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47 results on '"Esquibet, Magali"'

5. Development of innovative tools for the durable management of the risks associated with nematodes for seed potato production and other crops in rotation

Author

Le Roux, Anne-Claire, Neveux, M-S, Huchet, E., Dewaegeneire, Pauline, Berton, L., Demey’, l., Gobert, Virginie, Lehingrat, Y., Ollivier, François, Chappé, A-M, Hotte, H., Montarry, Josselin, Fournet, Sylvain, Esquibet, Magali, Fouville, Didier, Mille, B., Kerlan, Marie-Claire, Coléno, François-Christophe, Iachia, Catherine, Mulet, K.., Grenier, Eric, Castagnone, Philippe, Folcher, Laurent, Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pomme de Terre (FN3PT), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), ministère de l’agriculture via le compte d’affectation spéciale « Développement agricole et rural » dans le cadre de l’appel à projets Recherche Technologique., Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS)

Subjects
alternative control methods, detection, Analyse de risques phytosanitaires, waste disinfection, détection, nématodes, méthodes alternatives de lutte, Pest risk analysis (PRA), plantes de service, nematodes, [SDE]Environmental Sciences, sanitizing plants, désinfection de déchets
Abstract

Nematools project aimed at reinforcing prophylactic methods to prevent introduction and disseminationof regulated phytoparasites nematodes Meloidogyne chitwoodi, M. fallax, Globodera pallida and G.rostochiensis which are serious threats for potato crops and to improve the control strategies in order to preserve the privileged health status of the French territory. This project made it possible to developnew molecular tools for the detection of root-knot nematodes in soil samples, and later their validationon a collection of nematode populations established during the project. The risk analysis on thedissemination of nematodes related to agricultural practices have led firstly to the development of aconceptual model for the identification of management strategies for the use of agricultural equipment atrisk and on the other hand to highlight and to quantify the importance of cyst nematodes dispersal bythe soil practices and by soil-adhering to agricultural machinery at the field and at the farm scale. Theactions carried out in partnership with industrials and with experimental stations made it possible toproduce a user-friendly risk analysis tool characterizing the critical phases of different waste and effluenttreatment processes and providing answers on the sanitizing performances of different decontaminationprocesses such as composting, lagooning, anaerobic digestion, chlorination, and heat treatment. Thisproject also allowed to screen, under controlled conditions, plant species which are not conducive to thedevelopment and propagation of root-knot nematodes such as M. chitwoodi and M. fallax and may beproposed as rupture plants on contaminated sites; Les actions conduites dans le cadre du projet de recherche Nematools visaient à renforcer lesméthodes prophylactiques pour prévenir l’introduction et la dissémination des nématodesphytoparasites réglementés Meloidogyne chitwoodi, M. fallax, Globodera pallida et G. rostochiensis.Ces nématodes constituent des menaces sérieuses pour diverses cultures, dont la pomme de terre, etconduisent à repenser les stratégies de lutte afin de préserver l’état sanitaire privilégié du territoirenational. Le projet a permis le développement de nouveaux outils moléculaires de détection desnématodes à galle dans des échantillons de sol, outils validés sur une collection de populations denématodes constituée pendant la durée du projet. Les travaux portant sur l’analyse du risque dedissémination des nématodes, associés aux pratiques agricoles, ont conduit (1) à l’élaboration d’unmodèle conceptuel permettant d’identifier les stratégies de gestion du matériel agricole à risque et (2) àmettre en évidence et à quantifier l’importance de la dispersion des nématodes à kyste par les travauxdu sol et par le matériel agricole à l’échelle parcellaire et inter-parcellaire. Les travaux menés enpartenariat avec des industriels ainsi qu’en stations expérimentales ont permis la production d’un outilinteractif d’analyse de risque caractérisant les phases critiques de différents process de traitements desdéchets et d’effluents. Il apporte des éléments de réponse sur les performances d’assainissement dedifférents procédés de décontamination comme le compostage, le lagunage, la méthanisation, lachloration et le traitement thermique. Ce projet a aussi permis de cribler, en conditions contrôlées, desespèces végétales non favorables à la multiplication des nématodes à galle M. chitwoodi et M. fallax etpouvant être proposées comme plantes de rupture sur des sites contaminés.

Published
2020
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6. Identification of plant genes regulated in resistant potato Solanum sparsipilum during the early stages of infection by Globodera pallida

Author

Jolivet, Katell, Grenier, Eric, Bouchet, Jean-Paul, Esquibet, Magali, Kerlan, Marie-Claire, Caromel, Bernard, Mugniery, Didier, and Lefebvre, Veronique

Subjects
Potatoes -- Genetic aspects, Potatoes -- Physiological aspects, Plant defenses -- Genetic aspects, Plant nematodes -- Chemical properties, Plant nematodes -- Genetic aspects, Genes -- Identification and classification, Biological sciences
Abstract

Abstract: Using a complementary (c)DNA-amplified fragment length polymorphism (AFLP) approach, we investigated differential gene expression linked to resistance mechanisms during the incompatible potato--Globodera pallida interaction. Expression was compared between a [...]

