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30 results on '"Florence Demurger"'

1. Prenatal diagnosis of mucopolysaccharidosis type I on hepatosplenomegaly and coarse features: a case-report

Author: Maxime Agranier, Florence Demurger, Christele Dubourg, Jerome Fromageot, Anne-Sophie Cabaret Dufour, Erika Launay, Magalie Gournay, Charles Lefèvre, Roseline Froissart, Magali Pettazzoni, and Paul Rollier
Subjects: Mucopolysaccharidosis I, Prenatal diagnosis, Hepatosplenomegaly, Lysosomal storage diseases, Exome sequencing, IDUA gene, Gynecology and obstetrics, RG1-991
Abstract: Abstract Background Mucopolysaccharidosis type I (MPS I - IDUA gene) is a rare autosomal recessive lysosomal storage disorder. Clinical symptoms, including visceral overload, are progressive and typically begin postnatally. Descriptions of hepatosplenomegaly associated with lysosomal pathology are uncommon during the prenatal period. The most prevalent etiologies are infections, anemia, and neoplasms. Case presentation A pregnant woman at 26.5 gestational weeks was referred to our center for fetal ultrasound findings of hepatosplenomegaly, distinct facial features, and liver, spleen and thymus echogenic spots. Whole exome sequencing after amniocentesis identified two likely pathogenic IDUA gene variants (in trans), raising suspicion of a diagnosis of MPS I. MPS I was confirmed by the deficiency of α-L-iduronidase activity in amniotic cells. A medical pregnancy termination was carried out due to the severe prognosis. After termination of pregnancy, external examination of the fetus confirmed hepatosplenomegaly and coarse dysmorphic features. Conclusion Lysosomal storage diseases (LSD) are a rare cause of prenatal hepatosplenomegaly, but this has not been described in MPS I according to our literature search. The genetic variants identified in this case prompted early diagnosis through genome-wide studies. This rare presentation of MPS I highlights the expanding role of genomic analyses in diagnosing conditions during pregnancy.
Published: 2025
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2. Episignatures in practice: independent evaluation of published episignatures for the molecular diagnostics of ten neurodevelopmental disorders

Author: Thomas Husson, François Lecoquierre, Gaël Nicolas, Anne-Claire Richard, Alexandra Afenjar, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Catherine Badens, Frédéric Bilan, Varoona Bizaoui, Anne Boland, Marie-Noelle Bonnet-Dupeyron, Elise Brischoux-Boucher, Céline Bonnet, Marie Bournez, Odile Boute, Perrine Brunelle, Roseline Caumes, Perrine Charles, Nicolas Chassaing, Nicolas Chatron, Benjamin Cogné, Estelle Colin, Valérie Cormier-Daire, Rodolphe Dard, Benjamin Dauriat, Julian Delanne, Jean-François Deleuze, Florence Demurger, Anne-Sophie Denommé-Pichon, Christel Depienne, Anne Dieux Coeslier, Christèle Dubourg, Patrick Edery, salima EL CHEHADEH, Laurence Faivre, Mélanie FRADIN, Aurore Garde, David Geneviève, Brigitte Gilbert-Dussardier, Cyril Goizet, Alice Goldenberg, Evan Gouy, Anne-Marie Guerrot, Anne Guimier, Ines HARZALLAH, Delphine Héron, Bertrand Isidor, Xavier Le Guillou Horn, Boris Keren, Alma Kuechler, Elodie Lacaze, Alinoë Lavillaureix, Daphné Lehalle, Gaetan Lesca, James Lespinasse, Jonathan Levy, Stanislas Lyonnet, Godelieve Morel, Nolwenn Jean Marçais, Sandrine Marlin, Luisa Marsili, Cyril Mignot, Sophie Nambot, Mathilde Nizon, Robert Olaso, Laurent PASQUIER, Laurine Perrin, Florence Petit, Amélie Piton, Fabienne Prieur, Audrey Putoux, Marc Planes, Sylvie Odent, Chloé Quelin, Sylvia Quemener, Mélanie Rama, Marlène RIO, Massimiliano Rossi, Elise Schaefer, Sophie Rondeau, Pascale SAUGIER-VEBER, Thomas Smol, Sabine Sigaudy, Renaud TOURAINE, Frédéric Tran-Mau-Them, Aurélien Trimouille, Clémence Vanlerberghe, Valérie Vantalon, Gabriella Vera, Marie Vincent, Alban Ziegler, Olivier Guillin, Dominique Campion, and Camille Charbonnier
Abstract: Variants of uncertain significance (VUS) are a significant issue for the molecular diagnosis of rare diseases. The publication of episignatures as effective biomarkers of certain Mendelian neurodevelopmental disorders has raised hopes to help classify VUS. However, prediction abilities of most published episignatures have not been independently investigated yet, which is a prerequisite for an informed and rigorous use in a diagnostic setting. We generated DNA methylation data from 102 carriers of (likely) pathogenic variants in ten different genes, 58 VUS carriers, and 25 healthy controls. Combining published episignature information and new validation data with a k-nearest-neighbour classifier within a leave-one-out scheme, we provide unbiased specificity and sensitivity estimates for each of the signatures. Our procedure reached 100% specificity, but the sensitivities unexpectedly spanned a very large spectrum. While ATRX, DNMT3A, KMT2D, and NSD1 signatures displayed a 100% sensitivity, CREBBP-RSTS and one of the CHD8 signatures reached less than 40% sensitivity on our dataset. Remaining Cornelia de Lange syndrome, KMT2A, KDM5C and CHD7 signatures reached 70%-100% sensibility at best with unstable performances, suffering from heterogeneous methylation profiles among cases and rare discordant samples. Our results call for cautiousness and demonstrate that episignatures do not perform equally well. Some signatures are ready for confident use in a diagnostic setting. Yet, it is imperative to characterise the actual validity perimeter and interpretation of each episignature with the help of larger validation sample sizes and in a broader set of episignatures.
Published: 2023
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3. The genetic landscape and clinical spectrum of nephronophthisis and related ciliopathies

Author: Friederike Petzold, Katy Billot, Xiaoyi Chen, Charline Henry, Emilie Filhol, Yoann Martin, Marina Avramescu, Maxime Douillet, Vincent Morinière, Pauline Krug, Cécile Jeanpierre, Kalman Tory, Olivia Boyer, Anita Burgun, Aude Servais, Remi Salomon, Alexandre Benmerah, Laurence Heidet, Nicolas Garcelon, Corinne Antignac, Mohamad Zaidan, Sophie Saunier, Tania Attié-Bitach, Valerie Comier-Daire, Jean-Michel Rozet, Yaacov Frishberg, Brigitte Llanas, Michel Broyer, Nabil Mohsin, Marie-Alice Macher, Nicole Philip, Véronique Baudouin, Damian Brackman, Chantal Loirat, Marina Charbit, Maud Dehennault, Claude Guyot, Pierre Bataille, Mariet Elting, Georges Deschenes, Andrea Gropman, Geneviève Guest, Marie-France Gagnadoux, Philippe Nicoud, Pierre Cochat, Bruno Ranchin, Albert Bensman, Anne-Marie Guerrot, Bertrand Knebelmann, Ilmay Bilge, Danièle Bruno, Stéphane Burtey, Caroline Rousset Rouvière, Valérie Caudwell, Denis Morin, Hélène Dollfus, Anne Maisin, Christian Hamel, Eric Bieth, Sophie Gie, Judith Goodship, Gwenaelle Roussey, Hermine La Selve, Hubert Nivet, Lucie Bessenay, Mathilde Caillez, Jean Bernard Palcoux, Stéphane Benoît, Philippe Dubot, Marc Fila, Fabienne Giuliano, Daouya Iftene, Michele Kessler, Theresa Kwon, Anine Lahoche, Audrey Laurent, Anne-Laure Leclerc, David Milford, Thomas Neuhaus, Sylvie Odent, Philippe Eckart, Dominique Chauveau, Patrick Niaudet, Horacio Repetto, Sophie Taque, Alexandra Bruel, Alexandra Noel-Botte, Emma Allain Launay, Lisa Allard, Dany Anlicheau, Anne-Laure Adra, Arnaud Garnier, Arvind Nagra, Remy Baatard, Justine Bacchetta, Banu Sadikoglu, Christine Barnerias, Anne Barthelemy, Lina Basel, Nader Bassilios, Hedi Ben Maiz, Fatma Ben Moussa, Faïza Benmati, Romain Berthaud, Aurélia Bertholet, Dominique Blanchier, Jean Jacques Boffa, Karim Bouchireb, Ihab Bouhabel, Zakaria Boukerroucha, Guylhène Bourdat-Michel, Odile Boute, Karine Brochard, Roseline Caumes, Siham Chafai Elalaoui, Bernard Chamontin, Marie Caroline Chastang, Christine Pietrement, Christine Richer, Christophe Legendre, Karin Dahan, Fabienne Dalla-Vale, Damien Thibaudin, Maxime Dauvergne, Salandre Davourie, Martin Debeukelaer, Jean Daniel Delbet, Constantinos Deltas, Denis Graber, Nadège Devillars, Boucar Diouf, Martine Doco Fenzy, Jean-Luc André, Dominique Joly, Alan Fryer, Laetitia Albano, Elisabeth Cassuto, Aline Pincon, Ana Medeira, Annabelle Chaussenot, Anne Mensire-Marinier, Francois Bouissou, Stephane Decramer, Armand Bottani, Aurélie Hummel, Alexandre Karras, Avi Katz, Christine Azema, Bénédicte Janbon, Bernard Roussel, Claude Bonniol, Christiophe Mariat, Gérard Champion, Deborah Chantreuil, Nicolas Chassaing, Christiane Mousson, Christine Baudeau, Delphine Hafdar Cuntz, Cyril Mignot, Laurene Dehoux, Didier Lacombe, Thierry Hannedouche, Elodie Mérieau, Emmanuelle Charlin, Eric Gauthier, Florent Plasse, Stanislas Faguer, Fanny Lebas, Florence Demurger, Francesco Emma, François Cartault, Geneviève Dumont, Nathalie Godefroid, Vincent Guigonis, Sophie Hillaire, Jaap Groothoff, Jan Dudley, Noémie Jourde-Chiche, Khalil El Karoui, Saoussen Krid, Krier Coudert, Larbi Bencheick, Laurent Yver, Marie-Pierre Lavocat, Le Monies De Sagazan, Valerie Leroy, Lise Thibaudin, Liz Ingulli, Lorraine Gwanmesia, Lydie Burglen, Marie-Hélène Saïd-Menthon, Marta Carrera, Mathilde Nizon, Catherine Melander, Michel Foulard, Monique Blayo, Jacques Prinseau, Nadine Jay, Nathalie Brun, Nicolas Camille, François Nobili, Olivier Devuyst, Ouafa Ben Brahim, Paloma Parvex, Laurence Perrin Sabourin, Philippe Blanc, Philippe Vanhille, Pierre Galichon, Sophie Pierrepont, Vincent Planquois, Gwenaelle Poussard, Claire Pouteil Noble, Radia Allal, Raphaelle Bernard, Raynaud Mounet, Rémi Cahen, Renaud Touraine, Claire Rigothier, Amélie Ryckewaert, Mathieu Sacquepee, Salima El Chehadeh, Charlotte Samaille, Shuman Haq, Ari Simckes, Stéphanie Lanoiselée, Stephanie Tellier, Jean-François Subra, Sylvie Cloarec, Julie Tenenbam, Thomas Lamy, Valérie Drouin Garraud, Huguette Valette, Vanina Meyssonnier, Rosa Vargas-Poussou, Yves Snajer, Sandrine Durault, Emmanuelle Plaisier, Etienne Berard, Fadi Fakhouri, Ferielle Louillet, Paul Finielz, Michel Fischbach, Bernard Foliguet, Hélène Francois-Pradier, Florentine Garaix, Marion Gerard, Gianfranco Rizzoni, Brigitte Gilbert, Denis Glotz, Astrid Godron Dubrasquet, Jean-Pierre Grünfeld, Guillaume Bollee, Michelle Hall, Sverker Hansson, Damien Haye, Hélène Taffin, Friedhelm Hildebrandt, Maryvonne Hourmand, Hümya Kayserili, Ivan Tack, Marie Line Jacquemont, Jennifer Fabre-Teste, Cliff Kashtan, Kkoen Van Hoeck, Alexandre Klein, Yannick Knefati, Nine Knoers, Martin Konrad, Alain Lachaux, Isabelle Landru, Gilbert Landthaler, Philippe Lang, Patrick Le Pogamp, Tristan Legris, Catherine Didailler, Thierry Lobbedez, Loïc de Parscau, Lucile Pinson, Hervé Maheut, Marc Duval-Arnould, Marlène Rio, Marie-Claire Gubler, Pierre Merville, Guillaume Mestrallet, Maite Meunier, Karine Moreau, Jérôme Harambat, Graeme Morgan, Georges Mourad, Niksic Stuber, Odile Boespflug-Tanguy, Olivier Dunand, Olivier Niel, Nacera Ouali, Paolo Malvezzi, Pauline Abou Jaoude, Solenne Pelletier, Julie Peltier, M.B. Petersen, Philippe Michel, Philippe Rémy, Jean-Baptiste Philit, Valérie Pichault, Thierry Billette de Villemeur, Bernard Boudailliez, Bruno Leheup, Claire Dossier, Djamal-Dine Djeddi, Yves Berland, Bruno Hurault de Ligny, Susan Rigden, Christophe Robino, Annick Rossi, Sabine Sarnacki, Messaoud Saidani, Albane Brodin Sartorius, Elise Schäfer, Sztriha Laszlo, Marie-Christine Thouret, Angélique Thuillier-Lecouf, Howard Trachtman, Claire Trivin, Michel Tsimaratos, Rita Van Damme-Lombaerts, Marjolaine Willems, Michel Youssef, Ariane Zaloszyc, Alexis Zawodnik, and Marie-Julia Ziliotis
Subjects: Nephrology
Abstract: Nephronophthisis (NPH) is an autosomal-recessive ciliopathy representing one of the most frequent causes of kidney failure in childhood characterized by a broad clinical and genetic heterogeneity. Applied to one of the worldwide largest cohorts of patients with NPH, genetic analysis encompassing targeted and whole exome sequencing identified disease-causing variants in 600 patients from 496 families with a detection rate of 71%. Of 788 pathogenic variants, 40 known ciliopathy genes were identified. However, the majority of patients (53%) bore biallelic pathogenic variants in NPHP1. NPH-causing gene alterations affected all ciliary modules defined by structural and/or functional subdomains. Seventy six percent of these patients had progressed to kidney failure, of which 18% had an infantile form (under five years) and harbored variants affecting the Inversin compartment or intraflagellar transport complex A. Forty eight percent of patients showed a juvenile (5-15 years) and 34% a late-onset disease (over 15 years), the latter mostly carrying variants belonging to the Transition Zone module. Furthermore, while more than 85% of patients with an infantile form presented with extra-kidney manifestations, it only concerned half of juvenile and late onset cases. Eye involvement represented a predominant feature, followed by cerebellar hypoplasia and other brain abnormalities, liver and skeletal defects. The phenotypic variability was in a large part associated with mutation types, genes and corresponding ciliary modules with hypomorphic variants in ciliary genes playing a role in early steps of ciliogenesis associated with juvenile-to-late onset NPH forms. Thus, our data confirm a considerable proportion of late-onset NPH suggesting an underdiagnosis in adult chronic kidney disease.
Published: 2023
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4. Integrative approach to interpret DYRK1A variants, leading to a frequent neurodevelopmental disorder

