Search

Deling og gjengbruk av kvalitetssikrede forskningsdata er ansett som god forskningsskikk. De fleste aktører som finansierer forskning, f.eks Norges Forskningsråd og Horizon Europe, samt en rekke forlag, krever nå at forskningsdata fra prosjekter blir tilgjengeliggjort. Dette skal ideelt sett gjøres "så åpnet som mulig, men så lukket som nødvendig". Dette innebærer at forskningsdata gjøres så åpne og tilgjengelig som mulig, balansert opp mot legitime hensyn som sikkerhet, personvern, immaterielle rettigheter eller forretningshemmeligheter Dette åpne kurset består av to korte moduler. I modul 1 introduseresFAIR-prinsippene, samt hvordan du kan gjøre dine egne forskningsdata åpne og FAIR.I modul 2 presenteres UiBs eget forskningsdata-arkivUiB Open Research Data, samt hvordan man går fram for å arkivere forskningsdata her.

PhD seminars on writing, searching and data management. Presentation at VIRAK 2022. This presentation describes the development of "PhD seminars on writing, searching and data management" (course description spring 2022), a seminar series for PhD students at the University of Bergen Faculty of Mathematics and Natural Sciences. The PhD seminars can be credited with 1 ECTS and were developed by the University of Bergen Library in collaboration with the Faculty of Mathematics and Natural Sciences.

In this work, the polyphenolic content in extracts of Zostera marina L., Zostera noltii Hornemann, Ruppia cirrhosa (Petagna) Grande and Ruppia maritima L. from Norwegian coastal waters was characterized for the first time. In Z. marina and Z. noltii fifteen different flavones, as well as rosmarinic acid were identified. Eight of the flavones were found to be sulphated, among these were luteolin 7,3'-O-disulphate and chrysoeriol 7-O-sulphate – structures previously not published with complete NMR assignments. In addition, minor amounts of luteolin 7-O-β-(6''-Omalonyl) glucopyranoside (6) and apigenin 7-O-β-(6''-O-malonyl)glucopyranoside (11) were identified in Z. marina and Z. noltii for the first time. The sulphated flavones were stable in neutral and slightly acidic (< 0.1% trifluoroacetic acid) extracts, but quickly decayed to their corresponding aglycones under more acidic conditions (≥ 0.5% trifluoroacetic acid). Moreover, purified flavonoid sulphates often decomposed during the final steps of isolation, due to increased acid concentrations when the solvents were removed by rotary evaporation. In R. cirrhosa and R. maritima eight flavonoids were identified, namely the 3-O-glucopyranosides and 3-O-galactopyranosides, as well as malonylated 3-O-glycosides of quercetin and isorhamnetin. The main compound in both species was chicoric acid. None of these compounds have been found in either Ruppia species before. Individual and total phenolic content was quantified in crude extracts of all four seagrass species using analytical HPLC with UV-Vis detection. The flavonoid content was 18.1‒24.5 mg/g (DW) in Z. marina and 26.2‒30.5 mg/g (DW) in most of the examined Z. noltii populations. Yet, Z. noltii plants collected at the localities Gripnesvågen (C) and Huglo (D), which are in proximity to each other, contained the highest (34.3 mg/g) and lowest (17.3 mg/g) flavonoid concentrations, respectively. The flavonoid content was generally lower in R. cirrhosa and R. maritima than in the Zostera species. However, the phenolic acid content was remarkable high in Ruppia, with chicoric acid concentrations in the range of 11.1‒12.7 mg/g in R. cirrhosa and 27.9‒ 30.2 mg/g in R. maritima. The flavonoid content in the three R. cirrhosa populations from different localities on the West coast differed significantly, with flavonoid concentrations ranging from 5.9 mg/g to 14.7 mg/g. Seasonal variation of both flavonoids and phenolic acids in Z. marina, Z. noltii and R. cirrhosa was examined. The quantitative variation of flavonoids and rosmarinic acid was found to be relatively consistent from year to year in Z. marina during a period of three years. The two Zostera species did appear to have a different flavonoid production in the various seasons. While Z. marina had the highest content in young leaves in May or June and lowest in February, the opposite was observed in Z. noltii, with lowest flavonoid content in May/June and highest in February. The variation of flavonoid content in R. cirrhosa appeared to follow a similar pattern as the one observed in Z. marina, with the highest concentration of flavonoids in summer (August). However, while the concentrations of rosmarinic acid were highest in late spring/early summer (May/June) in Z. marina (3.6 mg/g), peak concentration of chicoric acid was observed in March in R. cirrhosa (29.2 mg/g). The antioxidant activity of Ruppia cirrhosa extracts and isolated compounds was investigated spectrophotometrically by a 1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl (DPPH) radical scavenging assay. IC50 values were 152.9–175.7 μg/mL for Ruppia cirrhosa crude extracts, which is considered low radical scavenging activity. However, a partially purified R. cirrhosa extract exhibited very strong radical scavenging activity, with an IC50 value of 31.8 ± 0.7 μg/mL. IC50 values for isolated flavonoids ranged from 12.1– 88.4 μg/mL.

