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221 p., Wnt-11 es una proteína que se encuentra altamente expresada en el cáncer de próstata metastático, donde favorece la diferenciación neuroendocrina, la supervivencia y la migración celular activando señales a través de la familia de factores de transcripción AP-1/ATF, independientes de ß-catenina. Para caracterizar los efectos de la inhibición selectiva de Wnt-11, se generaron dos anticuerpos monoclonales anti-Wnt-11, E8 y F10, que tienen el mismo epítopo en Wnt-11. Los anticuerpos reconocen Wnt-11 en contexto celular, reducen la fosforilación del efector de Wnt DVL, reducen la proliferación en esferas de células de cáncer de próstata, inhiben la migración e invasión celular y la migración de células en hipoxia. Se llevó a cabo la conjugación de E8 y F10 a nanopartículas magnéticas (MNP) y se determinó que las nanoformulaciones anti-Wnt-11 inhiben la migración celular sin afectar a la viabilidad. Tanto E8 como la nanoformulación MNP-E8 reducen el crecimiento tumoral de células PC3 en el modelo in vivo de la membrana corioalantoidea de pollo, CAM. Se caracterizó un mutante de Wnt-11 con el epítopo de los anticuerpos delecionado, y se determinó que esta región tiene un papel relevante en la función y señalización de Wnt-11. La deleción del epítopo limita la migración celular inducida por Wnt-11, reduce la fosforilación de DVL, inhibe la transcripción dependiente de ATF2 y produce una disminución en la interacción de Wnt-11 con un correceptor de Wnt. En conjunto, los resultados resaltan el papel de Wnt-11 como una posible diana terapéutica y los anticuerpos anti-Wnt-11 y sus nanoformulaciones como potenciales agentes terapéuticos para el tratamiento del cáncer de próstata metastático.

El 1er capítulo de resultados está sujeto a confidencialidad por la autora. 129 p., La enfermedad hepática crónica hace referencia a un amplio espectro de patologías hepáticas lenta progresión, pero potencialmente mortales. A pesar de los avances en diagnóstico y tratamiento, el estilo de vida sedentario, la adherencia a dietas poco saludables, el alcohol y el abuso de fármacos como paracetamol continúan exponiendo a las personas al desarrollo de enfermedades, lo que enfatiza la necesidad de desarrollar nuevas estrategias para abordar estos nuevos riesgos emergentes. La investigación de este trabajo se ha centrado en los desequilibrios metabólicos hepáticos que derivan del abuso de alcohol y toxicidad por paracetamol, identificando la enzima Glicina N-metiltransferasa (GNMT) como un principal afectado en el desarrollo de la enfermedad hepática crónica. Por otro lado, cada vez es mayor la evidencia que respalda el potencial regulador de los pequeños micro-ARN no codificantes en la enfermedad hepática. Estas moléculas tienen la capacidad de alterar la expresión de proteínas nivel post-transcripcional cuando se unen a sus ARNm diana, en base a estudios previos que demuestran la desregulación del micro-ARN miR-873-5p está implicado en la progresión de enfermedad hepática, este trabajo ha demostrado el potencial terapéutico de su inhibición en diferentes contextos de toxicidad hepática. El objetivo de esta investigación es explorar el potencial de biomarcadores no invasivos y comprender el papel de miR-873-5p en la regulación de GNMT y el desarrollo de enfermedades hepáticas inducidas por toxicidad derivada de alcohol y paracetamol. Estos hallazgos resaltan la importancia de GNMT en la enfermedad hepática crónica y señalan la necesidad de investigaciones adicionales para mejorar el diagnóstico y tratamiento de estas enfermedades hepáticas.

203 p., El estilo de vida occidental ha provocado un aumento de la prevalencia de varias enfermedades que afectan al hígado. Por un lado, la obesidad, que se ha convertido en una pandemia mundial, aumenta el riesgo de desarrollar la enfermedad del hígado graso no alcohólico (EHGNA) además de otros tipos de cáncer como el carcinoma hepatocelular (CHC). Por otro lado, la amplia disponibilidad y el abuso del paracetamol (APAP) han provocado que la lesión hepática inducida por este fármaco se convierta en la causa más común de fallo hepático aguda. Ambas enfermedades tienen como eje principal la alteración del metabolismo de lípidos, la respuesta inmune y la activación del ciclo celular. Las opciones terapéuticas actuales son escasas y muy limitadas por lo que es necesario encontrar nuevas dianas terapéuticas. La familia de factores de transcripción E2F está compuesta por proteínas reguladoras del ciclo celular. Sin embargo, los miembros de la familia E2F ejercen otras funciones; en concreto, E2F1 participa en procesos metabólicos y tanto E2F1 como E2F2 han sido relacionados con la regeneración hepática y la maduración de determinadas células del sistema inmune. Por lo tanto, en este trabajo se propuso investigar el papel y el valor potencial como dianas terapéuticas de E2F1 y E2F2 en el CHC relacionado con NAFLD y en la lesión hepática inducida por APAP.

200 p., El colangiocarcinoma (CCA) es un conjunto de tumores que se originan en la vía biliar y debido a su carácter asintomático, se diagnostican en fases muy avanzadas, limitando sustancialmente las posibles opciones terapéuticas. Por ello, existe la urgente necesidad de descubrir los mecanismos moleculares involucrados en el desarrollo y progresión del CCA con el fin de encontrar nuevas dianas terapéuticas, así como biomarcadores para su diagnóstico precoz y para poder predecir su pronóstico. Durante los últimos años, se ha observado que el receptor scavenger MARCO tiene un papel clave en la polarización de los macrófagos y en consecuencia en la respuesta inmune adaptativa. Evidencias recientes en tumores sólidos como el carcinoma de mama, colon y melanoma indican que el receptor MARCO se expresa en macrófagos asociados a tumor (TAMs) tipo M2 inmunosupresores en el microambiente tumoral, contribuyendo a la inmunosupresión y al desarrollo y progresión de estos cánceres. Sin embargo, el papel de MARCO en la etiopatogenia del CCA permanece prácticamente desconocido. Nuestros datos en muestras de pacientes con CCA intrahepático (iCCA) indican que MARCO se encuentra en TAMs involucrados en procesos asociados a la inmunosupresión y a la remodelación de la matriz extracelular. Además, elevados niveles de expresión de MARCO en muestras de iCCA están asociados con un peor pronóstico y también se relacionan con una disfuncionalidad de los linfocitos T. En este sentido, los ratones deficientes de MARCO (Marco-/-) han demostrado tener una protección frente al desarrollo y progresión del iCCA en diferentes modelos experimentales murinos, y estudios proteómicos llevados a cabo con células de iCCA murinas y macrófagos residentes del hígado demuestran una regulación de procesos clave implicados en la colangiocarcinogénesis.

268 p., Los factores de transcripción E2F son cruciales en la regulación de genes involucrados en la progresión del ciclo celular, la replicación del ADN, la reparación de daño al ADN o la duplicación de los orgánulos. En este trabajo se realizó un análisis bioinformático con el fin de encontrar nuevos genes diana de los E2F que pudieran estar asociados al ciclo celular y al cáncer. En dicho análisis se identificó a TEDC2 (Tubulin Epsilon and Delta Complex 2), proteína centriolar poco caracterizada, como potencial diana de los E2F. Observamos que las muestras tumorales con una elevación de los niveles de TEDC2 se correlacionaban con un peor pronóstico. El gen TEDC2 se co-expresa y presenta codependencia con otros genes que participan en la duplicación centriolar y en mitosis. Demostramos que la expresión de TEDC2 está regulada durante el ciclo celular con un máximo en la entrada de fase S, momento en el que E2F1 se une al promotor de TEDC2, activando su transcripción. Respecto a su localización subcelular, TEDC2 se localiza en el material pericentriolar y en el anillo del midbody, para lo que requiere dos dominios de localización. TEDC2 interacciona con proteínas del ciclo del centrosoma, destacando a CEP295 y a las tres proteínas con las que forma el complejo TED: TEDC1 y las tubulinas ¿ y ¿. Predicciones de la estructura del complejo TED sugieren que TEDC1 ejerce de puente entre el heterodímero de las tubulinas ¿ /¿ y TEDC2. Por último, experimentos de silenciamiento mostraron que TEDC2 es indispensable para la correcta duplicación de los centriolos y la función del centrosoma

