Search

Cross-infection with Pseudomonas aeruginosa among cystic fibrosis (CF) patients is a rare occurrence. However, the emergence of transmissible strains has been reported between unrelated individuals. We analyzed the genetic relationship among P. aeruginosa isolates from Brazilian CF patients and transmissible clones which are worldwide spread. The data does not indicate the presence of closely related variant clones.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:17:07Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Elenice_Rosa_de_Aguiar_Rodrigues.pdf: 747415 bytes, checksum: 22b2d3fb8de014f2df6bc90e7b11b6de (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:17:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Elenice_Rosa_de_Aguiar_Rodrigues.pdf: 747415 bytes, checksum: 22b2d3fb8de014f2df6bc90e7b11b6de (MD5) Previous issue date: 2014-09-10 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Achromobacter xylosoxidans has been highlighted as an important pathogen in lung infections of patients with cystic fibrosis (CF). Phenotypic and genotypic similarity among species of the genus hampers identification and the real frequency is possibly underestimated. The proper identification is required to understand epidemiology and clinical impacts of different species of Achromobacter. This study compared the results obtained of identification of species of the genus by 16S rRNA gene, by Multilocus Sequence Typing (MLST) and by PCR for blaOXA-114-like gene. Thirty Achromobacter spp. samples were obtained from 17 patients with CF treated in two reference centers Rio de Janeiro city and belonging to 18 clones previously established by PFGE were evaluated. The 16S rRNA gene sequencing identified all samples as A. xylosoxidans. The sequencing of the amplification products of blaOXA-114-like gene revealed compatibility of 17 samples with some gene variation and were identified as A. xylosoxidans. Eleven samples were consistent with the blaOXA-258 gene, and were classified as A. ruhlandii. Two samples didn t obtain amplification. MLST analysis showed 11 samples matching four STs (2, 13, 35, 36) provided by MLST Achromobacter site. In 15 samples were characterized ten new alleles, grouped in eight new STs (198, 199, 200, 201, 202, 203, 204 and 205). Two new combinations of alleles were observed in 2 samples featuring 2 new STs (206 and 207). Two samples didn t have their STs defined. The 30 samples corresponded to 14 STs and four species of Achromobacter spp. Seventeen samples were identified as A. xylosoxidans, nine as A. ruhlandii, onde as A.dolens and one as A. insuavis. The three techniques were consistent only to identify 17 samples as A. xylosoxidans (56.6%). The identification of nine samples of A. ruhlandii were concordant in MLST, PCR and sequencing for OXA-114 techniques. A. dolens and A. insolitus were identified only by MLST. The comparison between PFGE and MLST showed that results of the two techniques aren t entirely consistent. PFGE technique characterized 18 clones while MLST identified 14 STs. Among different samples, PFGE different clones were correspondent to the same ST and some PFGE / MLST clones were unique per patient. Results of this study show that 16S rRNA sequencing was a good tool for gender characterization and PCR gene blaOXA-114 was useful for identification of two most common species in the FC (A. xylosoxidans and A.ruhlandii). However, MLST had the best performance featuring all described species. Additional studies are required to elucidate the infection dynamics and contribution of the different species of the genus Achromobacter in FC. Achromobacter xylosoxidans tem se destacado como patógeno importante nas infecções pulmonares em pacientes com Fibrose Cística (FC). A similaridade fenotípica e genotípica entre as espécies do gênero dificulta a sua identificação podendo subestimar a real frequência. A identificação adequada é necessária para compreender a epidemiologia e impacto clínico das diferentes espécies de Achromobacter. Este estudo comparou os resultados obtidos na identificação das espécies do gênero por sequenciamento do gene 16S rRNA, por Multilocus Sequence Typing (MLST) e