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Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus. Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano. Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

Prochilodus lineatus is a species of migratory fish widely distributed in the Paraná River basin, found mainly in the Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers located in a well-developed region of the state of São Paulo. This study analyzes the genetic diversity and population structure in shoals of P. lineatus based on temporal analysis of specimens sampled over the years 2003, 2005, 2006, 2009, 2010, and 2015 in the Mogi-Guaçu River, São Paulo, at the region of Cachoeira de Emas. Genetic analysis performed using the D-Loop and seven microsatellite marker revealed significant genetic variability in all sampled groups. Moderate levels of structuring between groups were identified with the microsatellite markers (Fst = 0.14), while the mitochondrial marker did not reveal patterns of genetic structuring (Fst = 0.01). The genetic variability fluctuated over time, characterizing patterns of structuring among the analyzed samples. The occurrence of environmental alterations resulting in increased mortality rates, as well as changes in the water level in the ecosystem, among other factors, could determine changes in the reproductive behavior of species. The lack of favorable environmental conditions for reproduction in the basin, as reflected by tests of population bottlenecks, could have resulted in the differentiation of populations of P. lineatus over time. Resumo Prochilodus lineatus é uma espécie de peixe migratório amplamente distribuído na bacia do rio Paraná, principalmente nos rios Grande, Pardo e Mogi-Guaçu localizados em uma região bem desenvolvida do estado de São Paulo. Este estudo analisou a diversidade genética e a estrutura populacional em cardumes de P. lineatus com base na análise temporal de espécimes amostrados ao longo dos anos de 2003, 2005, 2006, 2009, 2010 e 2015 na Cachoeira de Emas no rio Mogi-Guaçu, São Paulo, Brasil. A análise genética realizada com o marcador D-Loop e sete microssatélites revelou variabilidade genética significativa em todos os grupos amostrados. Níveis moderados de estruturação entre os grupos foram identificados com os marcadores microssatélites (Fst = 0.14), enquanto o marcador mitocondrial não revelou padrões de estruturação genética (Fst = 0.01). A variabilidade genética identificada no estoque oscilou ao longo do tempo, caracterizando padrões de estruturação entre as amostras analisadas. A ocorrência de alterações ambientais resultando em aumento das taxas de mortalidade, bem como mudanças no nível de água no ecossistema, entre outros fatores, podem determinar mudanças no comportamento reprodutivo das espécies. A falta de condições ambientais favoráveis para a reprodução na bacia, pode ter resultado na diferenciação das populações de P. lineatus ao longo do tempo.

The white-crowned parrot Pionus senilis (von Spix, 1824) is distributed throughout Middle America, inhabiting the Gulf of Mexico coastal area from Tamaulipas (Mexico) to northern Panama. We used mitochondrial data (COI, ND2 and ND4) from 55 specimens to infer phylogenetic relationships, and analyzed the phylogeographic structure, genetic diversity, divergence periods, and historical demography to explore phylogeographic patterns. We found three divergent lineages: two geographically separated by the Isthmus of Tehuantepec, and the third, in Costa Rica by the Nicaragua Depression. The analysis of molecular variance and statistical analyses were consistent with genetically distinct populations. The Central American lineage diverged 1.33 million years ago, whereas the other two lines branched off 1.19 million years ago. This phylogenetic pattern has been reported in other species of Middle American birds. Resumo A curica-de-testa-branca Pionus senilis (von Spix, 1824) está distribuída por toda a América Central, habitando a área costeira do Golfo do México de Tamaulipas (México) ao norte do Panamá. Usamos dados mitocondriais (COI, ND2 e ND4) de 55 espécimes para inferir relações filogenéticas e analisamos a estrutura filogeográfica, diversidade genética, períodos de divergência e demografia histórica para explorar padrões filogeográficos. Encontramos três linhagens divergentes: duas geograficamente separadas pelo Istmo de Tehuantepec, e a terceira, na Costa Rica pela Depressão da Nicarágua. A análise de variância molecular e as análises estatísticas foram consistentes com populações geneticamente distintas. A linhagem da América Central divergiu há 1.33 milhão de anos, enquanto as outras duas linhas se ramificaram há 1.19 milhão de anos. Este padrão filogenético foi relatado em outras espécies de aves da América Central.

O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética entre 4 raças brasileiras (145 animais) e 15 bovinos norte-americanos (269 animais), utilizando 34 marcadores microssatélites. As amostras dos Estados Unidos representaram uma ampla distribuição geográfica, enquanto as amostras brasileiras foram da região centro-norte. Os resultados mostraram que o grau de diferenciação entre as raças estudadas indica baixo fluxo gênico entre as populações analisadas, o que demonstra isolamento reprodutivo. Também é óbvia a grande variação entre indivíduos (75 %) e pequena variação entre raças (25 %), principalmente entre as raças norte-americanas. Bovinos agrupados de acordo com suas origens geográficas. O trabalho envolvendo raças adaptadas localmente é escasso, uma vez que esses animais não são tão produtivos quanto as raças comerciais em uso hoje. A diferenciação genética foi considerada substancial, sugerindo que existe uma gama de oportunidades para usar esses recursos no contexto do Hemisfério Ocidental. Todos os métodos de avaliação das diferenças genéticas entre Curraleiro Pé-Duro e outras raças sugerem que a heterose pode ser obtida usando esta raça em programas de cruzamento. A ?Distância Genética Molecular? entre as raças bovinas poderia ser usada como referência para escolha em acasalamentos, com vistas aos ganhos proporcionados pela heterose quanto a adaptabilidade, precocidade, bom desempenho ponderal, boa produção de carne e boa interação com o meio ambiente para produção sustentável da pecuária em ambos os países, Brasil e Estados Unidos. Made available in DSpace on 2022-03-23T07:08:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DistanciaGeneticaBovinosCurraleiroALPA30.2022.pdf: 851086 bytes, checksum: b0e62a7c4692e8bb5b3215ae65c573f4 (MD5) Previous issue date: 2022

Selenicereus megalanthus H. is a tropical fruit belonging to the family Cactaceae, is rich in essential nutrients, antioxidants and bioactive components. It presents wide variability in different characteristics and a great demand in the market; however, genetic studies in Colombia are scarce. The main of this study was to characterize the genetic diversity of 76 yellow pitahaya genotypes with eight ISSR markers. Genetic parameters expected average heterozygosity (He), percentage of polymorphic loci, genetic distances and Fst were estimated with TFPGA. The analysis of the population genetic structure was carried out with the STRUCTURE 2.3.4. As a result, 225 alleles were generated and the number of polymorphic loci ranged 85 (CT, AG) to 90 (GT). High genetic diversity was found, with an average value of heterozygosity was 0.34 with a genetic differentiation coefficient (Fst) of 0.26, indicating that there was a great genetic diversity, similar values than those reported in other studies of pitahaya genetic diversity in Colombia. The 76 genotypes were grouped into K=3 according to geographic location, however, in some groups a mixture of individuals from different origins was observed. The analysis of molecular variance (AMOVA) showed higher variation (75%) within groups than among groups (25%). These results provide information that can be used to develop conservation strategies for dragon fruit and breeding programs to obtain more productive pitahaya genotypes with superior quality, high yield and with resistance to biotic and abiotic factors. Resumo Selenicereus megalanthus H. é uma fruta tropical pertencente à família Cactaceae, rica em nutrientes essenciais, antioxidantes e componentes bioativos. Apresenta grande variabilidade em diferentes características e uma grande demanda no mercado; no entanto, os estudos genéticos na Colômbia são escassos. O principal deste estudo foi caracterizar a diversidade genética de 76 genótipos de pitahaya amarela com oito marcadores ISSR. Parâmetros genéticos esperados de heterozigosidade média (He), porcentagem de locos polimórficos, distâncias genéticas e Fst foram estimados com TFPGA. A análise da estrutura genética da população foi realizada com a ESTRUTURA 2.3.4. Como resultado, 225 alelos foram gerados e o número de loci polimórficos variou de 85 (CT, AG) a 90 (GT). Foi encontrada alta diversidade genética, com um valor médio de heterozigosidade de 0,34 com coeficiente de diferenciação genética (Fst) de 0,26, indicando que havia uma grande diversidade genética, valores semelhantes aos relatados em outros estudos de diversidade genética de pitahaya na Colômbia. Os 76 genótipos foram agrupados em K = 3 de acordo com a localização geográfica, porém, em alguns grupos foi observada uma mistura de indivíduos de diferentes origens. A análise de variância molecular (AMOVA) mostrou maior variação (75%) dentro dos grupos do que entre os grupos (25%). Esses resultados fornecem informações que podem ser utilizadas para desenvolver estratégias de conservação da fruta do dragão e programas de melhoramento para a obtenção de genótipos de pitahaya mais produtivos, com qualidade superior, alto rendimento e com resistência a fatores bióticos e abióticos.

