Objetivo. Determinar el perfil etiológico de la infección de vías respiratorias bajas (IVRB) en los neonatos durante la temporada de virus sincicial respiratorio (VSR) y definir las características de esta y otras infecciones. Métodos. Estudio retrospectivo con neonatos hospitalizados por IVRB durante dos temporadas de VSR, con reacción múltiple en cadena de la polimerasa en tiempo real. Se revisaron los datos relevantes y se compararon las características de la infección por VSR con las de otros microorganismos. Resultados. Entre 224 pacientes, 160 (71 %) fueron positivos para, al menos, un agente causal potencial. Entre ellos, el 65 % tenía VSR y el 15 %, más de un agente (coinfección). En el grupo con VSR, hubo más dificultad respiratoria (p < 0,01), radiografías de tórax anormales (p < 0,01), requerimiento de atención en terapia intensiva (p < 0,01) y más días de oxigenoterapia (p < 0,01). No obstante, hubo menos casos de fiebre al ingreso y menos días de antibioticoterapia (en ambos, p < 0,01), y la duración de la hospitalización no fue más prolongada. Los pacientes con coinfección requirieron atención en terapia intensiva en mayor medida que los demás (25 % contra 6,5 %, p < 0,01). Conclusión. Este estudio demostró que el VSR fue más frecuente en los neonatos hospitalizados por IVRB durante la temporada y condujo a una evolución más grave que otros microorganismos patógenos detectados. Posiblemente la gravedad de la infección por VSR se viera aumentada por la presencia de una coinfección y radiografía de tórax anormal. Aim: To determine the etiological profiles of lower respiratory tract infection (LRI) in neonates during respiratory syncytial virus(RSV) season, and to define the clinical features of RSV-related infection and others. Methods: The retrospective study included newborn infants who were hospitalized for LRI during the two consecutive RSV seasons, and then tested for possible etiological agent by multiplex real-time polymerase chain reaction. All relevant data were reviewed, and the clinical characteristics of RSV-related infection were compared to those of others. Results: Of 224 patients, 160 (71 %) were positive for at least one potentially causative agent. Of them, 65 % had RSV, and 15 % had more than on ecausative agent (co-infection). The RSV group had more the findings of respiratory distress (p< 0.01), abnormal chest radiography (p< 0.01), need for intensive care (p< 0.01), and duration of oxygen requirement (p< 0.01) but less fever on admission and duration of antibiotic use (for both, p< 0.01), and no longer hospital stay. Need of intensive care nursery was more common in patients with co-infection than others (25 % vs. 6.5 %, p< 0.01). Conclusion: This study highlighted that RSV was the most frequent agent in neonates hospitalized for LRI during the season, with a more severe clinical course than other detected pathogens. The disease severity of RSV infection may have seemed to be increased by the presence of coinfection and abnormal chest radiography.