PCR para o gene blaOXA-114-like. Foram avaliadas 30 amostras de Achromobacter spp, obtidas de 17 pacientes com FC atendidos em dois centros de referência na cidade do Rio de Janeiro, pertencentes a 18 clones previamente estabelecidos por PFGE. O sequenciamento do gene 16S rRNA, identificou as 30 amostras como A. xylosoxidans. O sequenciamento dos produtos de amplificação para o gene blaOXA-114-like revelou compatibilidade de 17 amostras com alguma variável do gene e foram caracterizadas como A. xylosoxidans. Onze amostras foram compatíveis com o gene blaOXA-258, e foram classificadas como A. ruhlandii. Duas amostras não obtiveram amplificação. A análise do MLST mostrou que 11 amostras obtiveram correspondência com quatro STs (2, 13, 35, 36) disponibilizado no Achromobacter MLST website. Em 15 amostras foram caracterizados dez novos alelos que geraram oito novos STs (198, 199, 200, 201, 202, 203, 204 e 205). Duas combinações alélicas novas foram observadas em duas amostras caracterizando dois novos STs (206 e 207). Duas amostras não tiveram seus STs definidos. As 30 amostras corresponderam a 14 STs e quatro espécies de Achromobacter spp. Dezessete amostras foram identificadas como A. xylosoxidans, nove como A. ruhlandii, uma A. dolens e uma A. insuavis. As três técnicas foram concordantes apenas na identificação de 17 amostras de A. xylosoxidans (56,6%). A identificação de nove amostras de A. ruhlandii foram concordantes nas técnicas de MLST, PCR e sequenciamento para OXA-114. A. dolens e A. insolitus foram identificados somente por MLST. A comparação entre PFGE e MLST mostrou que os resultados das duas técnicas não são totalmente concordantes. O PFGE caracterizou 18 clones enquanto o MLST identificou 14 STs. Na amostragem foram observados diferentes clones PFGE correspondendo ao mesmo ST e clones PFGE/MLST únicos por paciente. Os resultados deste estudo demonstraram que, o sequenciamento do gene 16S rRNA foi uma boa ferramenta para a caracterização do gênero e a PCR do gene blaOXA-114 foi útil para a identificação das duas espécies mais frequentes na FC (A. xylosoxidans e A.ruhlandii). Entretanto, o MLST teve o melhor desempenho caracterizando todas as espécies descritas. Estudos adicionais são necessários para elucidar a dinâmica da infecção e contribuições das diferentes espécies do gênero Achromobacter na FC.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:13:33Z No. of bitstreams: 1 Gessica de Araujo Rocha Tese completa.pdf: 6587241 bytes, checksum: e520972ad8117b760d9750eba6c873cd (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:13:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gessica de Araujo Rocha Tese completa.pdf: 6587241 bytes, checksum: e520972ad8117b760d9750eba6c873cd (MD5) Previous issue date: 2017-11-28 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The genus Acinetobacter, particularly the species A. baumannii, has emerged as a global public health problem, able to persist in the environment for a long time and presenting multidrug resistance to a wide range of antimicrobial. Interestingly this genus is unusual in Cystic Fibrosis (CF). One hypothesis raised by us is that the low frequency could be related, in part, with the colonization by other species of the genus, which are difficult to characterize laboratory and may be misidentified. Considering this, and the lack of wide ranging studies about the role of this microorganism in CF patients, this study aimed to identify the species of the genus Acinetobacter, to investigate the presence of resistance genes, determine the profile antimicrobial susceptibility and clonal relationship among samples obtained from CF patients treated at two centers of reference in Rio de Janeiro. Thirty-eight isolates of Acinetobacter spp. Isolated from 29 CF patients from June 2005 to March 2010, were identified by phenotypic methods and for four different molecular techniques. The profile of susceptibility to 11 antimicrobials used in clinical practice was performed by agar diffusion. Minimum Inhibitory Concentrations for tobramycin and polymyxin were determined by microdilution methods and diffusion gradient (E-test). The research β-lactamase resistance genes