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A survey of the endophagous insects fauna associated to Asteraceae capitula was carried out from 2000 to 2002 in eight cerrado sensu stricto sites located in the Brazilian state of São Paulo. Sixty-four endophagous species of Diptera and Lepidoptera were recorded from 49 asteracean host plants. Approximately half of the species were obtained from a single locality, with a large proportion emerging from a single sample (unicates). Thirty percent of the species were singletons (i.e. only one individual was recorded). The large proportion of rare species suggests a high species turnover among localities. Lepidopteran species were recorded on more host species than dipterans, confirming their more polyphagous food habit, also observed in other Brazilian biomes and in Europe. We conclude that the studied cerrado localities, all within São Paulo State, are isolated with its invertebrate fauna composed of many rare and exclusive species. We suggest that the maintenance of Asteraceae biodiversity and their endophagous insects depend on the conservation of all cerrado remnants in the state. No presente estudo foi realizado um levantamento da fauna de insetos endófagos de capítulos de Asteraceae (Compostas), de 2000 a 2002, em oito localidades de cerrados sensu stricto no estado de São Paulo. Foram obtidas 64 espécies de endófagos (dípteros e lepidópteros) de 49 espécies de hospedeiras. Aproximadamente metade das espécies foi obtida de apenas uma área, e destas uma grande proporção ocorreu em apenas uma amostra (unicatas). Trinta por cento das espécies foram consideradas "singletons" (apenas um indivíduo foi obtido). A grande quantidade de espécies raras sugere uma forte troca de espécies entre diferentes áreas. Lepidópteros foram registrados em mais espécies hospedeiras que dípteros, confirmando o já observado para o mesmo sistema de insetos e plantas em outros ambientes no Brasil e Europa. As áreas de cerrado sensu stricto estudadas no estado de São Paulo encontram-se isoladas, com uma grande parte da fauna de invertebrados composta por muitas espécies raras e exclusivas. Diante deste quadro, sugere-se que a manutenção da biodiversidade de Asteraceae e seus endófagos em seus níveis atuais depende da conservação de todo o conjunto de remanescentes de cerrado do estado.