Orientador: Vera Nisaka Solferini Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A fragmentação do habitat é o processo pelo qual uma área contínua pode ser tanto reduzida quanto dividida em áreas menores, chamadas de fragmentos. Conforme as paisagens florestais tornam-se fragmentadas, as populações são reduzidas, diminuindo a diversidade de espécies. A perda de espécies pode ser devido à redução da área, à perda de heterogeneidade ambiental e à perda de variabilidade genética. Em plantas, as conseqüências genéticas da fragmentação do habitat são mais complexas devido a características da história de vida de cada espécie. Em espécies arbóreas pioneiras, a extinção e a recolonização podem aumentar o fluxo gênico e reduzir a diferenciação entre as populações. Assim, estudos de genética de populações de ambientes fragmentados permitiriam entender quais são os mecanismos que envolvem desde a dinâmica destas populações nestes ambientes e o fluxo gênico entre elas. Através da eletroforese de isozimas, Croton floribundus (Euphorbiaceae) foi estudada em seis remanescentes de Mata Atlântica, pertencentes à Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídio, Campinas, SP. Os objetivos deste trabalho foram investigar e comparar a variabilidade genética entre e dentro de fragmentos, de adultos e jovens de C. floribundus, fazendo inferências sobre o fluxo gênico e sua importância em uma paisagem fragmentada. Amostras de adultos e jovens foram coletadas e analisadas através das estimativas de variabilidade genética intrapopulacional e dos níveis de estruturação populacional a partir das estatísticas-F de Wright (parâmetro q). Os altos índices de diversidade genética e pouca diferenciação genética entre as amostras estudadas indicam que C. floribundus consiguiu manter a variabilidade genética de suas populações em curto prazo, sob condições de paisagem antropizada. Foi observada uma alta variabilidade genética e um alto índice de endocruzamento que podem ser explicados pelas características da história de vida de C. floribundus. A fragmentação recente, o número limitado de gerações transcorridas após a fragmentação, a dominância na paisagem, a alta densidade de indivíduos e à ocorrência de fluxo gênico entre fragmentos mais próximos podem ter facilitado a manutenção da variabilidade genética e a baixa diferenciação entre as amostras de adultos e jovens de C. floribundus estudadas Abstract: Habitat fragmentation is the process during which a large and continuous area is reduced or divided in small patches, called remnants. As forest landscapes are fragmented, their populations are reduced, so the species diversity. The loss of species may be due to the reduction of the area, of the environmental heterogeneity and of the genetic variability. In plants, the genetic consequences of habitat fragmentation are complex due to the particularities of the of each species¿ life history. In pioneer species, recurrent events of extinction and recolonization can promote gene flow and reduce the differentiation between populations. Thus, genetic studies of fragmented populations may help to understand the mechanisms involved in the dynamics of these populations as well as the levels of gene flow among them. Through electrophoretic procedures, Croton floribundus (Euphorbiaceae) was studied in six remnants of Atlantic Forest, belonging to the Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídio, Campinas, SP. The objectives of this study were to investigate and compare the genetic variability within and among samples of adults and juveniles of C. floribundus, making inferences about the levels of gene flow and its importance in a fragmented landscape. Samples were collected and analyzed through estimates of intrapopulacional genetic variability and levels of population estrutucture. The high populational genetic diversity and the low genetic differentiation between the studied samples indicate that populations of C. floribundus keep their genetic variability in a short term, under the conditions of a disturbed landscape. The high genetic variability and the high levels of inbreeding can be explained by the life history characteristics of C. floribundus. The recent fragmentation, with a limited number of generations, the abundance of this species in the landscape, the high density of individuals and the occurrence of gene flow between close remnants may mantain of the high genetic variability and the low differentiation among the studied samples of adults and juveniles of C. floribundus Mestrado Genética Animal e Evolução Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Maria Imaculada Zucchi, Ricardo Ribeiro Rodrigues Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A degradação ecológica e o desflorestamento são processos que se iniciaram há muito tempo e cuja história confunde-se com a da agricultura. A Mata Atlântica é a segunda maior floresta tropical em ocorrência e importância na América do Sul, possuindo grande diversidade biológica e altos níveis de endemismo. A ocupação desordenada da Mata Atlântica causou sua redução a 11,26% de sua área original, com distribuição de forma fragmentada pelo território brasileiro. A destruição da Mata Atlântica tem resultado na eliminação de muitas populações e, potencialmente, na erosão da diversidade genética de diversas espécies. Essa combinação de alto endemismo e forte ameaça de extinção, faz com que a Mata Atlântica seja considerada um hotspot para a conservação. Nas últimas décadas a recuperação de ecossistemas degradados recebeu a atenção da comunidade científica, dando origem ao campo do conhecimento chamado Ecologia da Restauração, que se dedica aos estudos teóricos dos princípios, práticas, resultados e conseqüências de projetos de restauração. O estudo e monitoramento de áreas de restauração florestal é essencial para melhorar as técnicas de restauração em ecossistemas tropicais e subtropicais. Para que uma determinada espécie se perpetue em uma área em processo de restauração, é preciso que a mesma desenvolva todo o seu ciclo de vida e que gerem descendentes capazes de se desenvolver a ponto de substituir as árvores mães quando as mesmas entrarem em senescência. Por isso há a necessidade de se estudar a variabilidade genética de populações arbóreas dentro de áreas de floresta restaurada, assim como a ocorrência e efetividade do fluxo gênico entre estas áreas e os fragmentos de seu entorno. Neste trabalho, estudamos a variabilidade genética de Myroxylon peruiferum L. f., em duas diferentes áreas de restauração florestal e em duas áreas de remanescentes naturais de Floresta Estacional Semidecidual. Nossos resultados indicam que as restaurações florestais de Cosmópolis e Iracemápolis conservam diversidades genéticas HE e alélicas semelhantes às de remanescentes naturais. A principal diferença entre áreas naturais e restauradas foi a menor riqueza de alelos endêmicos nestas últimas o que é um efeito de amostragem que favorece a perda de alelos raros. A área de restauração florestal mais antiga em Cosmópolis apresentou uma estruturação genética espacial compatível com a de áreas naturais. O mesmo não ocorreu com a restauração mais recente de Iracemápolis. Observou-se a ocorrência de estruturação genética local nas áreas naturais e na área de restauração mais antiga e indícios de fluxo gênico entre os áreas nativas e restauradas. Um estudo adicional do efeito de amostragem sobre as freqüências alélicas demonstrou o fenômeno de perda de alelos com baixa freqüência em eventos de amostragem. O mesmo trabalho indicou que uma amostra de cerca de 30 indivíduos é capaz de representar adequadamente alelos com freqüências acima de 0,05; sendo este um bom número a se considerar na seleção de matrizes para fornecimento de mudas para restauração florestal Abstract: Ecological degradation and deforestation are processes that started long ago and whose history is intertwined with that of agriculture. Atlantic Forest is the second largest rainforest in occurrence and importance in South America, having great biological diversity and high levels of endemism. Disordered occupation of Atlantic Forest caused its reduction to 11.26% of the original area, with distribution in forest fragments poorly conected across the Brazilian territory. Destruction of the Atlantic Forest has resulted in the elimination of many populations and potentially the erosion of genetic diversity of several species. This combination of high endemism and strong threat of extinction causes the Atlantic Forest to be considered a hotspot for conservation. In the last decades recovery of degraded ecosystems has received attention from the scientific community giving birth to an new area of knowledge called the Restoration Ecology. The study and monitoring of areas of forest restoration is essential to improve restoration techniques in tropical and subtropical ecosystems. For a given species to perpetuate itself in an area undergoing a restoration process, it needs to develop its whole life cycle and generates progeny capable of developing to the point of replacing mothers trees when they die. Therefore there is a need to study the genetic variability of tree populations within areas of restored forest, as well as the occurrence and effectiveness of gene flow between these areas and surrounding fragments. We studied the genetic variability of Myroxylon peruiferum L. f., in two different areas of forest restoration and in two areas of natural remnants of semideciduous forest. Our results indicates that restorations in Cosmopolis and Iracemápolis conserve genetic and allelic diversity HE similar to that of natural remnants. The main difference between natural and restored areas was the lowest richness of endemic alleles which is the result of a sampling effect that favors the loss of rare alleles. The area of older forest restoration in Cosmopolis presented a spatial genetic structure consistent with natural areas. This did not occur with the newer restoration in Iracemápolis. We observed the occurrence of local genetic structure in natural areas and in the area of older restoration and evidence of gene flow between native and restored areas. An additional study about the effect of sampling size on allele frequencies showed the phenomenon of loss of low frequency alleles in sampling events. The same study found that a sample of about 30 individuals are able to adequately represent alleles with frequencies above 0.05; this is a good number to consider in selecting matrix trees to supply seedlings for forest restoration Doutorado Genética Vegetal e Melhoramento Doutor em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Vera Nisaka Solferini, John Wakeley Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A estrutura populacional é um dos principais fatores moldando os padrões de variabilidade genética no tempo e no espaço. Devido às flutuações climáticas que ocorreram durante o período Quaternário, muitas espécies podem ter sofrido redução e fragmentação populacional, ficando restritas a "refúgios" durante períodos glaciais e se expandindo novamente durante os interglaciais. Isto tem sido utilizado para explicar alguns padrões encontrados nas espécies atualmente. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento e estudo de modelos para auxiliar na compreensão das conseqüências genéticas de mudanças cíclicas na estruturação e tamanho populacionais, como as que teriam ocorrido ao longo das flutuações climáticas do Quaternário. A redução populacional é capaz de causar redução do tamanho efetivo populacional, do tempo médio de coalescência e da variabilidade genética, ao passo que um aumento na subdivisão populacional pode ter o efeito oposto. Para investigar estes efeitos opostos, foram estudados dois modelos, ambos com alternância de duas fases correspondendo aos períodos glaciais e interglaciais. Em ambos os modelos permitiram-se mudanças na estrutura populacional, além de mudanças no tamanho populacional, de uma maneira cíclica. No primeiro modelo, fases totalmente panmíticas alternaram-se com fases totalmente estruturadas. A partir deste modelo, obteve-se uma expressão para a esperança do tempo de coalescência de duas seqüências e, a partir desta, uma expressão para a esperança do número de sítios polimórficos. Tanto o aumento do número de demes quanto da duração das fases estrutura das causaram um aumento do tempo de coalescência e dos níveis de variabilidade genética. Os resultados obtidos foram comparados com os que seriam esperados para uma população panrnítica de tamanho constante. Verificou-se que a estruturação pode superar o efeito da redução populacional durante os períodos glaciais. Especificamente, o número médio de sítios polimórficos pode ser maior no modelo proposto, mesmo quando o támanho populacional é muito reduzido durante as fases estruturadas. No segundo modelo, permitiu-se subdivisão populacional de acordo com o modelo de finitas ilhas em ambas as fases, com migração. O tamanho populacional, a taxa de migração e o número de demes variaram entre as fases. Para este modelo, além de uma expressão para a o tempo médio de coalescência, obteve-se também uma expressão para a distribuição dos tempos de coalescência de duas seqüências. As distribuições observadas foram muito diferentes do que seria esperado para uma população panrnítica de tamanho constante. Um tamanho populacional reduzido durante os períodos glaciais causou descontinuidades e picos múltiplos na distribuição dos tempos de coalescência, bem como uma redução dos tempo médios. O aumento da estrutura populacional, através da redução da taxa de migração, aumentou os tempos médios e atenuou os picos da distribuição. O tempo médio de coalescência, em geral, também aumentou em decorrência de um maior número de demes durante os períodos glaciais. Os resultados encontrados ajudam na compreensão das conseqüências genéticas de ciclos glaciais e, em especial, da importância da estrutura populacional na manutenção da variabilidade genética. Além' disso, oferecem uma possível explicação para padrões genéticos observados em muitas espécies em que genealogias gênicas muito longas são econtradas, com o ancestral comum mais recente antecedendo em muito ao último período glacial Abstract: Population structure is one of the major factors shaping the pattems of genetic variation across time and space. Due to the climatic fluctuations of the Qua terna ry, several species may have suffered population reduction and fragmentation, becoming restricted to refugia during glacial periods and expanding again during interglacials. This has been used to explain some patterns currently observed in several species. The present work consisted in the development and study of models to help understand the genetic consequences of cyclic changes in population structure and size, such as the ones that may have occurred throughout the climatic fluctuations of the Quatemary. Population reduction may cause reduction in population effective size, mean coalescence time and genetic variation; whereas an increase in population subdivision may have the opposite effect. In order to investigate these two opposite effects, two models were studied, both with two alternating phases, corresponding to the glacial and interglacial periods. Both models included changes in population structure, besides those in population size, in a cyclic manner. In the first model, completely panrnictic phases were alternated with completely structured ones. Based on this model, an expression was derived for the expectation of coalescence times of two sequences and, from this, an expression for the expectation of the number of segregating sites. Both an increase in the number of demes and in the duration of the structured phases caused an increase in coalescence times and levels of genetic variation. The results obtained were compared to what would be expected for a panrnictic population of constant size. It was verified that population structure may outhweigh the effect of population reduction during glacial periods. Specifically, the mean number of segregating sites can be greater in the proposed model, even when population size is quite reduced during the structured phases. In the second mode!, population subdivision was allowed in both phases' - according the finite island model with migration. Population size, migration rate and number of demes varied between phases. For this model, besides an expression for the mean coalescence time, an expression for the distribution of coalescence times was also obtained. The distributions observed were quite different from what would be expected for a panrnictic population of constant size. Population reduction during glacial periods caused discontinuities and multiple peaks in the distribution of coalescence times, as well as a reduction in the expected times. An increase in population structure, through reducing migration rates, increased the mean times and attenuated the peaks of the distribution. Mean coalescence times, in general, also increased with a greater number of demes during glacial periods. The results obtained help understand the genetic consequences of glacial cycles, and, especially, point to the importance of population structure for the maintenance of genetic varlation. Besides, they offer a potential explanation for the genetic pattems observed in several species, for which long gene genealogies are observed, with the most recent ancestor predating by far the last glacial period Doutorado Genética Animal e Evolução Doutor em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: João Aristeu da Rosa, Carlos Eduardo Almeida Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Triatoma sherlocki, espécie primeiramente coletada por Cerqueira, 1975, tem distribuição registrada na região do município de Gentio do Ouro, Centro Norte do Estado da Bahia, Brasil. Populações intradomiciliares dessa espécie foram encontradas em um assentamento de garimpo em Gentio do Ouro, conhecido como Encantado. Em sua localidade tipo (Santo Inácio) invasões domiciliares são frequentes, mas não foi constatado qualquer indício de domiciliação, portanto informações sobre a sua biologia e aspectos epidemiológicos quanto à transmissão de Trypanosoma cruzi se fazem necessárias. O objetivo central deste trabalho foi verificar se o fator genético poderia estar envolvido no processo de domiciliação de T. sherlocki e se as populações provenientes de ambientes antropizados poderiam apresentar identidade genética. Coletas em ambientes estritamente silvestres e em áreas antropizados nas localidades Santo Inácio e Encantado foram efetuadas entre 2008 e 2009. A análise da variabilidade genética das populações coletadas de T. sherlocki foi verificada por meio de sequenciamento de um fragmento do gene mitocondrial Citocromo B e a estrutura genética foi avaliada utilizando Análise de Variância Molecular (AMOVA). Exemplares de T. sherlocki foram coletados em nove localidades, duas antrópicas, denominadas "Encantado 1" e "Santo Inácio 1", e as demais estritamente silvestres denominadas "Encantado 2", "Santo Inácio 2", "Gentio do Ouro 1", "Gentio do Ouro 2", "Gentio do Ouro 3", "Gentio do Ouro 4" e "Gentio do Ouro 5". Somente na localidade de "Encantado 1" existem registros de capturas de ninfas e adultos no intradomicílo. Em Santo Inácio 1, segundo a Secretaria de Saúde de Gentio do Ouro, casos de invasões esporádicas são frequentes apenas por exemplares adultos. Foram obtidas 292 sequências de 565 pares de bases do fragmento do gene mitocondrial Cit B e 63 haplótipos foram encontrados. Os valores de diversidade haplotípica variaram de 0.602 para a localidade "Gentio do Ouro 4" até 0.820 para a localidade "Gentio do Ouro 2". Os resultados obtidos por AMOVA demonstraram que o agrupamento de populações por distância geográfica variou mais entre os grupos (11.13%) do que entre populações dentro dos grupos (2.83%). As análises baseadas em agrupamentos ecológicos, isto é, silvestres versus antrópicos, variaram em 13.39% entre as populações dentro desses grupos, portanto, sem estruturação genética para esses agrupamentos. Esses resultados não suportam a hipótese de dispersão passiva para a formação de colônias intradomiciliares em Encantado 1 a partir de Santo Inácio 1 e sugerem que a colonização das habitações em Encantado 1 ocorre a partir de focos silvestres adjacentes. Como as populações de Encantado 1 e 2 apresentaram relativo grau de diferenciação genética quando comparadas às demais, a possibilidade do fator genético estar envolvido na colonização dos domicílios em Encantado deve ser considerada. As análises de populações de T. juazeirensis e de T. melanica, membros do complexo T. brasiliensis, foram conduzidas com a mesma abordagem utilizada para o estudo da estrutura genética de T. sherlocki. A variação entre as populações T. sherlocki e T. melanica são compatíveis com a diferenciação intraespecífica, ao passo que para T. juazeirensis encontrou-se alta diferenciação genética entre populações da Localidade Tipo (Juazeiro) em relação às populações da região Centro Norte do Estado da Bahia, indicando um possível processo de isolamento reprodutivo Abstract: Triatoma sherlocki, a specie first collected by Cerqueira, 1975, it is registered in the municipality of Gentio do Ouro region North Central from Bahia State, Brazil. Household population of T. sherlocki were found in a small artisan quarry-mining community in the municipality of Gentio do Ouro, known as Encantado. From the type locality (Santo Inácio) home invasions are common, but did not report any evidence of domestication, therefore information about its biology and epidemiology aspects in relation to the transmission of Chagas disease are needed. The main objective of this study was to determine if the genetic factor might be involved in the process of domestication of this specie and if the populations from anthropized environments could present genetic identity. Collected from wild strictly and anthropized environmental in the localities Santo Inácio and Encantado were performed between 2008 and 2009. The analysis of genetic variability of populations collected was verified by sequencing of fragment of the mitochondrial gene Cytochrome B and the genetic structure was evaluated by using analysis molecular variance (AMOVA). Specimens of the T. sherlocki were collected in nine locations, two anthropogenics, denominated "Encantado 1" and "Santo Inácio 1", and the others wild strictly denominated "Encantado 2", "Santo Inácio 2", "Gentio do Ouro 1", "Gentio do Ouro 2", "Gentio do Ouro 3", "Gentio do Ouro 4" and "Gentio do Ouro 5". Only in the Encantado 1 locality were collected nymphs and adults in households. In Santo Inácio 1 according the Health Secretary from Gentio do Ouro, Bahia, sporadic invasions are frequent and only adults were collected in households. 292 sequences of 565 bases pairs of the fragment mitochondrial gene Cyt B were obtained and 63 haplotypes were founded. Haplotype diversity values ranged from 0.602 in the "Gentio do Ouro 4" locality to 0.820 in the "Gentio do Ouro 2" locality. The results of AMOVA showed that the population grouping based on geographical distance resulted in a greater variation between groups (11.13%) than among populations within groups (2.83%). When performed the analysis based on groupings ecologic, ie, localities wild strictly vs. anthropized localities, where specimens household are observed, there was no significance for the variation between groups, which showed 13.39% of variation among populations within groups. These results rule out the hypothesis of passive spread to formation of household colonies in Encantado 1 from Santo Inácio 1, suggesting that colonizations of houses in Encantado 1 occurs from adjacent foci wild. As the populations Encantado 1 and 2 presented relative degree of genetic differentiation when compared to other populations, the possibility that the genetic factor is involved in the colonization of houses in Encantado should be considered. Analysis of populations of T. juazeirensis and T. melanica, others members of the Triatoma brasiliensis complex that occur in the Bahia State, was also conducted with the same approach for the inferences about the genetic structure of T. sherlocki. The variation between T. sherlocki and T. melanica populations are consistent with intraspecific differentiation, whereas T. juazeirensis found a high genetic differentiation between populations from the Type Locality (Juazeiro) in relation to the populations of the North Central region of Bahia State, indicating a possible process of reproductive isolation Doutorado Parasitologia Doutor em Parasitologia

