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Uma pesquisa de agentes enteropatogênicos em gatos domésticos de um abrigo foi realizado como etapa da investigação das causas de diarreias crônicas intermitentes. Amostras fecais individuais de 39 gatos, com livre acesso ao ambiente externo, foram obtidas para pesquisa de helmintos através do exame parasitológico, investigação de parvovírus e coronavírus e de Cryptosporidium spp., Giardia spp. e Tritrichomonas foetus através de PCR em tempo real. Dos gatos avaliados, 30 (76,9%) foram positivos para algum ou mais de um destes agentes entéricos. Desses, 11 (28,2%) apresentaram co-infecções parasitárias. Ovos de helmintos foram observados em 48,7% dos gatos (19/30), 16 felinos (41%) foram positivos para parvovírus ou coronavírus e 25,6% (10/30) estavam infectados por protozoários. Dos positivos para protozoários, cinco apresentaram Tritrichomonas foetus (12,82%), um organismo pouco relatado no Brasil, sendo este o primeiro relato de detecção deste protozoário através de PCR em fezes de gatos no Sul do Brasil e o segundo no país. A diarreia crônica em gatos pode ser multifatorial em animais de abrigo onde a densidade populacional é elevada e os meios de controle parasitário e viral são deficitários, além das condições de higiene precárias. Os fatores associados à proliferação de doenças infecciosas em abrigos promovem o surgimento de infecções por novos patógenos como o Tritrichomonas foetus, até então pouco relatado no Brasil. This study carried out a survey about enteropathogenic agents in domestic cats’ shelter as a stage of investigation for the intermittent chronic diarrhea. Individual fecal samples from 39 cats with free access to the external environment were submitted to parasitological examination, parvovirus, and coronavirus by PCR, and Cryptosporidium spp., Giardia spp. and Tritrichomonas foetus by real-time PCR. From the cats evaluated, 30 (76.9%) were positive for one or more enteric agents, and coinfections were observed in 11 cats samples (28.2%). Helminth eggs were observed in 48.7% of cats (19/30), 16 (41%) were positive for parvovirus or coronavirus and 25.6% (10/30) were infected by protozoa. From the positives for protozoa, five cats were positive to T. foetus (12.82%). The first finding of this protozoan through PCR was in the southern Brazil, and the second was in the whole country. Chronic diarrhea in cats may be multifactorial in shelter animals where the population density is high and the control of parasitic, and viral infections are deficient. Moreover, it is due to poor hygiene conditions in these shelters. The factors associated with the proliferation of infectious diseases in shelters are correlated with new pathogens infections such as T. foetus.