Published
2007

8. Differentiation of normal and giant Vicia faba populations of the stem nematode Ditylenchus dipsaci: agreement between RAPD and phenotypic characteristics

Author

Esquibet, Magali, Bekal, Sadia, Castagnone-Sereno, Philippe, Gauthier, Jean-Pierre, Rivoal, Roger, and Caubel, Georges

Subjects
Morphology -- Genetic aspects, Beans -- Diseases and pests, Nematoda -- Genetic aspects, Phenotype -- Research, Biological sciences
Abstract

Two important race groups of the stem nematode, Ditylenchus dipsaci, an obligatory polyphagous endoparasite, attack the bean, Vicia faba. Morphological differences have been found in the two groups and there were corresponding differences in faba bean disease symptoms. Agreement has been found between RAPD and phenotypic characteristics in the nematodes. Variation between D. dipsaci species in populations involved with V. faba was low. No strong correlation was found between geographical origin and morphological or molecular characteristics.

Published
1998

12. The hidden diversity of the potato cyst nematode Globodera pallida in the south of Peru.

Author

Thevenoux, Romain, Folcher, Laurent, Esquibet, Magali, Fouville, Didier, Montarry, Josselin, and Grenier, Eric

Subjects
GOLDEN nematode, GLOBODERA pallida, CYST nematodes, SOYBEAN cyst nematode, NEMATODES, POPULATION differentiation, GENETIC distance
Abstract

Our knowledge of the diversity of potato cyst nematodes in their native areas still remains patchy and should be improved. A previous study based on 42 Peruvian Globodera pallida populations revealed a clear south to north phylogeographic pattern, with five well‐supported clades and maximum diversity observed in the south of Peru. In order to investigate this phylogeographic pattern more closely, we genotyped a larger collection of Peruvian populations using both cathepsin L gene sequence data and a new set of 13 microsatellite loci. Using different genetic analyses (STRUCTURE, DAPC), we consistently obtained the same results that led to similar conclusions: the presence of a larger genetic diversity than previously known suggesting the presence of cryptic species in the south of Peru. These investigations also allowed us to clarify the geographic borders of the previously described G. pallida genetic clades and to update our knowledge of the genetic structure of this species in its native area, with the presence of additional clades. A distance‐based redundancy analysis (dbRDA) was also carried to understand whether there was a correlation between the population genetic differentiation and environmental conditions. This analysis showed that genetic distances observed between G. pallida populations are explained firstly by geographic distances, but also by climatic and soil conditions. This work could lead to a revision of the taxonomy that may have strong implications for risk assessment and management, especially on a quarantine species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2020
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13. Additional file 5: Figure S3. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Subjects
animal diseases
Abstract

Comparison of gene expression between parasitic G. pallida life stages. The key transitions to be captured in terms of gene expression of all genes, and in particular for effectors, is from outside the plant (J2) compared to inside the plant (sedentary female). There is almost no difference in global gene expression between the early sedentary time points [22]. A. 84 % of the variation in expression at 7 days post infection (dpi) is explained by variation in expression at 14 dpi. B. This correlation is even more profound if the analysis is restricted to only the effectors (89 %). Similar correlations are possible between 14 and 21 dpi, albeit of lesser magnitude but an identical trend (60 % correlation for all genes, and 64 % correlations for specifically effectors). This is not the case, however, when comparing J2 and 7 dpi (44 % for all genes, and zero correlation for all effectors). Fourteen dpi provides an ideal intermediate for the sedentary stages. (PDF 4379 kb)

Published
2016
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14. Additional file 20: Figure S10. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, JoĂŤl Lafond-Lapalme, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Abstract

The DOG box is not a quantitative predictor of temporal expression. A. In G. pallida, genes with four or more motifs and a signal peptide are primarily expressed during the infective stage. Each line represents the expression pattern of a different gene. B. The number of motifs does not correlate with gene expression at J2 (black, all numbers of motifs; red, four or more motifs). (PDF 1707 kb)

Published
2016
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15. Additional file 15: Figure S7. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Abstract

Phylogenetic analysis of G. rostochiensis pathotypes. A. A maximum likelihood phylogeny based on 730,705 genome wide SNPs. Two distinct groups of Ro1 are together separated from Ro2, Ro3, Ro4 and Ro5. Node labels indicate bootstrap support values for 100 iterations. B. Principle component analysis (PCA) based on the same dataset suggest that for pathotype Ro1, intra-pathotype variation is similar to inter-pathotype variation. REF Ro1 = Reference strain Ro1 assembly, MAR149 Ro1 = British Columbia, QC Ro1 = Quebec, Ro19 Ro1 = European, NFLD Ro1 = Newfoundland, SCRI_Ro2, SCRI_Ro3, SCRI_Ro4, SCRI_Ro5 are pathotype populations from the James Hutton Institute collection. (PDF 1636 kb)

Published
2016
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16. Additional file 2: of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, JoĂŤl Lafond-Lapalme, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Abstract

Supplementary methods and results. (DOCX 28 kb)

Published
2016
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17. Additional file 6: Figure S4. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, JoĂŤl Lafond-Lapalme, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Subjects
parasitic diseases, technology, industry, and agriculture, virus diseases, natural sciences
Abstract

Differential expression super-clusters. Ninety-four percent of all differentially expressed genes are manually grouped into 25 biologically relevant expression super-clusters. For each super-cluster, individual cluster graphs are shown where for all expression displayed as centred log fold-change is in the order, Cyst, Cyst, Egg, Egg, J2, J2, 14 dpi, 14 dpi. (PDF 1669 kb)

Published
2016
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18. Additional file 4: Figure S2. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, JoĂŤl Lafond-Lapalme, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Abstract

Phylum wide analysis of GC/AG splice sites in nematodes. The percentage of GC/AG splices sites with associated consensus sequences are shown for 17 species against a schematic phylogeny of the phylum Nematoda (adapted from [89]). Red numbers indicate those which likely represent under reporting due to over-strict parameter settings during gene prediction. (PDF 1371 kb)

Published
2016
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19. The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J., Danchin, Etienne G. J., Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E., Cotton, James A., Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc-Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica M. C., Jones, Laura M., Yusup, Hazijah B., Lafond Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter J. A., Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter E., Blaxter, Mark, Jones, John T., Eves van den Akker, Sebastian, and Laetsch, Dominik R.