Orientador: Vera Nisaka Solferini Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A estrutura genética de populações marinhas pode ser avaliada de dois modos: espacial e temporal. Nesse ambiente, fatores diferentes funcionam como barreiras ao fluxo gênico para espécies distintas, apesar da expectativa de que animais com grande capacidade de dispersão apresentem populações panmíticas ao longo de sua distribuição. Echinolittorina lineolata (D¿Orbigny 1840) é um gastrópode comum na costa brasileira e que apresenta larvas com elevada capacidade de dispersão, sendo um interessante modelo para avaliar estrutura genética em ambiente marinho. Este trabalho utilizou abordagens espacial e temporal para avaliar a variabilidade genética e a estrutura populacional de E. lineolata em duas praias do estado de São Paulo. Quatro coletas de juvenis dessa espécie foram feitas em intervalos de 40 dias; três regiões do DNA mitocondrial foram utilizadas como marcadores moleculares, sendo duas regiões do gene citocromo-b (Cyt-b) e uma do gene citocromo oxidase I (CO-1). Os índices de diversidade haplotípica e nucleotídica foram baixos, o que é semelhante a outras espécies marinhas. Redes de haplótipo, análises de variância molecular e a estatística FST evidenciaram estrutura genética entre amostras das duas praias (espacial) e entre amostras das quatro coletas (temporal). Dois fatores foram considerados como prováveis geradores da estrutura genética observada nesses juvenis de E. lineolata: variações geográficas ou oceanográficas locais e variância no sucesso reprodutivo Abstract: The genetic structure of marine populations can be evaluated by two modes: spatial and temporal. In this environment, different factors work as barriers to gene flow for different species, although animals with high dispersal ability are expected to present panmitic populations along their range. Echinolittorina lineolata (D¿Orbigny 1840) is a common gastropod on the Brazilian coast and has larvae with high dispersal ability, being an interesting model to evaluate genetic structure in the marine environment. This work used spatial and temporal approaches to evaluate the genetic variability and population structure of E lineolata in two beaches of the São Paulo state. Four collections of juveniles were done in 40-days intervals; three regions of the mitochondrial DNA were used as molecular markers: two from cytochrome-b gene (Cyt-b) and one from cytochrome oxidase I gene (CO-1). The haplotype and nucleotide diversity indexes were low, similar to other species. Haplotype networks, analyses of molecular variance and FST statistics indicated genetic structure among the two beaches¿ samples (spatial) and among the four collections¿ samples (temporal). Two factors were considered as likely drivers of the observed genetic structure on these juveniles: local geographic or oceanographic variations and variance in the reproductive success Mestrado Genética Animal e Evolução Mestra em Genética e Biologia Molecular CAPES FAPESP

The Brazilian Guzerá population originated from a few founders introduced from India. These animals adapted well to the harsh environments in Brazil, were selected for beef, milk, or dual-purpose (beef and milk), and were extensively used to produce crossbred animals. Here, the impact of these historical events with regard to the population structure and genetic diversity in a Guzerá meta-population was evaluated. DNA samples of 744 animals (one dairy, nine dual-purpose, and five beef herds) were genotyped for 21 microsatellite loci. Ho, He, PIC, Fis, Fit, and Fst estimates were obtained considering either farms or lineages as subpopulations. Mean Ho (0.73) and PIC (0.75) suggest that genetic diversity was efficiently conserved. Fit, Fis and Fst values (95% CI) pointed to a low fixation index, and large genetic diversity: Fit (Farms = 0.021–0.100, lineages = 0.021–0.100), Fis (Farms = –0.007–0.076, lineages = −0.014–0.070), and Fst (Farms = 0.0237–0.032, lineages = 0.029–0.038). The dual-purpose herds/selection lines are the most uniform subpopulation, while the beef one preserved larger amounts of genetic diversity among herds. In addition, the dairy herd showed to be genetically distant from other herds. Taken together, these results suggest that this Guzerá meta-population has high genetic diversity, a low degree of population subdivision, and a low inbreeding level.

