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244 results on '"Enjalbert Jérôme"'

3. A rapid genotyping method for an obligate fungal pathogen, Puccinia striiformis f.sp. tritici, based on DNA extraction from infected leaf and Multiplex PCR genotyping

Author

Enjalbert Jérôme, Leconte Marc, Gautier Angélique, Ali Sajid, and de Vallavieille-Pope Claude

Subjects
Medicine, Biology (General), QH301-705.5, Science (General), Q1-390
Abstract

Abstract Background Puccinia striiformis f.sp. tritici (PST), an obligate fungal pathogen causing wheat yellow/stripe rust, a serious disease, has been used to understand the evolution of crop pathogen using molecular markers. However, numerous questions regarding its evolutionary history and recent migration routes still remains to be addressed, which need the genotyping of a large number of isolates, a process that is limited by both DNA extraction and genotyping methods. To address the two issues, we developed here a method for direct DNA extraction from infected leaves combined with optimized SSR multiplexing. Findings We report here an efficient protocol for direct fungal DNA extraction from infected leaves, avoiding the costly and time consuming step of spore multiplication. The genotyping strategy we propose, amplified a total of 20 SSRs in three Multiplex PCR reactions, which were highly polymorphic and were able to differentiate different PST populations with high efficiency and accuracy. Conclusion These two developments enabled a genotyping strategy that could contribute to the development of molecular epidemiology of yellow rust disease, both at a regional or worldwide scale.

Published
2011
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4. Tracking costs of virulence in natural populations of the wheat pathogen, Puccinia striiformis f.sp.tritici

Author

Leconte Marc, Kaltz Oliver, Bahri Bochra, de Vallavieille-Pope Claude, and Enjalbert Jérôme

Subjects
Evolution, QH359-425
Abstract

Abstract Background Costs of adaptation play an important role in host-parasite coevolution. For parasites, evolving the ability to circumvent host resistance may trade off with subsequent growth or transmission. Such costs of virulence (sensu plant pathology) limit the spread of all-infectious genotypes and thus facilitate the maintenance of genetic polymorphism in both host and parasite. We investigated costs of three virulence factors in Puccinia striiformis f.sp.tritici, a fungal pathogen of wheat (Triticum aestivum). Results In pairwise competition experiments, we compared the fitness of near-isogenic genotypes that differed by a single virulence factor. Two virulence factors (vir4, vir6) imposed substantial fitness costs in the absence of the corresponding resistance genes. In contrast, the vir9 virulence factor conferred a strong competitive advantage to several isolates, and this for different host cultivars and growing seasons. In part, the experimentally derived fitness costs and benefits are consistent with frequency changes of these virulence factors in the French pathogen population. Conclusion Our results illustrate the variation in the evolutionary trajectories of virulence mutations and the potential role of compensatory mutations. Anticipation of such variable evolutionary outcomes represents a major challenge for plant breeding strategies. More generally, we believe that agro-patho-systems can provide valuable insight in (co)evolutionary processes in host-parasite systems.

Published
2009
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6. Hunting for sources of durable resistance in crop cultivar evaluation data: The case of wheat yellow rust in France.

Author

Vidal, Tiphaine, Perronne, Rémi, Boixel, Anne‐Lise, du Cheyron, Philippe, Dubs, Florence, and Enjalbert, Jérôme

Subjects
STRIPE rust, WHEAT rusts, WHEAT diseases & pests, HIERARCHICAL clustering (Cluster analysis), RUST diseases, CULTIVARS, PRINCIPAL components analysis, PLANT diseases
Abstract

Cultivar resistance is a major asset for the management of crop diseases and can play an important role in agroecological transition. However, the wide deployment of a reduced number of resistance genes can lead to a rapid adaptation of pathogen populations and to a loss of resistance efficiency. The objective of this study was to characterize and discuss different trajectories of adult plant ratings for resistance to yellow rust in French wheat cultivars between 1963 and 2018. Among 719 cultivars assessed for at least 2 years, 590 cultivars showed no variation in their resistance scores, despite a mean of 4.3 years and up to 33 years of assessment. A set of descriptive variables was computed in order to compare the evolution of resistance score of 129 cultivars that experienced resistance variation. We applied a principal component analysis and a hierarchical clustering on principal components to this subdataset to constitute clusters corresponding to different cultivar profiles. Clusters C1 and C2 had small resistance variations (1–2 points on a 1–9 scale); Cluster C3 had long assessment durations and several small drops in resistance score and could be associated with quantitative resistance erosion; Cluster C4 included major drops in resistance score (4–5 points), often associated with known breakdowns of major resistance genes. Cases of limited drops in resistance score as a known resistance gene was broken down suggest the presence of efficient adult plant resistance. We discuss the use of information extracted from this dataset and methods to further explore sources of resistance to yellow rust present in French cultivars. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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7. Projet INSPIR : Circuit inter-laboratoires du Réseau National INRAE NIRS