Author: Marjolaine Willems, Benjamin Durand, Boris Keren, Kristina Pilekær Sørensen, Rosanna Weksberg, Magalie Barth, Christina Fagerberg, Cyril Mignot, Laurence Perrin, Lucas Bronicki, Nathalie Drouot, Imene Boujelbene, Marc Abramowicz, Maria Kibaek, Bertrand Isidor, Thierry Bienvenu, Mathilde Nizon, Perrine Charles, Laurent Pasquier, Yann Herault, Marie Christine Birling, Bruno Delobel, Michel Guipponi, Lydie Burglen, Mélanie Fradin, Anne Sophie Denommé, Florence Demurger, Benjamin Cogné, Sébastien Moutton, Allan Bayat, Frederic Tran Mau Them, Christèle Dubourg, Alice Goldenberg, Christine Francannet, Jean-Louis Mandel, Laurence Faivre, Jérémie Courraud, Anne Marie Guerrot, Julia Metreau, Loréline Genschik, Bénédicte Demeer, Marie Vincent, Mathilde Renaud, Julien Thevenon, Sandrine Passemard, Christine Coubes, Amélie Piton, David Geneviève, Maria del Mar Muniz Moreno, Bénédicte Gérard, Estelle Colin, Valérie Layet, Michèle Mathieu-Dramard, Salima El Chehadeh, Katrine M Johannesen, Julie D. Thompson, Cathrine Elisabeth Tronhjem, Pascale Saugier, Elise Schaefer, Eric Chater-Diehl, Séverine Drunat, Rikke S. Møller, Paul Kuentz, Claire Feger, Albert David, Antonio Vitobello, Marlène Rio, Khaoula Khachnaoui, Joane Svane, Stéphane Auvin, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Hospital for sick children [Toronto] (SickKids), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Hôpital Universitaire de Genève, Children's hospital of Eastern Ontario Research Institute [Ottawa, canada] (CHEO), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Université de Montpellier (UM), Hôpital Saint Vincent de Paul de Lille, Groupe Hospitalier de l'Institut Catholique de Lille (GHICL), Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Hôpital Robert Debré, CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Hôpital Sud [CHU Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Clermont-Ferrand, Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Rouen, Normandie Université (NU), The Danish Epilepsy Centre Filadelfia [Dianalund, Denmark], University of Southern Denmark (SDU), Odense University Hospital (OUH), CHU Amiens-Picardie, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Odense University Hospital [Odense, Denmark], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Groupe Hospitalier du Havre, Maladies neurodéveloppementales et neurovasculaires (NeuroDiderot (UMR_S_1141 / U1141)), Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Institut Clinique de la Souris, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de psychiatrie et neurosciences de Paris (IPNP - U1266 Inserm), Hôpital Cochin [AP-HP], Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - 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Subjects: [INFO.INFO-AI] Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], DYRK1A, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Protein Serine-Threonine Kinases, Biology, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Neurodevelopmental disorder, Intellectual Disability, medicine, Animals, Humans, Missense mutation, Kinase activity, Gene, Genetics (clinical), Cellular localization, 030304 developmental biology, Genetics, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, 0303 health sciences, Protein-Tyrosine Kinases, medicine.disease, Phenotype, Human genetics, 3. Good health, 030220 oncology & carcinogenesis, Microcephaly
Abstract: Purpose: DYRK1A syndrome is among the most frequent monogenic forms of intellectual disability (ID). We refined the molecular and clinical description of this disorder and developed tools to improve interpretation of missense variants, which remains a major challenge in human genetics. Methods: We reported clinical and molecular data for 50 individuals with ID harboring DYRK1A variants and developed (1) a specific DYRK1A clinical score; (2) amino acid conservation data generated from 100 DYRK1A sequences across different taxa; (3) in vitro overexpression assays to study level, cellular localization, and kinase activity of DYRK1A mutant proteins; and (4) a specific blood DNA methylation signature. Results: This integrative approach was successful to reclassify several variants as pathogenic. However, we questioned the involvement of some others, such as p.Thr588Asn, still reported as likely pathogenic, and showed it does not cause an obvious phenotype in mice. Conclusion: Our study demonstrated the need for caution when interpreting variants in DYRK1A, even those occurring de novo. The tools developed will be useful to interpret accurately the variants identified in the future in this gene. Graphic abstract: [Figure not available: see fulltext.]
Published: 2021
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5. Penetrance estimation of Alzheimer disease in SORL1 loss-of-function variant carriers using a family-based strategy and stratification by APOE genotypes

Author: Schramm, Catherine, Charbonnier, Camille, Zaréa, Aline, Lacour, Morgane, Wallon, David, Boland, Anne, Deleuze, Jean-François, Olaso, Robert, Alarcon, Flora, Campion, Dominique, Nuel, Grégory, Nicolas, Gaël, Collaborators Daniela Andriuta, Pierre, Anthony, Sophie, Auriacombe, Anna-Chloé, Balageas, Guillaume, Ballan, Mélanie, Barbay, Emilie, Beaufils, Yannick, Béjot, Serge, Belliard, Marie, Benaiteau, Karim, Bennys, Frédéric, Blanc, Stéphanie, Bombois, Claire Boutoleau Bretonnière, Pierre, Branger, Jasmine, Carlier, Leslie, Cartz-Piver, Pascaline, Cassagnaud, Giovanni, Castelnovo, Christine, Champion, Annabelle, Chaussenot, Mathieu, Ceccaldi, Valérie, Chauviré, Yaohua, Chen, Julien, Cogez, Emmanuel, Cognat, Fabienne, Contegal-Callier, Lea, Corneille, Philippe, Couratier, Hélène, Courtemanche, Benjamin, Cretin, Charlotte, Crinquette, Bernard, Croisille, Benjamin, Dauriat, Sophie, Dautricourt, Vincent de la Sayette, Astrid De Liège, Marie De Verdal, Didier, Deffond, Benoit, Delpont, Florence, Demurger, Vincent, Deramecourt, Céline, Derollez, Mira, Didic, Giulia, Diemert, Elsa, Dionet, Philippe, Diraison, Aude, Doan, Martine Doco Fenzy, Boris, Dufournet, Julien, Dumurgier, Hélène, Durand, Anas, Dutray, Frédérique, Etcharry-Bouyx, Maté, Formaglio, Audrey, Gabelle, Anne, Gainche-Salmon, Jean-Claude, Getenet, Emmanuelle, Ginglinger, Olivier, Godefroy, Mathilde, Graber, Chloé, Gregoire, Stephan, Grimaldi, Julien, Gueniat, Claude, Gueriot, Sophie, Haffen, Lorraine, Hamelin, Didier, Hannequin, Cezara, Hanta, Clémence, Hardy, Geoffroy, Hautecloque, Camille, Heitz, Claire, Hourregue, Thérèse, Jonveaux, Snejana, Jurici, Catia, Khoumri, Lejla, Koric, Pierre, Krolak-Salmon, Pierre, Labauge, Morgane, Lacour, Julien, Lagarde, Hélène-Marie, Lanoiselée, Brice, Laurens, Isabelle Le Ber, Gwenaël Le Guyader, Amélie, Leblanc, Thibaud, Lebouvier, Anas, Lippi, Marie-Anne, Mackowiak, Eloi, Magnin, Cecilia, Marelli, Olivier, Martinaud, Aurélien, Maureille, Emilie, Milongo-Rigal, Sophie, Mohr, Hélène, Mollion, Olivier, Moreaud, Alexandre, Morin, Gaël, Nicolas, Julia, Nivelle, Camille, Noiray, Elisabeth, Ollagnon-Roman, Claire, Paquet, Jérémie, Pariente, Florence, Pasquier, Alexandre, Perron, Nathalie, Philippi, Virginie, Pichon, Vincent, Planche, Céline, Poirsier, Marie, Rafiq, Pauline, Rod-Olivieri, Adeline, Rollin-Sillaire, Carole, Roué-Jagot, Dario, Saracino, Marie, Sarazin, Mathilde, Sauvée, François, Sellal, Lila Sirven Villaros, Christel, Thauvin, Camille, Tisserand, Christophe, Tomasino, Cédric, Turpinat, Laurène Van Damme, Olivier, Vercruysse, Alice, Voilly, Nathalie, Wagemann, David, Wallon, Aline, Zarea, Shahzad, Ahmad, Philippe, Amouyel, Claudine, Berr, Anne, Boland, Paola, Bossu, Femke, Bouwman, Jose, Bras, Dominique, Campion, Camille, Charbonnier, Jordi, Clarimon, Antonio, Daniele, Jean-François, Dartigues, Stéphanie, Debette, Jean-François, Deleuze, Nicola, Denning, Oriol, Dols-Icardo, Nick, C Fox, Daniela, Galimberti, Emmanuelle, Génin, Hans, Gille, Benjamin, Grenier-Boley, Detelina, Grozeva, Rita, Guerreiro, John, J Hardy, Clive, Holmes, Henne, Holstege, Marc, Hulsman, Holger, Hummerich, M Arfan Ikram, M Kamran Ikram, Iris, Jansen, Amit, Kawalia, Robert, Kraaij, Jean-Charles, Lambert, Marc, Lathrop, Afina, W Lemstra, Alberto, Lleo, Lauren, Luckcuck, Marcel M A, M Mannens, Rachel, Marshall, Carlo, Masullo, Simon, Mead, Mecocci, Patrizia, Alun, Meggy, Merel, O Mol, Kevin, Morgan, Benedetta, Nacmias, Penny, J Norsworthy, Pau, Pastor, Olivier, Quenez, Alfredo, Ramirez, Rachel, Raybould, Richard, Redon, Marcel J, T Reinders, Anne-Claire, Richard, Steffi, G Riedel-Heller, Fernando, Rivadeneira, Stéphane, Rousseau, Natalie, S Ryan, Salha, Saad, Pascual, Sanchez-Juan, Philip, Scheltens, Jonathan, M Schott, Davide, Seripa, Daoud, Sie, Rebecca, Sims, Erik, Sistermans, Sandro, Sorbi, Resie van Spaendonk, Gianfranco, Spalleta, Nicćolo, Tesi, Betty, Tijms, André, G Uitterlinden, Wiesje, M van der Flier, Sven, J van der Lee, Cornelia, M van Duijn, Jeroen G, J van Rooij, John, C van Swieten, Pieter, J de Visser, Michael, Wagner, and Julie, Williams
Subjects: Genotype, Membrane Transport Proteins, Penetrance, Lifetime risk, Pedigree, Expectation-maximization algorithm, Settore MED/26 - NEUROLOGIA, Apolipoproteins E, Missing genotypes, Alzheimer Disease, Case-Control Studies, SORL1, Alzheimer, Genetics, Humans, Molecular Medicine, Molecular Biology, LDL-Receptor Related Proteins, APOE, Genetics (clinical)
Abstract: Background Alzheimer disease (AD) is a common complex disorder with a high genetic component. Loss-of-function (LoF) SORL1 variants are one of the strongest AD genetic risk factors. Estimating their age-related penetrance is essential before putative use for genetic counseling or preventive trials. However, relative rarity and co-occurrence with the main AD risk factor, APOE-ε4, make such estimations difficult. Methods We proposed to estimate the age-related penetrance of SORL1-LoF variants through a survival framework by estimating the conditional instantaneous risk combining (i) a baseline for non-carriers of SORL1-LoF variants, stratified by APOE-ε4, derived from the Rotterdam study (N = 12,255), and (ii) an age-dependent proportional hazard effect for SORL1-LoF variants estimated from 27 extended pedigrees (including 307 relatives ≥ 40 years old, 45 of them having genotyping information) recruited from the French reference center for young Alzheimer patients. We embedded this model into an expectation-maximization algorithm to accommodate for missing genotypes. To correct for ascertainment bias, proband phenotypes were omitted. Then, we assessed if our penetrance curves were concordant with age distributions of APOE-ε4-stratified SORL1-LoF variant carriers detected among sequencing data of 13,007 cases and 10,182 controls from European and American case-control study consortia. Results SORL1-LoF variants penetrance curves reached 100% (95% confidence interval [99–100%]) by age 70 among APOE-ε4ε4 carriers only, compared with 56% [40–72%] and 37% [26–51%] in ε4 heterozygous carriers and ε4 non-carriers, respectively. These estimates were fully consistent with observed age distributions of SORL1-LoF variant carriers in case-control study data. Conclusions We conclude that SORL1-LoF variants should be interpreted in light of APOE genotypes for future clinical applications.
Published: 2022
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6. <scp>Skraban‐Deardorff</scp> syndrome: Six new cases of <scp> WDR 26 </scp> ‐related disease and expansion of the clinical phenotype

Author: Laurence Faivre, Varoona Bizaoui, Christèle Dubourg, Frédéric Tran Mau-Them, Wilfrid Carré, Amélie Piton, Sylvie Odent, Lionel Van Maldergem, Ange-Line Bruel, Laurent Pasquier, Marie Faoucher, Bénédicte Gérard, Mélanie Fradin, Alinoë Lavillaureix, Auriane Cospain, Florence Demurger, Jessica Assoumani, Elise Schaefer, Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Diagnostic Génétique [CHU Strasbourg], Université de Strasbourg (UNISTRA)-CHU Strasbourg, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Groupe Hospitalier Bretagne Sud (GHBS), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), and Chard-Hutchinson, Xavier
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Proband, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Adolescent, [SDV]Life Sciences [q-bio], Developmental Disabilities, Skraban-Deardorff syndrome, Disease, 030105 genetics & heredity, Young Adult, 03 medical and health sciences, Intellectual disability, Genetics, medicine, WDR26, Humans, Abnormalities, Multiple, hypotonia, Ataxic Gait, Child, Genetics (clinical), Adaptor Proteins, Signal Transducing, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Muscle biopsy, medicine.diagnostic_test, business.industry, Infant, Syndrome, medicine.disease, Gait, Hypotonia, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Phenotype, 030104 developmental biology, speech therapy, intellectual disability, Child, Preschool, Mutation, Cohort, language development disorders, Female, medicine.symptom, business
Abstract: International audience; Skraban-Deardorff syndrome (a disease related to variations in the WDR26 gene; OMIM #617616) was first described in a cohort of 15 individuals in 2017. The syndrome comprises intellectual deficiency, severe speech impairment, ataxic gait, seizures, mild hypotonia with feeding difficulties during infancy, and dysmorphic features. Here, we report on six novel heterozygous de novo pathogenic variants in WDR26 in six probands. The patients’ phenotypes were consistent with original publication. One patient displayed marked hypotonia with an abnormal muscle biopsy; this finding warrants further investigation. Gait must be closely monitored, in order to highlight any musculoskeletal or neurological abnormalities and prompt further examinations. Speech therapy and alternative communication methods should be initiated early in the clinical follow-up, in order to improve language and oral eating and drinking.
Published: 2021
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7. A<scp>BBS1SVA</scp>F retrotransposon insertion is a frequent cause of<scp>Bardet‐Biedl</scp>syndrome

Author: Corinne Stoetzel, Richard Redon, Erica E. Davis, Véronique Geoffroy, Jean-Louis Mandel, Georgios Kellaris, Samuel Nicaise, Joakim Klar, Clarisse Delvallée, Anne Sophie Leuvrey, Florence Demurger, Manuela Antin, Emmanuelle Génin, Boris Keren, Nicholas Katsanis, Niklas Dahl, Sophie Scheidecker, Elsa Nourisson, Jean Muller, Hélène Dollfus, Jean-François Deleuze, Christel Depienne, Michèle Mathieu-Dramard, Christine Poitou-Bernert, Carmen C. Leitch, Koenraad Devriendt, Sylvie Odent, Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Ann & Robert H. Lurie Children's Hospital of Chicago, Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institute of Human Genetics - Institut für Humangenetik [Essen], Universitätsklinikum Essen [Universität Duisburg-Essen] (Uniklinik Essen)-Universitat Duisberg-Essen, Uppsala University, Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB), EFS-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), Université de Nantes (UN), Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Center for Human Genetics, University of Leuven School of Medicine, SCHOOL of MEDICINE [Louvain], Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL)-Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), CHU Amiens-Picardie, Nutrition et obésités: approches systémiques (UMR-S 1269) (Nutriomics), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Northwestern University Feinberg School of Medicine, Agence Nationale de la Recherche, Grant/Award Number: Les Espoirs de l'Université de Strasbourg 2018, CREGEMES, Grant/Award Number: WGS 2016, Fondation pour la Recherche Médicale, Grant/Award Number: ECO20170637509, US National Institutes of Health grants, Grant/Award Numbers: DK072301, GM121317, HD042601, Chard-Hutchinson, Xavier, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Nutrition et obésités: approches systémiques (nutriomics) (UMR-S 1269 INSERM - Sorbonne Université), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, Retroelements, BBS1, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Medizin, 030105 genetics & heredity, Biology, Article, Cohort Studies, 03 medical and health sciences, Exon, Gene Frequency, Bardet–Biedl syndrome, Mobile element insertion, Bardet-Biedl syndrome, Genetics, medicine, Humans, Allele, SVA F, education, Genetics (clinical), Medicinsk genetik, education.field_of_study, Whole Genome Sequencing, Polydactyly, medicine.disease, Pedigree, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mutagenesis, Insertional, Ciliopathy, founder effect, 030104 developmental biology, Female, Microtubule-Associated Proteins, Medical Genetics, Founder effect
Abstract: International audience; Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a ciliopathy characterized by retinitis pigmentosa, obesity, polydactyly, cognitive impairment and renal failure. Pathogenic variants in 24 genes account for the molecular basis of >80% of cases. Toward saturated discovery of the mutational basis of the disorder, we carefully explored our cohorts and identified a hominid-specific SINE-R/VNTR/Alu type F (SVA-F) insertion in exon 13 of BBS1 in eight families. In six families, the repeat insertion was found in trans with c.1169 T > G, p.Met390Arg and in two families the insertion was found in addition to other recessive BBS loci. Whole genome sequencing, de novo assembly and SNP array analysis were performed to characterize the genomic event. This insertion is extremely rare in the general population (found in 8 alleles of 8 BBS cases but not in >10 800 control individuals from gnomAD-SV) and due to a founder effect. Its 2435 bp sequence contains hallmarks of LINE1 mediated retrotransposition. Functional studies with patient-derived cell lines confirmed that the BBS1 SVA-F is deleterious as evidenced by a significant depletion of both mRNA and protein levels. Such findings highlight the importance of dedicated bioinformatics pipelines to identify all types of variation.
Published: 2020
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8. De novo variants in ATP2B1 lead to neurodevelopmental delay