Subjects
séquence du génome, Vegetal Biology, plant-parasitic nematode, genome sequence, virulence, effector, horizontal gene transfer, pomme de terre, transfert horizontal de gène, globodera rostochiensis, Sciences agricoles, Biologie végétale, Agricultural sciences
Abstract

Background: The yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, is a devastating plant pathogen of global economic importance. This biotrophic parasite secretes effectors from pharyngeal glands, some of which were acquired by horizontal gene transfer, to manipulate host processes and promote parasitism. G. rostochiensis is classified into pathotypes with different plant resistance-breaking phenotypes.Results: We generate a high quality genome assembly for G. rostochiensis pathotype Ro1, identify putative effectors and horizontal gene transfer events, map gene expression through the life cycle focusing on key parasitic transitions and sequence the genomes of eight populations including four additional pathotypes to identify variation. Horizontal gene transfer contributes 3.5 % of the predicted genes, of which approximately 8.5 % are deployed as effectors. Over one-third of all effector genes are clustered in 21 putative ‘effector islands’ in the genome. We identify a dorsal gland promoter element motif (termed DOG Box) present upstream in representatives from 26 out of 28 dorsal gland effector families, and predict a putative effector superset associated with this motif. We validate gland cell expression in two novel genes by in situ hybridisation and catalogue dorsal gland promoter element-containing effectors from available cyst nematode genomes. Comparison of effector diversity between pathotypes highlights correlation with plant resistance-breaking.Conclusions: These G. rostochiensis genome resources will facilitate major advances in understanding nematode plant-parasitism. Dorsal gland promoter element-containing effectors are at the front line of the evolutionary arms race between plant and parasite and the ability to predict gland cell expression a priori promises rapid advances in understanding their roles and mechanisms of action.

Published
2016

20. Additional file 8: Figure S5. of The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Akker, Sebastian Eves-Van Den, Laetsch, Dominik, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine, Danchin, Etienne, Rocha, Martine Da, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy, Cotton, James, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Marc-Olivier Duceppe, Boyes, Ian, Marvin, Jessica, Jones, Laura, Hazijah Yusup, JoĂŤl Lafond-Lapalme, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter, Blaxter, Mark, and Jones, John

Abstract

Phylogenetic analysis of Worm-specific Argonauts (WAGOs). A. A total of 604 nematode and non-nematode argonaute proteins drawn as an unrooted phylogram. It is assumed that each subtree (Bâ F) is effectively rooted by the other subtrees; however, the extreme divergence between these proteins yields low support for some subtrees. Bâ F Subtrees containing G. rostochiensis WAGOs (GrWAGOs). Branch widths of subtrees are drawn proportional to branch support. Coloured boxes indicate membership of taxa to phylogenetic groups (nematode Clade I, Clade III, Clade IV and Clade V, non-nematode taxa) and coloured stars indicate clades composed entirely of Heteroderidae-WAGOs (Globodera spp., Meloidogyne spp., Heterodera glycines). Orange dots indicate GrWAGOs in differential expression super-clusters 19, 20 or 21. GrWAGOs are placed within Nematode WAGO-subclades ALG1/ALG2 (1), RDE1/ERGO1/PRG1/2 (2), WAGO1/2/4/5 (7), CSR/WAGO-III/WAGO-IV (8) and NRDE/WAGO-10/11 (5), sensu Buck and Blaxter, 2013 [30]. As expected, no GrWAGOs were observed in WAGO-subclades SAGO2/PPW, WAGO-III/-V and ALG3/ALG4. Subclades NRDE/WAGO-10/11, WAGO1/2/4/5 and CSR/WAGO-III/WAGO-IV show increased numbers of paralogous expansion of these gene families within Clade IV in general and Heteroderidae in particular. B All Globodera spp. and Meloidogyne spp. exhibit one ALG1/ALG2 orthologue each, which form a clade. C The RDE1/ERGO1/PRG1/2 subtree contains another Heteroderidae-specific clade; however, one M. incognita sequence is sister to a subclade of Clade III taxa. This is surprising since the Clade III parasites A. suum and B. pahangi are thought to have lost the piRNA pathway [30] and may be an artefact. D The NRDE/WAGO-10/WAGO-11 subtree shows an expansion of paralogous Heteroderidae-WAGOs, with three GrWAGOs expressed at 14 dpi. E The WAGO1/2/4/5 subtree depicts two Heterodera-specific expansions, of which the larger subclade contains four GrWAGOs expressed at 14 dpi. F The CSR/WAGO-III/WAGO-IV subtree contains another two Heteroderidae-specific expansion, of which one also includes a sequence from the Clade V nematode Dictyocaulus viviparus (ochre star). (PDF 64 kb)

Published
2016
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21. The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Eves-van den Akker, Sebastian, Laetsch, Dominik R., Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J., Danchin, Etienne G.J., Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E., Cotton, James A., Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica M.C., Jones, Laura M., Yusup, Hazijah B., Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter J.A., Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter E., Blaxter, Mark, Jones, John T., Eves-van den Akker, Sebastian, Laetsch, Dominik R., Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J., Danchin, Etienne G.J., Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E., Cotton, James A., Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica M.C., Jones, Laura M., Yusup, Hazijah B., Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter J.A., Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter E., Blaxter, Mark, and Jones, John T.