Author

Naudet-Huart, Myriam, Touratier, Michaël, Regulier, Jennifer, Desfontaines, Lucienne, Leinster, Jocelyne, Bureau, Sylvie, Serino, Sylvie, Gouble, Barbara, Lepoittevin, Camille, Alvarez, David, Gardet, Olivier, Barotin, Charlène, Dorlac, Alexis, Compan, Frédéric, Ecarnot, Martin, Segura, Vincent, Sotillo, Armelle, Singer, Mathilde, Chaix, Gilles, Crespin, Paul, Roger, Jean-Michel, Cornet, Denis, Zeller, Bernhar, Rossard, Virginie, Flutre, Timothée, Fievet, Julie, Enjalbert, Jérôme, Serre, Valentin, Breuil, Sébastien, Thoisy, Jeanne-Chantal, Habrant, Annouck, Gaudard, François, Rolland, Sophie, Ganier, Philippe, Perrin, Pierre, Lecloux, Eric, Levasseur, Cécile, Griveau, Yves, Dufayet, Valérie, Colombet, Céline, Naudet-Huart, Myriam, Touratier, Michaël, Regulier, Jennifer, Desfontaines, Lucienne, Leinster, Jocelyne, Bureau, Sylvie, Serino, Sylvie, Gouble, Barbara, Lepoittevin, Camille, Alvarez, David, Gardet, Olivier, Barotin, Charlène, Dorlac, Alexis, Compan, Frédéric, Ecarnot, Martin, Segura, Vincent, Sotillo, Armelle, Singer, Mathilde, Chaix, Gilles, Crespin, Paul, Roger, Jean-Michel, Cornet, Denis, Zeller, Bernhar, Rossard, Virginie, Flutre, Timothée, Fievet, Julie, Enjalbert, Jérôme, Serre, Valentin, Breuil, Sébastien, Thoisy, Jeanne-Chantal, Habrant, Annouck, Gaudard, François, Rolland, Sophie, Ganier, Philippe, Perrin, Pierre, Lecloux, Eric, Levasseur, Cécile, Griveau, Yves, Dufayet, Valérie, and Colombet, Céline

Abstract

Au sein d'INRAE, il existe le réseau national INRAE NIRS qui est en fait un groupe de compagnonnage entre 80 utilisateurs de la spectrométrie proche infra-rouge. Suite à une enquête réalisée en 2021 auprès de ses membres, il a été décidé de créer un circuit inter-laboratoires entre les 18 implantations INRAE volontaires totalisant initialement une trentaine de spectromètres proche-infrarouges. En effet, les données spectrales proche infra-rouges sont de plus en plus exploitées pour des caractérisations à haut-débit des échantillons car c'est une technique d'analyse physico-chimique, rapide et non destructive. Mais, pour chaque paramètre étudié, il est nécessaire de développer en amont un étalonnage entre la base spectrale et les valeurs de référence associées (via une calibration). Par conséquent, la qualité et la fiabilité des spectres sont indispensables. Début 2024, le projet multi-départements INSPIR, qui porte l'ambition de ce circuit inter-laboratoires, a été accepté. Il est prévu de faire circuler les mêmes échantillons de farines de blé tendre pour réaliser l'acquisition des spectres proche infrarouge au sein des différents sites et ainsi comparer : - les différentes méthodologies de prise de spectres (bonnes pratiques) - la qualité des spectres pris par les différents instruments (gamme de longueur d'onde, résolution et performances prédictives) - les instruments entre eux (appareils de labo et portatifs de terrain) Une base de données avec les spectres obtenus sur les différents appareils, les métadonnées associées et leur teneur respective en protéines (Kjeldahl) sera établie par notre stagiaire Master 2 Paul CRESPIN, puis publiée sous forme de Data paper et rendue disponible sur le Dataverse INRAE. Cette base de données pourra également être très utile pour standardiser les spectromètres entre eux et entre sites INRAE. Cette possibilité de standardisation permettra d'assurer l'interopérabilité mais aussi le suivi en cas de panne ou de renouvellement d'un

Published
2024

8. Looking for balance in organic heterogeneous wheat crops: Effects of trait contrasts and sowing density on plant interactions, and their conesquences on yield and quality

Author

Visser, Marjolein, Mingeot, Dominique MD, Louvieaux, Julien, Enjalbert, Jérôme J. E., Finckh, Maria R., Hardy, Olivier J., Beaugendre, Amaury, Visser, Marjolein, Mingeot, Dominique MD, Louvieaux, Julien, Enjalbert, Jérôme J. E., Finckh, Maria R., Hardy, Olivier J., and Beaugendre, Amaury