238 p., El cáncer y la inflamación están estrechamente relacionadas de forma bidireccional, y la inflamación crónica está considerada como una característica intrínseca del cáncer. La Oncostatina M (OSM) es una citoquina inflamatoria pertenece a la familia de citoquinas de la interleukina 6, que participa en procesos como las respuestas inmunes, la regeneración y el metabolismo. Los datos presentados en esta tesis demuestran que OSM promueve la aparición, desarrollo y metástasis del cáncer de mama, sobre todo en los tumores con peor pronóstico que carecen del receptor de estrógeno. Asimismo, OSM promueve la aparición y el crecimiento del carcinoma hepatocelular, sobre todo cuando este se origina en un contexto inflamatorio. Se ha visto que los mecanismos subyacentes de dichos efectos incluyen una mayor capacidad migratoria, invasiva y metastásica de las células tumorales per se, una mayor activación de los fibroblastos y una gran remodelación de la matriz extracelular producido tanto por las células tumorales como por los fibroblastos, dando lugar a un aumento de fibrosis. Además, elevados niveles de OSM o su receptor OSMR se han visto asociados a una menor supervivencia en pacientes de cáncer de mama que carecen del receptor de estrógeno, así como de un subtipo de pacientes de carcinoma hepatocelular. Todos estos datos apoyan la vía de señalización de OSM como una prometedora diana terapéutica para ciertos pacientes de cáncer de mama y carcinoma hepatocelular.

222 p., Las células natural killer (NK) son un componente clave del Sistema Inmunitario y juegan un papel fundamental en la defensa frente a infecciones virales y células cancerígenas. Una breve estimulación con interleuquina (IL)-12, IL-15 e IL-18 confiere a las células NK unas propiedades similares a las de la memoria inmunológica. Estas células NK con propiedades tipo memoria son conocidas como cytokine-induced memory-like (CIML) tienen una actividad antitumoral superior y han demostrado ser capaces de combatir eficazmente diferentes cánceres en modelos de ratón. Además, las células NK CIML se están probando en 10 ensayos clínicos y están mostrando resultados muy prometedores. Dada la relevancia terapéutica de estas células NK estimuladas con IL-12/15/18, el objetivo de esta tesis es estudiar el efecto de estas IL sobre diferentes aspectos de las células NK, incluyendo el fenotipo, funciones efectoras, metabolismo y la dinámica mitocondrial. Nuestros datos han mostrado cómo la estimulación con IL-12/15/18 incrementa la capacidad citotóxica y la polifuncionalidad de las células NK, y les confiere la capacidad de proliferar en respuesta a dosis bajas de IL-2. También describimos cómo la estimulación con IL-12/15/18 induce una reprogramación metabólica de las células NK, y la relevancia de algunas rutas metabólicas para las funciones efectoras de estas células. Por último, estudiamos los cambios que induce la estimulación con IL-12/15/18 sobre las mitocondrias de las células NK y la relación que tienen con su viabilidad.

246 p., La infertilidad humana es un problema social que afecta a aproximadamente al 15% de la población mundial debiéndose en el 50% de los casos a un factor masculino. Son causa de infertilidad masculina los fallos durante la espermatogénesis, proceso de diferenciación y maduración espermática que puede conllevar a la pérdida de uno o varios cromosomas, denominada nulisomía y cuyo estudio se realiza mediante la técnica FISH. Nuestros resultados muestran diferencias estadísticamente significativas de los valores estudiados en el seminograma entre las muestras seminales de pacientes con resultado FISH alterado por presencia de nulisomías, sin llegar a ser considerados patológicos y no encontrando una relación entre padecer una patología seminal con la presencia de nulisomías. Además, observamos un impacto negativo de las nulisomías en los resultados de las TRAs, específicamente un descenso significativo en las tasas de formación de blastocistos, en la tasa de calidad embrionaria en dicho estadío, en la tasa de implantación y en la de gestación evolutiva. Complementariamente, procedimos a la caracterización proteómica de muestras seminales e identificamos una sobreexpresión de proteínas que forman parte del metabolismo lipídico, del ciclo de Krebs y de la cadena transportadora de electrones y una infraexpresión de enzimas que forman parte de la glicolisis en las muestras nulisómicas con respecto a las de donantes. Es decir, los espermatozoides nulisómicos presentan un metabolismo energético alterado lo que compromete su capacidad fértil. Además, identificamos y verificamos infraexpresión de la proteína de membrana extracelular DPP4/ CD26, por lo que podemos concluir que el anticuerpo de esta proteína podría emplearse como biomarcador diagnóstico y de selección de espermatozoides euploides.

265 p., Las modificaciones postraduccionales (MPTs) son un conjunto de modificaciones covalentes y reversibles que sufren las proteínas tras su biosíntesis, considerándose un mecanismo relevante en la diversificación funcional, coordinación de vías de señalización y modulación del proteoma. Recientemente, la atención se ha centrado en el estudio de las MPT similares a la ubiquitina en el desarrollo de diversas patologías para comprender mejor su etiología y proponer nuevas terapias basades en su regulación. Sobre esta base, el presente trabajo se centra en el estudio de NEDD8 (célula precursora neuronal expresada, regulada negativamente durante el desarrollo 8), una proteína de 8 kD que se conjuga covalentemente en los residuos de lisina de sus proteínas diana en un proceso denominado nedilación. Los sustratos más conocidos son las culinas, un grupo de enzimas ligasa de ubiquitina, aunque también se ha descrito substratos diferentes a las culinas modulando su estabilidad, localización y función. Este trabajo muestra que la nedilación está incrementada e involucrada en el desarrollo de varias patologías através de la desregulación del proteoma, particularmente en enfermedades hepáticas como la del hígado graso no alcohólico (EHGNA), el cáncer infantil hepatoblastoma (HB), así como en la hiperactivación del sistema inmunológico como se ve en pacientes graves con infección por coronavirus (COVID-19). Por lo tanto, se propone el tratamiento farmacológico del MLN4924 dirigido a la inhibición de la nedilacion mediante la modulación de NAE1 (enzima 1 activadora de NEDD8), como terapia efectiva para restaurar la homeostasis del proteoma alterado en la enfermedad. El tratamiento con MLN4924 mejora la EHGNA al aumentar la oxidación de ácidos grasos vía la inactivación de la ruta de mTOR disminuyendo la acumulación de lípidos hepáticos; reduce el fenotipo maligno de las células de HB, induciendo la muerte de las células tumorales; y, por último, activa la respuesta inmunosupresora en

164 p., Las mutaciones sin sentido generan codones de terminación prematura (PTC) y son alteraciones genéticas frecuentes en cáncer y en enfermedad. Las proteoformas que surgen de estas variantes de PTC suelen ser menos estables y muestran una función proteica disminuida. En esta tesis doctoral, se ha estudiado in silico la distribución de PTC asociada a cáncer y la influencia del reinicio de traducción mediado por mutaciones sin sentido en genes supresores tumorales de forma global. Hemos descrito y caracterizado a nivel molecular una nueva proteoforma de PTEN derivada del reinicio de traducción a partir de la Met35 que hemos designado PTEN M35. Igualmente, hemos descubierto que la isoforma corta de VHL pVHL19 se genera a través del reinicio de traducción mediado por mutaciones sin sentido en la Met54. Además, esta tesis a demostrado que el reinicio de traducción mediado por mutaciones sin sentido tiene lugar en MMADHC en la Met62 y la Met116. Por último, para variantes de los tres genes estudiados con mutaciones PTC, se ha realizado un estudio de reconstitución de la biosíntesis de la proteína mediante readthrough (lectura a través) traduccional, utilizando principalmente el aminoglucósido geneticina (G418) como inductor. Los resultados de esta tesis indican que PTC en PTEN, VHL y MMADHC son susceptibles a reconstitución mediante readthrough, y que dicha reconstitución depende de la naturaleza del PTC, el contexto nucleotídico y la expresión basal de la proteína.

