investigated. Among 682 Enterobacteriaceae bacteraemia episodes recorded, 58 (8.5%) were caused by ESBL-PE. The most frequent species isolated were Escherichia coli (537; 76.7%) and Klebsiella spp. (68; 9.7%), of which 49 (9.1%) and 8 (11.8%), respectively, were ESBL-producers. Most ESBL-PE episodes were healthcare-associated, and only 22 (38%) were apparently community-acquired. The main risk factor for community-acquired ESBL-PE bacteraemia was a prior hospital stay of ≥5 days within the past year. The overall 14-day survival was 90%; only 4 (6.9%) of 58 patients with ESBL-PE bacteraemia died. Inadequate initial antibiotic therapy was administered to 55% of patients with ESBL-PE bacteraemia but was not associated with increased 14-day mortality. Although many patients had community-onset ESBL-PE bacteraemia, almost two-thirds of the episodes were actually healthcare-associated, and true community-acquired ESBL-PE bacteraemia remains rare. In our essentially non-severely ill population, inappropriate initial therapy was not associated with a higher risk of mortality.

Published
2017
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5. Erratum to 'Predominance of healthcare-associated cases among episodes of community-onset bacteraemia due to extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae' [International Journal of Antimicrobial Agents 49/1 67-73]

Author

Jean-Ralph Zahar, Philippe Lesprit, Stephane Ruckly, Aurelia Eden, Hitoto Hikombo, Louis Bernard, Stephan Harbarth, Jean-Francois Timsit, Christian Brun-Buisson, Jean Carlet, Pierre Dellamonica, Remy Gauzit, Christian Rabaud, Serge Alfandari, Robert Cohen, Bruno Coignard, Celine Pulcini, Jerome Robert, Nejla Aissa, Alain Losniewski, Sandrine Henard, Cecile Janssen, Leonardo Pagani, Stephane Bland, Jacques Gaillat, Jean Pierre Bru, Pierre Bonnin, Gaelle Clavere, Virginie Vitrat, Laurence Maulin, Luc Quarsaet, Helene Roger, Jean-Baptiste Euzen, Eric Denes, Elodie Couve-Daecon, Catherine Lechiche, Jean-Philippe Lavigne, Veronique Mondain, Veronique Garnier, Dorothee Lambert, Maxime Hentzien, Yohan Nguyen, Jean Paul Talarmin, Pascaline Rameau, Francoise Geffroy, Arnaud Salmon-Rousseau, Vincent Cattoir, Antoine Froissart, Said Aberrane, Laurence Legout, France Roblot, Guillaume Beraud, Patricia Pavese, Olivier Belmonte, Nicolas Traversier, Laurent Bellec, Marie Lagrange-Xelot, Marie-Pierre Moiton, Barbara Kuli, Pascal Longuet, Agnes Scanvic, Lea Colombain, Milagros Ferreyra, Maxime Jean, Etienne Laurens, Matthieu Saada, Hugues Aumaitre, Martine Malet, Frederique Roustant, Vincent LeMoing, Jean-Pierre Helene, Jonathan Theodore, Caroline Garandeau, Jocelyne Caillon, Benjamin Olivero, David Boutoille, Didier Lepelletier, Lucia Grandiere-Perez, Aurelie Beaudron, Celine Ramanantsoa, Catherine Varache, Nicolas Varache, Nicolas Crochette, Hikombo Hitoto, Sophie Blanchi, Pascale Penn, Bernard Louis, Dominique Vanjak, Marie-Christine Escande, Rene-Gilles Patrigeon, Stephanie Honore, Audrey Barrelet, Marlene Amara, Jean-Marc Galempoix, Jean-Claude Reveil, Patricia Bucchiotty, Carine Couzigou, Alban LeMonnier, Emilie Boidin, Stephane Sire, Nelly Luizy, Caroline Bronstain, Carolina Fankhauser, Caroline Brossier, Elodie von Dach, Colette Sauve, Marie-Noelle Adam, Laurent Hocqueloux, Laurent Bret, Marie-Helene Andre, Regine Barruet, Marion Challier, Andre Cabie, Benoit Roze, Patrick Plesiat, Katy Jeanot, Isabelle Patry, Josephine Moreau, Catherine Chirouze, Aaron Laurent, Marie-Nadege Bachelier, Guillaume Kac, Nicolas Farthouat, Nicolas Feuillebois, Thomas Guimard, Sandra Bourdon, Sophie Nguyen, Houcine Bentayeb, Mari-Therese Albertini, Bruno Marchou, Noemie Gaudre, Damien Dubois, Christelle Guillet-Caruba, Florence Doucet Populaire, Nicolas Fortineau, Leila Escaut, Vincent Fihman, Josette Raymond, Solene Kerneis, Veronique Leflon-Guibout, Agnes Lefort, Aurelien Dinh, Anne-Laure Roux, Sophie Abgrall, Francoise Jaureguy, Jean-Christophe Lucet, Nathalie Soismier, Amanda Lopes, Emmanuelle Cambau, Veronique Manceron, Guilene Barnaud, Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Foch [Suresnes], Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Service d'Infectiologie et des maladies infectieuses et tropicales [CH Le Mans] | Infectious and tropical disease department [Le Mans hospital], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Hôpital Bretonneau, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Prévention et contrôle des infections (PCI ), Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service des maladies infectieuses, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-University Hospital, Hôpital Cochin [AP-HP], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Réseau Antibiolor, Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Tourcoing, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Institute for Computational Modeling in Civil Engineering, Technische Universität Braunschweig = Technical University of Braunschweig [Braunschweig], Imperial College London, Service des Maladies Infectieuses, Centre Hospitalier de la Région d'Annecy (Pringy), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges], CHU Limoges, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CH Cornouaille, Plateforme imagerie et cytométrie (PFIC), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service NEUROSPIN (NEUROSPIN), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 (METRICS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institute of New Imaging Technologies (INIT), Universitat Jaume I, Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), Unité des maladies infectieuses, Hôpital Bichat - Claude Bernard, CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire Cliniques Pathologique et Interculturelle (LCPI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), SAD Paysage (SAD Paysage), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Service des maladies infectieuses CHU Perpignan, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Département de Chimie Moléculaire (DCM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre de Recherche en Ingénierie financière et finance Publique (CRIFP), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de bactériologie et hygiène hospitalière [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie (CRO2), Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier de Charleville-Mezières, Université de Bordeaux (UB), Institut de Recherche Dupuy de Lôme (IRDL), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Cell Biology, Sciences III, Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Université Laval [Québec] (ULaval), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France], Agents pathogènes et inflammation - UFC (EA 4266) (API), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Institut de l'élevage (IDELE), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Laboratoire d'Informatique de l'Université du Mans (LIUM), Le Mans Université (UM), Physiopathologie de l'Endothelium, Vascular research center of Marseille (VRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Université de Sherbrooke (UdeS), Centre hospitalier universitaire de Tourcoing, Homéostasie Cellulaire et Pathologies (HCP), Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée (LAMETA), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics [Warsaw] (MIMUW), University of Warsaw (UW), Service de Microbiologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Services des maladies infectieuses, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble (IPAG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Département de Médecine interne [Lariboisière], Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Emergence de la résistance bactérienne in vivo (EA3964), AP-HP Groupe Hospitalier Lariboisière, Laboratoire d'ethnologie et de sociologie comparative (LESC), Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Equipe mobile d'infectiologie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service Microbiologie-Hygiène Hospitalière, Institut franco-allemand de recherche de Saint-Louis, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Unité d’Otologie, implants auditifs et chirurgie de la base du crâne [CHU Pitié-Salpêtrière], Service d'Oto-Rhino-Laryngologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), CHU Toulouse [Toulouse], Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Epidémiologie pronostique des cancers et affections graves, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection Control Programme and WHO Collaborating Centre on Patient Safety, CHU Cochin [AP-HP], Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA), Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Technische Universität Braunschweig [Braunschweig], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production (LGI2P), IMT - MINES ALES (IMT - MINES ALES), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Service d'Otologie, Implants auditifs et Chirurgie de la base du crâne [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Santé publique : épidémiologie et qualité des soins-EA 2694 (CERIM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Geneva [Switzerland], Université Laval, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Institut de