Abstract

Malgré le consensus croissant sur la nécessité d'une transition vers des pratiques agricoles plus durables, les céréales et, en particulier, le froment, ont pris du retard dans la conversion à l'agriculture biologique. Parmi les facteurs contribuant à ce retard figure le manque de variétés adaptées à ces pratiques agricoles et à leurs spécificités. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur l’une des principales alternatives variétales pour répondre à ce problème :les populations hétérogènes. Par populations hétérogènes, nous désignons ici tout type de diversité intraspécifique, allant des mélanges variétaux jusqu’aux variétés-populations. Un avantage essentiel de cette hétérogénéité est que la présence de contrastes entre plantes peut donner lieu à des mécanismes de facilitation susceptibles d'améliorer les performances des cultures et leur stabilité face à des conditions défavorables. Malgré ces propriétés prometteuses, nous manquons cependant encore de clés pour guider ce type de sélection. Il s’agit là du principal objet de cette thèse.Ces dernières années, la recherche académique semble avoir mis l’accent sur la recherche d'associations de traits pouvant conduire aux mécanismes de facilitation que nous mentionnions ci-dessus. Dans ce travail, nous avons choisi de nous intéresser également à un autre type d'interaction qui a lieu au sein des populations hétérogènes :la compétition. En particulier, nous avons émis l'hypothèse qu'un certain type de compétition, que nous appelons « compétition individualiste », pourrait avoir des effets négatifs sur la culture. En effet, il arrive parfois que la sélection naturelle nous joue des tours en favorisant des individus qui ont pourtant un moindre potentiel de rendement, ou qui contribuent moins à la facilitation. Par conséquent, plus que la seule facilitation, le principal déterminant de la performance des populations hétérogènes pourrait plus précisément être l'équilibre entre compétition et facilitation. Dans les chapi, Despite the growing consensus on the need for a transition to more sustainable farming practices, cereals and, in particular, common wheat, have been lagging behind in the conversion to organic farming. We argue that one of the reasons for this is the lack of varieties that are adapted to these farming practices and their specificities. In this thesis, we focus on a main varietal alternative to respond to this issue: intra-crop diversity. By intra-crop diversity, we mean anything from variety mixtures to evolutionary populations, which we hereafter refer to with the umbrella term “heterogeneous stands”. One main advantage of intra-crop diversity is that trait contrasts between crop plants can give rise to facilitative mechanisms which can enhance crop performance and its stability in the face of unpredictable adverse conditions. However, we still know little about how to breed these heterogeneous stands. This is the main question that we try to address in this thesis.In recent years, a primary focus in the literature has been to identify favorable trait associations that can lead to facilitation. Here, we chose to also lend an eye to another type of plant interaction that unfolds in heterogeneous stands: competition. Indeed, we hypothesized that a specific type of competition, which we call “selfish competition”, could lead to negative effects on the crop. Sometimes, natural selection can indeed play tricks on us and favor genotypes that have lower grain yield potential or contribute less to facilitation. Hence, more than simply facilitation, it is the balance between competition and facilitation that may actually be the main determinant of heterogeneous stand performance. In chapters II and III, we thus sought to assess if selfish competition could indeed hinder heterogeneous stand performance, and to identify some of its underlying causes (with a focus on trait contrasts and sowing density). In agronomic trials with 12 variety mixtures and 2 Composite-Cross Popula, Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique, info:eu-repo/semantics/nonPublished

Published
2024

9. Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: A conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects

Author

Vialatte, Aude, primary, Tibi, Anaïs, additional, Alignier, Audrey, additional, Angeon, Valérie, additional, Bedoussac, Laurent, additional, Bohan, David A., additional, Bougherara, Douadia, additional, Carpentier, Alain, additional, Castagneyrol, Bastien, additional, Cordeau, Stéphane, additional, Courtois, Pierre, additional, Deguine, Jean-Philippe, additional, Enjalbert, Jérôme, additional, Fabre, Frédéric, additional, Féménia, Fabienne, additional, Fréville, Hélène, additional, Goulet, Frédéric, additional, Grateau, Régis, additional, Grimonprez, Benoît, additional, Gross, Nicolas, additional, Hannachi, Mourad, additional, Jeanneret, Philippe, additional, Kuhfuss, Laure, additional, Labarthe, Pierre, additional, Launay, Marie, additional, Lefebvre, Marianne, additional, Lelièvre, Virginie, additional, Lemarié, Stéphane, additional, Martel, Gilles, additional, Masson, Abel, additional, Navarrete, Mireille, additional, Plantegenest, Manuel, additional, Ravigné, Virginie, additional, Rusch, Adrien, additional, Suffert, Frédéric, additional, Tapsoba, Abdoulaye, additional, Therond, Olivier, additional, Thoyer, Sophie, additional, and Martinet, Vincent, additional