270 p., Los análisis moleculares, tanto de genética como de microbiota intestinal, pueden ser herramientas de medición imprecisas por sí solas pero muy importantes en la determinación del perfil fisiológico individual de los deportistas. Pese a que la investigación actual en biología molecular aplicada al deporte es extensa, no encontramos una aplicación práctica diaria que sea válida en su aplicación para deportistas y entrenadores. Por ello, el presente trabajo determina como el aporte de datos desde los análisis moleculares al conjunto de valoraciones específicas de rendimiento puede contribuir importantemente a la determinación de la funcionalidad fenotípica de los deportistas. Conocer las posibles tendencias innatas asociadas al rendimiento físico a través del análisis genético puede ayudarnos a detectar particularidades individuales y mejorar los modelos de entrenamiento basados en la individualidad. Además, podemos especular como la capacidad adaptativa individual ante estímulos concretos influye en el rendimiento final deportivo. Por ejemplo, como la falta de una característica genética determinante para el desarrollo de un fenotipo puede ser sustituida con el desarrollo de otra particularidad fisiológica adaptativa. La capacidad plástica de la microbiota intestinal y su gran influencia en la salud y el desarrollo fisiológico nos aportan una gran capacidad de poder influir en el estado del deportista. Por ello, la detección y categorización de fenotipos de rendimiento asociados a la microbiota intestinal puede ser un objetivo a desarrollar en los siguientes años de investigación. De este modo, poder mejorar las herramientas de análisis molecular puede favorecer directamente la prevención de lesiones y mejorar el estado perceptivo frente a limitantes en la progresión del rendimiento en deportistas. La individualización del entrenamiento y la valoración del deportista desde la perspectiva molecular y fisiológica debe ser el futuro de la investigación y la aplicación p

225 p., Aging is associated with a series of phenotypic changes at the cellular level, including changes in gene expression. In recent years, aged tissues have been reported to present an increase in transcriptional noise or cell-to-cell variability. In order to test this, a new method (Scallop) for the quantification of transcriptional noise from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data has been developed, which is based on cluster membership. In addition, a compilation of methods used in the literature has been implemented in the Python toolkit Decibel. A systematic analysis of published scRNA-seq datasets of murine and human aged tissues using Scallop and Decibel revealed that increased transcriptional noise is not a universal hallmark of aging. A deeper analysis of four scRNA-seq datasets of the murine aging lung showed that, even though there are no consistent cell type-specific changes in transcriptional noise levels, the aging lung is characterized by a reproducible enrichment in immune cell types, which was also seen in two human datasets. Interestingly, an exploratory analysis of gene expression datasets of murine and human aging revealed a previously undetected hallmark of aging: aged tissues present a generalized length-dependent transcriptional decay. This length-dependent underexpression (LDU) was also observed in premature aging models caused by exposure to environmental genotoxicity (UV radiation and tobacco smoke) and in two progeroid syndromes caused by defects in the transcription-coupled nucleotide excision repair pathway (TC-NER): Cockayne syndrome and trichothiodystrophy. These results suggest that accumulation of genotoxicity in long genes could lead to reduced RNA polymerase II procesivity.

[xxxvi], 326 p., La alta prevalencia de sobrepeso y obesidad detectada en la población laboral española es preocupante no sólo porque pueden ser enfermedades incapacitantes, sino porque además empeoran el pronóstico de las enfermedades no transmisibles. Así, el objetivo de este estudio fue profundizar en las características relacionadas con el estilo de vida, socio-económicas y laborales que, junto a la susceptibilidad genética, pueden influir en la aparición del sobrepeso y obesidad en 317 personas trabajadoras (PDI y PAS) de la UPV/EHU. La prevalencia de sobrecarga ponderal aunque menor que en otros colectivos laborales, fue del 42,12%, aumentaba con la edad, y más tempranamente en hombres (>35 años) que en mujeres (>55 años). La actividad física se ajustó a las recomendaciones de la OMS pero no mostró asociación con el fenotipo, aunque sí con las horas de sueño (<7 h/día). Por el contrario, la ingesta calórica excesiva y de snacks así como el consumo deficitario de verduras y frutas, este último solo en hombres, mostraron ser factores de riesgo ponderal. La dieta se ajustó mejor al modelo de dieta Atlántica que al de Mediterránea. Además, el patrón dietético predominante, el Occidental, que emergió en el análisis de componentes principales, se asoció significativamente con los índices de adiposidad y de riesgo cardiovascular, confirmando los efectos negativos del alejamiento de la dieta Mediterránea. Se detectaron además otros 3 patrones, dos de ellos específicos de cada sexo. Se pudo confirmar también la asociación con diversas medidas de la obesidad de 4 SNP localizados en los genes PPARG, FAIM2, CETP y BDNF.

263 p., La Enfermedad de Alzheimer (EA) cursa, entre otras cosas, con un hipometabolismo de la glucosa en el cerebro. Esta anomalía del metabolismo de la glucosa se manifiesta décadas antes de la aparición de síntomas y marcas histopatológicas características de la enfermedad. Llegar a descifrar el nexo entre el metabolismo de la glucosa en el cerebro con la muerte neuronal podría ser clave para entender la progresión de la neurodegeneración y especialmente la EA. A este respecto, cabe destacar la relación funcional entre los diferentes linajes celulares presentes en el cerebro y particularmente la relación entre astrocitos y neuronas. Los astrocitos son las células que abastecen de energía a las neuronas, además de transferir derivados de la glucosa proveniente del torrente circulatorio poseen el mayor almacén de glucógeno en el cerebro y cuya movilización también se traduce en transferencia de derivados de glucosa a al neurona. Los astrocitos en presencia de Aß1-42 oligomérico cambian su funcionalidad, traduciéndose éste en una afectación negativa para la biología de las neuronas del sistema nervioso central.Considerando el papel clave del péptido Aß1-42 en la fisiopatología de la EA, en general y en el metabolismo de la glucosa en particular, nosotros hemos investigado el papel del péptido Aß1-42 en el eje de señalización intracelular Rac1/PYGM/glucógeno en astrocitos y hemos observado que este eje de señalización gobierna la ruta de la biosintética de hexosaminas con objeto de mediar modificaciones postraduccionales por O-glicosilación de determinadas proteínas y estas O-glicosilaciones alteran la función de éstas como es el caso del receptor de LPA isoforma1.

220 p.

197 p., Las células "natural killer" (NK) son un componente clave del sistema inmunitario innato y una de sus funciones es reconocer y eliminar células malignas. El trasplante autólogo de precursores hematopoyéticos (TASPE) es un tratamiento establecido en todo el mundo para muchos tumores hematológicos, incluyendo el mieloma múltiple (MM). Se ha descrito que la reconstitución temprana de las células NK tras el TASPE tiene un papel muy importante en el pronóstico de los pacientes con MM. El objetivo principal de este trabajo ha sido estudiar los cambios en las subpoblaciones de células NK durante su reconstitución tras un TASPE en pacientes diagnosticados con MM. En esta tesis doctoral, en primer lugar, observamos que la expresión del receptor NKp80 en la superficie de las células NK no se veía alterada en diferentes condiciones y que, además, era más específico que el marcador CD16 tradicionalmente usado para identificar las células NK CD56neg. Además, mediante el uso de la citometría de flujo y el análisis del trascriptoma mediante secuenciación de ARN (ARN-seq), demostramos que las células NK experimentan un cambio tanto fenotípico como a nivel de perfil de expresión génica tras el TASPE. De este modo, los experimentos de ARN-seq demostraron que las células NK adquieren un fenotipo similar al de las células NK deciduales. Por último, descubrimos que la frecuencia de células NK con el fenotipo NKG2A-CD57+ se asocia al pronóstico de pacientes con MM sometidos a TASPE.