Author: Meer Jacob Rahimi, Nicole Urban, Meret Wegler, Heinrich Sticht, Michael Schaefer, Bernt Popp, Frank Gaunitz, Manuela Morleo, Vincenzo Nigro, Silvia Maitz, Grazia M.S. Mancini, Claudia Ruivenkamp, Eun-Kyung Suk, Tobias Bartolomaeus, Andreas Merkenschlager, Daniel Koboldt, Dennis Bartholomew, Alexander P.A. Stegmann, Margje Sinnema, Irma Duynisveld, Ramona Salvarinova, Simone Race, Bert B.A. de Vries, Aurélien Trimouille, Sophie Naudion, Daphna Marom, Uri Hamiel, Noa Henig, Florence Demurger, Nils Rahner, Enrika Bartels, J. Austin Hamm, Abbey M. Putnam, Richard Person, Rami Abou Jamra, Henry Oppermann, Rahimi, Meer Jacob, Urban, Nicole, Wegler, Meret, Sticht, Heinrich, Schaefer, Michael, Popp, Bernt, Gaunitz, Frank, Morleo, Manuela, Nigro, Vincenzo, Maitz, Silvia, Mancini, Grazia M S, Ruivenkamp, Claudia, Suk, Eun-Kyung, Bartolomaeus, Tobia, Merkenschlager, Andrea, Koboldt, Daniel, Bartholomew, Denni, Stegmann, Alexander P A, Sinnema, Margje, Duynisveld, Irma, Salvarinova, Ramona, Race, Simone, de Vries, Bert B A, Trimouille, Aurélien, Naudion, Sophie, Marom, Daphna, Hamiel, Uri, Henig, Noa, Demurger, Florence, Rahner, Nil, Bartels, Enrika, Hamm, J Austin, Putnam, Abbey M, Person, Richard, Abou Jamra, Rami, Oppermann, Henry, Clinical Genetics, MUMC+: DA KG Lab Specialisten (9), MUMC+: DA KG Lab Centraal Lab (9), MUMC+: DA KG Polikliniek (9), and RS: FHML non-thematic output
Subjects: EXPRESSION, HOMEOSTASIS, de novo, seizure, HOUSEKEEPING FUNCTION, calcium homeostasi, Mutation, Missense, PLASMA-MEMBRANE CA2+-ATPASE, ISOFORMS, ATP2B1, Nervous System Malformations, development delay, abnormal behavior, Plasma Membrane Calcium-Transporting ATPases, CA2+, Report, BINDING, Genetics, Humans, MUTATION, Genetics (clinical), neurodevelopmental disorder, HEK293 Cells, Phenotype, Neurodevelopmental Disorders, intellectual disability
Abstract: Calcium (Ca2+) is a universal second messenger involved in synaptogenesis and cell survival; consequently, its regulation is important for neurons. ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 1 (ATP2B1) belongs to the family of ATP-driven calmodulin-dependent Ca2+ pumps that participate in the regulation of intracellular free Ca2+. Here, we clinically describe a cohort of 12 unrelated individuals with variants in ATP2B1 and an overlapping phenotype of mild to moderate global development delay. Additional common symptoms include autism, seizures, and distal limb abnormalities. Nine probands harbor missense variants, seven of which were in specific functional domains, and three individuals have nonsense variants. 3D structural protein modeling suggested that the variants have a destabilizing effect on the protein. We performed Ca2+ imaging after introducing all nine missense variants in transfected HEK293 cells and showed that all variants lead to a significant decrease in Ca2+ export capacity compared with the wild-type construct, thus proving their pathogenicity. Furthermore, we observed for the same variant set an incorrect intracellular localization of ATP2B1. The genetic findings and the overlapping phenotype of the probands as well as the functional analyses imply that de novo variants in ATP2B1 lead to a monogenic form of neurodevelopmental disorder.
Published: 2022

9. Development and Validation of a New Risk Prediction Score for Life-Threatening Ventricular Tachyarrhythmias in Laminopathies

Author: Mélanie Fradin, Nicolas Sadoul, Xavier Waintraub, Didier Klug, Albert Hagège, Pascal Sabouraud, Arnaud Isapof, Julien Durigneux, Olivier Lascols, Pascal Laforêt, Armelle Magot, Ivana Dabaj, Eloi Marijon, Camille Vatier, Pascal Cintas, Emmanuelle Salort, Bénédicte Gaborit, Antoine Muchir, Xavier Ferrer, Pascale Richard, Corinne Metay, Stéphane Boulé, Sarah Leonard-Louis, Philippe Mabo, V. Tiffreau, Caroline Stalens, Jitendra K. Vohra, Stéphane Schaeffer, Khadija Chikhaoui, Eric Bieth, Sandra Mercier, Pierre Ambrosi, Aleksandra Nadaj-Pakleza, Michèle Mayer, Katja Zeppenfeld, Gisèle Bonne, Véronique Manel, Jean-Marc Davy, Guilhem Sole, Ghassan Moubarak, Nicolas Lamblin, Klaus Dieterich, Christophe Meune, Abdallah Fayssoil, Arnaud Lazarus, Philippe Maury, Karim Wahbi, Philippe Petiot, Isabelle Jéru, Annick Toutain, Corinne Vigouroux, Ana Ferreiro, Maud Michaud, H.M. Bécane, Bruno Eymard, Thomas D. Gossios, Marie-Christine Vantyghem, Saurabh Kumar, Estelle Gandjbakhch, Yann Péréon, T. Thompson, Marie-Christine Minot-Myhié, Anthony Behin, Frédéric Sacher, Philippe Charron, Nicolas Combes, Julien Praline, Dominique Babuty, Emmanuelle Lagrue, Usha B. Tedrow, Jean-Marc Sellal, Florence Petit, Perry M. Elliott, Frédéric Anselme, Philippe Chevalier, Frederic Taithe, Christine Barnerias, Vincent Laugel, Andoni Echaniz-Laguna, Raphaël P. Martins, Alexander F.A. Androulakis, Rabah Ben Yaou, Franck Boccara, Ulrike Walther-Louvier, Tanya Stojkovic, Françoise Bouhour, Annachiara De Sandre-Giovannoli, Susana Quijano-Roy, Françoise Chapon, Jean-Noël Trochu, Céline Tard, Anne Rollin, Jean-Marie Cuisset, Denis Duboc, Raphaël Porcher, Catherine Sarret, Jonathan M. Kalman, Florence Demurger, Damien Bonnet, Christine Francannet, Neal K. Lakdawala, Romain Eschalier, Fabien Labombarda, Kostantinos Savvatis, Raul Juntas Morales, Isabelle Desguerre, Nicolas Lévy, Anne-Claire Brehin, Service de Cardiologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Rouen, Normandie Université (NU), St Bartholomew's Hospital (London), Brigham & Women’s Hospital [Boston] (BWH), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon), IHU-LIRYC, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux], Service de Cardiologie B, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], William Harvey Research Institute, Barts and the London Medical School, Biostatistique et épidemiologie clinique, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Myologie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de cardiologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Filière Neuromusculaire (FILNEMUS), Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Laboratoire d'Informatique Scientifique et Industrielle (LISI), Université de Poitiers-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et d'Aérotechnique [Poitiers] (ISAE-ENSMA), Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], CHU Lille, Institut Européen de Génomique du Diabète - European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 - UFR de Médecine Pierre et Marie Curie (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Aix Marseille Université (AMU), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut de cardiologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de cardiologie et maladies vasculaires [Rennes] = Cardiac, Thoracic, and Vascular Surgery [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Clinique Pasteur [Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle (IADI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), The Royal Melbourne Hospital, Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden, Service de neurologie pédiatrique [CHU Necker], Institut Cochin (UMR_S567 / UMR 8104), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hôpital Privé Le Bois Ramsay Santé [Lille], Service de génétique [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Hôpital Côte de Nacre [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Mobilités : Vieillissement, Pathologie, Santé (COMETE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Roger Salengro [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre de ressources biologiques Tissus ADN Cellules [Hôpital de la Timone - APHM] (CRB TAC), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), CHU Clermont-Ferrand, Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de neurologie [Bordeaux], Service de Génétique Médicale [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de chirurgie cadiovasculaire et thoracique [Rouen], Hôpital Charles Nicolle [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Service de cardiologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), CHU Trousseau [APHP], Département de neurologie [Montpellier], Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167 (RID-AGE), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Strasbourg, Clinique Ambroise Paré [Centres Médico-Chirurgicaux Ambroise Pré, Pierre Cherest, Hartmann], Hôpital Cochin [AP-HP], Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université de Lorraine (UL), Service de neurologie [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital neurologique et neurochirurgical Pierre Wertheimer [CHU - HCL], Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Institut Pascal (IP), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Neurologie [CHU Caen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Neurologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand-CHU Estaing [Clermont-Ferrand], Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Laboratoire d'étude de la motricité humaine - EA 3608 (LEMH), Université de Lille, Droit et Santé, Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Physiopathologie et thérapie du muscle strié, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR14-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Montréal (UdeM), Laboratoire Génie des procédés papetiers (LGP2 ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Heart Hospital [London], University College of London [London] (UCL), This study was funded by grants from the AFM-Téléthon (French Alliance against Myopathies), which was not involved in the design and conduct of the study, collection, management, analysis, and interpretation of the data, preparation, review, or approval of the manuscript, and decision to submit the manuscript for publication. Some of this work was undertaken at University College London (United Kingdom) and St. Bartholomew’s Hospital (London, United Kingdom), which received a portion of funding from the United Kingdom Department of Health’s National Institute for Health Research Biomedical Research Centres funding scheme., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Centre de recherche en myologie, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Bordeaux [Bordeaux]-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-CHU Trousseau [APHP], unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de cardiologie et maladies vasculaires, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Unit of Neuromuscular Morphology [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Institut de Myologie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de référence des maladies rares neuromusculaires Aquitaine-Grand Sud Ouest, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire d'Informatique Scientifique et Industrielle (LISI / ENSMA), LISI-ENSMA, Service de Biochimie-Génétique [Béclère], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Thérapie des maladies du muscle strié, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Cardiologie A, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service d'Endocrinologie et Métabolisme, Unité de Cardiologie et Soins Intensifs, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Toulouse [Toulouse], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de Génétique [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Centre de Référence M3C Malformations Cardiaques Congénitales Complexes, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-PRES Sorbonne Paris Cité-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hôpital neurologique, Centre Hospitalier Universitaire de Lille (CHU de Lille), Service Neurologie Pédiatrique, Service de Neuropédiatrie, INSERM U836, équipe 4, Muscles et pathologies, Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Département de Neurologie, Hôpital Civil de Strasbourg, Groupe Myologie, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique médicale, CHU - HÔTEL-DIEU Clermont-Ferrand, CLAD Ouest, Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition (C2VN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service de Neuropédiatrie [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie et cerveau, Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement (Inserm U1167 - RID-AGE - Institut Pasteur), Clinique Ambroise Paré, CHU Cochin [AP-HP], Epilepsie, sommeil et explorations fonctionnelles neuropédiatriques, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hopital Neurologique-Hôpital Femme Mère Enfant, Department of Medicine, Columbia University [New York]-College of Physicians and Surgeons, Service de neurologie, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer (JPArc - U837 Inserm), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université Lille 2 - Faculté de Médecine, Hôpital de Rangueil, Institut Pascal - Clermont Auvergne (IP), Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), laboratoire d'étude de la motricité humaine (LEMH EA3608), Université de Montréal - UdeM (CANADA), Laboratoire Génie des procédés papetiers (LGP2), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche en Myologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-PRES Sorbonne Paris Cité-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut de Myologie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Genomic Institute for Diabetes - FR 3508 (EGID), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Hôpital Purpan [Toulouse], Hôpital Charles Nicolle [Rouen]-CHU Rouen, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Hôpital Gui de Chauliac [Montpellier]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Myologie, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, Male, Tachycardia, medicine.medical_specialty, implantable, Accurate estimation, Ventricular Tachyarrhythmias, Validation Studies as Topic, 030204 cardiovascular system & hematology, tachycardia, Sudden death, LMNA, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, death, Physiology (medical), Internal medicine, defibrillators, medicine, Humans, In patient, 030212 general & internal medicine, sudden, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Prediction score, business.industry, Defibrillators, Implantable, ventricular, Tachycardia, Ventricular, Cardiology, Female, medicine.symptom, Cardiomyopathies, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business
Abstract: Background: An accurate estimation of the risk of life-threatening (LT) ventricular tachyarrhythmia (VTA) in patients with LMNA mutations is crucial to select candidates for implantable cardioverter-defibrillator implantation. Methods: We included 839 adult patients with LMNA mutations, including 660 from a French nationwide registry in the development sample, and 179 from other countries, referred to 5 tertiary centers for cardiomyopathies, in the validation sample. LTVTA was defined as (1) sudden cardiac death or (2) implantable cardioverter defibrillator–treated or hemodynamically unstable VTA. The prognostic model was derived using the Fine-Gray regression model. The net reclassification was compared with current clinical practice guidelines. The results are presented as means (SD) or medians [interquartile range]. Results: We included 444 patients, 40.6 (14.1) years of age, in the derivation sample and 145 patients, 38.2 (15.0) years, in the validation sample, of whom 86 (19.3%) and 34 (23.4%) experienced LTVTA over 3.6 [1.0–7.2] and 5.1 [2.0–9.3] years of follow-up, respectively. Predictors of LTVTA in the derivation sample were: male sex, nonmissense LMNA mutation, first degree and higher atrioventricular block, nonsustained ventricular tachycardia, and left ventricular ejection fraction (https://lmna-risk-vta.fr). In the derivation sample, C-index (95% CI) of the model was 0.776 (0.711–0.842), and the calibration slope 0.827. In the external validation sample, the C-index was 0.800 (0.642–0.959), and the calibration slope was 1.082 (95% CI, 0.643–1.522). A 5-year estimated risk threshold ≥7% predicted 96.2% of LTVTA and net reclassified 28.8% of patients with LTVTA in comparison with the guidelines-based approach. Conclusions: In comparison with the current standard of care, this risk prediction model for LTVTA in laminopathies significantly facilitated the choice of candidates for implantable cardioverter defibrillators. Clinical Trial Registration: URL: https://www.clinicaltrials.gov . Unique identifier: NCT03058185.
Published: 2019
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10. Phénotype prénatal des microduplications 22q11 : description de 12 nouveaux cas et Revue de la littérature

Author: Laura Mary, Alinoë Lavillaureix, Adélie Perrot, Philippe Loget, Erika Launay, Anne-Sophie Leborgne, Florence Demurger, Mélanie Fradin, Gwenaelle Le Bouar, Chloé Quélin, Christèle Dubourg, Laurent Pasquier, Sylvie Odent, Marc-Antoine Belaud-Rotureau, and Sylvie Jaillard
Subjects: Anatomy
Published: 2022
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11. Integrative approach to interpret DYRK1A variants, leading to a frequent neurodevelopmental disorder