Abstract

Background: The yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, is a devastating plant pathogen of global economic importance. This biotrophic parasite secretes effectors from pharyngeal glands, some of which were acquired by horizontal gene transfer, to manipulate host processes and promote parasitism. G. rostochiensis is classified into pathotypes with different plant resistance-breaking phenotypes. Results: We generate a high quality genome assembly for G. rostochiensis pathotype Ro1, identify putative effectors and horizontal gene transfer events, map gene expression through the life cycle focusing on key parasitic transitions and sequence the genomes of eight populations including four additional pathotypes to identify variation. Horizontal gene transfer contributes 3.5 % of the predicted genes, of which approximately 8.5 % are deployed as effectors. Over one-third of all effector genes are clustered in 21 putative 'effector islands' in the genome. We identify a dorsal gland promoter element motif (termed DOG Box) present upstream in representatives from 26 out of 28 dorsal gland effector families, and predict a putative effector superset associated with this motif. We validate gland cell expression in two novel genes by in situ hybridisation and catalogue dorsal gland promoter element-containing effectors from available cyst nematode genomes. Comparison of effector diversity between pathotypes highlights correlation with plant resistance-breaking. Conclusions: These G. rostochiensis genome resources will facilitate major advances in understanding nematode plant-parasitism. Dorsal gland promoter element-containing effectors are at the front line of the evolutionary arms race between plant and parasite and the ability to predict gland cell expression a priori promises rapid advances in understanding their roles and mechanisms of action.

Published
2016

22. Data from: The genome of the yellow potato cyst nematode Globodera rostochiensis reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Eves-van den Akker, Sebastian, Laetsch, Dominik R., Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J., Danchin, Etienne G.J., Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E., Cotton, James A., Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica M.C., Jones, Laura M., Yusup, Hazijah B., Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, H.A., Finkers-Tomczak, A.M., Smant, G., Eves-van den Akker, Sebastian, Laetsch, Dominik R., Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J., Danchin, Etienne G.J., Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E., Cotton, James A., Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica M.C., Jones, Laura M., Yusup, Hazijah B., Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, H.A., Finkers-Tomczak, A.M., and Smant, G.

Abstract

For each gene, lists the normalized expression data for each life stage, and (if significantly differentially expressed) which expression super cluster it is grouped into.

Published
2016

23. Banning of methyl bromide for seed treatment: could [i]Ditylenchus dipsaci[/i] again become a major threat to alfalfa production in Europe?

Author

Mouttet, Raphaelle, Escobar Gutierrez, Abraham, Esquibet, Magali, Gentzbittel, Laurent, Mugniery, Didier, Reignault, Philippe, Sarniguet, Corinne, Castagnone-Sereno, Philippe, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Université Lille Nord de France (COMUE), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Food Chain, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, quarantine, food and beverages, seeds, methyl bromide, Hydrocarbons, Brominated, Ditylenchus dipsaci, Europe, Fumigation, Animals, Pest Control, Tylenchoidea, alfalfa, Medicago sativa, Plant Diseases
Abstract

International audience; In Europe, the stem and bulb nematode Ditylenchus dipsaci has been listed as a quarantine pest by EPPO: without any control, it may cause complete failure of alfalfa crops. Movement of nematodes associated with seeds is considered to be the highest-risk pathway for the spread of this pest. Since the 2010 official withdrawal of methyl bromide in Europe, and in the absence of any alternative chemical, fumigation of contaminated seed batches is no longer possible, which makes the production of nematode-free alfalfa seeds difficult to achieve and leads to unmarketable seed batches. Thermotherapy is being considered as a realistic alternative strategy, but its efficiency still remains to be validated. The combination of the currently available methods (i.e. use of resistant cultivars, seed production according to a certification scheme, mechanical sieving, seed batch inspection) could significantly reduce the likelihood of seed contamination. However, it does not guarantee a total eradication of the nematode. Although it is already widely distributed all over Europe, reclassification of D. dipsaci as a regulated non-quarantine pest to reduce the possibility of further introductions and the rate of spread of this pest appears to be a risky strategy because of the lack of up-to-date documented data to evaluate damage thresholds and determine acceptable tolerance levels.