l'Elevage, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Université de Sherbrooke [Sherbrooke], Hôpital Purpan [Toulouse], Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics [Warsaw], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Avicenne-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris 13 (UP13), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Lariboisière, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), CHU Fort de France-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-CHU de la Martinique [Fort de France], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes], Hôpital Beaujon [AP-HP], Cholley, Pascal, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Bretagne Sud (UBS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Nice-University Hospital, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Laboratoire de Physiologie des Invertébrés ( LPI ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie ( IMPMC ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Equipe Poitevine de Recherche et d'Encadrement Doctoral en sciences criminelles de Poitiers ( EPRED ), Université de Poitiers, Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production ( LGI2P ), IMT - Mines Alès Ecole Mines - Télécom ( IMT - MINES ALES ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU de Reims ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Plateforme imagerie et cytométrie ( PFIC ), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse ( AMMICa ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service NEUROSPIN ( NEUROSPIN ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) ( DRF (CEA) ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, CHU de Poitiers, Santé publique : épidémiologie et qualité des soins-EA 2694 ( CERIM ), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Institute of New Imaging Technologies ( INIT ), Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion ( CHU La Réunion ), Laboratoire Cliniques Pathologique et Interculturelle ( LCPI ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ), SAD Paysage ( SAD Paysage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, VIH/SIDA et maladies associées, Université Montpellier 1 ( UM1 ), Département de Chimie Moléculaire ( DCM ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Thérapeutiques Cliniques et Expérimentales des Infections, Université de Nantes ( UN ), Centre de Recherche en Ingénierie financière et finance Publique ( CRIFP ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ), Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Université de Nantes ( UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie ( CRO2 ), Aix Marseille Université ( AMU ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Bordeaux ( UB ), Laboratoire Environnement Géomécanique et Ouvrages ( LAEGO ), Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ), Institut de Recherche Dupuy de Lôme ( IRDL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -ENSTA Bretagne-Université de Brest ( UBO ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens ( SYSTEM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), CHU de la Martinique-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique, Agents pathogènes et inflammation - UFC (EA 4266) ( API ), Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Laboratoire d'Informatique de l'Université du Mans ( LIUM ), Le Mans Université ( UM ), Vascular research center of Marseille ( VRCM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Homéostasie Cellulaire et Pathologies ( HCP ), Université de Limoges ( UNILIM ) -CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique ( GEIST FR CNRS 3503 ), Hôpital Purpan - Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Toulouse, Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée ( LAMETA ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), University of Warsaw ( UW ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Beaujon, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble ( IPAG ), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble ( OSUG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Avicenne-Université Paris 13 ( UP13 ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Lariboisière, Emergence de la résistance bactérienne in vivo ( EA3964 ), Laboratoire d'ethnologie et de sociologie comparative ( LESC ), Université Paris Nanterre ( UPN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ), Hopital Necker-Enfants Malades, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] ( CHU ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-CHU Limoges, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)

