Search

Aims: This study was conducted to determine the phytoplasma diseases of pepper plants in Hatay province between 2016 and 2019.Methods and Results: Samples of pepper (Capsicum annuum), sesame (Sesamum indicum), basil (Ocimum basilicum), tomato (Solanum lycopersicum) and bindweed (Convolvulus arvensis) which had typical phytoplasma symptoms and insect (Cicadellidae spp.) samples were collected from the pepper fields. Empoasca sp., Cicadulina bipunctata, Psammotettix sp., Balchutha hebe, Euscelidius sp., Anaceratagallia laevis and Exitianus capicola were found as potential insect vectors of the phytoplasmas as descending order of population densities. T-budding grafting technique was successful for phytoplasma transmission from infected sesame and basil plants to healthy periwinkle (Catharanthus roseus) plants in controlled conditions. Phytoplasmas were detected in pepper, tomato, basil, sesame and bindweed and from some insect samples. Total nucleic acid isolation was accomplished by the CTAB method. Direct and Nested PCR were used employing R16F1/R16R0 and R16F2n/R16R2 primer pairs respectively.Conclusions: DNA of positive samples were sequenced, and uploaded to Genbank, and were identified as Ca. Phytoplasma trifolii on pepper (MT993358), sesame (MT994434), tomato (MT992754), basil (MT994432), Empoasca sp. (MT994430), Exitianus capicola (MT994433), Euscelidius sp. (MT994431); and as Ca. Phytoplasma solani on binweed (MT993422) and tomato (MT992796).Significance and Impact of the Study: According to our knowledge, this study is the first to identify and upload to Genbank of Ca. Phytoplasma trifolii on basil and Empoasca sp., Exitianus capicola and Euscelidius sp. as insect vectors of the diseases in Turkey.

Aims: During a disease survey conducted in 2019, typical symptoms including yellowing of the leaves, stunting, shortening of internodes, proliferation of auxiliary shoots (witches'-broom), the bunchy appearance of growth at the ends of stems (rosetting), virescence of flowers or sterility, phyllody, small and deformed leaves and fasciation were observed on suspected cucurbit plants growing in Hatay province. Therefore, this study was carried out to determine the phytoplasma infection(s) on cucurbit crops and bindweed in Hatay province of Turkey.Methods and Results: In total; 4 pumpkins (winter squash: Cucurbita moschata Duchesne), 12 summer squash (Cucurbita pepo L.) and 2 bindweed (Convolvulus arvensis L.) samples were collected from suspected plants in cucurbit fields in Hatay province. Some of the plants (2 pumpkins, 10 summer squash and 2 bindweeds) exhibited symptoms related to phytoplasmas. Total nucleic acid was extracted by CTAB method. PCR amplification of 16S rDNA with phytoplasma specific primer pairs; F1/R0 followed by R16F2n/R2 confirmed the phytoplasma presence. Expected size amplicons of ~1.2 kb were obtained from infected samples from symptomatic cucurbits (12/12) and bindweed (1/2), but not from asymptomatic cucurbit plants (0/4). The sequences of the 4 symptomatic samples were deposited in NCBI GenBank (MT163353, MT163393, MT163396, and MT163469).Conclusions: After sequencing and phylogenetic analyses it was revealed that the squash isolates had 99% sequence identity with “Candidatus phytoplasma trifolii” (16SrVI) and the bindweed isolate had 99% sequence identity with “Candidatus phytoplasma solani” (16SrXII).Significance and Impact of the Study: There is a lack of knowledge on the status of phytoplasma infections and natural hosts in cucurbits in Turkey. According to our knowledge, this is the first report of a member of 16SrVI group, Candidatus phytoplasma trifolii associated with phytoplasma infection in winter squash-pumpkin (C. moschata) and summer squash (C. pepo) in Turkey., Amaç: 2019’da bir hastalık surveyinde, şüpheli kabak bitkilerinde yaprakların sararması, bodurluk, boğum aralarının kısalması, çoklu sürgün oluşumu, tepe sürgünlerinde çalı görünümü, çiçeklerin yeşillenmesi ve kısırlık, fillodi, küçük