Author: Anne-Sophie Denommé, Christine Francannet, Loréline Genschik, Claire Feger, Maria Kibaek, Imene Boujelbene, Paul Kuentz, Michel Guipponi, Marie-Christine Birling, Sébastien Moutton, Allan Bayat, Frederic Tran Mau Them, Mathilde Renaud, Joane Svane, Yann Herault, Sandrine Passemard, Christèle Dubourg, Mélanie Fradin, Marjolaine Willems, Julien Thevenon, Rosanna Weksberg, Bertrand Isidor, David Geneviève, Benjamin Cogné, Magalie Barth, Laurence Faivre, Jérémie Courraud, Boris Keren, Albert David, Laurence Perrin, Anne-Marie Guerrot, Christine Coubes, Thierry Bienvenu, Alice Goldenberg, Bénédicte Gérard, Amélie Piton, Lucas Bronicki, Julia Metreau, Mathilde Nizon, Elise Schaefer, Eric Chater-Diehl, Maria del Mar Muniz Moreno, Bruno Delobel, Katrine M Johannesen, Florence Demurger, Nathalie Drouot, Marie Vincent, Antonio Vitobello, Kristina Pilekær Sørensen, Christina Fagerberg, Cyril Mignot, Estelle Colin, Valérie Layet, Michèle Mathieu-Dramard, Jean-Louis Mandel, Cathrine Elisabeth Tronhjem, Benjamin Durand, Pascale Saugier, Séverine Drunat, Rikke S. Møller, Perrine Charles, Lydie Burglen, Bénédicte Demeer, Salima El Chehadeh, Marc Abramowicz, Laurent Pasquier, and Julie D. Thompson
Subjects: Genetics, Neurodevelopmental disorder, DYRK1A, Intellectual disability, medicine, Missense mutation, Kinase activity, Biology, medicine.disease, Phenotype, Human genetics, Cellular localization
Abstract: ABBSTRACTDYRK1A-related intellectual disability (ID) is among the most frequent monogenic form of ID. We refined the description of this disorder by reporting clinical and molecular data of forty individuals with ID harboringDYRK1Avariants. We developed a combination of tools to interpret missense variants, which remains a major challenge in human genetics: i) a specificDYRK1Aclinical score, ii) amino acid conservation data generated from one hundred of DYRK1A sequences across different taxa, iii)in vitrooverexpression assays to study level, cellular localization, and kinase activity of DYRK1A mutant proteins, and iv) a specific blood DNA methylation signature. This integrative approach was successful to reclassify several variants as pathogenic. However, we questioned the involvement of some others, such as p.Thr588Asn, yet reported as pathogenic, and showed it does not cause obvious phenotype in mice, emphasizing the need to take care when interpreting variants, even those occurringde novo.
Published: 2021
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12. Author response for 'Skraban-Deardorff syndrome: six new cases of WDR26-related disease and expansion of the clinical phenotype'

Author: Laurent Pasquier, Marie Faoucher, Sylvie Odent, Ange-Line Bruel, Alinoë Lavillaureix, Elise Schaefer, Varoona Bizaoui, Lionel Van Maldergem, Frédéric Tran Mau-Them, Bénédicte Gérard, Jessica Assoumani, Mélanie Fradin, C Dubourg, Laurence Faivre, Amélie Piton, Wilfrid Carré, Florence Demurger, and Auriane Cospain
Subjects: business.industry, Immunology, Medicine, Disease, Clinical phenotype, business
Published: 2021
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13. Author response for 'A <scp> BBS1 SVA </scp> F retrotransposon insertion is a frequent cause of <scp>Bardet‐Biedl</scp> syndrome'

Author: Sylvie Odent, Carmen C. Leitch, Michèle Mathieu-Dramard, Koenraad Devriendt, Clarisse Delvallée, Hélène Dollfus, Véronique Geoffroy, Erica E. Davis, Elsa Nourisson, Georgios Kellaris, Samuel Nicaise, Niklas Dahl, Corinne Stoetzel, Nicholas Katsanis, Jean-Francois Deleuze, Florence Demurger, Emmanuelle Génin, Manuela Antin, Joakim Klar, Richard Redon, Sophie Scheidecker, Christine Poitou-Bernert, J. L. Mandel, Anne-Sophie Leuvrey, Boris Keren, Jean Muller, and Christel Depienne
Subjects: Genetics, Bardet–Biedl syndrome, BBS1, business.industry, Medicine, Retrotransposon, business, medicine.disease
Published: 2020
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14. De Novo Variants in CNOT1, a Central Component of the CCR4-NOT Complex Involved in Gene Expression and RNA and Protein Stability, Cause Neurodevelopmental Delay

Author: Paul Kruszka, Sreehari Kalvakuri, Austin Larson, Dong Li, Inge van Outersterp, Florence Demurger, Ian Hayes, F. Lucy Raymond, Lauren J. Massingham, Claudia A. L. Ruivenkamp, Ian D. Krantz, Kendra Brunet, Nicole Revencu, Maaike Vreeburg, Donatella Milani, Tjitske Kleefstra, Lisenka E.L.M. Vissers, Maximilian Muenke, Sinje Geuer, Candace Gamble, Rolf Bodmer, Hanka Venselaar, Elke de Boer, Sarina G. Kant, Dilys Weijers, Arjan P.M. de Brouwer, Machteld M. Oud, Maria Iascone, Christopher C. Griffith, Frédéric Tran Mau-Them, Karin Weiss, Megan T. Cho, Ayesha Ahmad, James A. Bartley, Nina Powell Hamilton, Lenika De Simone, George E. Hoganson, Lucie Evenepoel, Simone Kersten, Daniel L. Polla, Himanshu Goel, Antonio Vitobello, Rachel Fisher, Arthur Sorlin, Sébastien Moutton, Myrthe van den Born, Hilary J. Vernon, Michael Kwint, Kaitlyn Burns, Anna Ruiz, Kirsty McWalter, Jenny Morton, Jennifer Schwab, Elizabeth J. Bhoj, Philippe Christophe, Hans van Bokhoven, Elisabeth Gabau, Kimberly M. Nugent, Jill R. Murrell, Thierry Billette de Villemeur, Kathleen Wood, Alexandra Afenjar, Amber Begtrup, Chanika Phornphutkul, Sarah E. Raible, Melde Witmond, Perrine Charles, Claudia Soler-Alfonso, D. Isum Ward, Marjolaine Willems, Boris Keren, Julian Delanne, UCL - SSS/IREC/SLUC - Pôle St.-Luc, UCL - (SLuc) Centre de génétique médicale UCL, Clinical Genetics, Klinische Genetica, RS: GROW - R4 - Reproductive and Perinatal Medicine, and MUMC+: DA KG Polikliniek (9)
Subjects: Male, DYRK1A, Developmental Disabilities, lnfectious Diseases and Global Health Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 4], Gene Expression, de novo mutations, Haploinsufficiency, 0302 clinical medicine, Gene expression, Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 2, Genetics (clinical), Genetics, 0303 health sciences, Gene knockdown, repressor, neurodevelopment, Protein Stability, CCR4-NOT complex, Phenotype, developmental delay, intellectual disability, Drosophila, deadenylase complex, Female, regulators, Heterozygote, Receptors, CCR4, Biology, Nervous System Malformations, 03 medical and health sciences, Report, genomics, Humans, Gene, Alleles, 030304 developmental biology, Neurodevelopmental disorders Donders Center for Medical Neuroscience [Radboudumc 7], Genetic Variation, Protein ubiquitination, Renal disorders Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 11], Neurodevelopmental Disorders, SUBUNIT, RNA, CNOT1, Nanomedicine Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 19], exome sequencing, 030217 neurology & neurosurgery, Transcription Factors
Abstract: Contains fulltext : 220423.pdf (Publisher’s version ) (Closed access) CNOT1 is a member of the CCR4-NOT complex, which is a master regulator, orchestrating gene expression, RNA deadenylation, and protein ubiquitination. We report on 39 individuals with heterozygous de novo CNOT1 variants, including missense, splice site, and nonsense variants, who present with a clinical spectrum of intellectual disability, motor delay, speech delay, seizures, hypotonia, and behavioral problems. To link CNOT1 dysfunction to the neurodevelopmental phenotype observed, we generated variant-specific Drosophila models, which showed learning and memory defects upon CNOT1 knockdown. Introduction of human wild-type CNOT1 was able to rescue this phenotype, whereas mutants could not or only partially, supporting our hypothesis that CNOT1 impairment results in neurodevelopmental delay. Furthermore, the genetic interaction with autism-spectrum genes, such as ASH1L, DYRK1A, MED13, and SHANK3, was impaired in our Drosophila models. Molecular characterization of CNOT1 variants revealed normal CNOT1 expression levels, with both mutant and wild-type alleles expressed at similar levels. Analysis of protein-protein interactions with other members indicated that the CCR4-NOT complex remained intact. An integrated omics approach of patient-derived genomics and transcriptomics data suggested only minimal effects on endonucleolytic nonsense-mediated mRNA decay components, suggesting that de novo CNOT1 variants are likely haploinsufficient hypomorph or neomorph, rather than dominant negative. In summary, we provide strong evidence that de novo CNOT1 variants cause neurodevelopmental delay with a wide range of additional co-morbidities. Whereas the underlying pathophysiological mechanism warrants further analysis, our data demonstrate an essential and central role of the CCR4-NOT complex in human brain development.
Published: 2020

15. Loss of function IFT27 variants associated with an unclassified lethal fetal ciliopathy with renal agenesis

Author: Mélanie Fradin, Sophie Thomas, Florence Demurger, Nadia Elkhartoufi, Tania Attié-Bitach, Sylvie Odent, J. Milon, Chloé Quélin, Laurent Pasquier, Philippe Loget, and Lucile Boutaud
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Biology, Kidney, Compound heterozygosity, Ciliopathies, Congenital Abnormalities, 03 medical and health sciences, Fatal Outcome, Intraflagellar transport, Genetics, medicine, Humans, Renal agenesis, Genetics (clinical), Polydactyly, medicine.disease, Phenotype, Pedigree, Bilateral Renal Agenesis, Fetal Diseases, Ciliopathy, 030104 developmental biology, rab GTP-Binding Proteins, Mutation, Female, Kidney Diseases, sense organs
Abstract: Ciliopathies comprise a group of clinically heterogeneous and overlapping disorders with a wide spectrum of phenotypes ranging from prenatal lethality to adult-onset disorders. Pathogenic variants in more than 100 ciliary protein-encoding genes have been described, most notably those involved in intraflagellar transport (IFT) which comprises two protein complexes, responsible for retrograde (IFT-A) and anterograde transport (IFT-B). Here we describe a fetus with an unclassified severe ciliopathy phenotype including short ribs, polydactyly, bilateral renal agenesis, and imperforate anus, with compound heterozygosity for c.118_125del, p.(Thr40Glyfs*11) and a c.352 +1G > T in IFT27, which encodes a small GTPase component of the IFT-B complex. We conclude that bilateral renal agenesis is a rare feature of this severe ciliopathy and this report highlights the phenotypic overlap of Pallister-Hall syndrome and ciliopathies. The phenotype in patients with IFT27 gene variants is wide ranging from Bardet-Biedl syndrome to a lethal phenotype.
Published: 2018
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16. Prenatal phenotype of 22q11 micro-duplications: A systematic review and report on 12 new cases

Author: Laura Mary, Alinoë Lavillaureix, Adélie Perrot, Philippe Loget, Erika Launay, Anne-Sophie Leborgne, Florence Demurger, Mélanie Fradin, Gwenaelle Le Bouar, Chloé Quélin, Christèle Dubourg, Laurent Pasquier, Sylvie Odent, Marc-Antoine Belaud-Rotureau, Sylvie Jaillard, Chard-Hutchinson, Xavier, École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Clinique mutualiste La Sagesse, Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], and This research did not receive any specific grant from funding agencies in the public, commercial, or not-for-profit sectors.
Subjects: Male, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Chromosomes, Human, Pair 22, [SDV]Life Sciences [q-bio], Infant, Newborn, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, General Medicine, Genotype-phenotype, Phosphoproteins, 22q11, [SDV] Life Sciences [q-bio], Fetus, Phenotype, aCGH, Chromosome Duplication, DiGeorge Syndrome, Genetics, Humans, Prenatal, Abnormalities, Multiple, Female, Foetal, Genetics (clinical), Adaptor Proteins, Signal Transducing
Abstract: International audience; The 22q11 region is prone to generating recurring Copy Number Variations (CNVs) as a result of the large numbers of Low Copy Repeats (LCRs). Typical duplications encompass the LCR-A-to-D region but atypical duplications of various sizes have also been reported. These duplications are responsible for highly variable phenotypes with incomplete penetrance and expressivity, which is challenging for adequate genetic counselling, especially in the prenatal period. To better delineate prenatal phenotypes associated with these CNVs, we report here a clinical and molecular description of twelve cases (9 foetuses and 3 deceased new-borns babies) carrying recurrent 22q11 duplications (diagnosed via aCGH), along with a review of the existing literature. 22q11 duplications were inherited from an apparently healthy parent in almost 60% of the cases. Other CNVs were diagnosed for 8% of the cases. Increased nuchal translucency and cardiac anomalies (CHD) were the most prominent phenotypes observed, along with mild renal and skeletal anomalies. Duplications encompassing the LCR-C-to-D region (and the CRKL gene) seemed more likely to generate CHDs and renal malformations. Cleft lip/palate were observed in foetuses with duplications encompassing the LCR-A-to-B region or the SPECC1L gene, as previously suggested. However, genotype-phenotype correlations remain difficult to ascertain. Second-hit point variants, epigenetic or environmental variations could play a role in the phenotypic variability of 22q11 duplications, but remain a challenge for assessment in the short period of pregnancy.
Published: 2022
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17. COLLAGEN RELATED MUSCLE DISEASES

Author: Y. Elaribi, K. Benistan, F. Jobic, Florence Demurger, Marie-Christine Nougues, Jean-Marie Cuisset, A. Afenjar, Arnaud Isapof, Sandra Whalen, Vincent Laugel, Corinne Metay, Valérie Jobic, Christine Barnerias, Ana Ferreiro, Isabelle Desguerre, A. Benezit, J. Davion, S. Quijano, Judith Melki, and P. Richard
Subjects: Neurology, Pediatrics, Perinatology and Child Health, Neurology (clinical), Genetics (clinical)
Published: 2021
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18. Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability

Author: Florence Demurger, Christine Binquet, Muriel Holder, Frédéric Tran Mau-Them, Salima El Chehadeh, Martine Doco-Fenzy, Geneviève Baujat, Delphine Héron, Judith St-Onge, Christophe Philippe, Elodie Gautier, Robert Olaso, Rebecca A. Barnard, Paul Kuentz, François Lecoquierre, Stanislas Lyonnet, Gwenaëlle Collod-Béroud, Dominique Martin-Coignard, Isabelle Missotte, Anne Boland, Cyril Goizet, Laurence Perrin, Valérie Cormier-Daire, Sébastien Moutton, Nadine Hanna, Jean-François Deleuze, Audrey Putoux, Guillaume Jondeau, Sylvie Odent, Doris Lechner, Arnold Munnich, Thibaud Jouan, Aurélia Jacquette, Pierre-Simon Jouk, Martin Chevarin, Virginie Carmignac, Elisabetta Lapi, Alice Goldenberg, Christel Thauvin-Robinet, Sujatha Jagadeesh, P. Callier, Fatma Daoud, Yannis Duffourd, Frédéric Huet, Nathalie Marle, Charlotte Poe, Gipsy Lopez, Cyril Mignot, Florence Petit, Khadija Amarof, Brian J. O'Roak, Caroline Cabret, Fanny Morice-Picard, Jean Baptiste Rivière, Mirna Assoum, Marie Ange Delrue, Julien Thevenon, Laurence Faivre, David Geneviève, Elisabeth Sarrazin, Ange Line Bruel, Pauline Arnaud, Catherine Boileau, Christine Coubes, Didier Lacombe, Laurence Duplomb, Alice Masurel, Patrick Collignon, Antonio Vitobello, Julien Van-Gils, Bruno Leheup, Nolwenn Jean-Marçais, Equipe GAD (LNC - U1231), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), CHU Bordeaux [Bordeaux], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Universitaire [Rennes], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Hôpital Robert Debré Paris, Hôpital Robert Debré, Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU de la Martinique [Fort de France], Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], Centre hospitalier territorial Gaston-Bourret [Nouméa], CHU Rouen, Normandie Université (NU), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Hémostase et Remodelage Vasculaire Post-Ischémie (HERVI - EA 3801), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris-Saclay, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Proband, Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], intellectual deficiency, MESH: NFI Transcription Factors, chromatin remodeling, Marfan Syndrome, Craniofacial Abnormalities, MESH: Child, Intellectual disability, MESH: Craniofacial Abnormalities, MESH: Mental Retardation, X-Linked, Exome, Child, de novo variants, Genetics (clinical), Exome sequencing, Genetics, MESH: Exome, MESH: Middle Aged, biology, MESH: Genetic Predisposition to Disease, Middle Aged, NFIX, MESH: Young Adult, Female, Adult, MESH: Mutation, Adolescent, Chromatin remodeling, MESH: Intellectual Disability, MESH: Marfan Syndrome, EHMT1, Young Adult, MESH: Whole Exome Sequencing, Intellectual Disability, Exome Sequencing, medicine, Humans, Genetic Predisposition to Disease, marfanoid habitus, Gene, MESH: Neurodevelopmental Disorders, MESH: Adolescent, MESH: Humans, Genetic heterogeneity, MESH: Chromatin Assembly and Disassembly, MESH: Histone-Lysine N-Methyltransferase, MESH: Adult, Histone-Lysine N-Methyltransferase, medicine.disease, Chromatin Assembly and Disassembly, MESH: Male, NFI Transcription Factors, Neurodevelopmental Disorders, Mutation, biology.protein, Mental Retardation, X-Linked, MESH: Female
Abstract: PurposeMarfanoid habitus (MH) combined with intellectual disability (ID) (MHID) is a clinically and genetically heterogeneous presentation. The combination of array CGH and targeted sequencing of genes responsible for Marfan or Lujan–Fryns syndrome explain no more than 20% of subjects.MethodsTo further decipher the genetic basis of MHID, we performed exome sequencing on a combination of trio-based (33 subjects) or single probands (31 subjects), of which 61 were sporadic.ResultsWe identified eight genes with de novo variants (DNVs) in at least two unrelated individuals (ARID1B, ATP1A1, DLG4, EHMT1, NFIX, NSD1, NUP205 and ZEB2). Using simulation models, we showed that five genes (DLG4, NFIX, EHMT1, ZEB2 and ATP1A1) met conservative Bonferroni genomewide significance for an excess of the observed de novo point variants. Overall, at least one pathogenic or likely pathogenic variant was identified in 54.7% of subjects (35/64). These variants fell within 27 genes previously associated with Mendelian disorders, including NSD1 and NFIX, which are known to be mutated in overgrowth syndromes.ConclusionWe demonstrated that DNVs were enriched in chromatin remodelling (p=2×10−4) and genes regulated by the fragile X mental retardation protein (p=3×10−8), highlighting overlapping genetic mechanisms between MHID and related neurodevelopmental disorders.
Published: 2019
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19. Heterozygous Variants in KMT2E Cause a Spectrum of Neurodevelopmental Disorders and Epilepsy

Author: Anne H. O’Donnell-Luria, Lynn S. Pais, Víctor Faundes, Jordan C. Wood, Abigail Sveden, Victor Luria, Rami Abou Jamra, Andrea Accogli, Kimberly Amburgey, Britt Marie Anderlid, Silvia Azzarello-Burri, Alice A. Basinger, Claudia Bianchini, Lynne M. Bird, Rebecca Buchert, Wilfrid Carre, Sophia Ceulemans, Perrine Charles, Helen Cox, Lisa Culliton, Aurora Currò, Florence Demurger, James J. Dowling, Benedicte Duban-Bedu, Christèle Dubourg, Saga Elise Eiset, Luis F. Escobar, Alessandra Ferrarini, Tobias B. Haack, Mona Hashim, Solveig Heide, Katherine L. Helbig, Ingo Helbig, Raul Heredia, Delphine Héron, Bertrand Isidor, Amy R. Jonasson, Pascal Joset, Boris Keren, Fernando Kok, Hester Y. Kroes, Alinoë Lavillaureix, Xin Lu, Saskia M. Maas, Gustavo H.B. Maegawa, Carlo L.M. Marcelis, Paul R. Mark, Marcelo R. Masruha, Heather M. McLaughlin, Kirsty McWalter, Esther U. Melchinger, Saadet Mercimek-Andrews, Caroline Nava, Manuela Pendziwiat, Richard Person, Gian Paolo Ramelli, Luiza L.P. Ramos, Anita Rauch, Caitlin Reavey, Alessandra Renieri, Angelika Rieß, Amarilis Sanchez-Valle, Shifteh Sattar, Carol Saunders, Niklas Schwarz, Thomas Smol, Myriam Srour, Katharina Steindl, Steffen Syrbe, Jenny C. Taylor, Aida Telegrafi, Isabelle Thiffault, Doris A. Trauner, Helio van der Linden, Silvana van Koningsbruggen, Laurent Villard, Ida Vogel, Julie Vogt, Yvonne G. Weber, Ingrid M. Wentzensen, Elysa Widjaja, Jaroslav Zak, Samantha Baxter, Siddharth Banka, Lance H. Rodan, Jeremy F. McRae, Stephen Clayton, Tomas W. Fitzgerald, Joanna Kaplanis, Elena Prigmore, Diana Rajan, Alejandro Sifrim, Stuart Aitken, Nadia Akawi, Mohsan Alvi, Kirsty Ambridge, Daniel M. Barrett, Tanya Bayzetinova, Philip Jones, Wendy D. Jones, Daniel King, Netravathi Krishnappa, Laura E. Mason, Tarjinder Singh, Adrian R. Tivey, Munaza Ahmed, Uruj Anjum, Hayley Archer, Ruth Armstrong, Jana Awada, Meena Balasubramanian, Diana Baralle, Angela Barnicoat, Paul Batstone, David Baty, Chris Bennett, Jonathan Berg, Birgitta Bernhard, A. Paul Bevan, Maria Bitner-Glindzicz, Edward Blair, Moira Blyth, David Bohanna, Louise Bourdon, David Bourn, Lisa Bradley, Angela Brady, Simon Brent, Carole Brewer, Kate Brunstrom, David J. Bunyan, John Burn, Natalie Canham, Bruce Castle, Kate Chandler, Elena Chatzimichali, Deirdre Cilliers, Angus Clarke, Susan Clasper, Jill Clayton-Smith, Virginia Clowes, Andrea Coates, Trevor Cole, Irina Colgiu, Amanda Collins, Morag N. Collinson, Fiona Connell, Nicola Cooper, Lara Cresswell, Gareth Cross, Yanick Crow, Mariella D’Alessandro, Tabib Dabir, Rosemarie Davidson, Sally Davies, Dylan de Vries, John Dean, Charu Deshpande, Gemma Devlin, Abhijit Dixit, Angus Dobbie, Alan Donaldson, Dian Donnai, Deirdre Donnelly, Carina Donnelly, Angela Douglas, Sofia Douzgou, Alexis Duncan, Jacqueline Eason, Sian Ellard, Ian Ellis, Frances Elmslie, Karenza Evans, Sarah Everest, Tina Fendick, Richard Fisher, Frances Flinter, Nicola Foulds, Andrew Fry, Alan Fryer, Carol Gardiner, Lorraine Gaunt, Neeti Ghali, Richard Gibbons, Harinder Gill, Judith Goodship, David Goudie, Emma Gray, Andrew Green, Philip Greene, Lynn Greenhalgh, Susan Gribble, Rachel Harrison, Lucy Harrison, Victoria Harrison, Rose Hawkins, Liu He, Stephen Hellens, Alex Henderson, Sarah Hewitt, Lucy Hildyard, Emma Hobson, Simon Holden, Muriel Holder, Susan Holder, Georgina Hollingsworth, Tessa Homfray, Mervyn Humphreys, Jane Hurst, Ben Hutton, Stuart Ingram, Melita Irving, Lily Islam, Andrew Jackson, Joanna Jarvis, Lucy Jenkins, Diana Johnson, Elizabeth Jones, Dragana Josifova, Shelagh Joss, Beckie Kaemba, Sandra Kazembe, Rosemary Kelsell, Bronwyn Kerr, Helen Kingston, Usha Kini, Esther Kinning, Gail Kirby, Claire Kirk, Emma Kivuva, Alison Kraus, Dhavendra Kumar, V. K. Ajith Kumar, Katherine Lachlan, Wayne Lam, Anne Lampe, Caroline Langman, Melissa Lees, Derek Lim, Cheryl Longman, Gordon Lowther, Sally A. Lynch, Alex Magee, Eddy Maher, Alison Male, Sahar Mansour, Karen Marks, Katherine Martin, Una Maye, Emma McCann, Vivienne McConnell, Meriel McEntagart, Ruth McGowan, Kirsten McKay, Shane McKee, Dominic J. McMullan, Susan McNerlan, Catherine McWilliam, Sarju Mehta, Kay Metcalfe, Anna Middleton, Zosia Miedzybrodzka, Emma Miles, Shehla Mohammed, Tara Montgomery, David Moore, Sian Morgan, Jenny Morton, Hood Mugalaasi, Victoria Murday, Helen Murphy, Swati Naik, Andrea Nemeth, Louise Nevitt, Ruth Newbury-Ecob, Andrew Norman, Rosie O’Shea, Caroline Ogilvie, Kai-Ren Ong, Soo-Mi Park, Michael J. Parker, Chirag Patel, Joan Paterson, Stewart Payne, Daniel Perrett, Julie Phipps, Daniela T. Pilz, Martin Pollard, Caroline Pottinger, Joanna Poulton, Norman Pratt, Katrina Prescott, Sue Price, Abigail Pridham, Annie Procter, Hellen Purnell, Oliver Quarrell, Nicola Ragge, Raheleh Rahbari, Josh Randall, Julia Rankin, Lucy Raymond, Debbie Rice, Leema Robert, Eileen Roberts, Jonathan Roberts, Paul Roberts, Gillian Roberts, Alison Ross, Elisabeth Rosser, Anand Saggar, Shalaka Samant, Julian Sampson, Richard Sandford, Ajoy Sarkar, Susann Schweiger, Richard Scott, Ingrid Scurr, Ann Selby, Anneke Seller, Cheryl Sequeira, Nora Shannon, Saba Sharif, Charles Shaw-Smith, Emma Shearing, Debbie Shears, Eamonn Sheridan, Ingrid Simonic, Roldan Singzon, Zara Skitt, Audrey Smith, Kath Smith, Sarah Smithson, Linda Sneddon, Miranda Splitt, Miranda Squires, Fiona Stewart, Helen Stewart, Volker Straub, Mohnish Suri, Vivienne Sutton, Ganesh Jawahar Swaminathan, Elizabeth Sweeney, Kate Tatton-Brown, Cat Taylor, Rohan Taylor, Mark Tein, I. Karen Temple, Jenny Thomson, Marc Tischkowitz, Susan Tomkins, Audrey Torokwa, Becky Treacy, Claire Turner, Peter Turnpenny, Carolyn Tysoe, Anthony Vandersteen, Vinod Varghese, Pradeep Vasudevan, Parthiban Vijayarangakannan, Emma Wakeling, Sarah Wallwark, Jonathon Waters, Astrid Weber, Diana Wellesley, Margo Whiteford, Sara Widaa, Sarah Wilcox, Emily Wilkinson, Denise Williams, Nicola Williams, Louise Wilson, Geoff Woods, Christopher Wragg, Michael Wright, Laura Yates, Michael Yau, Chris Nellåker, Michael Parker, Helen V. Firth, Caroline F. Wright, David R. FitzPatrick, Jeffrey C. Barrett, Matthew E. Hurles, Department of Medicine 1, Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Center for Medical Genetics, Istituto di Scienze e Tecnologie della Cognizione, Consiglio Nazionale delle Ricerche (ISTC, CNR), Istituto di Scienze e Tecnologie della Cognizione, Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Génétique médicale [Centre Hospitalier de Vannes], Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Department of Pediatrics, University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System-University of Michigan System, Centre de Génétique Chromosomique [Hôpital Saint Vincent de Paul], Hôpital Saint Vincent de Paul-Groupement des Hôpitaux de l'Institut Catholique de Lille (GHICL), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique médicale, Centre Hospitalier Universitaire Vaudois [Lausanne] (CHUV), Institute of Human Genetics, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM)-Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Service de Génétique Médicale, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Department of Public Health Sciences, Karolinska Institutet [Stockholm], Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University-Baylor University, Institute of Medical Genetics, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Università degli Studi di Camerino = University of Camerino (UNICAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), University of Oxford, GeneDx [Gaithersburg, MD, USA], Department of Clinical Genetics (Academic Medical Center, University of Amsterdam), VU University Medical Center [Amsterdam], Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Clinical Genetics, Aarhus University Hospital, Boston Children's Hospital, Wellcome Trust Genome Campus, The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Institute of Biomedical Engineering [Oxford] (IBME), Climatic Research Unit, University of East Anglia [Norwich] (UEA), Imperial College London, St Mary's Hospital, East Anglian Medical Genetics Service, Cytogenetics Laboratory, Addenbrooke's Hospital, Sheffield Children's NHS Foundation Trust, Regional Genetic Service, St Mary's Hospital, Manchester, Genetics, University of Southampton, Great Ormond Street Hospital for Children [London] (GOSH), Yorkshire Regional Clinical Genetics Service, Chapel Allerton Hospital, Molecular and Clinical Medicine [Dundee, UK] (School of Medicine), University of Dundee [UK]-Ninewells Hospital & Medical School [Dundee, UK], Department of Clinical Genetics, Oxford Regional Genetics Service, The Churchill hospital, North West Thames Regional Genetics, Northwick Park Hospital, Royal Devon & Exeter Hospital, Wessex Clinical Genetics Service, Wessex clinical genetics service, Manchester University NHS Foundation Trust (MFT), West Midlands Regional Genetics Service, Birmingham Women's and Children's NHS Foundation Trust, Our Lady's hospital for Sick Children, Our Lady's Hospital for Sick Children, Guy's Hospital [London], University Hospitals Leicester, University of Edinburgh, Belfast City Hospital, Ferguson-Smith Centre for Clinical Genetics, Yorkhill Hospitals, Institute of Medical Genetics, Heath Park, Cardiff, The London Clinic, Nottingham City Hospital, Clinical Genetics Department, St Michael's Hospital, Department of Genetic Medicine, Nottingham Clinical Genetics Service, Nottingham University Hospitals NHS Trust (NUH), Royal Devon and Exeter Foundation Trust, Histopathology, St. George's Hospital, Teesside Genetics Unit, James Cook University (JCU), Kansas State University, Liverpool Women's NHS Foundation Trust, Department of Medical Genetics, HMNC Brain Health, North West Thames Regional Genetics Service, Northwick Park Hospital, Harrow, Leicester Royal Infirmary, University Hospitals Leicester-University Hospitals Leicester, Ninewells Hospital and Medical School [Dundee], Academic Centre on Rare Diseases (ACoRD), University College Dublin [Dublin] (UCD), Oxford Brookes University, Institute of medicinal plant development, Chinese Academy of Medical Sciences, Newcastle Upon Tyne Hospitals NHS Trust, Service d'explorations fonctionnelles respiratoires [Lille], Department of Computer Science - Trinity College Dublin, University of Dublin, Department of Clinical Genetics (Sheffield Children’s NHS Foundation Trust), Division of Medical & Molecular Genetics, NHS Greater Glasgow & Clyde [Glasgow] (NHSGGC), Department of Clinical Genetics [Churchill Hospital], Churchill Hospital Oxford Centre for Haematology, Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Southampton General Hospital, Western General Hospital, Head of the Department of Medical Genetics, University of Birmingham [Birmingham], SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), All Wales Medical Genetics Services, Singleton Hospital, Central Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust, University of North Texas (UNT), Clinical Genetics, Northern Genetics Service, Newcastle University [Newcastle], United Kingdom Met Office [Exeter], Institute of Medical Genetics (University Hospital of Wales), University Hospital of Wales (UHW), West Midlands Regional Genetics Laboratory and Clinical Genetics Unit, Birmingham Women's Hospital, Laboratory of Molecular Genetics, National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of Health, Department of Genetics, Cell- and Immunobiology, Semmelweis University, University Hospitals Bristol, Marketing (MKT), EESC-GEM Grenoble Ecole de Management, Addenbrookes Hospital, West of Scotland Genetics Service (Queen Elizabeth University Hospital), University Hospital Birmingham Queen Elizabeth, Department of Clnical Genetics, Chapel Allerton Hospital, Department of Clinical Genetics, Northampton General Hospital, Northampton, Royal Devon and Exeter Hospital [Exeter, UK] (RDEH), Guy's and St Thomas' Hospital [London], School of Computer Science, Bangor University, University Hospital Southampton, Clinical Genetics Unit, St Georges, University of London, Medical Genetics, Cardiff University, Research and Development, Futurelab, Nottingham Regional Genetics Service [Nottingham, UK], Nottingham University Hospitals NHS Trust (NUH)-City Hospital Campus [Nottingham, UK], University of St Andrews [Scotland], Clinical Genetics Service, Nottingham University Hospitals NHS Trust - City Hospital Campus, West Midlands Regional Genetics Unit, Department of Neurology, Johns Hopkins University (JHU), Oxford University Hospitals NHS Trust, St James's University Hospital, Leeds Teaching Hospitals NHS Trust, Addenbrooke's Hospital, Cambridge University NHS Trust, Institute of Human Genetics, Newcastle, Division of Biological Stress Response [Amsterdam, The Netherlands], The Netherlands Cancer Institute [Amsterdam, The Netherlands], Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore], Birmingham Women’s Hospital, Department of Genetics, Portuguese Oncology Institute, Molecular Genetics, IWK Health Centre, IWK health centre, North West london hospitals NHS Trust, Department of Clinical Genetics (Queen Elizabeth University Hospital, Glasgow), Queen Elizabeth University Hospital (Glasgow), Birmingham women's hospital, Birmingham, Ethox Centre, Department of Public Health and Primary Health Care, University of Oxford, Badenoch Building, Old Road Campus, Headington, R01 HD091846, Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health’s National Institute of Child Health and Human Development, Boston Children’s Hospital Faculty Development Fellowship, UM1HG008900, Broad Center for Mendelian Genomics, Chile’s National Commission for Scientific and Technological Research, DFG WE4896/3-1, German Research Society, WT 100127, Health Innovation Challenge Fund, Comprehensive Clinical Research Network, Skaggs-Oxford Scholarship, 10/H0305/83, Cambridge South REC, REC GEN/284/12, Republic of Ireland, WT098051, Wellcome Sanger Institute, 72160007, Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica, Children's Hospital of Philadelphia, Technische Universität Kaiserslautern, 1DH1813319, Dietmar Hopp Stiftung, National Institute for Health Research, Department of Health & Social Care, Service de neurologie 1 [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Saint Vincent de Paul-GHICL, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM)-Helmholtz-Zentrum München (HZM)-German Research Center for Environmental Health, Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Università degli Studi di Camerino (UNICAM), University of Oxford [Oxford], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Nottingham University Hospitals NHS Trust, Nottingham University Hospitals, SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, University Hospital of Wales, Grenoble Ecole de Management, Royal Devon and Exeter Hospital, City Hospital Campus [Nottingham, UK]-Nottingham University Hospitals NHS Trust [UK], ANS - Complex Trait Genetics, Human Genetics, ARD - Amsterdam Reproduction and Development, ACS - Pulmonary hypertension & thrombosis, Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], GHICL-Hôpital Saint Vincent de Paul, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Friedrich-Alexander d'Erlangen-Nuremberg, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre Hospitalier Bretagne Atlantique [Vannes], Technische Universität München [München] (TUM)-Helmholtz-Zentrum München (HZM)-German Research Center for Environmental Health, Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], University of Zürich [Zürich] (UZH), Università di Camerino (UNICAM), Birmingham Women's Hospital Healthcare NHS Trust, University Hospitals of Leicester, Sheffield Children’s Hospital, Weizmann Institute of Science, and Grenoble Ecole de Management (GEM)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Microcephaly, [SDV]Life Sciences [q-bio], Haploinsufficiency, autism, epilepsy, epileptic encephalopathy, global developmental delay, H3K4 methylation, intellectual disability, KMT2E, neurodevelopmental disorder, Adolescent, Adult, Child, Child, Preschool, DNA-Binding Proteins, Epilepsy, Female, Humans, Infant, Neurodevelopmental Disorders, Pedigree, Phenotype, Young Adult, Genetic Variation, Heterozygote, 0302 clinical medicine, Neurodevelopmental disorder, Intellectual disability, Global developmental delay, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics, 0303 health sciences, Hypotonia, 030220 oncology & carcinogenesis, medicine.symptom, Rare cancers Radboud Institute for Health Sciences [Radboudumc 9], 03 medical and health sciences, Report, medicine, Journal Article, Expressivity (genetics), Preschool, 030304 developmental biology, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, business.industry, Macrocephaly, medicine.disease, 030104 developmental biology, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Autism, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Contains fulltext : 206572.pdf (Publisher’s version ) (Open Access) We delineate a KMT2E-related neurodevelopmental disorder on the basis of 38 individuals in 36 families. This study includes 31 distinct heterozygous variants in KMT2E (28 ascertained from Matchmaker Exchange and three previously reported), and four individuals with chromosome 7q22.2-22.23 microdeletions encompassing KMT2E (one previously reported). Almost all variants occurred de novo, and most were truncating. Most affected individuals with protein-truncating variants presented with mild intellectual disability. One-quarter of individuals met criteria for autism. Additional common features include macrocephaly, hypotonia, functional gastrointestinal abnormalities, and a subtle facial gestalt. Epilepsy was present in about one-fifth of individuals with truncating variants and was responsive to treatment with anti-epileptic medications in almost all. More than 70% of the individuals were male, and expressivity was variable by sex; epilepsy was more common in females and autism more common in males. The four individuals with microdeletions encompassing KMT2E generally presented similarly to those with truncating variants, but the degree of developmental delay was greater. The group of four individuals with missense variants in KMT2E presented with the most severe developmental delays. Epilepsy was present in all individuals with missense variants, often manifesting as treatment-resistant infantile epileptic encephalopathy. Microcephaly was also common in this group. Haploinsufficiency versus gain-of-function or dominant-negative effects specific to these missense variants in KMT2E might explain this divergence in phenotype, but requires independent validation. Disruptive variants in KMT2E are an under-recognized cause of neurodevelopmental abnormalities.
Published: 2019
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20. 11q24.2q24.3 microdeletion in two families presenting features of Jacobsen syndrome, without intellectual disability Role of FLI1, ETS1, and SENCR long noncoding RNA