Subjects
Microbiology (medical), 0303 health sciences, medicine.medical_specialty, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, 030306 microbiology, business.industry, General Medicine, biology.organism_classification, Antimicrobial, Enterobacteriaceae, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Infectious Diseases, Healthcare associated, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Intensive care medicine, business, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Community onset
Abstract

International audience

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2017
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6. La prise en charge des infections à clostridium difficile : premières données du réseau national DIFTEC

Author

A. Rogue, David Boutoille, A. Vachée, P. Vanhems, Frédéric Barbut, Dominique Vanjak, and Benoit Guery

Subjects
Infectious Diseases
Abstract

Introduction La prise en charge des infections a clostridium difficile (ICD) a largement evolue dans les 5 dernieres annees avec la realisation de nouvelles recommandations par la societe europeenne de microbiologie clinique et de maladies infectieuses (ESCMID). Le reseau national DIFTEC est un reseau destine a evaluer les pratiques diagnostiques et therapeutiques au cours des ICD. Le but de ce travail est de faire un premier etat des lieux de la prescription realisee par les praticiens lors de la survenue d’une ICD en utilisant les donnees du reseau DIFTEC. Materiels et methodes Donnees issues de l’outil DIFTEC. Resultats Sur un total de 17 centres, 214 episodes d’ICD ont ete inclus (181 premiers episodes, 20 recidives et 13 multirecidives). Le nombre d’ICD associees aux soins representait 78 % des cas (166/214). La repartition par service a permis de montrer que 15 % des cas survenaient en gastro-enterologie, 12 % en geriatrie aigue et 9 % en maladies infectieuses. L’âge moyen etait de 71 (±19 ans) avec un sexe ratio H/F a 0,79. Une antibiotherapie concomitante etait retrouvee dans 53 % des cas. Sur les 214 episodes, 58 % etaient de gravite legere a moderee, 37 % etaient severes, 1 % compliques (3 % non classes). Concernant les recidives, 20/6/3/2/2 patients ont presente respectivement 1/2/3/4/5 recidives. De facon globale, la prise en charge therapeutique a repose sur le metronidazole per os (PO) dans 59 % des cas, la vancomycine PO dans 32 % des episodes, et la fidaxomicine dans 15 % des cas (associations possibles). Dans les formes legeres a moderees, le metronidazole PO est prescrit dans 59 % des cas, la vancomycine et la fidaxomicine dans respectivement 29 % et 10 % des cas. L’analyse des traitements prescrits dans les formes severes retrouve 58 % de metronidazole PO et respectivement 36 % et 22 % de vancomycine PO et de fidaxomicine. Le traitement des premieres recidives repose dans 30 % des cas sur le metronidazole, puis dans respectivement 30 % et 50 % des cas sur la vancomycine PO et la fidaxomicine. Lors de recidives multiples, le metronidazole est encore retrouve dans 33 % des cas. Conclusion L’ensemble de ces donnees montre une inadequation patente entre les recommandations de bonnes pratiques et la realite clinique, ceci est particulierement important pour les formes severes et les recidives multiples ou le metronidazole est au mieux non indique voire deconseille car associe a une perte de chance pour le patient ayant une ICD. Nos resultats permettent de mettre en evidence l’utilite d’un tel reseau et surtout la difficulte qu’il peut exister entre la realisation de recommandations et leur application effective.

Published
2017
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8. Risk factors for Clostridium difficile infection in a hepatology ward

Author

Dominique-Charles Valla, Catherine Branger, Guillaume Girault, Pierre Rufat, Bruno Fantin, and Dominique Vanjak

Subjects
Microbiology (medical), Male, medicine.medical_specialty, Epidemiology, Attack rate, Autoimmune hepatitis, Risk Factors, Internal medicine, medicine, Humans, Clostridiaceae, Risk factor, Enterocolitis, Pseudomembranous, Enterocolitis, Hepatitis, Cross Infection, biology, business.industry, Clostridioides difficile, Gastroenterology, Clostridium difficile, Hepatology, Middle Aged, medicine.disease, biology.organism_classification, Anti-Bacterial Agents, Hepatitis, Autoimmune, Infectious Diseases, Immunology, Female, medicine.symptom, business, Hospital Units
Abstract

During 2001,Clostridium difficileinfection was observed in 23 patients hospitalized in a hepatology ward (attack rate, 0.9%). Since strain typing ruled out a clonal dissemination, we performed a case-control study. In addition to antibiotic use as a risk factor, theC. difficileinfection rate was higher among patients with autoimmune hepatitis (P< .01).