The genetic structure of Macrocystis pyrifera around the Falkland Islands and the Magallean region was determined. In fact, genetic discontinuities related to biogeographic breaks and the role of predictors such as habitat continuity, dispersal, oceanographic currents, and bathymetry were assessed to understand the metapopulation’s structure around the Falklands. In total, 9 microsatellites and one mitochondrial marker were used to genotyped 433 individuals from 22 different populations. Nuclear DNA and Mitochondrial DNA analysis were carried out to comprehend the effects of historical and contemporary effects on species distribution and range shifts. At a large scale, the analysis shows that Macrocystis pyrifera is subdivided into four main genetic clusters, one in the Magallean region, two in the Falkland Islands, and one in South Africa. Furthermore, populations in the Magallean region have displayed a low genetic diversity that can be linked to recent colonization events while around the Falklands a higher genetic diversity have been found that may reflect historical events. The role played by the Falkland Islands as a refugia for this species is well supported by the phylogeographic structure. Genetic analysis revealed that the distribution around the Falklands has been shaped by contemporary and historical events. Multiple genetic breaks have been observed and are concordant with biogeographic and oceanographic breaks. The present genetic structure can be best explained by transportation through ocean currents and habitat continuity for stepping-stone migration rather than by geographical distance. Kelps are under increasing anthropogenic pressure and environmental changes and unlike most other marine species they can be easily monitored. Thus, further studies need to be carried out to highlight more biogeographic and phylogeographic breaks at a global scale to understand the ecological and evolutionary processes that shape the distribution of kelps. In consequence, it will provide more information for management and conservation policies to be taken. Foi determinada a estrutura genética de Macrocystis pyrifera em torno das Ilhas Malvinas e da região de Magalhães. M. pyrifera, comummente chamada de alga gigante, forma extensas florestas submarinas e como a alga mais amplamente distribuída na terra. Os indivíduos podem crescer até 40 a 50 m de comprimento e é descrito como o organismo bentónico mais alto. De facto, a M.pyrifera é agora definida como uma espécie de fundação, na medida em que desempenha um forte papel na estruturação da comunidade, criando uma estrutura espacial complexa em 3D, influenciando as condições físicas e químicas, e a complexidade dos processos dos ecossistemas. M. pyrifera é também considerada como um engenheiro de ecossistemas na medida em que fornece alimento, habitat e substrato de desova a numerosas espécies, tais como mamíferos, peixes, caranguejos, ouriços do mar, moluscos, epífitos e comunidades bacterianas. Através deste complexo ecossistema estruturado, as florestas de algas não só ampliam a produção secundária e primária, como também apoiam uma diversificada teia alimentar costeira. Macrocystis pyrifera está distribuída ao longo de uma gama latitudinal e longitudinal muito ampla, do Alasca ao México no hemisfério norte, e ao longo da costa sudeste da América do Sul, do Peru à Argentina, mas também, em locais dispersos como a África do Sul, Tasmânia, e várias regiões sub-Antárcticas. Esta ampla gama distributiva mostra a eficiência da aclimatação de Macrocystis para lidar com tal painel de factores ambientais como, temperatura, salinidade, profundidade, luz, nutrientes, e exposição a ondas. Os atributos biológicos, morfologia interna e externa, e traços de história de vida são particularmente relevantes para a ecologia das algas, a fim de compreender como os Macrocystis interagem e lidam com o seu ambiente. A está entre as algas marinhas castanhas mais desenvolvidas, mostrando uma morfologia interna e externa muito complexa na qual cada parte da planta tem de ser capaz de funcionar e lidar com o ambiente que pode ser extremamente variável ao longo do tempo e da profundidade. Os factores bióticos limitam a capacidade de dispersão desta espécie. As literaturas sugerem que a capacidade de dispersão a longa distância é restrita e raramente eficiente. Contudo, estudos recentes têm demonstrado o valioso papel das balsas de algas e dos adultos flutuantes em termos de dispersão a longa distância. Além disso, as jangadas flutuantes demonstraram não só uma elevada capacidade de sobrevivência, aproximadamente 100 dias para alguns indivíduos, mas também o potencial de percorrer centenas de quilómetros enquanto continuam a ser férteis. A alga gigante habita manchas rochosas e tem uma capacidade de dispersão limitada, mas um elevado potencial de dispersão. Parece que a dispersão de longas distâncias por jangadas de algas permite uma fixação eficiente em novo habitat. Assim, pensa-se que a conectividade entre as populações é principalmente impulsionada pelas correntes oceânicas. As Ilhas Malvinas, também chamadas Islas Malvinas, estão localizadas no hemisfério sul, na faixa de vento ocidental na zona temperada a frio sul e situam-se a norte da frente polar, 450 km a nordeste da Terra do Fogo entre a latitude (51-53°S) e longitude (57-61°W) no Atlântico Sul. As Malvinas fornecem um habitat de reprodução essencial para muitas aves marinhas, mamíferos marinhos e espécies de aves costeiras, podendo assim ser caracterizadas como um importante ponto de atracção da biodiversidade. Alguns estudos identificaram 57 espécies de aves marinhas, incluindo 17 espécies de pinguins e 17 espécies de mamíferos marinhos, contudo, para a maioria das espécies foi observada uma variação interanual. A plataforma patagónica de águas pouco profundas produz com as duas correntes uma região de afloramento, o que significa uma água muito rica em nutrientes na origem de um copioso local de alimentação. Foram avaliadas descontinuidades genéticas relacionadas com quebras biogeográficas e o papel de preditores como a continuidade do habitat, dispersão, correntes oceanográficas e batimetria, para compreender a estrutura da metapopulação em redor das Malvinas. No total, 9 microsatélites e um marcador mitocondrial foram utilizados para genotipular 433 indivíduos de 22 populações diferentes. As populações de Macrocystis pyrifera foram amostradas de 2018 a 2019 a partir de cinco sítios na região de Magallean, localizados na Patagónia chilena, de um sítio na África do Sul e de 16 sítios em redor das Ilhas Malvinas (latitude -51,563412 e longitude -59,820557). Foram realizadas análises de ADN nuclear e de ADN mitocondrial para compreender os efeitos dos efeitos históricos e contemporâneos na distribuição das espécies e nas mudanças de distribuição. Em grande escala, a análise mostra que Macrocystis pyrifera está subdividida em quatro grupos genéticos principais, um na região de Magalhães, dois nas Ilhas Malvinas, e um na África do Sul. Além disso, as populações na região de Magallean demonstraram uma baixa diversidade genética que pode ser ligada aos recentes eventos de colonização, enquanto que em redor das Malvinas foi encontrada uma maior diversidade genética que pode reflectir eventos históricos. O papel desempenhado pelas Ilhas Malvinas como refúgio para esta espécie é bem suportado pela estrutura filogeográfica. A análise genética revelou que a distribuição em torno das Malvinas foi moldada por acontecimentos contemporâneos e históricos. Múltiplas quebras genéticas foram observadas e são concordantes com quebras biogeográficas e oceanográficas. A estrutura genética actual pode ser melhor explicada pelo transporte através das correntes oceânicas e pela continuidade do habitat para a migração das estepes, e não pela distância geográfica. As algas estão sob pressão antropogénica crescente e alterações ambientais e, ao contrário da maioria das outras espécies marinhas, podem ser facilmente monitorizadas. A alga gigante é um bom modelo para explorar os efeitos da distribuição espacial no padrão de conectividade devido à sua vasta gama de tamanhos de manchas, distribuição e distâncias que as separam. Os padrões espaciais de diversidade genética são essenciais para determinar os mecanismos evolutivos que conduzem a esta diferenciação genética, tanto quanto para compreender as consequências ecológicas da perda da diversidade genética. A Macrocystis é uma das algas marinhas mais importantes ecológica e economicamente do hemisfério sul. As políticas de gestão e conservação devem ser aplicadas para conservar as florestas de M. pyrifera e espécies ameaçadas, na medida em que aumentará a biodiversidade. Assim, é necessário realizar mais estudos para destacar mais quebras biogeográficas e filogeográficas à escala global, a fim de compreender os processos ecológicos e evolutivos que moldam a distribuição das algas. Em consequência, fornecerá mais informação para as políticas de gestão e conservação a serem tomadas.

Tese mestrado, Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2021-08-27T12:19:29Z No. of bitstreams: 1 TM_Paulo_Sousa.pdf: 2577102 bytes, checksum: 52b66a673ac2b586219d35cfc516e4a0 (MD5) Made available in DSpace on 2021-08-27T12:19:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TM_Paulo_Sousa.pdf: 2577102 bytes, checksum: 52b66a673ac2b586219d35cfc516e4a0 (MD5) Previous issue date: 2021

Euterpe precatoriais a palm tree belonging to the Arecaceae family, occurring in Western and Central Brazilian Amazonia. Its fruit, which is very appreciated in the Amazon region, produces pulp that is consumed in fresh form. Its production is carried out almost exclusively by extractive farmers. In order to establish adequate strategies to sustain this genetic resource, we need knowledge about the diversity and genetic structure in natural populations. This study aimed to evaluate the influence of geographic distance on genetic structure in the main extractive populations ofE. precatoriain the Brazilian Amazon. Leaves from 377 plants were collected in 19 populations located in 16 municipalities in the State of Amazonas and three in the State of Rondônia. Twelve microsatellite loci were used to genotype the plants. The diversity and genetic structure among populations were estimated. The average number of alleles per locus was 5.97. The observed heterozygosity means (HO) were higher than expected (HE) at the population level (HO= 0.72,HE= 0.66) and fixation index (f= -0.100) was negative. TheFSTvalue (0.1820) and the AMOVA results (Φ= 0.1796) showed population structure. The populations were clustered into three groups (K= 3) in the Bayesian analysis. The Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC) confirmed eight clusters, with the populations close to those identified by the Bayesian analysis. The geographic differentiation was confirmed by the groupings obtained in the Structure analysis and the DACP function. Information related to phenotypic, genetic and environmental characterization of populations is important to guide conservation and management strategies and the formulation of public species management policies in Amazonia.

The mangabeira is a native fruit tree from Brazil with fruits that present significant potential for exploitation. This species is experiencing genetic erosion, which increases the importance of elucidating the genetic diversity that exists in mangabeira populations to support conservation programs. Thus, this study aimed to evaluate the diversity and genetic structure of mangabeira populations from the Germplasm Bank of Embrapa Meio-Norte using inter simple sequence repeat (ISSR) markers. A total of 29 accessions from Brazil were characterized, including one from Sergipe, one from Bahia, three from the Distrito Federal, 11 from Piauí and 13 from Paraíba. The 11 ISSR primers provided 166 loci, among which 120 were polymorphic. The analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that 69.66% of the observed genetic variability occurred within populations and that the populations showed high genetic differentiation. The results obtained from the STRUCTURE analysis indicated the existence of two genetic groups. The Nei and Shannon indices of genetic diversity varied from 0.15 to 0.24 and from 0.22 to 0.34, respectively. The coefficient of similarity ranged from 0.57 to 0.94, with a mean of 0.76. The mean was used as the cut-off point in the dendrogram, and seven groups were identified. In conclusion, this study demonstrates the presence of low or moderate genetic diversity within the studied mangabeira populations and high genetic differentiation between the populations. The results indicate a need to increase the number of mangabeira population samples from different collection sites as a strategy to achieve more significant results for the conservation and genetic improvement of this species. The mangabeira is a native fruit tree from Brazil with fruits that present significant potential for exploitation. This species is experiencing genetic erosion, which increases the importance of elucidating the genetic diversity that exists in mangabeira populations to support conservation programs. Thus, this study aimed to evaluate the diversity and genetic structure of mangabeira populations from the Germplasm Bank of Embrapa Meio-Norte using inter simple sequence repeat (ISSR) markers. A total of 29 accessions from Brazil were characterized, including one from Sergipe, one from Bahia, three from the Distrito Federal, 11 from Piauí and 13 from Paraíba. The 11 ISSR primers provided 166 loci, among which 120 were polymorphic. The analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that 69.66% of the observed genetic variability occurred within populations and that the populations showed high genetic differentiation. The results obtained from the STRUCTURE analysis indicated the existence of two genetic groups. The Nei and Shannon indices of genetic diversity varied from 0.15 to 0.24 and from 0.22 to 0.34, respectively. The coefficient of similarity ranged from 0.57 to 0.94, with a mean of 0.76. The mean was used as the cut-off point in the dendrogram, and seven groups were identified. In conclusion, this study demonstrates the presence of low or moderate genetic diversity within the studied mangabeira populations and high genetic differentiation between the populations. The results indicate a need to increase the number of mangabeira population samples from different collection sites as a strategy to achieve more significant results for the conservation and genetic improvement of this species.