ve şekli bozulmuş yapraklar ve gövde yassılaşması gibi fitoplazmalara özgü simptomlar gözlenmiştir. Böylelikle, bu çalışma Hatay ili kabak bitkilerinde ve tarla sarmaşığında fitoplazma hastalıklarının araştırılması amacıyla yürütülmüştür.Yöntem ve Bulgular: Hatay ili kabak tarlalarından şüpheli toplam 4 kış kabağı (Cucurbita moschata), 12 yaz kabağı (Cucurbita pepo) ve 2 tarla sarmaşığı (Convolvulus arvensis) örnekleri toplanmıştır. Bitkilerden bazıları (2 kış kabağı, 10 yaz kabağı ve 2 tarla sarmaşığı) fitoplazmalara özgü simptom sergilemiştir. Toplam nükleik asit izolasyonu, CTAB metoduna göre yapılmıştır. Direct ve Nested PCR çalışmalarında sırasıyla F1/R0 ve R16F2n/R2 evrensel primer çiftleri kullanılmıştır. Simptom sergileyen kabak bitkilerinde (12/12) ve tarla sarmaşığında (1/2) beklenen ~1.2 kb büyüklüğünde bant elde edilirken simptomsuz kabaklarda elde edilememiştir. Simptom gösteren örneklerden 4 tanesi NCBI Genbankası’na (MT163353, MT163393, MT163396 ve MT163469) yüklenmiştir.Genel Yorum: Sekans ve filogenetik analizlerin ardından, kabak izolatlarının “Candidatus phytoplasma trifolii” (16SrVI), tarla sarmaşığı izolatının ise “Candidatus phytoplasma solani” (16SrXII) olduğunu göstermiştir.Çalışmanın Önemi ve Etkisi: Türkiye'de kabakgillerde fitoplazma enfeksiyonlarının ve doğal konakçıların durumu hakkında bilgi eksikliği bulunmaktadır. Mevcut bilgilerimize göre, Türkiye’de 16SrVI grubunun bir üyesi olan Candidatus phytoplasma trifolii'nin kışlık kabaklardan bal kabağı (C. moschata) ve yazlık kabaklardan sakız kabağı (C. pepo) bitkilerinde enfeksiyon oluşturduğu ilk kez belirlenmiştir.

Symptomatic potato plants were found to be infected with Alfalfa mosaic virus (AMV) during thestudies in potato growing areas in Hatay province in 2009 and 2010. Suspected plant samples were taken fromdifferent potato cultivars and weeds in 2014-2015 due to determine of the presence and prevalence of AMV and itsother hosts in the felds. Potential vector species as Aphis fabae Scopoli, A. gossypii Glover, A. solanella Theobald,Myzus persicae (Sulzer), Macrosiphum euphorbiae (Thomas) and Rhopalosiphum padi L. were intensively foundon weeds in the potato felds. Potato leaf samples showing yellow spots and patterns, and then severe chlorosiswere detected by serological (DAS ELISA: Double antibody sandwich-Enzyme linked immunosorbent assay) andbiological indexing methods. AMV was detected in Physalis angulata by the rate of 15.3% in 2014. Although,AMV infection was found in low levels in symptomatic potato plants in 2014 and 2015 (5.4% and 4.6%), AMVis important in Amik plain due to the virus can be transmitted by vector aphids to weeds and other crops mainlygrowing in Amik plain such as alfalfa, tomato and pepper or from these sources to potatoes. AMV infection beganto be affected potatoes grown in Hatay during the last few years. Seed tubers infected by AMV are thought to bethe source of the virus infection of potatoes growing in Hatay-Turkey. For monitoring of the status of the virus inpotato felds over the years, the studies on AMV infection on potatoes, weeds and other hosts are in progress, Hatay ili patates alanlarında 2009 ve 2010 yıllarında yapılan çalışmalarda Yonca mozaik virüsü (Alfalfamosaic virus: AMV) ile enfekteli olabileceğinden şüphelenilen simptomlu patates bitkileri belirlenmiştir. Patatesalanlarında AMV’nin varlığı ve yaygınlığı ile diğer konukçularını belirlemek üzere 2014-2015 yıllarında farklıçeşitlere ait patates tarlalarından şüpheli bitki örnekleri alınmıştır. İncelenen patates tarlalarında özellikle yabancıotlar üzerinde yoğun olarak AMV potansiyel vektörü olan Aphis fabae Scopoli, A. gossypii Glover, A. solanellaTheobald, Myzus persicae (Sulzer), Macrosiphum euphorbiae (Thomas) ve Rhopalosiphum padi L. türleribelirlenmiştir. Sarı desenler, lekeler ve daha sonra şiddetli kloroz gösteren patates yaprak örneği serolojik (DASELISA: Double antibody sandwich-Enzyme linked immunosorbent assay) ve biyolojik indeksleme (mekanikinokulasyon) yöntemleri