Search

Noncanonical secondary structures in nucleic acids have been studied intensively in recent years. Important biological roles of cruciform structures formed by inverted repeats (IRs) have been demonstrated in diverse organisms, including humans. Using Palindrome analyser, we analyzed IRs in all accessible bacterial genome sequences to determine their frequencies, lengths, and localizations. IR sequences were identified in all species, but their frequencies differed significantly across various evolutionary groups. We detected 242,373,717 IRs in all 1,565 bacterial genomes. The highest mean IR frequency was detected in the Tenericutes (61.89 IRs/kbp) and the lowest mean frequency was found in the Alphaproteobacteria (27.08 IRs/kbp). IRs were abundant near genes and around regulatory, tRNA, transfer-messenger RNA (tmRNA), and rRNA regions, pointing to the importance of IRs in such basic cellular processes as genome maintenance, DNA replication, and transcription. Moreover, we found that organisms with high IR frequencies were more likely to be endosymbiotic, antibiotic producing, or pathogenic. On the other hand, those with low IR frequencies were far more likely to be thermophilic. This first comprehensive analysis of IRs in all available bacterial genomes demonstrates their genomic ubiquity, nonrandom distribution, and enrichment in genomic regulatory regions.IMPORTANCE Our manuscript reports for the first time a complete analysis of inverted repeats in all fully sequenced bacterial genomes. Thanks to the availability of unique computational resources, we were able to statistically evaluate the presence and localization of these important regulatory sequences in bacterial genomes. This work revealed a strong abundance of these sequences in regulatory regions and provides researchers with a valuable tool for their manipulation. Our manuscript reports for the first time a complete analysis of inverted repeats in all fully sequenced bacterial genomes. Thanks to the avai

In this paper we present the characterization of 3D-printed nanocarbon electrodes (3DnCes) and their application in electrochemical enzyme-linked detection of DNA hybridization. The approach takes advantage of a facile procedure based on adsorption of target DNA on the electrode surface followed by hybridization with a biotinylated probe and binding of streptavidin-alkaline phosphatase conjugate. The alkaline phosphatase converts 1-naphthyl phosphate in the background electrolyte into electrochemically oxidizable 1-naphthol, which is subsequently detected using linear sweep voltammetry. The preparation, characterization, and analytical performance of the 3DnCes are reported. The results show the applicability of such 3DnCes in detection of target DNA hybridization specifically with the complementary biotinylated probe, and indicate the potential of 3D printed electrodes for use in various bioanalytical approaches.

Drugs of the nervous system (ATC group N) belong generally to the most commonly (mis)used substances worldwide. Their determination and monitoring of these drugs and their metabolites in various body fluids or environmental matrices represent a challenge for analytical chemists. Our research is focused on the application of electrochemical methods in the monitoring of the most frequently prescribed and the newly introduced nervous system drugs of precisely specified structures and/or of defined properties. For toxicological and pharmacokinetic reasons, emphasis has been placed on investigating the reaction mechanisms of their metabolite formation. New or alternative to commonly used electroanalytical methods applicable for monitoring and characterization of target compounds in their pure state, in body fluids, wastewaters, and other environmental matrices, has been developed. To improve the chemometric parameters and sensing characteristics, attention was be paid to the construction of new electrochemical sensors, detectors (e.g. screen-printed, 3D printed), or cells, based on (modified/unmodified) traditional or nontraditional materials, preferably usable at the point-of-care., Léky nervového systému (ATC skupina N) patří obecně k celosvětově nejčastěji (zne)užívaným látkám. Jejich stanovení a sledování těchto léčiv a jejich metabolitů v různých tělesných tekutinách nebo environmentálních matricích představuje výzvu pro analytické chemiky. Náš výzkum je zaměřen na aplikaci elektrochemických metod při sledování nejčastěji předepisovaných a nově zaváděných léků na nervový systém přesně specifikovaných struktur a/nebo definovaných vlastností. Z toxikologických a farmakokinetických důvodů byl kladen důraz na zkoumání reakčních mechanismů tvorby jejich metabolitů. Byly vyvinuty nové nebo alternativní metody k běžně používaným elektroanalytickým metodám použitelným pro monitorování a charakterizaci cílových sloučenin v jejich čistém stavu, v tělesných tekutinách, odpadních vodách a dalších environmentálních matricích. Pro zlepšení chemometrických parametrů a snímacích charakteristik byla pozornost věnována konstrukci nových elektrochemických senzorů, detektorů (např. sítotiskových, 3D tištěných) nebo článků, založených na (upravených/nemodifikovaných) tradičních či netradičních materiálech, nejlépe využitelných při místo péče.

A new procedure for the determination of daminozide in plant material was proposed. The plant sample is dried in a vacuum oven at 50°C and 9 mbar pressure to constant weight. 96 % ethanol is used to isolate the analyte from the organic matrix under ultrasonication for 2 minutes. This is followed by filtration of the resulting suspension and isolation of the daminozide from the filtrate using Amberlite® IRC120 H catex in an H+ cycle. The analyte is displaced from the ion-exchange with a weakly alkaline NaCl solution at a concentration of 1 mol L1. The voltammetric analysis of daminozide is performed by anodic oxidation in 0.1 mol L1 chloroacetate buffer of pH 3.2 using a boron-doped diamond electrode., Byl navržen nový postup stanovení daminozidu v rostlinném materiálu. Vzorek rostliny se suší ve vakuové sušárně při 50 °C a tlaku 9 mbar do konstantní hmotnosti. 96% ethanol se používá k izolaci analytu z organické matrice pod ultrazvukem po dobu 2 minut. Poté následuje filtrace výsledné suspenze a izolace daminozidu z filtrátu pomocí Amberlite® IRC120 H catex v H+ cyklu. Analyt je z iontové výměny vytěsněn slabě alkalickým roztokem NaCl o koncentraci 1 mol L-1. Voltametrická analýza daminozidu se provádí anodickou oxidací v 0,1 mol L-1 chloracetátovém pufru o pH 3,2 pomocí diamantové elektrody dopované borem.

The aim of this work was the investigation of electrochemical properties of new screen-printed sensors (SPE) with chemically deposited boron-doped diamond working electrode (BDDE) modified with gold nanoparticles (AuNPs). Using [Ru(NH3)6]2+/3+ and dopamine redox probes, these sensors were tested in comparison with bulk un-modified BDDE in a standard arrangement of three-electrode cell and un-modified SP/BDDE. At the same time, the novel sensors were applied for the determination of dopamine and other substances significant from the point of view of environment and human health., Cílem této práce bylo zkoumání elektrochemických vlastností nových sítotiskových senzorů (SPE) s chemicky deponovanou diamantovou pracovní elektrodou dopovanou borem (BDDE) modifikovanou nanočásticemi zlata (AuNPs). Pomocí [Ru(NH3)6]2+/3+ a dopaminových redox markerů byly tyto senzory testovány ve srovnání s nemodifikovanou BDDE ve standardním uspořádání tříelektrodového článku a nemodifikovaného SP/BDDE. Zároveň byly nové senzory aplikovány pro stanovení dopaminu a dalších látek významných z hlediska životního prostředí a lidského zdraví.