Published
2021
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12. New insights towards breeding for mixed cropping of spring pea and barley to increase yield and yield stability

Author

Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Flutre, Timothée, Mary-Huard, Tristan, Hohmann, Pierre, Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Flutre, Timothée, Mary-Huard, Tristan, and Hohmann, Pierre

Abstract

Mixed cropping (MC) is a key strategy to harness agriculture for climate-change. Breeding adapted genotypes can unleash the full potential of MC, both in terms of yield potential and yield stability. To achieve this goal, concepts from both breeding and ecology have to be fused in order to develop a suitable methodology for breeding for MC. In order to advance the field of breeding for MC, we evaluated yield and trait data of pure stands (PS) and mixed stands (MS) of pea (P. sativum L.) and barley (H. vulgare L.) as a legume-cereal model system. Twenty-eight pea and seven barley lines, representing European breeding material, were grown in an incomplete factorial design at two organically managed sites across two years. The general mixing ability (GMA) of pea for total mixture yield was predominant as specific mixing ability (SMA) was absent, facilitating future breeding and seed marketing efforts. The most promising pea cultivar ‘Volt’ resulted in an average total mixture yield increase of 11% (+0.43 t/ha) in MC compared to the average, while the cultivar ’Florida’ led to a yield decrease of − 31% (−1.23 t/ha), highlighting the importance of the choice of the genotype in MS. The analysis of separated MS yields allowed to investigate the underlying mechanistic principles in genotypes’ contribution to MS yields and we revealed the major role of producer (Pr) effects in this context. The correlation between Pr effects and GMA revealed that GMA can be maximized by selecting for high Pr effects. Early vigor, onset of flowering, shoot biomass and stipule length were identified as key traits for indirect selection for high GMA in pea accounting for up to 17% of the identified variation in total mixture yield. PS yields were moderately correlated with mixture yields (r = 0.52, P = 0.013) and can serve as an additional selection criterion. Discrepancies between correlations with PS and MS yields can be exploited to identify unique MS traits that confer niche complementarity

Published
2023

13. Editorial: Breeding for intercropping

Author

Rubiales, Diego, Enjalbert, Jérôme, Hohmann, Pierre, Anten, Niels P.R., Weih, Martin, Rubiales, Diego, Enjalbert, Jérôme, Hohmann, Pierre, Anten, Niels P.R., and Weih, Martin

Abstract

Intercropping, also known as mixed cropping, consists on simultaneously growing more than one species on a field. It has a great potential for enhancing water- and nutrient-use efficiency and improving plant productivity, yield stability and resilience to biotic and abiotic stress, including those triggered by climate change. Despite their manifold benefits, the practice of intercropping has not risen above its niche status in many regions of the world. The selection of varieties specifically adapted to intercropping remains a major practical challenge to its widespread deployment. This Research Topic hosted at Frontiers in Plant Sciences entitled “Breeding for intercropping” gathers a series of articles covering new insights in the areas of quantitative genetics, ecology, ecophysiology and agronomy integrating theoretical, experimental as well as participatory approaches.

Published
2023

14. Protéger les cultures en augmentant la diversité végétale des espaces agricoles. Rapport de l'Expertise scientifique collective-Mai 2023

Author

Vialatte, Aude (ed.), Martinet, Vincent (ed.), Tibi, Anaïs (ed.), Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bedoussac, Laurent, Bohan, David A., Bougherara, Douadia, Carpentier, Alain, Castagneyrol, Bastien, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Doehler, Marianne, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Féménia, Fabienne, Fréville, Hélène, Goulet, Frédéric, Grateau, Régis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Jeanneret, Philippe, Labarthe, Pierre, Launay, Marie, Lelièvre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Masson, Abel, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Tapsoba, A., Thoyer, Sophie, Vialatte, Aude (ed.), Martinet, Vincent (ed.), Tibi, Anaïs (ed.), Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bedoussac, Laurent, Bohan, David A., Bougherara, Douadia, Carpentier, Alain, Castagneyrol, Bastien, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Doehler, Marianne, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Féménia, Fabienne, Fréville, Hélène, Goulet, Frédéric, Grateau, Régis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Jeanneret, Philippe, Labarthe, Pierre, Launay, Marie, Lelièvre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Masson, Abel, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Tapsoba, A., and Thoyer, Sophie

Published
2023

15. Efficient Bayesian automatic calibration of a functional–structural wheat model using an adaptive design and a metamodelling approach.