ile incelenmiştir. Ülkemizde Hatay ilinde yetiştirilen patateste son birkaç yıldır AMV’ninenfeksiyon oluşturduğu belirlenmiştir. Yabancı ot türlerinden Physalis angulata örneklerinde 2014 yılında %15.3oranında AMV enfeksiyonu belirlenmiştir. Simptomlu patates bitkilerinde AMV enfeksiyonu 2014 ve 2015 üretimdönemlerinde %5.4 ve %4.6 olarak bulunmuştur. AMV’nin patateste düşük seviyelerde enfeksiyon oluşturmasınarağmen, özellikle Amik Ovası’nda yetiştirilen yonca, domates ve biber gibi diğer kültür bitkileri ile yabacı otlarveya bu kaynaklardan patatese virüsün vektör yaprak bitleri ile taşınabilmesi nedeni ile Hatay ilinde patatesteAMV enfeksiyonu belirlenmesi önem taşımaktadır. Hatay ilinde patates bitkilerinde son birkaç yıldır görülmeyebaşlayan AMV enfeksiyonu için il dışından gelen enfekteli tohumluk yumruların kaynak olduğu düşünülmektedir.AMV’nin yıllara içinde patates alanlarındaki durumunu izlemek için patates, yabancı otlar ve diğer konukçuları ileilgili çalışmalar devam etmektedir

Hatay ili patates üretim alanlarında 2013- 2014 yıllarında patates yumru, sürgün ve yaprak örnekleri toplanmıştır. Bitki örneklerinde önemli virüslere bakılmıştır. Yaygın virüslerden AMV (Alfaalfa mosaic virus), CMV (Cucumber mosaic virus), PLRV (Potato leafroll virus), PVX (Potato virus X), PVY (Potato virus Y) (PVY-N ve PVY-C) ve TRV (Tobacco rattle virus)’nin varlığı araştırılmıştır. Bu virüslerin simptomatolojik gözlemleri, iklim odasında yumru ile taşınma, test bitkilerine mekanik inokulasyon ve serolojik (DAS-ELISA) çalışmaları yapılarak incelenmiştir. Arazi çalışmalarında hasada yakın dönemde enfeksiyon oranlarının arttığı bitkilerde yapraklarda sarı mozaik lekelenmeler, yapraklarda ve özellikle tepe sürgünlerde şiddetli kloroz, damar nekrozu, boğum aralarında kısalma, yapraklarda küçülme ve rulo şeklinde yukarı doğru kıvrılma, tepe sürgünlerinde beyazlaşmaya yakın şiddetli kloroz, erken yaşlanma, yumrularda küçülme gibi belirtiler gözlenmiştir. Tohumluk yumru etinde %1 oranında nekrotik dokular gözlenmiştir. Patates örneklerinde en fazla PVY enfeksiyonu belirlenmiştir (%49.5). PLRV ve AMV enfeksiyonu %5.4 oranında bulunmuştur. Karışık enfeksiyon olarak düşük oranda PVY+PLRV bulunmuştur (%1.6). Mevcut bilgilerimize göre Hatay’da patates örneklerinde ilk kez AMV enfeksiyonu belirlenmiştir. İncelenen patates örneklerinde CMV, PVX ve TRV belirlenmemiştir. PVY ile enfekteli olduğu belirlenen bitkilerden tesadüfi seçilen 58 örneğin 35’inde PVY-N tesbit edilmiş (%60.3) ancak PVY-C tesbit edilememiştir. Potato plants and tubers were collected from potato fields in Hatay province of Turkey in 2013-2014. Major viral agents were investigated in the plant materials. The presence of commonly held viruses of AMV (Alfaalfa mosaic virus), CMV (Cucumber mosaic virus), PLRV (Potato leafroll virus), PVX (Potato virus X), PVY (Potato virus Y) (PVY-N and PVY-C) and TRV (Tobacco rattle virus) are searched. Virus diseases were detected by inspection of virus symptoms, serological assay (DAS-ELISA), transmission by seed potato tubers and mechanical transmission to test plants at protected and climatically controlled rooms. During harvesting period, virus infection rates were increased and different symptoms such as yellow mosaic speckles and severe chlorosis of leaves (especially on top shoots) , vein necrosis, multiple shoot formations, shorter internodes, smaller and rolled leaves, early senescent, smaller tubers were observed on potato plants. About 1% necrotic tissues were observed in the cross-section of the tubers. The most common viral infection determined was PVY (49.5%), following by PLRV and AMV infections (5.4%). PVY+PLRV (1.6%) were found as mixed infections. To our knowledge, it is the first report of AMV on potato samples in Hatay, in Turkey. CMV, PVX and TRV were not determined in the potato samples. A total of 35 samples were tested as PVY-N among randomly selected within 58 PVY infected samples (60.3%), but PVY-C was not found in any of them.