606 p., CRM1 bestelako ehunka proteinaren, kargoren, nukleotik zitoplasmaranzko garraioa egikaritzen duen hartzailea da. Horretarako, CRM1ek poltsiko hidrofobiko bat du, zeinetara kargoen esportazio seinaleak, NESak, lotzen diren. Tesi honetan, hainbat kargo edota NES berri identifikatu eta baieztatu dira, horien artean, lehenengoz aktiboki garraiatzen den mikropeptido bat eta horren NESa identifikatu dira. Gainera CRM1 eta NESen arteko lotura testu inguru zelularrean sakontasunean aztertzeko esportazio entsegu berri bat garatu da, zeinak lotura horretan parte hartzen duen aminoazido bakoitzaren zeresana aztertzeko bidea eman duen.Bestetik, CRM1en kargo asko minbiziarekin erlazionatuta, beraz, ez da harritzekoa CRM1 minbiziarekin estuki erlazionaturik egotea. CRM1 minbizian gainadierazita zein mutaturik aurkitu da, eta jada, CRM1 inhibitzaile den selinexor minbizia jakin batzuen tratamendurako onartua izan da. Tesi honetan, CRM1en mutazio onkogenikoak NESen esportazioan duen eragina aztertu da, gainera, selinexor eta beste ituratutako farmakoen arteko sinergia posibleak bilatu dira AML zelulak erabiltzen dituen sistema modelo batean. Eta bukatzeko, CRM1en inhibitzaileek proteoma mailan duten eragina aztertzea ahalbidetuko duen proteinen gertuko biotinilazioan oinarritutako estrategia berri bat garatu da

228 p., Esta tesis doctoral se basa en la descripción de los mecanismos moleculares que activan la migración y fagocitosis de la microglía en respuesta al péptido ß-amiloide, característico de la enfermedad de Alzheimer. Nuestros resultados han demostrado que el ß-amiloide se une al receptor integrina ß-1 en la línea inmortalizada de microglía humana para activar posteriormente a la GTPasa Rac1. Rac1, entonces, activa específicamente la isoforma muscular de la glucógeno fosforilasa (PYGM), la cual también se expresa en células del sistema nervioso central. La activación de la PYGM induce la liberación de monómeros de glucosa-1-fosfato (G1P) desde los gránulos de glucógeno.En presencia del péptido ß-amiloide, la G1P liberada del glucógeno es utilizada en la ruta biosintética de las hexosaminas, cuyo último producto es el UDP-GlcNAc. El UDP-GlcNAc es el sustrato de la O-GlcNAc transferasa (OGT), enzima que se encarga de O-GlcNAcilar proteínas nucleocitoplasmáticas. Las O-GlcNAcilaciones son modificaciones post-traduccionales en residuos serina/treonina que regulan las funciones de un gran número de proteínas. En esta tesis hemos identificado que el péptido ß-amiloide aumenta tanto la actividad de la OGT como las O-GlcNAcilaciones de las proteínas en microglía, siendo el eje Rac1/PYGM necesario para estas modificaciones. Además, hemos identificado que una de las proteínas O-GlcNAciladas en estas condiciones es la galectina-1.Cuando la galectina-1 es O-GlcNAcilada, hemos descrito que controla el splicing o procesamiento del pre-mRNA de genes como el de H-Ras. La galectina-1 O-GlcNAcilada también controla la migración y fagocitosis microglial. Por consiguiente, en esta tesis doctoral se ha identificado un eje de señalización formado por el péptido ß-amiloide/ integrina ß-1/ Rac1/ PYGM/ galectina-1-O-GlcNAc que controla el splicing, la migración y la fagocitosis en microglía.

Las páginas 69 a 91, 113 a 129 y 142 a 147 están sujetas a confidencialidad por el autor. 166 p., Schmallenberg Virus (SBV) is an arbovirus that belongs to the Peribunyaviridae family and Orthobunyavirus genus, being its closely counterparts Bunyamwera virus (BUNV) and Akabane Virus. SBV was discovered in late 2011 in Germany, it is transmitted by midges¿ bite and have been spreading on Europe, Asia and Africa ever since. The virus causes a disease associated with ruminants that includes fever, drop on milk production, diarrhoea and stillbirths, becoming a burden for small and large farms since its discovery. The SBV virion is pleomorphic and enveloped, enclosing its ribonucleoproteins, formed by the Nucleoprotein (SBV-N) in association with the segmented negative-sense RNA genome, beneath the lipid bilayer. The viral membrane is decorated by the GC and GN glycoproteins that together form the viral spike, the main mediators of viral infection. Among Orthobunyaviruses, the BUNV glycoprotein spike was already structurally described by cryoEM. On the other hand, structural data on SBV for its glycoprotein spikes and the whole virons and are currently very scarce. Concomitantly, due to the increasing spread of the arthropod vectors, there is a growing demand for alternative vaccines formulations against SBV. Hopefully, new prototypes will enter into the market in the future, complementing the current costly unattractive inactivated vaccines against SBV. The present work builds on previous studies from our findings on SBV-N as a promising vaccine candidate. We have investigatedwhich regions from SBV-N are responsible for protection. Based on state-of-art immunological assays using mice models, we have identified both the N-terminal domain (N-term; Met1-Thr133) and a smaller fragment of it (C4; Met1-Ala58) as promising subunit vaccine prototypes. For the structural characterization of SBV, we have optimized purification protocols in order to obtain viral particles for different EM methodologies. This allowed preliminary analyses of the whole virion morphology and the

200 p., Uno de los mayores problemas en la clínica a la hora de tratar el cáncer de mama es el desarrollo de resistencia a las terapias endocrinas, debido a su alta frecuencia y mayor agresividad. Se ha demostrado que las células madre cancerígenas (CSC del inglés cancer stem cells) están involucradas en el inicio y progresión tumoral, así como en el desarrollo de resistencia a diversas terapias. Un análisis computacional identificó a la fosfatidilserina descarboxilasa (PISD), una enzima involucrada en el metabolismo de los fosfolípidos, como un candidato involucrado en ambas resistencias. Se demuestra que la reducción de los niveles de expresión de PISD afecta sobre todo a las células resistentes a tamoxifeno y a inhibidores de aromatasa en cuestión de proliferación y CSC, tanto in vitro como in vivo. El mecanismo por el que las células resistentes se ven más afectadas no está totalmente esclarecido, pero se propone una reactivación de la vía del receptor de estrógeno. Por otro lado, la generación de células que sobre expresan de manera estable PISD muestra que el aumento en la expresión de PISD no es suficiente para alterar la proliferación celular en condiciones adherentes. Sin embargo, el aumento de los niveles de PISD revela una tendencia en el aumento de las poblaciones de CSC. En conclusión, los datos sugieren que las células endocrinas resistentes dependen más de PISD para proliferar, para mantener las poblaciones de CSC y formar tumores, sin embargo, su sobre expresión no es suficiente para impulsar el fenotipo de resistencia a tratamientos endocrinos.

257 p., E2F7 forma parte de la familia de factores de transcripción E2F y al igual que el resto de miembros de la familia, juega un papel crítico en la regulación del ciclo celular. Mientras que los mecanismos a través de los cuales los miembros E2F1-6 llevan a cabo la regulación transcripcional se conocen relativamente bien, habiendo identificado los principales complejos proteicos implicados en sus funciones activadoras o represoras, los mecanismos mediante los cuales E2F7 actúa como represor transcripcional para contrarrestar la activación transcripcional de los genes diana de E2F1-3 durante la progresión celular a través de la fase S, sigue sin caracterizarse completamente. Este trabajo de tesis se ha centrado en la investigación de los posibles interactores de E2F7, participes de la maquinaria represora empleada por E2F7. Se presentan evidencias de la interacción directa entre E2F7 y WDR5, una proteína conocida por ser crítica para la estabilidad y la actividad enzimática de los complejos de metilación de la cromatina MLL/SET implicados en la activación transcripcional. Además, los estudios funcionales llevados a cabo muestran un papel modulador de WDR5 sobre la actividad represora de E2F7. De hecho, el análisis de secuenciación masiva de ARN predice la implicación de dicha interacción en procesos de regulación transcripcional. Este análisis también ha permitido la identificación de genes diana de E2F7 no identificados hasta la fecha y regulados por el eje E2F7-WDR5.