In extracts of the seagrass Zostera marina, collected in coastal waters of West-Norway, fourteen different flavones and high amounts of rosmarinic acid were identified. Five of the flavones were found to be sulphated, among these were luteolin 7,3'-disulphate and chrysoeriol 7-sulphate structures previously not published with complete NMR assignments. Luteolin 7-O-β-(6''-malonyl) glucoside, and two other malonylated flavone compounds occurring in trace amounts, were identified for the first time in Z. marina. The sulphated flavones were fairly stable in slightly acidified (0.1% trifluoroacetic acid) extracts stored for months, however, under more acidic conditions (0.5% trifluoroacetic acid in the extracts) they were susceptible to undergo hydrolyses. When the solvents of purified fractions were removed by rotary evaporation, the sulphated flavones quickly decomposed to their corresponding aglycones due to the increased acid concentrations. publishedVersion

Tema for denne oppgaven er analyse av antocyaner i bjørnebær. Antocyaner er naturlige pigmenter som gir opphav til farger varierende fra oransje og rød til fiolette og blå i blomster, frukt og andre planter (Melo et al. 2009). Bjørnebær (Rubus fruticosus) er med sin mørke, karakteristiske farge kjent for å være en rik kilde til antocyaner (Giusti & Jing 2007), og målene i oppgaven har vært å bestemme identitet og mengde til antocyanene i utvalgte bjørnebær- og bringebærkultivarer. Oppgaven er i hovedsak tredelt, hvorav første del omhandler isolasjon og strukturbestemmelse av et nytt pigment i bjørnebær, som tidligere har blitt feilbestemt (Stintzing et al. 2002; Wu & Prior 2005; Ogawa et al. 2008). Bjørnebær ble ekstrahert med metanol tilsatt TFA, og ekstraktet ble videre renset på en Amberlite XAD-7 kolonne. Ulike kromatografiske teknikker ble benyttet for separasjon av pigmentene. Det ukjente pigmentet ble isolert ved hjelp av preparativ HPLC, og ble identifisert som cyanidin 3-O-β-(6''-(3-hydroksy-3- metylglutaryl)glukopyranosid) ved hjelp av 1D og 2D NMR-spektroskopiske teknikker samt høyoppløselig LC-MS. Dette pigmentet ble identifisert for aller første gang. I andre del av oppgaven ble ulike bjørnebær- og bringebærkultivarer analysert ved hjelp av analytisk HPLC med UV-synlig detektor og høyoppløselig LC-MS for å undersøke kvalitativt innhold av antocyaner. Bjørnebær- og bringebærkultivarene har forskjellig innhold av antocyaner. Bjørnebærkultivarene inneholder cyanidin 3-O-β-glukopyranosid, cyanidin 3-O-β- rutinosid, cyanidin 3-O-β-xylosid, cyanidin 3-O-β -(6''-malonyl-glukopyranosid) og cyanidin 3-O-β-(6''-(3-hydroksy-3-metylglutaryl)glukopyranosid), mens bringebærkultivarene inneholder hovedsakelig cyanidin 3-O-β-sophorosid og cyanidin 3-O-β -(2-glukosylrutinosid) i tillegg til cyanidin 3-O-β-glukopyranosid og cyanidin 3-O-β-rutinosid. I den ene bjørnebærkultivaren var det også tre andre pigmenter til stede, som ikke ble fullstendig identifisert. Siste del av oppgaven omhandler det kvantitative innholdet av antocyaner i bjørnebær- og bringebærkultivarer. Som forventet hadde bjørnebærkultivarene inkludert en hybrid et betydelig høyere totalinnhold av antocyaner enn bringebærkultivarene, selv om det også var individuelle forskjeller mellom kultivarene. Endelig var det viktig å undersøke i hvilken grad ekstraksjonstid og antall ekstraksjoner påvirker mengdebestemmelsen. Forsøkene viste at ved å ekstrahere inntil tre ganger økte mengdeinnholdet med opptil 80 % sammenlignet med én enkelt ekstraksjon, mens økt ekstraksjonstid hadde liten eller ingen effekt.

