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A soja (Glycine max) é o principal produto do agronegócio nacional. A despeito de sua importância estratégica e dos progressos de seus programas de melhoramento, essa cultura ainda sofre severas perdas devido à ocorrência de condições adversas, com ênfase à seca. Desta forma, a adição de tecnologias que propiciem o uso de novas ferramentas no melhoramento, se faz imperativo. Os trabalhos aqui apresentados tiveram como objetivos analisar os transcriptomas de acessos contrastantes (tolerante e sensível) de soja, submetidos à desidratação radicular, visando o seu entendimento e mineração de possíveis alvos moleculares para aplicação no melhoramento da referida espécie. Análises globais dos transcriptomas produzidos indicaram que tais acessos expressaram 120.770 tags DeepSuperSAGE, dos quais 1.127 foram induzidos somente no acesso tolerante, enquanto que 1.557 foram induzidos em ambos, quando comparados aos acessos seus respectivos controles. A categorização do transcriptoma via ferramenta Gene Ontology, indicou que CDPK e CBL foram as famílias proteicas com maior número de representantes induzidos para a categoria “Função Molecular”. Adicionalmente, a validação de nove transcritos (HMGR, XET, WRKY20, RAP2-4, EREBP, NAC3, PER, GPX5 e BMY) indicou que a partir de 25 minutos de submissão do estresse os transcriptomas dos acessos analisados já são submetidos à reorganização para enfrentar a nova condição imposta. Em outro trabalho, foi realizada mineração de dados nas bibliotecas analisadas, buscando-se transcritos específicos associados à osmoproteção. Foram encontrados 35 unitags diferencialmente expressas associadas a quatro classes de osmoprotetores, sendo: prolina (P5CS: 4 transcritos, P5CR: 2 transcritos), trealose (TPS1: 9, TPPB: 1), glicina betaina (BADH: 4) e myo-inositol (MIPS: 7, INPS1: 8)], os quais foram mapeados em 25 loci no genoma de soja. A análise da genômica estrutural dos genes ancoradores das referidas unitags indicou que os mesmos estão presentes em todos os cromossomos da espécie analisada, com alta densidade para algumas regiões subterminais e sintenia observada entre alguns pares cromossômicos. Tais genes e loci são importantes alvos para futuros ensaios, visando obtenção de maior tolerância ao estresse aqui analisado. Dessa forma os trabalhos aqui apresentados fornecem recursos inéditos de genômica funcional para aplicação no melhoramento de soja, sendo que, o desdobramento biotecnológico dos dados aqui obtidos auxiliará na manutenção da estabilidade da cadeia produtiva dessa cultura e diminuição de perdas econômicas.

Natural antisense ranscripts (NAT) are RNA molecules complementary to other endogenous RNAs. They are capable of regulating the expression of target genes at different levels (transcription, mRNA stability, translation, etc.). Such a property makes them ideal for interventions in organisms' metabolism. The present study reviewed plant NAT aspects, including features, availability and genesis, conservation and distribution, coding capacity, NAT pair expression, and functions. Besides, an in silico identification of NATs pairs was presented, using deepSuperSAGE libraries of soybean infected or not with Phakopsora pachyrhizi. Results showed that around 1/3 of the 77,903 predicted trans-NATs (by PlantsNATsDB database) detected had unitags mapped in both sequences of each pair. The same 1/3 of the 436 foreseen cis-NATs showed unitags anchored in both sequences of the related pairs. For those unitags mapped in NAT pairs, a modulation expression was assigned as upregulated, downregulated, or constitutive, based on the statistical analysis (P

Bancos de dados de seqüências expressas representam uma fonte potencialmente valorosa para o desenvolvimento de marcadores moleculares. Neste trabalho, estudos foram realizados para o desenvolvimento de marcadores para aplicação no melhoramento de feijão-caupi, feijão-comum e soja. Foram analisadas 10.880 ESTs de feijão-comum e 116.965 ESTs de soja. Um total de 331 e 4553 SSRs foram identificados nas seqüências de feijão-comum e soja, respectivamente. Trinucleotídeos (45,62 %) foram as mais abundantes em feijãocomum, enquanto que os dinucletídeos (49,67 %), em soja. A densidade média variou de um SSR a cada 22 Kb (feijão-comum) a um SSR a cada 14,68 Kb (soja). Repetições diméricas AG/GA / TC/CT e triméricas AAG/AGA/GAA / TTC/TCT/CTT foram as mais abundantes em ambas espécies. Um total de 153 e 1928 pares de primers EST-SSRs foram propostos para feijão-comum e para soja, respectivamente. Desses, sinteizaram-se 20 para soja, dos quais apenas nove amplificaram (sendo quatro de tamanho esperado e, desses, dois polimórficos) e dois foram transferíveis. Para feijão-comum sintetizaram-se 22, dos quais 15 amplificaram, sendo que 11 apresentaram tamanho esperado e 10 desses foram polimórficos (PIC médio de 0,50); 11 dos funcionais foram transferidos para feijão-caupi, sendo oito de tamanho esperado e cinco desses, polimórficos (PIC médio de 0,36). Análises detalhadas dos amplicons seqüenciados determinaram que as extensões dos motivos de SSRs foram variáveis e que as regiões flanqueadoras dessas repetições foram geralmente bem conservadas, confirmando o sucesso da transferibilidade entre feijão-comum e feijão-caupi