Author

Blanc, Emmanuelle, Enjalbert, Jérôme, Flutre, Timothée, and Barbillon, Pierre

Subjects
*OPTIMIZATION algorithms, *CALIBRATION, *BOTANISTS, *GLOBAL optimization, *GAUSSIAN processes
Abstract

Functional–structural plant models are increasingly being used by plant scientists to address a wide variety of questions. However, the calibration of these complex models is often challenging, mainly because of their high computational cost, and, as a result, error propagation is usually ignored. Here we applied an automatic method to the calibration of WALTer: a functional–structural wheat model that simulates the plasticity of tillering in response to competition for light. We used a Bayesian calibration method to jointly estimate the values of five parameters and quantify their uncertainty by fitting the model outputs to tillering dynamics data. We made recourse to Gaussian process metamodels in order to alleviate the computational cost of WALTer. These metamodels are built from an adaptive design that consists of successive runs of WALTer chosen by an efficient global optimization algorithm specifically adapted to this particular calibration task. The method presented here performed well on both synthetic and experimental data. It is an efficient approach for the calibration of WALTer and should be of interest for the calibration of other functional–structural plant models. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2023
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17. Protéger les cultures en augmentant la diversité végétale des espaces agricoles.: Rapport scientifique de l’Expertise scientifique collective

Author

Vialatte, A., Martinet, Vincent, Tibi, Anaïs, Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bedoussac, Laurent, Bohan, David, Bougherara, Douadia, Carpentier, A., Castagneyrol, Bastien, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Doelher, Marianne, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Femenia, Fabienne, Fréville, Hélène, Goulet, Frederic, Grateau, Regis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Jeanneret, Philippe, Labarthe, Pierre, Launay, Marie, Lelievre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Masson, Abel, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Tapsoba, Abdoulaye, Thoyer, Sophie, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Paris-Saclay Applied Economics (UMR PSAE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Centre d’études et de coopération juridique interdisciplinaire (CECOJI), Université de Poitiers, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Agroscope, Agroclim (AGROCLIM), Département agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes (AgroEcoSystem), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Office Français de la Biodiversité (Plan Ecophyto II+), and INRAE

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published
2023

23. Mixture × Genotype Effects in Cereal/Legume Intercropping

Author

Demie, Dereje T., Döring, Thomas F., Finckh, Maria R., van der Werf, Wopke, Enjalbert, Jérôme, Seidel, Sabine J., Demie, Dereje T., Döring, Thomas F., Finckh, Maria R., van der Werf, Wopke, Enjalbert, Jérôme, and Seidel, Sabine J.

Abstract

Cropping system diversification through annual intercropping provides a pathway for agricultural production with reduced inputs of fertilizer and pesticides. While several studies have shown that intercrop performance depends on the genotypes used, the available evidence has not been synthesized in an overarching analysis. Here, we review the effects of genotypes in cereal/legume intercropping systems, showing how genotype choice affects mixture performance. Furthermore, we discuss the mechanisms underlying the interactions between genotype and cropping system (i.e., sole cropping vs. intercropping). Data from 69 articles fulfilling inclusion criteria were analyzed, out of which 35 articles reported land equivalent ratio (LER), yielding 262 LER data points to be extracted. The mean and median LER were 1.26 and 1.24, respectively. The extracted genotype × cropping system interaction effects on yield were reported in 71% out of 69 publications. Out of this, genotype × cropping system interaction effects were significant in 75%, of the studies, whereas 25% reported non-significant interactions. The remaining studies did not report the effects of genotype × cropping system. Phenological and morphological traits, such as differences in days to maturity, plant height, or growth habit, explained variations in the performance of mixtures with different genotypes. However, the relevant genotype traits were not described sufficiently in most of the studies to allow for a detailed analysis. A tendency toward higher intercropping performance with short cereal genotypes was observed. The results show the importance of genotype selection for better in cereal/legume intercropping. This study highlights the hitherto unrevealed aspects of genotype evaluation for intercropping systems that need to be tackled. Future research on genotype effects in intercropping should consider phenology, root growth, and soil nutrient and water acquisition timing, as well as the effects of weeds and

Published
2022

26. Protéger les cultures en augmentant la diversité végétale des espaces agricoles. Rapport de l’expertise scientifique collective

Author

Vialatte, A., Martinet, Vincent, Tibi, Anaïs, Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bedoussac, Laurent, Bohan, David, Bougherara, Douadia, Carpentier, A., Castagneyrol, Bastien, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Doelher, Marianne, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Femenia, Fabienne, Fréville, Hélène, Goulet, Frederic, Grateau, Regis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Jeanneret, Philippe, Labarthe, Pierre, Launay, Marie, Lelievre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Masson, Abel, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Tapsoba, Abdoulaye, Thoyer, Sophie, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Paris-Saclay Applied Economics (UMR PSAE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Centre d’études et de coopération juridique interdisciplinaire (CECOJI), Université de Poitiers, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Agroscope, Agroclim (AGROCLIM), Département agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes (AgroEcoSystem), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Office Français de la Biodiversité (Plan Ecophyto II+), and INRAE