265 p., La artrosis es una enfermedad con una prevalencia alta que va en aumento, con un alto coste sanitario en nuestro medio, asocia morbimortalidad y es moderadamente incapacitante para quien la padece. En contraposición, es una enfermedad con una patogenia poco conocida y sin un tratamiento que altere su progresión. Para esto es necesario conocer los actores y los mecanismos implicados en la fisiología y en la patogenia de la artrosis. Pero ésta y la articulación como elemento central de la artrosis, son objeto de relativamente pocos estudios si lo comparamos con otros órganos o patologías del organismo, como el cerebro o el corazón. En el presente trabajo, prospectivo observacional, analizamos 11 aminopeptidasas en líquido sinovial de pacientes con artrosis de rodilla antes y durante el tratamiento con Plasma Rico en Factores de Crecimiento. Identificamos actividad de todas ellas, algunas de las cuales describimos también actividad en fracción soluble y en fracción unida a membrana, siendo la mayor descripción realizada hasta la fecha. Se trata de un estudio novedoso ya que, a pesar de la importancia que está adquiriendo la proteomica, en su mayoría apenas si han sido descritas. Con ello planteamos que el sistema renina-angiotensina, el opioide-encefalinergico y el oxiocinergico están implicados en la fisiopatología articular. Tras la revisión bibliográfica realizada de todos los estudios previos encontrados de estas aminopeptidasas a nivel articular y de las funciones descritas en otros tejidos, proponemos que el papel de estas aminopeptidasas en la artrosis, incluirían al menos, la regulación de las vías-inmunoinflamatorias, el estrés oxidativo, las vías de la osificación endocondral, la senescencia articular y el dolor. Las diferencias obtenidas en la actividad de algunas aminopeptidasas por grado de artrosis, muestran un aumento significativo de la actividad en el grupo de pacientes con mayor artrosis, excepto para la Dipeptidil Peptidasa IV, que muestra una relaci

359 p., Ampliado el embargo hasta 24 meses a solicitud del autor 20-11-2023, Introducción: El etiquetado frontal de alimentos (FOPL) es una importante herramienta de salud pública que tiene como objetivo facilitar a los consumidores la toma de decisiones alimentarias informadas. Objetivos: Comparar el efecto de los FOPL Nutri-Score (NS) y Sellos de Advertencia (SdA), a través de la percepción y comprensión de calidad nutricional (CN), así como la capacidad de modificar la intención de compra en personas con y sin ENT. Metodología: Estudio transversal realizado en 2021 con la participación de 5.140 españoles con y sin enfermedad crónica (38,2 % y 61,8 %, respectivamente), quienes mediante una encuesta online dividida en tres secciones. La última sección consistía en una prueba experimental bajo tres condiciones de estudio: control (sin FOPL), NS, y SdA. Los participantes debían completar seis tareas de clasificación que consistían en ver tres imágenes de productos correspondientes a seis categorías de alimentos (yogures, cereales de desayuno, bizcochos, panes, embutidos y bebidas), y clasificarlas según su calidad nutricional e intención de compra. Resultados y conclusiones: La percepción del sistema NS fue positiva. Más del 55% de los participantes consideraron que este sistema sería de utilidad para transmitir información nutricional, el 44,2 % que les permitiría realizar una compra más saludable, y el 24,8 % que desconfiaría en un producto sin FOPL. Sobre una posible reformulación de alimentos a causa de NS, el 33,1 % estarían dispuestos a comprar el nuevo producto. Esta proporción fue mayor en las personas que no presentaban ENT. A pesar de la percepción positiva, el 56,2 % y 55,8 % de la población de estudio informó que este sistema contribuiría poco o nada como estrategia para el control de la obesidad y ENT, respectivamente. En cuanto a las pruebas experimentales, la comprensión objetiva de la calidad nutricional (CN) de cada categoría de productos alimenticios fue significativamente mayor en la condición SdA, en comparación a la condi

151 p., E2F-dependent transcriptional network ensures the timely entry of cells into S-phase through the regulation of a vast array of genes involved in DNA replication and cell cycle progression. In this Thesis, we aimed to decipher the role of E2F1 and E2F2 in the metabolism of nucleotides and the implications that E2F activity might have in tumor progression and resistance against chemotherapy. We show that in non-tumoral cells, targeted depletion of E2f1 and E2f2 in mice leads to a downregulation of genes encoding Tk1 and Dck (rate-limiting enzymes of the salvage pathway for nucleotide production), as well as to the activation of DNA damage. Importantly, this phenotype could be rescued with an exogenous supply of nucleotides.In tumor cells, enhanced E2F activity is thought to supply the nucleotides required for their exacerbated DNA replication. We found that the expression of E2F1/E2F2 correlates with malignancy in human prostate cancer and is necessary to maintain steady-state levels of TK1, DCK and TYMS and to prevent genomic instability during S phase. Silencing of E2F1/E2F2 in metastatic prostate cancer (mPCa) cells leads to DNA damage and compromises cellular viability, whereas addition of nucleosides, or the products of TK1 and DCK enzymatic activities improves cellular viability of E2F1/E2F2 knockdown cells, suggesting that the E2F/TK1-DCK-TYMS axis is crucial to preserve DNA integrity in mPCa cells. Furthermore, we show that mPCa cells are resistant to the apoptosis induced by the nucleoside analog 5-fluorouracil (5-FU) through the induction of TK1, DCK and TYMS expression. Remarkably, combined silencing of E2F1/E2F2 prevents 5-FU-induced upregulation of TK1, DCK and TYMS and reverses resistance of mPCa cells to 5-FU, whereas adding nucleosides or the products of TK1 and DCK activities increases the viability of E2F1/E2F2 knockdown cells treated with 5-FU. Interestingly, treatment of mPCa cells with the E2F pathway inhibitor Palbociclib in combination with 5-FU

178 p., Los factores de transcripción Kru¿ppel-like factor (KLF) regulan procesos de organogénesis, diferenciación y homeostasis celular, a través de su interacción con importantes vías de señalización. En algunos tipos de cáncer, la expresión y/o actividad de ciertos KLFs se encuentran alteradas, favoreciendo la progresión tumoral. En este estudio se investigó el papel de en el desarrollo y progresión del colangiocarcinoma (CCA), así como su potencial valor diagnóstico, pronóstico y como diana terapéutica. Para ello, se analizó la expresión de KLF15 en tejido de pacientes con CCA e hígado sano adyacente al tumor, así como en líneas celulares humanas de CCA en comparación a colangiocitos humanos normales (NHC), observando que el descenso en la expresión de KLF15 parece ser un evento general en CCA. Por otro lado, analizamos el perfil de metilación del gen KLF15 en tejido de pacientes de CCA, verificándose hipermetilación en regiones promotoras del gen que se correlaciona inversamente con la expresión de KLF15 e incubamos líneas celulares humanas de CCA con un agente hipometilante, recuperando parcialmente la expresión del factor de transcripción. Simultáneamente, generamos mediante transducción lentiviral líneas celulares de CCA con sobrexpresión de KLF15, que presentaron una menor capacidad proliferativa y agresividad in vitro y un crecimiento más lento en tumores subcutáneos in vivo. Además, realizamos un análisis proteómico para identificar aquellas proteínas diferencialmente expresadas en las líneas celulares de CCA con sobrexpresión de KLF15. En conclusión, el factor de transcripción KLF15 actúa como supresor tumoral en CCA, presentándose como un posible biomarcador diagnóstico y pronóstico, así como una importante diana terapéutica.

Despite the increasing availability of genomic data and enhanced data analysis procedures, predicting the severity of associated diseases remains elusive in the absence of clinical descriptors. To address this challenge, we have focused on the KV7.2 voltage-gated potassium channel gene (KCNQ2), known for its link to developmental delays and various epilepsies, including self-limited benign familial neonatal epilepsy and epileptic encephalopathy. Genome-wide tools often exhibit a tendency to overestimate deleterious mutations, frequently overlooking tolerated variants, and lack the capacity to discriminate variant severity. This study introduces a novel approach by evaluating multiple machine learning (ML) protocols and descriptors. The combination of genomic information with a novel Variant Frequency Index (VFI) builds a robust foundation for constructing reliable gene-specific ML models. The ensemble model, MLe-KCNQ2, formed through logistic regression, support vector machine, random forest and gradient boosting algorithms, achieves specificity and sensitivity values surpassing 0.95 (AUC-ROC > 0.98). The ensemble MLe-KCNQ2 model also categorizes pathogenic mutations as benign or severe, with an area under the receiver operating characteristic curve (AUC-ROC) above 0.67. This study not only presents a transferable methodology for accurately classifying KCNQ2 missense variants, but also provides valuable insights for clinical counseling and aids in the determination of variant severity. The research context emphasizes the necessity of precise variant classification, especially for genes like KCNQ2, contributing to the broader understanding of gene-specific challenges in the field of genomic research. The MLe-KCNQ2 model stands as a promising tool for enhancing clinical decision making and prognosis in the realm of KCNQ2-related pathologies.

