Search

In order to be able to take into account the risks for the introduction and spread of animal diseases in the area-oriented approach to the design of the rural area, a number of scenarios were calculated in this Knowledge Desk project commissioned by the Ministry of LNV. In this study, the effect of different scenarios of changes in farm size or location on animal disease spread risks was evaluated by modelling between-farm transmission of highly pathogenic avian influenza (HPAI) in poultry and classical swine fever (CSF) in pigs. For both HPAI and CSF, the relative reduction of transmission risks is greatest in the scenario 'risk-based reduction of the number of farms', followed by 'random reduction of the number of farms', and 'reduce farm sizes while the number of farms remains the same'. So risk-based reduction of the number of farms is more effective than random removal of farms, and random removal of farms is more effective than reducing the number of animals per farm. There is, however, due to differences between parameter values of HPAI and CSF, a quantitative difference between CSF and HPAI: the difference in effectiveness between the least effective scenario (reducing farm sizes while the number of farms remains the same) and the most effective scenario (risk-based reduction of the number of farms) is for CSF in pigs (much) less than for HPAI in poultry. The difference in effectiveness between the scenario 'reducing farm sizes while the number of farms remains the same' and the scenario 'random reduction of the number of farms' is much smaller for CSF in pigs than for HPAI in poultry. Om in de gebiedsgerichte aanpak van de inrichting van het landelijk gebied ook de risico’s voor introductie en verspreiding van dierziekten mee te kunnen laten wegen, werd in dit Kennisdeskproject in opdracht van het ministerie van LNV een aantal scenario’s doorgerekend. In dit onderzoek werd het effect van verschillende scenario’s van veranderingen in de bedrijfsgrootte of locatie op dierziekte-verspreidingsrisico’s geëvalueerd door het modelleren van tussen-bedrijfstransmissie van hoog pathogene aviaire influenza (HPAI) in pluimvee en van klassieke varkenspest (KVP) in varkens. Voor zowel HPAI als KVP is de relatieve reductie van verspreidingsrisico’s het grootst bij het scenario ‘risico-gebaseerd reduceren van het aantal bedrijven’, gevolgd door ‘willekeurig reduceren van het aantal bedrijven’, en ‘reduceren bedrijfsgroottes terwijl aantal bedrijven gelijk blijft’. Dus risico-gebaseerd reduceren van het aantal bedrijven is effectiever dan willekeurig laten stoppen van bedrijven, en het willekeurig laten stoppen van bedrijven is weer effectiever dan het per bedrijf reduceren van het dieraantal. Vanwege verschillen tussen parameterwaarden voor KVP en HPAI voorspellen de modelberekeningen hierbij wel een kwantitatief verschil tussen KVP en HPAI: het verschil in effectiviteit tussen het minst effectieve scenario (reduceren bedrijfsgroottes terwijl aantal bedrijven gelijk blijft) en het meest effectieve scenario (risico-gebaseerd reduceren van het aantal bedrijven) is voor KVP in varkens (veel) minder groot dan voor HPAI in pluimvee. Het verschil in effectiviteit tussen het scenario ‘reduceren bedrijfsgroottes terwijl aantal bedrijven gelijk blijft’ en het scenario ‘willekeurig reduceren van het aantal bedrijven’, is voor KVP in varkens veel kleiner dan voor HPAI in pluimvee.

De Nederlandse wateren en moerassen trekken grote aantallen watervogels aan. Voor pluimvee- houders gaat de aanwezigheid van watervogels in toenemende mate gepaard met zorgen. Die komen voort uit het gegeven dat een relatief groot deel van de besmettingen met het vogelgriepvirus op com- merciële pluimveebedrijven zich in de afgelopen jaren heeft voorgedaan in gebieden met relatief veel watervogels. Nu er, in het kader van het project Vechtrijk Gramsbergen fase 1, plannen bestaan voor de aanleg van onder meer een nevengeul langs de Vecht bij Gramsbergen, dient de vraag zich aan wat dit betekent voor het risico op insleep van dit virus op pluimveebedrijven in de omgeving.

In recent years, different subtypes of highly pathogenic avian influenza (HPAI) viruses caused outbreaks in several poultry types worldwide. Early detection of HPAI virus infection is crucial to reduce virus spread. Previously, the use of a mortality ratio threshold to expedite notification of suspicion in layer farms was proposed. The purpose of this study was to describe the clinical signs reported in the early stages of HPAI H5N8 and H5N6 outbreaks on chicken and Pekin duck farms between 2014 and 2018 in the Netherlands and compare them with the onset of an increased mortality ratio (MR). Data on daily mortality and clinical signs from nine egg‐producing chicken farms and seven Pekin duck farms infected with HPAI H5N8 (2014 and 2016) and H5N6 (2017–2018) in the Netherlands were analysed. In 12 out of 15 outbreaks for which a MR was available, MR increase preceded or coincided with the first observation of clinical signs by the farmer. In one chicken and two Pekin duck outbreaks, clinical signs were observed prior to MR increase. On all farms, veterinarians observed clinical signs of general disease. Nervous or locomotor signs were reported in all Pekin duck outbreaks, but only in two chicken outbreaks. Other clinical signs were observed less frequently in both chickens and Pekin ducks. Compared to veterinarians, farmers observed and reported clinical signs, especially respiratory and gastrointestinal signs, less frequently. This case series suggests that a MR with a set threshold could be an objective parameter to detect HPAI infection on chicken and Pekin duck farms at an early stage. Observation of clinical signs may provide additional indication for farmers and veterinarians for notifying a clinical suspicion of HPAI infection. Further assessment and validation of a MR threshold in Pekin ducks are important as it could serve as an important tool in HPAI surveillance programs.

Additional file 5: Figure S3. Distance-based redundancy analysis (RDA) using the following model: y = Housing Type + Housing Type:Poultry House. This parsimonious model explained 31.8% of the variation (R2). Circles represent individual chickens. Colors indicate which poultry house the chickens originated from.

Additional file 6: Figure S4. Pairwise Bray-Curtis dissimilarities between the cloacal microbiota of layers from each housing type, excluding within poultry house comparisons. Greater values indicate higher dissimilarity. The ‘total’ box contains all possible pairwise comparisons, for reference. Community composition between indoor-layers was more variable than between outdoor-layers (Wilcoxon-Rank-Sum test, p = 0.002)

Additional file 4: Figure S2. Relative abundance of the 15 most abundant genera across all samples faceted per housing type. Only Escherichia/Shigella had a significant difference between indoor- and outdoor-layers (p

Additional file 3: Figure S1. Relative abundances of the ten most abundant phyla within all indoor- and outdoor-layers. Overall, these phyla constituted 99.4% ± 1.3 (mean ± SD) of the community across all samples

Additional file 1: Table S1. Overview of flocks that were sampled for the cross-sectional study. Rearing farm is the outdoor and indoor flock that were paired based on rearing farm of origin.