Search

The annual day of the ECOSCOPA network took place on February 8, 2022, with 30 participants, by videoconference. The points raised during this day of exchange were the following: - Presentation of the ECOSCOPA correspondents - Presentation of the agreement management with DPMA - General presentation of the network - Valuation of 26 years of shellfish data - Environmental monitoring and machine learning - ECOSCOPA: a basis for other monitoring/projects, the example of the Thau lagoon: - Network data to study the evolutionary trajectory of coastal (socio-)ecosystems: the RETROSCOPE project - Experimental concessions and AOT - Biological material and bimetric analyses - Field, laboratory and web procedures - Use of acquired data to support opinions and expertise: - Environmental probes, sensors and metrology - Conclusions, remarks, perspectives, outsourcing, subcontracting for the operation of the ECOSCOPA network within ODE/RBE, La journée annuelle du réseau ECOSCOPA s'est déroulée le 8 février 2022, avec 30 participants, en visioconférence. Les points évoqués lors de cette journée d'échange sont les suivants : - Tour de table et présentation - Présentation de la gestion de convention avec la DPMA - Présentation générale du réseau - Valorisation de 26 ans de données conchylicoles - Suivis environnementaux et machine learning - ECOSCOPA : socle pour réaliser d’autres suivis/projets, l’exemple de la lagune de Thau : - Les données de réseaux pour étudier la trajectoire d'évolution des (socio-)écosystèmes côtiers : le projet RETROSCOPE - Concessions expérimentales et AOT - Matériel biologique et analyses pathologiques - Procédures terrain, laboratoire, site web - Utilisation des données acquises pour étayer les avis et expertises - Sondes environnementales, capteurs et métrologie - Conclusions, remarques, perspectives, externalisation, sous-traitance pour le fonctionnement du réseau ECOSCOPA au sein de ODE/RBE

Occupying a place of first order in the French coastal landscapes, oyster farming is the first contributor to the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tons in recent years. However, since 2008, this species has been affected by episodes of massive and recurrent mortalities triggered by the presence of viral infectious agents (Herpes virus OsHV-1 μVar type) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature increase). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses as well as a destabilization of its microbiota. This process leads to a secondary infection by potentially pathogenic opportunistic bacteria that multiply rapidly and cause irreversible tissue damage leading to the death of the animal. In parallel and although poorly informed, these mortality phenomena also affect the many wild beds present on the French coast. However, the oyster industry relies on a supply of spat that comes mainly from natural collection, now practiced in several oyster basins. However, in all these sectors, reproduction and recruitment show very variable performances from one year to the next. This crisis context (mortality episodes, recruitment failure, growth variability...) requires the implementation of relevant observation means on a national scale allowing to objectively measure through different proxies the general health state of cultivated and wild oyster populations, for the different sensitive phases of their life cycle (reproduction, larval ecology, recruitment, growth, survival). The general objective of the ECOSCOPA project is therefore to mutualize and perpetuate the current observation devices, and to progressively add a series of new relevant physiological and environmental indicators, contributing to a finer analysis of the life cycle of this species in relation to climatic and anthropic pressures. For the year 2020, due to the COVID crisis and the spring confinement period, part of the monitoring could not be completed. The attached report therefore presents partial results. These results concern the monitoring of environmental parameters on the eight workshop sites, a specific experiment on survival according to bathymetry and body temperature of oysters, an exhaustive analysis of the reproductive cycle and recruitment of oysters (VELYGER network) and cytogenetic monitoring of wild spat., Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Pour l'année 2020, en raison de la crise COVID et de la période de confinement printanière, une partie des suivis n'a pu être menée à bien. Le rapport ci-joint présente donc des résultats partiels. Ces résultats concernent les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier, une expérimentation spécifique sur la survie en fonction de la bathymétrie et de la température corporelle des huîtres, une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Réseau VELYGER) et les suivis cytogénétiques du naissain sauvage.