Billions of cells die in us every hour, and our tissues do not shrink because there is a natural regulation where Cell Death (CD) is balanced with cell division. The process in which cells eliminate themselves in a controlled manner is called Programmed Cell Death (PCD). The PCD plays an important role during embryonic development, in maintaining homeostasis of the body’s tissues, and in the elimination of damaged cells, under a wide range of physiological and developmental stimuli. A multitude of protein mediators of PCD have been identified and signals have been found to utilize common pathways elucidating the proteins involved. This narrative review focuses on caspase-dependent and caspase-independent PCD pathways. Included are studies of caspase-dependent PCD such as Anoikis, Catastrophe Mitotic, Pyroptosis, Emperitosis, Parthanatos and Cornification, and Caspase-Independent PCD as Wallerian Degeneration, Ferroptosis, Paraptosis, Entosis, Methuosis, and Extracellular Trap Abnormal Condition (ETosis), as well as neutrophil extracellular trap abnormal condition (NETosis) and Eosinophil Extracellular Trap Abnormal Condition (EETosis). Understanding PCD from those reported in this review could shed substantial light on the processes of biological homeostasis. In addition, identifying specific proteins involved in these processes is mandatory to identify molecular biomarkers, as well as therapeutic targets. This knowledge could provide the ability to modulate the PCD response and could lead to new therapeutic interventions in a wide range of diseases

Childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) is a heterogeneous disease comprising multiple molecular subgroups with subtype-specific expression profiles. Recently, a new type of ncRNA, termed circular RNA (circRNA), has emerged as a promising biomarker in cancer, but little is known about their role in childhood B-ALL. Here, through RNA-seq analysis in 105 childhood B-ALL patients comprising six genetic subtypes and seven B-cell controls from two independent cohorts we demonstrated that circRNAs properly stratified B-ALL subtypes. By differential expression analysis of each subtype vs. controls, 156 overexpressed and 134 underexpressed circRNAs were identified consistently in at least one subtype, most of them with subtype-specific expression. TCF3::PBX1 subtype was the one with the highest number of unique and overexpressed circRNAs, and the circRNA signature could effectively discriminate new patients with TCF3::PBX1 subtype from others. Our results indicated that NUDT21, an RNA-binding protein (RBP) involved in circRNA biogenesis, may contribute to this circRNA enrichment in TCF3::PBX1 ALL. Further functional characterization using the CRISPR-Cas13d system demonstrated that circBARD1, overexpressed in TCF3::PBX1 patients and regulated by NUDT21, might be involved in leukemogenesis through the activation of p38 via hsa-miR-153-5p. Our results suggest that circRNAs could play a role in the pathogenesis of childhood B-ALL.

224 p., Las vesículas extracelulares (EVs) son pequeñas partículas delimitadas por membranas lipídicas que las células generan y secretan al espacio extracelular. Su función principal es facilitar la comunicación intracelular, y actuar como portadoras de una amplia gama de moléculas, incluyendo proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. Se ha observado que el daño hepático afecta de manera significativa la composición proteica de las EVs liberadas, y se ha constatado que las EVs secretadas por hepatocitos contienen enzimas activas, como la Catecol-O-metiltransferasa (COMT), una proteína previamente identificada como biomarcador de daño hepático. El objetivo principal de la tesis es investigar la composición de las EVs derivadas del hígado y su posible impacto en los órganos receptores, además de explorar la posible implicación de la COMT en dichos efectos. Este estudio ha revelado que los hepatocitos bajo condiciones de síndrome metabólico acumulan lípidos que son liberados a través de EVs en cultivo, alterando también significativamente el contenido lipídico de las EVs, enriqueciendo las especies de triglicéridos. A través de estudios In Vivo se han observado interacciones mediada por EVs entre el cerebro y el hígado aumentadas con dieta grasa. En relación con el estudio de la COMT, se ha encontrado una mayor expresión de esta enzima en las mitocondrias, y se ha determinado que la vía endocítica y el transporte vesicular desempeñan un papel importante en la regulación de la localización subcelular de la COMT. En resumen, se ha establecido una estrecha relación entre la COMT y las mitocondrias, evidenciándose una desviación hacia estas últimas al bloquear distintas vías de tráfico vesicular.

Hypothyroidism is the most frequent endocrine pathology. Although clinical or overt hypothyroidism has been traditionally associated to low T3 / T4 and high thyrotropin (TSH) circulating levels, other forms exist such as subclinical hypothyroidism, characterized by normal blood T3 / T4 and high TSH. In its different forms is estimated to affect approximately 10% of the population, especially women, in a 5:1 ratio with respect to men. Among its consequences are alterations in cardiac electrical activity, especially in the repolarization phase, which is accompanied by an increased susceptibility to cardiac arrhythmias. Although these alterations have traditionally been attributed to thyroid hormone deficiency, recent studies, both clinical trials and experimental models, demonstrate a fundamental role of TSH in cardiac electrical remodeling. Thus, both metabolic thyroid hormones and TSH regulate cardiac ion channel expression in many and varied ways. This means that the different combinations of hormones that predominate in different types of hypothyroidism (overt, subclinic, primary, central) can generate different forms of cardiac electrical remodeling. These new findings are raising the relevant question of whether serum TSH reference ranges should be redefined.

Fast- and slow-growing phenotypes from two separate breeding families of the Manila clam (Ruditapes philippinarum) were alternatively fed two monoalgal diets with high and low N content (C:N ratios of 4.9 and 13.5, respectively). After 35 days of food conditioning, clams were sacrificed, and the soft body was dissected out into five different tissue fractions to determine the corresponding ponderal ratios (tissue wt./body wt.) and a separate analysis of the elemental composition of these tissues. Previously reported C and N balances performed with the same conditioning diets were integrated and compared with tissue composition of the same phenotypes in order to assess the efficacy of mechanisms elicited to compensate for N deficit. Broad differences in dietary N content resulted in only minor changes in whole-body C:N composition which suggests a noticeable degree of homeostatic regulation of nutrient balances. This regulation was found to be stricter in fast-compared to slow-growing phenotypes and differed among the various body tissues. Using the threshold element ratio approach, physiological mechanisms were identified that partly compensate for large stoichiometric mismatches between low-N food and body tissues.

465 p., El análisis de los restos óseos recuperados en el templo de Santa María ha permitido conocer aspectos fundamentales sobre la estructura biológica y social de la población de Vitoria-Gasteiz durante los siglosXII al XVIII, considerando el contexto histórico, geográfico y cronológico en el que se encuadra esta necrópolis. El estudio de la prevalencia de raquitismo de forma diacrónica, ha permitido evaluar la influencia que diversos acontecimientos ocurridos durante la Edad Media y Moderna tuvieron en la salud de la población infantil, constituyendo un referente para el análisis de las poblaciones históricas del sur de Europa. En este estudio hemos registrado una elevada mortalidad en la primera infancia (0-6 a.), y una mortalidad más temprana en las mujeres (grupo 25-35 a.) que en los hombres, lo que puede relacionar seno solo con los riesgos de la actividad reproductora, sino también con factores sociales y económicos,que se ven asimismo reflejados en el comportamiento funerario. Hemos realizado un estudio paleopatológico a nivel poblacional que ha permitido establecer la prevalencia de un grupo de artropatías degenerativas e inflamatorias de difícil diagnóstico (p.e. Artritis Reumatoide, Espondiloartropatías,DISH, Osteoartritis), habiendo analizado la influencia de factores genéticos a nivel del ADN mitocondrialen el desarrollo de las artropatías, lo que nos ha llevado a apoyar una relación entre el sub-haplogrupo H2y las Espondiloartropatías (SpAs), cuyo estudio en futuros análisis puede resultar útil, incluso como posible herramienta de diagnóstico.