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published
2022
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27. Livre blanc - Octobre 2022 Protéines végétales pour une santé globale : identification des connaissances, verrous et leviers pour leur développement dans l'alimentation humaine

Author

Durand Tardif, Mylène, Cailliatte, Remi, Carré, Patrick, Della Valle, Guy, Enjalbert, Jérôme, Gallardo, Karine, Gaudichon, Claire, Guyon, Jean-Baptiste, Jézéquel, Stéphane, Lorinet, Ingrid, Magrini, Marie-Benoît, Ravel, Catherine, Renard, Catherine, Saint Eve, Anne, Plantalliance, Consortium, PlantAlliance, Oléad, Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA (UMR 0914)), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), GREENTECH, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Aliments, produits biosourcés et déchets - INRAE (TRANSFORM), Qualiment, and Plant2Pro

Subjects
[SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Agronomie, Biologie Végétale, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Nutrition humaine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Transformation
Abstract

Son périmètre concerne la biologie végétale, l'agronomie, la transformation et la nutrition humaine.

Published
2022

28. Protéger les cultures en augmentant la diversité végétale des espaces agricoles. Synthèse de l’expertise scientifique collective

Author

Tibi, Anaïs, Martinet, Vincent, Vialatte, A., Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bohan, David, Bougherara, Douadia, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Fréville, Hélène, Grateau, Regis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Launay, Marie, Lelievre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Thoyer, Sophie, Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Paris-Saclay Applied Economics (UMR PSAE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Centre d’études et de coopération juridique interdisciplinaire (CECOJI), Université de Poitiers, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Agroclim (AGROCLIM), Département agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes (AgroEcoSystem), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and INRAE

Subjects
[SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Published
2022

29. Saisine du Comité Scientifique CTPS - Quelles variétés pour l’agroécologie ?

Author

Aurélia, Gouleau, Gauffreteau, Arnaud, This, Patrice, Tailliez-Lefebvre, Delphine, Gombert, Julie, Gouache, David, Bakan, Benedicte, Cordeau, Stephane, Enjalbert, Jérôme, Laperche, Anne, Leclère, Valérie, Lheureux, Fabrice, Mazza, Valérie, Moquet, Frédéric, Wagner, Anne, Bernicot, Marie-Hélène, Fontaine, Laurence, Bertoux, Virginie, HUYGHE, Christian, Groupe d'Etude et de Contrôle des Variétés et des Semences (GEVES), Agronomie, AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Agence pour la Recherche et l’Information en Fruits et Légumes (APRIFEL), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Lille, Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL), Limagrain, Gautier semences, Tereos, Services déconcentrés d'appui à la recherche Nouvelle-Aquitaine-Poitiers, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CTPS, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding
Published
2021

32. Chapter Four - Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: A conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects

Author

Vialatte, Aude, Tibi, Anaïs, Alignier, Audrey, Angeon, Valérie, Bedoussac, Laurent, Bohan, David A., Bougherara, Douadia, Carpentier, Alain, Castagneyrol, Bastien, Cordeau, Stéphane, Courtois, Pierre, Deguine, Jean-Philippe, Enjalbert, Jérôme, Fabre, Frédéric, Féménia, Fabienne, Fréville, Hélène, Goulet, Frédéric, Grateau, Régis, Grimonprez, Benoît, Gross, Nicolas, Hannachi, Mourad, Jeanneret, Philippe, Kuhfuss, Laure, Labarthe, Pierre, Launay, Marie, Lefebvre, Marianne, Lelièvre, Virginie, Lemarié, Stéphane, Martel, Gilles, Masson, Abel, Navarrete, Mireille, Plantegenest, Manuel, Ravigné, Virginie, Rusch, Adrien, Suffert, Frédéric, Tapsoba, Abdoulaye, Therond, Olivier, Thoyer, Sophie, and Martinet, Vincent

Published
2021
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36. Évolution de la diversité cultivée du blé tendre en France

Author

Perronne, Rémi, Vidal, Tiphaine, Du Cheyron, Philippe, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Christian Lannou, Dominique Roby, Virginie Ravigné, Mourad Hannachi, Benoit Moury, Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

37. A new method for estimating mixing ability: application to winter wheat variety mixtures and propositions for plant breeding

Author

Enjalbert, Jérôme, Forst, Emma, Allard, Vincent, Ambroise, Christophe, Krissaane, Inès, Mary-Huard, Tristan, Robin, Stéphane, and Goldringer, Isabelle