Author: Solène Conrad, Antoinette Perlat, Kamran Moradkhani, Caroline Thomas, Christèle Dubourg, Sylvie Jaillard, Cécile Pascal, Florence Demurger, Sophie Bayart, Olivier Pichon, Cédric Le Caignec, Mathilde Nizon, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Génétique médicale [Centre Hospitalier de Vannes], Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Hôpital privé du Confluent [Nantes], CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique médicale [CHU Nantes], unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Candidate gene, ETS1, [SDV]Life Sciences [q-bio], ARHGAP32, 11q24 deletion, 030105 genetics & heredity, Jacobsen syndrome, Proto-Oncogene Protein c-ets-1, 03 medical and health sciences, Intellectual Disability, Intellectual disability, Genetics, medicine, Humans, Genetic Predisposition to Disease, Jacobsen Distal 11q Deletion Syndrome, 10. No inequality, Gene, Genetics (clinical), Genetic Association Studies, In Situ Hybridization, Fluorescence, Comparative Genomic Hybridization, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, SENCR, business.industry, Proto-Oncogene Protein c-fli-1, FLI1, Facies, medicine.disease, Penetrance, 3. Good health, Pedigree, 030104 developmental biology, Phenotype, Autism spectrum disorder, Karyotyping, Female, RNA, Long Noncoding, business, Haploinsufficiency
Abstract: International audience; This report presents two families with interstitial 11q24.2q24.3 deletion, associated with malformations, hematologic features, and typical facial dysmorphism, observed in Jacobsen syndrome (JS), except for intellectual disability (ID). The smallest 700 Kb deletion contains only two genes FLI1 and ETS1, and a long noncoding RNA, SENCR, narrowing the minimal critical region for some features of JS. Consistent with recent literature, it adds supplemental data to confirm the crucial role of FLI1 and ETS1 in JS, namely FLI1 in thrombocytopenia and ETS1 in cardiopathy and immune deficiency. It also supports that combined ETS1 and FLI1 haploinsufficiency explains dysmorphic features, notably ears, and nose anomalies. Moreover, it raises the possibility that SENCR, a long noncoding RNA, could be responsible for limb defects, because of its early role in endothelial cell commitment and function. Considering ID and autism spectrum disorder, which are some of the main features of JS, a participation of ETS1, FLI1, or SENCR cannot be excluded. But, considering the normal neurodevelopment of our patients, their role would be either minor or with an important variability in penetrance. Furthermore, according to literature, ARHGAP32 and KIRREL3 seem to be the strongest candidate genes in the 11q24 region for other Jacobsen patients.
Published: 2019
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21. Whole genome paired-end sequencing elucidates functional and phenotypic consequences of balanced chromosomal rearrangement in patients with developmental disorders

Author: Brigitte Gilbert-Dussardier, Patrick Edery, Flavie Diguet, Géraldine Joly-Hélas, Fanny Morice-Picard, Nicolas Chatron, Jeanne Amiel, Fabienne Prieur, Jérome Toutain, Sandra Whalen, Marine Lebrun, Gwenaël Nadeau, Sylvie Jaillard, Céline Pebrel-Richard, Annabelle Chaussenot, Bénédicte Demeer, Florence Demurger, Sophie Dupuis-Girod, Marianne Till, Nicole Philip, Jacques Puechberty, Laurent Pasquier, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Claire Bardel, Anne-Marie Guerrot, Anne-Claude Tabet, Sylvie Odent, Annick Toutain, Alain Verloes, Jean-Michel Dupont, Christine Coubes, Aziza Lebbar, Yline Capri, Bertrand Isidor, James Lespinasse, Didier Lacombe, Julie Masson, Sophie Blesson, Marine Houlier, Véronique Paquis-Flucklinger, Michèle Mathieu-Dramard, Florence Amblard, Patrick Callier, Jonathan Levy, Chantal Missirian, Véronique Satre, Marie-France Portnoï, Cyril Mignot, Stéphanie Valence, Catherine Sarret, Sébastien Moutton, Françoise Devillard, Alice Masurel-Paulet, Caroline Schluth-Bolard, Patrick Collignon, Jean-Pierre Siffroi, Marie-Pierre Cordier, Renaud Touraine, Marlène Rio, Céline Dupont, Cédric Le Caignec, Damien Sanlaville, Audrey Putoux, Morgane Plutino, Valérie Kremer, Valérie Malan, Martine Doco-Fenzy, Alexandra Afenjar, Caroline Rooryck-Thambo, Massimiliano Rossi, Linda Pons, Gaetan Lesca, Laurence Faivre, Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique [CHU Lyon] (Centre de pathologie de l'Est), Hospices civils de Lyon (HCL), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département de génétique et procréation, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Hôpital Couple-Enfant, Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Département de génétique [Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Intercommunal, Toulon, Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Service de génétique médicale, CHU Amiens-Picardie, Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Génétique médicale [Centre Hospitalier de Vannes], Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Pôle Couple-Enfant, Département de Génétique et Procréation, Centre de génétique et Centre de référence maladies rares et anomalies du développement et syndromes malformatifs du Centre Est, Département de Génétique et Procréation UF-Hôpital Couple Enfant de Grenoble-CHU Grenoble, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Cochin [AP-HP], Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Groupe Hospitalier Est, Génétique Médicale, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers)-Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Pontchaillou [Rennes], Service de génétique [Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Université de Bordeaux (UB), Service de Génétique Clinique Chromosomique et Moléculaire, CHU Saint-Etienne, Université de Lyon, Département de Génétique Chromosomique, Bâtiment Hôtel Dieu - Centre Hospitalier de Chambéry, École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes), Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Service de Cytogénétique, Centre hospitalier de Valence, CHU Clermont-Ferrand, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Nice Sophia Antipolis - Faculté de Médecine (UNS UFR Médecine), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Dept of Immunology, Genetics and Pathology, Service de Génétique Clinique (CHU de Saint-Etienne), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de néphrologie pédiatrique [CHU Necker], CHU Bordeaux [Bordeaux], Institut Pascal (IP), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de cytogénétique constitutionnelle, Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU de Lyon-Centre Neuroscience et Recherche, Service de génétique, CHU Saint-Etienne-Hôpital nord, Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Physiopathologie et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), French National Agency for Research, French Ministry of Health, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Maladies génétiques d'expression pédiatrique (U933), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, Candidate gene, Adolescent, DNA Copy Number Variations, Developmental Disabilities, 030105 genetics & heredity, Genome, Translocation, Genetic, Structural variation, Chromosome Breakpoints, Structure-Activity Relationship, Young Adult, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, position effect, Genetics, Humans, Child, Gene, Genetic Association Studies, Genetics (clinical), Paired-end tag, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chromosomal rearrangements, Chromosome Aberrations, Gene Rearrangement, Whole genome sequencing, Sanger sequencing, whole genome sequencing, biology, structural variation, Infant, NFIX, Phenotype, 030104 developmental biology, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, intellectual disability, Child, Preschool, biology.protein, symbols, Female, Biomarkers
Abstract: BackgroundBalanced chromosomal rearrangements associated with abnormal phenotype are rare events, but may be challenging for genetic counselling, since molecular characterisation of breakpoints is not performed routinely. We used next-generation sequencing to characterise breakpoints of balanced chromosomal rearrangements at the molecular level in patients with intellectual disability and/or congenital anomalies.MethodsBreakpoints were characterised by a paired-end low depth whole genome sequencing (WGS) strategy and validated by Sanger sequencing. Expression study of disrupted and neighbouring genes was performed by RT-qPCR from blood or lymphoblastoid cell line RNA.ResultsAmong the 55 patients included (41 reciprocal translocations, 4 inversions, 2 insertions and 8 complex chromosomal rearrangements), we were able to detect 89% of chromosomal rearrangements (49/55). Molecular signatures at the breakpoints suggested that DNA breaks arose randomly and that there was no major influence of repeated elements. Non-homologous end-joining appeared as the main mechanism of repair (55% of rearrangements). A diagnosis could be established in 22/49 patients (44.8%), 15 by gene disruption (KANSL1, FOXP1, SPRED1, TLK2, MBD5, DMD, AUTS2, MEIS2, MEF2C, NRXN1, NFIX, SYNGAP1, GHR, ZMIZ1) and 7 by position effect (DLX5, MEF2C, BCL11B, SATB2, ZMIZ1). In addition, 16 new candidate genes were identified. Systematic gene expression studies further supported these results. We also showed the contribution of topologically associated domain maps to WGS data interpretation.ConclusionPaired-end WGS is a valid strategy and may be used for structural variation characterisation in a clinical setting.
Published: 2019
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22. Microduplications 22q11.2 typiques et atypiques en fœtopathologie

Author: Chloé Quélin, Gwenaelle Le Bouar, Sylvie Odent, Mélanie Fradin, Marion Beaumont, Laurent Pasquier, Sylvie Jaillard, Adélie Perrot, Paul Rollier, Florence Demurger, Erika Launay, Philippe Loget, and Marc-Antoine Belaud-Rotureau
Subjects: 030222 orthopedics, 0303 health sciences, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, 030301 anatomy & morphology, Anatomy
Abstract: Il existe au niveau de la region proximale du bras long du chromosome 22 huit low copy repeat (LCR22) favorisant les recombinaisons et la survenue de remaniements chromosomiques. La microduplication typique 22q11.2 montre une expressivite tres variable et une penetrance incomplete, ayant rendu sa decouverte tardive et son etude complexe. Des duplications atypiques, consequence d’anomalies de recombinaison dans des LCR alternatifs, surviennent de facon plus rare, avec de ce fait des consequences phenotypiques moins bien identifiees. Nous presenterons 6 cas de duplications 22q11.2 atypiques, identifiees par analyse chromosomique sur puce a ADN, apres examen fœtopathologique. Elles correspondent a deux duplications d’1.3 Mb LCR22-F/LCR22-H (agenesie thymique dans un cas, hygroma colli et cardiopathie dans l’autre cas), une duplication d’1.2 Mb LCR22-D/LCR22-E survenue de novo (hypertrophie renale bilaterale et anomalies digitales), une duplication d’1,8 Mb LCR22-E/LCR22-H heritee du pere (dysmorphie faciale, cardiopathie et agenesie renale), une duplication de 745 kb LCR-B/LCR-D heritee du pere (tableau polymalformatif) et une duplication de 400 kb LCR-C/LCR-D (clarte nucale augmentee en echographie). Par ailleurs, 6 cas de duplication 22q11.2 typiques ont ete identifies chez des fœtus presentant un phenotype variable avec souvent une cardiopathie congenitale. Notre etude permet de preciser la description du phenotype fœtal associe aux microduplications 22q11.2, typiques et atypiques. L’implication de ces duplications 22q11.2 mais aussi de facteurs moleculaires additionnels permettant d’expliquer le phenotype est discutee. Par ailleurs, grâce a l’apport des techniques de sequencage massif en parallele (MPS), des variants geniques pathogeniques ont recemment ete identifies chez des patients presentant une duplication 22q11.21 et une presentation clinique atypique ou tres severe, demontrant l’utilite de rechercher un deuxieme evenement moleculaire dans ces cas [1] . Cette approche complementaire par MPS est conseillee pour les variations du nombre de copies d’ADN a penetrance incomplete, afin d’aider a la realisation d’un conseil genetique plus precis.
Published: 2019
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23. Karyotype is not dead (yet)!