Orientadores: Thomas Michael Lewinsohn, Karina Lucas Silva Brandão Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Pressões seletivas relacionadas ao uso de plantas fazem com que todos os insetos herbívoros apresentem algum nível de especialização ecológica. A distribuição geográfica das plantas influencia tanto a distribuição como a especialização ecológica dos insetos herbívoros; consequentemente, interações herbívoro-planta estabelecidas em escala local podem influenciar a conexão de populações coespecíficas nas escalas local e regional. Neste estudo, investigamos a variabilidade e diferenciação genética de espécies de Tomoplagia (Diptera: Tephritidae), cujas larvas se desenvolvem em capítulos de Asteraceae, principalmente da tribo Vernonieae. A partir do conhecimento de suas associações em diferentes campos rupestres da Cadeia do Espinhaço em Minas Gerais, essa interação foi usada para avaliar a diferenciação genética em Tomoplagia nas escalas local (entre plantas hospedeiras) e regional (dentro e/ou entre plantas hospedeiras de localidades distintas). A variabilidade genética das moscas foi mensurada com marcadores microssatélites espécie-específicos que isolamos e caracterizamos para espécies com diferentes níveis de especialização ecológica: T. grandis (monófaga) e T. bicolor e T. incompleta (oligófagas). As três espécies não estão estruturadas geneticamente entre plantas hospedeiras ou localidades. T. grandis evidenciou diferenciação genética fraca a moderada entre localidades, mas sem correlação com seu distanciamento geográfico. Em T. bicolor e T. incompleta encontramos indícios de diferenciação genética tanto na escala local como na regional; esta diferenciação foi correlacionada com distância apenas em T. bicolor, cujas plantas hospedeiras têm diversidade beta maior que a das hospedeiras de T. incompleta. Esses resultados ajudam a compreender os mecanismos envolvidos na diferenciação genética de insetos herbívoros e fornecem uma primeira aproximação dos padrões de diferenciação genética nesse grupo de insetos herbívoros Abstract: Selective pressures related to plant use determine that all herbivorous insects present some level of ecological specialization. The geographical distribution of plants influences the distribution as well as the ecological specialization of herbivorous insects; consequently, herbivore-plant interactions established at the local scale may influence conspecific population connections at local and regional scales. In this study, we investigated the variability and genetic differentiation of Tomoplagia (Diptera: Tephritidae) species, whose larvae develop in capitula of Asteraceae, mainly of the tribe Vernonieae. Based on previous surveys of their associations in different campos rupestres of the Espinhaço Mountain Range in Minas Gerais, this interaction was used to evaluate genetic differentiation in Tomoplagia both at local (among host plants) and at regional (within and/or among host plants from different localities) scales. Genetic variability of flies was measured with species-specific microsatellite markers which were isolated and characterized for species with different levels of ecological specialization: T. grandis (monophagous), and T. bicolor and T. incompleta (both oligophagous). The three species are not genetically structured between host plants or localities. Tomoplagia grandis showed weak to moderate genetic differentiation among localities, with no correlation with their parwise geographical distance. In contrast, T. bicolor and T. incompleta showed evidence of genetic differentiation at both local and regional scales; this differentiation was correlated with distance only in T. bicolor, whose host plants have greater beta diversity than hosts of T. incompleta. These results help to clarify mechanisms involved in genetic differentiation of herbivorous insects and provide the first approximation of the patterns of genetic differentiation in this group of herbivorous insects Doutorado Ecologia Doutora em Ecologia FAPESP 2015/10236-7

The study of the diversity of Luffa cylindrica may allow specific screening for different applications, aiming at the use and improvement of the species. Molecular data and thirty morpho-agronomic descriptors were used in multivariate analyzes to characterize 24 bushing accessions from seven Brazilian states. The results showed that the accessions under study have a wide potential variability for all the morpho-agronomic characters analyzed. The characters that most contributed to the divergence between the accessions were the fruit length (62.32%) and the apical circumference of the fruits (19.70%). AFLP markers were efficient in grouping the bushing access from different Brazilian regions and showed 66.8% of polymorphism. The clustering obtained from the joint analysis of molecular and morpho-agronomic data separated the accessions into four groups and was consistent with the Bayesian cluster analysis in the separation of accessions collected in the north with those prospected in the other Brazilian regions.

A andiroba (Carapa guianensis) é uma espécie arbórea de importância econômica na região Amazônica pelo grande interesse que vem despertando nas indústrias madeireira e cosmética. É uma planta monóica, com floração assincrônica e auto-incompatível. Ela é bastante plástica e se adapta para ocupar diferentes ambientes, sendo encontrada tanto no baixio como na terra firme. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a estrutura genética de duas populações naturais de andiroba e quantificar a diversidade genética intrapopulacional, a autocorrelação espacial e o fluxo gênico analisando uma única população em dois ambientes distintos (terra firme e baixio) e em três classes de tamanho (plântulas, jovens e adultos). Para o estudo interpopulacional, foram avaliados 39 indivíduos adultos no município de Porto Acre e 38 em Rio Branco. Já para o intrapopulacional analisaram-se 957 indivíduos do município de Rio Branco. Foram utilizados sete locos polimórficos de microssatélites que permitiram observar 42 alelos em ambas as populações, sendo que as estimativas dos parâmetros genéticos foram muito próximas entre elas. Não foi observada endogamia e a taxa de cruzamento aparente foi alta indicando reprodução por alogamia. A maior parte da variabilidade genética (90,5%) foi encontrada dentro das populações. No entanto, a divergência genética entre as populações (9,5%) foi estatisticamente significativa e pode ser considerada intermediária. Com relação à variabilidade intrapopulacional, observou-se 85 alelos na população Rio Branco, com 67 alelos ocorrendo no ambiente de terra firme e 70 no baixio. A diversidade gênica foi semelhante nas três classes de tamanho na população total e nos dois ambientes, não tendo sido observada endogamia em nenhuma das classes de tamanho dos ambientes. Também não foi observada divergência genética entre as classes de tamanho. Já entre os indivíduos do ambiente de terra firme e os do baixio esta divergência foi baixa (1,63%), mas significativa. A taxa de cruzamento aparente foi alta tanto para os ambientes como para a população total. As analises de autocorrelação espacial dos genótipos revelaram que a população Rio Branco apresentou baixa estruturação espacial, sendo que as árvores localizadas a uma distância de até aproximadamente 370 metros tenderam a ser geneticamente similares. No ambiente de baixio encontrouse este mesmo padrão, com árvores localizadas a uma distância de até 160 metros mostrando-se mais aparentadas entre si. Quando se observou separadamente cada classe de tamanho neste ambiente, verificou-se baixa estruturação na classe dos jovens, e uma disposição quase que aleatória dos genótipos na classe dos adultos. Na terra firme não se observou estruturação espacial dos genótipos em nenhuma das classes. As analises de parentesco das plântulas indicaram que 7,3% dos parentais paternos foram encontrados no ambiente de terra firme e 9,4% no baixio. Este baixo índice encontrado mostra que é grande a quantidade de fluxo gênico vindo de fora da área amostrada. Verificou-se fluxo gênico de longo alcance dentro da população, observando-se uma distância média de até 888,8 metros entre os ambientes. Com base nos conhecimentos gerados sobre a estrutura genética, podem-se estabelecer estratégias de manejo e conservação dessas populações naturais de andiroba. Crabwood (Carapa guianensis) is a tree of economic importance in the Amazon region, due to the great interest it has been attracting in the wood and cosmetics industries. It is a monoecious species, with asynchronic flowering and self-incompatible. This species is very plastic and adapts to occupy different habitats, and it is found in the lowland and upland habitats. The objectives of this study were to evaluate the genetic structure between two natural populations of crabwood, and to quantify the intrapopulational genetic diversity, the spatial autocorrelation and gene flow of one population, considering two habitats (upland and lowland) and three size classes (seedlings, young plants and adults). For the interpopulational study, 39 adult individuals were evaluated in the municipal district of Porto Acre and 38 in Rio Branco. For the intrapopulational studies, 957 individuals were analyzed in the municipal district of Rio Branco. Seven polymorphic microssatellite loci were used to detect 42 alleles in both populations, were the genetic parameter estimates were very similar to each other. Inbreeding was not observed and the apparent outcrossing rate was high, indicating an outcrossing breeding system for this species. Most of the genetic variability (90.5%) was found to be within populations. However, the genetic divergence between them (9.5%) was statistically significant and can be considered as intermediate. Regarding the intrapopulacional variability, 85 alleles were observed in the Rio Branco population, with 67 alleles occurring in the upland habitat and 70 in the lowland. The genetic diversity was similar in the three size classes in the total population, and in the two habitats. No inbreeding was observed in any of the size classes of either habitat. No genetic divergence was observed between size classes as well. Between individuals of the upland habitat and those of the lowland habitat, this divergence was low (1.63%), but significant. The autocorrelation spatial analysis of the genotypes showed that the Rio Branco population presented low spatial genetic structuring, with the trees located at a distance of approximately 370 meters tending to be genetically similar. In the lowland habitat the same pattern was found, with trees located at a distance of 160 meters tending to be more related between themselves. When each size class of this habitat was observed separately, a low spatial genetic structuring was found in the young classes and an almost random disposal of the genotypes was observed in the adult classes. In the upland habitat, a spatial genetic structure of the genotypes was not observed in any of the size classes. The paternity analysis of the seedlings indicated that 7.3% of the male parents were found in the upland habitat and 9.4% in the lowland. This low index shows that the amount of gene flow coming from outside the sampling area is high. Long-distance gene flow within the population studied was observed, with an average distance of 888.8 m found between habitats. Based in the acquired knowledge on the genetic structure, management and conservation strategies can be established for these natural crabwood populations. Made available in DSpace on 2019-11-02T00:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 15854.pdf: 1727017 bytes, checksum: 15647a48e9c3654991fa3e316e13e77b (MD5) Previous issue date: 2007 Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2007.