Subjects
Crop combinations and interactions, food and beverages, Breeding, genetics and propagation
Abstract

A new method for estimating mixing ability: application to winter wheat variety mixtures and propositions for plant breeding

Published
2021

38. Genetic drivers for mixture performance in pea and barley

Author

Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Goldringer, Isabelle, Forst, Emma, Mary-Huard, Tristan, Enjalbert, Jérôme, Hohmann, Pierre, Aubertot, Jean-Noël, Inger, Bertelsen, Charlotte, Bickler, Rob, Carlton, Alison, Karley, Keillor, Beatrix, Newton, Adrian, Vaz Patto, Maria Carlota, Scherber, Christoph, Topp, Kairsty, and Watson, Christine

Subjects
Breeding, genetics and propagation, Cereals, pulses and oilseeds
Abstract

Conference paper on breeding for mixed cropping, putting a some focus on correlations between pure stand yields and mixture yields, as well as GxE interaction. Talk was given on the online conference "Intercropping for sustainability" organized by the Association of Applied Biologists, on January 20th 2021.

Published
2021

40. Breeding for mixed cropping – New concepts and statistical methodology

Author

Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Forst, Emma, Mary-Huard, Tristan, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Flutre, Timothée, and Hohmann, Pierre

Subjects
Breeding, genetics and propagation, Cereals, pulses and oilseeds
Abstract

A contribution to an online conference in the framework of the EU H2020 project LIVESEED dealing with the producer-associate concept and key traits, as well as with statistical methods to analyze mixed-crop data.

Published
2020

41. WHEAMM: a functional-structural model to study plant growth and interactions with neighbors in wheat variety mixtures

Author

Gawinowski, Meije, Enjalbert, Jérôme, Cournède, Paul-Henry, Flutre, Timothée, Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes (MICS), and CentraleSupélec-Université Paris-Saclay

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

42. Breeding for mixed cropping – New concepts developed within ReMIX

Author

Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Forst, Emma, Mary-Huard, Tristan, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, and Hohmann, Pierre

Subjects
Breeding, genetics and propagation, Cereals, pulses and oilseeds
Abstract

A contribution to an online conference in the framework of the EU H2020 project LIVESEED dealing with the producer-associate concept and key traits.

Published
2020

43. Functional–structural plant modeling highlights how diversity in leaf dimensions and tillering capability could promote the efficiency of wheat cultivar mixtures

Author

Blanc, Emmanuelle, Barbillon, Pierre, Fournier, Christian, Lecarpentier, Christophe, Pradal, Christophe, Enjalbert, Jérôme, Blanc, Emmanuelle, Barbillon, Pierre, Fournier, Christian, Lecarpentier, Christophe, Pradal, Christophe, and Enjalbert, Jérôme

Abstract

Increasing the cultivated diversity has been identified as a major leverage for the agroecological transition as it can help improve the resilience of low input cropping systems. For wheat, which is the most cultivated crop worldwide in terms of harvested area, the use of cultivar mixtures is spreading in several countries, but studies have seldom focused on establishing mixing rules based on plant architecture. Yet, the aerial architecture of plants and the overall canopy structure are critical for field performance as they greatly influence light interception, plant interactions and yield. The very high number of trait combinations in wheat mixtures makes it difficult to conduct experimentations on this issue, which is why a modeling approach appears to be an appropriate solution. In this study, we used WALTer, a functional structural plant model (FSPM), to simulate wheat cultivar mixtures and try to better understand how differences between cultivars in key traits of the aerial architecture influence mixture performance. We simulated balanced binary mixtures of cultivars differing for different critical plant traits: final height, leaf dimensions, leaf insertion angle and tillering capability. Our study highlights the impact of the leaf dimensions and the tillering capability on the performance of the simulated mixtures, which suggests that traits impacting the plants' leaf area index (LAI) have more influence on the performance of the stand than traits impacting the arrangement of the leaves. Our results show that the performance of mixtures is very variable depending on the values of the explored architectural traits. In particular, the best performances were achieved by mixing cultivars with different leaf dimensions and different tillering capability, which is in agreement with numerous studies linking the diversity of functional traits in plant communities to their productivity. However, some of the worst performances were also achieved by mixing varieties d

Published
2021

44. Plant functional trait variability and trait syndromes among wheat varieties: the footprint of artificial selection

Author

Cantarel, Amélie, Allard, Vincent, Andrieu, Bruno, Barot, Sébastien, Enjalbert, Jérôme, Gervaix, Jonathan, Goldringer, Isabelle, Pommier, Thomas, Saint-Jean, Sébastien, Le Roux, Xavier, Cantarel, Amélie, Allard, Vincent, Andrieu, Bruno, Barot, Sébastien, Enjalbert, Jérôme, Gervaix, Jonathan, Goldringer, Isabelle, Pommier, Thomas, Saint-Jean, Sébastien, and Le Roux, Xavier