A toxicogenomic approach was used for toxicity evaluation of arsenic in the aquatic environment, and differential gene expression was investigated from 24 h and 96 h water-only acute toxicity tests with the aquatic oligochaete, Tubifex tubifex (Annelida, Clitellata). Several toxicological endpoints (survival and autotomy) of the oligochaete and tissue residues were measured, and dose-response modelling of gene expression data was studied. A reference transcriptome of the aquatic oligochaete, T. tubifex, was reconstructed for the first time, and genes related to cell stress response (Hsc70, Hsp10, Hsp60, and Hsp83), energy metabolism (COX1), oxidative stress (Cat, GSR, and MnSOD), and the genes involved in the homeostasis of organisms (CaM, RpS13, and UBE2) were identified and characterised. The potential use of the genes identified for risk assessment in freshwater ecosystems as early biomarkers of arsenic toxicity is discussed.

Renal cell carcinoma (RCC) ranks among the most prevalent malignancies in Western countries, marked by its notable heterogeneity, which contributes to an unpredictable clinical trajectory. The insufficiency of dependable biomarkers adds complexity to assessing this tumor progression. Imbalances of several components of the intrarenal renin–angiotensin system (iRAS) significantly impact patient prognoses and responses to first-line immunotherapies. In this study, we analyzed the immunohistochemical expression of the Mas-related G-protein-coupled receptor D (MrgD), which recognizes the novel RAS peptide alamandine (ALA), in a series of 87 clear cell renal cell (CCRCCs), 19 papillary (PRCC), 7 chromophobe (ChRCC) renal cell carcinomas, and 11 renal oncocytomas (RO). MrgD was expressed in all the renal tumor subtypes, with a higher mean staining intensity in the PRCCs, ChRCCs, and ROs. A high expression of MrgD at the tumor center and at the infiltrative front of CCRCC tissues was significantly associated with a high histological grade, large tumor diameter, local invasion, and locoregional node and distant metastasis. Patients with worse 5-year cancer-specific survival and a poorer response to antiangiogenic tyrosine-kinase inhibitors (TKIs) showed higher MrgD expression at the center of their primary tumors. These findings suggest a possible role of MrgD in renal carcinogenetic processes. Further studies are necessary to unveil its potential as a novel biomarker for CCRCC prognosis and response to frontline therapies.

Originally considered to act as a transcriptional co‑factor, Pirin has recently been reported to play a role in tumorigenesis and the malignant progression of many tumors. Here, we have analyzed the diagnostic and prognostic value of Pirin expression in the early stages of melanoma, and its role in the biology of melanocytic cells. Pirin expression was analyzed in a total of 314 melanoma biopsies, correlating this feature with the patient’s clinical course. Moreover, PIR downregulated primary melanocytes were analyzed by RNA sequencing, and the data obtained were validated in human melanoma cell lines overexpressing PIR by functional assays. The immunohistochemistry multivariate analysis revealed that early melanomas with stronger Pirin expression were more than twice as likely to develop metastases during the follow‑up. Transcriptome analysis of PIR downregulated melanocytes showed a dampening of genes involved in the G1/S transition, cell proliferation, and cell migration. In addition, an in silico approach predicted that JARID1B as a potential transcriptional regulator that lies between PIR and its downstream modulated genes, which was corroborated by co‑transfection experiments and functional analysis. Together, the data obtained indicated that Pirin could be a useful marker for the metastatic progression of melanoma and that it participates in the proliferation of melanoma cells by regulating the slow‑cycling JARID1B gene.

Altered methionine metabolism is associated with weight gain in obesity. The methionine adenosyltransferase (MAT), catalyzing the first reaction of the methionine cycle, plays an important role regulating lipid metabolism. However, its role in obesity, when a plethora of metabolic diseases occurs, is still unknown. By using antisense oligonucleotides (ASO) and genetic depletion of Mat1a, here, we demonstrate that Mat1a deficiency in diet-induce obese or genetically obese mice prevented and reversed obesity and obesity-associated insulin resistance and hepatosteatosis by increasing energy expenditure in a hepatocyte FGF21 dependent fashion. The increased NRF2-mediated FGF21 secretion induced by targeting Mat1a, mobilized plasma lipids towards the BAT to be catabolized, induced thermogenesis and reduced body weight, inhibiting hepatic de novo lipogenesis. The beneficial effects of Mat1a ASO were abolished following FGF21 depletion in hepatocytes. Thus, targeting Mat1a activates the liver-BAT axis by increasing NRF2-mediated FGF21 secretion, which prevents obesity, insulin resistance and hepatosteatosis. High methionine and S-adenosylmethionine serum levels are related with obesity. Here the authors show that knockdown of methionine adenosyltransferase by using antisense oligonucleotides provides beneficial effects in obesity and comorbidities.

E2F1/E2F2 expression correlates with malignancy in prostate cancer (PCa), but its functional significance remains unresolved. To define the mechanisms governed by E2F in PCa, we analyzed the contribution of E2F target genes to the control of genome integrity, and the impact of modulating E2F activity on PCa progression. We show that silencing or inhibiting E2F1/E2F2 induces DNA damage during S phase and potentiates 5-FU-induced replication stress and cellular toxicity. Inhibition of E2F downregulates the expression of E2F targets involved in nucleotide biosynthesis (TK1, DCK, TYMS), whose expression is upregulated by 5-FU. However, their enzymatic products failed to rescue DNA damage of E2F1/E2F2 knockdown cells, suggesting additional mechanisms for E2F function. Interestingly, targeting E2F1/E2F2 in PCa cells reduced WEE1 expression and resulted in premature CDK1 activation during S phase. Inhibition of CDK1/CDK2 prevented DNA damage induced by E2F loss, suggesting that E2F1/E2F2 safeguard genome integrity by restraining CDK1/CDK2 activity. Importantly, combined inhibition of E2F and ATR boosted replication stress and dramatically reduced tumorigenic capacity of PCa cells in xenografts. Collectively, inhibition of E2F in combination with drugs targeting nucleotide biosynthesis or DNA repair is a promising strategy to provoke catastrophic levels of replication stress that could be applied to PCa treatment.

257 p., Tesi honen helburu nagusia bizitzaren amaierako fasean ospitaleratutako paziente geriatrikoetan pertsona ardatz duen preskripzio (PAP) eredu bat aplikatzeak tratamendu farmakologikoaren egokitzapenean duen eragina ebaluatzea da.R. Bermingham Ospitaleko Eriondo Geriatrikoko Unitatean egin zen interbentzio ikerketa prospektiboa, kontrolatua eta ausazkoa da. NECPAL CCOMS-ICO© testaren arabera, baldintza kroniko aurreratuak eta arreta aringarriaren beharra zuten 65 urtetik gorako gaixoak identifikatu eta ikertu ziren. Guztira 114 paziente erregistratu ziren, 57 kontrol taldekoak eta beste horrenbeste interbentzio taldekoak. Bizitzaren amaierako fasean dauden pertsonetan, PAP eredu baten aplikazioak medikamentu kronikoen gutxitzea eta tratamendu farmakologikoen egokitzapena neurtzeko erabiltzen diren irizpide eta aldagaien hobekuntza egiaztatu du.Eredua aplikatzearen eragina egonkor mantendu da ospitaleko alta emaneta ondorengo lehen 3 hilabeteetan, batez ere STOPP Frail irizpide eta farmakoen arteko interakzioetan, ondorioz, medikamentuen iatrogeniari loturiko arriskua murriztu egin ahal izan da.Ospitaleko altaren ondoren, eta denborak aurrera egin ahala, kontsumitutako medikamentu kronikoen batazbesteko kopuruak, karga antikolinergiko eta lasaigarriak eta konplexutasun terapeutikoak okerrera egin dute berriro, emaitza horiek agerian utzi dutelarik asistentzia-maila desberdinen artean zainketen segimenduak izan dezakeen hobekuntza marjinean. PAP ereduari esker, ospitale-alta jaso eta lehen hilabetean larrialdietara egiten diren bisitak murriztu ahal izan dira, nahiz eta efektu honek ezin izan duen denborak aurrera egin ahala iraun. Hori dela eta, ospitale eta lehen mailako arretaren artean lankidetzarako sare berriak sortzeko beharra planteatzen da.