Published
2014
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24. Demande d’avis relatif à une demande de complément d’analyse de risque phytosanitaire sur le nématode destiges et bulbes ([i]Ditylenchus dipsaci[/i]) sur la luzerne avec élargissement aux autres végétaux réglementés

Author

Castagnone , Philippe, Escobar Gutiérrez , Abraham, Esquibet , Magali, Gentzbittel , Laurent, Mugniery , Didier, Reignault , Philippe, Sarniguet , Corinne, Augustin , Sylvie, Breda , Nathalie, Chauvel , Bruno, Desneux , Nicolas, Jactel , Herve, Laberche , Jean-Claude, Le Bourgeois , Thomas, Lemperiere , Guy, Silvie , Pierre, Steyer , Stéphan, Suffert , Frederic, Verheggen , François, Wetzel , Thierry, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Independent, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Nématologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l'Océan Indien, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Systèmes de Cultures Annuelles (UPR 102 SCA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Sciences du Vivant, Unité Biologie des nuisibles et biovigilance, Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Faculté de Gembloux Agro-Bio Tech, Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, Laboratoire de Virologie Végétale, RLP-Agroscience GmbH/Alplanta-Institute for Plant Research, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Absent, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Contrat : 2013-SA-0155, Superviseur : Charles Manceau, Christine Tayeh, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2014-05-06, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement ( EcoLab (ENSAT-Bat A) ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-PRES Université de Toulouse-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université du Littoral Côte d'Opale ( ULCO ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité de recherche Zoologie Forestière ( UZF ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés ( BioGeCo ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), UR Systèmes de cultures annuels, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, union européenne, liliacées maraichères, bulbe, nématode des tiges et bulbes, liliacées florales, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, directive 2000/29/CE, Ditylenchus dipsaci
Abstract

Saisine liée n°2012-SA-0086 « ARP Ditylenchus dipsaci sur luzerne »; absent

Published
2014

25. Demande d’avis relatif à une demande de complément d’analyse de risque phytosanitaire sur le nématode des tiges et bulbes ([i]Ditylenchus dipsaci[/i]) sur la luzerne avec élargissement aux autres végétaux réglementés: Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective

Author

Castagnone-Sereno, Philippe, Escobar Gutiérrez, Abraham, Esquibet, Magali, Gentzbittel, Laurent, Mugniery, Didier, Reignault, Philippe, Sarniguet, Corinne, Manceau, Charles, Tayeh, Christine, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Retraité, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Anses

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Directive 2000/29/CE, Nématode des tiges et bulbes, Liliacées maraîchères, Bulbes, Union Européenne, Ditylenchus dipsaci, Liliacées florales
Abstract

Ditylenchus dipsaci (Kühn) Filipjev est un organisme nuisible listé dans l’annexe IIA2 de la directive 2000/29/CE (organismes nuisibles, présents dans la Communauté et importants pour toute la Communauté, dont l’introduction et la dissémination doivent être interdites dans tous les États membres s’ils se trouvent sur certains végétaux ou produits végétaux). Des exigences sont donc prévues pour l’introduction et la circulation de végétaux ou de produits végétaux au sein de l’Union Européenne UE (annexes IV-I et IV-II de la directive). Ainsi, pour pouvoir être introduits et circuler sur le territoire de l’UE, les bulbes des genres Tulipa L. et Narcissus L. par exemple (à l’exception de ceux dont l’emballage ou tout autre élément prouve qu’ils sont destinés à la vente directe à des consommateurs finaux non impliqués dans la filière de la fleur coupée ; annexe IVA2), doivent avoir fait l’objet d’une constatation officielle qu’aucun symptôme de D. dipsaci n’a été observé sur les végétaux depuis le début de la dernière période complète de végétation. [Saisine liée n°2012-SA-0086 « ARP Ditylenchus dipsaci sur luzerne » ]

Published
2014

26. The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Eves-van den Akker, Sebastian, primary, Laetsch, Dominik R., additional, Thorpe, Peter, additional, Lilley, Catherine J., additional, Danchin, Etienne G. J., additional, Da Rocha, Martine, additional, Rancurel, Corinne, additional, Holroyd, Nancy E., additional, Cotton, James A., additional, Szitenberg, Amir, additional, Grenier, Eric, additional, Montarry, Josselin, additional, Mimee, Benjamin, additional, Duceppe, Marc-Olivier, additional, Boyes, Ian, additional, Marvin, Jessica M. C., additional, Jones, Laura M., additional, Yusup, Hazijah B., additional, Lafond-Lapalme, Joël, additional, Esquibet, Magali, additional, Sabeh, Michael, additional, Rott, Michael, additional, Overmars, Hein, additional, Finkers-Tomczak, Anna, additional, Smant, Geert, additional, Koutsovoulos, Georgios, additional, Blok, Vivian, additional, Mantelin, Sophie, additional, Cock, Peter J. A., additional, Phillips, Wendy, additional, Henrissat, Bernard, additional, Urwin, Peter E., additional, Blaxter, Mark, additional, and Jones, John T., additional

Published
2016
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27. Analyse de risque phytosanitaire Ditylenchus dipsaci sur luzerne

Author

Castagnone-Sereno, Philippe, Escobar Gutiérrez, Abraham, Esquibet, Magali, Gentzbittel, Laurent, Mugniery, Didier, Reignault, Philippe, Sarniguet, Corinne, Augustin, Sylvie, Bréda, Nathalie, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Jactel, Herve, Laberche, Jean-Claude, Le Bourgeois, Thomas, Lemperière, Guy, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frederic, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Chercheur indépendant, Unité de Chimie Environmentale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de Nématologie, laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes et Communautés, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l'Océan Indien, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest]), UR Systèmes de cultures annuels, Département Sciences du Vivant, Unité Biologie des nuisibles et biovigilance, Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Faculté de Gembloux Agro-Bio Tech, unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, Laboratoire de Virologie Végétale, RLP-Agroscience GmbH/Alplanta-Institute for Plant Research, ARP Ditylenchus dipsaci sur luzerne, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Contrat : 2012-SA-0086, Superviseur : Raphaëlle Mouttet, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2013-04-16, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie FOnctionnelle et Environnement, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Indépendant, Université du Littoral Côte d’Opale ( ULCO ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité de recherche Zoologie Forestière ( UZF ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Ouest] ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Nématologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, risque phytosanitaire, semences, medicago sativa, luzerne, union européenne, directive2000/29/CE, analyse de risque phytosanitaire, semence, nématode des tiges et bulbes, ditylenchus dipsaci, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, analyse de risque, nématode
Abstract