Abstract

Although widely used in ecology, trait-based approaches are seldom used to study agroecosystems. In particular, there is a need to evaluate how functional trait variability among varieties of a crop species compares to the variability among wild plant species and how variety selection can modify trait syndromes. Here, we quantified 18 above- and below-ground functional traits for 57 varieties of common wheat representative of different modern selection histories. We compared trait variability among varieties and among Pooideae species, and analyzed the effect of selection histories on trait values and trait syndromes. For traits under strong selection, trait variability among varieties was less than 10% of the variability observed among Pooideae species. However, for traits not directly selected, such as root N uptake capacity, the variability was up to 75% of the variability among Pooideae species. Ammonium absorption capacity by roots was counter-selected for conventional varieties compared with organic varieties and landraces. Artificial selection also altered some trait syndromes classically reported for Pooideae. Identifying traits that have high or low variability among varieties and characterizing the hidden effects of selection on trait values and syndromes will benefit the selection of varieties to be used especially for lower N input agroecosystems.

Published
2021

45. Advances in Breeding for Mixed Cropping – Incomplete Factorials and the Producer/Associate Concept

Author

Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Forst, Emma, Flutre, Timothée, Mary-Huard, Tristan, Hohmann, Pierre, Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Enjalbert, Jérôme, Goldringer, Isabelle, Forst, Emma, Flutre, Timothée, Mary-Huard, Tristan, and Hohmann, Pierre

Abstract

Mixed cropping has been suggested as a resource-efficient approach to meet high produce demands while maintaining biodiversity and minimizing environmental impact. Current breeding programs do not select for enhanced general mixing ability (GMA) and neglect biological interactions within species mixtures. Clear concepts and efficient experimental designs, adapted to breeding for mixed cropping and encoded into appropriate statistical models, are lacking. Thus, a model framework for GMA and SMA (specific mixing ability) was established. Results of a simulation study showed that an incomplete factorial design combines advantages of two commonly used full factorials, and enables to estimate GMA, SMA, and their variances in a resource-efficient way. This model was extended to the Producer (Pr) and Associate (As) concept to exploit additional information based on fraction yields. It was shown that the Pr/As concept allows to characterize genotypes for their contribution to total mixture yield, and, when relating to plant traits, allows to describe biological interaction functions (BIF) in a mixed crop. Incomplete factorial designs show the potential to drastically improve genetic gain by testing an increased number of genotypes using the same amount of resources. The Pr/As concept can further be employed to maximize GMA in an informed and efficient way. The BIF of a trait can be used to optimize species ratios at harvest as well as to extend our understanding of competitive and facilitative interactions in a mixed plant community. This study provides an integrative methodological framework to promote breeding for mixed cropping.

Published
2021

46. Genetic drivers for mixture performance in pea and barley

Author

Aubertot, Jean-Noël, Inger, Bertelsen, Charlotte, Bickler, Rob, Carlton, Alison, Karley, Keillor, Beatrix, Newton, Adrian, Vaz Patto, Maria Carlota, Scherber, Christoph, Topp, Kairsty, Watson, Christine, Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Goldringer, Isabelle, Forst, Emma, Mary-Huard, Tristan, Enjalbert, Jérôme, Hohmann, Pierre, Aubertot, Jean-Noël, Inger, Bertelsen, Charlotte, Bickler, Rob, Carlton, Alison, Karley, Keillor, Beatrix, Newton, Adrian, Vaz Patto, Maria Carlota, Scherber, Christoph, Topp, Kairsty, Watson, Christine, Haug, Benedikt, Messmer, Monika, Goldringer, Isabelle, Forst, Emma, Mary-Huard, Tristan, Enjalbert, Jérôme, and Hohmann, Pierre

Abstract

Conference paper on breeding for mixed cropping, putting a some focus on correlations between pure stand yields and mixture yields, as well as GxE interaction. Talk was given on the online conference "Intercropping for sustainability" organized by the Association of Applied Biologists, on January 20th 2021.

Published
2021

49. Design as a source of renewal in the production of scientific knowledge in crop science

Author

Toffolini, Quentin, primary, Jeuffroy, Marie-Hélène, additional, Meynard, Jean-Marc, additional, Borg, Julie, additional, Enjalbert, Jérôme, additional, Gauffreteau, Arnaud, additional, Goldringer, Isabelle, additional, Lefèvre, Amélie, additional, Loyce, Chantal, additional, Martin, Philippe, additional, Salembier, Chloé, additional, Souchère, Véronique, additional, Valantin-Morison, Muriel, additional, van Frank, Gaëlle, additional, and Prost, Lorène, additional

Published
2020
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