Author: Florence Demurger, Hubert Journel, Mélanie Fradin, Vincent Jauffret, Sylvie Odent, Chloé Quélin, Dominique Martin-Coignard, Marc-Antoine Belaud-Rotureau, Elouan Cherot, Sylvie Jaillard, Estelle Colin, Laurent Pasquier, Linda Akloul, Josette Lucas, CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Service de génétique, Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Service de génétique [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Médicale, Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA)-Hôpital Chubert, Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), and Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes]
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genetic counseling, Karyotype, Chromosomal translocation, Chromosomal rearrangement, Disease, Biology, Genome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Pregnancy, Developmental abnormalities, Genetics, Humans, Balanced translocation, Exome, In Situ Hybridization, Fluorescence, Genetics (clinical), Exome sequencing, Genetic counselling, Gene disrupted, Genetic Diseases, Inborn, Infant, Newborn, General Medicine, 3. Good health, 030104 developmental biology, Karyotyping, 030220 oncology & carcinogenesis, Female
Abstract: International audience; Background: While array-comparative genomic hybridization (a-CGH) and next-generation sequencing (NGS or exome) technologies have swiftly spread throughout the medical field, karyotype has gradually lost its leading role among genetic tests. Several international guidelines recommend starting with a-CGH screening then going on with exome analysis when investigating a patient with intellectual disability (ID) and no precise clinical diagnosis. A-CGH and whole exome sequencing increase etiologic diagnoses rate up to 30% in case of ID. However, physicians have to deal with the lack of qualitative information of the genome. Especially, exome and a-CGH analysis fail to detect chromosomal rearrangements because breakpoints are either located in introns or not associated with a gain or loss of genetic material. If these technologies cannot easily identify chromosomal translocations or inversions which sometimes split a gene, karyotype can. Discussion: For the 5 cases described, karyotype provided the right diagnosis for a Mendelian disease while molecular analysis remained unsuccessful. We conclude that when a Mendelian disease is strongly suggested clinically, if molecular analysis is normal, it could be very useful to carry out a karyotype in order to demonstrate a chromosomal rearrangement involving the targeted gene. If this gene is disrupted, the physician can confirm the suspected disease and give appropriate genetic counseling. Summary This article aims at keeping in mind that karyotype, this old-fashioned genetic tool, can still remain powerful and useful within some genetic issues. Even in this modern period of whole exome sequencing, young geneticists should know that karyotype remains a powerful and cheap technology, available throughout the world and can still do a lot for families
Published: 2016
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24. Fetal costello syndrome with neuromuscular spindle excess and p.Gly12Val HRAS mutation

Author: Laurent Pasquier, Florence Demurger, Pascale Marcorelles, Mélanie Fradin, Céline Rozel, Chloé Quélin, Dominique D'Hervé, Philippe Loget, Hélène Cavé, Sylvie Odent, CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Génétique des maladies multifactorielles (GMM), Université de Lille, Droit et Santé-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Anatomie Pathologique, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Service de génétique clinique, hôpital Sud, Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: 0301 basic medicine, Adult, Male, medicine.medical_specialty, Pathology, Mutation, Missense, Neuromuscular disorder, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 030105 genetics & heredity, Biology, HRAS gene, Fetal, Proto-Oncogene Proteins p21(ras), 03 medical and health sciences, Germline mutation, Costello syndrome, Pregnancy, Internal medicine, Prenatal Diagnosis, Genetics, medicine, Humans, HRAS, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Arthrogryposis, Muscle biopsy, medicine.diagnostic_test, Costello, Coarse facial features, Costello Syndrome, General Medicine, medicine.disease, Congenital myopathy, 3. Good health, Fetal Diseases, 030104 developmental biology, Endocrinology, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, medicine.symptom, Congenital disorder
Abstract: Costello syndrome (CS) is a rare multiple congenital disorder caused by activating germline mutations in HRAS gene and is characterized by coarse facial features, severe feeding difficulties, failure to thrive, mild to severe intellectual disability, severe postnatal growth retardation, cardiac abnormalities or cancer predisposition. Phenotypic spectrum associated with HRAS mutations is broad, ranging from attenuated CS phenotype to neonatal and lethal forms with limited genotype-phenotype correlations. Congenital myopathy with neuromuscular spindle excess has been rarely described in the literature. We report a new severe fetal case of CS with distal arthrogryposis due to neuromuscular spindle excess, confirmed by the detection of the p.Gly12Val mutation in HRAS gene. This case emphasizes the fact that HRAS is the only gene responsible for neuromuscular spindle excess, underlines a correlation between p.Gly12Val mutation and severe CS phenotype and points out the importance of a muscle biopsy performed according to the suitable procedure in neuromuscular disorders for any fetal arthrogryposis.
Published: 2017
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25. New insights into genotype-phenotype correlation for GLI3 mutations

Author: Florence Demurger, Amanda Krause, Tania Attié-Bitach, Muriel Holder, Clarisse Baumann, Mélanie Fradin, Alain Liquier, Joelle Roume, Laurent Pasquier, Fabienne Giuliano, Valérie Cormier-Daire, Daniel Amram, Martine Le Merrer, Odile Boute, Chloé Quélin, Férechté Encha-Razavi, Serge Romana, Marie-Liesse Chauvet, Soumaya Mougou-Zerelli, Lionel Van Maldergem, Bertrand Isidor, Sylvie Odent, Fanny Laffargue, Massimiliano Rossi, Sylvie Manouvrier, Marie-Ange Delrue, Sheela Nampoothiri, André Mégarbané, Marie Gonzales, Alexandra Afenjar, Louise Devisme, Gwenaelle André, Martine Sinico, Anne Dieux-Coeslier, Nicole Philip, Sandra Mercier, Odile Raoul, Géraldine Viot, Marie-Line Jacquemont, Elise Schaefer, Laurence Faivre, Géraldine Goudefroye, Didier Lacombe, Amale Ichkou, Michel Vekemans, Marylin Lackmy-Port-Lis, Arnold Munnich, Jeanne Amiel, Anne-Lise Delezoide, Catherine Vincent-Delorme, Geneviève Baujat, David Geneviève, Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Cytogénétique, Génétique moléculaire et Biologie de la reproduction, Hôpital Farhat Hached, Service de Biologie du Développement, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), PremUp Foundation, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-CHI Créteil-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Jeanne de Flandres, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Génétique, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de génétique clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, Amrita Institute of Medical Sciences and Research Center, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Poissy-saint Germain, Service de Génétique Médicale, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Maladies Rares - Génétique et Métabolisme (MRGM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Hôpital Pellegrin-Service de Génétique Médicale du CHU de Bordeaux, Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle (GMGF), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Référence ' Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud - Est PACA ', Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Service de Génétique clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Division of human Genetics, University of the Witwatersrand [Johannesburg] (WITS)-National Health Laboratory Service-School of Pathology, Service de Génétique Médicale [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service d'AnatomoPathologie, CHI Créteil, Service de cytogénétique constitutionnelle, Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU de Lyon-Centre Neuroscience et Recherche, Service de génétique médicale, Hôpital l'Archet, Head of the Department of Medical Genetics, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Regional Hospital, Centre de Maladies Rares, Anomalies du Développement Nord de France-CH Arras - CHRU Lille, Pôle de Pathologie, Centre de Biologie Pathologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Cellules souches mésenchymateuses, environnement articulaire et immunothérapies de la polyarthrite rhumatoide, Université Montpellier 1 (UM1)-IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Service de Génétique [Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], INSERM EMI0210 (EMI0210), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service de Cytogénétique et Embryologie, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Génétique Clinique, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-hôpital Sud, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHI Créteil-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique [CHU Pitié Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Jonchère, Laurent, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Sud, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Sorbonne Universités-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -CHI Créteil-Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Service de Génétique Clinique et Université Lille 2, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, CHU Cochin [AP-HP], Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Maladies Rares - Génétique et Métabolisme ( MRGM ), Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle ( GMGF ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), University of the Witwatersrand [Johannesburg] ( WITS ) -National Health Laboratory Service-School of Pathology, Service de Génétique Médical, CHU Clermont-Ferrand, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -CHU de Lyon-Centre Neuroscience et Recherche, Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre de référence 'Déficiences Intellectuelles de Causes Rares' - Paris-Groupe de Recherche Clinique 'Déficience Intellectuelle et Autisme' - Paris, Service de Neuropédiatrie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Université Montpellier 1 ( UM1 ) -IFR3-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP], INSERM EMI0210 ( EMI0210 ), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, animal structures, Agnathia, Acrocephalosyndactylia, DNA Mutational Analysis, Kruppel-Like Transcription Factors, Gene Expression, Nerve Tissue Proteins, Haploinsufficiency, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Biology, Article, Cohort Studies, 03 medical and health sciences, Zinc Finger Protein Gli3, GLI3, Genetics, medicine, Humans, Abnormalities, Multiple, Family, Genetic Association Studies, In Situ Hybridization, Fluorescence, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Gene Rearrangement, Greig cephalopolysyndactyly syndrome, 0303 health sciences, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, 030305 genetics & heredity, Gene rearrangement, medicine.disease, Phenotype, 3. Good health, body regions, Polysyndactyly, Mutation, embryonic structures, [ SDV.GEN ] Life Sciences [q-bio]/Genetics
Abstract: International audience; The phenotypic spectrum of GLI3 mutations includes autosomal dominant Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GCPS) and Pallister-Hall syndrome (PHS). PHS was first described as a lethal condition associating hypothalamic hamartoma, postaxial or central polydactyly, anal atresia and bifid epiglottis. Typical GCPS combines polysyndactyly of hands and feet and craniofacial features. Genotype-phenotype correlations have been found both for the location and the nature of GLI3 mutations, highlighting the bifunctional nature of GLI3 during development. Here we report on the molecular and clinical study of 76 cases from 55 families with either a GLI3 mutation (49 GCPS and 21 PHS), or a large deletion encompassing the GLI3 gene (6 GCPS cases). Most of mutations are novel and consistent with the previously reported genotype-phenotype correlation. Our results also show a correlation between the location of the mutation and abnormal corpus callosum observed in some patients with GCPS. Fetal PHS observations emphasize on the possible lethality of GLI3 mutations and extend the phenotypic spectrum of malformations such as agnathia and reductional limbs defects. GLI3 expression studied by in situ hybridization during human development confirms its early expression in target tissues.European Journal of Human Genetics advance online publication, 16 April 2014; doi:10.1038/ejhg.2014.62.
Published: 2015
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26. Clinical and molecular delineation of Tetrasomy 9p syndrome: Report of 12 new cases and literature review

Author: Claire de Barace, Jeanne Amiel, Annick Toutain, Alain Verloes, Christèle Dubourg, Laila El Khattabi, Sylvie Jaillard, Laurent Pasquier, Eva Pipiras, Louise Devisme, JM Pinard, Florence Demurger, Dominique P. Germain, Pascale Marcorelles, Marie-Christine de Blois, Valérie Malan, Yline Capri, Loïc de Pontual, Joris Andrieux, Josette Lucas, Catherine Vincent-Delorme, Azzedine Aboura, Marc-Antoine Belaud-Rotureau, Abdelmadjid Benmansour, Laurence Perrin, Nathalie Le Dû, Catherine Henry, Aziza Lebbar, Hubert Journel, Anne-Claude Tabet, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire de Génétique Clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), CHU Pontchaillou [Rennes], Département de génétique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Chercheur indépendant, Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Service d'Anatomie Pathologique, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Centre de Maladies Rares, Anomalies du Développement Nord de France-CH Arras - CHRU Lille, Génétique Médicale, Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA)-Hôpital Chubert, CHU de Saint-Brieuc, Pôle de Pathologie, Centre de Biologie Pathologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de biologie moléculaire, Hôpital Pontchaillou, Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Service de neurologie pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Service Histologie-embryologie-cytogénétique, Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Physiopathologie et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Jonchère, Laurent, Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CHU Cochin [AP-HP], Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Hôpital Bretonneau-CHRU Tours, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ), Centre Hospitalier Bretagne Atlantique-Hôpital Chubert, CHU Saint Brieuc, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hôpital Jean Verdier, AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Université Paris 13 ( UP13 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: Male, Microcephaly, Adolescent, Developmental Disabilities, [SDV]Life Sciences [q-bio], Isochromosome, isochromosome, Germline mosaicism, Trisomy, tetrasomy 9p, Biology, 03 medical and health sciences, Genetic Heterogeneity, Fetus, Intellectual Disability, Intellectual disability, Genetics, medicine, Humans, Supernumerary, Abnormalities, Multiple, Hypertelorism, Child, Genetics (clinical), Genetic Association Studies, 030304 developmental biology, Oligonucleotide Array Sequence Analysis, 0303 health sciences, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], 030305 genetics & heredity, Chromosome, Syndrome, medicine.disease, Aneuploidy, 3. Good health, Chromosome Banding, [SDV] Life Sciences [q-bio], Phenotype, mosaicism, Child, Preschool, Karyotyping, Female, Tetrasomy 9p, medicine.symptom, Chromosomes, Human, Pair 9, microarray
Abstract: International audience; Tetrasomy 9p is a generic term describing the presence of a supernumerary chromosome incorporating two copies of the 9p arm. Two varieties exist: isodicentric chromosome 9p (i(9p)), where the two 9p arms are linked by a single centromeric region, and pseudodicentric 9p (idic(9p)), where one active and one inactive centromere are linked together by a proximal segment of 9q that may incorporate euchromatic material. In living patients, i(9p) and idic(9p) are usually present in a mosaic state. Fifty-four cases, including fetuses, have been reported, of which only two have been molecularly characterized using array-CGH. Tetrasomy 9p leads to a variable phenotype ranging from multiple congenital anomalies with severe intellectual disability and growth delay to subnormal cognitive and physical developments. Hypertelorism, abnormal ears, microretrognathia and bulbous nose are the most common dysmorphic traits. Microcephaly, growth retardation, joint dislocation, scoliosis, cardiac and renal anomalies were reported in several cases. Those physical anomalies are often, but not universally, accompanied by intellectual disability. The most recurrent breakpoints, defined by conventional cytogenetics, are 9p10, 9q12 and 9q13. We report on 12 new patients with tetrasomy 9p (3 i(9p), 8 idic(9p) and one structurally uncharacterized), including the first case of parental germline mosaicism. All rearrangements have been characterized by DNA microarray. Based on our results and a review of the literature, we further delineate the prenatal and postnatal clinical spectrum of this imbalance. Our results show poor genotype-phenotype correlations and underline the need of precise molecular characterization of the supernumerary marker. © 2015 Wiley Periodicals, Inc
Published: 2015
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27. Incomplete penetrance and phenotypic variability of 6q16 deletions including SIM1