Published
2005

9. Acquisition of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa in patients in intensive care units: role of antibiotics with antipseudomonal activity

Author

Catherine Paugam-Burtz, Jean-François Timsit, Antoine Andremont, Jean-Christophe Lucet, Dominique Vanjak, Stéphanie Belloc, Elisabeth Paramythiotou, Jean-Louis Trouillet, Najiby Kassis, and Andreas Karabinis

Subjects
Microbiology (medical), Male, medicine.medical_specialty, Imipenem, Ceftazidime, Microbial Sensitivity Tests, medicine.disease_cause, law.invention, law, Risk Factors, Internal medicine, Intensive care, Severity of illness, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Humans, Intensive care medicine, Antibacterial agent, Aged, Pseudomonas aeruginosa, business.industry, Middle Aged, Intensive care unit, Anti-Bacterial Agents, Intensive Care Units, Infectious Diseases, Multivariate Analysis, Female, business, medicine.drug, Piperacillin
Abstract

A matched case-control study was performed to identify risk factors for acquiring multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa (MDRPA) in intensive care unit (ICU) patients during a 2-year period. MDRPA was defined as P. aeruginosa with combined decreased susceptibility to piperacillin, ceftazidime, imipenem, and ciprofloxacin. Thirty-seven patients who were colonized or infected with MDRPA were identified, 34 of whom were matched with 34 control patients who had cultures that showed no growth of P. aeruginosa. Matching criteria were severity of illness and length of ICU stay, with each control patient staying in the ICU for at least as long as the time period between the corresponding case patient's admission to the ICU and the acquisition of MDRPA. Baseline demographic and clinical characteristics and the use of invasive procedures were similar for case patients and control patients. Multivariate analysis identified duration of ciprofloxacin treatment as an independent risk factor for MDRPA acquisition, whereas the duration of treatment with imipenem was of borderline significance. These data support a major role for the use of antibiotics with high antipseudomonal activity, particularly ciprofloxacin, in the emergence of MDRPA.

Published
2003

10. IMP-4--Producing Pseudomonas aeruginosa in a French Patient Repatriated from Malaysia: Impact of Early Detection and Control Measures

Author

Serge Mrejen, Frédéric Bert, Véronique Leflon-Guibout, Sandrine Delpierre, Dominique Vanjak, Marie-Hélène Nicolas-Chanoine, and Aimée Redondo

Subjects
Microbiology (medical), Infectious Diseases, Pseudomonas aeruginosa, business.industry, medicine, Early detection, medicine.disease_cause, business, Microbiology
Published
2007
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11. Outbreak of multiply resistant enterobacteriaceae in an intensive care unit: epidemiology and risk factors for acquisition

Author

Jean-Christophe Lucet, Bernard Regnier, Jean-Pierre Bedos, Dominique Decré, Dominique Vanjak, Annick Macrez, Michel Wolff, and Sylvie Chevret

Subjects
Microbiology (medical), Adult, Male, medicine.medical_specialty, Klebsiella pneumoniae, medicine.medical_treatment, Drug resistance, Urinary catheterization, beta-Lactam Resistance, law.invention, Disease Outbreaks, Enterobacteriaceae, law, Risk Factors, Internal medicine, Epidemiology, medicine, Humans, Prospective Studies, Risk factor, Intensive care medicine, Prospective cohort study, biology, business.industry, Enterobacteriaceae Infections, Outbreak, biology.organism_classification, Intensive care unit, Drug Resistance, Multiple, Klebsiella Infections, Intensive Care Units, Infectious Diseases, Female, business
Abstract