Submitted by Marcelo Augusto Mendes Alcantara (marcelo.alcantara@unesp.br) on 2019-09-05T15:44:21Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Marcelo_A_M_Alcantara.pdf: 3514364 bytes, checksum: 5b6d8fe4db25766841a7f1a29e67ff60 (MD5) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: Ficha catalográfica No arquivo submetido não consta a ficha catalográfica, item obrigatório para submissão. A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. Problema 2: Financiamento No formulário de submissão consta a CAPES como financiadora do seu trabalho. No arquivo submetido você faz um agradecimento ao CNPq. De qual dessas agências você recebeu o financiamento? Se recebeu de ambas inclua um agradecimento também a Capes. Assim que tiver efetuado as correções submeta o arquivo, em formato PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2019-09-06T13:09:33Z (GMT) Submitted by Marcelo Augusto Mendes Alcantara (marcelo.alcantara@unesp.br) on 2019-09-09T20:46:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Marcelo_M_Alcantara_FINAL CORREÇÃO_V7_FINAL.pdf: 3857810 bytes, checksum: bcae07e0036f26a65793a6aa59c74328 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2019-09-10T18:42:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 alcantara_mam_me_bot.pdf: 3857810 bytes, checksum: bcae07e0036f26a65793a6aa59c74328 (MD5) Made available in DSpace on 2019-09-10T18:42:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alcantara_mam_me_bot.pdf: 3857810 bytes, checksum: bcae07e0036f26a65793a6aa59c74328 (MD5) Previous issue date: 2019-04-29 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O Brasil possui vasta diversidade biológica tanto em sua fauna quanto em sua flora. Muito dessa diversidade ainda se encontra pouco ou inexplorada pela ciência. Dentre tantas espécies ainda pouco estudadas, encontra-se Astronium fraxinifolium Schott, popularmente conhecido como Gonçalo-Alves, tipicamente de cerrado e com aparições em outros biomas circundantes. A partir de uma população natural de A. fraxinifolium localizada em área degradada de Cerrado, o presente trabalho objetivou estimar a variação genotípica com base em seus caracteres silviculturais, propor um índice de seleção individual com base no valor genotípico (BLUP), determinar a proporção sexual dentro da população, o tamanho efetivo populacional, a diversidade, a estrutura genética, os níveis de endogamia, a coancestria e o tamanho efetivo populacional a partir da amplificação e identificação de locos microssatélites. A medição da altura foi realizada com equipamento hipsômetro baseado em sistema ultrassom e a estimativa do caráter diâmetro a altura do peito (DAP) a partir da conversão da circunferência à altura do peito. Para a extração do material genético e posterior genotipagem, coletou-se tecidos foliares de 384 árvores. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos dos caracteres silviculturais foram obtidos com base no procedimento - REML/BLUP empregando-se o software SELEGEN-REML/BLUP. A proporção sexual entre os indivíduos masculinos e femininos dentro da população foi estimada segundo o teste estatístico do qui-quadrado. A diversidade genética foi estimada utilizando o software FSTAT. Os coeficientes de coancestria e o erro padrão foram estimados utilizando o software SPAGeDi. A média geral para os caracteres altura e DAP foram de 11,31 m e 26,15 cm, respectivamente. A média desses caracteres para os indivíduos femininos e masculinos da população de regenerantes foram 11,67m e 23,92 cm e 10,91m e 25,72cm, respectivamente. Os valores para variância genotípica para o caráter DAP foram de 56,28 para a população, árvores femininas e masculinas de 57,89 e 48,10 respectivamente. A variância fenotípica por sua vez, indicou valores de 167,72 para a população e 99,59 e 173,18 para as subpopulações femininas e masculinas, respectivamente. O índice de seleção proposto para a população revelou ganhos de 17,36% para o caráter altura e 23,94% para o caráter DAP. A proporção sexual da população revelou ser de 1,13:1 (F:M) e encontra-se em equilíbrio de 1:1 de acordo com o teste do qui-quadrado (X2=0,21). Nos 386 genótipos de A. fraxinifolium observou-se 101 alelos. A média do número de alelos por loco foi de 5,08±1,2 e a estimativa média da riqueza alélica média (R) de 12,5±3,3. A heterozigosidade observada (Hˆo) foi significativamente menor do que a heterozigosidade esperada (He) em todos os locos. O nível médio de endogamia observada na população (F = 0,111) o que pode representar cruzamento entre meios-irmãos ( ) nos parentais. O coeficiente médio de coancestria entre as fêmeas ( f), machos e fêmeas ( fm), e machos ( m) foram de 0,000032; 0,000365 e 0,001776, respectivamente. A coancestria média do grupo de árvores dentro da população foi baixa e positiva ( = 0,002174). A partir destes dados, é possível inferir que a população de A. fraxinifolium presente na área degradada, antiga área de empréstimo da UHE Ilha Solteira apresenta diversidade genética significativa com alto potencial evolutivo e de manutenção da diversidade genética ao longo das gerações, selecionável para compor populações base de melhoramento genético, bem como banco ativo de germoplasma e outras coleções de germoplasma (sementes). Brazil has a vast biological diversity both in its fauna and flora. Much of this diversity is still little or unexplored by science. Among so many species still poorly studied, there is Astronium fraxinifolium Schott, popularly known as Gonçalo-Alves, typically a Cerrado specie with appearances in other surrounding biomes. From a natural population of A. fraxinifolium located in a degraded area of Cerrado, the present work aimed to estimate genotypic variation based on its silvicultural characters, propose an individual selection index based on genotypic value (BLUP), determine the sexual ratio in the population, effective population size, diversity, genetic structure, inbreeding levels, coancestry, and effective population size from the amplification and identification of microsatellite loci. Height measurement was performed using an ultrasound-based hypsometer device and the diameter-to-chest height (DBH) character estimate from the circumference to chest height conversion. For the extraction of genetic material and subsequent genotyping, we collected leaf tissues from 384 trees. Estimates of variance components and genetic parameters of silvicultural characters were obtained based on the procedure - REML / BLUP using the software SELEGEN-REML / BLUP. The sex ratio between male and female individuals in the population was estimated according to the chi-square statistical test. The genetic diversity was estimated using FSTAT software. The coancestry coefficients and standard error were estimated using SPAGeDi software. The overall average for the characters height and DBH were 11.31 m and 26.15 cm, respectively. The average of these characters for female and male individuals of the population were 11.67 m and 23.92 cm, and 10.91 m and 25.72 cm, respectively. The values for genotypic variance for the DBH character were 56.28 for the population and for female and male trees 57.89 and 48.10 respectively. The phenotypic variance in turn indicated values of 167.72 for the population and 99.59 and 173.18 for the female and male subpopulations, respectively. The selection index proposed for the population revealed gains of 17.36% for the height character and 23.94% for the DBH character. The sex ratio of the population was 1.13: 1 (F: M) and is in a 1: 1 equilibrium according to the chi-square test (X2 = 0.21). In the 386 genotypes of A. fraxinifolium, 101 alleles were observed. The average number of alleles per locus was 5.08 ± 1.2 and the average estimate of the allelic richness (R) was 12.5 ± 3.3. The observed heterozygosity (Hˆo) was significantly lower than the expected heterozygosity (He) in all loci. The average level of inbreeding observed in the population (F = 0.111) which may represent cross-sectional crossing ( ) in the parents. The mean coefficient of coancestry between females ( f), males and females ( fm), and males ( m) was 0.000032; 0.000365 and 0.001776, respectively. The coancestry mean of the group tree within the population was low and positive ( = 0.002174). From these data, it is possible to infer that the population of A. fraxinifolium present in the degraded area, former borrow area of Ilha Solteira HPP presents significant genetic diversity with high evolutionary potential and maintenance of the genetic diversity throughout generations, selectable to compose breeding base populations, as well as active germplasm bank and other germplasm collections (seeds). CAPES: 001

Flebotomíneos são pequenos insetos pertencentes à ordem Diptera, família Psychodidae, subfamília Phlebotominae que estão subdivididos em vários gêneros. Algumas espécies desse grupo são consideradas transmissoras (vetores) de agentes patogênicos que causam a Leishmaniose em alguns animais vertebrados, incluindo o homem. Bichromomyia flaviscutellata é um complexo constituído de pelo menos três espécies: B. flaviscutellata s.s., B. reducta e B. olmeca. Esta última é composta de três subespécies: B. olmeca olmeca, B. olmeca bicolor e B. olmeca nociva, que estão distribuídas desde a América Central até a América do Sul. Destas espécies, B. flaviscutellata s.s. é o principal vetor de Leishmania amazonesis no Brasil. O presente estudo objetivou identificar molecularmente as espécies e subespécies do complexo B. flaviscutellata, com o emprego da Região 5’ do gene COI (conhecido como DNA barcode) e verificar a estrutura genética de B. flaviscutellata s.s., usando a Região 3’ do gene COI a região variável. As sequências do DNA Barcode dos espécimes (n=49) foram procedentes de seis localidades, sendo cinco no Estado do Amazonas (Autazes, Manaus, Pitinga, Novo Airão e Rio Preto da Eva) e uma (1) no Estado do Pará (Serra do Cachorro), enquanto as sequências da Região Variável (n=86) foram procedentes do Estado do Amazonas (Autazes, Manaus, Pitinga, Novo Airão e Rio Preto da Eva). No banco de dados do Barcode foram adicionadas sequências do Genbank, de B. olmeca olmeca e B. olmeca bicolor. As sequências consenso do DNA Barcode apresentaram 649 pares de bases (pb) que geraram 29 haplótipos e cinco redes não conectadas. As distâncias genéticas intraespecíficas variaram de 0,000 a 0,037, enquanto as distâncias interespecíficas variaram de 0,11 a 0,13, apresentando um barcoding gap de 0,087. As análises filogenéticas usando os respectivos algoritmos e modelos evolutivos Neighbor-Joining (NJ - K2P), Máxima Verossimilhança (MV – HKY+I+G) e Inferência Bayesiana (IB – HKY+I+G), resultaram em topologias com clados altamente suportados. Todas as árvores apresentaram a mesma topologia, mas com variações nos valores de suporte. A relação B. olmeca olmeca e B. olmeca bicolor foi melhor esclarecida na análise de NJ; entretanto, esses dados, junto aos de distâncias genéticas, comprovam a posição de B. olmeca bicolor como subespécie de B. olmeca olmeca. Curiosamente, as topologias das árvores mostraram B. olmeca nociva mais próxima filogeneticamente de B. flaviscutellata s.s., assim como a rede de haplótipos separou B. olmeca nociva de B. olmeca olmeca e B. olmeca bicolor. As sequências consenso da RV apresentaram 1141 pb e geraram 59 haplótipos, mostrando grande variabilidade dentro de B. flaviscutellata s.s. A distância genética intraespecífica entre as populações Rio Preto da Eva e Autazes apresentou o maior valor (0,0166). A análise intrapopulacional das amostras de B. flaviscutellata s.s do munícipio de Rio Preto da Eva mostraram-se com um maior nível de diferenciação genética com valor de 0,0167 (1,67%). O teste D de Tajima foi negativo, mas não-significante para todas as populações, indicando nenhum desvio significante do modelo neutro de evolução. Entretanto, o teste Fs de Fu foi negativo e significante para quatro das cinco populações (Autazes, Manaus, Novo Airão e Pitinga), indicando uma recente expansão populacional. A maior diferenciação genética, usando o coeficiente Fst e o menor fluxo gênico, usando o coeficiente Nm, foi entre Pitinga x Rio Preto da Eva (Fst = 0.3535; Nm = 0.91). A estruturação genética estimada pela AMOVA foi alta e significante, comprovando que esta espécie é geneticamente estruturada. Entretanto, o teste de Mantel foi negativo e não significante, o que significa que essa estruturação não está relacionada ao modelo de isolamento por distância (IBD – Isolation-by-Distance). A presença de haplótipos compartilhados entre as populações de Manaus (situado no lado esquerdo do Rio Negro) e Novo Airão (situado no lado direito do Rio Negro) e as populações de Manaus/Pitinga (situados no lado esquerdo do Rio Solimões) e Autazes (situado no lado direito do Rio Solimões) indicam que os Sistema fluvial Amazonas / Negro e Solimões não estão atuando como barreiras geográficas que impedem o fluxo gênico entre as populações de B. flaviscutellata s.s. Os resultados das análises filogenéticas, juntamente com a rede de haplótipos, as distâncias genéticas e os caracteres morfológicos, sugerem que a subespécie B. olmeca nociva deve ser elevada à categoria de espécie. Phlebotomines are small insects belonging to the order Diptera, family Psychodidae, subfamily Phlebotominae that are subdivided into several genera. Some species of this group are considered transmitters (vectors) of pathogens that cause Leishmaniasis in some vertebrate animals, including man. Bichromomyia flaviscutellata is a complex composed of at least three species: B. flaviscutellata s.s., B. reducta and B. olmeca. The latter is composed of three subspecies: B. olmeca olmeca, B. olmeca bicolor and B. olmeca nociva, which are distributed from Central America to South America. Of these species, B. flaviscutellata s.s. is the main vector of Leishmania amazonesis in Brazil. The present study aimed to molecularly identify the species and subspecies of the B. flaviscutellata complex using the 5' region of the COI gene (known as DNA Barcode) and to verify the genetic structure of B. flaviscutellata s.s. using the 3' region of the gene COI to the variable region. The sequences of the Barcode DNA of the specimens (n = 49) were from six localities, five in the State of Amazonas (Autazes, Manaus, Pitinga, Novo Airão and Rio Preto da Eva) and one (1) in the State of Pará while the sequences of the Variable Region (n = 86) were from the State of Amazonas (Autazes, Manaus, Pitinga, Novo Airão and Rio Preto da Eva). In the Barcode database were added sequences of B. olmeca olmeca and B. olmeca bicolor from Genbank. The consensus sequences of the Barcode DNA showed 649 base pairs (bp) that generated 29 haplotypes and five unconnected networks. Intraspecific genetic distances ranged from 0.000 to 0.037, while interspecific distances ranged from 0.11 to 0.13, with a barcoding gap of 0.087. Phylogenetic analyzes using the algorithms and evolutionary models Neighbor - Joining (NJ - K2P), Maximum Likelihood (ML - HKY + I + G) and Bayesian Inference (BI - HKY + I + G) resulted in topologies with highly supported clades . All trees presented the same topology, but with variations in support values. The relationship between B. olmeca olmeca and B. olmeca bicolor was better clarified in NJ analysis; however, these data, together with those of genetic distances, confirm the position of B. olmeca bicolor as a subspecies of B. olmeca olmeca. Curiously, the topologies of the trees showed the B. olmeca nociva most phylogenetically closer of B. flaviscutellata s.s., as well as the haplotype network separated B. olmeca nociva of B. olmeca olmeca and B. olmeca bicolor. The RV consensus sequences presented 1141 bp and generated 59 haplotypes, showing great variability within B. flaviscutellata s.s. Intraspecific genetic distance between the populations Rio Preto da Eva and Autazes presented the highest value (0.0166). The intrapopulational analysis of the B. flaviscutellata s.s samples from the city of Rio Preto da Eva showed a higher level of genetic differentiation with a value of 0.0167 (1.67%). The Tajima D test was negative but non-significant for all populations, indicating no significant deviation from the neutral evolution model. However, the Fu Fs test was negative and significant for four of the five populations (Autazes, Manaus, Novo Airão and Pitinga), indicating a recent population expansion. The greatest genetic differentiation, using the Fst coefficient and the lowest gene flow, using the Nm coefficient, was between Pitinga and Rio Preto da Eva (Fst = 0.3535; Nm = 0.91). The genetic structure estimated by AMOVA was high and significant, proving that this species is genetically structured. However, the Mantel test was negative and non-significant, which means that this structuring is not related to the Isolation-by-Distance (IBD) model. The presence of shared haplotypes between the populations of Manaus (situated on the left side of the Rio Negro) and Novo Airão (situated on the right side of the Negro River) and the populations of Manaus / Pitinga (situated on the left side of the Solimões River) and Autazes located on the right side of the Solimões River) indicate that the Amazonas / Negro and Solimões River systems are not acting as geographical barriers that impede the gene flow between the populations of B. flaviscutellata s.s. The results of phylogenetic analyzes, together with the haplotype network, genetic distances and morphological characters, suggest that the B. olmeca nociva subspecies should be elevated to the species category.