Il est demandé à l’Anses de réaliser une ARP sur le nématode des tiges et bulbes (D.dipsaci) sur luzerne (M. sativa).L’ARP consiste à évaluer, selon des normes internationales1, 2 , les preuves biologiques etautres données scientifiques ou économiques pour déterminer si un organisme nuisibledoit être réglementé (ou déréglementé) et la nature des mesures phytosanitaireséventuelles à prendre à son égard. L’ARP s’attache à évaluer l'importance potentielle d'unorganisme nuisible particulier pour une zone clairement définie. Elle peut être initiée pourune ou plusieurs raisons, les plus fréquentes étant : l’identification d'une filière,l’identification d’un organisme nuisible, l’examen ou la révision d'une politique.

Published
2013

28. Analyse de risque phytosanitaire Ditylenchus dipsaci sur luzerne

Author

Castagnone, Philippe, Escobar Gutiérrez, Abraham, Esquibet, Magali, Gentzbittel, Laurent, Mugniery, Didier, Reignault, Philippe, Sarniguet, Corinne, Augustin, Sylvie, Breda, Nathalie, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Jactel, Herve, Laberche, Jean-Claude, Le Bourgeois, Thomas, Lemperière, Guy, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frederic, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail

Subjects
risque phytosanitaire, union européenne, analyse de risque phytosanitaire, Ditylenchus dipsaci, nématode des tiges et bulbes, Medicago sativa, luzerne, semences, directive2000/29/CE, medicago sativa, semence, ditylenchus dipsaci, Sciences agricoles, Agricultural sciences, analyse de risque, nématode
Published
2013

29. CDNA-AFLP screening for candidate genes differentially expressed in a Solanum clone resistant to Globodera pallida

Author

Jolivet, K., Grenier, Eric, MUGNIERY, Didier, Esquibet, Magali, Fouville, Didier, Rouaux, Claudia, Chauvin, Laura, Ellissèche, Daniel, Kerlan, Marie-Claire, Dantec, J.P., Caromel, Bernard, Bouchet, J.P., Lama, Nadia, Lefebvre, Véronique, Unité de recherches de génétique et amélioration des plantes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité d'amélioration de la pomme de terre et des plantes à bulbes, and Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2005

30. Test biologique pour la détermination du caractère résistant ou sensible de la féverole aux nématodes des tiges et des bulbes, Ditylenchus dipsaci

Author

Esquibet, Magali, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, FEVE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2005

32. Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita

Author

Abad, Pierre, Gouzy, Jerome, Aury, Jean-Marc, Castagnone-Sereno, Philippe, Danchin, Etienne G. J., Deleury, Emeline, Perfus-Barbeoch, Laetitia, Anthouard, Veronique, Artiguenave, Francois, Blok, Vivian C., Caillaud, Marie-Cecile, Coutinho, Pedro M., Da Silva, Corinne, De Luca, Francesca, Deau, Florence, Esquibet, Magali, Flutre, Timothe, Goldstone, Jared V., Hamamouch, Noureddine, Hewezi, Tarek, Jaillon, Olivier, Jubin, Claire, Leonetti, Paola, Magliano, Marc, Maier, Tom R., Markov, Gabriel V., McVeigh, Paul, Pesole, Graziano, Poulain, Julie, Robinson-Rechavi, Marc, Sallet, Erika, Segurens, Beatrice, Steinbach, Delphine, Tytgat, Tom, Ugarte, Edgardo, van Ghelder, Cyril, Veronico, Pasqua, Baum, Thomas J., Blaxter, Mark, Bleve-Zacheo, Teresa, Davis, Eric L, Ewbank, Jonathan J., Favery, Bruno, Grenier, Eric, Henrissat, Bernard, Jones, John T., Laudet, Vincent, Maule, Aaron G., Quesneville, Hadi, Rosso, Marie-Noelle, Schiex, Thomas, Smant, Geert, Weissenbach, Jean, Wincker, Patrick, Abad, Pierre, Gouzy, Jerome, Aury, Jean-Marc, Castagnone-Sereno, Philippe, Danchin, Etienne G. J., Deleury, Emeline, Perfus-Barbeoch, Laetitia, Anthouard, Veronique, Artiguenave, Francois, Blok, Vivian C., Caillaud, Marie-Cecile, Coutinho, Pedro M., Da Silva, Corinne, De Luca, Francesca, Deau, Florence, Esquibet, Magali, Flutre, Timothe, Goldstone, Jared V., Hamamouch, Noureddine, Hewezi, Tarek, Jaillon, Olivier, Jubin, Claire, Leonetti, Paola, Magliano, Marc, Maier, Tom R., Markov, Gabriel V., McVeigh, Paul, Pesole, Graziano, Poulain, Julie, Robinson-Rechavi, Marc, Sallet, Erika, Segurens, Beatrice, Steinbach, Delphine, Tytgat, Tom, Ugarte, Edgardo, van Ghelder, Cyril, Veronico, Pasqua, Baum, Thomas J., Blaxter, Mark, Bleve-Zacheo, Teresa, Davis, Eric L, Ewbank, Jonathan J., Favery, Bruno, Grenier, Eric, Henrissat, Bernard, Jones, John T., Laudet, Vincent, Maule, Aaron G., Quesneville, Hadi, Rosso, Marie-Noelle, Schiex, Thomas, Smant, Geert, Weissenbach, Jean, and Wincker, Patrick