A prospective study was initiated in an intensive care unit (ICU) where extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacteriaceae (ESBLPE) were endemic. From July 1990 to July 1991, patients hospitalized for > or = 5 days were screened for ESBLPE acquisition by means of weekly rectal sampling and clinical cultures. Baseline characteristics and various ICU procedures in 62 cases of ESBLPE were compared with those for 205 patients without ESBLPE, with use of Cox's model. Risk for acquiring ESBLPE (Klebsiella pneumoniae in most cases) increased during the ICU stay, from 4.2% in the first week to 24% in the fourth week. Baseline characteristics were not different between the two groups. Urinary catheterization (P = .04) and arterial catheterization (P = .03) were independent risk factors for acquiring ESBLPE and probably reflected frequency of health care manipulations. The first site of ESBLPE acquisition was the digestive tract in 58 of the 62 patients; 28 infections developed in 22 patients, and these followed or occurred simultaneously with rectal colonization in 18 of those 22. DNA macrorestriction analysis suggested that the same strain was responsible for most cases. In conclusion, ESBLPE acquisition depends on length of stay in the ICU and the use of invasive procedures. Colonization is a prerequisite for infection.

Published
1996

12. Carriage of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Home Care Settings

Author

Jean-Christophe, Lucet, Xavier, Paoletti, Christine, Demontpion, Marie, Degrave, Dominique, Vanjak, Corinne, Vincent, Antoine, Andremont, Vincent, Jarlier, France, Mentré, Marie-Hélène, Nicolas-Chanoine, and Olivier, Geenen

Subjects
Adult, Male, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, Paris, medicine.medical_specialty, Pediatrics, Adolescent, Home Nursing, Colony Count, Microbial, Prevalence, Kaplan-Meier Estimate, Opportunistic Infections, medicine.disease_cause, Internal medicine, Health care, Epidemiology, Internal Medicine, medicine, Humans, Mass Screening, Infection control, Child, Aged, Aged, 80 and over, Cross Infection, Hospitals, Public, business.industry, Hazard ratio, Infant, Odds ratio, Length of Stay, Middle Aged, Staphylococcal Infections, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, Patient Discharge, Nasal Mucosa, Carriage, Child, Preschool, Carrier State, Multivariate Analysis, Female, Staphylococcal Skin Infections, business, Follow-Up Studies
Abstract

Background Several studies have documented prolonged colonization with hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) after hospital discharge. However, information is lacking about factors associated with prolonged MRSA colonization and MRSA transmission to household contacts. Methods From February 2003 to March 2004, adult inpatients (except obstetric patients) were screened for MRSA carriage before discharge to home health care. Bivariate and multivariate analyses were performed to evaluate rates and risk factors of MRSA carriage at discharge, MRSA clearance within 1 year, and MRSA transmission to household contacts. Results We identified MRSA in 191 of the 1501 patients screened before discharge to home health care (12.7%). Of the 148 patients with MRSA who were observed, 75 cleared the organism within 1 year, with an estimated median time to clearance of 282 days (95% confidence interval [CI], 233-313 days). Clearance of MRSA was associated with self-sufficiency in daily activities (hazard ratio, 0.63; 95% CI, 0.40-1.00) ( P = .049). Of the 188 included household contacts, 36 acquired MRSA (19.1%). Factors associated with household MRSA acquisition were older age (adjusted odds ratio, 1.71 per life decade; 95% CI, 1.32-2.21) ( P = .001) and participation in the health care of the index patient (adjusted odds ratio, 3.58; 95% CI, 1.33-9.62) ( P = .01). Conclusions Hospital-acquired MRSA carriage was common at discharge to home health care and was frequently prolonged. Transmission occurred in nearly 20% of household contacts and was associated with older age and participation in health care of the index patient. Household contacts should apply infection control measures similar to those recommended in the hospital setting.

Published
2009
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