Spodoptera frugiperda is the most economically important maize pest in Brazil. There is little information about the genetic structure, using SSR markers, of S. frugiperda populations collected from maize crops. In this study, 21 SSR markers were used to evaluate the genetic diversity and population structure of S. frugiperda collected from distinct Brazilian geographical regions. Two hundred and twenty-seven alleles were recorded with an average of 10.76 per marker, and Polymorphic Information Content (PIC) values ranging from 0.242 to 0.933, with an average of 0.621, indicating a high discriminating power. The overall FST, 0.061, indicated a moderate genetic differentiation among the S. frugiperda populations collected from maize, and the AMOVA showed that 87.36% of the genetic variation is within populations. The Mantel test showed significant correlation between genetic and geographic distances. The genetic data demonstrated that all individuals from the six sampling sites were structured as two sub-populations, being one of them composed only by the CL population, collected in the Rio Grande do Sul state. The knowledge about genetic diversity and population structure of S. frugiperda is important for the development of strategies for the insect pest management and monitoring systems, especially for the differentiated CL population. Key words: Zea mays L., SSR markers, fall armyworm, genetic structure. ESTRUTURA POPULACIONAL DE Spodoptera Frugiperda COLETADA EM MILHO DE DIFERENTES REGIOES GEOGRAFICAS BRASILEIRAS RESUMO - Spodoptera frugiperda e a praga do milho de maior importância economica no Brasil. Existe pouca informacao disponivel sobre a estrutura genetica, utilizando marcadores SSR, de populacoes de S. Frugiperda coletadas em cultivos de milho. Neste estudo, 21 marcadores SSR foram utilizados para avaliar a diversidade e a estrutura genetica de S. frugiperda coletadas em regioes brasileiras geograficamente distintas. Um total de 227 alelos foram obtidos, com uma media de 10,76 alelos por marcador, e os valores do Conteudo de Informacao Polimorfica (PIC) variaram de 0,242 a 0,933, com uma media de 0,621, indicando alto poder de discriminacao. O FST geral, 0,061, indicou moderada diferenciacao genetica entre as populacoes de S. frugiperda coletadas em milho e a Amova mostrou que 87,36% da variacao esta dentro de populacoes. O teste de Mantel mostrou correlacao significativa entre distâncias geneticas e distâncias geograficas. Os dados geneticos demonstraram que todos os individuos dos seis locais de amostragem foram estruturados em duas sub-populacoes, sendo uma delas composta apenas pela populacao CL, coletada no estado do Rio Grande do Sul. O conhecimento sobre a diversidade genetica e a estrutura populacional de S. frugiperda e importante para o desenvolvimento de estrategias para os sistemas de manejo e monitoramento de insetos-praga, especialmente para a diferenciada populacao CL. Palavras-chave: Zea mays L., marcadores SSR, lagarta-do-cartucho, estrutura genetica.

Submitted by Paula Guerreiro (passarinho@reitoria.ulisboa.pt) on 2021-05-14T11:03:16Z No. of bitstreams: 1 ulsd735939_td_Jorge_Miranda.pdf: 4018589 bytes, checksum: 66007eabef5cb92e210988109809f688 (MD5) Made available in DSpace on 2021-06-14T15:22:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulsd735939_td_Jorge_Miranda.pdf: 4018589 bytes, checksum: 66007eabef5cb92e210988109809f688 (MD5) Previous issue date: 2019-10

RESUMO O delineamento de estratégias para a conservação genética de uma espécie requer o conhecimento de aspectos ecológicos e genéticos de suas populações. Assim, este trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar, por meio de marcadores isoenzimáticos, populações naturais de Cassia grandis L.f. A diversidade genética foi analisada a partir das frequências alélicas ( P ^ i j ) e dos Índices de diversidade: Heterozigose média observada ( H ^ 0 ) e esperada ( H ^ e ), número médio de alelos por loco ( A ^ ) e porcentagem de locos polimórficos ( P ^); e a estrutura genética por meio das estatísticas F de Wright. Foram estimados o fluxo gênico, o tamanho efetivo das populações e a população mínima viável a curto e longo prazo. Com base nos resultados observados pode-se concluir que as populações estudadas de C. grandis estão estruturadas, o que pode ser comprovado pela observação de alelos raros e exclusivos e da alta diversidade genética entre as mesmas. ABSTRACT The design of strategies for genetic conservation requires knowledge of the ecologic and genetics aspects of the target species populations. This work aimed to characterize genetically natural populations of Cassia grandis L. F. using isozymes. Genetic diversity was analyzed by allele frequencies ( P ^ i j ) and the following diversity indexes: observed ( H ^ e ) and expected ( H ^ e )average heterozygosity, average number of alleles per locus ( A ^ ) and percentage of polymorphic loci ( P ^); and the genetic structure of populations by Wright's statistics. We estimated gene flow, population effective size and the minimum viable population in the short and long time. The observed results conclude that the studied populations of C. grandis are structured, which can be demonstrated by observation of rare and exclusive alleles, and high genetic diversity among them.

Submitted by Baltasar Fernandes Garcia Neto null (baltasar.fgn@gmail.com) on 2018-03-09T19:05:14Z No. of bitstreams: 1 Diss_Balt_Final.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-12T18:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 garcianeto_bf_me_jabo.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-12T18:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 garcianeto_bf_me_jabo.pdf: 637437 bytes, checksum: 99a5603df788f9d4cb2c007a3e8180fd (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A complexidade das características que podem apresentar diferentes estruturas de ação gênica como, por exemplo, poligênicas ou afetadas por genes de efeito maior, aliado a diferentes herdabilidades, entre outros fatores, tornam a detecção de QTLs desafiadora. Diversos métodos têm sido empregados com o intuito de realizar estudos de associação ampla do genoma (GWAS), objetivando o mapeamento de QTL. A metodologia weighted single-step GBLUP (wssGBLUP), por exemplo, é uma alternativa para a realização de GWAS, que permite o uso simultâneo de informações genotípicas, de pedigree e fenotípicas, mesmo de animais não genotipados. Métodos Bayesianos também são utilizados para a realização de GWAS, partindo da premissa básica de que a variância observada pode variar em cada locus em uma distribuição a priori específica. O objetivo do presente estudo foi avaliar, por meio de simulações, quais métodos, dentre os avaliados, mais auxiliaria na identificação de QTLs para características poligênicas e afetadas por genes de efeito maior, apresentando diferentes herdabilidades. Utilizamos os métodos: wssGBLUP, com a inclusão ou não de informação adicional fenotípica de animais não genotipados e dois distintos ponderadores para os marcadores, onde w1 representou a mesma ponderação (w1=1) e w2 a ponderação calculada de acordo com o processo de iteração anterior (w1) ; Bayes C, assumindo dois valores para π (π=0.99 and π=0.999), onde π é a proporção de SNPs não incluída no modelo, além do LASSO Bayesiano. Os resultados mostraram que para cenários poligênicos o poder de detecção é menor e o uso adicional de fenótipos de animais não genotipados pode ajudar na detecção, ainda que com pouca intensidade. Para cenários com característica sob efeito maior, houve maior poder na detecção de QTL pelos diferentes métodos em comparação aos cenários poligênicos com destaque para a leve vantagem do método Bayes C. A inclusão de informação fenotípica adicional, entretanto, causou viés nas estimativas e atrapalhou o desempenho do wssGBLUP na presença de QTL com efeito maior. O aumento da v herdabilidade para ambas as estruturas melhorou o desempenho dos métodos e o poder de mapeamento. O método mais adequado para a detecção de QTL depende da estrutura genética e da herdabilidade da característica, não existindo um método que seja superior para todos os cenários. The complexity of the traits that can present different genetic structures, such as polygenic or affected by genes of major effect, in addition to different heritabilities, among other factors, make the detection of QTLs challenging. Several methods have been employed with the purpose of performing genome wide association studies (GWAS), aiming the mapping of QTL. The single-step weighted GBLUP (wssGBLUP) method, for example, is an alternative to GWAS, which allows the simultaneous use of genotypic, pedigree and phenotypic information, even from non-genotyped animals. Bayesian methods are also used to perform GWAS, starting from the basic premise that the observed variance can vary at each locus with a specific priori distribution. The objective of the present study was to evaluate, through simulation, which methods, among the evaluated ones, more assist in the identification of QTLs for polygenic and major gene affected traits, presenting different heritabilities. We used the following methods: wssGBLUP, with or without additional phenotypic information from non-genotyped animals and two different weights for markers, where w1 represented the same weight (w1=1) and w2 the weight calculated according to the previous iteration process (w1); Bayes C, assuming two values for π (π = 0.99 and π = 0.999), where π is the proportion of SNPs not included in the model, and Bayesian LASSO. The results showed that for polygenic scenarios the detection power is lower and the additional use of phenotypes from non-genotyped animals may help in the detection, yet with low intensity. For scenarios with major effect, there was greater power in the detection of QTL by all different methods with slighter superior performance for the Bayes C method. However, the inclusion of additional phenotypic information caused bias in the estimates and harmed the performance of the wssGBLUP in the presence of major QTL. The increase in heritability for both structures improved the performance of the methods and the power of mapping. The most suitable method for the iii detection of QTL is dependent on the genetic structure and the heritability of the trait, and there is not a superior method for all scenarios.