Fag- og forskningsbibliotek tar en aktiv rolle i arbeidet med å tilrettelegge for deling og lagring av forskningsdata (Borgman, 2015; Darch et al., 2020; Tenopir et al., 2017). Med dette følger nye arbeidsformer og roller i bibliotekene. Internasjonalt brukes ofte data stewards som begrep, i Norge har vi fått datakuratorer, datarøktere eller simpelthen bibliotekansatt med ansvar for datahåndtering på ulike vis. Oftest forvaltes ansvaret for datahåndtering ved biblioteket som utfører ansvaret i samarbeid med andre enheter i egen organisasjon og i dialog med eksterne tjenesteleverandører og partnere (Kim, 2020; Tenopir et al., 2017). I Norge har mange fag- og forskningsbibliotek fått eller er i ferd med å etablere støttetjenester for forskningsdatahåndtering. Basert på dette indentifiserer vi et behov for et helthetlig blikk på kompetansebehovene som følger disse tjenestene. Med mål om å sikre en felles forståelse og praksis for datahåndtering i norske fag- og forskningsbibliotek fikk prosjektet «Kompetanserammeverk for forskningsdatastøtte» tildelt midler fra Nasjonalbiblioteket. Prosjektet drives av den norske noden av Research Data Allianse(1) med deltakere fra Universitetet i Oslo, Universitetet i Bergen, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Universitetet i Tromsø, Universitetet i Sørøst-Norge, Høgskolen på Vestlandet, Norsk senter for forskningsdata og OsloMet storbyuniversitetet. Vi stiller spørsmålet: Hvilke kunnskaper skal en datakurator eller datarøkter ha for å kunne gi god nok støtte til datahåndering på egen institusjon? Gjennom kartlegging og workshops høst og vinter 2021-22, vil vi svare på dette og gi en anbefaling til hvilke kunnskapskriterier en bør sette for ansatte i fag- og forskningsbibliotek av ulike størrelser. Vi presenterer et kompetanserammeverk som skal utvikles basert på funn og anbefalinger fra kartleggingen. Referanser: Borgman, C. L. (2015). Big Data, Little Data, No Data: Scholarship in the Networked World. MIT Press. Darch, P. T., Sands, A. E., Borgman, C. L., & Golshan, M. S. (2020). Library cultures of data curation: Adventures in astronomy. 14. Kim, J. (2020). Academic library’s leadership and stakeholder involvement in research data services. Proceedings of the Association for Information Science and Technology, 57(1). https://doi.org/10.1002/pra2.304 Tenopir, C., Talja, S., Horstmann, W., Late, E., Hughes, D., Pollock, D., Schmidt, B., Baird, L., Sandusky, R. J., & Allard, S. (2017). Research Data Services in European Academic Research Libraries. LIBER Quarterly, 27(1), 23–44. https://doi.org/10.18352/lq.10180(1)Research Data Alliance Norway, RDA-NO https://www.rd-alliance.org/groups/rda-norway&nbsp