CAPES O feijão-caupi compreende uma leguminosa de significativa importância social e econômica no Brasil e no mundo, especialmente em regiões semiáridas. No entanto, sua produtividade é frequentemente afetada por estresses bióticos e abióticos. As TLPs (Thaumatin-Like Proteins) pertencem à superfamília PR-5 (Patogenesis-Related 5), que compreende uma significativa diversidade molecular e funcional, estando associada a estresses bióticos (defesa contra patógenos) bem como à tolerância a estresses ambientais (abióticos). O presente trabalho teve como objetivo caracterizar e analisar o transcriptoma do feijão-caupi inferindo sobre a diversidade estrutural e a expressão de TLPs sob diferentes estresses (inoculação com vírus CABMV ou CPSMV e desidratação de raízes). A análise fenética das VuTLPs utilizando o método Neighbor-Joining revelou grupamentos de VuTLPs funcionalmente especializadas. Além disso, a ancoragem de VuTLPs no genoma do feijão-caupi revelou a existência de 34 locos codificantes de TLPs, uma quantidade comparável com aqueles relatados para outras angiospermas. A análise de promotores associados às TLPs em bibliotecas de RNA-Seq de feijão-caupi sob diferentes estresses (biótico e abiótico) indicou uma pluralidade funcional. Por outro lado, a análise da expressão gênica de bibliotecas de RNA-Seq mostrou uma maior modulação de expressão de VuTLPs sob estresse abiótico (desidratação radicular) do que pela inoculação com CABMV ou CPSMV. Além disso, verificou-se que a maioria das VuTLPs apresentou especialização funcional específica a um determinado tipo de estresse, considerando as diferentes condições analisadas. Cowpea is a legume of significant social and economic importance in Brazil and worldwide, especially in semiarid regions. However, their productivity is often affected by biotic and abiotic stresses. TLPs (Thaumatin-Like Proteins) belong to PR- 5 (Pathogenesis-Related 5) protein superfamily that comprises a significant molecular and functional diversity, being associated with biotic stress (pathogen defense) besides tolerance to environmental (abiotic) stresses. The present work aimed to characterize and analyze the cowpea transcriptome inferring on TLP structural diversity and expression under different stresses (inoculation with CABMV or CPSMV viruses and root dehydration). Phenetic analysis of the VuTLPs using the method Neighbor-Joining revealed clusters of functionally specialized VuTLPs. Additionally the anchoring of VuTLPs in the cowpea genome revealed the existence of 34 encoding loci, an amount comparable with those reported for other angiosperms. The analysis of TLP-associated promoters in cowpea RNA-Seq libraries under different stresses (biotic and abiotic) indicated a functional plurality. On the other hand, gene expression analysis of RNA-Seq libraries showed a higher expression modulation of VuTLPs under abiotic stress (root dehydration) than by CABMV or CPSMV inoculation. In addition, it was verified that most VuTLPs presented functional specificity to a given stress type, considering the different conditions analyzed.

CNPq A cana-de-açúcar é uma importante gramínea, muito utilizada como fonte de energia renovável, a partir da produção do etanol. Seu cultivo enfrenta perdas significativas devido a estresses ambientais, incluindo a seca. A tolerância a estresses é influenciada por genes regulados por fitormônios. O presente trabalho identificou transcritos das vias de transdução de sinal por fitormônios em cana-de-açúcar após 24 h de supressão de rega, e validou parte das expressões por RT-qPCR. Para tanto, unitags SuperSAGE identificadas em ESTs de cana-de-açúcar foram alinhadas (BlastN) com transcritos de sorgo de oito vias (KEGG). Com base nos resultados foi possível: a) identificar nas oito vias estudadas, transcritos de cana-de-açúcar com unitags diferencialmente expressas; b) mapear componentes previstos (43 - 100 %) nas vias, em respostas a seca; c) propor nove primers eficiencites para RT-qPCR, amplificando componentes de quatro das vias analisadas; d) identificar respostas individualizadas, de acessos tolerantes e sensíveis, nas orquestrações das vias de sinalização do ABA, JA, SA e GA. Assim, a via de sinalização por ABA foi confirmada nos acessos tolerantes CTC15 e SP83-5073 (também no acesso sensível SP90-3414); por JA, no acesso tolerante SP83-2847 (e nos sensíveis CTC9 e CTC13); por SA, no acesso tolerante SP83-5073 (e no sensível CTC9); e por GA, no acesso tolerante SP83-2847. Em conjunto, os resultados contribuem para uma melhor compreensão das respostas de tolerância da planta ao estresse estudado, a partir da ação dos fitormônios expressos por diferentes acessos de cana-de-açúcar. Sugarcane is an important crop as a source of renewable energy through the production of ethanol. Its cultivation is facing significant losses in crop production due to environmental stresses, mainly drought. The plant stress tolerance is influenced by genes regulated by phytohormones, compounds of great importance in plant physiology. The present work identified transcripts of the signal transduction pathways by phytohormones in sugarcane after 24 h water suppression, also validating their expression profiles by RT-qPCR. Thus, SuperSAGE unitags identified in sugarcane ESTs were aligned (BlastN) with sorghum transcripts of eight phytohormones signalling transduction pathways from the KEGG database. Based on the results it was possible to: a) identify, in the eight pathways studied, sugarcane transcripts with differentially expressed unitags, in response to the stimulus; b) map, between 43 - 100% of the components predicted in pathways, in response to drought; c) to propose nine primers effucient for RT-qPCR, to amplify components of four of the pathways analyzed; d) identify individualized responses, tolerant and sensitive, in the orchestrations of signaling pathways for ABA, JA, SA and GA. Therefore, the ABA signaling pathway was confirmed in the CTC15 and SP83-5073 tolerant accesses (also in SP90-3414 sensitive access), by JA, in the SP83-2847 tolerant access (and in the CTC9 and CTC13 sensitives); by SA, in the SP83-5073 tolerant access (and in the CTC9 sensitive); and by GA, in the SP83-2847 tolerant access. On the whole, the results contribute to a better understanding of the tolerance responses of the plant to the studied stress, based on the action of the phytormons expressed by different accesses of sugarcane.