Abstract

© 2008 Nature Publishing Group. This article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike license. The definitive version was published in Nature Biotechnology 26 (2008): 909-915, doi:10.1038/nbt.1482., Plant-parasitic nematodes are major agricultural pests worldwide and novel approaches to control them are sorely needed. We report the draft genome sequence of the root-knot nematode Meloidogyne incognita, a biotrophic parasite of many crops, including tomato, cotton and coffee. Most of the assembled sequence of this asexually reproducing nematode, totaling 86 Mb, exists in pairs of homologous but divergent segments. This suggests that ancient allelic regions in M. incognita are evolving toward effective haploidy, permitting new mechanisms of adaptation. The number and diversity of plant cell wall–degrading enzymes in M. incognita is unprecedented in any animal for which a genome sequence is available, and may derive from multiple horizontal gene transfers from bacterial sources. Our results provide insights into the adaptations required by metazoans to successfully parasitize immunocompetent plants, and open the way for discovering new antiparasitic strategies., SCRI laboratory (V.C.B. and J.T.J.) received funding from the Scottish Government. This work benefited from links funded via COST Action 872. G.V.M. and V.L. are supported by ARC, CNRS, EMBO, MENRT and Region Rhone-Alpes. G.V.M., M.R.-R. and V.L. are also funded by the EU Cascade Network of Excellence and the integrated project Crescendo. M.-C.C. is supported by MENRT.

Published
2008

33. Variabilité de populations du nématode des tiges, Ditylenchus dipsaci sur quelques légumineuses à grosses graines

Author

Caubel, G., Abbad Andaloussi, F., Bekal, S., Bossis, Mathilde, Esquibet, Magali, Sellami, S., ProdInra, Migration, Laboratoire de recherches de la chaire de zoologie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
RELATION HOTE PARASITE, [SDV] Life Sciences [q-bio], DITYLENCHUS DISPACI, [SDV]Life Sciences [q-bio], REPONSE DE LA PLANTE, LEGUMINEUSE A GRAINS, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1998

34. Les nématodes des légumineuses alimentaires à grosses graines dans le bassin méditerranéen

Author

Caubel, G., Abbad Andaloussi, F., Bekal, S., Di Vito, M., Esquibet, Magali, ProdInra, Migration, Laboratoire de recherches de la chaire de zoologie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], LUTTE CULTURALE, [SDV]Life Sciences [q-bio], LEGUMINEUSE A GRAINS, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1998

35. Caractérisation par électrophorèse bidimensionnelle de populations (marocaines et française) de Ditylenchus dipsaci collectées sur féverole

Author

Bossis, Mathilde, Abbad Andaloussi, F., Caubel, G., Esquibet, Magali, Renault, L., Laboratoire de recherches de la chaire de zoologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], CARACTERISTIQUE DU PEUPLEMENT, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1997

36. La résistance variétale pour lutter contre les nématodes : cas de Heterodera schachtii sur betterave et de Ditylenchus dipsaci sur feverole

Author

Caubel, G., Esquibet, Magali, Porte, C., Laboratoire de recherches de la chaire de zoologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], RELATION HOTE PARASITE, [SDV]Life Sciences [q-bio], RESISTANCE AUX ORGANISMES NUISIBLES, RESISTANCE GENETIQUE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1997

37. Le nématode des tiges en culture de légumineuses

Author

Caubel, G., Esquibet, Magali, Laboratoire de recherches de la chaire de zoologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, RESISTANCE
Abstract

National audience

Published
1995

43. Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita

Author

Abad, Pierre, primary, Gouzy, Jérôme, additional, Aury, Jean-Marc, additional, Castagnone-Sereno, Philippe, additional, Danchin, Etienne G J, additional, Deleury, Emeline, additional, Perfus-Barbeoch, Laetitia, additional, Anthouard, Véronique, additional, Artiguenave, François, additional, Blok, Vivian C, additional, Caillaud, Marie-Cécile, additional, Coutinho, Pedro M, additional, Dasilva, Corinne, additional, De Luca, Francesca, additional, Deau, Florence, additional, Esquibet, Magali, additional, Flutre, Timothé, additional, Goldstone, Jared V, additional, Hamamouch, Noureddine, additional, Hewezi, Tarek, additional, Jaillon, Olivier, additional, Jubin, Claire, additional, Leonetti, Paola, additional, Magliano, Marc, additional, Maier, Tom R, additional, Markov, Gabriel V, additional, McVeigh, Paul, additional, Pesole, Graziano, additional, Poulain, Julie, additional, Robinson-Rechavi, Marc, additional, Sallet, Erika, additional, Ségurens, Béatrice, additional, Steinbach, Delphine, additional, Tytgat, Tom, additional, Ugarte, Edgardo, additional, van Ghelder, Cyril, additional, Veronico, Pasqua, additional, Baum, Thomas J, additional, Blaxter, Mark, additional, Bleve-Zacheo, Teresa, additional, Davis, Eric L, additional, Ewbank, Jonathan J, additional, Favery, Bruno, additional, Grenier, Eric, additional, Henrissat, Bernard, additional, Jones, John T, additional, Laudet, Vincent, additional, Maule, Aaron G, additional, Quesneville, Hadi, additional, Rosso, Marie-Noëlle, additional, Schiex, Thomas, additional, Smant, Geert, additional, Weissenbach, Jean, additional, and Wincker, Patrick, additional

Published
2008
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46. The evolution of the Gp-Rbp-1 gene in Globodera pallida includes multiple selective replacements.