238 p., La hipoacusia (HA) neurosensorial es la alteración neurosensorial más frecuente en la infancia, con una prevalenciade hasta 3-4/1000 en niños, de los cuales aproximadamente la mitad son de origen genético. La HA hereditaria semanifiesta de forma no sindrómica en el 70% de los casos y es una de las clásicas patologías genéticamenteheterogéneas, con múltiples genes y tipos de herencia implicados que además varían en función de la población.Aunque las nuevas tecnologías como la secuenciación masiva han permitido identificar hasta 100 genes asociados aHA, en la actualidad la tasa diagnóstica no supera el 50%, por lo que en más de la mitad de los pacientes la causagenética sigue siendo desconocida.La secuenciación de exoma clínico podría ser una buena aproximación diagnóstica para aumentar el rendimientodiagnóstico de la HA no sindrómica e identificar nuevas variantes y/o genes relacionados con la misma. Estopermitirá además caracterizar por primera vez la población vasca, cuyo espectro mutacional podría presentardiferencias con lo descrito para la europea y la española, y definir nuevas correlaciones genotipo-fenotipo.Hemos estudiado una cohorte de 100 pacientes pediátricos con HA no sindrómica residentes en Euskadi medianteuna aproximación secuencial basada en un estudio de primera línea de causas genéticas más frecuentes, seguido desecuenciación de exoma clínico y análisis de 4 paneles de genes asociados a HA con diferentes grados de evidencia.Los resultados obtenidos confirman la gran heterogeneidad genética de esta patología y demuestran que laaproximación utilizada aumenta la tasa diagnóstica respecto a lo descrito previamente (62% vs 40-50%), debidoprincipalmente al panel de genes de alta evidencia y a los criterios de selección de los pacientes. El espectromutacional de nuestra cohorte se asemeja a lo descrito para población española y europea. Hemos identificadovariantes nuevas que nos han permitido reforzar la asociación con la HA de uno de los genes de evidenc

Los apartados de material y métodos, resultados, discusión, conclusiones y resumen en castellano. (Págs. 29-164) están sujetos a confidencialidad por la autora. 79 p., Las modificaciones post-traduccionales son mecanismos esenciales para la modulación de respuestas celulares a diversos estímulos. La relevancia de la NEDDilación de proteínas en particular se ha demostrado en distintas enfermedades, incluyendo el cáncer. En este estudio se investigó el papel de la NEDDilación de proteínas en el desarrollo y progresión del colangiocarcinoma (CCA). Para ello, se analizó la expresión de distintos componentes de la vía de NEDDilación (i.e., NAE1, UBA3, NEDD8) en tejido de pacientes con CCA e hígado sano adyacente al tumor, así como en líneas celulares humanas de CCA en comparación a colangiocitos humanos normales (NHC), observando que el incremento de NEDDilación parece ser un evento general en CCA. Por ello, utilizamos Pevonedistat, un inhibidor específico de NEDDilación, sobre las células de CCA, observando una consecuente disminución de la NEDDilación de proteínas, acompañada de una reducción de la proliferación y la supervivencia de dichas células. En modelos murinos subcutáneo y ortotópico de CCA humano, la administración de Pevonedistat resultó en una disminución del crecimiento tumoral. Simultáneamente, tras inmunoprecipitar las proteínas NEDDiladas en células de CCA y NHCs, realizamos un análisis proteómico para identificar aquellas proteínas diferencialmente NEDDiladas en células tumorales. Por otro lado, generamos mediante CRISPR/Cas9 células de CCA deficientes en NAE1, que presentaron una menor capacidad proliferativa in vitro y un crecimiento más lento en tumores subcutáneos in vivo. Además, el secretoma de células deficientes en NAE1 redujo la proliferación y migración de fibroblastos asociados a tumor derivados de pacientes con CCA. En conclusión, la NEDDilación de proteínas se presenta como una nueva diana terapéutica en el tratamiento del CCA y su microambiente tumoral.

253 p., En la presente Tesis se plantea el estudio del crecimiento en dos especies de almejas de alto interés acuícola, pertenecientes al mismo género: la almeja japónica Ruditapes philippinarum (Adams and Reeve, 1850) y la almeja fina Ruditapes decussatus (Linnaeus, 1758). Dicho estudio se aborda desde una doble perspectiva que remite a dos importantes temas de la acuicultura relacionados con el control del crecimiento: a) El análisis de la dependencia entre crecimiento y factores nutricionales, basado en la manipulación experimental de la composición bioquímica de las dietas y centrado principalmente en la determinación de los efectos potenciales de la alteración del balance de nutrientes y de los correspondientes mecanismos compensatorios desplegados por los bivalvos en forma de respuestas fisiológicas específicas. b) La caracterización fisiológica de un componente endógeno del crecimiento responsable de la variabilidad inter individual del crecimiento observada al comparar diferentes fenotipos generados mediante selección de familias y de tallas individuales dentro de cada familia.Así, el tratamiento con dietas ricas tanto en proteína como en lípidos generó balances de energía y nutrientes (C y N) superiores a las dietas de calidad pobre, lo cual se tradujo en tasas de crecimiento superiores; debido a unas mayores tasas de ingestión y eficiencias de absorción. Asimismo, en los tratamientos con la dieta pobre en N se observó una regulación homeostática parcial en todos los fenotipos a nivel absortivo y post-absortivo. La composición bioquímica de los tejidos de ambas especies de almeja resultó similar, dada su proximidad taxonómica. Las diferencias endógenas fueron manifiestas en todos los experimentos realizados, donde invariablemente las almejas con mayores tasas de crecimiento alcanzaron mayores tasas de adquisición de energía y nutrientes, presentaron una mayor capacidad para la elaboración de respuestas fisiológicas a corto plazo adecuadas a las fluctuaciones ambien

156 p., La Enfermedad de Alzheimer es una enfermedad neurodegenerativa crónica que se caracteriza principalmente por una perdida gradual de memoria. Actualmente, no dispone de tratamiento y su etiopatogenia es desconocida, siendo la cascada amiloide una de hipótesis más aceptadas. En esta hipótesis, se sugiere una fase inicial en la que se produce la acumulación del péptido amiloide en losespacios interneuronales que posteriormente conlleva la formación de ovillos neurofibrilares y lesiones a nivel neuronal. En la fase preclínica, los individuos afectados no muestran sintomatología más allá de manifestaciones a nivel bioquímico. Más adelante, comienzan los primeros síntomas y se desarrollará la fase clínica con un deterioro progresivo del paciente. La Enfermedad de Alzheimer se considera una patología con origen multifactorial. Aunque algunos de estos factores no son modificables, como la edad,el gen APOE y el sexo femenino, otros si son modificables, como los factores asociados al riesgo cardiovascular. Este estudio se centra en la fase preclínica de la enfermedad, y su objetivo principal es determinar la asociación de las características sociodemográficas y el estado de salud en una muestra de personas adultas cognitivamente sanas con la evolución de los biomarcadores de la Enfermedad de Alzheimer en el líquido cefalorraquídeo.Para ello, se desarrolló un estudio prospectivo longitudinal enmarcado dentro del Proyecto Gipuzkoa Alzheimer, en el que se reclutaron 180 hombres y mujeres cognitivamente sanos. Todos ellos dieron su consentimiento para participar en dos fases del estudio (PGA1 y PGA2) y para la recogida de líquido cefalorraquídeo. Se recogieron las siguientes variables: edad, antecedentes familiares de demencia,parámetros de salud cardiovascular (antropometría, tensión arterial, glucemia y valores lipídicos), así como los niveles de los biomarcadores proteínas Tau y pTau, péptidos Beta amiloide 40 y 42 en líquido cefalorraquídeo, y el genotipo APOE. Posteriormente