Natasha Henschke, Boris Espinasse, Adrien Berne, Cédric Cotté, Anne Lebourges-Dhaussy, A. Ariza, Brian P. V. Hunt, Clara Péron, Anna Conchon, Coco Koedooder, Yves Cherel, Evgeny A. Pakhomov, Gildas Roudaut, Jérémie Habasque, Lloyd Izard, Processus et interactions de fine échelle océanique (PROTEO), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - 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UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INSU-CNRS LEFE/CYBER ('Les enveloppes fluides et l'environnement' –'Cycles biogéochimiques, environnement et ressources'), Cnes OSTST Tosca project LAECOS, ANR-17-CE01-0013,MOBYDICK,Biodiversité des Ecosystèmes Marins et Dynamique du Carbone dans le secteur de Kerguelen : approche intégrée(2017), European Project: 692173,H2020-EU.3.6.,H2020-INT-INCO-2015,MESOPP(2016), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - 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International audience; Mesopelagic communities are characterized by a large biomass of diverse macrozooplankton and micronekton (MM) performing diel vertical migration (DVM) connecting the surface to the deeper ocean and contributing to biogeochemical fluxes. In the Southern Ocean, a prominent High Nutrient Low Chlorophyll (HNLC) and low carbon export region, the contribution of MM to the vertical carbon flux of the biological pump remains largely unknown. Furthermore, few studies have investigated MM communities and vertical flux in naturally iron fertilized areas associated with shallow bathymetry. In this study, we assessed the MM community diversity, abundance and biomass in the Kerguelen Island region, including two stations in the HNLC region upstream of the islands, and two stations in naturally iron fertilized areas, one on the Plateau, and one downstream of the Plateau. The MM community was examined using a combination of trawl sampling and acoustic measurements at 18 and 38 kHz from the surface to 800 m. A conspicuous three-layer vertical system was observed in all areas - a shallow scattering layer, SSL, between 10 and 200 m; mid-depth scattering layer, MSL, between 200 and 500 m; deep scattering layer, DSL, between 500 and 800 m - but communities differing among stations. While salps (Salpa thompsoni) dominated the biomass at the productive Kerguelen Plateau and the downstream station, they were scarce in the HNLC upstream area. In addition, crustaceans (mainly Euphausia vallentini and Themisto gaudichaudii) were particularly abundant over the Plateau, representing a large, although varying, carbon stock in the 0–500 m water layer. Mesopelagic fish were prominent below 400 m where they formed permanent or migrant layers accounting for the main source of carbon biomass. Through these spatial and temporal sources of variability, complex patterns of the MM vertical distribution and associated carbon content were identified. The total carbon flux mediated by migratory myctophids at the four stations was quantified. While this flux was likely underestimated, this study identified the main components and mechanisms of active carbon export in the region and how they are modulated by complex topography and land mass effects.