Author: Christelle Dubourg, Joris Andrieux, Stanislas Lyonnet, Pietro Palumbo, Chantal Missirian, Alice Masurel, Brigitte Benzacken, Alain Verloes, Nathalie Marle, Anne Lise Delezoide, Clarisse Baumann, Aimé Ravel, Valérie Malan, Anne Claude Tabet, Laila El Khattabi, Muriel Holder-Espinasse, Serge Romana, Mylène Valduga, Laurence Faivre, Anne Moncla, Hélène Dessuant, Sylvie Jaillard, Jean Michel Dupont, Sonia Bouquillon, Alexandre Moerman, Séverine Drunat, Fabien Guimiot, Hubert Journel, Bruno Delobel, Massimo Carella, Sylvie Odent, Florence Demurger, Céline Dupont, Eva Pipiras, Andrée Delahaye, Marie Vermelle, Orazio Palumbo, Service de Biologie du Développement, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, Service Histologie-embryologie-cytogénétique, Université Paris 13 ( UP13 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier, Laboratoire de Génétique Clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Département de Génétique Médicale, Systèmes de Référence Temps Espace ( SYRTE ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Observatoire de Paris-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Centre de Génétique Chromosomique, Hôpital Saint Vincent de Paul-GHICL, Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Département de génétique, Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Service de génétique clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Service de Génétique Médicale [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de génétique, CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Service de Génétique clinique, Laboratoire de Génétique Chromosomique, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Centre de Référence ' Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud - Est PACA ', Universita degli studi di Napoli 'Parthenope' [Napoli], INSERM EMI0210 ( EMI0210 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Instituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico, Physiopathologie et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), AP HP, Reprod Biol Unit CECOS, Centre Hospitalier Universitaire Jean Verdier, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Systèmes de Référence Temps Espace (SYRTE), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Saint Vincent de Paul-Groupement des Hôpitaux de l'Institut Catholique de Lille (GHICL), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Università degli Studi di Napoli 'Parthenope' = University of Naples (PARTHENOPE), INSERM EMI0210 (EMI0210), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré, Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), PSL Research University (PSL)-PSL Research University (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: Adult, Male, Adolescent, [SDV]Life Sciences [q-bio], Penetrance, Bioinformatics, Polymorphism, Single Nucleotide, Article, Pregnancy, GRIK2, Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors, Genetics, Humans, SNP, Obesity, Child, Gene, Genetic Association Studies, Genetics (clinical), Comparative Genomic Hybridization, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Infant, Phenotype, Repressor Proteins, Child, Preschool, Aborted Fetus, SIM1, biology.protein, Chromosomes, Human, Pair 6, Female, Haploinsufficiency, Prader-Willi Syndrome, Comparative genomic hybridization
Abstract: International audience; 6q16 deletions have been described in patients with a Prader-Willi-like (PWS-like) phenotype. Recent studies have shown that certain rare single-minded 1 (SIM1) loss-of-function variants were associated with a high intra-familial risk for obesity with or without features of PWS-like syndrome. Although SIM1 seems to have a key role in the phenotype of patients carrying 6q16 deletions, some data support a contribution of other genes, such as GRIK2, to explain associated behavioural problems. We describe 15 new patients in whom de novo 6q16 deletions were characterised by comparative genomic hybridisation or single-nucleotide polymorphism (SNP) array analysis, including the first patient with fetopathological data. This fetus showed dysmorphic facial features, cerebellar and cerebral migration defects with neuronal heterotopias, and fusion of brain nuclei. The size of the deletion in the 14 living patients ranged from 1.73 to 7.84 Mb, and the fetus had the largest deletion (14 Mb). Genotype-phenotype correlations confirmed the major role for SIM1 haploinsufficiency in obesity and the PWS-like phenotype. Nevertheless, only 8 of 13 patients with SIM1 deletion exhibited obesity, in agreement with incomplete penetrance of SIM1 haploinsufficiency. This study in the largest series reported to date confirms that the PWS-like phenotype is strongly linked to 6q16.2q16.3 deletions and varies considerably in its clinical expression. The possible involvement of other genes in the 6q16.2q16.3-deletion phenotype is discussed.
Published: 2014
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28. Array-CGH Analysis Suggests Genetic Heterogeneity in Rhombencephalosynapsis

Author: Isabelle Gicquel, Leslie Ratié, Christèle Dubourg, Annie Laquerrière, Claude Bendavid, Mylène Beri, Véronique David, Sylvie Jaillard, Valérie Dupé, Sandra Mercier, Philippe Loget, C. Evain, Chloé Quélin, Sylvie Odent, Laurent Pasquier, James Lespinasse, Pascale Marcorelles, Bruno Leheup, Dominique Martin-Coignard, Florence Demurger, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Pontchaillou [Rennes], Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Service de Médecine Infantile III et Génétique Clinique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de Cytogénétique, CH Chambéry, Laboratoire de génétique médicale et cytogénétique [Le Mans], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Hôpital Morvan - CHRU de Brest (CHU - BREST ), Service d'Anatomie et Cytologie Pathologique [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen
Subjects: Genetics, 0303 health sciences, Candidate gene, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Microarray, Genetic heterogeneity, business.industry, Chromosomal translocation, In situ hybridization, medicine.disease, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Agenesis, Medicine, Original Article, Copy-number variation, business, Gene, 030217 neurology & neurosurgery, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: Rhombencephalosynapsis is an uncommon, but increasingly recognized, cerebellar malformation defined as vermian agenesis with fusion of the hemispheres. The embryologic and genetic mechanisms involved are still unknown, and to date, no animal models are available. In the present study, we used Agilent oligonucleotide arrays in a large series of 57 affected patients to detect candidate genes. Four different unbalanced rearrangements were detected: a 16p11.2 deletion, a 14q12q21.2 deletion, an unbalanced translocation t(2p;10q), and a 16p13.11 microdeletion containing 2 candidate genes. These genes were further investigated by sequencing and in situ hybridization. This first microarray screening of a rhombencephalosynapsis series suggests that there may be heterogeneous genetic causes.
Published: 2013
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29. Terminal 6.9 Mb deletion of chromosome 15q, associated with a structurally abnormal X chromosome in a patient with congenital diaphragmatic hernia and heart defect

Author: Florence Demurger, Isabelle Bertorello, Marc-Antoine Belaud-Rotureau, Gwenaelle Le Bouar, Véronique David, Sylvie Jaillard, Christèle Dubourg, Patrice Poulain, Josette Lucas, Philippe Loget, Sylvie Odent, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service d'anatomie et cytologie pathologiques [Rennes] = Anatomy and Cytopathology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire de Génétique Moléculaire, Hôpital Pontchaillou, Service de Gynécologie et Obstétrique [Rennes] = Gynaecology [Rennes], Service de Génétique Clinique, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-hôpital Sud, Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire de génétique moléculaire et génomique médicale [CHU Rennes], Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, and De Villemeur, Hervé
Subjects: Heart Defects, Congenital, MESH: Chromosome Deletion, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Biology, X-inactivation, MESH: Chromosomes, Human, X, 03 medical and health sciences, Chromosome 15, X Chromosome Inactivation, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Genetics, medicine, Humans, Diaphragmatic hernia, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Genetics (clinical), X chromosome, 030304 developmental biology, Chromosomal inversion, Hernia, Diaphragmatic, Chromosomes, Human, Pair 15, Chromosomes, Human, X, 0303 health sciences, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, MESH: Humans, MESH: X Chromosome Inactivation, 030305 genetics & heredity, MESH: Infant, Newborn, Infant, Newborn, Congenital diaphragmatic hernia, Karyotype, General Medicine, MESH: Heart Defects, Congenital, MESH: Chromosome Inversion, medicine.disease, 3. Good health, MESH: Hernia, Diaphragmatic, Chromosome Inversion, Female, XIST, Chromosome Deletion, Hernias, Diaphragmatic, Congenital, MESH: Female, MESH: Chromosomes, Human, Pair 15
Abstract: International audience; We report the case of a female patient exhibiting multiple congenital malformations including diaphragmatic hernia and heart defect. Cytogenetic studies (including karyotype, FISH and array-CGH) showed a de novo terminal deletion (6.9 Mb) on chromosome 15 in association with a recombinant X chromosome bearing a 9-Mb Xp duplication and a 46-Mb Xq deletion distal to XIST. The recombinant X chromosome was caused by a maternal inv(X)(p22.31q22.3). The X chromosome inactivation pattern was skewed in the patient suggesting a possible inactivation of the recombinant X chromosome. Considering these results, the phenotype was linked to the de novo terminal 15q deletion. These results strengthen the assumption that array-CGH should be applied to each fetus/newborn with multiple congenital malformations.
Published: 2011
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30. Mutation-specific pathophysiological mechanisms define different neurodevelopmental disorders associated with SATB1 dysfunction

Author: Antonio Vitobello, Christel Depienne, Kelly Radtke, Bruria Ben-Zeev, Vaidutis Kučinskas, Hirofumi Kashii, Leslie Granger, Florence Demurger, Adi Vaknin-Dembinsky, Androu Waheeb, Takeshi Mizuguchi, Lip H. Moey, Urania Kotzaeridou, Frédérique Béna, Fernando Kok, Timothy Blake Palculict, Yasmin Hamzavi Abedi, Satoko Miyatake, Anne-Sophie Denommé-Pichon, Linda Manwaring, Laura Elena Orec, Laurens Wiel, Han G. Brunner, Sylvie Odent, Eric Vilain, Linh Tran, Simon E. Fisher, Emmanuèlle C. Délot, Vidya Krishnamurthy, Rebecca C. Spillmann, Hilary Coon, Shelagh Joss, Hui B. Chew, Matias Wagner, David A. Dyment, Kirsty McWalter, Michael W. Parker, Adam Jackson, Margje Sinnema, Pengfei Liu, Elke de Boer, Alma Kuechler, Christoffer Nellåker, Christian Gilissen, Yasuo Hachiya, Marcia C. Willing, Shivarajan M. Amudhavalli, Alexander P.A. Stegmann, Ange-Line Bruel, Siddharth Banka, Joery den Hoed, Vardiella Meiner, Rosalyn Jewell, Britton D Zuccarelli, Alexander J. M. Dingemans, Kelly L. Jones, Anja A. Kattentidt-Mouravieva, Matthew Osmond, Orly Elpeleg, Andrea K. Petersen, Nicolas Guex, Dianne F. Newbury, Jill A. Rosenfeld, Alexandre Reymond, Mohamad A. Mikati, Tjitske Kleefstra, Lisenka E.L.M. Vissers, Naomichi Matsumoto, Vincent R. Bonagura, Loreta Cimbalistienė, Benoît Mazel, Hayley S. Mountford, Isabelle Thiffault, Rolph Pfundt, Ruth Newbury-Ecob, Teresa Santiago-Sim, Alinoë Lavillaureix, Eglė Preikšaitienė, Jacqueline Chrast, Toshiyuki Itai, Norine Voisin, Usha Kini, Emmanuelle Ranza, Caitlin Schwager, Brooke Horist, Samantha A. Schrier Vergano, Jennifer Hanebeck, Juliana H. Vedovato-dos-Santos, Mitsuhiro Kato, Theresa Brunet, Lot Snijders Blok, Jayne Y. Hehir-Kwa, Shehla Mohammed, Benjamin Haber, Hagar Mor-Shaked, Laurence Faivre, Dian Donnai, Max Planck Institute for Psycholinguistics, Max-Planck-Gesellschaft, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Children's Mercy Hospital [Kansas City], University of Manchester [Manchester], Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Pontchaillou [Rennes], Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], Radboud University [Nijmegen], Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung, Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, University of Lausanne (UNIL), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Radboud university [Nijmegen], The DDD study, RS: GROW - R4 - Reproductive and Perinatal Medicine, Klinische Genetica, and MUMC+: DA Klinische Genetica (5)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Models, Molecular, MISSENSE MUTATIONS, CHROMATIN, Transcription, Genetic, Cell, Medizin, Disease, Haploinsufficiency, medicine.disease_cause, 0302 clinical medicine, Missense mutation, de novo variants, Genetics (clinical), INTERLEUKIN-2, seizures, Genetics, 0303 health sciences, Mutation, Chromatin binding, neurodevelopmental disorders, Metabolic Disorders Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 6], SATB1, Phenotype, medicine.anatomical_structure, intellectual disability, Female, teeth abnormalities, Protein Binding, Neuroinformatics, EXPRESSION, GENES, Mutation, Missense, Biology, BINDING PROTEIN, REGION, 03 medical and health sciences, Protein Domains, Report, medicine, HPO-based analysis, Humans, Genetic Association Studies, Hpo-based Analysis, Satb1, Cell-based Functional Assays, De Novo Variants, Intellectual Disability, Neurodevelopmental Disorders, Seizures, Teeth Abnormalities, 030304 developmental biology, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Neurodevelopmental disorders Donders Center for Medical Neuroscience [Radboudumc 7], Matrix Attachment Region Binding Proteins, 030104 developmental biology, Nanomedicine Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 19], 030217 neurology & neurosurgery, cell-based functional assays
Abstract: Whereas large-scale statistical analyses can robustly identify disease-gene relationships, they do not accurately capture genotype-phenotype correlations or disease mechanisms. We use multiple lines of independent evidence to show that different variant types in a single gene,SATB1, cause clinically overlapping but distinct neurodevelopmental disorders. Clinical evaluation of 42 individuals carryingSATB1variants identified overt genotype-phenotype relationships, associated with different pathophysiological mechanisms, established by functional assays. Missense variants in the CUT1 and CUT2 DNA-binding domains result in stronger chromatin binding, increased transcriptional repression and a severe phenotype. Contrastingly, variants predicted to result in haploinsufficiency are associated with a milder clinical presentation. A similarly mild phenotype is observed for individuals with premature protein truncating variants that escape nonsense-mediated decay and encode truncated proteins, which are transcriptionally active but mislocalized in the cell. Our results suggest that in-depth mutation-specific genotype-phenotype studies are essential to capture full disease complexity and to explain phenotypic variability.
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30 results on '"Florence Demurger"'

1. Prenatal diagnosis of mucopolysaccharidosis type I on hepatosplenomegaly and coarse features: a case-report

2. Episignatures in practice: independent evaluation of published episignatures for the molecular diagnostics of ten neurodevelopmental disorders

3. The genetic landscape and clinical spectrum of nephronophthisis and related ciliopathies

4. Integrative approach to interpret DYRK1A variants, leading to a frequent neurodevelopmental disorder

5. Penetrance estimation of Alzheimer disease in SORL1 loss-of-function variant carriers using a family-based strategy and stratification by APOE genotypes

6. <scp>Skraban‐Deardorff</scp> syndrome: Six new cases of <scp> WDR 26 </scp> ‐related disease and expansion of the clinical phenotype

7. A<scp>BBS1SVA</scp>F retrotransposon insertion is a frequent cause of<scp>Bardet‐Biedl</scp>syndrome

8. De novo variants in ATP2B1 lead to neurodevelopmental delay

9. Development and Validation of a New Risk Prediction Score for Life-Threatening Ventricular Tachyarrhythmias in Laminopathies

10. Phénotype prénatal des microduplications 22q11 : description de 12 nouveaux cas et Revue de la littérature

11. Integrative approach to interpret DYRK1A variants, leading to a frequent neurodevelopmental disorder

12. Author response for 'Skraban-Deardorff syndrome: six new cases of WDR26-related disease and expansion of the clinical phenotype'

13. Author response for 'A <scp> BBS1 SVA </scp> F retrotransposon insertion is a frequent cause of <scp>Bardet‐Biedl</scp> syndrome'

14. De Novo Variants in CNOT1, a Central Component of the CCR4-NOT Complex Involved in Gene Expression and RNA and Protein Stability, Cause Neurodevelopmental Delay

15. Loss of function IFT27 variants associated with an unclassified lethal fetal ciliopathy with renal agenesis

16. Prenatal phenotype of 22q11 micro-duplications: A systematic review and report on 12 new cases

17. COLLAGEN RELATED MUSCLE DISEASES

18. Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability

19. Heterozygous Variants in KMT2E Cause a Spectrum of Neurodevelopmental Disorders and Epilepsy

20. 11q24.2q24.3 microdeletion in two families presenting features of Jacobsen syndrome, without intellectual disability Role of FLI1, ETS1, and SENCR long noncoding RNA

21. Whole genome paired-end sequencing elucidates functional and phenotypic consequences of balanced chromosomal rearrangement in patients with developmental disorders

22. Microduplications 22q11.2 typiques et atypiques en fœtopathologie

23. Karyotype is not dead (yet)!

24. Fetal costello syndrome with neuromuscular spindle excess and p.Gly12Val HRAS mutation

25. New insights into genotype-phenotype correlation for GLI3 mutations

26. Clinical and molecular delineation of Tetrasomy 9p syndrome: Report of 12 new cases and literature review

27. Incomplete penetrance and phenotypic variability of 6q16 deletions including SIM1

28. Array-CGH Analysis Suggests Genetic Heterogeneity in Rhombencephalosynapsis

29. Terminal 6.9 Mb deletion of chromosome 15q, associated with a structurally abnormal X chromosome in a patient with congenital diaphragmatic hernia and heart defect

30. Mutation-specific pathophysiological mechanisms define different neurodevelopmental disorders associated with SATB1 dysfunction

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