Submitted by Sarah de Souza Alves Teodoro (sarahteodoro@gmail.com) on 2018-04-23T17:59:51Z No. of bitstreams: 1 Teodoro, SSA 2018_tese final.pdf: 1702415 bytes, checksum: 0c67087917cf59aacb4e59d7c78576a5 (MD5) Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: Falta folha de rosto No arquivo submetido não consta a folha de rosto, apenas a capa. problema 2: Falta ficha catalográfica. A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. Assim que tiver efetuado a correção ou correções submeta o arquivo em PDF novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-25T16:12:48Z (GMT) Submitted by Sarah de Souza Alves Teodoro (sarahteodoro@gmail.com) on 2018-04-25T18:42:52Z No. of bitstreams: 1 Teodoro, SSA 2018_tese final.pdf: 2400227 bytes, checksum: 3af215d73ea9320c32a61a00d1c44140 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-04-26T15:24:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 teodoro_ssa_dr_bot_par.pdf: 810179 bytes, checksum: 015d9c42e1fdc2e01b2ee81e39a5fdbf (MD5) Made available in DSpace on 2018-04-26T15:24:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 teodoro_ssa_dr_bot_par.pdf: 810179 bytes, checksum: 015d9c42e1fdc2e01b2ee81e39a5fdbf (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis é um dos mais importantes recursos pesqueiros da costa sul-sudeste do Brasil. Os fundos de pesca da espécie incluem dois estoques reprodutivos principais, localizados nas costas dos estados de Santa Catarina e São Paulo. A espécie apresenta ciclo de vida do tipo II, com uma fase reprodutiva no ambiente marinho e recrutamento juvenil em áreas estuarinas e baías. O conhecimento sobre o fluxo gênico entre estoques é a base de todo o ordenamento pesqueiro, uma vez que unidades genéticas podem apresentar características particulares e, normalmente, necessitam de estratégias específicas de manejo. Porém, há poucas informações que podem servir de subsídio para verificar se os diferentes estoques pesqueiros de F. paulensis também representam estoques genéticos distintos. O crescimento desordenado da frota industrial, o incremento da pesca artesanal nas áreas de criadouro, somado à pequena eficácia da legislação pesqueira, associados à ineficiência da fiscalização, levaram a um cenário de colapso da pescaria do camarão rosa no fim dos anos 90. Um melhor entendimento da estruturação genética das populações de F. paulensis é necessário, não somente pelo seu alto valor comercial e ecológico, mas também para permitir a implementação de medidas de manejo mais efetivas. Assim, o presente trabalho buscou avaliar a estruturação genética das populações do camarão rosa F. paulensis ao longo de sua distribuição no Atlântico Sul Ocidental, utilizando como marcador molecular a Região Controle do DNA mitocondrial (D-loop) (Capítulo 1). Adicionalmente, pretendeu-se comparar as diversidades genéticas da população de F. paulensis na costa do Rio Grande do Sul, antes (1990) e depois (2012) do colapso pesqueiro (Capítulo 2). Foi detectada uma alta conectividade e ausência de estruturação genética entre as quatro populações (RJ, SP, SC e RS) de F. paulensis analisadas. Não houve diferenças significativas entre as localidades amostradas, o que foi reforçado pelas análises de Fst e AMOVA. As estimativas para as taxas de migração encontradas indicaram alto fluxo gênico entre os estados, assim como a existência de haplótipos compartilhados entre mais de uma região. Todos os resultados são consistentes com uma população panmítica de F. paulensis, com alta diversidade haplotípica e intenso fluxo gênico. Esse cenário resulta de uma interação complexa de diversos fatores, que vão da história natural evolutiva da espécie ao efeito de um gargalo genético causado pela sobrepesca. A região controle do DNA mitocondrial (D-loop) mostrou-se uma ferramenta útil no auxílio ao monitoramento genético de peneídeos explorados pela pesca. A alta variabilidade do mtDNA permitiu detectar diferenças genéticas significativas entre as populações de F. paulensis amostradas na costa do Rio Grande do Sul em uma diferença temporal de apenas 22 anos de diferença. Adicionalmente, também discutiu-se a importância da correta identificação e da preservação dos indivíduos utilizados em análises genéticas. O conhecimento obtido sobre a diversidade e a estrutura genética de F. paulensis, assim como a influência da pesca na população, será fundamental como parte dos subsídios científicos necessários para a tomada de decisões sobre um manejo adequado para o camarão-rosa. The pink shrimp Farfantepenaeus paulensis is one of the most important fishing resources on the south-southeast coast of Brazil. The fishing zone of the species includes two main reproductive stocks, located on the coasts of Santa Catarina and São Paulo states. The species exhibits the type II life cycle, with an offshore reproductive stage and a juvenile recruitment in bays and estuarine areas. Knowledge on the amount of gene flow between stocks is the basis of all fisheries management, since genetic units may have particular characteristics and usually require specific management strategies. However, there is little information to verify whether F. paulensis's different fish stocks also represent different genetic stocks. The unrestricted growth of the industrial fleet, the increase in artisanal fishing in breeding areas, coupled with the low effectiveness of fisheries legislation and the inefficiency of inspection, led to a collapse of the pink shrimp fishery in the late 1990s. A better understanding of the genetic structuring of the populations of F. paulensis is necessary, not only for its high commercial and ecological value, but also to allow the implementation of more effective management measures. Thus, the present work aimed to assess the genetic structuring of the populations of the pink shrimp F. paulensis throughout its distribution in the Western South Atlantic, using as molecular marker the Control Region (D-loop) of the mitochondrial DNA (Chapter 1). In addition, the genetic diversity of the population from Rio Grande do Sul was compared before (1990) and after (2012) the fishing collapse (Chapter 2). High connectivity and absence of genetic structuring were detected between the four populations (RJ, SP, SC and RS) of F. paulensis analyzed. There were no significant differences between the sampled localities, which was evidenced by Fst and AMOVA analyzes. Estimates for the migration rates indicated high gene flow among the localities, as well as the existence of shared haplotypes among more than one region. All the results are consistent with a panmitic population of F. paulensis, with high haplotypic diversity and intense gene flow. This scenario results from a complex interaction of several factors, ranging from the natural evolutionary history of the species to the effect of a genetic bottleneck caused by overfishing. The control region (D-loop) of the mtDNA has proved to be a useful tool in the genetic monitoring of shrimp exploited by fishing. The high variability of mtDNA allowed detecting significant genetic differences between the populations of F. paulensis from Rio Grande do Sul in a time difference of only 22 years. Additionally, the importance of correct discrimination and preservation of the individuals used in genetic analysis was also discussed. The knowledge on the diversity and genetic structure of F. paulensis, as well as the influence of fishing on the population, will be fundamental part of the scientific basis necessary to a proper management of shrimp.

Orientador: Eliana Regina Forni-Martins Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: A família Rubiaceae apresenta ampla distribuição mundial, de modo que a grande diversidade se concentra nos trópicos e subtrópicos. Os dados cromossômicos associados a estudos de sistemática vegetal são pouco utilizados, diante da grande diversidade vegetal. Os representantes herbáceos da família Rubiaceae (subfamília Rubioideae), estão reunidos em sua maioria na Tribo Spermacoceae sensu stricto (s.s.). As relações taxonômicas no "Complexo Psyllocarpus laricoides" não são claras e apresentam algumas diferenças a nível populacional. A espécie é endêmica dos Campos Rupestres da Serra do Espinhaço. Desse modo, objetivamos fazer o levantamento dos dados cromossômicos disponíveis na literatura para a Tribo Spermacoceae, acrescido de 4 contagens inéditas aqui obtidas, além de traçar o panorama e ampliar o conhecimento cromossômico na tribo, além de investigar a evolução cariotípica à luz da sistemática da tribo Spermacoceae s.s sensu Karehed et al. (2008) e sob nova proposta filogenética. A diversidade e estrutura genética do complexo P. laricoides também foi investigada a fim de melhor compreender os processos envolvidos na sua diversificação. Cinco espécies do Clado Spermacoce (Hexasepalum teres, Psyllocarpus asparagoides, P. laricoides, Staelia domingosii e S. hatschbachii) apresentaram número cromossômico 2n=28 e Remija ferruginea (Spermacoceae s.l) apresentou 2n=22. Todas as espécies possuem o cariótipo composto por cromossomos metacêntricos. O clado Spermacoce possui uma grande variabilidade no número cromossômico apresentado na literatura (2n=14, 28, 30, 42, 56, 64, 84). A evolução cromossômica da tribo Spermacoceae s. l. parece seguir a ordem de x = 9, 11, enquanto para o clado Spermacoce foi majoritariamente x=14. As ana?lises de estrutura e de variac?a?o gene?tica do Complexo P. laricoides sugeriram a formac?a?o de dois grupos gene?ticos. O primeiro grupo G1, geneticamente distinto do G2, correspondendo as regiões oeste e leste. Estes resultados podem servir para ressaltar a capacidade de adaptação dessas plantas ao longo da evolução perante as divergências de fatores abióticos encontrados na cadeia da Serra do Espinhaço Abstract: The Rubiaceae family has a wide distribution worldwide, so the great diversity is concentrated in the tropics and subtropics. The chromosomal data associated to studies of plant systematics are rarely used, due to the great vegetal diversity. The herbaceous representatives of the family Rubiaceae (subfamily Rubioideae), are reunited in their majority in the Tribe Spermacoceae sensu stricto (s.s.). The taxonomic relationships in the "Psyllocarpus laricoides complex" are not clear and present some differences at the population level. The species is endemic to Campos Rupestres of the Serra do Espinhaço. In this way, we aimed to survey the available chromosomal data in the literature for the Spermacoceae tribe, to trace the panorama and increase the chromosomal knowledge in the tribe, in addition to investigate the karyotype evolution in light of the systematics of the Spermacoceae s.s sensu Karehed tribe. (2008) and under a new phylogenetic proposal, the diversity and genetic structure of the P. laricoides complex was also investigated in order to better understand the processes involved in its diversification. Five species of the Spermacoce clade (Hexasepalum teres, Psyllocarpus asparagoides, P. laricoides, Staelia domingosii and S. hatschbachii) presented chromosome number 2n = 28 and Remija ferruginea (Spermacoceae s.l) presented 2n = 22. All species have the karyotype composed of metacentric chromosomes. The Spermacoce clade has a great variability in the chromosome number (2n = 14, 28, 30, 42, 56, 64, 84). The chromosomal evolution of the Spermacoceae s. l. tribe seems to follow the order of x = 9, 11, while for the Spermacoce clade it was mostly x = 14. Analysis of structure and genetic variation suggested the formation of two genetic groups. The first group, G1, genetically distinct from G2, corresponding to the western and eastern regions. These results may serve to emphasize the adaptive capacity of these plants throughout the evolution due to the divergences of abiotic factors found in the chain of Serra do Espinhaço Doutorado Biologia Vegetal Doutor em Biologia Vegetal CAPES CNPQ 140154/2017-5