During the late summer-early autumn of 2002, surveys were carried out in Turkey to determine the presence of phytoplasma diseases in fruit trees. Phytoplasmas were detected and characterized by PCR-RFLP analysis and TEM technique in stone fruit and pear trees in the eastern Mediterranean region of the country. Six out of 24 samples, including almond, apricot, peach, pear and plum, gave positive results in PCR assays. RFLP analysis usingSspI andBsaAI enzymes of PCR products obtained with primer pair f01/r01 enabled identification of the phytoplasmas involved in the diseases. Stone fruit trees, including a local apricot variety (‘Sakit’) and a pear sample, were found to be infected with European stone fruit yellows (ESFY, 16SrX-B) and pear decline (PD, 16SrX-C) phytoplasmas, respectively. This is the first report in Turkey of PD phytoplasma infecting pear and of ESFY phytoplasma infecting almond, apricot, myrobalan plum and peach; ESFY phytoplasma infecting Japanese plum was previously reported.

Yeni ve kaliteli turunçgil tür ve çeşitlerinin bir ülkeden veya bir bölgeden başka bir yere uygun olmayan koşullarda getirilmesi ve doğrudan üretilmesi yeni hastalık ve zararlıların bölgeye girerek yayılmasına neden olan son derece riskli bir uygulamadır. Gelişmiş turunçgil üreticisi ülkelerde yaygın olarak kullanılan in vitro sürgün ucu aşılama (SUA) tekniği ile birçok turunçgil virüs ve virüs benzeri hastalık etmenleri başarı ile arındırılabilmektedir. SUA işleminde sürgün kaynağı elde etmek üzere birkaç yöntem vardır. in vitro koşullarda aşıgözü kültürü ile sürgün elde etmek bu yöntemlerden biridir. Aşıgözü kültür ortamı olarak SUA sonrası bitkilerin kültüre alındığı Murashige ve Skoog (MS) besin solüsyonu kullanılmaktadır. Bu çalışmada aşıgözü kültürü işlemlerini kolaylaştırmak amacı ile MS ortamı kültür içeriğinde kullanılan ince kum ve besin solüsyonu yerine hiçbir besin maddesi içermeyen yalnızca destile su (DS) ile hazırlanmış yeni bir ortam denenmiştir. MS ve DS ortamlarının aşıgözlerinde sürgün oluşumuna etkilerini belirlemek üzere Washington Navel portakal (Citrus sinensis (L.) Osb.), Minneola tangelo (Citrus reticulata x Citrus paradisi) ve Interdonato limon (Citrus limon (L.) Burm.) çeşitlerinden oluşan üç ayrı türdeki aşıgözleri iki farklı ortamda in vitro koşullarda kültüre alınmıştır. DS ortamı kültürlerinde de MS ortamında olduğu kadar SUA işlemi için uygun sürgün elde edilebildiği saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda MS ortamına kıyasla daha pratik ve ekonomik olan destile su ortamı ile in vitro aşıgözü kültürü Ç.Ü. Subtropik Meyveler Araştırma ve Uygulama Merkezinde özellikle yurtdışından getirilen çeşitlerde olmak üzere portakal, mandarin, limon, greyfurt ve süs turunçgilini içeren birçok turunçgil tür ve çeşitinden sürgün elde etmede 1993 yılından buyana başarı ile kullanılmaktadır. The transfer of new and quality citrus species and cultivars from one country or growing area to another may lead to the introduction of new pests and diseases. Therefore the import and direct production of citrus budwood without adequate control measures has a high risk. The citrus virus and virus-like disease agents can be successfully eliminated using the shoot-tip grafting (STG) technique which is routinely used to obtain virus-free plants in citrus improvement programs in major citrus-growing countries. Many methods are used to obtain flushes as a source of scion material for STG in vitro. The budwood culture in vitro is one, used to obtain flushes from bud sticks for STG. The budwood culture medium is composed of Murashige and Skoog (MS) salt solution and is used to culture the plant in vitro after shoot-tip grafting. This research was conducted with the objective of simplifying the usual procedure of budwood culture. Instead of culturing in tubes containing nutrient medium and fine sand as a substrate, a new medium with distilled water without salt solution or sand was tried, to obtain flushes from Washington Navel orange (Citrus sinensis (L.) Osb.), Minneola tangelo (Citrus reticulata x Citrus paradisi) and Interdonato limon (Citrus limon (L.) Burm.) cultivars. Distilated water medium is more practical and more economical than usual the medium composition. This new medium has been used successfully with several cultivars (especially imported) of sweet orange, mandarin, lemon, grapefruit and ornamental citrus to obtain a source of shoots for STG at the Subtropical Fruits Research and Experimental Centre of the University of Çukurova since 1993.