Of all environmental factors, seawater temperature plays a decisive role in triggering marine diseases. Like fever in vertebrates, high seawater temperature could modulate the host response to pathogens in ectothermic animals. In France, massive mortality of Pacific oysters, Crassostrea gigas, caused by the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) is markedly reduced when temperatures exceed 24°C in the field. In the present study we assess how high temperature influences the host response to the pathogen by comparing transcriptomes (RNA sequencing) during the course of experimental infection at 21°C (reference) and 29°C. We show that high temperature induced host physiological processes that are unfavorable to the viral infection. Temperature influenced the expression of transcripts related to the immune process and increased the transcription of genes related to the apoptotic process, synaptic signaling and protein processes at 29°C. Concomitantly, the expression of genes associated with catabolism, metabolite transport, macromolecule synthesis and cell growth remained low from the first stage of infection at 29°C. Moreover, viral entry into the host might have been limited at 29°C by changes in extracellular matrix composition and protein abundance. Overall, these results provide new insights into how environmental factors modulate host–pathogen interactions., Summary: New insights into the mechanisms underlying the high survival of oysters infected with OsHV-1 at 29°C, inducing host physiological processes that are unfavorable to the viral infection.

Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en oeuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Le rapport ci joint présente donc, pour l'année 2019, de façon successive : (1) les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier ; (2) les suivis (partiels cette année) de croissance et de mortalités de lots sentinelles d'huîtres (Série RESCO) ; (3) une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Série VELYGER); (4) les résultats du suivi cytogénétique du naissain sauvage et (5) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, cette année, une description plus fine du microenvironnement de l’animal et son impact sur ses performances physiologiques de croissance et de défense face aux pathogènes.

Occupying a prime position in the French coastal landscape, oyster farming is the leading contributor to the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tonnes in recent years. However, since 2008, this species has been affected by recurrent massive mortality episodes triggered by the presence of viral infectious agents (of the type Herpes virus OsHV-1 μVar) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature rise). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses and a destabilization of its microbiota. This process leads to secondary infection by opportunistic bacteria that are potentially pathogenic and multiply rapidly, causing irreversible tissue damage leading to the death of the animal. At the same time, these mortality phenomena, although poorly documented, also affect the numerous wild oysters present on the French coast. However, the oyster farming industry relies on a supply of spat that comes mainly from natural catchment, which is now practiced in several oyster areas. However, in all these sectors, reproduction and recruitment performances vary greatly from one year to the next. This crisis context (mortality episodes, recruitment failure, growth variability, etc.) requires the implementation of relevant observation means on a national scale to objectively measure the general state of health of cultivated and wild oyster populations through different proxy, for the different sensitive phases of their life cycle (reproduction, larval ecology, recruitment, growth, survival). The general objective of the ECOSCOPA network is therefore to pool and perpetuate the current observation systems, previously created by the RESCO and VELYGER networks, and to gradually add a series of new relevant physiological and environmental indicators, contributing to a more detailed analysis of the life cycle of this species in relation to climatic and anthropogenic pressures. The attached report therefore presents, for the year 2018, in a successive manner: (1) monitoring of environmental parameters at the eight selected sites; (2) monitoring of mortality in the sentinel batches carried out within the framework of RESCO; (3) a ten-year retrospective analysis of growth performance in relation to phytoplankton abundance; (4) an exhaustive presentation of data from the VELYGER network on the oyster reproductive cycle and recruitment; and (5) the development of new tools and relevant ecophysiological descriptors with, this year, a more detailed description of the animal's microenvironment and its impact on its physiological growth performance and defence against pathogens., Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Le rapport ci joint présente donc, pour l'année 2018, de façon successive : (1) les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier ; (2) les suivis de mortalités des lots sentinelles menés dans le cadre du RESCO ; (3) une analyse rétrospective décennale des performances de croissance en relation avec les abondances phytoplanctoniques ; (4) une présentation exhaustive des données du réseau VELYGER sur le cycle de reproduction et le recrutement de l’huître et (5) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, cette année, une description plus fine du microenvironnement de l’animal et son impact sur ses performances physiologiques de croissance et de défense face aux pathogènes.