Author

CARPENTIER, JEAN, ESQUIBET, MAGALI, FOUVILLE, DIDIER, MANZANARES-DAULEUX, MARIA J., KERLAN, MARIE-CLAIRE, and GRENIER, ERIC

Subjects
*GLOBODERA pallida, *NEMATODE genetics, *HOST plants of nematodes, *POTATO disease & pest resistance, *CLIMATE change, *AGROBACTERIUM, *PLANT defenses
Abstract

SUMMARY The Globodera pallida SPRYSEC Gp-Rbp-1 gene encodes a secreted protein which induces effector-triggered immunity (ETI) mediated by the Solanum tuberosum disease resistance gene Gpa2. Nonetheless, it is not known how the Andes orogeny, the richness in Solanum species found along the Cordillera or the introduction of the nematode into Europe have affected the diversity of Gp-Rbp-1 and its recognition by Gpa2. We generated a dataset of 157 highly polymorphic Gp-Rbp-1 sequences and identified three Gp-Rbp-1 evolutionary pathways: the 'Northern Peru', 'Peru clade I/European' and 'Chilean' paths. These may have been shaped by passive dispersion of the nematode and by climatic variations that have influenced the nature and diversity of wild host species . We also confirmed that, by an analysis of the selection pressures acting on Gp-Rbp-1, this gene has evolved under positive/diversifying selection, but differently among the three evolutionary pathways described. Using this extended sequence dataset, we were able to detect eight sites under positive selection. Six sites appear to be of particular interest because of their predicted localization to the extended loops of the B30.2 domain and/or support by several computational methods. The P/S 187 position was previously identified for its effect on the interaction with GPA2. The functional importance of the other five amino acid polymorphisms observed was investigated using Agrobacterium transient transformation assays. None of these new residues, however, appears to be directly involved in Gpa2-mediated plant defence mechanisms. Thus, the P/S polymorphism observed at position 187 remains the sole variation sufficient to explain the recognition of Gp-Rbp-1 by Gpa2. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2012
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47. The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence

Author

Eves-Van Den Akker, Sebastian, Laetsch, Dominik R, Thorpe, Peter, Lilley, Catherine J, Danchin, Etienne GJ, Da Rocha, Martine, Rancurel, Corinne, Holroyd, Nancy E, Cotton, James A, Szitenberg, Amir, Grenier, Eric, Montarry, Josselin, Mimee, Benjamin, Duceppe, Marc-Olivier, Boyes, Ian, Marvin, Jessica MC, Jones, Laura M, Yusup, Hazijah B, Lafond-Lapalme, Joël, Esquibet, Magali, Sabeh, Michael, Rott, Michael, Overmars, Hein, Finkers-Tomczak, Anna, Smant, Geert, Koutsovoulos, Georgios, Blok, Vivian, Mantelin, Sophie, Cock, Peter JA, Phillips, Wendy, Henrissat, Bernard, Urwin, Peter E, Blaxter, Mark, and Jones, John T

Subjects
Virulence, Genome sequence, Horizontal gene transfer, Plant-parasitic nematode, Effectors, 3. Good health
Abstract

BACKGROUND: The yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, is a devastating plant pathogen of global economic importance. This biotrophic parasite secretes effectors from pharyngeal glands, some of which were acquired by horizontal gene transfer, to manipulate host processes and promote parasitism. G. rostochiensis is classified into pathotypes with different plant resistance-breaking phenotypes. RESULTS: We generate a high quality genome assembly for G. rostochiensis pathotype Ro1, identify putative effectors and horizontal gene transfer events, map gene expression through the life cycle focusing on key parasitic transitions and sequence the genomes of eight populations including four additional pathotypes to identify variation. Horizontal gene transfer contributes 3.5 % of the predicted genes, of which approximately 8.5 % are deployed as effectors. Over one-third of all effector genes are clustered in 21 putative ‘effector islands’ in the genome. We identify a dorsal gland promoter element motif (termed DOG Box) present upstream in representatives from 26 out of 28 dorsal gland effector families, and predict a putative effector superset associated with this motif. We validate gland cell expression in two novel genes by in situ hybridisation and catalogue dorsal gland promoter element-containing effectors from available cyst nematode genomes. Comparison of effector diversity between pathotypes highlights correlation with plant resistance-breaking. CONCLUSIONS: These G. rostochiensis genome resources will facilitate major advances in understanding nematode plant-parasitism. Dorsal gland promoter element-containing effectors are at the front line of the evolutionary arms race between plant and parasite and the ability to predict gland cell expression a priori promises rapid advances in understanding their roles and mechanisms of action.

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