were performed by PCR and species genotyping was performed by PFGE. In this study, Acinetobacter spp. was more frequent in pediatric patients, with a high percentage of species A. not baumannii isolates. Of the different molecular techniques used to identification, the partial sequencing of the rpoB gene proved to be the most accurate method. Diverging from what is observed in the hospital samples, samples of CF patients in this study, including strains of A. Baumannii, showed high percentages of susceptibility to most antimicrobials, having only two multidrug resistance samples, both carry the gene blaOXA-23-like. Genes encoding CTX-M-15 and SHV-121 were first detected in A. baumannii and A. pitti isolated of patient with CF, all were resistant to cefepime or cefotaxime. There was clonal wide diversity among the samples. However, two clones of A. pittii, carrying blaCTX-M-15 and blaSHV-121, were shared by different patients in the same period. These results point to an epidemiological characteristic of this group of patients treated in reference centers included in the study, distinct from other hospitalized patients in the same centers. Alerting us to the clinical importance of the species A. not baumannii and its potential as a source of resistance genes silent transmission. O gênero Acinetobacter, particularmente a espécie A. baumannii, emergiu como um problema de saúde pública mundial, capaz de persistir no ambiente por longo tempo e de apresentar multirresistência a uma vasta gama de antimicrobianos. Curiosamente este gênero não é usual em Fibrose Cística (FC). Uma hipótese por nós levantada é que esta baixa frequência poderia estar relacionada, em parte, com a colonização por outras espécies do gênero, de difícil caracterização laboratorial e que podem ser subestimadas. Diante disto, e da ausência de estudos amplos sobre o papel deste microrganismo em pacientes com FC, este trabalho objetivou identificar as espécies do gênero Acinetobacter, investigar a presença de genes de resistência, determinar o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos e a relação clonal entre as amostras obtidas de pacientes com FC atendidos em dois centros de referência no Rio de Janeiro. Trinta e oito amostras de Acinetobacter spp., isoladas de 29 pacientes com FC no período de junho de 2005 a março de 2010, foram identificadas por métodos fenotípicos e por quatro técnicas moleculares diferentes. O perfil de suscetibilidade a 11 antimicrobianos utilizados na prática clínica foi realizado por difusão em ágar. As Concentrações Inibitórias Minimas para tobramicina e polimixina foram determinadas pelos métodos de microdiluição e de gradiente de difusão (teste-E). A pesquisa dos genes de resistência para β-lactamase foi realizada por PCR e a genotipagem das espécies foi realizada por PFGE. Neste estudo Acinetobacter spp. foi mais frequente em pacientes pediátricos, sendo alto o percentual de espécies de A. não baumannii isoladas. Das diferentes técnicas moleculares de identificação utilizadas, o sequenciamento parcial do gene rpoB mostrou ser o método mais acurado. Discordando do que é observado nas amostras hospitalares, as amostras de pacientes com FC deste estudo, incluindo as amostras de A. baumannii, apresentaram percentuais elevados de suscetibilidade para a maior parte dos antimicrobianos testados, havendo somente duas amostras multirresistentes (MR), ambas portadoras do gene blaOXA-23-like. Os genes codificadores de CTX-M-15 e SHV-121 foram pela primeira vez detectados em A. baumannii e A. pittii de pacientes com FC, todas apresentaram resistência a cefepima ou cefotaxima. Houve uma grande diversidade clonal entre as amostras, porém, dois clones de A. pittii, portadores de genes blaCTX-M-15 e blaSHV-121, foram compartilhados por pacientes distintos no mesmo período. Estes resultados apontam para um perfil epidemiológico característico deste grupo de pacientes assistidos nos centros de referência incluídos no trabalho, distinto de outros pacientes hospitalizados nos mesmos centros. Nos alertando para a importância clínica de espécies de A. não baumannii, e do seu potencial como fonte silenciosa de transmissão de genes de resistência.