https://doi.org/10.17882/86131, Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse, installée en France depuis plus de 50 ans, joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, cette filière subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 (sous sa forme µVar) affectant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de mortalités accrues ne sont pas nouveaux mais leur récurrence et leur intensité ont amenés à élaborer des outils plus complets permettant de mesurer objectivement, par différents moyens et à plusieurs échelles, l’état de santé des huîtres, leur sensibilité aux infections et l’impact des variations environnementales et/ou anthropiques sur leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). Ces outils doivent permettre de mieux évaluer sur le long terme les risques biologiques encourus par la filière (risques associés aux transferts, aux évolutions des pratiques culturales, ainsi qu’à l’émergence potentielle de maladies) ainsi que ceux encourus pour l’écosystème (perte d’habitats, de biodiversité et de services liés à la disparition des récifs d’huîtres sauvages devenus au fil du temps patrimoniaux). Dans la mesure où le cycle de vie de l’huître creuse s’accomplit intégralement en milieu naturel, ces outils font nécessairement appel à des systèmes organisés d’observation sur le long terme et à grande échelle afin d’appréhender la diversité des écosystèmes exploités. L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Le rapport ci joint présente donc de façon successive : (1) les suivis 2017 des paramètres environnementaux sur les six sites atelier ; (2) les suivis 2017 des mortalités sur les lots ; (3) les données du réseau VELYGER sur le cycle de reproduction de l’huître, en 2017, sur ces mêmes sites ; (4) un état de la diversité génétique du recrutement sur les principaux gisements naturels et (5) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, en 2017, la mesure de la température interne de l’huître.

Après cinq ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers repartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres. Cependant, il était apparu très difficile d’être suffisamment exhaustif sur le choix des lots sentinelles suivis, et les résultats obtenus ne pouvaient pas représenter toute la diversité des lots d’huîtres creuses cultivées sur les côtes françaises. Par conséquent, le protocole du RESCO a légèrement évolué en 2014 afin de palier à ces biais mais aussi d’améliorer la lisibilité des objectifs du réseau. Pour ce faire, deux actions principales ont été mises en oeuvre : (i) l’introduction dans les suivis d’un nouveau matériel biologique standard et reproductible (Naissains Standardisés Ifremer), et (ii) le suivi, sur un site pilote, des valeurs d’expression de marqueurs physiologiques préalablement identifiés dans la réponse de l’huître face aux infections et/ou aux modifications environnementales (action PHYSITU). Les objectifs principaux du réseau ont par conséquent évolué, ciblant désormais l’acquisition de données afin de qualifier la qualité des écosystèmes conchylicoles. Les principaux résultats acquis lors de cette nouvelle campagne 2014 ont mis en évidence que les performances conchylicoles mesurées pour les lots de naissains NSI et issu de captage naturel d’Arcachon étaient comparables sur l’ensemble des sites. Ainsi, les mortalités pour ces lots sont apparues entre mi-mai et mi-juin, et les taux de mortalité cumulée finaux sont de l’ordre de 50%. Ces taux représentent donc une légère diminution par rapport aux taux de mortalité obtenus lors des campagnes précédentes, mais si cette baisse n’est pas statistiquement significative. Pour le lot « 18 mois », la moyenne nationale atteinte est d’environ 20% : ce taux constitue donc une légère augmentation par rapport aux années précédentes, même si ces mortalités se font continuellement dans le temps, sans réel pic de mortalité. Notons qu’un taux élevé de 43% a tout de même été observé pour ce lot à Géfosse. Des observations similaires peuvent être faites sur le lot de «30 mois» (suivis pour la 1ère fois dans le cadre du réseau) : aucune mortalité très importante n’est à déclarer sur ce lot, puisque les taux de mortalité cumulée atteignent progressivement les 15%, à l’exception du site de Géfosse pour lequel les mortalités dépassent les 70%. Les analyses pathologiques réalisées au cours de cette campagne 2014 se sont essentiellement concentrées sur le nouveau lot NSI introduit cette année. Ainsi, des analyses initiales ont permis de confirmer que ce lot ne portait pas de parasites à déclaration obligatoire, ni d’Herpes virus (et ce, même après avoir subi un challenge thermique). Des analyses (par PCR et analyses histologiques) réalisées lors des 1ères mortalités de ce lot ont montré que l’ADN de l’Herpes virus était systématiquement détecté ; Parallèlement, des bactéries appartenant au groupe Vibrio splendidus ont été trouvées sur 4 sites, ainsi que du Vibrio aestuarianus sur 2 sites parmi ces 4 sites. Parallèlement au réseau, une étude a été menée sur un site pilote afin de suivre l’évolution de certains marqueurs en lien avec l’apparition des mortalités des naissains. L’expression de 14 gènes préalablement identifiés comme étant impliqués dans la réponse de l’huître à l’infection et/ou aux modifications environnementales a ainsi été mesurée au cours d’un phénomène de mortalité in situ. L’analyse statistique du jeu de données a permis d’identifier certains gènes dont l’expression varie en fonction des cinétiques de mortalité. A terme ces marqueurs pourraient être utilisés comme des indicateurs précoces pouvant faciliter la mise en place de seuil d’état d’alerte.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2014 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2014 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2014, on retiendra les faits majeurs suivants : • Sur le plan hydro-climatique, cette année se caractérise par un hiver et un printemps particulièrement doux et humides, avec des épisodes de crues marquées sur la façade atlantique suivis d’un été ensoleillé et relativement chaud (mais sans épisode caniculaire). On observe des dessalures importantes en fin d’hiver, puis un retour dans les normales au printemps. Le phytoplancton est relativement abondant de la rade de Brest aux pertuis Charentais et plutôt déficitaire dans le bassin d’Arcachon et la lagune de Thau. • En termes de biologie, ces conditions hydro-climatiques se sont traduites, chez les populations d’huîtres adultes, par des indices de condition généralement élevés, avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud observé chaque année, corrélativement à la concentration en phytoplancton. En outre, l’excédent thermique enregistré depuis l’hiver et tout au long du printemps s’est traduit par une ponte dés la mi juillet sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique et encore plus précocement dans la lagune de Thau. • Grâce à des températures très favorables en juillet et encore favorables en août, la plupart des cohortes larvaires observées ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à 1.4 %), ce qui s’est généralement traduit par un captage modéré à excellent voire exceptionnel dans certains cas bien précis : la baie de Bourgneuf et le bassin d’Arcachon. Par contre, en rade de Brest, le captage est en deçà des valeurs auxquelles on aurait pu s’attendre, et la question de l’effet de certaines algues toxiques présentes en abondance au cours de cette saison de reproduction est posée. C’est aussi le cas dans la lagune de Thau, mais sur cet écosystème sans marée les aspects zootechniques liés à la gestion des collecteurs (localisation par rapport aux tables ostréicoles et technique d’exondation) constituent le facteur déterminant des performances du captage. • En conséquence, l’année 2014, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « faible à modéré » en rade de Brest et dans la lagune de Thau (1 à 30 naissains/coupelle), modéré dans les pertuis Charentais (~200 naissains/coupelle) et excellent à exceptionnel dans le bassin d’Arcachon et en baie de Bourgneuf (de 200 à 2000 naissains/coupelle).

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2013 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2013 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2013, on retiendra les faits majeurs suivants : • L’année 2013 a été très contrastée. Un printemps particulièrement frais et généralement humide (mois de juin inclus) a fait suite à un hiver tardif alors que l’été a été ensoleillé et plutôt chaud. Les concentrations en phytoplancton ont été dans les normes avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud : elles sont plutôt élevées en rade de Brest, baie de Bourgneuf et bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, tout au long du printemps et jusqu’au mois de juillet, les températures de l’eau ont été toujours inférieures aux normales (excepté dans l’étang de Thau). • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en rade de Brest, en baie de Bourgneuf, et dans le bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, le déficit thermique marqué jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte très tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique : par exemple, elle est survenue au 25 août en baie de Bourgneuf, ce qui constitue une valeur record. Malgré tout, quelques pontes partielles et asynchrones ont été observées sur certains écosystèmes en juillet. • Grâce à des températures très favorables en juillet et favorables en août, la plupart des cohortes larvaires présentes à cette période (rade de Brest, bassin d’Arcachon et étang de Thau) ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à plus de 1 %), ce qui s’est traduit par un captage bon à excellent, avec une forte variabilité dans l’étang de Thau (cf paragraphe ci-dessous). Par contre, pour la baie de Bourgneuf et les pertuis Charentais, l’arrivée trop tardive des larves à la fin août dans une eau fraiche (< 20°C) n’a pas permis une survie favorable (autour de 0.01 %) ce qui s’est traduit par un captage tout juste modéré, faible voir nul selon les secteurs. • En conséquence, l’année 2013, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « bon voire excellent » en rade de Brest (de 138 à 245 naissains/coupelle) et dans le bassin d’Arcachon (de 177 à 429 naissains/coupelle), modéré dans le bassin de Marennes-Oléron (de 25 à 52 naissains/coupelle) et faible en baie de Bourgneuf (< 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2013 y est très variable ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qui peut être levé en utilisant des pratiques zootechniques adaptées à ce site particulier. Cette optimisation des pratiques zootechniques fait l’objet d’un projet régional : le projet PRONAMED.